【目的】利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)解析60周龄蛋鸡蛋黄比率遗传结构,旨在挖掘地方鸡种优异基因资源,进而为培育适应市场需求的特色蛋鸡品种奠定基础。【方法】数据采集自江苏省家禽科学研究所蛋鸡资源...【目的】利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)解析60周龄蛋鸡蛋黄比率遗传结构,旨在挖掘地方鸡种优异基因资源,进而为培育适应市场需求的特色蛋鸡品种奠定基础。【方法】数据采集自江苏省家禽科学研究所蛋鸡资源群体。依据F_(2)设计构建试验群体,分别以东乡绿壳蛋鸡、白来航鸡为亲本,经正反交获得F_(1)、F_(2)代。表型数据组包括开产日龄、胫长、体重、蛋重、哈氏单位以及蛋黄比率。收集F_(2)代产蛋鸡血液样本,以600K基因芯片对1534只试验鸡进行基因型分型。对SNPs数据进行质量控制、基因型数据填充。表型数据经去除离群值等清洗步骤后,以单因素方差分析检验影响性状表型值的因素,确定列入固定效应的因子。以系谱数据构建遗传关系矩阵,以多性状动物模型分析资源群体方差组分及遗传参数;作为对比,以系谱数据加基因型分型数据构建杂交遗传关系矩阵,用单性状动物模型计算遗传力,用双性状动物模型计算遗传相关系数。利用BLUPF90软件获得SNP效应值,以postGSf90获得SNP对应的P值以及权重,从而获得蛋黄比率关联的基因组显著水平SNP。针对蛋黄比率性状,计算染色体遗传力和单倍型片段长度。【结果】东乡绿壳蛋鸡蛋黄比率高于白来航鸡蛋黄比率,品种-批次效应对表型值影响显著,将其列入统计模型固定效应。应用杂交遗传关系矩阵分析,蛋黄比率、蛋重遗传力分别为0.348±0.041、0.500±0.038,蛋黄比率与蛋重、哈氏单位遗传相关系数分别为-0.463±0.075、-0.165±0.111;应用系谱遗传关系矩阵分析,蛋黄比率、蛋重遗传力分别为0.387±0.052、0.465±0.052,蛋黄比率与蛋重、哈氏单位遗传相关系数分别为-0.405±0.091、-0.166±0.121。蛋黄比率关联分析的膨胀系数为1.007,表明蛋鸡资源群体未检测到层化结构。鸡22号染色体存在与蛋黄比率显著关联的遗传座位,在显著性SNP之下有8个支持位点超过基因组潜在水平线。显著性以及潜在水平SNP可解释2.18%的表型方差,单倍型片段长度达到71 kb。此外,鸡2号染色体也检测到基因组潜在水平SNP。染色体遗传力分析表明,蛋黄比率受微效多基因控制,染色体遗传力与该染色体容纳的基因数呈正比例。【结论】应用加权一步法GWAS解析了蛋黄比率遗传结构,筛选得到ADAM9基因与60周龄蛋黄比率密切相关;相比于系谱遗传关系矩阵,杂交遗传关系矩阵减少孟德尔抽样误差,获得的遗传参数更准确。展开更多
本研究旨在分析鸡蛋蛋形指数变化规律,并探究影响该性状的候选基因,为其分子标记辅助选择提供参考依据。本实验利用由东乡绿壳蛋鸡和白来航蛋鸡构建的F2代母鸡为素材,测定开产、32、36、40、44、48、52、56、60、66、72周龄鸡蛋蛋形指数...本研究旨在分析鸡蛋蛋形指数变化规律,并探究影响该性状的候选基因,为其分子标记辅助选择提供参考依据。本实验利用由东乡绿壳蛋鸡和白来航蛋鸡构建的F2代母鸡为素材,测定开产、32、36、40、44、48、52、56、60、66、72周龄鸡蛋蛋形指数,分析其变化规律及遗传参数指标;同时提取基因组DNA,利用600 K基因芯片进行全基因组关联分析(Genome-wide Association Study, GWAS)。结果发现,周龄越大蛋形指数变异系数越大;各周龄蛋形指数遗传力在0.19~0.37之间,32~72周龄间蛋形指数的遗传相关在0.8以上,表型相关在0.4以上;在32、44、48周龄鉴定到与蛋形指数显著或潜在关联SNP位点8个,分别位于1、3、4号染色体上;多变量GWAS分析鉴定到在1、2、4号和17号染色体上SNP位点25个与蛋形指数潜在关联,筛选到ZDHHC2、SCG2、COG5和GPR107等候选基因;其中以位于4号染色体ADHHC2基因内含子区域的rs317038353位点对蛋形指数影响最大。综上,蛋形指数为中低遗传力,受微效多基因影响,其中ADHHC2为重要候选基因,研究结果为蛋形指数选择提供新的思路。展开更多
