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UPLC-MS法测定肉制品中虾过敏原含量的不确定度评定
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作者 梁瑞强 刘彤彤 +2 位作者 罗娇依 曹进 孙姗姗 《生物加工过程》 CAS 2024年第1期89-98,共10页
对采用超高效液相色谱串联质谱(UPLC-MS)法测定肉制品中虾过敏原含量的不确定度进行评定。通过建立数学模型分析UPLC-MS法测定肉制品中虾过敏原含量的方法流程和不确定度的来源,逐一计算不确定度分量并计算合成不确定度,得出扩展不确定... 对采用超高效液相色谱串联质谱(UPLC-MS)法测定肉制品中虾过敏原含量的不确定度进行评定。通过建立数学模型分析UPLC-MS法测定肉制品中虾过敏原含量的方法流程和不确定度的来源,逐一计算不确定度分量并计算合成不确定度,得出扩展不确定度。检测结果的不确定度来源分为样品称量、重复性试验、方法准确度、样品前处理过程和样品溶液测定过程,其中样品溶液测定过程引入的不确定度占比最高,而这部分不确定度的来源主要为标准曲线拟合和对照品称量过程。经计算,方法的合成相对标准不确定度为0.057 9,合成标准不确定度为1.21 mg/kg,取置信度为95%时的扩展因子k=2,计算得到用此方法测定肉制品中虾过敏原含量的相对扩展不确定度为0.116,扩展不确定度为2.42 mg/kg。评定结果中各不确定度分量的占比结果表明:实验过程中应采用调整对照品称样量、合理化标准曲线工作溶液浓度范围的方式以减少方法整体的不确定度。因此,建议在对实际样品进行含量测定时,其报告的检测结果应带有相同单位的测量不确定度值。 展开更多
关键词 UPLC-MS 肉制品 虾过敏原 不确定度
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嗜水气单胞菌外膜蛋白TolB的原核表达及生物信息学分析
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作者 陈甜梦 蔡彤璇 +3 位作者 王嘉璐 田牧野 赵宝华 刘东 《河南农业科学》 北大核心 2024年第2期136-143,共8页
为筛选TolB作为嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)渔用疫苗候选抗原,从嗜水气单胞菌中克隆了外膜蛋白tolB基因并异源表达,采用生物信息学方法预测TolB的理化性质和结构特征。结果显示,tolB基因片段(去除信号肽)全长1 263 bp,编码1条含... 为筛选TolB作为嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)渔用疫苗候选抗原,从嗜水气单胞菌中克隆了外膜蛋白tolB基因并异源表达,采用生物信息学方法预测TolB的理化性质和结构特征。结果显示,tolB基因片段(去除信号肽)全长1 263 bp,编码1条含有420个氨基酸残基的多肽,分子质量45.78 ku。成功在大肠杆菌E. coli BL21(DE3)中异源表达TolB蛋白,其为稳定的亲水性外膜蛋白。TolB蛋白家族在不同菌株间具有同源性,尤其在气单胞菌间亲缘关系更近。TolB蛋白二级结构以无规则卷曲为主,具有潜在的B细胞、细胞毒性T淋巴细胞(CTL)和辅助T细胞(Th)抗原表位;相互作用网络主要为TolPal系统蛋白。综上,TolB具有成为嗜水气单胞菌亚单位疫苗有效候选抗原的特性。 展开更多
关键词 嗜水气单胞菌 TolB 原核表达 蛋白质纯化 生物信息学
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合成生物学表型测试生物反应器及其装备化研究进展
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作者 郭肖杰 剪兴金 +2 位作者 王立言 张翀 邢新会 《合成生物学》 CSCD 北大核心 2024年第1期16-37,共22页
