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铁蓄积大鼠食管黏膜组织差异表达基因的筛选及生物学功能分析
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作者 刘国红 任雨轩 +2 位作者 邵谦毅 梁硕 王丽萍 《山东医药》 CAS 2024年第12期37-41,共5页
目的筛选铁蓄积大鼠食管黏膜组织差异表达基因,并分析差异表达基因的生物学功能。方法12只6周龄雄性SD大鼠随机分为铁蓄积组和对照组,每组6只,铁蓄积组隔天腹腔注射蔗糖铁溶液制备铁蓄积模型,对照组注射等量生理盐水,14周后取血和食管... 目的筛选铁蓄积大鼠食管黏膜组织差异表达基因,并分析差异表达基因的生物学功能。方法12只6周龄雄性SD大鼠随机分为铁蓄积组和对照组,每组6只,铁蓄积组隔天腹腔注射蔗糖铁溶液制备铁蓄积模型,对照组注射等量生理盐水,14周后取血和食管、肝等组织,应用血清学、组织学方法鉴定铁蓄积造模是否成功;剥离两组食管黏膜组织,采用转录组测序技术筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行基因本体(GO)功能富集分析及真核生物蛋白相邻类的聚簇(KOG)分类富集分析。结果筛选出9个差异表达基因,5个上调基因包括昼夜相关转录抑制因子(Ciart)、液泡蛋白质分选因子25(Vps25)、甲状腺激素应答蛋白(Thrsp)、UDP-N-乙酰氨基葡萄糖焦磷酸化酶1(Uap1)、血清解整合素—金属蛋白酶33(Adam33),4个下调基因包括过氧化物酶基因(Pxdn)、硫酸乙酰肝素蛋白多糖基因2(Hspg2)、中心体相关蛋白2(Cep2)、G蛋白信号转导调节因子4(Rgs4)。GO功能富集分析显示,上调基因的生物过程(BP)集中在节律过程、代谢过程、行为、生物过程调节、特定位置运动、生物过程的负调控、生物调节、定位、细胞过程、多细胞生物过程;细胞组成(CC)主要集中在膜封闭腔、细胞器部分、细胞器、膜、细胞外区域部分、膜部分、细胞部分、细胞;分子功能(MF)主要集中在结合、结构分子活性、催化活性。下调基因的BP主要集中在解毒、刺激反应、细胞组成或生物形成、信号、生物过程的负调控、生物过程的正调节、发育过程、细胞过程、生物过程调节、生物调节、代谢过程;CC主要集中在细胞外基质、细胞外基质组成、细胞外区域部分、细胞外区域、细胞器、膜、细胞部分、细胞;MF主要集中在酶调节活性、抗氧化活性、分子功能调节剂、受体调节活性、结构分子活性、结合、催化活性。KOG分类富集分析显示,表达上调的基因中有3个获得功能注释,Uap1被注释到细胞壁/膜/包膜生物形成,Adam33被注释到翻译后修饰,蛋白质折叠和伴侣蛋白,Vps25被注释到功能预测。表达下调的基因中有2个获得功能注释,Rgs4被注释到信号转导机制,Hspg2被注释到翻译后修饰,蛋白质折叠和伴侣蛋白。结论铁蓄积大鼠食管黏膜组织中共筛选出9个差异表达基因,包括5个表达上调基因和4个表达下调基因。GO功能富集分析显示差异表达基因主要参与的BP包括节律过程、代谢过程、细胞过程、生物过程调节等,主要参与的CC包括细胞器、膜、细胞外区域部分等,主要参与的MF包括结合、催化活性、结构分子活性。有5个差异基因获得KOG功能注释,包括翻译后修饰、蛋白质折叠和伴侣蛋白、信号转导等,主要参与细胞周期、细胞代谢、细胞增殖及氧化应激等通路。 展开更多
关键词 铁蓄积 差异表达基因 基因本体功能富集 真核生物蛋白相邻类的聚簇分类富集
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