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蛋白质三维结构预测问题的求解方法 被引量:1
1
作者 许如初 李红华 《华中科技大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第9期98-100,共3页
对蛋白质结构预测问题进行了描述,根据蛋白质结构预测问题在三维欧氏空间的连续模型,通过拟物策略找到了相应的数学模型.由于引入了弹性势能和嵌入势能,将一个有约束的问题转化为一个无约束的问题,并在梯度下降法求解的基础上,设计出一... 对蛋白质结构预测问题进行了描述,根据蛋白质结构预测问题在三维欧氏空间的连续模型,通过拟物策略找到了相应的数学模型.由于引入了弹性势能和嵌入势能,将一个有约束的问题转化为一个无约束的问题,并在梯度下降法求解的基础上,设计出一种变步长梯度下降的求解方法.通过实例检测,变步长梯度下降法比梯度下降法大大节省了计算时间,且所得结果的能量比梯度下降法所得结果的能量更低. 展开更多
关键词 蛋白质结构预测 拟物算法 折叠 弹性势能 嵌入势能
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求包含三维空间中给定点集最小凸多面体算法研究 被引量:1
2
作者 许如初 宋恩民 董向锋 《武汉交通科技大学学报》 1997年第2期154-157,共4页
研究求包含空间中给定的若干个点的最小凸多面体的算法.给出了一种算法。
关键词 最小覆盖问题 计算时间复杂度 凸多面体 计算机
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用新预卜方法求空间无解析表达式曲线的长度 被引量:1
3
作者 许如初 黄文奇 叶一民 《华中理工大学学报》 CSCD 北大核心 1999年第1期24-27,共4页
预卜问题非常困难,但在未来点上往往十分自然地隐存着某种严格的自然约束条件.如能将此种条件引进预卜方程必将极大地提高预卜的精度.按此途径完成了寻求空间无解析表达式曲线长度的工作.严格地证明了未来点上的约束条件的成立.实... 预卜问题非常困难,但在未来点上往往十分自然地隐存着某种严格的自然约束条件.如能将此种条件引进预卜方程必将极大地提高预卜的精度.按此途径完成了寻求空间无解析表达式曲线长度的工作.严格地证明了未来点上的约束条件的成立.实验验证说明预卜精度得到了极大的提高. 展开更多
关键词 预卜问题 空间曲线 长度 解析表达式
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解不等圆 packing 问题拟物拟人算法初态选取 被引量:1
4
作者 许如初 黄文奇 《华中理工大学学报》 CSCD 北大核心 1998年第4期1-3,共3页
提出形式化了的人工经验方法,由此得出的算法可以极快速地为不等圆填装(packing)问题求出初始近似解.将此初始近似解作为求解不等圆packing问题的拟物拟人算法中的初态,可以提高这种拟物拟人算法的计算速度约10倍... 提出形式化了的人工经验方法,由此得出的算法可以极快速地为不等圆填装(packing)问题求出初始近似解.将此初始近似解作为求解不等圆packing问题的拟物拟人算法中的初态,可以提高这种拟物拟人算法的计算速度约10倍.此种方法还有可能发展为关于求解NP难问题的不仅具有高速度而且具有高精确度高完整度的具有实用价值的纯粹拟人方法. 展开更多
关键词 NP难问题 PACKING问题 拟物拟人算法
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蛋白质结构预测的拟物拟人算法研究
5
作者 许如初 秦明 黄文奇 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2007年第8期45-47,共3页
根据国际上最新提出的蛋白质结构预测问题的三维欧氏空间连续模型,找到了相应的物理模型,并且设计了适当的拟人策略,形成了相应的拟物拟人算法。
关键词 蛋白质结构预测 蛋白质折叠 拟物拟人算法 弯曲势能 距离势能
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寻求线性规划问题初始基可行解的一种新算法
6
作者 许如初 宋恩民 陈卫东 《华中理工大学学报》 CSCD 北大核心 1997年第1期105-107,共3页
对线性规划问题基可行解的性质进行了研究,给出了一种求解线性规划问题初始基可行解的算法。
关键词 线性规划 可行域 基可行解 约束条件
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基于粗精调技术的求解带平衡约束圆形Packing问题的拟物算法 被引量:8
