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LHCGR胞外结构域蛋白的生信分析、原核表达及纯化
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作者 王蒙蒙 刘雨然 +7 位作者 杨慧莹 张梦圆 王燕 朱晓庆 罗燕 邵永斌 连科迅 谷新利 《石河子大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第2期150-158,共9页
目的为获得小鼠LHCGR胞外结构域蛋白(LHCGR-1),分析其结构及理化性质,为今后研究该蛋白功能及筛选与之相互作用的小分子化合物奠定基础。方法根据NCBI中小鼠LHCGR氨基酸序列合成目的基因Lhcgr-1,经生物信息学分析后,将该基因插入至表达... 目的为获得小鼠LHCGR胞外结构域蛋白(LHCGR-1),分析其结构及理化性质,为今后研究该蛋白功能及筛选与之相互作用的小分子化合物奠定基础。方法根据NCBI中小鼠LHCGR氨基酸序列合成目的基因Lhcgr-1,经生物信息学分析后,将该基因插入至表达载体pET-28a(+),并转化至BL21(DE3)感受态细胞中;经IPTG诱导,表达重组蛋白pET-28a-LHCGR-1,利用SDS-PAGE和Western Blot进行鉴定,之后对该蛋白进行纯化,并通过分子对接技术预测该蛋白与LH、CG的相互作用。结果预测LHCGR-1蛋白分子量为40749.08,由367个氨基酸组成,等电点理论值为5.47;氨基酸序列中有29个丝氨酸位点、10个苏氨酸位点和5个酪氨酸位点;成功构建了表达载体pET-28a-LHCGR-1并获得纯化的目的蛋白;分子对接结果表明目的蛋白可以与LH、CG通过多种相互作用,形成稳定的复合物,有利于其发挥原有的生物学功能。结论成功构建了小鼠胞外结构域蛋白LHCGR-1在大肠杆菌内的原核表达体系并获得了纯化蛋白,分子对接预测该蛋白具有生物学功能,提示该蛋白可以用于后续研究。 展开更多
关键词 LHCGR 原核表达 蛋白质纯化 生信分析 分子对接
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赤眼鳟LGP2序列结构、组织表达及与MDA5互作特征
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作者 李耀国 廖依静 +1 位作者 王静安 肖调义 《水产学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期26-39,共14页
为探究赤眼鳟遗传学和生理学实验室蛋白2(laboratory of genetics and physiology 2,LGP2)的功能特征及抗草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus,GCRV)育种参考潜力,实验克隆获得了2940 bp的赤眼鳟lgp2(Sclgp2)全长cDNA和721 bp的5′端上... 为探究赤眼鳟遗传学和生理学实验室蛋白2(laboratory of genetics and physiology 2,LGP2)的功能特征及抗草鱼呼肠孤病毒(grass carp reovirus,GCRV)育种参考潜力,实验克隆获得了2940 bp的赤眼鳟lgp2(Sclgp2)全长cDNA和721 bp的5′端上游序列。Sclgp2 cDNA编码680个氨基酸,包含DEXDc(DExD/H-box helicase domain)、HELICc(helicase superfamily C-terminal domain)和CTD(C-terminal regulatory domain)结构域;其5′端上游序列含有MafB(muscle aponeurosis fibromatosis B)和IRF3(interferon regulatory factor 3)等转录因子结合位点。不同物种LGP2的功能结构域、磷酸化修饰位点数具有相似性,同时也存在结构域排布位置及序列的差异。赤眼鳟和草鱼lgp2 cDNA序列比较初步发现2个位于RNA结合功能区的GCRV抗性关联位点。系统进化分析显示,赤眼鳟LGP2先与草鱼、鲫和青鱼聚在一起,再与鲤科鱼类等聚为一大支。荧光定量表达分析显示,赤眼鳟脾脏中sclgp2表达水平显著高于其他组织,肌肉、心脏中表达量次之,而肠中表达量最低。GCRV感染后,肝脏中ifn1表达水平在24~72 h显著下降,其他组织sclgp2和ifn1表达水平未有显著变化。相关性分析结果显示,赤眼鳟肌肉sclgp2与ifn1表达水平呈极显著正相关(0.999)。酵母双杂交互作检测发现,赤眼鳟LGP2与MDA5存在弱相互作用,而其DEXDc(1~201 aa)、HELICc(390~476 aa)以及CTD(553~668 aa)结构域与MDA5无互作。该研究成功获得了sclgp2全长cDNA及5′端上游序列,明确了其序列结构、免疫表达及与MDA5的互作特征,为赤眼鳟LGP2免疫功能属性研究奠定了基础,并为草鱼抗GCRV育种提供了参考。 展开更多
关键词 赤眼鳟 生理学实验室蛋白2(LGP2) 序列结构 表达特征 蛋白互作 GCRV抗性
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细胞程序性死亡调控动物卵泡闭锁的分子机制
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作者 张钰 刘雪明 +4 位作者 刘萍萍 甘和攀 曹成鹏 陈国宏 徐琪 《中国畜牧杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期70-75,共6页
