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基于转录组测序的巴马香猪和杜洛克猪骨骼肌差异lncRNA分析
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作者 胡梦灵 范新浩 +5 位作者 姚一龙 闫超 谢炳坤 兰干球 梁晶 唐中林 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期650-659,共10页
【目的】通过对巴马香猪和杜洛克猪背最长肌组织进行转录组测序鉴定差异表达lncRNA,筛选与骨骼肌发育形成相关的候选基因,为明确lncRNA对骨骼肌生长发育的调控机制提供理论基础。【方法】采集12月龄的巴马香猪和杜洛克猪背最长肌组织进... 【目的】通过对巴马香猪和杜洛克猪背最长肌组织进行转录组测序鉴定差异表达lncRNA,筛选与骨骼肌发育形成相关的候选基因,为明确lncRNA对骨骼肌生长发育的调控机制提供理论基础。【方法】采集12月龄的巴马香猪和杜洛克猪背最长肌组织进行转录组测序,以错误发现率(FDR)<0.05且|log2Fold Change|>1为标准筛选差异表达基因(DEGs)和差异表达lncRNA,并进行实时荧光定量PCR验证,预测差异表达lncRNA靶基因并进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析,选取表达差异最大的lncRNA构建其与靶基因互作网络。【结果】在巴马香猪和杜洛克猪背肌间共鉴定出6316个DEGs和675个差异表达lncRNA;GO功能注释分析结果表明,差异表达lncRNA靶基因主要涉及代谢过程、肌肉组织发育及骨骼肌细胞增殖和分化等生物过程;KEGG信号通路富集分析结果表明,差异表达lncRNA靶基因在Hippo和Wnt信号通路显著富集(P<0.05),说明差异表达lncRNA与骨骼肌细胞的增殖、自噬和分化相关;对表达差异最大的lncRNA-MSTRG.16703进行实时荧光定量PCR验证,发现其在巴马香猪中的相对表达量极显著高于杜洛克猪(P<0.01),与转录组测序结果一致。lncRNA-MSTRG.16703与靶基因互作网络分析结果表明,上调靶基因包括QKI、MBNL1和YBX2,QKI和MBNL1在均与可变剪接相关。【结论】在巴马香猪和杜洛克猪间发现的差异表达lncRNA是调控骨骼肌发育的候选基因,其靶基因主要富集在Hippo和Wnt等骨骼肌发育相关信号通路。lncRNA-MSTRG.16703的表达差异最大且在巴马香猪中上调,其靶基因在骨骼肌细胞增殖分化和肌纤维形成中有重要调控作用。 展开更多
关键词 巴马香猪 杜洛克猪 背最长肌 转录组测序 lncRNA
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陆川猪MYL9基因克隆及其表达差异分析 被引量:6
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作者 焦迪 谢婉 +6 位作者 潘鹏丞 陈宝剑 关志惠 杨秀荣 兰干球 郭亚芬 谢炳坤 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期454-460,共7页
【目的】克隆陆川猪肌球蛋白调节轻链9基因(MYL9),并进行生物信息学分析及检测其在不同猪种中的表达差异,为明确陆川猪骨骼肌生长规律及研究MYL9的生理功能打下基础。【方法】根据NCBI上的家猪MYL9基因序列设计特异性引物,采用RT-PCR克... 【目的】克隆陆川猪肌球蛋白调节轻链9基因(MYL9),并进行生物信息学分析及检测其在不同猪种中的表达差异,为明确陆川猪骨骼肌生长规律及研究MYL9的生理功能打下基础。【方法】根据NCBI上的家猪MYL9基因序列设计特异性引物,采用RT-PCR克隆陆川猪MYL9基因,利用在线软件对其进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测陆川猪和杜洛克猪背最长肌中MYL9基因的表达情况。【结果】陆川猪MYL9基因编码区(CDS)序列长519bp,共编码172个氨基酸;与NCBI上已公布的家猪MYL9基因(NM_001244472.1)CDS序列比对,陆川猪MYL9基因存在2处碱基突变,分别是195 bp处C→A和498 bp处T→C,均为同义突变;陆川猪MYL9基因推导氨基酸序列与家猪MYL9基因推导氨基酸序列的同源性最高,为99.6%,与鸡的同源性最低,为88.4%。