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东亚孑遗植物柳杉属的遗传分化及其种群进化历史 被引量:1
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作者 李鑫玉 王敏求 +5 位作者 袁美灵 saneyoshi ueno 武星彤 蔡梦颖 Yoshihiko Tsumura 文亚峰 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2022年第6期66-78,共13页
【目的】研究解析东亚地区柳杉属树种的遗传变异格局与种群分化,模拟其种群历史动态,为东亚植物区系演化研究和柳杉遗传资源保护提供科学依据。【方法】基于14个核基因组微卫星标记(nSSR),检测来自中国和日本共18个天然(或古树)种群的... 【目的】研究解析东亚地区柳杉属树种的遗传变异格局与种群分化,模拟其种群历史动态,为东亚植物区系演化研究和柳杉遗传资源保护提供科学依据。【方法】基于14个核基因组微卫星标记(nSSR),检测来自中国和日本共18个天然(或古树)种群的遗传变异,分析其遗传分化水平和模式,利用DIY ABC模拟其种群进化历史。【结果】柳杉属表现中等程度的遗传多样性(H_(o)=0.472,H_(e)=0.488),种群间具有较高的遗传分化(F_(ST)=0.136)。分子方差分析(AMOVA)结果显示,遗传变异主要来自种群内的个体间,种群内遗传变异占总变异的86.37%(P<0.001)。与地理来源一致,STRUCTURE与DAPC分析将柳杉属树种分为柳杉和日本柳杉2个地理种群,以及中国东南部、中国庐山、日本海沿岸和太平洋沿岸4个谱系。柳杉的遗传多样性(N_(a)=4.571,H_(o)=0.442)低于日本柳杉(N_(a)=4.634,H_(o)=0.510),但种群间存在较高的遗传分化。DIY ABC模拟结果显示,柳杉与日本柳杉的种群和谱系分化发生在11万~34万年前。【结论】受第四纪第三次冰期(庐山亚冰期)影响,柳杉属树种的种群数量迅速减少,退缩至中国东南部和日本西南部避难所,最终分化成柳杉和日本柳杉,分化后的种群有各自独立的进化路线。第四纪气候变化、地理隔离和全新世以来的人为干扰是柳杉属遗传变异格局形成的主要原因。与日本柳杉相比,柳杉资源丰富,但其遗传多样性较低,天然林种群受到严重破坏,亟待有效的科学保护。 展开更多
关键词 柳杉属 遗传分化 遗传结构 种群历史动态 微卫星标记
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Impact of Natural Selection on Lignin and Cellulose Candidate Genes in a Natural Population of <i>Eucalyptus urophylla</i>
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作者 Létizia Camus-Kulandaivelu Bénédicte Favreau +2 位作者 saneyoshi ueno Jonathan Przybyla Jean-Marc Bouvet 《Open Journal of Ecology》 2014年第17期1128-1150,共23页
Wood plays a major role in land ecosystems and in human activity. Better understanding the genetic basis and evolutionary implication of wood variability are thus key issues with both ecological and economical implica... Wood plays a major role in land ecosystems and in human activity. Better understanding the genetic basis and evolutionary implication of wood variability are thus key issues with both ecological and economical implications. The present paper addresses the question of the extending and the nature of natural selection on wood related genes in Eucalyptus urophylla, a tropical tree species with key economical importance. We conducted a genetic study on an E. urophylla population from Timor Island using a set of 17 SSR characterized on a main sample of 43 individuals and six candidate genes sequenced on a subset of 18 individuals. The candidate genes include three cellulose synthase genes (EuCesA1, EuCesA2 and EuCesA3), and three genes involved in lignin synthesis (EuCAD2, EuC4H1 and EuC4H2). Based on SSR data, the investigated population appeared to have no structure and have undergone past population expansion. Accounting for this demographic history, we were able to draw neutral expectation for polymorphism distribution on candidate genes and to determine their potential selective status. We hence identified two gene portions exhibiting unexpected polymorphism pattern, consistent with natural selection imprint. 展开更多
关键词 EUCALYPTUS urophylla Adaptation DEMOGRAPHY Approximate Bayesian Computation CANDIDATE Genes
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微卫星标记中的无效等位基因 被引量:44
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作者 文亚峰 Kentaro Uchiyama +4 位作者 韩文军 saneyoshi ueno 谢伟东 徐刚标 Yoshihiko Tsumura 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期117-126,共10页
微卫星标记以其独有的优点广泛应用于遗传学研究,但无效等位基因(nullalleles)的存在与潜在影响是其最大缺陷之一,在研究工作中并未得到足够重视。本文在综述国内外相关文献的基础上,明确了微卫星无效等位基因的概念与特点,对其可能的... 微卫星标记以其独有的优点广泛应用于遗传学研究,但无效等位基因(nullalleles)的存在与潜在影响是其最大缺陷之一,在研究工作中并未得到足够重视。本文在综述国内外相关文献的基础上,明确了微卫星无效等位基因的概念与特点,对其可能的产生原因、频率估算方法、相关分析软件及其对群体遗传学、亲本分析等研究结果的影响进行述评,以期对无效等位基因有较为全面、深入的了解。微卫星无效等位基因的产生与SSR侧翼序列的变异(点突变、插入或缺失)及引物结合位点有关,其与同工酶标记中的无效等位基因有本质区别,并非基因本身的自然属性。虽然微卫星无效等位基因具有普遍性、复杂性和隐匿性等特点,但完全可以通过Hardy-Weinberg平衡检验、亲子代基因型分析和重新设计引物等方法认识、检测并估算其频率。无效等位基因会对遗传学相关研究结果造成显著影响,如降低群体遗传多样性,加大群体间遗传分化;降低亲本分析排除率,甚至可能造成亲本分析结果的错误与混乱。今后研究工作中,我们应对无效等位基因予以足够重视并谨慎对待,从标记位点选择、无效等位基因数据调整及重新设计引物分析等多个方面尽可能减少和避免其影响,以获得最真实的分析结果。 展开更多
关键词 无效等位基因 微卫星标记 等位基因频率 Hardy-Weinberg平衡
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