7
作者 何琨 莫旦增 +1 位作者 许如初 黄文奇 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2013年第6期1224-1234,共11页
带平衡约束的圆形Packing问题是以卫星舱布局为背景的具有NP难度的布局优化问题.文中建立了此问题相应的数学模型,同时提出了两个新的物理模型,并受工艺加工过程中"粗精加工"现象的启发,提出了基于粗精调技术的拟物算法QPCFA... 带平衡约束的圆形Packing问题是以卫星舱布局为背景的具有NP难度的布局优化问题.文中建立了此问题相应的数学模型,同时提出了两个新的物理模型,并受工艺加工过程中"粗精加工"现象的启发,提出了基于粗精调技术的拟物算法QPCFA.该算法既兼顾了搜索空间的多样性以利于全局搜索,又能对有前途的局部区域进行精细搜索以找到相应的局部最优解.同时,在计算过程中引入禁忌技术和跳坑策略,以提高算法的求解质量.对国际上11个代表性的算例进行了计算,QPCFA更新了其中7个算例的最好记录,其余4个与目前的最好记录基本持平,且与目前的最好结果相比在计算精度上均有较大的提高. 展开更多
关键词 PACKING问题 布局优化 拟物 平衡约束 粗精调技术
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求Ramsey数下界的循环巧妙图搜索算法研究 被引量:11
8
作者 宋恩民 董向锋 许如初 《应用数学》 CSCD 北大核心 1995年第4期424-428,共5页
本文研究通过构造循环巧妙图而搜寻Ramsey数下界的算法。给出了一个效率较高的算法,该算法已经编程实现,并由此得出了一个具有46点(4,7)循环巧妙图,从而证明了了r(4,7)≥47。
关键词 RAMSEY数 循环巧妙图 下界 搜索算法 图论
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解 packing 及 CNF-SAT 问题的拟物拟人方法 被引量:6
9
作者 黄文奇 许如初 +1 位作者 陈卫东 张京芬 《华中理工大学学报》 CSCD 北大核心 1998年第9期5-7,54,共4页
提出拟物拟人方法.论述了如何按此种方法为NP难问题设计出高效实用的快速求解算法.作为例证,所得出的关于CNF-SAT问题及packing问题的算法,其先进性在国际竞赛及工业生产中得到了显示.
关键词 PACKING问题 拟物 拟人 算法 CNF-SAT问题
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基于格局变换策略的不等圆Packing问题求解算法 被引量:1
10
作者 黄文奇 付樟华 许如初 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2011年第11期4032-4034,共3页
采用基于格局变换策略的算法ACP-Solver求解不等圆Packing问题。ACP-Solver由连续优化方法、格局变换算子和接收准则组成。连续优化方法可从任一初始格局收敛至对应的局部最优格局。格局变换算子将当前格局变换为新格局。接收准则决定... 采用基于格局变换策略的算法ACP-Solver求解不等圆Packing问题。ACP-Solver由连续优化方法、格局变换算子和接收准则组成。连续优化方法可从任一初始格局收敛至对应的局部最优格局。格局变换算子将当前格局变换为新格局。接收准则决定是否接收变换所得格局。基于24个国际公开算例的计算实验表明,ACP-Solver能在可接受的计算时间内改进或持平绝大多数算例的当前最优记录。实验结果表明了ACP-Solver的高效性能。 展开更多
关键词 装填问题 启发式算法 连续优化 组合优化 变换算子 接收准则
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支持求解不等圆packing问题的降维策略
11
作者 骆震江 程川 +1 位作者 许如初 黄文奇 《信息通信》 2020年第9期25-27,共3页
在拟物拟人算法的基础上,提出了一个新的具有降维效果的策略,为NP难度的不等圆packing问题得到了一个效率更高的实用求解算法。
关键词 不等圆packing问题 NP难度 拟物拟人方法 降维 扰动判定
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确定任意多边形顶点凸凹性的快速算法 被引量:12
12
作者 许如初 张智平 《华中理工大学学报》 CSCD 北大核心 1997年第1期103-104,共2页
给出了一种确定任意多边形顶点凸凹性的快速算法.
