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综述:核小体液-液相分离中早期形核过程的分子结构
1
作者 张蒙 薛涵 +1 位作者 刘建方 任罡 《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期114-127,共14页
研究揭示,核小体阵列在体外具有液-液相分离(liquid⁃liquid phase separation,LLPS)的内在特性,被认为在体内引导染色质区域的结构变化。然而,对于形成的异质凝聚物在分子水平的结构研究,长期以来受到技术限制,从而阻碍了研究人员对核... 研究揭示,核小体阵列在体外具有液-液相分离(liquid⁃liquid phase separation,LLPS)的内在特性,被认为在体内引导染色质区域的结构变化。然而,对于形成的异质凝聚物在分子水平的结构研究,长期以来受到技术限制,从而阻碍了研究人员对核小体液-液相分离的深入理解。为了解决这一难题,张蒙等运用先进的冷冻电子断层扫描技术(Cryo⁃electron tomography,Cryo⁃ET)、结合单分子电子断层重构(individual⁃particle electron tomography,IPET)和基于深度学习的分割技术,确定了液-液相分离在不同阶段的凝聚物的分子组织结构。该研究揭示,核小体的液-液相分离过程涉及到两个主要步骤:首先,旋节分解形成不规则的凝聚物;然后,这些凝聚物经过一个不稳定的过渡阶段,转化为更紧凑的球状核,进一步通过聚集更多旋节材料或与其它球状凝聚物的融合,逐渐形成更大的球状聚集体。此外,连接组蛋白H1催化旋节向球状凝聚物转变的速率,比旋节分解速度快出十倍以上。因此,推测这种转变可能涉及到核小体疏水表面的暴露,进而改变了核小体之间的相互作用。这些发现为染色质从间期结构向中期结构转变提供了新的物理机制线索。 展开更多
关键词 核小体 核小体阵列 液-液相分离 凝聚物 旋节分解 成核和生长 组蛋白H1 染色质 非平均的单分子结构测定 冷冻电子断层扫描 单分子结构重构法
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赖氨酸乙酰转移酶7的冷冻电镜全长结构分析
2
作者 郑国培 曹骎 沈键锋 《上海交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期1099-1106,共8页
目的·利用冷冻电镜技术分析人源性赖氨酸乙酰转移酶7(lysine acetyltransferase 7,KAT7)的全长蛋白结构,获得人源KAT7的轮廓信息。方法·使用pGEX-4T1载体和人源KAT7全长基因构建重组蛋白表达质粒pGEX-4T1-GST-KAT7,在原核蛋... 目的·利用冷冻电镜技术分析人源性赖氨酸乙酰转移酶7(lysine acetyltransferase 7,KAT7)的全长蛋白结构,获得人源KAT7的轮廓信息。方法·使用pGEX-4T1载体和人源KAT7全长基因构建重组蛋白表达质粒pGEX-4T1-GST-KAT7,在原核蛋白表达体系BL21(DE3)中表达KAT7蛋白,使用GST亲和层析获得GST-KAT7重组蛋白;在利用TEV蛋白酶去除GST蛋白标签后,通过HiLoad 16/600 Superdex 75 pg体积排阻色谱进一步分离纯化KAT7蛋白。将获取的蛋白样品利用蛋白质印迹法(Western blotting)对KAT7进行鉴定,使用负染电镜筛选样品并初步观察蛋白形貌;使用冷冻电镜收集数据,利用冷冻电镜数据分析软件CryoSparc挑选蛋白颗粒并分析KAT7全长蛋白的空间结构;通过UCSF Chimera软件将蛋白质数据库(Protein Data Bank,PDB)中KAT7的MYST结构域模型(5GK9)、AlphaFold预测模型与生成的结构模型进行匹配分析。结果·利用亲和层析成功纯化人源性KAT7的全长蛋白,并通过体积排阻色谱获得高纯度的KAT7蛋白;在通过Western blotting鉴定KAT7后,利用负染电镜、冷冻电镜及单颗粒重构技术初步解析了KAT7全长蛋白的空间结构,并通过三维优化处理获得了分辨率约为10Å的初步三维结构模型;KAT7全长蛋白空间结构呈不规则的半环状,已有的MYST结构域模型(PDB:5GK9)可匹配入KAT7全长模型的C端部分,调整后的AlphaFold预测模型也可匹配KAT7全长结构模型。结论·利用冷冻电镜技术初步分析了人源性KAT7的全长蛋白空间结构模型。 展开更多
