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题名茶树CHS基因结构及编码区单核苷酸多态性分析
被引量：13
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作者
张丽群
韦康
王丽鸳
成浩
刘本英
龚武云
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机构
中国农业科学院茶叶研究所/国家茶树改良中心
云南省农业科学院茶叶研究所
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出处
《中国农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第1期133-144,共12页
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基金
国家现代农业产业技术体系建设专项资金(nycytx-23)
浙江省自然科学基金(LY13C160004)
国家自然科学基金(31160175)
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文摘
【目的】通过试验获得茶树CHS基因(CsCHS)gDNA序列,以进一步确定CsCHS基因结构;研究CsCHS编码区单核苷酸多态性,并结合茶树多酚含量进行关联分析,寻找基因中可能存在的与茶多酚含量存在显著或极显著相关关系的SNP位点。【方法】根据NCBI数据库中已有CsCHS序列设计特异性引物,再分别以基因组DNA和cDNA为模板进行PCR扩增,经克隆、测序获得CsCHS1、CsCHS2、CsCHS3三个基因的gDNA和cDNA全长序列,通过序列比对方法确定CsCHS结构。利用Compute pI/Mw、SOPMA等软件对所得序列进行生物信息学分析,预测和比较CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3三者蛋白质结构。以茶多酚含量差异较大的57份茶树品种为材料,分别以57份材料的cDNA为模板,用特异性引物进行PCR扩增,然后利用PCR产物直接测序法筛查CsCHS编码区序列的单核苷酸多态性。结合CsCHS编码区序列单核苷酸多态性和57份材料多酚含量,利用软件TASSEL进行关联分析,筛选基因中可能与茶多酚含量存在显著或极显著相关关系的SNP位点。【结果】试验获得CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3的cDNA序列长度分别为1 277、1 320和1 242 bp,各自均包含一个长度为1 170 bp的开放阅读框;CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3的gDNA序列长度分别为1 600、1 330和1 607 bp。通过gDNA序列和cDAN序列比对,结合真核生物内含子GT-AG法则,确定CsCHS1、CsCHS3分别包含2个外显子和1个内含子,内含子大小分别为323和356 bp,CsCHS2可能没有内含子。根据CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3 cDNA序列推导三者对应氨基酸序列,比较三条氨基酸序列发现三者氨基酸同源性较高,达到92.6%—95.4%,CHS蛋白亚家族中的特征性保守位点在这三条序列中都能找到,生物信息学分析结果显示CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3三者蛋白质结构高度相似。CsCHS1编码区序列中共发现71个SNP位点,SNP出现频率为1SNP/16.48 bp,无Indel,基因核苷酸多样性(π)值为0.01088;CsCHS2编码区序列中共发现55个SNP位点,SNP出现频率分别为1SNP/21.27 bp,CsCHS2核苷酸多样性(π)值(0.00530)明显低于CsCHS1;因扩增CsCHS3 cDNA序列的PCR反应成功率低,未对该基因遗传多样性进行分析。通过关联分析分别从CsCHS1和CsCHS2中找到2个和4个与茶叶多酚含量相关的SNP位点。【结论】CsCHS1和CsCHS3属于保守型CHS基因,且CsCHS1、CsCHS2和CsCHS3蛋白质结构高度相似,推测三者可能在茶树的不同部位或不同生长阶段发挥类似作用;CsCHS1和CsCHS2活跃,二者编码区内可能存在突变热点区。
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关键词
茶
查尔酮合酶基因(CHS)
单核苷酸多态性(SNP)
tea
plant
(Camellia
sinensis(L
))
CHALCONE
synthase
gene
(CHS)
single
nucleotide
polymorphism
(SNP)
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Keywords
tea plant （Camellia sinensis（L.））
chalcone synthase gene （CHS）
single nucleotide polymorphism （SNP）
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分类号
S571.1
[农业科学—茶叶生产加工]
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题名温湿度变化对茶苗芽萌发基因表达的影响
被引量：2
- 2
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作者
韦康
王丽鸳
成浩
龚武云
吴立赟
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机构
中国农业科学院茶叶研究所
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出处
《茶叶科学》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第2期109-115,共7页
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基金
现代农业产业技术体系建设专项资金(No.nycytx-23)
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(2012ZL049)
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文摘
利用数字基因表达谱技术研究了温湿度变化对秋插茶苗芽萌发基因表达的影响。通过保温棚处理日均温度提高约5.15℃,湿度提高5.10%,两者茶苗芽萌发具有明显差异。比较保温棚与对照芽的基因表达共筛选获得949个差异表达基因,其中503个基因受保温棚处理诱导上调表达,446个基因下调表达。对差异表达基因进行GO分类分析,在P值<0.01的情况下,有360个基因与14个GO分类匹配。其中7个GO分类与光合作用相关,P值最小的GO分类为光系统,其11个基因均表现为上调表达,说明高温高湿条件具有促进光合相关基因表达的作用。这些结果将为深入研究理解茶苗的生长机制及相关基因的克隆打下基础。
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关键词
数字表达谱
茶苗
差异表达基因
光合作用
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Keywords
digital gene expression profiling, tea cutting, differentially expressed genes, photosynthesi s
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分类号
S571.1
[农业科学—茶叶生产加工]
Q52
[生物学—生物化学]
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题名春季扦插繁育中茶苗形态建成的调控研究
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作者
王丽鸳
韦康
成浩
龚武云
吴立赟
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机构
中国农业科学院茶叶研究所 国家茶树改良中心
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出处
《中国茶叶》
2012年第8期10-13,共4页
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基金
现代农业产业技术体系建设专项资金资助(No.nycytx-23)
中国农业科学院基本科研业务费(00320011020)
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文摘
日前茶树育苗基本采用秋季短穗扦插技术，育苗周期长，一般为14～18个月，占用土地时间长，成本较高。春插在2-3月份进行，春插优点是苗圃充分利用，春季多雨，管理省工，是比较经济的茶树扦插模式。但是，由于春插茶苗需要70～90天才能发根，苗也不健壮。本研究对容器育苗及生长调节剂对茶苗地上部、地下部形态建成的影响进行了系统研究，探明春插过程中容器育苗及激素对茶苗形态建成中的作用机制。本研究还为今后在大田育苗上利用营养、化学调控等手段来促进扦插后初期的快速生长，缩短育苗时间，奠定基础。
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关键词
形态建成
扦插繁育
化学调控
茶苗
短穗扦插技术
育苗周期
容器育苗
育苗时间
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分类号
S571.1
[农业科学—茶叶生产加工]
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题名风险导向审计中的一些问题及应对措施
被引量：2
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作者
龚武云
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机构
北京汉鼎世纪咨询有限公司
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出处
《财务与会计》
北大核心
2010年第12期62-63,共2页
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文摘
一、如何定位风险的性质
审计人员在撰写风险评估控制文件时，最重要的是定位风险的性质：是属于财务报表层次的风险，还是认定层次的风险？是否是仅凭实质性程序无法应对的特别风险？因为在不考虑内部控制对风险的抵销作用时，不同的风险定位决定了审计人员所要实施的程序及程序的性质、时间和范围。
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关键词
风险导向审计
审计人员
控制文件
风险评估
内部控制
风险定位
性质
程序
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分类号
F239.4
[经济管理—会计学]
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