合成生物学经过多年的发展,形成了典型的细胞工厂创制“设计-构建-测试-学习”(design-build-testlearn,DBTL)循环,成为支撑面向加速生物制造发展的智慧生物育种的重要方法。其中,测试环节是对前期所设计与构建的生物体系进行表型测试,... 合成生物学经过多年的发展,形成了典型的细胞工厂创制“设计-构建-测试-学习”(design-build-testlearn,DBTL)循环,成为支撑面向加速生物制造发展的智慧生物育种的重要方法。其中,测试环节是对前期所设计与构建的生物体系进行表型测试,以提供大量数据用于后续的学习和迭代升级。测试阶段的通量主要依赖于细胞自身或其培养测试所使用的生物反应器及其装备,是整个DBTL流程的限速步骤。本文系统综述了合成生物学表型测试所开发的面向不同通量的生物反应器及装备,从单细胞检测和筛选及不同尺度生物反应器包括皮纳升级生物反应器、微升级生物反应器、毫升级生物反应器和升级生物反应器等,系统地介绍了各自的特点和应用场景。同时,指出了现有生物反应器及其装备的应用潜力、面临的挑战与发展趋势,为合成生物学表型测试技术研究提供重要参考。 展开更多
关键词 合成生物学 高通量筛选 液滴微流控 生物反应器 微孔板 微型管式生物反应器
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生孢噬纤维菌内切葡聚糖酶的异源表达及CBM6对其酶学性质的影响
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作者 盛钧美 荆晓凤 +2 位作者 王继伟 陈晓艺 李宪臻 《大连工业大学学报》 CAS 2024年第1期8-15,共8页
内切葡聚糖酶是纤维素酶系的重要组分之一,但大部分内切葡聚糖酶酸碱耐受性较差。为挖掘新型内切葡聚糖酶,本研究从生孢噬纤维菌CX11基因组中克隆了一个内切葡聚糖酶基因Sm_1350。该基因大小为2 196 bp,编码732个氨基酸,编码蛋白包含一... 内切葡聚糖酶是纤维素酶系的重要组分之一,但大部分内切葡聚糖酶酸碱耐受性较差。为挖掘新型内切葡聚糖酶,本研究从生孢噬纤维菌CX11基因组中克隆了一个内切葡聚糖酶基因Sm_1350。该基因大小为2 196 bp,编码732个氨基酸,编码蛋白包含一个分泌信号肽、GH5催化结构域、6家族碳水化合物结合模块(CBM6)和一个C末端结构域(CTD)。利用实时荧光定量PCR技术对Sm_1350在不同碳源条件下的相对表达水平进行了分析,结果表明,Sm_1350在纤维二糖和滤纸培养基中的表达水平均显著高于在葡萄糖培养基中的表达水平,推测其在CX11降解纤维素过程中发挥一定作用。本研究构建了Sm_1350及其3种截短突变体,分别为Sm_1350、Sm_1350-GH5-CBM6、Sm_1350-GH5和Sm_1350-CBM6,并在大肠杆菌中进行异源表达。结果表明,去除CTD结构域明显提高了目的蛋白的可溶性表达水平。以CMC为底物时,Sm_1350-GH5-CBM6与Sm_1350-GH5酶活力分别为(7 000.00±50.00)U/g和(2 542.73±35.03)U/g,表明去除CBM6降低了Sm_1350-GH5对可溶性多糖的水解能力。酶学性质分析结果显示,Sm_1350-GH5-CBM6与Sm_1350-GH5均有较好的pH稳定性,去除CBM6结构域只改变了Sm_1350-GH5的最适温度,对最适pH以及温度稳定性没有产生影响。此外,Sm_1350-CBM6具有较强的几丁质结合能力,在蛋白纯化方面具有良好的应用前景。 展开更多
关键词 内切葡聚糖酶 生孢噬纤维菌 CBM6结构域 酶学性质
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合成生物学在肿瘤疫苗设计中的应用进展
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作者 方超 黄卫人 《合成生物学》 CSCD 北大核心 2024年第2期239-253,共15页
