目的 以网络药理学为主要研究手段,结合分子对接技术,分析烧伤酊治疗烧烫伤的分子机制。方法 利用中药整合药理学研究平台(integrative pharmacology-based research platform of traditional Chinese medicine, TCMIP)及中药系统药理...目的 以网络药理学为主要研究手段,结合分子对接技术,分析烧伤酊治疗烧烫伤的分子机制。方法 利用中药整合药理学研究平台(integrative pharmacology-based research platform of traditional Chinese medicine, TCMIP)及中药系统药理学数据库(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)筛选烧伤酊(榆树皮、黄柏或关黄柏)的相关靶点及其活性成分,采用UniProt数据库标准化靶点,并利用Cytoscape可视化软件构建活性成分-靶点网络,在数据库Gene Cards中检索与烧烫伤有关的基因,利用数据库STRING构建蛋白质的相互作用网络,并同时进行基因本体论(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析,最后采用分子对接技术对接核心的活性成分和靶位置。结果 通过类药性(drug likeness, DL)参数筛选得出烧伤酊组分榆树皮、黄柏和关黄柏中的主要活性化合物118个、核心靶点248个;检索疾病数据库得到烧烫伤疾病相关靶点2 147个;通过可视化数据分析得到38个潜在核心靶点及与其对应的51个中药潜在活性单体成分;结合GO功能与KEGG通路分析,烧伤酊中的活性成分槲皮素、沃戈宁黄酮、黄芩素主要通过调节蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、上皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)、上皮生长因子(epidermal growth factor, EGF)、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor, VEGF)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)等蛋白以及肿瘤坏死因子、癌症中的蛋白多糖和细胞因子之间的受体作用等信号通路来发挥炎症应答、免疫应答、信号转导以及细胞增殖的正调控等作用,从而达到治疗烧烫伤的效果。结论 初步揭示了烧伤酊多层次、多环节治疗烧烫伤的作用机制。展开更多
网络药理学结合体内外实验探究肉苁蓉治疗癌因性疲劳(cancer-related fatigue,CRF)的作用机制,为临床用药提供理论依据。采用中药系统药理学数据库(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,...网络药理学结合体内外实验探究肉苁蓉治疗癌因性疲劳(cancer-related fatigue,CRF)的作用机制,为临床用药提供理论依据。采用中药系统药理学数据库(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)平台检索肉苁蓉中的化学成分和中药靶点,利用GeneCards数据库和NCBI数据库筛选CRF疾病的作用靶点,取中药与疾病的共同靶点,构建蛋白互作(PPI)网络,进行基因本体论(Gene Ontology,GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,构建可视化的中药-疾病靶点相关的信号通路;建立紫杉醇(paclitaxel,PTX)诱导的CRF小鼠模型,分为对照组,PTX组,肉苁蓉提取物250、500 mg·kg^(-1)组,旷场、悬尾实验及力竭游泳时间评价小鼠抗CRF作用,苏木素-伊红(hematoxylin-eosin staining,HE)染色评价小鼠骨骼肌的病理形态;构建用C26共培养诱导的C2C12肌肉细胞癌性恶病质模型,分为对照组、条件培养液模型组及肉苁蓉提取物62.5、125、250μg·mL^(-1)组,流式细胞仪检测各组细胞内活性氧(reactive oxygen species,ROS)含量,透射电镜评价各组细胞内线粒体状态,Western blot法检测各组细胞中低氧诱导因子-1α(hypoxia inducible factor-1α,HIF-1α)、BNIP3L及Beclin-1蛋白的表达水平。结果从肉苁蓉中筛选出6个有效成分,肉苁蓉治疗CRF的核心基因有AKT1、IL-6、VEGFA、CASP3、JUN、EGFR、MYC、EGF、MAPK1、PTGS2、MMP9、IL-1B、FOS以及IL-10等;与肉苁蓉治疗CRF相关的通路有AGE-RAGE、HIF-1等信号通路;通过GO富集分析发现主要涉及的生物功能有脂质过氧化、营养缺乏、化学应激、氧化应激以及氧气含量等生物过程;体内实验结果表明,肉苁蓉提取物可以显著改善小鼠骨骼肌萎缩,缓解CRF;体外实验结果表明,肉苁蓉提取物可以显著降低胞内ROS的含量、线粒体碎裂百分率及Beclin-1蛋白表达水平,增加自噬小体数目、HIF-1α和BNIP3L蛋白表达。肉苁蓉显示出良好的抗CRF作用,其机制可能与HIF-1α信号通路关键靶蛋白相关。展开更多
