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中国蓑鲉亚科鱼类DNA条形码及分子系统进化研究
1
作者 程静 陈玉佩 +3 位作者 叶嘉文 陈厚桦 陈震翰 梁日深 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2024年第3期257-265,共9页
为从分子水平分析我国蓑鲉亚科鱼类分类关系,通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COⅠ基因部分序列,结合GenBank下载的6种蓑鲉,共计14种40个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离,利用基于最大似然法和... 为从分子水平分析我国蓑鲉亚科鱼类分类关系,通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COⅠ基因部分序列,结合GenBank下载的6种蓑鲉,共计14种40个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离,利用基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果显示:除盔蓑鲉(Ebosia bleekeri)和安狭蓑鲉(Pteroidichthys amboinensis)只有一个样本无法测定外,其余12种蓑鲉亚科鱼类的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的69.17倍,显示COⅠ基因可作为蓑鲉亚科鱼类的有效DNA条形码基因。进化树上,蓑鲉亚科部分属并未能聚成属间单系,其中蓑鲉属(Pterois)与短鳍蓑鲉属(Dendrochirus)在进化树上形成多个分支。在蓑鲉属中,翱翔蓑鲉(P.volitans)与斑鳍蓑鲉(P.miles)聚为一支,两者关系较近,但COⅠ遗传距离为0.042,大于Hebert推荐的0.020作为最小区分物种的遗传距离,支持两者为两个独立物种的观点;触须蓑鲉(P.antennata)、辐蓑鲉(P.radiate)和黑颊蓑鲉(P.mombasae)聚为一支,独立于翱翔蓑鲉与斑鳍蓑鲉的分支之外,并与短鳍蓑鲉属(Dendrochirus)的花斑短鳍蓑鲉(D.zebra)以及盔蓑鲉属(Ebosia)的种类聚在一起,与近期有关蓑鲉亚科各种属分子聚类研究结果相似;但这3种蓑鲉是否可以从蓑鲉属中独立出来归为Pteropterus属,还需要后续更多的蓑鲉亚科鱼类样品研究验证。 展开更多
关键词 蓑鲉亚科 COⅠ基因 DNA条形码 系统进化
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基于COⅠ基因我国鹦嘴鱼属鱼类分子系统分类关系 被引量：2
2
作者 何浩斌 杨杰銮 +4 位作者 陈玉佩 陈震翰 张凯 梁日深 林蠡 《仲恺农业工程学院学报》 CAS 2021年第4期21-29,共9页
为探讨鹦嘴鱼属(Scarus)鱼类分子系统分类关系,本研究对采集的16种鹦嘴鱼类COⅠ基因部分序列进行PCR扩增和测序,结合GenBank下载的2种绿鹦嘴鱼属COⅠ基因序列共同分析,利用MEGA7.0软件计算遗传距离,采用最大似然法和邻接法构建分子系统... 为探讨鹦嘴鱼属(Scarus)鱼类分子系统分类关系,本研究对采集的16种鹦嘴鱼类COⅠ基因部分序列进行PCR扩增和测序,结合GenBank下载的2种绿鹦嘴鱼属COⅠ基因序列共同分析,利用MEGA7.0软件计算遗传距离,采用最大似然法和邻接法构建分子系统进化树.结果显示18种鹦嘴鱼大致形成3个分支,其中青鲸鹦嘴鱼属(Cetoscarus)单独形成一支,位于进化树基部;鹦嘴鱼属进化地位较高,位于进化树顶部;绿鹦嘴鱼属(Chlorurus)进化地位介于两者之间.驼背绿鹦嘴鱼(Chlorurus gibbus)及污色绿鹦嘴鱼(Chlorurus sordidus)没有与鹦嘴鱼属聚为一支,而是与绿鹦嘴鱼属聚在一起,支持两者归为绿鹦嘴鱼属的分类观点.许氏鹦嘴鱼(Scarus schlegeli)与棕吻鹦嘴鱼(Scarus psittacus)亲缘关系十分接近,但两者COⅠ遗传距离差异为0.085,大于0.020的种间遗传距离差异临界值,两者应该是不同的物种.截尾鹦嘴鱼(Scarus rivulatus)与黑斑鹦嘴鱼(Scarus globiceps)COⅠ遗传距离为0.017,小于0.020的临界值.但两者形态存在较大差异,排除同种异名可能性,有可能两者存在自然杂交或基因渗透. 展开更多
关键词 鹦嘴鱼属 COⅠ基因 系统分类
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眶棘鲈属鱼类DNA条形码及分子系统进化研究
3
作者 陈厚桦 陈震翰 +4 位作者 陈玉佩 叶嘉文 李培源 林蠡 梁日深 《仲恺农业工程学院学报》 CAS 2022年第2期20-25,共6页
为在分子层面分析我国眶棘鲈属(Scolopsis)鱼类系统进化关系,同时探讨COⅠ基因作为DNA条形码在眶棘鲈属鱼类物种鉴定的适用性.本研究对采集的9种眶棘鲈COⅠ基因部分序列进行PCR扩增及测序,结合GenBank下载的5种眶棘鲈COⅠ基因序列共同分... 为在分子层面分析我国眶棘鲈属(Scolopsis)鱼类系统进化关系,同时探讨COⅠ基因作为DNA条形码在眶棘鲈属鱼类物种鉴定的适用性.本研究对采集的9种眶棘鲈COⅠ基因部分序列进行PCR扩增及测序,结合GenBank下载的5种眶棘鲈COⅠ基因序列共同分析.结果表明,14种眶棘鲈的种内平均遗传距离为:0.0025;种间平均遗传距离为0.1794,种间距离是种内的71.76倍.在分子系统进化树上,14种眶棘鲈主要形成3个分支:分支Ⅰ包含4种眶棘鲈,这4种眶棘鲈眶下骨均具大棘,与形态学分类结果一致;分支Ⅱ包含4种眶棘鲈,分支Ⅲ包含6种眶棘鲈,但进化树部分节点的支持率相对较低,表明COⅠ基因在眶棘鲈属鱼类中可作为有效的DNA条形码基因以区分物种,但不一定适合用于分子系统进化分析.另外,部分资料中认为是同种异名的条纹眶棘鲈(Scolopsis taeniopterus)与双斑眶棘鲈(Scolopsis bimaculata)、单带眶棘鲈(Scolopsis monogramma),彼氏眶棘鲈(Scolopsis affinis)与黄带眶棘鲈(Scolopsis aurata),本研究COⅠ遗传距离分别为0.160、0.118和0.122,均远大于Hebert推荐的区分不同物种的最小遗传距离2%,各自应分别为独立物种. 展开更多
关键词 眶棘鲈属 COⅠ基因 系统进化
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