根据中心法则和细胞免疫学原则,利用合成生物学设计和生产新型肿瘤疫苗代表了癌症免疫治疗中的一个重要途径。本文概述了利用合成生物学针对两个主要方面(抗原选择和疫苗设计)的创新治疗性肿瘤疫苗的最新研究进展。针对肿瘤相关或特定抗... 根据中心法则和细胞免疫学原则,利用合成生物学设计和生产新型肿瘤疫苗代表了癌症免疫治疗中的一个重要途径。本文概述了利用合成生物学针对两个主要方面(抗原选择和疫苗设计)的创新治疗性肿瘤疫苗的最新研究进展。针对肿瘤相关或特定抗原,开发更精确和有效的肿瘤疫苗引起了广泛关注。传统方法在抗原选择中主要针对肿瘤中的特定基因,而以高通量测序及质谱为基础筛选新抗原的方法明显改善了疫苗的靶向性及免疫原性。在疫苗类别方面,与传统多肽疫苗相比,通过对DNA、mRNA、病毒/细菌、细胞的工程化修饰而成的新型疫苗显著扩大了肿瘤疫苗的范围,从而大幅增强了不同肿瘤疫苗的免疫效果。合成生物学的快速发展将加速对肿瘤疫苗的实验研究进度,最终导致临床治疗效果的持续增强。 展开更多
关键词 肿瘤疫苗 新抗原 树突状细胞 细胞疫苗 合成生物学
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深度学习在基于序列的蛋白质互作预测中的应用进展
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作者 朱景勇 李钧翔 +2 位作者 李旭辉 张瑾 毋文静 《合成生物学》 CSCD 北大核心 2024年第1期88-106,共19页
蛋白质-蛋白质相互作用在细胞信号转导、基因表达和代谢调控等生物过程中发挥重要作用,鉴定蛋白质间的相互作用对于理解复杂生物过程至关重要。预测蛋白质间的相互作用可以为药物发现、蛋白质功能研究和设计等领域提供帮助。近年来,随... 蛋白质-蛋白质相互作用在细胞信号转导、基因表达和代谢调控等生物过程中发挥重要作用,鉴定蛋白质间的相互作用对于理解复杂生物过程至关重要。预测蛋白质间的相互作用可以为药物发现、蛋白质功能研究和设计等领域提供帮助。近年来,随着人工智能技术的蓬勃发展,深度学习技术在预测蛋白质互作领域做出巨大贡献,其中基于序列的深度学习模型通过学习蛋白质序列信息的深层特征进行互作预测。本文综述了深度学习在基于序列的蛋白质互作预测中的应用,按照算法框架和时间线对该领域进展进行分类归纳,介绍了数据处理、序列编码方法、算法架构以及模型的评估指标等内容,并分析了当前面临的问题以及未来的发展方向。随着深度学习技术的发展,预测蛋白质互作的效率大幅提高,未来需要发展泛化能力更强的预测模型,助力蛋白质互作的预测。 展开更多
关键词 蛋白质互作 深度学习 人工智能 序列编码 神经网络
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HPLC法测定五味子颗粒中7种木脂素成分的含量
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作者 陈亚运 雷棋 屈蓉 《生物加工过程》 CAS 2024年第2期189-195,共7页
建立了同时测定五味子颗粒中7种木脂素成分含量的高效液相色谱(HPLC)法。采用Poroshell 120 SB-C18色谱柱(150 mm×4.6 mm,2.7μm)进行分离,四氢呋喃水-乙腈梯度洗脱,流速为0.6 mL/min,柱温为30℃,检测波长为220 nm,进样量为10μL... 建立了同时测定五味子颗粒中7种木脂素成分含量的高效液相色谱(HPLC)法。采用Poroshell 120 SB-C18色谱柱(150 mm×4.6 mm,2.7μm)进行分离,四氢呋喃水-乙腈梯度洗脱,流速为0.6 mL/min,柱温为30℃,检测波长为220 nm,进样量为10μL。结果表明:该方法对五味子醇甲、五味子醇乙、五味子酯甲、五味子酯乙、五味子甲素、五味子乙素和五味子丙素的检测下限(LOD)分别为0.017、0.041、0.156、0.165、0.136、0.166和0.113μg/mL,线性关系良好,相关系数(r)均大于0.9999,平均加样回收率为98.1%~100.9%,相对标准偏差(RSD)均小于3.0%。因此,该方法重复性好、灵敏度高,所得含量关系可对五味子颗粒进行质量控制,特别是可为预防南五味子掺伪提供参考,也为其他含五味子制剂的质量标准修订奠定了基础。 展开更多
