疣吻沙蚕转录组SSR位点鉴定及特征分析

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作者 杨尉 司圆圆 +1 位作者 许瑞雯 陈兴汉 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期2593-2603,共11页

【目的】鉴定疣吻沙蚕转录组中简单重复序列(SSR)位点,并分析其分布规律,为该物种多态性SSR分子标记的高效开发提供理论依据。【方法】利用高通量测序技术获得疣吻沙蚕的转录组数据,经过滤、组装后使用MISA搜索鉴定SSR位点,分析其序列... 【目的】鉴定疣吻沙蚕转录组中简单重复序列(SSR)位点,并分析其分布规律,为该物种多态性SSR分子标记的高效开发提供理论依据。【方法】利用高通量测序技术获得疣吻沙蚕的转录组数据,经过滤、组装后使用MISA搜索鉴定SSR位点,分析其序列特征及分布规律,初步验证SSR引物的有效性,并对有效扩增引物进行多态性分析。【结果】从转录组数据组装获得79420条Unigenes,总长度为104411064 bp,N50值和N90值分别为1902和331 bp。从79420条Unigenes中鉴定到9932个SSR位点,分布在8707条Unigenes上,其中1029条至少包含1个SSR位点,SSR出现频率为8.49%,发生频率为7.43%,丰度为58.85个/Mb(未计入单核苷酸重复)。SSR重复类型共133种,重复次数为4~26次,主要集中在4~15次,长度≥20 bp的SSR约占SSR总数的20%。SSR优势重复基序为二核苷酸、单核苷酸和三核苷酸,发生频率分别为40.29%、32.12%和21.76%,其中二核苷酸重复基序以AT/TA为主,占比79.88%,单核苷酸和三核苷酸分别以A/T和AGC/GCT为主,占比分别为65.92%和29.06%。SSR位点以中等多态性的Ⅱ型为主,共有7296条,占SSR总数的80%,而高度多态性的Ⅰ型有1813条,占SSR总数的20%。筛选到11对多态性引物,每对引物平均产生3.73个多态性片段。【结论】疣吻沙蚕转录组SSR类型丰富,且具有较高的多态性,可用于SSR分子标记开发,对其种质资源评价与保护利用、种群遗传学及分子育种研究等具有实用价值。 展开更多

关键词 疣吻沙蚕 转录组 简单重复序列(SSR) 重复基序 分布特征

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基于基因组survey数据的疣吻沙蚕微卫星特征分析及多态标记开发

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作者 杨尉 司圆圆 +1 位作者 许瑞雯 陈兴汉 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期123-133,共11页

为了解疣吻沙蚕(Tylorrhynchus heterochaetus)基因组信息并高效地开发微卫星标记,指导其种质资源保护与新品种的遗传改良研究,采用低深度高通量测序开展全基因组survey,k-mer分析估计疣吻沙蚕基因组大小为759.53 Mb,杂合率1.41%,重复... 为了解疣吻沙蚕(Tylorrhynchus heterochaetus)基因组信息并高效地开发微卫星标记,指导其种质资源保护与新品种的遗传改良研究,采用低深度高通量测序开展全基因组survey,k-mer分析估计疣吻沙蚕基因组大小为759.53 Mb,杂合率1.41%,重复序列比例45.92%;初步组装获得2181621条scaffold,全长为840375821 bp。在基因组序列中检测到130216个微卫星位点,丰度为154.9个·Mb^(−1)。微卫星重复次数集中在4~18拷贝;单碱基重复比例最高(35.00%),二碱基(32.48%)、三碱基(14.42%)次之;二碱基、三碱基优势基序分别是AT/AT、AAT/ATT,表现出A/T碱基优势。从随机挑选的50对引物中筛选到15对多态标记,在30尾样本中共检测到87个等位基因,等位基因数(N_(a))为2.000~12.000(平均5.800),有效等位基因数(Ne)为1.164~6.713(平均3.328),期望杂合度(H_(e))为0.141~0.789(平均0.561),多态信息含量(PIC)为0.136~0.776(平均0.511);其中13个为高度或中度多态性位点,在遗传分析中有较高的实用价值。结果表明,疣吻沙蚕基因组为复杂基因组,其微卫星位点类型丰富且具备良好的多态性潜能,可为种质资源评价、群体遗传学及分子育种研究提供有效的标记资源。 展开更多

关键词 疣吻沙蚕 全基因组survey 简单重复序列 多态性位点

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好氧反硝化细菌脱氮研究进展 被引量：10

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作者 司圆圆 陈兴汉 +1 位作者 许瑞雯 李艳丰 《山东化工》 CAS 2018年第4期157-158,共2页