关键词 赖氨酸乙酰转移酶 蛋白质翻译后修饰 乙酰化 冷冻电镜技术
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人源m^(6)A甲基转移酶复合物METTL3-METTL14的表达、纯化和透射电镜观察
3
作者 韩妍妍 闫慧芳 +1 位作者 王清华 马剑鹏 《复旦学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期400-408,共9页
N^(6)-腺苷酸甲基化(m^(6)A)是一种重要的mRNA和长链非编码RNA的内部修饰方式,通过影响RNA代谢的各个方面,参与调控人体一系列生理过程。METTL3和METTL14组成的甲基转移酶复合物可以有效地催化甲基基团的转移,但其具体的催化机制尚不完... N^(6)-腺苷酸甲基化(m^(6)A)是一种重要的mRNA和长链非编码RNA的内部修饰方式,通过影响RNA代谢的各个方面,参与调控人体一系列生理过程。METTL3和METTL14组成的甲基转移酶复合物可以有效地催化甲基基团的转移,但其具体的催化机制尚不完全清楚。本研究通过进行蛋白质结构无序度分析及三维模型预测发现,二者除MTD结构域外其他区域基本处于无序或低复杂度状态。为了进一步探索METTL3-METTL14复合物实现甲基基团转移的结构基础,本研究在哺乳动物细胞HEK293S GnTI-中成功表达了全长序列的人源METTL3-METTL14蛋白复合物,并通过镍柱亲和层析、离子交换及凝胶过滤层析获得了高纯度的METTL3-METTL14蛋白复合物,并推测全长METTL3和METTL14以1∶1的比例组成复合物。通过120kV透射电子显微镜观察发现,蛋白颗粒大小均一,颗粒直径在10~12nm。 展开更多
关键词 m^(6)A修饰 METTL3 METTL14 120kV透射电子显微镜
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人源硫酸盐转运蛋白DTDST的结构生物学研究
4
作者 池希敏 李晓荣 +1 位作者 黄邦栋 周强 《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期21-29,共9页
软骨畸形发育不良(diastrophic dysplasia)是一种严重的常染色体隐性遗传疾病,由畸形发育不良硫酸盐转运蛋白(diastrophic dysplasia sulfate transporter, DTDST)的突变引起,目前没有有效的治疗手段。DTDST也称为SLC26A2,属于人源溶质... 软骨畸形发育不良(diastrophic dysplasia)是一种严重的常染色体隐性遗传疾病,由畸形发育不良硫酸盐转运蛋白(diastrophic dysplasia sulfate transporter, DTDST)的突变引起,目前没有有效的治疗手段。DTDST也称为SLC26A2,属于人源溶质转运蛋白SLC26家族。由于缺乏必要的结构信息,针对DTDST的药物研发进展缓慢。本研究解析了人源硫酸盐转运蛋白DTDST的冷冻电镜三维结构,揭示了其二聚化作用界面和底物结合口袋的结构特征,并比较了DTDST和已报道的其他同源蛋白的构象。该研究结果加深了对SLC26家族蛋白底物识别和转运机制的了解,为治疗软骨畸形发育不良的药物开发提供了结构基础。 展开更多
关键词 硫酸盐转运蛋白 SLC26A2 软骨畸形发育不良 冷冻电镜结构
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拟南芥机械力敏感型离子通道AtMSL10的结构研究
5
作者 李鑫茹 李雅雯 +1 位作者 刘欣 孙林峰 《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期460-470,共11页