关键词 高效液相色谱 五味子颗粒 木脂素 定量分析
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合成生物学在新冠病毒广谱疫苗研发中的应用
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作者 袁为锋 赵永亮 +1 位作者 吴芷萱 徐可 《合成生物学》 CSCD 北大核心 2024年第2期369-384,共16页
新型冠状病毒(SARS-CoV-2)自2019年底引发疫情至今,已经变异出Alpha、Beta、Delta和Omicron等不同谱系。传统疫苗的抗原序列来源于某一自然分离株的原始序列,疫苗迭代速度跟不上病毒变异的速度,导致突破性感染的发生,研发跨谱系的广谱... 新型冠状病毒(SARS-CoV-2)自2019年底引发疫情至今,已经变异出Alpha、Beta、Delta和Omicron等不同谱系。传统疫苗的抗原序列来源于某一自然分离株的原始序列,疫苗迭代速度跟不上病毒变异的速度,导致突破性感染的发生,研发跨谱系的广谱疫苗是预防这类高变异呼吸道病毒的迫切需求。随着合成生物技术的发展,抗原的多价偶联、核心抗原模块的提取、抗原内部保守表位的工程化设计、抗原表位展示技术、计算指导的抗原重构等抗原“再设计”方案得以实现,提高了抗原的免疫原性和广谱性。合成生物学还体现在疫苗产品的生产工艺环节,基因工程表达的疫苗抗原以纳米颗粒、病毒载体、核酸、亚单位的形式,借助细菌、酵母、植物、昆虫或哺乳动物细胞等表达平台进行规模化生产。本文综述了近年来合成生物技术在广谱疫苗(尤其是广谱新冠病毒疫苗)多种设计策略中的应用情况,总结了合成生物技术如何通过反向疫苗学的设计展示全新的共性抗原表位和交叉抗原位点,达到“以不变应万变”的广谱保护效果。本文还讨论了多种广谱疫苗设计策略的应用场景及面临的挑战。基于合成生物技术的马赛克设计策略、保守表位工程化设计策略、计算共识序列策略和新型佐剂策略,结合不同的疫苗技术路线,可提高疫苗的免疫原性、广谱保护性和安全性。这为高变异病毒的疫苗研发提供了合成生物学的新思路。 展开更多
关键词 合成生物学 反向疫苗学 新冠广谱疫苗
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基于动力学分析的合成生物学研究
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作者 王瑞琦 陈洛南 《合成生物学》 CSCD 北大核心 2024年第1期77-87,共11页
随着生物技术与其他各学科如计算科学的发展,合成生物学在功能设计与实验实施方面都取得了长足的进展。合成生物学近年来在计算生物学与人工智能等交叉学科领域引起广泛兴趣。从数学科学的角度,设计各种具有特定功能的合成生物元件的理... 随着生物技术与其他各学科如计算科学的发展,合成生物学在功能设计与实验实施方面都取得了长足的进展。合成生物学近年来在计算生物学与人工智能等交叉学科领域引起广泛兴趣。从数学科学的角度,设计各种具有特定功能的合成生物元件的理论不断涌现,如基因开关、基因振子、生物逻辑门等。从生物技术角度,基因工程、蛋白(酶)的化学修饰自组装等生物合成及功能化策略也取得了巨大进步。这些相关方面的长足发展,也大大促进了合成生物学的发展。本文重点从生物分子网络动力学的角度,深入阐述各种具有特定功能的合成生物网络背后的理论基础与分析方法,其中包括生物功能器件如开关与振子,以及数学与网络理论相关的因素,包括正负反馈回路与动力学的相关性、非线性因素与时间延迟产生的原因、稳定性与分支相关理论、周期振子的鲁棒性、周期可调性等动力学相关的理论基础与分析方法,为进一步设计更为复杂或者更易实验合成的生物器件提供可以借鉴的理论分析方法。 展开更多