文摘【目的】利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)解析60周龄蛋鸡蛋黄比率遗传结构,旨在挖掘地方鸡种优异基因资源,进而为培育适应市场需求的特色蛋鸡品种奠定基础。【方法】数据采集自江苏省家禽科学研究所蛋鸡资源群体。依据F_(2)设计构建试验群体,分别以东乡绿壳蛋鸡、白来航鸡为亲本,经正反交获得F_(1)、F_(2)代。表型数据组包括开产日龄、胫长、体重、蛋重、哈氏单位以及蛋黄比率。收集F_(2)代产蛋鸡血液样本,以600K基因芯片对1534只试验鸡进行基因型分型。对SNPs数据进行质量控制、基因型数据填充。表型数据经去除离群值等清洗步骤后,以单因素方差分析检验影响性状表型值的因素,确定列入固定效应的因子。以系谱数据构建遗传关系矩阵,以多性状动物模型分析资源群体方差组分及遗传参数;作为对比,以系谱数据加基因型分型数据构建杂交遗传关系矩阵,用单性状动物模型计算遗传力,用双性状动物模型计算遗传相关系数。利用BLUPF90软件获得SNP效应值,以postGSf90获得SNP对应的P值以及权重,从而获得蛋黄比率关联的基因组显著水平SNP。针对蛋黄比率性状,计算染色体遗传力和单倍型片段长度。【结果】东乡绿壳蛋鸡蛋黄比率高于白来航鸡蛋黄比率,品种-批次效应对表型值影响显著,将其列入统计模型固定效应。应用杂交遗传关系矩阵分析,蛋黄比率、蛋重遗传力分别为0.348±0.041、0.500±0.038,蛋黄比率与蛋重、哈氏单位遗传相关系数分别为-0.463±0.075、-0.165±0.111;应用系谱遗传关系矩阵分析,蛋黄比率、蛋重遗传力分别为0.387±0.052、0.465±0.052,蛋黄比率与蛋重、哈氏单位遗传相关系数分别为-0.405±0.091、-0.166±0.121。蛋黄比率关联分析的膨胀系数为1.007,表明蛋鸡资源群体未检测到层化结构。鸡22号染色体存在与蛋黄比率显著关联的遗传座位,在显著性SNP之下有8个支持位点超过基因组潜在水平线。显著性以及潜在水平SNP可解释2.18%的表型方差,单倍型片段长度达到71 kb。此外,鸡2号染色体也检测到基因组潜在水平SNP。染色体遗传力分析表明,蛋黄比率受微效多基因控制,染色体遗传力与该染色体容纳的基因数呈正比例。【结论】应用加权一步法GWAS解析了蛋黄比率遗传结构,筛选得到ADAM9基因与60周龄蛋黄比率密切相关;相比于系谱遗传关系矩阵,杂交遗传关系矩阵减少孟德尔抽样误差,获得的遗传参数更准确。
文摘本研究旨在分析鸡蛋蛋形指数变化规律,并探究影响该性状的候选基因,为其分子标记辅助选择提供参考依据。本实验利用由东乡绿壳蛋鸡和白来航蛋鸡构建的F2代母鸡为素材,测定开产、32、36、40、44、48、52、56、60、66、72周龄鸡蛋蛋形指数,分析其变化规律及遗传参数指标;同时提取基因组DNA,利用600 K基因芯片进行全基因组关联分析(Genome-wide Association Study, GWAS)。结果发现,周龄越大蛋形指数变异系数越大;各周龄蛋形指数遗传力在0.19~0.37之间,32~72周龄间蛋形指数的遗传相关在0.8以上,表型相关在0.4以上;在32、44、48周龄鉴定到与蛋形指数显著或潜在关联SNP位点8个,分别位于1、3、4号染色体上;多变量GWAS分析鉴定到在1、2、4号和17号染色体上SNP位点25个与蛋形指数潜在关联,筛选到ZDHHC2、SCG2、COG5和GPR107等候选基因;其中以位于4号染色体ADHHC2基因内含子区域的rs317038353位点对蛋形指数影响最大。综上,蛋形指数为中低遗传力,受微效多基因影响,其中ADHHC2为重要候选基因,研究结果为蛋形指数选择提供新的思路。
