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类风湿关节炎铁死亡特征基因CeRNA网络构建及免疫表现
1
作者 夏天 李炳霖 +2 位作者 肖发源 郑恩泽 陈跃平 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第16期2561-2567,共7页
背景:研究发现铁死亡相关基因在类风湿关节炎的发病机制中占据重要地位,但目前尚缺乏关于类风湿关节炎铁死亡特征基因的免疫表现及CeRNA互作网络的构建,而机器学习作为生物信息学中强大的特征基因选择算法能更精确地筛选出在类风湿关节... 背景:研究发现铁死亡相关基因在类风湿关节炎的发病机制中占据重要地位,但目前尚缺乏关于类风湿关节炎铁死亡特征基因的免疫表现及CeRNA互作网络的构建,而机器学习作为生物信息学中强大的特征基因选择算法能更精确地筛选出在类风湿关节炎发病机制中占主导地位的铁死亡特征基因。目的:利用生物信息学与机器学习方法筛选类风湿关节炎铁死亡特征基因,并分析铁死亡特征基因与免疫浸润的相关性及铁死亡特征基因CeRNA的网络构建。方法:从GEO数据库获取与类风湿关节炎相关的芯片,利用R语言提取铁死亡相关基因及其差异基因表达;使用机器学习方法对差异基因进行筛选,即运用LASSO回归与SVM-RFE方法进行特征基因筛选,对两者过滤后的基因进行再次交集,最终得到类风湿关节炎的特征基因,运用ROC曲线评估筛选后的疾病特征基因诊断疾病的准确性;利用CIBERSORT算法分析类风湿关节炎与正常滑膜组织的免疫浸润情况,并分析铁死亡特征基因与免疫细胞的相关性,最后构建类风湿关节炎铁死亡疾病特征基因的CeRNA网络并对疾病特征基因进行验证。结果与结论:①得到与类风湿关节炎相关铁死亡基因150个,其中55个上调基因,95个下调基因;②GO与KEGG富集分析分别得到18个GO显著相关条目与30个KEGG条目,主要涉及金属离子稳态、有铁离子稳态与氧化应激反应等;③机器学习分析最终获得疾病特征基因GABARAPL1、SAT1;④GSEA分析发现脂肪细胞因子信号通路、药物代谢细胞色素P450、脂肪酸代谢、PPAR信号通路、酪氨酸代谢主要集中在GABARAPL1高表达时,趋化因子信号通路、肠道免疫网络对IGA产生的影响主要集中在SAT1高表达时;⑤免疫浸润分析发现类风湿关节炎与9种免疫细胞与正常组织存在明显差异,其中浆细胞、T细胞CD8、T细胞滤泡辅助器在疾病组中为高表达状态,其余为低表达。单基因与免疫细胞相关性分析发现GABARAPL1在树突状静息细胞、激活的NK细胞、巨噬细胞M1等为正相关,其中与树突状静息细胞的相关性最为显著,SAT1与T细胞CD4与γδT细胞为正相关,与NK静息细胞为负相关;⑥GSVA分析发现抗坏血酸和醛酸代谢在SAT1表现为上调的基因高表达水平时候为上调,而B细胞受体信号通路、TOLL样受体信号通路、T细胞受体信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等表现为下调,PPAR信号通路、烟酸盐和烟酰胺的代谢、色氨酸代谢、脂肪酸代谢、类固醇生物合成等在GABARAPL1表现为下调趋势;⑦60种长链非编码RNA可能在导致类风湿关节炎发展过程中发挥关键作用。提示:类风湿关节炎的发生与类风湿关节炎铁死亡疾病特征基因的异常表达显著相关,特征基因通过影响相关信号通路诱导疾病的发生发展,并通过对类风湿关节炎相关长链非编码RNA介导的ceRNA网络进行分析,识别出潜在的治疗靶点及信号通路,为进一步阐明其发病机制,并为后续的实验研究提供参考依据。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 生物信息学 机器学习 铁死亡 CeRNA网络构建
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基于双层优化模型的多能互补微网储能优化配置 被引量：8
2
作者 郑恩泽 顾洁 +1 位作者 刘波 卢海勇 《电气自动化》 2017年第3期45-48,共4页
在多能互补微网系统中,为优化储能装置在不同运行状态下的容量配置,建立了同时考虑离网及并网运行状态的储能配置双层优化模型,采用考虑极值变异的混合型粒子群算法求解,获得了储能装置并、离网状态的协调优化配置方案。算例验证结果表... 在多能互补微网系统中,为优化储能装置在不同运行状态下的容量配置,建立了同时考虑离网及并网运行状态的储能配置双层优化模型,采用考虑极值变异的混合型粒子群算法求解,获得了储能装置并、离网状态的协调优化配置方案。算例验证结果表明,求解得到的储能优化配置结果比传统单层优化模型更优,具有较快的收敛速度和较好的计算精度。研究结果为微网储能优化配置策略提供了参考。 展开更多
关键词 多能互补微网 储能优化配置 离网运行状态 并网运行状态 双层优化 粒子群算法
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基于多智能体系统的电动汽车充换电站协调规划 被引量：1
3