卵泡闭锁是一个受高度受调控的复杂过程,与颗粒细胞的程序性死亡密切相关。细胞凋亡、自噬、铁死亡、坏死性凋亡和焦亡等独立或相互作用参与调控卵泡闭锁和影响卵巢功能,本文综述了这5种细胞程序性死亡方式调控动物卵泡闭锁的分子机制... 卵泡闭锁是一个受高度受调控的复杂过程,与颗粒细胞的程序性死亡密切相关。细胞凋亡、自噬、铁死亡、坏死性凋亡和焦亡等独立或相互作用参与调控卵泡闭锁和影响卵巢功能,本文综述了这5种细胞程序性死亡方式调控动物卵泡闭锁的分子机制及相关影响因素,以期为减少颗粒细胞程序性死亡诱导的卵泡闭锁、提高畜禽的繁殖性能提供参考。 展开更多
关键词 卵泡闭锁 颗粒细胞 细胞程序性死亡
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大黄鱼UBXN1基因鉴定及其过表达后的转录组分析
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作者 张东玲 唐欣 王志勇 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期336-345,共10页
为探究一种包含泛素调节性X结构域的蛋白(ubiquitin regulatory X domain-containing protein,UBXN1)在大黄鱼抗盾纤毛虫感染中的作用,以及可能涉及的免疫信号通路。本实验克隆鉴定了大黄鱼UBXN1基因,并利用在线软件对其序列特征进行生... 为探究一种包含泛素调节性X结构域的蛋白(ubiquitin regulatory X domain-containing protein,UBXN1)在大黄鱼抗盾纤毛虫感染中的作用,以及可能涉及的免疫信号通路。本实验克隆鉴定了大黄鱼UBXN1基因,并利用在线软件对其序列特征进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测UBXN1在健康大黄鱼各组织中的表达,及盾纤毛虫感染后的诱导表达变化;并进行了UBXN1的亚细胞定位;转录组测序分析了UBXN1过表达前后的差异表达基因。结果显示,UBXN1基因cDNA全长为915 bp,编码304个氨基酸。蛋白多重序列比对和结构预测表明UBXN1是一个进化保守的蛋白,包含UBA和UBX结构域。qRT-PCR分析表明UBXN1在所检测的11种组织中均有表达,脑中表达量最高,其次是肝脏、心脏和肾脏,在肌肉中表达量最低;盾纤毛虫感染大黄鱼后,UBXN1在脾脏、脑、肝脏和肾脏中表达量早期显著升高,后期逐步恢复至正常水平。亚细胞定位分析表明,UBXN1在大黄鱼肾脏细胞质和细胞核中均有表达。在293T细胞过表达UBXN1,转录组差异表达分析筛选到12个上调基因,4个下调基因,其中RPL41/RPL39/XIST/RNA45SN4表达量显著增加,而ATP8/ND4L表达量显著减少。研究表明UBXN1在大黄鱼抗寄生虫免疫应答中发挥重要作用。本实验为进一步研究UBXN1的免疫信号通路奠定基础。 展开更多
关键词 大黄鱼 包含泛素调节性X结构域的蛋白(UBXN1) 盾纤毛虫 转录组 免疫
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冷应激对民猪肌肉组织中抗氧化相关基因表达的影响
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作者 王芳 马红 刘娣 《黑龙江动物繁殖》 2024年第2期1-5,23,共6页
为了明确冷应激对民猪肌肉组织抗氧化相关基因表达的影响,试验选取1~2月龄的民猪仔猪9头,随机分为3组,分别饲养在常温(22~25℃,对照)、短期低温(4℃3 d)和长期低温(4℃15 d)环境下。通过实时荧光定量PCR的方法检测常温组、短期低温组和... 为了明确冷应激对民猪肌肉组织抗氧化相关基因表达的影响,试验选取1~2月龄的民猪仔猪9头,随机分为3组,分别饲养在常温(22~25℃,对照)、短期低温(4℃3 d)和长期低温(4℃15 d)环境下。通过实时荧光定量PCR的方法检测常温组、短期低温组和长期低温组民猪仔猪的背最长肌中超氧化物歧化酶(SOD)、谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)基因、核因子E2相关因子2(Nrf2)、Kelch样环氧氯丙烷相关蛋白-1(Keap1)mRNA表达量的变化。结果表明:与常温对照组相比,短期低温组和长期低温组民猪肌肉组织中SOD基因表达量变化不显著(P>0.05),而GPX表达量显著升高(P<0.05);短期低温组Nrf2基因表达量显著升高(P<0.05),但是长期低温组降低;短期低温组Keap1基因表达量变化不显著(P>0.05),而长期低温组中其表达量显著下降(P<0.05)。说明冷应激对民猪肌肉组织抗氧化物相关基因的表达有一定的影响。 展开更多
关键词 冷应激 民猪 肌肉 抗氧化相关基因 QRT-PCR
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吡虫啉胁迫对红光熊蜂抗氧化酶系与解毒酶系的影响
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作者 王丹丹 王星 +1 位作者 张晓婉 刘丹梅 《东北师大学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第1期125-132,共8页
