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基于百脉根两代基因组的LjR2R3-MYB家族比较鉴定
1
作者 罗雪 黄友闻 +2 位作者 王一凡 杨仕梅 宋莉 《贵州农业科学》 CAS 2024年第3期109-120,共12页
【目的】探明LjR2R3-MYB转录因子家族的结构和功能,为二代测序与三代测序的差异研究、百脉根转录因子发掘鉴定及LjR2R3-MYBs的调控功能鉴定提供参考。【方法】对二代测序(SGS)与三代测序(TGS)2个版本百脉根全基因组数据的LjR2R3-MYB转... 【目的】探明LjR2R3-MYB转录因子家族的结构和功能,为二代测序与三代测序的差异研究、百脉根转录因子发掘鉴定及LjR2R3-MYBs的调控功能鉴定提供参考。【方法】对二代测序(SGS)与三代测序(TGS)2个版本百脉根全基因组数据的LjR2R3-MYB转录因子进行鉴定分析,研究其成员组成、进化特征、基因结构、蛋白性质、空间结构、染色体定位、顺式作用元件等。【结果】在SGS和TGS版本中,LjR2R3-MYB家族分别有96个和135个成员,TGS的基因序列比SGS多3条保守基序;家族成员均属于14个亚族,TGS获得的独有序列比SGS多39条;SGS中有86条基因含有UTR,TGS中有78条,二者的LjR2R3-MYB成员motif类型存在差异;所有LjR2R3-MYB基因编码蛋白均为亲水性蛋白,不含信号肽,定位于细胞核,二级结构组成基本一致;SGS的0号染色体上分布有25条R2R3-MYB基因,TGS含有6条染色体且无0号染色体;LjR2R3-MYB基因启动子含有逆境胁迫、防御、激素以及生长发育响应等顺式作用元件。【结论】同SGS相比较,从TGS数据中获得的基因信息量更完整丰富,百脉根TGS组装质量高于SGS。 展开更多
关键词 百脉根 LjR2R3-MYB转录因子 基因特征 功能预测 二代测序 三代测序
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杜仲EuNPC 1-Like基因的分子特征分析
2
作者 李民学 王一凡 +1 位作者 黄友闻 宋莉 《山地农业生物学报》 2024年第2期17-26,共10页
甾醇转运蛋白在促进植物生长发育、提高逆境胁迫耐受性、降低血浆低密度脂蛋白以及胆固醇等作用中发挥重要作用。杜仲(Eucommia ulmoides)是一种甾醇含量丰富且具有调节血压等多种功用的名贵中药材,目前对杜仲甾醇转运蛋白NPC1及其编码... 甾醇转运蛋白在促进植物生长发育、提高逆境胁迫耐受性、降低血浆低密度脂蛋白以及胆固醇等作用中发挥重要作用。杜仲(Eucommia ulmoides)是一种甾醇含量丰富且具有调节血压等多种功用的名贵中药材,目前对杜仲甾醇转运蛋白NPC1及其编码基因的分子信息还不清楚。本研究根据人类NPC 1基因信息进行杜仲EuNPC 1-Like基因的发掘和分析鉴定。从杜仲基因组中获得的EuNPC 1-Like基因全长3876 bp,编码蛋白属于不稳定疏水性脂溶蛋白;分别含有20个糖基化位点和136个磷酸化位点,是由13个α螺旋组成的跨膜蛋白,主要分布于溶酶体/液泡和细胞膜,具有NPC1_N胆固醇转运保守结构域,其蛋白三维结构与人类和拟南芥的NPC1相似,含有光、赤霉素、低温、干旱、厌氧、茉莉酸甲酯响应等顺式作用元件,与向日葵、油橄榄、咖啡和樟子松等油脂含量高的植物NPC1蛋白亲缘关系较近。网络药理学分析表明,NPC1蛋白参与植物甾醇代谢调控,杜仲β-谷甾醇靶向人体脂肪与固醇代谢,与动植物中的甾醇代谢相似。本研究结果为揭示EuNPC 1-Like基因功能提供了依据。 展开更多
关键词 杜仲 植物甾醇转运蛋白 EuNPC 1基因 生物信息学
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