目的比较不同碘水平下甲状腺结节患者与健康人血清外泌体微小核糖核酸(microRNA,miRNA)表达谱的差异,分析其共同点,为筛选不同碘水平下甲状腺结节早期诊断标志物提供参考依据。方法收集10例不同碘水平下甲状腺结节患者及体检健康者的外...目的比较不同碘水平下甲状腺结节患者与健康人血清外泌体微小核糖核酸(microRNA,miRNA)表达谱的差异,分析其共同点,为筛选不同碘水平下甲状腺结节早期诊断标志物提供参考依据。方法收集10例不同碘水平下甲状腺结节患者及体检健康者的外周血样本,采用砷铈催化分光光度法测定各组血清碘水平;提取外泌体miRNA,利用高通量测序技术测定血清miRNA的表达水平;预测差异靶基因,并进一步进行GO(Gene ontology)分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析。结果在不同碘水平的甲状腺结节患者与健康人群中存在6个表达下调的miRNA,分别为miR-324-5p、miR-6511b-3p、miR-9903、miR-550a-3p、miR-5001-3p、miR-3688-3p。差异表达的外泌体miRNA可调控MAPK信号通路、PI3K-AKT信号通路、VEGF信号通路及NF-κB信号通路。结论筛选出6个差异表达miRNA,有望作为不同碘水平下甲状腺结节早期诊断的生物学标志物。展开更多
近年来,引起手足口病的多种柯萨奇病毒逐渐引起人们的关注。为探索柯萨奇病毒进化和变异的潜在机制,本文以柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12五种型别病毒的全基因组RNA为研究对象,针对编码结构蛋白的P1区和编码非结构蛋白的P2-P3区基因,分别...近年来,引起手足口病的多种柯萨奇病毒逐渐引起人们的关注。为探索柯萨奇病毒进化和变异的潜在机制,本文以柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12五种型别病毒的全基因组RNA为研究对象,针对编码结构蛋白的P1区和编码非结构蛋白的P2-P3区基因,分别计算五种型别柯萨奇病毒的核苷酸和氨基酸遗传距离、相对同义密码子使用度(Relative synonymous codon usage,RSCU)、有效密码子数(Effective number of codon,ENC),并进行中性进化分析以及对应分析。结果表明,五种型别柯萨奇病毒的密码子使用均存在多样性,偏倚较弱;与G/C相比,它们的密码子第三位更偏向于使用A/U。ENC-plot分析表明,五种型别柯萨奇病毒P1区受到的突变压力作用均强于P2-P3区。然而,中性进化和对应分析的结果提示,突变压力对这些病毒密码子偏倚的形成仅起着较小的作用,而自然选择在病毒的进化过程中起着更重要的作用。本研究基于密码子水平的生物信息学分析,评估了突变压力和自然选择在柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12这五种型别病毒进化中的作用,为深入了解柯萨奇病毒的遗传进化机制提供了理论依据。展开更多
文摘目的比较不同碘水平下甲状腺结节患者与健康人血清外泌体微小核糖核酸(microRNA,miRNA)表达谱的差异,分析其共同点,为筛选不同碘水平下甲状腺结节早期诊断标志物提供参考依据。方法收集10例不同碘水平下甲状腺结节患者及体检健康者的外周血样本,采用砷铈催化分光光度法测定各组血清碘水平;提取外泌体miRNA,利用高通量测序技术测定血清miRNA的表达水平;预测差异靶基因,并进一步进行GO(Gene ontology)分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)分析。结果在不同碘水平的甲状腺结节患者与健康人群中存在6个表达下调的miRNA,分别为miR-324-5p、miR-6511b-3p、miR-9903、miR-550a-3p、miR-5001-3p、miR-3688-3p。差异表达的外泌体miRNA可调控MAPK信号通路、PI3K-AKT信号通路、VEGF信号通路及NF-κB信号通路。结论筛选出6个差异表达miRNA,有望作为不同碘水平下甲状腺结节早期诊断的生物学标志物。
文摘目的:通过研究甲状腺乳头状癌(papillary thyroid carcinoma,PTC)患者和健康人的血清外泌体miRNA在不同碘水平下的表达谱差异,探寻不受高碘影响可稳定诊断PTC的生物标志物。方法:收集PTC患者和健康人的血清样本,采用砷铈催化分光光度法测定血清碘,分别纳入高碘、正常碘的PTC患者各10例,高碘、正常碘的健康人各5例作为研究对象。然后从血清中抽提外泌体,从中提取miRNA并进行高通量测序,进一步做基因本体论(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析。结果:分别筛选高碘、正常碘组中PTC患者与健康人的差异表达miRNA,再取交集得到12个共同差异表达miRNA,显著富集到6个PTC相关通路。结论:与健康人对比,PTC患者中下调的miR-3158-3p、miR-186-5p,上调的miR-122-5p、miR-375-3p、miR-10a-5p、miR-10b-5p、miR-148a-3p、miR-223-5p、let-7d-3p、miR-651-5p,这10个miRNA可以作为在一般人群中区别PTC患者和健康人的稳定潜在生物标志物。
基金supported by grants from the National Natural Science Foundation of China(81872682)the Young Taishan Scholars Program of Shandong Province of China(tsqn20161046)+2 种基金the Academic Promotion Programme of Shandong First Medical University(2019RC010)the Shandong Province Higher Educational Young and Innovation Technology Supporting Program(2019KJL004)the Doctoral Scientific Research Foundation of Shandong First Medical University.
文摘近年来,引起手足口病的多种柯萨奇病毒逐渐引起人们的关注。为探索柯萨奇病毒进化和变异的潜在机制,本文以柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12五种型别病毒的全基因组RNA为研究对象,针对编码结构蛋白的P1区和编码非结构蛋白的P2-P3区基因,分别计算五种型别柯萨奇病毒的核苷酸和氨基酸遗传距离、相对同义密码子使用度(Relative synonymous codon usage,RSCU)、有效密码子数(Effective number of codon,ENC),并进行中性进化分析以及对应分析。结果表明,五种型别柯萨奇病毒的密码子使用均存在多样性,偏倚较弱;与G/C相比,它们的密码子第三位更偏向于使用A/U。ENC-plot分析表明,五种型别柯萨奇病毒P1区受到的突变压力作用均强于P2-P3区。然而,中性进化和对应分析的结果提示,突变压力对这些病毒密码子偏倚的形成仅起着较小的作用,而自然选择在病毒的进化过程中起着更重要的作用。本研究基于密码子水平的生物信息学分析,评估了突变压力和自然选择在柯萨奇A2、A4、A6、A10、A12这五种型别病毒进化中的作用,为深入了解柯萨奇病毒的遗传进化机制提供了理论依据。
