基于网络药理学、分子对接技术及细胞实验预测灵芝抗胃癌的分子机制。利用中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)收集灵芝的活性成分和作用靶点。通过GeneC...基于网络药理学、分子对接技术及细胞实验预测灵芝抗胃癌的分子机制。利用中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)收集灵芝的活性成分和作用靶点。通过GeneCards和OMIM数据库获取胃癌相关的靶点。筛选获得两者的共同靶标后,利用STRING数据库进行构建蛋白互作网络,并且利用Bioconductor平台和R语言进行基因本体(Gene Ontology,GO)生物进程及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析。同时应用Cytoscape软件构建"草药-疾病-成分-靶点"网络和"草药-疾病-成分-靶点-通路"网络。另外选取灵芝的关键活性成分β-谷甾醇与蛋白互作网络前15个靶标进行分子对接。最后利用细胞实验进一步验证上述结果。该实验分别获取灵芝活性成分14个,灵芝相关靶点28个,并且收集灵芝与胃癌的共同靶点25个,包括caspase-3(CASP3)、caspase-8(CASP8)、caspase-9(CASP9)和B-cell lymphoma-2(BCL2)等。KEGG通路分析筛选了72条相关信号通路,显示细胞凋亡和p53信号通路可能在灵芝抗胃癌的过程中起关键作用。分子对接结果表明β-谷甾醇与蛋白互作网络前15个靶标对接良好。细胞实验表明β-谷甾醇通过调控细胞凋亡和细胞周期,有效抑制人胃癌细胞AGS增殖,这可能与p53信号通路有部分关系。以上结果表明,灵芝抗胃癌具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点,为后续深入研究灵芝抗胃癌的复杂机制提供了理论依据。展开更多
文摘基于网络药理学、分子对接技术及细胞实验预测灵芝抗胃癌的分子机制。利用中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)收集灵芝的活性成分和作用靶点。通过GeneCards和OMIM数据库获取胃癌相关的靶点。筛选获得两者的共同靶标后,利用STRING数据库进行构建蛋白互作网络,并且利用Bioconductor平台和R语言进行基因本体(Gene Ontology,GO)生物进程及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析。同时应用Cytoscape软件构建"草药-疾病-成分-靶点"网络和"草药-疾病-成分-靶点-通路"网络。另外选取灵芝的关键活性成分β-谷甾醇与蛋白互作网络前15个靶标进行分子对接。最后利用细胞实验进一步验证上述结果。该实验分别获取灵芝活性成分14个,灵芝相关靶点28个,并且收集灵芝与胃癌的共同靶点25个,包括caspase-3(CASP3)、caspase-8(CASP8)、caspase-9(CASP9)和B-cell lymphoma-2(BCL2)等。KEGG通路分析筛选了72条相关信号通路,显示细胞凋亡和p53信号通路可能在灵芝抗胃癌的过程中起关键作用。分子对接结果表明β-谷甾醇与蛋白互作网络前15个靶标对接良好。细胞实验表明β-谷甾醇通过调控细胞凋亡和细胞周期,有效抑制人胃癌细胞AGS增殖,这可能与p53信号通路有部分关系。以上结果表明,灵芝抗胃癌具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点,为后续深入研究灵芝抗胃癌的复杂机制提供了理论依据。