文摘目的 以网络药理学为主要研究手段,结合分子对接技术,分析烧伤酊治疗烧烫伤的分子机制。方法 利用中药整合药理学研究平台(integrative pharmacology-based research platform of traditional Chinese medicine, TCMIP)及中药系统药理学数据库(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)筛选烧伤酊(榆树皮、黄柏或关黄柏)的相关靶点及其活性成分,采用UniProt数据库标准化靶点,并利用Cytoscape可视化软件构建活性成分-靶点网络,在数据库Gene Cards中检索与烧烫伤有关的基因,利用数据库STRING构建蛋白质的相互作用网络,并同时进行基因本体论(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析,最后采用分子对接技术对接核心的活性成分和靶位置。结果 通过类药性(drug likeness, DL)参数筛选得出烧伤酊组分榆树皮、黄柏和关黄柏中的主要活性化合物118个、核心靶点248个;检索疾病数据库得到烧烫伤疾病相关靶点2 147个;通过可视化数据分析得到38个潜在核心靶点及与其对应的51个中药潜在活性单体成分;结合GO功能与KEGG通路分析,烧伤酊中的活性成分槲皮素、沃戈宁黄酮、黄芩素主要通过调节蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、上皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)、上皮生长因子(epidermal growth factor, EGF)、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor, VEGF)、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)等蛋白以及肿瘤坏死因子、癌症中的蛋白多糖和细胞因子之间的受体作用等信号通路来发挥炎症应答、免疫应答、信号转导以及细胞增殖的正调控等作用,从而达到治疗烧烫伤的效果。结论 初步揭示了烧伤酊多层次、多环节治疗烧烫伤的作用机制。
文摘网络药理学结合体内外实验探究肉苁蓉治疗癌因性疲劳(cancer-related fatigue,CRF)的作用机制,为临床用药提供理论依据。采用中药系统药理学数据库(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)平台检索肉苁蓉中的化学成分和中药靶点,利用GeneCards数据库和NCBI数据库筛选CRF疾病的作用靶点,取中药与疾病的共同靶点,构建蛋白互作(PPI)网络,进行基因本体论(Gene Ontology,GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,构建可视化的中药-疾病靶点相关的信号通路;建立紫杉醇(paclitaxel,PTX)诱导的CRF小鼠模型,分为对照组,PTX组,肉苁蓉提取物250、500 mg·kg^(-1)组,旷场、悬尾实验及力竭游泳时间评价小鼠抗CRF作用,苏木素-伊红(hematoxylin-eosin staining,HE)染色评价小鼠骨骼肌的病理形态;构建用C26共培养诱导的C2C12肌肉细胞癌性恶病质模型,分为对照组、条件培养液模型组及肉苁蓉提取物62.5、125、250μg·mL^(-1)组,流式细胞仪检测各组细胞内活性氧(reactive oxygen species,ROS)含量,透射电镜评价各组细胞内线粒体状态,Western blot法检测各组细胞中低氧诱导因子-1α(hypoxia inducible factor-1α,HIF-1α)、BNIP3L及Beclin-1蛋白的表达水平。结果从肉苁蓉中筛选出6个有效成分,肉苁蓉治疗CRF的核心基因有AKT1、IL-6、VEGFA、CASP3、JUN、EGFR、MYC、EGF、MAPK1、PTGS2、MMP9、IL-1B、FOS以及IL-10等;与肉苁蓉治疗CRF相关的通路有AGE-RAGE、HIF-1等信号通路;通过GO富集分析发现主要涉及的生物功能有脂质过氧化、营养缺乏、化学应激、氧化应激以及氧气含量等生物过程;体内实验结果表明,肉苁蓉提取物可以显著改善小鼠骨骼肌萎缩,缓解CRF;体外实验结果表明,肉苁蓉提取物可以显著降低胞内ROS的含量、线粒体碎裂百分率及Beclin-1蛋白表达水平,增加自噬小体数目、HIF-1α和BNIP3L蛋白表达。肉苁蓉显示出良好的抗CRF作用,其机制可能与HIF-1α信号通路关键靶蛋白相关。