关键词 多边形 顶点 凸凹性 算法 时间复杂度
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一般递归函数定义中极小化次数问题的研究
13
作者 许如初 宋恩民 《华中理工大学学报》 CSCD 北大核心 1996年第A01期4-7,共4页
研究了定义递归函数过程中极小化运算的次数问题,证实了任意一个递归函数可以从初始子数出发,经有限次复合,递归和至多一次极小化运算而得到。这一结论对计算复杂性理论有明显的意义。
关键词 递归函数 配对函数 极小化
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覆盖平面上给定点集的最小凸多边形的算法
14
作者 许如初 宋恩民 +1 位作者 陈卫东 董向锋 《华中理工大学学报》 CSCD 北大核心 1996年第6期102-104,共3页
研究求覆盖平面上给定的若干个点的最小凸多边形的算法.给出了两种算法,讨论了算法的基本思想,描述了算法步骤,得出了算法的时间复杂度.结果表明,算法的平均计算时间复杂度为平面上给定点的数量的线性函数,即为Ο(nm),在最... 研究求覆盖平面上给定的若干个点的最小凸多边形的算法.给出了两种算法,讨论了算法的基本思想,描述了算法步骤,得出了算法的时间复杂度.结果表明,算法的平均计算时间复杂度为平面上给定点的数量的线性函数,即为Ο(nm),在最坏情况下可为Ο(m2) 展开更多
关键词 最小覆盖问题 计算时间复杂度 算法
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预测Au_(13-75)团簇基态结构的启发式算法
15
作者 许如初 倪海文 黄文奇 《中国科学:物理学、力学、天文学》 CSCD 北大核心 2012年第2期134-140,共7页
针对具有NP难度的团簇结构预测问题,提出启发式求解算法——TP-ISDO作算法.该算法包括两阶段局部搜索、内部操作、表面操作和扰动操作.利用TP-ISDO算法预测了Aun(13≤n≤75)团簇的基态结构,其中Au团簇采用Sutton-Chen势能函数模型描述.... 针对具有NP难度的团簇结构预测问题,提出启发式求解算法——TP-ISDO作算法.该算法包括两阶段局部搜索、内部操作、表面操作和扰动操作.利用TP-ISDO算法预测了Aun(13≤n≤75)团簇的基态结构,其中Au团簇采用Sutton-Chen势能函数模型描述.实验结果表明,该算法能快速地得到Aun(13≤n≤75)团簇的当前已知最低能量结构.特别是对于Au58团簇,得到了两种新构型,这两种构型都是10面体结构,它们的势能值分别为-15648.5689和-15648.8754能量单位,小于当前已知的最低势能值. 展开更多
关键词 NP难度 团簇优化 两阶段局部搜索 SC势能模型
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不等圆Packing问题的拟物型邻域搜索算法 被引量:3
16
作者 黄文奇 付樟华 许如初 《华中科技大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第4期1-4,共4页
将拟物方法与邻域搜索过程结合,得到求解不等圆Packing问题的拟物型邻域搜索算法(QP-NS).拟物方法用于连续优化,可从任一初始格局收敛至对应的局部最优格局;邻域搜索过程迭代地将当前格局替换为其邻域中的最优格局,直至无法继续改进当... 将拟物方法与邻域搜索过程结合,得到求解不等圆Packing问题的拟物型邻域搜索算法(QP-NS).拟物方法用于连续优化,可从任一初始格局收敛至对应的局部最优格局;邻域搜索过程迭代地将当前格局替换为其邻域中的最优格局,直至无法继续改进当前格局为止.QP-NS可在不严重破坏当前格局的前提下稳定地改进当前格局,鲁棒性较强.基于14个国际公开算例的计算实验表明:QP-NS可在60s内改进10个算例的此前最优解,并与其余4个算例的此前最优解持平. 展开更多
关键词 NP难问题 拟物方法 组合优化 装填问题 启发式 邻域搜索
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支持求解圆形packing问题的两个拟人策略 被引量:40
17
作者 黄文奇 许如初 《中国科学(E辑)》 CSCD 1999年第4期347-353,共7页
提出两个拟人策略 ,在拟物算法的基础上 ,为具有NP难度的圆形packing问题得到了一个高效率的实用求解算法 .正面回答了DoritS .Hochbaum等人提出的寻求效率更高的启发式算法的问题 .
