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宏转录组测序技术在一起仔猪病毒性腹泻疾病诊断中的运用及分析
1
作者 李跃 张长春 +11 位作者 刘光裕 高梦源 符超俊 邢家宝 徐思佳 邝麒元 刘静 高校鹏 王衡 龚浪 张桂红 孙彦阔 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期3579-3589,共11页
为了确定2023年春季广西贺州地区猪场仔猪腹泻病原,采用宏转录组测序技术筛查该地区猪群发病和感染情况,为当地仔猪腹泻疾病的防控提供依据。采集2023年3月广西贺州地区10 km范围内6个相邻并同时暴发腹泻的猪场仔猪的肛拭子和粪便,运用M... 为了确定2023年春季广西贺州地区猪场仔猪腹泻病原,采用宏转录组测序技术筛查该地区猪群发病和感染情况,为当地仔猪腹泻疾病的防控提供依据。采集2023年3月广西贺州地区10 km范围内6个相邻并同时暴发腹泻的猪场仔猪的肛拭子和粪便,运用MGISEQ 200测序平台进行宏转录组测序开展猪病原感染组学研究,系统性地筛查该区域仔猪腹泻的病原谱,使用实时荧光定量RT-PCR对最主要病毒进行确认,定量分析各病原的丰度并选取鉴定到的病毒基因序列进行系统发育分析,Pearson分析解析病原混合感染的相关性。结果显示:通过宏转录组测序技术在这些样品中共检测到17种致病性细菌、12种病毒和3种寄生虫。病毒以猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)代表的腹泻相关病毒为主,包括猪札幌病毒(porcine sapovirus, SaV)、猪嵴病毒(porcine kobuvirus, PKV)、猪星状病毒(porcine astrovirus, PAstV)、猪猴禽猪肠病毒(porcine sapelovirus, PSV)、轮状病毒A(rotavirus, RVA)等;细菌主要包括3种肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、3种乳杆菌科(Lactobacillaceae)、2种芽胞杆菌科(Bacillaceae)等;寄生虫包括两种滴虫和碘阿米巴原虫。来自5个场区的PEDV刺突基因(spike gene,S基因)系统发育分析显示,毒株均属于G2c簇群,毒株之间核苷酸相似性为99.99%,毒株S基因存在重组情况;其中,一发病猪场还检测到P[6]基因型的rotavirus A部分VP4序列,与人源轮状病毒的核苷酸相似性最高。此外,在4个猪场检测到2种以上的仔猪腹泻相关病毒,系统发育分析结果提示,此区域存在腹泻病原多谱系共同流行的情况。病原相关性分析显示,PEDV/PSV(P<0.001)、PEDV/猪环曲病毒(porcine torovirus, PToV)(P<0.001)和PEDV/PAstV(P<0.05)有显著的负相关,而PEDV/PKV(P<0.05)有显著的正相关。以上结果提示,在该地区相邻养殖区域中,仔猪腹泻的病原谱具有多样性,其中,直接致病病原是PEDV,同时,PEDV与样品中其他腹泻相关病毒之间存在关联。本研究较为全面地展示该地区仔猪腹泻病原的感染谱,并鉴定出导致腹泻发生最直接的病原体;同时也能分析小范围养殖区域内腹泻相关病原的相关性,为该区域仔猪腹泻疾病防控提供更加精准的参考和指导。 展开更多
关键词 宏转录组测序技术 仔猪腹泻疾病 病原识别 PEDV 遗传进化分析 相关性分析
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miR-216b-5p靶向ATG5介导自噬逆转食管癌Eca109细胞的顺铂耐药性 被引量：2
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作者 邱善婷 李晓燕 +3 位作者 陈哲聪 高梦源 金舒怡 陈文虎 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期552-559,共8页
目的:探讨miR-216b-5p对食管癌Eca109细胞顺铂(DDP)耐药性的影响及其作用机制。方法:采用qPCR法检测miR-216b-5p在食管癌细胞TE-1、KYSE-150、Eca109和耐药细胞Eca109/DDP中的表达水平。利用脂质体转染技术分别将miR-216b-5p mimic及mim... 目的:探讨miR-216b-5p对食管癌Eca109细胞顺铂(DDP)耐药性的影响及其作用机制。方法:采用qPCR法检测miR-216b-5p在食管癌细胞TE-1、KYSE-150、Eca109和耐药细胞Eca109/DDP中的表达水平。利用脂质体转染技术分别将miR-216b-5p mimic及mimic NC、自噬相关蛋白5(ATG5)过表达质粒转染到Eca109/DDP细胞中,用CCK-8、EdU法和FCM分别检测转染后细胞的增殖和凋亡;mRFP-eGFP-LC3双荧光标记实验检测mRFP-eGFP-LC3慢病毒感染后各组细胞自噬发生情况,WB法检测自噬相关蛋白LC3、Beclin 1和P62表达。用荧光素酶报告基因实验验证miR-216b-5p与ATG5的靶向关系,WB法检测ATG5的表达。建立裸鼠Eca109/DDP细胞移植瘤模型,观察miR-216b-5p过表达对移植瘤生长的影响。