为探究亚致死剂量吡虫啉胁迫对红光熊蜂工蜂的存活率、解毒酶活力与解毒基因表达量的影响,采用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆红光熊蜂工蜂(21日龄)解毒基因,检测其表达量变化与抗氧化酶的活性,并通过饲喂外源褪黑素以提高熊蜂的抗药性... 为探究亚致死剂量吡虫啉胁迫对红光熊蜂工蜂的存活率、解毒酶活力与解毒基因表达量的影响,采用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆红光熊蜂工蜂(21日龄)解毒基因,检测其表达量变化与抗氧化酶的活性,并通过饲喂外源褪黑素以提高熊蜂的抗药性.结果表明:随着胁迫时间的延长,吡虫啉处理组(IMI组)存活率显著下降,但始终低于吡虫啉+褪黑素处理组(IMI+MT组);IMI组4种抗氧化酶的活性均随吡虫啉胁迫时间的延长呈先上升后下降的趋势,始终低于IMI+MT组;IMI组8种解毒基因的表达量除AChE,DDTase和GLD基因外,其余表达量均随吡虫啉胁迫时间的延长呈先激活后抑制的状态,且明显高于对照组(CK组)而低于IMI+MT组;IMI组DDTase基因的表达量与CK组差异不明显,但始终低于IMI+MT组,说明吡虫啉对DDTase的作用不明显,而褪黑素诱导DDTase表达效果较显著(P<0.05);IMI组AChE和GLD基因的表达量均低于CK组,随吡虫啉胁迫时间的延长而呈下降趋势,但IMI+MT组二者的表达量始终高于IMI组.短期亚致死剂量吡虫啉胁迫对红光熊蜂影响不显著,长期胁迫则影响其存活率,红光熊蜂对吡虫啉的代谢解毒是一个多酶系、多基因协同参与的理化过程,褪黑素可提高红光熊蜂的抗药性. 展开更多
关键词 红光熊蜂 吡虫啉 抗氧化酶 解毒酶 克隆 基因表达
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斑石鲷irf3基因鉴定及其在虹彩病毒感染下的表达模式
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作者 李开敏 王磊 +5 位作者 巩志宏 王清滨 李华 杨桂文 黄友华 陈松林 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期346-357,共12页
干扰素调节因子(irf3)是干扰素调节因子(IRF)家族的一员,是I型干扰素依赖性免疫反应的主要转录调节因子,在针对DNA和RNA病毒的先天免疫反应中发挥重要作用。本研究中,斑石鲷irf3基因(Oplegnathus punctatus interferon regulatory facto... 干扰素调节因子(irf3)是干扰素调节因子(IRF)家族的一员,是I型干扰素依赖性免疫反应的主要转录调节因子,在针对DNA和RNA病毒的先天免疫反应中发挥重要作用。本研究中,斑石鲷irf3基因(Oplegnathus punctatus interferon regulatory factors 3,Opirf3)来自实验室斑石鲷基因组数据库,经分析鉴定Opirf3的CDS序列全长1362 bp,可编码453个氨基酸,预测其蛋白分子量为50.0 ku,理论等电点为4.97,有一个IRF结构域和一个IRF-3结构域。荧光定量分析结果显示,Opirf3在斑石鲷肝脏、鳃、心脏、皮肤、脾脏、肠、脑、肾脏、胃和头肾组织均有表达;虹彩病毒感染7 d时,免疫组织肝脏、脾脏和肾脏中Opirf3的表达水平显著上调。斑石鲷肾细胞系体外刺激实验显示,不同浓度poly I:C刺激后,Opirf3的表达量较对照组均显著升高,poly I:C浓度为100μg/mL时,肾脏细胞中Opirf3的相对表达水平升高,为对照组的86.8倍。siRNA干扰后,斑石鲷肾细胞系中Opirf3表达水平显著下调30%,下游基因IFN-α、CD40、CD80和IL-1β显著下调,IL-6显著上调。以上结果可能表明Opirf3基因参与了I型IFN在斑石鲷抗虹彩病毒过程中的先天免疫反应。本研究可为斑石鲷抗病分子育种提供理论依据。 展开更多
关键词 斑石鲷 irf3 基因表达 SIRNA
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普通丝瓜PYL基因家族鉴定及其在果实发育中的表达分析
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作者 王玉倩 彭丽娟 +3 位作者 刘建汀 温庆放 钟凤林 朱海生 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期408-420,共13页
【目的】探究普通丝瓜PYL基因在ABA处理下的表达模式,以期为深入研究其基因功能提供参考依据,也为分子抗性育种以及提高普通丝瓜品质和产量提供新思路。【方法】用生物信息学方法,对普通丝瓜PYL基因家族进行全基因组鉴定,染色体定位,以... 【目的】探究普通丝瓜PYL基因在ABA处理下的表达模式,以期为深入研究其基因功能提供参考依据,也为分子抗性育种以及提高普通丝瓜品质和产量提供新思路。【方法】用生物信息学方法,对普通丝瓜PYL基因家族进行全基因组鉴定,染色体定位,以及基因结构、基因共线性、选择压力、进化亲缘关系和顺式作用元件分析,并通过qRT-PCR验证在不同浓度ABA下基因特征表达。【结果】在普通丝瓜全基因组中鉴定到11个LcPYL基因,CDS长度576~966 bp,编码蛋白均具有典型PYR_PYL_RCAR_like结构;共线性分析发现7对片段复制基因对,普通丝瓜PYL基因启动子含多个与植物激素相关的顺式作用元件,其成员的表达具有一定的组织特异性;普通丝瓜果实在不同浓度外源ABA处理下:2 mg/mL ABA处理LcPYLs表达无显著变化,4 mg/mL ABA处理LcPYL5、LcPYL7、LcPYL11显著上调表达,8 mg/mL ABA处理LcPYL1、LcPYL7开花当天显著表达。【结论】对普通丝瓜PYL家族成员进行了系统的鉴定与分析,明确其分子结构特征和表达模式,其中LcPYL1、LcPYL5、LcPYL7和LcPYL11可能是与内源ABA生物合成密切相关的关键基因。 展开更多
