以内质网应激相关基因构建骨肉瘤患者的风险模型,探索其与肿瘤免疫微环境的关系。采用生物信息学分析法,训练集的转录组数据及临床数据下载于UCSC Xena数据库,验证集的相应数据下载于GEO数据库(GSE21257,GSE39058)。采用单因素COX回归...以内质网应激相关基因构建骨肉瘤患者的风险模型,探索其与肿瘤免疫微环境的关系。采用生物信息学分析法,训练集的转录组数据及临床数据下载于UCSC Xena数据库,验证集的相应数据下载于GEO数据库(GSE21257,GSE39058)。采用单因素COX回归分析、LASSO回归分析及多因素COX回归分析提取风险特征基因构建风险模型,使用决策曲线分析、受试者工作特征曲线分析验证模型的准确性,随后构建列线图进一步预测骨肉瘤患者预后;根据风险评分将患者分为高、低风险组,使用Kaplan-Meier生存曲线评估高、低风险组间的生存差异,对差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)进行GO/KEGG联合富集分析、基因集富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA)及基因集变异分析(Gene set variation analysis,GSVA);采用ESTIMATE算法、微环境种群计数器(Microenvironment cell population counter,MCP counter)方法、单样本基因集富集分析(Single sample gene set enrichment analysis,ssGSEA)进行免疫分析;最终在验证集中验证上述结果。6个风险特征基因中VEGFA、PTGIS及SERPINH1与骨肉瘤患者的不良预后相关,而TMED10、MAPK10及TOR1B与与骨肉瘤患者的良好预后相关,高、低风险组患者之间具有显著生存差异;GO/KEGG联合富集分析、GSVA、GSEA结果表明DEGs与免疫状态相关;免疫分析显示高风险组具有更低的免疫评分及免疫景观;列线图进一步准确地预测了骨肉瘤患者的预后。内质网应激相关基因构建的风险模型能准确预测骨肉瘤患者预后,并与肿瘤免疫微环境相关。展开更多
2023年6月2日,浙江大学生命演化研究中心张国捷教授团队与丹麦奥胡斯大学Mikkel H SCHIERUP教授团队合作在《科学》(Science)上发表了最新的研究成果论文“Pervasive incomplete lineage sorting illuminates speciation and selection ...2023年6月2日,浙江大学生命演化研究中心张国捷教授团队与丹麦奥胡斯大学Mikkel H SCHIERUP教授团队合作在《科学》(Science)上发表了最新的研究成果论文“Pervasive incomplete lineage sorting illuminates speciation and selection in primates”(DOI:10.1126/science.abn4409)。该研究利用全基因组数据,对29个灵长类祖先节点的不完全谱系分流现象进行了分析。研究发现在灵长类所有演化节点上,灵长类基因组上有5%~64%区域发生了不完全谱系分流,说明在灵长类的演化历程中,不完全谱系分流对灵长类的物种分化过程产生了较大的影响。而有些基因组区域在多个物种分化事件中都经历不完全谱系分流,反映了这些区域受到特殊的选择压力。如与肤色和免疫相关的基因一直处于较高不完全谱系分流水平,丰富了这些基因在灵长类物种间的多样性。相反,极度保守、维持细胞最基本功能所必需的持家基因则较少经历不完全谱系分流,基本遵循物种的分化过程中在物种间形成的差异。展开更多
文摘以内质网应激相关基因构建骨肉瘤患者的风险模型,探索其与肿瘤免疫微环境的关系。采用生物信息学分析法,训练集的转录组数据及临床数据下载于UCSC Xena数据库,验证集的相应数据下载于GEO数据库(GSE21257,GSE39058)。采用单因素COX回归分析、LASSO回归分析及多因素COX回归分析提取风险特征基因构建风险模型,使用决策曲线分析、受试者工作特征曲线分析验证模型的准确性,随后构建列线图进一步预测骨肉瘤患者预后;根据风险评分将患者分为高、低风险组,使用Kaplan-Meier生存曲线评估高、低风险组间的生存差异,对差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)进行GO/KEGG联合富集分析、基因集富集分析(Gene set enrichment analysis,GSEA)及基因集变异分析(Gene set variation analysis,GSVA);采用ESTIMATE算法、微环境种群计数器(Microenvironment cell population counter,MCP counter)方法、单样本基因集富集分析(Single sample gene set enrichment analysis,ssGSEA)进行免疫分析;最终在验证集中验证上述结果。6个风险特征基因中VEGFA、PTGIS及SERPINH1与骨肉瘤患者的不良预后相关,而TMED10、MAPK10及TOR1B与与骨肉瘤患者的良好预后相关,高、低风险组患者之间具有显著生存差异;GO/KEGG联合富集分析、GSVA、GSEA结果表明DEGs与免疫状态相关;免疫分析显示高风险组具有更低的免疫评分及免疫景观;列线图进一步准确地预测了骨肉瘤患者的预后。内质网应激相关基因构建的风险模型能准确预测骨肉瘤患者预后,并与肿瘤免疫微环境相关。
文摘2023年6月2日,浙江大学生命演化研究中心张国捷教授团队与丹麦奥胡斯大学Mikkel H SCHIERUP教授团队合作在《科学》(Science)上发表了最新的研究成果论文“Pervasive incomplete lineage sorting illuminates speciation and selection in primates”(DOI:10.1126/science.abn4409)。该研究利用全基因组数据,对29个灵长类祖先节点的不完全谱系分流现象进行了分析。研究发现在灵长类所有演化节点上,灵长类基因组上有5%~64%区域发生了不完全谱系分流,说明在灵长类的演化历程中,不完全谱系分流对灵长类的物种分化过程产生了较大的影响。而有些基因组区域在多个物种分化事件中都经历不完全谱系分流,反映了这些区域受到特殊的选择压力。如与肤色和免疫相关的基因一直处于较高不完全谱系分流水平,丰富了这些基因在灵长类物种间的多样性。相反,极度保守、维持细胞最基本功能所必需的持家基因则较少经历不完全谱系分流,基本遵循物种的分化过程中在物种间形成的差异。