陆川猪MYL9蛋白存在3个N糖基化位点和15个磷酸化位点,不存在跨膜结构域和信号肽,符合一般EFh-PEF超家族的结构特征。陆川猪MYL9蛋白二级结构中α-螺旋占54.65%,无规则卷曲占35.47%,β-转角占8.14%,延伸链占1.74%。MYL9基因在杜洛克猪背最长肌中的相对表达量极显著高于陆川猪背最长肌(P<0.01)。【结论】MYL9基因序列在不同物种中具有较高的保守性,其在10周龄陆川猪背最长肌中的相对表达量极显著低于杜洛克猪,与其在不同猪种背最长肌中的磷酸化程度有关,也说明MYL9基因对猪肌肉生长速度有一定影响。 展开更多
关键词 陆川猪 肌球蛋白轻链9基因(MYL9) 克隆 生物信息学分析 肌肉 磷酸化
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广西巴马小型猪miR-148b慢病毒制备及靶基因通路预测分析 被引量:6
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作者 张名媛 郭晓萍 +4 位作者 孙晴超 司景磊 兰干球 郭亚芬 蒋钦杨 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1596-1604,共9页
【目的】构建广西巴马小型猪miR-148b慢病毒表达载体并对其靶基因进行预测及相关通路分析,为揭示miR-148b的作用机制打下基础。【方法】以广西巴马小型猪血液基因组DNA为模板,扩增miR-148b的前体及部分侧翼序列,使用T4连接酶将目的片段... 【目的】构建广西巴马小型猪miR-148b慢病毒表达载体并对其靶基因进行预测及相关通路分析,为揭示miR-148b的作用机制打下基础。【方法】以广西巴马小型猪血液基因组DNA为模板,扩增miR-148b的前体及部分侧翼序列,使用T4连接酶将目的片段连接至pLV-CMV-MCS-EF1载体上,构建获得pLV-miR-148b慢病毒表达载体;以pLVmiR-148b慢病毒表达载体转染293T细胞48 h后进行表达验证;利用miRDB、miRWalk 2.0和TargetScan 7.2三大数据库预测分析广西巴马小型猪miR-148b的靶基因,并以MirPath v.3分析miR-148b靶基因相关通路。【结果】广西巴马小型猪miR-148b片段大小为385 bp,与miRBase 21.0网站上已发布猪miR-148b成熟序列(前体和侧翼序列)的同源性达100%。构建获得的pLV-miR-148b慢病毒表达载体能在293T细胞中成功表达,且相对表达量极显著高于pLV-GFP慢病毒空载质粒转染组(P<0.01)。数据库预测分析得到18个广西巴马小型猪miR-148b的靶基因,分别为CLOCK(时间昼夜调控因子)、MIER1(转录调控因子)、MECP2(甲基化CpG结合蛋白)、ZNF704(锌指蛋白)、SPTY2D1(SPT2染色质蛋白)、QKI(RNA结合蛋白)、ZBTB20(锌指蛋白)、MGAT4A(钠/磷酸转运蛋白)、UHMK1(编码蛋白激酶)、PIK3C2A(磷酸肌醇-3-激酶2α肽)、C6orf62(6号染色体开放阅读框62抗体)、HECW2(E3泛素蛋白连接酶)、MAP1B(微管相关蛋白)、NHS(NHS肌动蛋白调节因子)、B4GALT6(β-1,4-半乳糖基转移酶)、ATP2A2(肌浆ATP酶/内质网Ca2+转运酶)、AP4E1(蛋白复合物接头分子)和BBX(锌指蛋白);且发现有11条靶基因相关通路,其中与疾病相关的通路有脂肪酸合成通路、细胞外基质受体相互作用通路、癌症的蛋白聚糖通路、神经胶质瘤通路、癌症的小分子核糖核酸通路、肾细胞癌通路、N-聚糖生物合成通路和致心律失常性右室心肌病通路。【结论】广西巴马小型猪miR-148b慢病毒表达载体能在293T细胞中成功表达,miR-148b存在18个靶基因和11条相关通路,且主要在脂肪酸合成、N-聚糖生物合成及致心律失常性右室心肌病等相关疾病通路上发挥作用。 展开更多
关键词 广西巴马小型猪 miR-148b 慢病毒载体 靶基因 相关通路预测
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广西巴马小型猪ApoA1基因克隆及其生物信息学分析 被引量:4
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作者 张名媛 韦东力 +6 位作者 司景磊 郭晓萍 崔悦悦 瞿秋红 綦文晶 兰干球 郭亚芬 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1339-1346,共8页