关键词 普通丝瓜 PYL基因家族 果实发育 外源ABA处理 表达分析
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LEC1等转录因子基因在花生小种子突变体种子发育过程中的表达分析
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作者 朱秀瑾 郭凤丹 +2 位作者 夏晗 赵传志 侯蕾 《山东农业科学》 北大核心 2024年第1期10-16,共7页
花生突变体ssm1与其对照亲本鲁花11号(LH11)相比,种子皱缩变小,百仁重、单株生产力和含油量显著降低。为了探究导致该突变体种子变小且含油量降低的原因,本试验研究了种子发育关键转录因子基因LCE1等在突变体ssm1及其对照LH11合子受精... 花生突变体ssm1与其对照亲本鲁花11号(LH11)相比,种子皱缩变小,百仁重、单株生产力和含油量显著降低。为了探究导致该突变体种子变小且含油量降低的原因,本试验研究了种子发育关键转录因子基因LCE1等在突变体ssm1及其对照LH11合子受精及种子发育不同阶段的表达情况。结果表明,AhLEC1在花生未受精子房(DBP0)时期表达量较低,且在ssm1和对照LH11中无明显差异,在受精后的子房(DBP1)和入土10 d(DAP10)和20 d(DAP20)种子中表达量上调,并且在LH11中的表达量极显著高于突变体ssm1;转录因子基因AhFUS3、AhABI3、AhAGL15和AhWRI1在ssm1中表达均有不同程度下调。其中,与脂肪酸合成和糖酵解关系密切的AhWRI1基因在ssm1中的表达量显著下调。因此推测,ssm1中AhLEC1基因的表达量显著下调,影响AhFUS3、AhABI3和AhWRI1等基因的表达,进而导致ssm1种子胚胎发育和油脂积累的异常。 展开更多
关键词 花生 小种子突变体ssm1 转录因子基因LEC1 基因表达 种子发育 油脂积累
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大菱鲆29个脂质代谢相关基因的组织表达
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作者 刘国旭 孟晓雪 +3 位作者 马强 卫育良 梁萌青 徐后国 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期28-43,共16页
不同鱼类的脂肪组织分布模式具有高度多样性。大菱鲆具有相对特殊的脂质储存模式;鳍条附近皮下脂肪组织是其重要的脂肪存储部位。为了更好地了解大菱鲆的脂质代谢生理,本实验初步研究了29个脂质代谢相关基因在大菱鲆体内的组织表达,这... 不同鱼类的脂肪组织分布模式具有高度多样性。大菱鲆具有相对特殊的脂质储存模式;鳍条附近皮下脂肪组织是其重要的脂肪存储部位。为了更好地了解大菱鲆的脂质代谢生理,本实验初步研究了29个脂质代谢相关基因在大菱鲆体内的组织表达,这些基因参与了脂肪生成、脂肪酸β氧化、甘油酯的生物合成和水解、脂质运输以及相关的脂代谢转录调控过程。从30尾鱼(10尾混样作为一个重复)中采集眼、鳃、脑、皮肤、肌肉、肝脏、胃、肾脏、脾脏、心脏、前肠、幽门盲囊、后肠、盲肠和脂肪等共15个组织样本进行qRT-PCR分析。结果显示,肠和脑中脂肪生成基因表达量高,肝脏和肌肉脂肪生成基因表达量低。肠内大部分载脂蛋白和脂质代谢相关转录因子的基因表达水平也较高。肌肉中脂肪酸β氧化相关基因的表达水平较低。细胞内甘油酯酶在脑、眼和心脏中高表达。研究表明,在大菱鲆体内,肠道可能不仅是脂质摄取的场所,也是大菱鲆体内重要的脂肪代谢器官。本研究为进一步探讨大菱鲆脂代谢特征及探索不同储脂类型鱼类中脂肪代谢的多样性提供了基础数据,也将有助于在分子水平上进一步研究鱼类的脂质代谢调节。 展开更多
关键词 大菱鲆 基因组织分布 脂质代谢 脂质储存模式 鱼类肠道功能
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基于Fosmid文库筛选山羊瘤胃微生物源蛋白酶基因及其表达验证
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作者 杨凯尧 刘功炜 +3 位作者 李林芳 王智伟 崔雯元 杨雨鑫 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2024年第4期28-38,共11页
【目的】利用Fosmid文库功能筛选法,获得山羊瘤胃微生物源蛋白酶基因并进行原核表达。【方法】利用功能底物筛选法从山羊瘤胃微生物源Fosmid文库中筛选具有蛋白酶活性的克隆子,对其进行Illumina二代测序,对预测到的基因进行功能注释,根... 【目的】利用Fosmid文库功能筛选法,获得山羊瘤胃微生物源蛋白酶基因并进行原核表达。【方法】利用功能底物筛选法从山羊瘤胃微生物源Fosmid文库中筛选具有蛋白酶活性的克隆子,对其进行Illumina二代测序,对预测到的基因进行功能注释,根据基因丰度结果确定后续研究的功能基因。利用大肠杆菌BL21(DE3)对功能基因进行诱导表达,对表达产物进行酶活性测定。通过CRISPR/Cas9基因编辑技术,将密码子优化后的功能基因分别敲入枯草芽孢杆菌C6基因组ctc位点并进行表达验证。【结果】从Fosmid文库1700个克隆子中筛选到1个具有蛋白酶活性的阳性克隆Pro4-C5。通过二代测序技术,鉴定出3个潜在的蛋白酶基因gene0833(内肽酶,EC编号:EC3.4.21.53)、gene0196(金属内肽酶,EC编号:EC3.4.24)和gene0585(羧肽酶,EC编号:EC3.4.17.14)以及1个L-天冬酰胺酶基因(gene0683,EC编号:EC3.5.1.1)。