作者 郑恩泽 顾洁 陆宇东 《电器与能效管理技术》 2015年第24期71-77,共7页
提出了基于多智能体技术的充换电站协调规划模型,将电动汽车充电站和换电站的选址作为一个有机整体进行优化。协调规划模型应用多智能体技术,综合考虑了充电需求总量、不同区域换电需求、土地成本、电池运输成本、电动汽车用户换电代价... 提出了基于多智能体技术的充换电站协调规划模型,将电动汽车充电站和换电站的选址作为一个有机整体进行优化。协调规划模型应用多智能体技术,综合考虑了充电需求总量、不同区域换电需求、土地成本、电池运输成本、电动汽车用户换电代价等因素,较为全面地讨论了电动汽车充换电站规划问题。实际算例表明协调规划模型用于电动汽车充换电站选址问题是可行、有效的。 展开更多
关键词 电动汽车 协调规划 充电站 换电站 空间网格单元 多智能体系统
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降解多菌灵木霉菌株的分离及其生防与降解特性 被引量：1
4
作者 郑恩泽 《湖北农业科学》 北大核心 2012年第7期1348-1351,共4页
从长期施用多菌灵的葡萄园土壤中分离纯化得到一株能够降解多菌灵的木霉(Trichoderma sp.)菌株Tr1。在以多菌灵为惟一碳源的无机盐培养基中培养14 d后,该菌株对多菌灵的降解率为45.74%。在无机盐培养基中添加少量氮源,可以提高木霉Tr1... 从长期施用多菌灵的葡萄园土壤中分离纯化得到一株能够降解多菌灵的木霉(Trichoderma sp.)菌株Tr1。在以多菌灵为惟一碳源的无机盐培养基中培养14 d后,该菌株对多菌灵的降解率为45.74%。在无机盐培养基中添加少量氮源,可以提高木霉Tr1对多菌灵的降解率,尤其是添加0.1%酵母粉,降解率达到了66.57%。木霉Tr1在含氮的无机盐培养基上的最适生长温度为28℃,最适初始pH为6.5。木霉Tr1还对所测定的6种植物病原真菌(Rhizoctonia solani,Phytophthora capsici,Verticillium dahliae Kleb,Phoma uvicola Berk,Bipolaris sorokiniana(Sacc.)hoemaker,Fusarium moniliforme Sheld)都具有抑菌活性。该项研究为木霉在植物病害生物防治及多菌灵污染土壤修复方面的应用提供了基础。 展开更多
关键词 多菌灵 生物降解 木霉(Trichoderma sp.) 降解特性 生物防治
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《伤寒论》六经与《易经》八卦
5
作者 郑恩泽 《天津中医药大学学报》 CAS 1989年第2期1-,12,共2页
张仲景在《伤寒论》中划分六经,其本于《黄帝内经·素问》热论篇,然溯源于《易》旨。即如《易经》八卦次序中,首冠乾(三)坤(三)指明天地之阴阳,变化之父母。次序震(三得乾初爻)、坎(三得乾中爻、艮三得乾上爻)、巽(三得坤初爻)、离... 张仲景在《伤寒论》中划分六经,其本于《黄帝内经·素问》热论篇,然溯源于《易》旨。即如《易经》八卦次序中,首冠乾(三)坤(三)指明天地之阴阳,变化之父母。次序震(三得乾初爻)、坎(三得乾中爻、艮三得乾上爻)、巽(三得坤初爻)、离(三得坤中爻)、兑(三得坤上爻)之六子,统一阴阳动变而六位成章。其卦象及卦气,俱与《伤寒论》六经契合,需进一步认识与探讨。故参考《易经通注》及《伤寒论翼》,以八卦证六经,从六经明卦气,制表阐明如下: 展开更多
关键词 上爻 卦气 伤寒论 中爻 卦象 一阴 热论篇 黄帝内经·素问 里证 外越
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基于事件相关电位绝对时间标记法的汽车造型语义评价方法
6
作者 邵景峰 杨志刚 +1 位作者 杨再峰 郑恩泽 《同济大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第8期1207-1214,共8页
借助Muse脑电设备,采用绝对时间标记法,探索事件相关电位(ERP)实验的造型评价方法,从而缩短造型设计评估周期,提高企业内部造型设计决策效率。首先通过句尾歧义经典实验范式,验证Muse脑电设备可用于ERP的N400经典实验范式研究,其次进行... 借助Muse脑电设备,采用绝对时间标记法,探索事件相关电位(ERP)实验的造型评价方法,从而缩短造型设计评估周期,提高企业内部造型设计决策效率。首先通过句尾歧义经典实验范式,验证Muse脑电设备可用于ERP的N400经典实验范式研究,其次进行多模态语义加工研究的复合刺激范式实验,验证Muse脑电设备测试结果。结果表明,Muse脑电设备在对汽车造型语义与文字语义进行测量时,能够准确采集N400成分并进行比较。N400成分可以在特定刺激下反映用户的真实想法,提高汽车造型决策效率,降低造型设计成本。 展开更多
关键词 汽车造型 绝对时间标记法 事件相关电位
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