【目的】克隆广西巴马小型猪载脂蛋白A1(ApoA1)基因并进行生物信息学分析,为后续开展ApoA1基因研究提供基础数据,同时为制作广西巴马小型猪动脉粥样硬化疾病模型打下基础。【方法】以提取的广西巴马小型猪肝脏组织总RNA为模板,运用RT-PC... 【目的】克隆广西巴马小型猪载脂蛋白A1(ApoA1)基因并进行生物信息学分析,为后续开展ApoA1基因研究提供基础数据,同时为制作广西巴马小型猪动脉粥样硬化疾病模型打下基础。【方法】以提取的广西巴马小型猪肝脏组织总RNA为模板,运用RT-PCR克隆广西巴马小型猪ApoA1基因序列,以实时荧光定量PCR(qPCR)检测ApoA1基因在广西巴马小型猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏组织中的表达情况,并利用MegAlign、ProtParam、SOPMA、Net-Phos、SignalP和SWISS-MODEL等在线分析软件对广西巴马小型猪ApoA1基因进行生物信息学分析及构建系统发育进化树。【结果】广西巴马小型猪ApoA1基因编码区(CDS)序列长795bp,与普通猪ApoA1基因序列的同源性为99.9%,仅第630处有1个碱基发生同义突变。ApoA1基因在广西巴马小型猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏组织中均有表达,且以肝脏中的相对表达量最高、脾脏中的相对表达量最低。广西巴马小型猪ApoA1由264个氨基酸残基构成,其分子式为C1343H2136N376O409S5,蛋白分子量为30254.31Da,理论等电点(pI)为5.47,属于亲水性蛋白,存在跨膜结构,不存在信号肽,有18处磷酸化位点(丝氨酸磷酸化位点有10处,苏氨酸磷酸化位点有6处,络氨酸磷酸化位点有2处)。广西巴马小型猪ApoA1的二级结构中,α-螺旋占79.92%,β-折叠占2.65%,无规则卷曲占11.12%,延伸链占6.31%,属于全α类蛋白。广西巴马小型猪ApoA1氨基酸序列与普通猪的同源性最高,达99.6%;由基于ApoA1氨基酸序列同源性构建的系统发育进化树也可看出,广西巴马小型猪与普通猪的亲缘关系最近。【结论】广西巴马小型猪ApoA1基因保守性强,以在肝脏中的表达量最高,是广西巴马小型猪抗动脉粥样硬化的重要因子,通过敲除该基因可制作广西巴马小型猪动脉粥样硬化疾病模型。 展开更多
关键词 广西巴马小型猪 ApoA1基因 克隆 生物信息学分析 动物模型
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广西巴马小型猪全身CT影像学观察 被引量:4
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作者 江雨航 申玉建 +7 位作者 张其伟 高小童 张琼文 崔悦悦 夏琴 兰干球 郭亚芬 蒋钦杨 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期677-685,共9页
【目的】获取正常形态下广西巴马小型猪心血管系统、运动系统、呼吸系统、中枢神经系统和泌尿系统的电子计算机断层扫描(CT)影像图谱及各组织器官的测量数据,为广西巴马小型猪影像数据库建立及其后续研究提供参考依据。【方法】选取10... 【目的】获取正常形态下广西巴马小型猪心血管系统、运动系统、呼吸系统、中枢神经系统和泌尿系统的电子计算机断层扫描(CT)影像图谱及各组织器官的测量数据,为广西巴马小型猪影像数据库建立及其后续研究提供参考依据。【方法】选取10头健康合格的12月龄广西巴马小型猪,公母各半,全身麻醉后置于CT诊断台上,采用头前尾后俯卧姿势,腹部正中矢状面垂直于扫描床平面并与床面长轴的中线重合,从头顶至足部连续进行扫描,并采用多平面重建(MPR)、最大密度投影(MIP)和容积再现技术(VR)等观察分析广西巴马小型猪各系统的解剖关系。【结果】将广西巴马小型猪原始容积数据进行图像重组,即可获得心血管、运动、呼吸、中枢神经和泌尿系统等五大系统的三维重建图像,同时测量获得各系统主要组织器官的相关数据,且发现公猪和母猪间差异不显著(P>0.05);但在获得的广西巴马小型猪CT影像图谱中肌肉、细小血管及神经等显示并不清晰,无法测量,致使各系统中的组织器官测量数据并不完全。【结论】通过CT技术对正常形态下的广西巴马小型猪进行全身影像观察及各组织器官数据测量,可实现不用屠宰解剖(活体)即能观察其内部结构,使广西巴马小型猪解剖学及疾病模型应用更直观。 展开更多