综述了国内外好氧反硝化细菌的研究进展,主要集中在好氧反硝化菌的筛选、脱氮性能、反应酶系及分子机制等方面。研究前景一是好氧反硝化菌株的筛选,主要以Pseudomonas sp.、Alcaligenes sp.和Paracoccus sp.为主;二是好氧反硝化菌株表... 综述了国内外好氧反硝化细菌的研究进展,主要集中在好氧反硝化菌的筛选、脱氮性能、反应酶系及分子机制等方面。研究前景一是好氧反硝化菌株的筛选,主要以Pseudomonas sp.、Alcaligenes sp.和Paracoccus sp.为主;二是好氧反硝化菌株表现出耐冷、耐盐及可降解毒性有机物及N_2O减排的潜力;三是研究好氧反硝化过程的降解机理。 展开更多

关键词 好氧反硝化 生物脱氮 研究进展

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基于线粒体cytb和d-loop基因序列的东南沿海可口革囊星虫遗传多样性分析 被引量：1

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作者 许瑞雯 陈兴汉 余祥勇 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2022年第3期288-302,共15页

为了解中国东南沿海可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)自然群体的遗传多样性水平,探明该物种的种质资源情况,采用线粒体细胞色素b(cytb)基因和线粒体DNA控制区(d-loop)序列分析技术对广东湛江(ZJ)、广东阳江(YJ)、广西钦州(QZ)、福... 为了解中国东南沿海可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)自然群体的遗传多样性水平,探明该物种的种质资源情况,采用线粒体细胞色素b(cytb)基因和线粒体DNA控制区(d-loop)序列分析技术对广东湛江(ZJ)、广东阳江(YJ)、广西钦州(QZ)、福建宁德(ND)、浙江温州(WZ)5个可口革囊星虫自然群体进行测序分析。在150个样本中,cytb和d-loop序列分别检测到了118和158个多态位点,定义了62和79种单倍型。基于cytb和d-loop序列的遗传多样性参数分析均表现出较高的基因多样性(cytb:0.8713~0.9632;d-loop:0.9425~0.9816)和较低水平的核苷酸多样性(cytb:0.032487~0.040975;d-loop:0.033247~0.046151)。而分子方差分析(AMOVA)结果一致表明,群体内部的遗传变异(cytb:98.56%;d-loop:98.61%)比例显著高于群体间的遗传变异(cytb:1.44%;d-loop:1.39%),表明可口革囊星虫在不同地理群体间的遗传变异并不明显,不同地理群体之间不存在地理隔离。单倍型邻接树的拓扑结构简单,未呈现明显的地理谱系结构。从Tajima’s D和Fu’s Fs检验结果显著偏离中性这一现象,可推测出可口革囊星虫群体近期经历过群体快速扩张事件。 展开更多

关键词 可口革囊星虫 遗传多样性 CYTB D-LOOP

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南美白对虾健康养殖关键技术 被引量：5

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作者 李波 陈兴汉 +1 位作者 范斌 许瑞雯 《科学养鱼》 2020年第1期28-29,共2页

南美白对虾由于生长速度快、出肉率高、单产高,是当今世界上公认的优良对虾养殖品种之一。近年来,由于环境污染、种苗退化、病害频发等原因,南美白对虾的养殖成功率逐渐走低,华南地区的养殖成功率总体维持在20%~30%。笔者从养殖试验中,... 南美白对虾由于生长速度快、出肉率高、单产高,是当今世界上公认的优良对虾养殖品种之一。近年来,由于环境污染、种苗退化、病害频发等原因,南美白对虾的养殖成功率逐渐走低,华南地区的养殖成功率总体维持在20%~30%。笔者从养殖试验中,总结出一套南美白对虾的健康养殖技术,供参考。 展开更多

关键词 南美白对虾 投喂量 水体消毒 水质调控 健康养殖

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科研项目提升欠发达地区水产养殖技术专业学生培养质量的创新实践

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作者 李波 许瑞雯 陈兴汉 《安徽农业科学》 CAS 2018年第23期232-233,236,共3页

欠发达地区办学条件较差,缺乏实验条件和生产性实习基地,教材内容陈旧,高职院校水产养殖技术专业学生的培养质量不高。从欠发达地区高职院校水产养殖技术专业的实际情况出发,分析了科研项目实施和水产养殖技术专业发展中存在的问题,并... 欠发达地区办学条件较差,缺乏实验条件和生产性实习基地,教材内容陈旧,高职院校水产养殖技术专业学生的培养质量不高。从欠发达地区高职院校水产养殖技术专业的实际情况出发,分析了科研项目实施和水产养殖技术专业发展中存在的问题,并开展了创新实践。 展开更多