机械力敏感型离子通道是一类能够感知和响应机械力刺激的膜蛋白,其广泛存在于各种生物体中,包括细菌、植物和动物等。为了更好地了解植物机械力敏感型离子通道,本研究通过体外表达纯化以及去垢剂筛选等手段,获得了性质较好的拟南芥(Arab... 机械力敏感型离子通道是一类能够感知和响应机械力刺激的膜蛋白,其广泛存在于各种生物体中,包括细菌、植物和动物等。为了更好地了解植物机械力敏感型离子通道,本研究通过体外表达纯化以及去垢剂筛选等手段,获得了性质较好的拟南芥(Arabidopsis thaliana,At)机械力敏感型离子通道AtMSL10的蛋白样品,并利用冷冻电镜单颗粒重构技术解析了其高分辨率三维结构,整体分辨率为0.27 nm。结构显示AtMSL10蛋白以同源七聚体的形式存在,并处于开放状态的构象。AtMSL10蛋白结构的解析为后续对于植物机械力传导机制的探索提供了结构基础。 展开更多
关键词 机械力敏感型离子通道 AtMSL10 冷冻电镜结构
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核糖体50S亚基⁃HflX复合物的冷冻电镜结构揭示了大肠杆菌对氯霉素的耐药新机制
6
作者 吴大木 戴余浩 +1 位作者 马成英 高宁 《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期449-459,共11页
细菌HflX是一种保守的GTP酶,它与核糖体结合,参与应激条件下累积的停滞核糖体复合物的拆分。本研究利用冷冻电镜技术解析了大肠杆菌(E.coli)50S核糖体亚基与HflX复合物的高分辨率结构。该结构揭示了HflX和核糖体RNA(rRNA)之间特异的相... 细菌HflX是一种保守的GTP酶,它与核糖体结合,参与应激条件下累积的停滞核糖体复合物的拆分。本研究利用冷冻电镜技术解析了大肠杆菌(E.coli)50S核糖体亚基与HflX复合物的高分辨率结构。该结构揭示了HflX和核糖体RNA(rRNA)之间特异的相互作用,特别是HflX的N端结构域的插入肽基转移酶中心(Peptidyl transferase center,PTC),并与PTC周围的残基间有直接的相互作用。HflX的N端结构域内的一段loop(N⁃loop)与靶向于50S亚基PTC的抗生素,如氯霉素(Chloramphenicol,CHL)等的结合位点存在空间位阻。分子遗传学和生物化学的结果显示,删除hflX会导致细胞对氯霉素处理的高敏感性。本研究表明,HflX是一种细菌中普遍存在的应激响应因子,可以介导PTC靶向的抗生素的耐药。 展开更多
关键词 HflX 抗生素抵抗 冷冻电镜 核糖体
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Autodock Vina与Discovery Studio在虚拟筛选耐药蛋白抑制剂中的比较 被引量：16
7
作者 黄勇 陈晨 +2 位作者 张志毅 童贻刚 赵勇 《生物信息学》 2012年第4期248-253,共6页
随着大量与细菌耐药相关的基因的发现和其表达蛋白结构的成功测定,从已有的化合物中通过计算机模拟方法筛选对耐药蛋白靶点有作用的候选化合物,成为了药物发现的一个标准途径。虚拟筛选在耐药基因抑制剂的发现中可以提高效率、降低实验... 随着大量与细菌耐药相关的基因的发现和其表达蛋白结构的成功测定,从已有的化合物中通过计算机模拟方法筛选对耐药蛋白靶点有作用的候选化合物,成为了药物发现的一个标准途径。虚拟筛选在耐药基因抑制剂的发现中可以提高效率、降低实验成本。本文介绍了Autodock Vina和Discovery Studio在基于分子对接法的虚拟筛选中的使用,并对比分析其对β-内酰胺酶活性位点的筛选结果。希望通过这种比较促进虚拟筛选在药物设计领域中的应用,提高耐药基因抑制剂的发现速度。 展开更多
关键词 虚拟筛选 分子对接 AUTODOCK VINA DISCOVERY STUDIO 抑制剂
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Rhodobacter sphaeroides偶氮还原酶三级结构同源建模与分析 被引量：3
8
作者 柳广飞 周集体 +1 位作者 王竞 周觅 《大连理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2010年第2期171-175,共5页