以pET-28a(+)为表达载体,通过大肠杆菌BL21(DE3)原核诱导表达发现,gene0585和gene0196未表达;gene0833表达的蛋白分子质量为87 ku,蛋白酶活性为10.45 U/mL;gene0683表达的蛋白分子质量为37 ku,L-天冬酰胺酶活性为88.52 U/mL,同时发现该蛋白也具有蛋白酶活性,酶活性为5.25 U/mL。将密码子优化后的gene0683和gene0833定点敲入枯草芽孢杆菌C6基因组中表达发现,gene0833未表达,gene0683表达的蛋白酶活性为109.72 U/mL,相比原始菌株(100.97 U/mL)显著提高了8.67%(P<0.01);L-天冬酰胺酶活性为31.63 U/mL,相比原始菌株(22.79 U/mL)显著提高了30.06%(P<0.01)。【结论】从山羊瘤胃微生物源Fosmid文库中筛选和鉴定出了2个具有蛋白酶活性的功能基因(gene0833和gene0683),均来源于微小杆菌属(Exiguobacterium),其中gene0683在大肠杆菌和枯草芽孢杆菌中的表达产物具有较高的蛋白酶和L-天冬酰胺酶酶活性。 展开更多
关键词 FOSMID文库 蛋白酶 L-天冬酰胺酶 原核表达 基因筛选 菌株生产
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葡萄TST基因家族鉴定及表达分析
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作者 杨杰 龚丽丽 +3 位作者 徐涛 赵双滢 杨中义 吴月燕 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期612-623,共12页
【目的】液泡膜糖转运蛋白(TST或者TMT)是植物发育过程中发挥重要作用的一种糖转运蛋白。研究旨为探究TST基因家族在葡萄生长发育中的作用,并进一步为阐明TST基因功能提供坚实的基础。【方法】通过同源分析法从葡萄基因组中鉴定出13个TS... 【目的】液泡膜糖转运蛋白(TST或者TMT)是植物发育过程中发挥重要作用的一种糖转运蛋白。研究旨为探究TST基因家族在葡萄生长发育中的作用,并进一步为阐明TST基因功能提供坚实的基础。【方法】通过同源分析法从葡萄基因组中鉴定出13个TST基因,对基因的结构和编码蛋白质进行生物信息学分析;用qRT-PCR技术分析‘鄞红’葡萄发育过程中不同组织的TST表达水平,并对不同时期葡萄果肉中可溶性糖含量进行相关性分析。【结果】TST基因家族分布在6条染色体上,存在3对片段重复和3对串联重复基因;根据系统发育将其分为3个亚家族,各亚家族成员结构相似;TST基因含有大量与激素、光和胁迫响应相关的顺式作用元件;TST家族蛋白质由α-螺旋和无规则卷曲组成,各亚族蛋白模型相似;VvTST在不同组织中均有表达,并存在时空表达特异性;相关性分析发现,葡萄果肉中4个VvTST基因(VIT_18s0001g12560、VIT_18s0122g00850、VIT_04s0023g01860和VIT_03s0038g03940)的表达水平与其中可溶性糖的积累呈现相似变化趋势。【结论】VvTST可能对葡萄果肉中可溶性糖积累起到至关重要的作用。 展开更多
关键词 TST基因家族 生物信息学 表达分析 可溶性糖 葡萄
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团头鲂嗅觉器官的发育及代表性嗅觉受体基因的表达模式
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作者 刘宁 关素华 +1 位作者 王卫民 刘寒 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期112-122,共11页
为了研究团头鲂嗅觉器官的发育过程和嗅觉受体基因(ORs)在嗅囊发育不同时期的组织表达模式,实验基于组织学、形态学及实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)的方法进行了探究。组织形态学结果显示,团头鲂嗅觉器官位于后背部和两侧眼睛前方,嗅囊... 为了研究团头鲂嗅觉器官的发育过程和嗅觉受体基因(ORs)在嗅囊发育不同时期的组织表达模式,实验基于组织学、形态学及实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)的方法进行了探究。组织形态学结果显示,团头鲂嗅觉器官位于后背部和两侧眼睛前方,嗅囊紧贴于嗅腔底部,形状近似椭圆形,嗅基板沿着头尾方向平行排列。嗅囊在团头鲂刚孵化时出现嗅窝外围凹进的痕迹,随后凹进处长出嗅窝,并在中央出现长条形的嗅基板。随着仔鱼的生长发育,单侧嗅囊初级嗅基板由疏松逐渐排列紧密,嗅基板隆起高度、数量及嗅囊总体表面积逐渐增加,在成鱼阶段趋于稳定。qRT-PCR结果显示,代表性ORs在团头鲂发育不同时期的组织中表达模式各异,其中Beta-2、9、10、11在胚胎发育期的囊胚期、胚孔闭合期及嗅板期高表达;Beta-2、9、10、11和Epsilon-7在仔稚鱼期的3~15 dpf中微弱表达,在30~60 dpf时期高表达;Beta-2、10、11及Epsilon-6、7、10、13在幼鱼期至成鱼期嗅囊中高表达,Beta-2、10、9、11及Epsilon-7、10、13在3月龄团头鲂嗅球中高表达;Beta-2、10在幼鱼期至成鱼期脑中低表达。研究表明,团头鲂嗅觉器官的发育进程与ORs表达相关,不同发育时期ORs主要表达部位均在嗅囊中。本研究对进一步探究ORs的功能提供理论支持,也为后续深入研究鱼类嗅觉识别机制奠定了基础。 展开更多