关键词 欠发达地区 水产养殖技术专业 科研项目 创新实践 培养质量

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高职《水质分析技术》课程任务驱动教学法探析 被引量：2

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作者 许瑞雯 《绿色科技》 2021年第3期240-241,244,共3页

《水质分析技术》是水产养殖技术专业的专业核心课程,专业性与实践性要求较高。针对高职学生的特点,采用任务驱动教学法在实际教学中通过教与学的合理安排,优化了《水质分析技术》课程的教学效果,保证了学生切实掌握理论知识及实践技能。

关键词 任务驱动教学法 水质分析技术 高职教育 教学实践

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温度对近江牡蛎稚贝耗氧和排氨的影响 被引量：3

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作者 卢王梯 司圆圆 +1 位作者 陈兴汉 许瑞雯 《江西水产科技》 2020年第6期9-12,共4页

研究了不同温度对近江牡蛎稚贝生理活动的影响。将大小相似的近江牡蛎稚贝培养在16℃、20℃、24℃、28℃、32℃五个温度梯度下,测定其在不同温度下的耗氧率、排氨率以及O∶N。结果显示,在16℃~28℃的范围内,近江牡蛎稚贝的耗氧率、排氨... 研究了不同温度对近江牡蛎稚贝生理活动的影响。将大小相似的近江牡蛎稚贝培养在16℃、20℃、24℃、28℃、32℃五个温度梯度下,测定其在不同温度下的耗氧率、排氨率以及O∶N。结果显示,在16℃~28℃的范围内,近江牡蛎稚贝的耗氧率、排氨率随着温度的上升而上升,但当温度超过28℃时,近江牡蛎的耗氧率、排氨率随着温度的上升而下降;整个实验过程中,近江牡蛎的O∶N的变化范围为12~22说明近江牡蛎稚贝主要以脂肪及蛋白质提供代谢能量。同时在16℃~28℃的范围内,随着温度的不断上升,O∶N也不断增大说明近江牡蛎稚贝利用蛋白质供能的比例越来越小,因此温度的升高有利于稚贝的生长。 展开更多

关键词 近江牡蛎 温度 氧需求 排氨

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可口革囊星虫种质资源保护研究初探

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作者 许瑞雯 余祥勇 《江西水产科技》 2020年第4期29-31,36,共4页

可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)有重要的生态及经济价值,其种质资源的保护和可持续利用引起业内的关注。为了探究可口革囊星虫种质资源保护的意义和方法,本文通过对已有的资料、信息的收集整理和分析,基于该物种的产地调研论述... 可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)有重要的生态及经济价值,其种质资源的保护和可持续利用引起业内的关注。为了探究可口革囊星虫种质资源保护的意义和方法,本文通过对已有的资料、信息的收集整理和分析,基于该物种的产地调研论述了保护可口革囊星虫种质资源的生态意义和经济意义,并探讨了三种种质资源保护方法:原有种的保护、就地保护和规模化人工繁育技术的研发推广。 展开更多

关键词 可口革囊星虫 种质资源 可持续利用

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高水平专业群建设背景下水产微生物课程改革实践与创新

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作者 李波 陈兴汉 +1 位作者 范斌 许瑞雯 《河南水产》 2022年第5期36-38,46,共4页

针对高职教育水产微生物教学存在的问题,从教学内容、内容组织、新型活页教材、实验内容、信息化方法、教学评价方式方面进行大量的改革实践与创新,培养学生的职业能力,服务海洋产业发展。

关键词 水产微生物 内容 组织 工作任务 职业能力

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继续旅程

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作者 许瑞雯 陈筑(指导) 《特区教育（中学生）》 2019年第11期28-28,共1页

2019就剩下一段尾巴了。不知不觉,悄无声息,从指尖溜去了。蓦然回首,竟有一丝空虚。时间过得似乎越来越快,过去的日子化作轻烟,只留下了无尽的追忆……还记得年初,六年级下半学期因"小升初"而在不断努力学习,我觉得自己从来... 2019就剩下一段尾巴了。不知不觉,悄无声息,从指尖溜去了。蓦然回首,竟有一丝空虚。时间过得似乎越来越快,过去的日子化作轻烟,只留下了无尽的追忆……还记得年初,六年级下半学期因"小升初"而在不断努力学习,我觉得自己从来没那么用心过,觉得学习的时间太短了,没准备好就要升初中了。现在也觉得那段时曰过得太快,更遗憾的是,当初时日没能分出几日或几小时,来细察同学们熟悉却又陌生的面孔。 展开更多

关键词 小升初 时间太短 蓦然回首 用心 努力学习

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