为探究新疆和田地区于田县牛源环形泰勒虫种群的基因型分布及遗传多样性,试验首先从该县10个乡镇(阿羌乡、喀尔克尔乡、科克亚乡、木尕拉镇、斯也克乡、先拜巴扎镇、英巴格乡、加依乡、奥依托格拉克乡、阿日希乡)采集疑似环形泰勒虫病...为探究新疆和田地区于田县牛源环形泰勒虫种群的基因型分布及遗传多样性,试验首先从该县10个乡镇(阿羌乡、喀尔克尔乡、科克亚乡、木尕拉镇、斯也克乡、先拜巴扎镇、英巴格乡、加依乡、奥依托格拉克乡、阿日希乡)采集疑似环形泰勒虫病患牛血液样本共443份,提取基因组DNA后对牛源环形泰勒虫Tams1基因进行PCR检测,统计10个乡镇牛源环形泰勒虫的阳性样本数及阳性率;然后在发现阳性样本的乡镇中,每个乡镇随机选取2个阳性样本进行测序,将测序结果进行同源性分析并与参考序列共同构建NJ系统发育树,分析基因型;最后对于田县环形泰勒虫种群进行遗传多样性分析。结果表明:在443份牛血液样本中,有93份样本环形泰勒虫检测结果为阳性,阳性率为20.99%;10个乡镇中有9个乡镇牛源环形泰勒虫检测结果为阳性,阳性率在10.45%~45.45%之间,其中阿羌乡阳性率最高,加依乡未检出。18株环形泰勒虫Tams1基因序列的核苷酸相似性为76.0%~100%,同乡镇的2个阳性样本之间的核苷酸相似性为91.0%~100%;这18株牛源环形泰勒虫在NJ系统发育树中未全部聚为一支,一些虫株甚至与其他国内外参考毒株表现出了更近的亲缘关系,但均为G1基因型。于田县G1基因型环形泰勒虫种群多态性位点数为119个,核苷酸多样性为0.053,平均核苷酸差异数为28.95个,单倍型数为12个,单倍型多样性为0.895,Tajima’s D值和Fu and Li’s F值均小于0。说明于田县G1基因型环形泰勒虫种群具有较高的遗传多样性且正在发生扩张。展开更多
文摘为探究新疆和田地区于田县牛源环形泰勒虫种群的基因型分布及遗传多样性,试验首先从该县10个乡镇(阿羌乡、喀尔克尔乡、科克亚乡、木尕拉镇、斯也克乡、先拜巴扎镇、英巴格乡、加依乡、奥依托格拉克乡、阿日希乡)采集疑似环形泰勒虫病患牛血液样本共443份,提取基因组DNA后对牛源环形泰勒虫Tams1基因进行PCR检测,统计10个乡镇牛源环形泰勒虫的阳性样本数及阳性率;然后在发现阳性样本的乡镇中,每个乡镇随机选取2个阳性样本进行测序,将测序结果进行同源性分析并与参考序列共同构建NJ系统发育树,分析基因型;最后对于田县环形泰勒虫种群进行遗传多样性分析。结果表明:在443份牛血液样本中,有93份样本环形泰勒虫检测结果为阳性,阳性率为20.99%;10个乡镇中有9个乡镇牛源环形泰勒虫检测结果为阳性,阳性率在10.45%~45.45%之间,其中阿羌乡阳性率最高,加依乡未检出。18株环形泰勒虫Tams1基因序列的核苷酸相似性为76.0%~100%,同乡镇的2个阳性样本之间的核苷酸相似性为91.0%~100%;这18株牛源环形泰勒虫在NJ系统发育树中未全部聚为一支,一些虫株甚至与其他国内外参考毒株表现出了更近的亲缘关系,但均为G1基因型。于田县G1基因型环形泰勒虫种群多态性位点数为119个,核苷酸多样性为0.053,平均核苷酸差异数为28.95个,单倍型数为12个,单倍型多样性为0.895,Tajima’s D值和Fu and Li’s F值均小于0。说明于田县G1基因型环形泰勒虫种群具有较高的遗传多样性且正在发生扩张。
