目的分析和预测亚洲牛带绦虫WD40基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究。方法利用美国国家生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)、瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://ca.e...目的分析和预测亚洲牛带绦虫WD40基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究。方法利用美国国家生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)、瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://ca.expasy.org/)和IEDB Analysis Recource提供的各种生物信息学在线分析程序,结合其它生物信息学分析软件包如Pcgene和Vector NTI suite,从亚洲牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别WD40基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等。结果该基因全长1208bp,编码区为81～1056bp,编码402个氨基酸,为全长基因;无跨膜区,具有多个磷酸化位点,蛋白的理化性质稳定,理论分子量为35942.4;没有质体、线粒体定位序列;预测该蛋白表面有三个亲水性强的线性表位和三个B细胞抗原表位。结论应用生物信息方法从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中识别出了亚洲牛带绦虫WD40基因,并对其所编码的蛋白质的结构与功能进行了预测。展开更多
目的构建亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库,为获取亚洲绦虫成虫的基因信息,建立基因表达谱,并为筛选疫苗基因和诊断抗原基因奠定基础。方法提取亚洲带绦虫成虫mRNA,构建pBluescript II SK全长cDNA质粒文库,测定扩增文库的滴度;用载体克...目的构建亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库,为获取亚洲绦虫成虫的基因信息,建立基因表达谱,并为筛选疫苗基因和诊断抗原基因奠定基础。方法提取亚洲带绦虫成虫mRNA,构建pBluescript II SK全长cDNA质粒文库,测定扩增文库的滴度;用载体克隆位点两端的引物进行PCR扩增,以检测所构建文库的质量。随机挑选质粒文库转化的阳性重组克隆,进行较大规模的5′端测序,归并unigene。结果测定文库的滴度为1011pfu/μl,插入片段的大小主要在1000bp以上。共测1495个克隆,获得有效EST序列1126个,归并为643条unigene。结论已成功获得一高质量的亚洲带绦虫成虫全长cDNA表达文库,并获得了较丰富的成虫表达基因数据。展开更多
文摘目的分析和预测亚洲牛带绦虫WD40基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究。方法利用美国国家生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)、瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://ca.expasy.org/)和IEDB Analysis Recource提供的各种生物信息学在线分析程序,结合其它生物信息学分析软件包如Pcgene和Vector NTI suite,从亚洲牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别WD40基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等。结果该基因全长1208bp,编码区为81～1056bp,编码402个氨基酸,为全长基因;无跨膜区,具有多个磷酸化位点,蛋白的理化性质稳定,理论分子量为35942.4;没有质体、线粒体定位序列;预测该蛋白表面有三个亲水性强的线性表位和三个B细胞抗原表位。结论应用生物信息方法从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中识别出了亚洲牛带绦虫WD40基因,并对其所编码的蛋白质的结构与功能进行了预测。
文摘目的构建亚洲带绦虫成虫全长cDNA质粒文库,为获取亚洲绦虫成虫的基因信息,建立基因表达谱,并为筛选疫苗基因和诊断抗原基因奠定基础。方法提取亚洲带绦虫成虫mRNA,构建pBluescript II SK全长cDNA质粒文库,测定扩增文库的滴度;用载体克隆位点两端的引物进行PCR扩增,以检测所构建文库的质量。随机挑选质粒文库转化的阳性重组克隆,进行较大规模的5′端测序,归并unigene。结果测定文库的滴度为1011pfu/μl,插入片段的大小主要在1000bp以上。共测1495个克隆,获得有效EST序列1126个,归并为643条unigene。结论已成功获得一高质量的亚洲带绦虫成虫全长cDNA表达文库,并获得了较丰富的成虫表达基因数据。