关键词 团头鲂 嗅觉器官 嗅觉受体基因 基因表达
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表面展示SARS-CoV-2抗原蛋白乳酸乳球菌工程菌的构建
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作者 王佳莹 张祖朔 +3 位作者 陈佰胜 王丹丹 于飞 檀建新 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期83-90,共8页
利用乳酸菌表达系统构建表达抗原蛋白的工程菌是探讨抗原应用的重要手段之一。本研究利用融合PCR技术将信号肽-细胞壁锚定蛋白结构域序列(Usp45-3LysM)分别与绿色荧光蛋白(GFP)、Omicron变异株上S1蛋白的受体结合位点结构域(RBD)序列融... 利用乳酸菌表达系统构建表达抗原蛋白的工程菌是探讨抗原应用的重要手段之一。本研究利用融合PCR技术将信号肽-细胞壁锚定蛋白结构域序列(Usp45-3LysM)分别与绿色荧光蛋白(GFP)、Omicron变异株上S1蛋白的受体结合位点结构域(RBD)序列融合,构建表达载体pNZ8149-GFP、pNZ8149-2RBD、pNZ8149-3RBD,转化乳酸乳球菌NZ3900(Lactococcus lactis NZ3900)构建了GFP、2RBD、3RBD表面展示工程菌菌株。结果表明工程菌受Nisin诱导表达GFP的最佳浓度和时间分别为20 ng/mL和20 h。蛋白质免疫印迹法(Western blot)和间接免疫荧光检测结果证明,3种目的蛋白都成功表达并展示于工程菌的细胞壁上,表明表面展示SARS-CoV-2抗原蛋白乳酸乳球菌工程菌已构建成功。本研究为新冠病毒或其他动物病毒的新型乳酸菌口服疫苗的研制及其相关产品的研发打下基础。 展开更多
关键词 乳酸乳球菌 Omicron变异株 RBD结构域 表面展示
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稻瘟病菌MoZds1的功能分析
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作者 黄昌丽 朱学明 +3 位作者 李琳 鲍坚东 俞晓平 林福呈 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第3期559-568,共10页
由稻瘟病菌引起的水稻稻瘟病对中国水稻产量造成了严重威胁,开展稻瘟病菌功能基因的研究有利于更好地了解稻瘟病菌致病机制,为稻瘟病的防治奠定基础。研究前期通过遗传学手段在稻瘟病菌中筛选到一个酵母ZDS1同源基因MoZDS1。通过基因敲... 由稻瘟病菌引起的水稻稻瘟病对中国水稻产量造成了严重威胁,开展稻瘟病菌功能基因的研究有利于更好地了解稻瘟病菌致病机制,为稻瘟病的防治奠定基础。研究前期通过遗传学手段在稻瘟病菌中筛选到一个酵母ZDS1同源基因MoZDS1。通过基因敲除方法成功获得基因缺失突变体ΔMozds1,发现缺失MoZDS1严重影响稻瘟病菌营养生长。为探究MoZds1在稻瘟病菌中的具体功能,通过生物信息学分析、生长测定、产孢量分析、细胞壁胁迫分析以及自噬流检测等方法,分析了MoZds1在维持营养生长、产孢、应对细胞壁胁迫以及细胞自噬方面的作用。结果表明,MoZds1正调控稻瘟病菌菌丝生长,负调控孢子的形成。此外,MoZds1参与细胞壁完整性途径并调控孢子内糖原的降解速率,然而,MoZds1的缺失未表现出对细胞自噬途径的显著影响。该研究对稻瘟病菌MoZds1的功能进行了系统地分析,或为后续更深入研究MoZds1的功能提供了理论基础。 展开更多
关键词 稻瘟病菌 气生菌丝 细胞壁完整性 细胞自噬
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缢蛏ABC转运蛋白基因家族成员全基因组鉴定及表达模式分析
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作者 杨凡 李治平 +1 位作者 董迎辉 任建峰 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2024年第1期172-184,共13页
腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP binding cassette transporter,ABC transporter)家族是最古老的膜蛋白家族之一,广泛存在于原核生物和真核生物体内,利用ATP水解释放的能量对氨基酸、脂质、抗生素等物质进行跨膜运输,参与生物体内多种生... 腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP binding cassette transporter,ABC transporter)家族是最古老的膜蛋白家族之一,广泛存在于原核生物和真核生物体内,利用ATP水解释放的能量对氨基酸、脂质、抗生素等物质进行跨膜运输,参与生物体内多种生理活动。目前,对软体动物ABC转运蛋白家族的鉴定,仅在虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)、栉孔扇贝(Chlamys farreri)和长牡蛎(Crassostrea gigas)3种双壳类中有系统研究,对缢蛏(Sinonovacula constricta)ABC转运蛋白家族的鉴定和表达模式分析尚未见报道。