利用同源建模方法构建了Rhodobacter sphaeroides偶氮还原酶AZR的三级结构模型.结果表明,AZR为α/β型结构的黄素氧化还原蛋白,5个相互平行的β折叠形成分子中间的平面,5个α螺旋分列于平面的两侧;在β折叠的C端非共价结合的黄素单核苷... 利用同源建模方法构建了Rhodobacter sphaeroides偶氮还原酶AZR的三级结构模型.结果表明,AZR为α/β型结构的黄素氧化还原蛋白,5个相互平行的β折叠形成分子中间的平面,5个α螺旋分列于平面的两侧;在β折叠的C端非共价结合的黄素单核苷酸(FMN)作为氧化还原反应中心.根据序列对齐分析,将依赖黄素的偶氮还原酶分为两个家族,但结构对比分析表明,它们具有类似的三级结构和活性区域.对AZR的结构研究为发现新的偶氮还原酶和深入研究其功能奠定了基础. 展开更多
关键词 偶氮还原酶 同源建模 黄素氧化还原蛋白
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抗HBsAg单链抗体的等电点测定和结构模拟 被引量：2
9
作者 熊盛 王一飞 +5 位作者 钱垂文 罗勇 陈文吟 饶桂荣 粟宽源 余宙耀 《华南理工大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第11期73-76,共4页
应用实验生物学和计算生物学方法对重组人源抗HBsAg单链抗体 (HBscFv)的部分理化性质和空间结构进行分析 .首先应用蛋白质分析软件包Antheprot预测HB scFv等电点 ,然后等电聚焦测定HBscFv等电点 ,在此基础上 ,用神经网络法预测HB scFv... 应用实验生物学和计算生物学方法对重组人源抗HBsAg单链抗体 (HBscFv)的部分理化性质和空间结构进行分析 .首先应用蛋白质分析软件包Antheprot预测HB scFv等电点 ,然后等电聚焦测定HBscFv等电点 ,在此基础上 ,用神经网络法预测HB scFv二级结构 ,然后用同源建模的方法 ,获得HBscFv三级结构 .结果发现 ,HBscFv等电点理论值为 8.5 1,实验值为 7.3～ 8.1;PHDsec结果表明 ,HBscFv是一种全β蛋白质 ;三级结构建模表明 ,HBscFv的VH 结构域由 9个片层组成 ,VL 结构域由 8个片层组成 ;由于单链抗体的特殊性 ,三级结构建模无法给出VH 与VL 结构域之间进一步折叠后形成的结构 . 展开更多
关键词 乙肝表面抗原 单链抗体 等电点 结构预测 重组人源抗体
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四种常用高通量测序拼接软件的应用比较 被引量：12
10
作者 朱大强 李存 +6 位作者 陈斌 姜焕焕 江晓芳 安小平 米志强 陈禹保 童贻刚 《生物信息学》 2011年第2期106-112,共7页
新一代测序平台的诞生推动了对全基因组鸟枪法测序数据的拼接算法和软件的研究,自2005年以来多种用于高通量测序的序列拼接软件已经被开发出来,并且在不断地进行改进以提高拼接效果。本文利用目前广泛使用的高通量测序拼接软件Velvet、A... 新一代测序平台的诞生推动了对全基因组鸟枪法测序数据的拼接算法和软件的研究,自2005年以来多种用于高通量测序的序列拼接软件已经被开发出来,并且在不断地进行改进以提高拼接效果。本文利用目前广泛使用的高通量测序拼接软件Velvet、AbySS、SOAPdenovo和CLC Genomic Workbench分别对本试验室分离的一株噬菌体IME08的高通量测序结果进行拼接,介绍这几种拼接软件的安装使用及参数优化,并对不同软件的拼接结果进行比较,针对不同的拼接软件得到优化的拼接参数,可为其他研究人员使用上述软件提供参考借鉴。 展开更多
关键词 第二代测序 从头拼接 VELVET ABYSS SOAPdenovo CLC GENOMIC WORKBENCH
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人线粒体转录终止因子1(hMTERF1)蛋白的生物信息学分析 被引量：13
11
作者 熊伟 杨勇琴 +3 位作者 张海洋 徐彤 左绍远 余敏 《生物信息学》 2015年第1期23-30,共8页