结果:miR-216b-5p在TE-1、KYSE-150、Eca109和Eca109/DDP细胞中均呈低表达(均P<0.05)。过表达miR-216b-5p可显著抑制Eca109/DDP细胞的增殖并诱导凋亡(均P<0.05),减少细胞中自噬小体数量(P<0.05),下调LC3Ⅱ/LC3Ⅰ比值和Beclin 1蛋白水平、上调P62蛋白水平(均P<0.05)。双荧光素酶报告基因实验证实miR-216b-5p靶向并负调控ATG5的表达(P<0.05),过表达ATG5可使miR-216b-5p mimic对Eca109/DDP细胞增殖、自噬的抑制作用和凋亡的诱导作用明显减弱(均P<0.05),自噬相关蛋白P62表达降低、LC3Ⅱ/LC3Ⅰ比值和Beclin 1表达升高(均P<0.05)。荷瘤实验结果表明,miR-216b-5p过表达可显著抑制裸鼠移植瘤的生长(P<0.05)。结论:miR-216b-5p过表达可逆转食管癌Eca109/DDP细胞对DDP的耐药性,其机制可能与靶向负调控ATG5表达并影响细胞自噬有关。 展开更多
关键词 食管癌 Eca109/DDP细胞 miR-216b-5p 自噬 增殖 凋亡 顺铂耐药
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lncRNA SNHG11通过吸附miR-193a-5p促进NSCLC细胞A549的恶性生物学行为 被引量：2
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作者 王羽 曹佳丽 +2 位作者 陈哲聪 高梦源 陈文虎 《中国肿瘤生物治疗杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期108-113,共6页
目的:探讨lncRNA SNHG11对非小细胞肺癌(NSCLC)A549细胞增殖、侵袭和迁移的影响及其可能机制。方法:qPCR检测人胚肺细胞HEL-1和NSCLC细胞A549、H1299、HCC827中lncRNA SNHG11和miR-193a-5p的表达水平,向A549细胞中转染SNHG11小干扰RNA(s... 目的:探讨lncRNA SNHG11对非小细胞肺癌(NSCLC)A549细胞增殖、侵袭和迁移的影响及其可能机制。方法:qPCR检测人胚肺细胞HEL-1和NSCLC细胞A549、H1299、HCC827中lncRNA SNHG11和miR-193a-5p的表达水平,向A549细胞中转染SNHG11小干扰RNA(si-SNHG11)、miR-193a模拟物(miR-193a mimic)或miR-193a抑制剂(miR-193a inhibitor)后,CCK-8法检测其对细胞增殖的影响,Transwell小室和细胞划痕实验检测对细胞侵袭和迁移的影响,WB法检测对细胞增殖抗原Ki67、细胞周期蛋白D1(cyclin D1)表达的影响,双荧光素酶报告实验验证lncRNA SNHG11与miR-193a-5p的靶向关系。结果:与人胚肺细胞HEL-1相比,NSCLC细胞A549、H1299、HCC827中lncRNA SNHG11均呈高表达、miR-193a-5p呈低表达(均P<0.05);沉默lncRNA SNHG11可抑制A549细胞的增殖、侵袭和迁移,降低细胞中Ki67和Cyclin D1蛋白的表达水平(均P<0.05);过表达miR-193a-5p可抑制A549细胞增殖和侵袭迁移(均P<0.05)。lncRNA SNHG11可靶向吸附miR-193a-5p,抑制miR-139a-5p可部分逆转沉默lncRNA SNHG11对A549细胞增殖、侵袭和迁移的作用(均P<0.05)。结论:lncRNA SNHG11通过吸附miR-193a-5p促进NSCLC A549细胞的增殖、侵袭和迁移。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 A549细胞 lncRNA SNHG11 miR-193a-5p 增殖 侵袭 迁移
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低碳水化合物饮食对糖尿病影响的研究进展 被引量：4
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作者 傅浩 魏嘉禾 +3 位作者 蔡俊挺 高梦源 朱冰姿 邓腊梅 《糖尿病新世界》 2021年第16期194-198,共5页
糖尿病是一组以慢性高血糖为特征的代谢性疾病。研究饮食疗法对糖尿病控制具有重要意义。低碳水化合物饮食(LCD)作为一种严格限制碳水化合物量消耗的饮食模式,近年来推荐作为糖尿病预防和干预的重要饮食方案,但有研究显示长期LCD会使糖... 糖尿病是一组以慢性高血糖为特征的代谢性疾病。研究饮食疗法对糖尿病控制具有重要意义。低碳水化合物饮食(LCD)作为一种严格限制碳水化合物量消耗的饮食模式,近年来推荐作为糖尿病预防和干预的重要饮食方案,但有研究显示长期LCD会使糖尿病患者安全性和有效性降低。目前关于LCD对糖尿病长短期影响的相关性研究在国内开展和报道较少,导致LCD对糖尿病的影响一直存在争议。该文对近年来国内外有关LCD对糖尿病影响的相关性研究作一综述,为预防糖尿病及制订安全且合理的饮食干预提供科学依据。 展开更多
关键词 低碳水化合物饮食 糖尿病 饮食模式
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