关键词 广西巴马小型猪 CT影像 系统器官 测量数据
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Correlation between the Polymorphism of PPARγ-2 gene and the Susceptibility of Type 2 Diabetes Mellitus in Guangxi Bama Mini-pigs 被引量:1
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作者 LIANG Jia-chong GUO Ya-fen +2 位作者 CHEN Jiang-wei YANG Liu lan gan-qiu 《Animal Husbandry and Feed Science》 CAS 2012年第6期254-257,共4页
[ Objective] The research aimed to discuss the relationship between the polymorphism of PPARy.2 gene and the susceptibility of type 2 diabetes mellitus (T2DM) in Guangxi Bama mini-pigs. [ Method] 24 Guangxi Bama min... [ Objective] The research aimed to discuss the relationship between the polymorphism of PPARy.2 gene and the susceptibility of type 2 diabetes mellitus (T2DM) in Guangxi Bama mini-pigs. [ Method] 24 Guangxi Bama mini-pigs were fed with high-fat and high-sucrose diet, and partial sequences of exon 2 of PPARy-2 gene were amplified by using PCR method. In addition, the contents of fasting blood glucose and insulin (INS) in Guangxi Bama mini-pigs were determined, and the glucose tolerance test (GTT) was also carried out. [ Result] There was one SNP site (19813A/G) Jn partial sequence of exon 2 of the cloned PPAFly-2 gene, and AA (7 pigs) and AG (17 pigs) genotype were detected. The contents of fasting insulin and 60-min blood glucose in GTT in AG-genotype Guangxi Bama mini-pigs were significantly higher than those of AA genotype ( P 〈0.05), while the incidence of T2DM in AG-genotype Guangxi Bama mini-pigs (71.4%) was obviously higher than that of AA gen- otype (5.9%). [ Conclusion] The polymorphism of 19813A/G in exon 2 of PPARy-2 gene was related with the susceptibility of T2DM in Guangxi Bama mini-pigs. 展开更多
关键词 Guangxi Bama mini-pig PPARy-2 gene Type 2 diabetes mellitus (T2DM)
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