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2型糖尿病发生与多溴联苯醚暴露的关系及其预测模型构建和评价
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作者 马英杰 陈楠 +1 位作者 阿尔娜·恰依马尔旦 刘早玲 《山东医药》 CAS 2024年第17期1-6,共6页
目的分析2型糖尿病(T2DM)发生与多溴联苯醚(PBDEs)暴露的关系,通过机器学习方法构建T2DM发生的预测模型并进行评价。方法在NHANES数据库筛选出1425例研究对象,其中非T2DM患者1132例、T2DM患者293例。比较非T2DM患者与T2DM患者的临床资料... 目的分析2型糖尿病(T2DM)发生与多溴联苯醚(PBDEs)暴露的关系,通过机器学习方法构建T2DM发生的预测模型并进行评价。方法在NHANES数据库筛选出1425例研究对象,其中非T2DM患者1132例、T2DM患者293例。比较非T2DM患者与T2DM患者的临床资料,取有统计学差异的临床资料进一步进行boruta特征筛选,以明确T2DM发生与PBDEs的关系及其影响因素。将筛选出的T2DM发生影响因素输入R软件,并使用R软件creatDataPartition函数将数据按照80%训练集及20%验证集随机划分。使用逻辑回归、极致梯度提升(XGBoost)、轻量梯度提升、自适应增强、K近邻、朴素贝叶斯及支持向量机等7种算法构建机器学习模型,将训练集输入模型进行训练,将验证集输入模型使用十折交叉验证对进行模型进行内部验证。结合ROC曲线以及曲线下面积(AUC)对模型进行评价,选择新疆医科大学一附院内分泌科就诊的成人T2DM患者71例及健康体检者100例对效能最好的预测模型进行外部验证。使用SHAP工具分析高效能预测模型的可解释性,判断模型在决策过程中各个特征的重要性。结果T2DM患者BMI、腰围、受教育程度、有糖尿病家族史比例、血清高密度脂蛋白及血清BDE-28、BDE-47、BDE-99、BDE-183、BDE-209浓度均高于非T2DM患者(P均<0.05),Boruta特征筛选出腰围、BMI、糖尿病家族史及血清BDE-47、BDE-99、BDE-28、BDE-209、BDE-183作为T2DM发生的影响因素纳入机器学习算法建立T2DM发生的预测模型。在训练集及验证集的内部验证中,XGBoost模型AUC值均最高,且准确度、Kappa值、灵敏度及特异度均位于前列,故选择XGBoost模型作为高效能预测模型。外部验证结果显示,XGBoost模型的准确度为0.702、灵敏度为0.549、特异度为0.787、AUC(95%CI)为0.674(0.575~0.773)。SHAP工具对XGBoost模型的预测情况进行解释性分析结果显示,腰围、血清BDE-47为最重要的预测特征,同时血清BDE-99、BDE-209及BMI、糖尿病家族史在模型中具有较高的重要性,而血清BDE-28、BDE-183在模型中重要性相对较低。结论血清BDE-47、BDE-99、BDE-28、BDE-209、BDE-183为T2DM发生的独立影响因素,基于血清PBDEs及腰围、BMI、糖尿病家族史建立的XGBoost模型对T2DM发生的预测效能较高,在T2DM发生的预测方面具有一定价值。 展开更多
关键词 2型糖尿病 多溴联苯醚 多溴联苯醚同系物 机器学习 预测模型
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十溴联苯醚对小鼠宫颈癌皮下移植瘤相关基因及信号通路的影响
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作者 祖尼热·吐尔逊 陈楠 +3 位作者 马英杰 阿尔娜·恰依马尔旦 张雪寒 刘早玲 《预防医学》 2024年第3期272-276,共5页
目的探讨十溴联苯醚(BDE-209)对小鼠宫颈癌皮下移植瘤大小、相关基因及信号通路的影响。方法40只雌性C57BL/6小鼠腋窝外侧皮下接种小鼠宫颈癌U14细胞,建立小鼠宫颈癌皮下移植瘤模型,随机分为高剂量组(500 mg/kg)、中剂量组(100 mg/kg)... 目的探讨十溴联苯醚(BDE-209)对小鼠宫颈癌皮下移植瘤大小、相关基因及信号通路的影响。方法40只雌性C57BL/6小鼠腋窝外侧皮下接种小鼠宫颈癌U14细胞,建立小鼠宫颈癌皮下移植瘤模型,随机分为高剂量组(500 mg/kg)、中剂量组(100 mg/kg)、低剂量组(20 mg/kg)和对照组(玉米油),采用灌胃方式给予相应剂量的BDE-209或玉米油。21 d后取皮下移植瘤组织,采用高通量转录组测序技术分析皮下移植瘤的差异表达基因,并进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;采用STRING数据库进行蛋白相互作用分析,并筛选关键基因;采用实时荧光定量PCR法测定关键基因mRNA的表达。结果与对照组、低剂量组、中剂量组相比,BDE-209高剂量组小鼠宫颈癌皮下移植瘤质量下降(均P<0.05)。转录组测序结果显示,与对照组相比,高剂量组2011个基因表达上调,1165个基因表达下调;中剂量组960个基因表达上调,357个基因表达下调;低剂量组537个基因表达上调,262个基因表达下调(均P<0.05);GO和KEGG富集分析结果显示,高剂量组的差异表达基因主要富集于细胞趋化、NOD样受体信号通路等;中剂量组差异表达基因主要富集于细胞趋化、细胞因子-细胞因子受体的相互作用等;低剂量组差异表达基因主要富集于抗原的处理和呈递、补体和凝血级联信号通路等。与对照组相比,高剂量组TLR2、MMP9、IL-6、Fos和TNF的mRNA表达上调(均P<0.05)。结论高剂量BDE-209可能影响Toll样受体、NOD样受体等免疫及炎症相关信号通路及基因,使小鼠宫颈癌皮下移植瘤质量下降。 展开更多
关键词 十溴联苯醚 宫颈癌 皮下移植瘤 信号通路 关键基因
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