利用缢蛏基因组和转录组数据,运用本地及NCBI在线BLAST程序、FGENESH+、SMART、Ex PASy、MEGA X、Mev 4.90和MapInspect等生物信息学分析工具,在全基因组水平系统地鉴定出52个缢蛏ABC转运蛋白,并对转运蛋白基因外显子数目、染色体定位等信息进行分析;通过系统进化分析,将缢蛏ABC转运蛋白家族分为8个亚家族,即ABCA~ABCH;通过比较分析不同物种ABC转运蛋白家族,推测基因串联复制事件对软体动物ABC转运蛋白家族成员数目的增加有影响。ABC转运蛋白基因在缢蛏不同发育时期和组织的表达分析显示,ABCC和ABCG亚家族多个基因在缢蛏稚贝时期表达量达到最高值,ABC转运蛋白基因在鳃、肝胰腺和性腺中表达种类较多。软体动物作为第二大动物类群,目前仅有3个物种的ABC转运蛋白得到了系统分类,缢蛏ABC转运蛋白基因家族的系统鉴定与表达模式分析为研究软体动物ABC转运蛋白基因的进化和缢蛏ABC转运蛋白功能提供了基础资料。 展开更多
关键词 缢蛏 ABC转运蛋白 序列分析 表达模式
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H5N1亚型禽流感病毒HA蛋白在水稻胚乳中的表达及其纯化
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作者 屈小天 王雅楠 +4 位作者 许倩茹 李雪洋 张申立 张二芹 张改平 《河南农业科学》 北大核心 2024年第3期125-132,共8页
为制备H5N1亚型禽流感病毒HA蛋白并评估其免疫原性,利用水稻表达系统表达H5N1亚型禽流感病毒重组HA蛋白。首先构建了重组植物表达载体pCAMBIA1300-HA,该载体具有GT13特有启动子、信号肽SP和终止子,有利于外源基因在水稻中表达。之后将... 为制备H5N1亚型禽流感病毒HA蛋白并评估其免疫原性,利用水稻表达系统表达H5N1亚型禽流感病毒重组HA蛋白。首先构建了重组植物表达载体pCAMBIA1300-HA,该载体具有GT13特有启动子、信号肽SP和终止子,有利于外源基因在水稻中表达。之后将重组质粒pCAMBIA1300-HA通过电转化法导入根癌农杆菌EHA105中,筛选出阳性菌落并侵染水稻愈伤组织。经过暗培养、潮霉素筛选、分化、生根、成苗,采用CTAB法提取水稻叶片DNA,PCR鉴定结果显示,HA基因已插入到水稻基因组中,重组HA基因大小为4660 bp。将阳性植株移植到大田中,4个月后收获水稻种子,提取水稻胚乳蛋白,Western blot鉴定结果表明,HA蛋白在水稻胚乳中成功表达。重组HA蛋白通过Q阴离子层析、疏水层析和凝胶过滤层析三步分离纯化,其纯度达到90%以上。最后将纯化后的重组HA蛋白与ISA 50V佐剂混合并乳化制成疫苗,免疫小鼠,小鼠血清具有较高的特异性抗体水平,表明重组HA蛋白免疫原性较好。综上,成功构建了H5N1亚型禽流感病毒HA重组蛋白的水稻表达系统,并分离纯化获得了高纯度和免疫原性良好的重组HA蛋白。 展开更多
关键词 H5N1亚型禽流感病毒 HA蛋白 水稻胚乳表达 蛋白质纯化
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长链非编码RNA SLCO4A1-AS1靶向微小RNA-615-5p对食管癌细胞增殖、凋亡和炎症因子表达的影响
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作者 卡比努尔·阿里马斯 陈海林 +3 位作者 艾山江·木合塔尔 麦麦提热夏提·苏帕吉 吴春平 安尼瓦尔·买买提 《实用临床医药杂志》 CAS 2024年第1期13-19,共7页
目的探讨长链非编码RNA(LncRNA)溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员4A1反义RNA1(SLCO4A1-AS1)靶向微小RNA-615-5p(miR-615-5p)对食管癌细胞增殖、凋亡和炎症因子表达的影响。方法运用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)分析LncRNA SL... 目的探讨长链非编码RNA(LncRNA)溶质载体有机阴离子转运蛋白家族成员4A1反义RNA1(SLCO4A1-AS1)靶向微小RNA-615-5p(miR-615-5p)对食管癌细胞增殖、凋亡和炎症因子表达的影响。方法运用实时荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)分析LncRNA SLCO4A1-AS1和miR-615-5p在食管癌组织、细胞系中表达情况。将si-NC、si-LncRNA SLCO4A1-AS1、miR-NC、miR-615-5p模拟物、pcDNA、pcDNA-LncRNA SLCO4A1-AS1、si-LncRNA SLCO4A1-AS1+anti-miR-NC、si-LncRNA SLCO4A1-AS1+anti-miR-615-5p分别转染Eca109细胞。CCK-8和流式细胞术用于检测细胞活力和凋亡率;平板克隆实验用于检测细胞增殖;酶联免疫吸附法(ELISA)试剂盒检测培养液中白细胞介素-6(IL-6)和肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平。采用双荧光素酶报告基因法确定LncRNA SLCO4A1-AS1与miR-615-5p的关系。结果食管癌组织、细胞系中LncRNA SLCO4A1-AS1表达上调,miR-615-5p表达下调。抑制LncRNA SLCO4A1-AS1表达后,细胞活力、细胞克隆形成数量以及培养液中IL-6和TNF-α水平降低,miR-615-5p表达量、细胞凋亡率升高,差异有统计学意义(P<0.05)。与miR-NC组比较,miR-615-5p组Eca109细胞中miR-615-5p表达量、Cleaved-caspase-3蛋白水平、凋亡率升高,细胞活力、细胞克隆形成数量、培养液中IL-6和TNF-α水平降低,差异有统计学意义(P<0.05)。与si-LncRNA SLCO4A1-AS1+anti-miR-NC比较,si-LncRNA SLCO4A1-AS1+anti-miR-615-5p组Eca109细胞中miR-615-5p表达量、Cleaved-caspase-3蛋白水平、凋亡率降低,细胞活力、细胞克隆形成数量、培养液中IL-6和TNF-α水平升高,差异有统计学意义(P<0.05)。结论LncRNA SLCO4A1-AS1能够促进食管癌的发生和发展。抑制LncRNA SLCO4A1-AS1能够减少食管癌细胞的增殖,降低炎症因子的表达,诱导癌细胞凋亡。 展开更多
