【目的】监测当前湖南省猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)流行毒株及其衣壳蛋白(capsid protein,Cap)变异情况,并预测Cap蛋白细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位,为新型PCV2疫苗研制和病毒净化提供参考...【目的】监测当前湖南省猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)流行毒株及其衣壳蛋白(capsid protein,Cap)变异情况,并预测Cap蛋白细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位,为新型PCV2疫苗研制和病毒净化提供参考依据。【方法】本研究对2019-2021年于湖南省6个地区收集的17份PCV2阳性组织样品进行PCV2全基因组序列扩增及测序分析,绘制系统进化树,利用生物信息学方法分析Cap蛋白氨基酸变异情况,并预测CTL表位。【结果】系统进化树显示,获得的17株PCV2全基因组序列中,1株PCV2a、7株PCV2b和9株PCV2d。Cap蛋白氨基酸序列比对分析发现,共有16个氨基酸残基突变位点位于病毒Cap蛋白表面,且有11个突变位点参与构象型表位的形成。此外,共预测出9个PCV2 Cap蛋白潜在的CTL表位,其中4个表位(16-24、28-36、136-144和179-187位氨基酸)在GenBank的1610株PCV2不同基因型毒株中高度保守。通过TCR-pMHC复合物3D结构对4个保守性表位进一步分析,结果显示,这4个肽段均能与MHCⅠ分子和TCR形成稳定的TCR-pMHC复合物。【结论】本研究结果表明,PCV2b和PCV2d为当前湖南省主要流行的基因型,且表现出高度变异;预测的CTL表位可作为候选抗原表位。展开更多
猪圆环病毒2型(Porcine circovirus Type 2,PCV2)被认为是猪圆环病毒相关疾病(PCVAD)的主要病原体,分为多个基因型和亚型,具有很高的突变率,给猪场的疫病防控带来了巨大的挑战。虽然PCV2不同基因型间存在一定的交叉免疫保护作用,但是,...猪圆环病毒2型(Porcine circovirus Type 2,PCV2)被认为是猪圆环病毒相关疾病(PCVAD)的主要病原体,分为多个基因型和亚型,具有很高的突变率,给猪场的疫病防控带来了巨大的挑战。虽然PCV2不同基因型间存在一定的交叉免疫保护作用,但是,在国内外多个接种了PCV2疫苗的猪群中,报道分离得到了突变型PCV2d毒株(又称PCV2b-1C,PCV2 mutant或m PCV2b)。为更好地防控PCV2d毒株的流行,文中就PCV2d的分子生物学特征和流行病学情况分别进行了综述。展开更多
为了能够同时检测猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)和猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV-3),试验根据国内报道的PCV-2和PCV-3毒株全基因序列设计6对特异性引物(P3~P8),并构建标准质粒进行引物特异性试验,然...为了能够同时检测猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV-2)和猪圆环病毒3型(Porcine circovirus type 3,PCV-3),试验根据国内报道的PCV-2和PCV-3毒株全基因序列设计6对特异性引物(P3~P8),并构建标准质粒进行引物特异性试验,然后通过优化扩增条件建立检测PCV-2和PCV-3混合感染的双重PCR方法。最后用PCV-2和PCV-3的感染性克隆同时转染PK-15细胞,盲传5代后用建立的双重PCR方法检测细胞培养液中的病毒核酸。结果表明:构建的PCV-2和PCV-3标准质粒浓度分别为290 ng/μL和380 ng/μL,双重PCR方法的最佳引物组合为P3/P6和P4/P8,最佳DNA聚合酶浓度为0.02 U/μL。使用引物组合P3/P6时,扩增得到的目的片段大小分别为308 bp和608 bp,最佳退火温度为58℃,最佳循环次数为28个;使用引物组合P4/P8时,扩增得到的目的片段大小分别为291 bp和645 bp,最佳退火温度为60℃,最佳循环次数为26个。运用建立好的双重PCR方法评估感染细胞模型,能有效鉴别PCV-2和PCV-3的单一感染和混合感染。说明优化得到的双重PCR检测方法可用于PCV-2和PCV-3的同时检测。展开更多
文摘【目的】监测当前湖南省猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)流行毒株及其衣壳蛋白(capsid protein,Cap)变异情况,并预测Cap蛋白细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位,为新型PCV2疫苗研制和病毒净化提供参考依据。【方法】本研究对2019-2021年于湖南省6个地区收集的17份PCV2阳性组织样品进行PCV2全基因组序列扩增及测序分析,绘制系统进化树,利用生物信息学方法分析Cap蛋白氨基酸变异情况,并预测CTL表位。【结果】系统进化树显示,获得的17株PCV2全基因组序列中,1株PCV2a、7株PCV2b和9株PCV2d。Cap蛋白氨基酸序列比对分析发现,共有16个氨基酸残基突变位点位于病毒Cap蛋白表面,且有11个突变位点参与构象型表位的形成。此外,共预测出9个PCV2 Cap蛋白潜在的CTL表位,其中4个表位(16-24、28-36、136-144和179-187位氨基酸)在GenBank的1610株PCV2不同基因型毒株中高度保守。通过TCR-pMHC复合物3D结构对4个保守性表位进一步分析,结果显示,这4个肽段均能与MHCⅠ分子和TCR形成稳定的TCR-pMHC复合物。【结论】本研究结果表明,PCV2b和PCV2d为当前湖南省主要流行的基因型,且表现出高度变异;预测的CTL表位可作为候选抗原表位。