为了预测和分析人线粒体转录终止因子1（human mitochondrial transcription termination factor 1,hMTERF1）蛋白的结构与功能。采用生物信息学的方法对hMTERF1进行系统的分析与研究,包括hMTERF1的理化性质、跨膜区和信号肽、亚细胞定... 为了预测和分析人线粒体转录终止因子1（human mitochondrial transcription termination factor 1,hMTERF1）蛋白的结构与功能。采用生物信息学的方法对hMTERF1进行系统的分析与研究,包括hMTERF1的理化性质、跨膜区和信号肽、亚细胞定位、二级结构功能域、蛋白质的功能分类预测、多重序列比对与系统发育树构建、三级结构建模。结果表明：hMTERF1蛋白分子量为45.78 kD,等电点为9.49,不具有信号肽和跨膜区。该蛋白定位于细胞线粒体,N端1-57个氨基酸为前导肽序列。其二级结构主要为α螺旋和无规则卷曲,包含6个MTERF基序,三级结构显示结果与二级结构预测结果相符。蛋白质多重序列比对和聚类分析显示,hMTERF1蛋白与黑猩猩、大鼠、小鼠等哺乳动物的MTERF1蛋白具有高度同源性,在系统发育树上聚为一簇。hMTERF1的生物信息学分析为进一步探索hMTERF1蛋白的功能提供参考资料和理论依据。 展开更多
关键词 人类 线粒体转录终止因子1 蛋白质 结构 生物信息学
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蛋白质结构预测研究进展 被引量：3
12
作者 李明 苏显中 +1 位作者 于敏 郑全喜 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期87-90,共4页
蛋白质结构预测是生物信息学当前的主要挑战之一。按照蛋白质结构预测对PDB数据库信息的依赖程度,可以将其划分成两类:模板依赖模型和从头预测方法。其中模板依赖模型又可以分为同源模型与穿线法。本文介绍了各种预测方法主要步骤,分析... 蛋白质结构预测是生物信息学当前的主要挑战之一。按照蛋白质结构预测对PDB数据库信息的依赖程度,可以将其划分成两类:模板依赖模型和从头预测方法。其中模板依赖模型又可以分为同源模型与穿线法。本文介绍了各种预测方法主要步骤,分析了制约各种方法的瓶颈,及其研究进展。同源模型所取得的结构精度较高,但其对模板依赖性强;用于低同源性的穿线法是模板依赖的模型重要的研究方向;从头预测法中统计学函数与物理函数的综合使用取得了很好的效果,但是对于超过150个残基的片段,依然是巨大的挑战。 展开更多
关键词 蛋白质结构预测 穿线法 从头预测 同源模型
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高粱抗坏血酸过氧化物酶基因的电子克隆及序列分析 被引量：10
13
作者 陈国强 孟鹏 +2 位作者 刘李黎 陈刚 王萍 《生物信息学》 2011年第2期125-130,共6页
利用高粱EST数据库及电子克隆等技术克隆了高粱APX基因,其开放阅读框大小为753bp,编码250个氨基酸残基,推导的蛋白质分子量为27.1kDa,等电点约为5.135。它与C4植物玉米的胞质APX(ACG41151)在进化上的距离最短,亲缘关系最近。高粱APX无... 利用高粱EST数据库及电子克隆等技术克隆了高粱APX基因,其开放阅读框大小为753bp,编码250个氨基酸残基,推导的蛋白质分子量为27.1kDa,等电点约为5.135。它与C4植物玉米的胞质APX(ACG41151)在进化上的距离最短,亲缘关系最近。高粱APX无信号肽,是亲水性蛋白,推测它定位于细胞质中。第33-44氨基酸片段为其过氧化物酶活性区域,第155-165氨基酸片段则是其与亚铁血红素配基结合的区域。预测的二级结构及三级结构都表明高粱APX含有较多的不规则卷曲和α螺旋,三级结构上呈椭球体。 展开更多
关键词 高粱 APX基因 电子克隆 序列分析
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蛋白质的错误折叠与疾病 被引量：22
14
作者 周筠梅 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第6期579-584,共6页