关键词 食管癌 长链非编码RNA SLCO4A1-AS1 微小RNA-615-5p 增殖 炎症 凋亡
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白藜芦醇调控苹果响应轮纹病的差异表达基因分析
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作者 张洋红 李爽 +2 位作者 陈昊伟 李佳 徐继忠 《山东农业科学》 北大核心 2024年第2期14-22,共9页
为筛选苹果轮纹病抗性基因,以苹果轮纹病抗、感株系为材料,白藜芦醇处理后针刺法接种轮纹病菌,利用高通量测序技术对接菌0 h和96 h的样品进行差异表达基因分析。试验共构建了24个文库,转录组测序共检测到173.80 Gb Clean Data,各样品Cle... 为筛选苹果轮纹病抗性基因,以苹果轮纹病抗、感株系为材料,白藜芦醇处理后针刺法接种轮纹病菌,利用高通量测序技术对接菌0 h和96 h的样品进行差异表达基因分析。试验共构建了24个文库,转录组测序共检测到173.80 Gb Clean Data,各样品Clean Data均达到6.05 Gb,Q30值在90.67%及以上。差异表达基因(DEGs)分析结果表明,白藜芦醇处理后抗病材料的DEGs多于感病材料,接菌96 h的DEGs多于接菌0 h的。KEGG代谢通路富集分析表明,抗病材料富集的通路远远多于感病材料,且富集到抗病相关通路如植物激素信号转导和植物-病原互作的基因也多于感病材料;此外,抗病材料还富集到与木质素合成相关的苯丙素生物合成途径以及类黄酮生物合成通路。可见,在白藜芦醇处理后接菌,抗病材料叶片内的防御机制变化更丰富,可以更好地应对轮纹病菌的侵染。本研究结果可为了解白藜芦醇影响苹果轮纹病抗性的分子机制以及选育苹果抗轮纹病新品种提供理论依据。 展开更多
关键词 苹果轮纹病 白藜芦醇 转录组 差异表达基因
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日本沼虾StAR基因克隆及其低氧胁迫下表达分析
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作者 郑诚 薛程 +1 位作者 赵倩倩 孙盛明 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期64-75,共12页
为了研究类固醇激素合成急性调节蛋白(steroidogenic acute regulatory protein, StAR)在日本沼虾应答低氧胁迫过程中所发挥的作用,实验应用c DNA末端快速扩增(RACE)PCR技术克隆了日本沼虾StAR全长cDNA序列,并利用在线软件对其序列特征... 为了研究类固醇激素合成急性调节蛋白(steroidogenic acute regulatory protein, StAR)在日本沼虾应答低氧胁迫过程中所发挥的作用,实验应用c DNA末端快速扩增(RACE)PCR技术克隆了日本沼虾StAR全长cDNA序列,并利用在线软件对其序列特征进行生物信息学分析,采用半定量RT-PCR方法分析StAR在日本沼虾不同组织的分布情况,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)与免疫印迹(Western blot)技术对其在不同低氧胁迫阶段中的表达规律进行检测,观察低氧胁迫下精巢组织中StAR蛋白免疫组化定位。结果显示,日本沼虾StAR其cDNA全长3 361 bp (NCBI登录号:MW263908),包括5′-UTR 323 bp,3′-UTR 2 129 bp,开放阅读框909 bp,编码302个氨基酸。氨基酸序列比对及系统进化分析结果显示,日本沼虾StAR基因与三疣梭子蟹等甲壳动物StAR聚类一支,具有最近的亲缘关系。半定量RT-PCR检测结果显示,StAR在日本沼虾不同组织中均有表达,其表达量在肝胰腺和心脏组织中最低,在精巢组织中表达处于较高水平。使用qRT-PCR技术检测日本沼虾精巢中StAR在低氧胁迫下时空表达情况,结果表明,与对照组相比,低氧处理组精巢中StAR基因表达量在1~48 h均显著上调,而在低氧处理组96 h显著降低。此外,本实验对StAR进行了原核表达及抗血清制备,采用Western blot检测StAR蛋白表达丰度基本与基因表达模式相似,免疫组化结果显示,StAR蛋白在精细胞与间质细胞中均有表达。综上所述,长期低氧胁迫显著降低了StAR基因的转录表达水平,并且该基因可能在类固醇合成路径及精子发生过程中均发挥重要作用。本研究结果为进一步解析日本沼虾类固醇激素合成分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 日本沼虾 STAR 克隆 低氧 表达分析
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