关键词 PACKING问题 启发式算法 拟物方法 拟人策略
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求解不等圆Packing问题的带全局变换禁忌搜索算法 被引量:5
18
作者 黄文奇 付樟华 许如初 《中国科学:信息科学》 CSCD 2012年第7期843-858,共16页
圆形Packing问题考察如何将N个半径任意给定的圆形物体互不嵌入地置入一个半径尽可能小的圆形容器内.圆形Packing问题是个经典的NP难度问题,具有重要的理论价值和广泛的应用背景.本文将拟物算法与禁忌搜索相结合,辅以跳离局部陷阱的全... 圆形Packing问题考察如何将N个半径任意给定的圆形物体互不嵌入地置入一个半径尽可能小的圆形容器内.圆形Packing问题是个经典的NP难度问题,具有重要的理论价值和广泛的应用背景.本文将拟物算法与禁忌搜索相结合,辅以跳离局部陷阱的全局变换策略,得到求解二维不等圆Packing问题的带全局变换禁忌搜索算法GP-TS.拟物算法用于连续优化,可从任一初始格局收敛至局部最优格局;禁忌搜索在禁忌规则和特赦准则的约束下不断地将当前格局替换为其邻域中的最优格局;若禁忌搜索所得格局不满足约束条件,则执行全局变换策略,在不完全破坏当前格局结构的前提下跳离局部陷阱,然后进行新一轮的禁忌搜索,直至满足终止条件为止.数字实验结果表明,GP-TS能在可接受的计算时间内改进多个国际公开算例的已知最优解. 展开更多
关键词 NP难 装填问题 组合优化 启发式 禁忌搜索 全局变换
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Lennard-Jones团簇最低能量构型的预测 被引量:3
19
作者 赖向京 许如初 黄文奇 《中国科学:化学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期1137-1144,共8页
针对Lennard-Jones(LJ)团簇的结构优化问题,在前人工作的基础上,提出了一个新的无偏优化算法,即DLS-TPIO(dynamic lattice searching method with two-phase local searchand interior operation)算法.对LJ2-650,LJ660,LJ665-680这666... 针对Lennard-Jones(LJ)团簇的结构优化问题,在前人工作的基础上,提出了一个新的无偏优化算法,即DLS-TPIO(dynamic lattice searching method with two-phase local searchand interior operation)算法.对LJ2-650,LJ660,LJ665-680这666个实例进行了优化计算.为其中每个实例所找到的构型其势能均达到了剑桥团簇数据库中公布的最好记录.对LJ533与LJ536这两个算例,所达到的势能则优于先前的最好记录.在DLS-TPIO算法中,采用了内部操作,两阶段局部搜索方法以及动态格点搜索方法.在优化的前一阶段,内部操作将若干能量较高的表面原子移入团簇的内部,从而降低团簇的能量,并使其构型逐渐地变为有序.与此同时,两阶段局部搜索方法指导搜索进入更有希望的构型区域.这种做法显著地提高了算法的成功率.在优化的后一阶段,借用动态格点搜索方法对团簇表面原子的位置作进一步优化,以再一次降低团簇的能量.另外,为识别二十面体构型的中心原子,本文给出了一个简单的新方法.相比于文献中一些著名的无偏优化算法,DLS-TPIO算法具有较高的计算速度与成功率. 展开更多
关键词 全局优化 Lennard-Jones团簇 内部操作 两阶段局部搜索 动态格点搜索
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一种改进的动态格子算法在Au团簇基态结构预测中的应用
20
作者 漆学志 许如初 +1 位作者 汪光炼 陈超 《中国科学:物理学、力学、天文学》 CSCD 北大核心 2016年第3期1-8,共8页
借助计算机强大的计算能力通过数学的方法预测团簇的最低能量结构,是本文的主要思想和工作.针对Au团簇的结构优化问题,本文提出了一种改进的动态格子搜索算法.将该算法用于Gupta势能建模的Au团簇对其进行优化求解,在若干国际已知算例上... 借助计算机强大的计算能力通过数学的方法预测团簇的最低能量结构,是本文的主要思想和工作.针对Au团簇的结构优化问题,本文提出了一种改进的动态格子搜索算法.将该算法用于Gupta势能建模的Au团簇对其进行优化求解,在若干国际已知算例上,找到了它们其中许多新的最低能量结构.为了用Gupta势能描述Au团簇原子之间的相互作用,本文采用了两组不同的参数.利用参数一(A=0.11844,B=1,p=10.15,q=4.13),优化了原子数N=38?100的Au团簇.其中,对于原子数N=38,55这两个算例,本文算法的结果优于此前文献中的最好结果.另外,利用参数二(A=0.2061,B=1.79,p=10.229,q=4.036),优化了原子数N=100?200的Au团簇,其中对于原子数N=100,110,120,130,140,150,160,170,180,190,200的Au团簇,本文算法所达到的势能均优于此前文献中的最好结果.结果表明了本文算法对于团簇结构优化问题求解的高效性. 展开更多
关键词 全局优化 Gupta势能 动态格子搜索 表面操作
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