蛋白质是生物体内一切功能的执行者 .人体内的任何功能 ,从催化化学反应到抵御外来侵略都是蛋白质作用的结果 .蛋白质折叠是生命活动的最基本过程 ,近年发现蛋白质的错误折叠可以导致一些疾病 .蛋白质的错误折叠与疾病的关系已成为分子... 蛋白质是生物体内一切功能的执行者 .人体内的任何功能 ,从催化化学反应到抵御外来侵略都是蛋白质作用的结果 .蛋白质折叠是生命活动的最基本过程 ,近年发现蛋白质的错误折叠可以导致一些疾病 .蛋白质的错误折叠与疾病的关系已成为分子生物学新的研究前沿 .介绍了细胞内保证蛋白质正常功能的“质量控制”系统 ,重点讨论了翻译后的质量控制。 展开更多
关键词 蛋白质 错误折叠 蛋白传染子 疾病 治疗试剂
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蝎长链神经毒素研究进展 被引量：4
15
作者 王春光 戚正武 《生命科学研究》 CAS CSCD 2001年第2期95-101,共7页
蝎长链神经毒素由 60～ 76个残基组成 ,含 4对二硫键 ,主要作用于可兴奋细胞的 Na+通道 .这些毒素的作用方式和选择性各有不同 .其中功能相似的毒素 ,其蛋白质及基因序列也都很相似 .所有这些长链毒素的三维结构都采用相似的折叠方式 .... 蝎长链神经毒素由 60～ 76个残基组成 ,含 4对二硫键 ,主要作用于可兴奋细胞的 Na+通道 .这些毒素的作用方式和选择性各有不同 .其中功能相似的毒素 ,其蛋白质及基因序列也都很相似 .所有这些长链毒素的三维结构都采用相似的折叠方式 .对这些毒素结构与功能研究的深入 ,将有利于我们对蝎毒素作用机理的了解 ,并有可能使其更具有生物防虫害或疾病治疗等实际意义 . 展开更多
关键词 蝎毒 长链神经毒素 结构 功能
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大米蛋白调控成熟期大鼠LDLR基因及蛋白表达 被引量：6
16
作者 彭雪 杨林 +2 位作者 刘巧红 李娅楠 李凯 《生物信息学》 2013年第2期120-123,共4页
为了探讨大米蛋白对成熟期大鼠胆固醇代谢调控因子—低密度脂蛋白受体(low-density lipoprotein receptor,LDLR)的调控作用,以18周龄雄性Wistar成熟期大鼠为研究对象,应用大米蛋白及酪蛋白为食物蛋白源,饲喂无胆固醇及富含胆固醇饲料,... 为了探讨大米蛋白对成熟期大鼠胆固醇代谢调控因子—低密度脂蛋白受体(low-density lipoprotein receptor,LDLR)的调控作用,以18周龄雄性Wistar成熟期大鼠为研究对象,应用大米蛋白及酪蛋白为食物蛋白源,饲喂无胆固醇及富含胆固醇饲料,经18日自由摄食后,测定实验鼠血浆总胆固醇、血浆高密度胆固醇水平及肝脏LDLR基因及蛋白表达水平。对照酪蛋白,大米蛋白均能显著降低大鼠血浆总胆固醇、血浆非高密度胆固醇水平及动脉粥样硬化指数,并且,显著刺激肝脏LDL基因及蛋白表达水平。实验结果表明,大米蛋白降低成熟期大鼠血浆胆固醇水平的作用功效与膳食胆固醇添加与否无关,大米蛋白降胆固醇的作用机制之一是能够有效刺激LDLR的表达,从而抑制LDL-C的转运入血。 展开更多
关键词 大米蛋白 胆固醇 LDLR 成熟期大鼠
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基于分子对接技术筛选中草药中潜在的H1N1病毒神经氨酸酶抑制剂 被引量：5
17
作者 朱春玉 李雪娇 +2 位作者 张力 段艳婷 刘宏生 《生物信息学》 2012年第4期254-258,共5页
甲型H1N1流感病毒是一种高度接触性急性呼吸道传染病,给人类健康造成了极大威胁。作为一个已经被证明的抗流感药物靶点,神经氨酸酶在流感病毒复制和传播中发挥重要作用,并且其活性中心的氨基酸组成高度保守。本研究中,我们使用分子对接... 甲型H1N1流感病毒是一种高度接触性急性呼吸道传染病,给人类健康造成了极大威胁。作为一个已经被证明的抗流感药物靶点,神经氨酸酶在流感病毒复制和传播中发挥重要作用,并且其活性中心的氨基酸组成高度保守。本研究中,我们使用分子对接技术筛选从中草药小分子数据库中筛选神经氨酸酶潜在的抑制剂,结果得到4个亲和力高于奥司他韦(Osel-tamivir)的化合物,并确定了他们的中草药来源。为从草药中提取,设计以及实验合成新的神经氨酸酶抑制剂提供了一定的依据和指导。 展开更多
关键词 甲型H1N1流感 神经氨酸酶 分子对接 抑制剂
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小鼠EDNRB基因启动子生物信息学分析 被引量：5
18
作者 张万里 李伟 +4 位作者 吴川清 林学科 李航 王国斌 陶凯雄 《生物信息学》 2011年第1期72-75,81,共5页
EDNRB/EDN3/ECE-1信号传导通路在胚胎发育期神经嵴细胞分化、迁移、发育为神经节细胞的过程中起到关键作用。采用进化足迹法,利用生物信息学在线软件分析先天性巨结肠相关EDNRB基因启动子序列,结果显示:小鼠EDNRB基因定位于14号染色体,... EDNRB/EDN3/ECE-1信号传导通路在胚胎发育期神经嵴细胞分化、迁移、发育为神经节细胞的过程中起到关键作用。采用进化足迹法,利用生物信息学在线软件分析先天性巨结肠相关EDNRB基因启动子序列,结果显示:小鼠EDNRB基因定位于14号染色体,编码442个氨基酸,分子量为:49430Da,转录起始点300bp左右可能为启动子区域,启动子区域包含长度为1473bp的CpG岛,存在两段保守序列,人类和小鼠保守区域内含有33个共同的转录因子结合位点。 展开更多
关键词 EDNRB 启动子 生物信息学 转录因子
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水稻SBP基因家族的生物信息学分析(英文) 被引量：5
19
作者 王翊 胡宗利 +2 位作者 杨妤欣 陈绪清 陈国平 《生物信息学》 2011年第1期82-87,92,共7页
SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN-LIKE(SBP)转录因子家族是植物特有的一类转录因子。本文确定了20水稻基因组上编码的SBP基因。通过分类,染色体定位,保守区确定,亲缘关系,以及水稻SBP家族中的重复基因及该家族成员形成蛋白二聚体的... SQUAMOSA PROMOTER BINDING PROTEIN-LIKE(SBP)转录因子家族是植物特有的一类转录因子。本文确定了20水稻基因组上编码的SBP基因。通过分类,染色体定位,保守区确定,亲缘关系,以及水稻SBP家族中的重复基因及该家族成员形成蛋白二聚体的可能性进行分析,其次利用了Affymetrix水稻基因组芯片数据,对所有这些基因的表达谱进行了分析。结果表明,水稻SBP基因在花和种子的发育过程中可能发挥重要作用,而其对环境胁迫却不敏感。这对进一步研究SBP的功能提供了有价值的线索和思路。 展开更多
关键词 SBP-box 水稻 基因芯片 表达谱
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小麦长链非编码RNA的预测及功能分析 被引量：4
20
作者 束永俊 张晶红 +3 位作者 王明波 郭东林 王晓萍 郭长虹 《生物信息学》 2013年第2期153-157,共5页
生物体有部分基因被转录成RNA,但是不编码相应蛋白质,称为长链非编码RNA(lncRNA)。它们参与基因的表观调控,这一过程对动物、植物的生长发育都有重要作用,但是,目前植物中发现和研究的lncRNA较少。为了研究lncRNA在植物中的功能,本研究... 生物体有部分基因被转录成RNA,但是不编码相应蛋白质,称为长链非编码RNA(lncRNA)。它们参与基因的表观调控,这一过程对动物、植物的生长发育都有重要作用,但是,目前植物中发现和研究的lncRNA较少。为了研究lncRNA在植物中的功能,本研究建立了基于小麦全长cDNA的lncRNA识别程序。从6162条小麦全长cDNA中发现了231条lncRNAs,并从中鉴定出两个新miRNAs,这表明lncRNAs可以通过形成miRNAs前体基因形成其功能。此外,通过序列富集分析,我们从小麦lncRNAs中鉴定出三个保守的调控元件,结果显示小麦lncRNAs可能通过和其它蛋白质或DNA等分子作用,进而参与小麦生长、发育等过程的调控,这些结果对进一步研究植物体内的lncRNA的功能和作用机制具有重要意义。 展开更多
关键词 小麦 长链非编码RNA 全长CDNA 微小RNA
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