关键词 动力学 网络 开关 振子 稳定性 分支
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合成生物技术助力纳米颗粒疫苗理性设计时代的到来
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作者 马雪璟 郭畅 +1 位作者 华兆琳 侯百东 《合成生物学》 CSCD 北大核心 2024年第2期353-368,共16页
纳米颗粒疫苗自1981年首次应用于人体以来,经历逾40年的发展历程,在临床应用方面已取得了极大成功。尤其是在乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)、人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)等疫苗领域,纳米颗粒疫苗以显著的免疫原性和... 纳米颗粒疫苗自1981年首次应用于人体以来,经历逾40年的发展历程,在临床应用方面已取得了极大成功。尤其是在乙型肝炎病毒(hepatitis B virus,HBV)、人乳头瘤病毒(human papillomavirus,HPV)等疫苗领域,纳米颗粒疫苗以显著的免疫原性和良好的安全性在遏制病毒传播和疾病防控方面发挥了不可替代的作用,为人类社会的健康安全作出了巨大贡献。自新型冠状病毒疫情爆发以来,迫切的防控需要进一步推动了包括纳米颗粒疫苗在内的各类新型疫苗技术的发展。然而,由于被相对更经验化的设计方式和更复杂的制备工艺制约,纳米颗粒疫苗临床转化应用的速度并不突出。因此,通过理性设计来提升纳米颗粒疫苗的研制效率和应用范围,正成为其未来发展的重要方向和关键目标。合成生物技术在纳米颗粒疫苗发展的过程中一直起着重要作用。近年来,新型合成生物技术的应用在推动纳米颗粒平台灵活性方面取得了显著进展,有望满足未来对抗原承载多样性的需求。本文首先综述了纳米颗粒疫苗发展的技术沿革与进展,从抗原自组装形成的纳米颗粒疫苗到抗原协助组装的纳米颗粒疫苗,再到抗原平台展示的纳米颗粒疫苗。其次,总结了纳米颗粒疫苗提高抗原淋巴引流效率、抗原增强B细胞信号活化、抗原具有独特的抗原提呈方式等增强抗原免疫原性的特殊作用。最后概括了纳米颗粒疫苗在新型冠状病毒流行中的转化应用,如新型冠状病毒刺突蛋白三聚体疫苗、协助组装的新冠纳米颗粒疫苗、标签偶联展示的新冠纳米颗粒疫苗。随着对免疫应答机理的深入研究和对抗原提呈新规律的发现,利用合成生物技术也将有助于充分发掘纳米颗粒疫苗的独特免疫功能、满足高难度疫苗研制的要求。因此有理由相信:在合成生物技术助力下,未来纳米颗粒疫苗将在新突发及重大传染性疾病的防控中做出更突出的贡献。 展开更多
关键词 纳米颗粒 疫苗 合成生物学 免疫应答 抗原提呈 新型冠状病毒肺炎
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四联鲎抗菌肽Tachyplesin Ⅱ毕赤酵母重组质粒构建及其表达
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作者 曾臻 罗家英 +5 位作者 蔡依婕 上官雪茹 黄艺虹 李雅婷 李婉褀 谭强来 《科技创新与应用》 2024年第7期47-50,共4页
利用重组毕赤酵母表达四联鲎抗菌肽Tachyplesin Ⅱ以实现高效制备。根据鲎抗菌肽Tachyplesin Ⅱ的氨基酸序列,以及胰弹性蛋白酶和羧肽酶A的特异性裂解位点,设计四联鲎抗菌肽(4Tp Ⅱ)序列,按照毕赤酵母密码子偏好性进行优化,经EcoR Ⅰ和N... 利用重组毕赤酵母表达四联鲎抗菌肽Tachyplesin Ⅱ以实现高效制备。根据鲎抗菌肽Tachyplesin Ⅱ的氨基酸序列,以及胰弹性蛋白酶和羧肽酶A的特异性裂解位点,设计四联鲎抗菌肽(4Tp Ⅱ)序列,按照毕赤酵母密码子偏好性进行优化,经EcoR Ⅰ和Not Ⅰ双酶切后构建重组质粒pPICZαA-4Tp Ⅱ,电转至毕赤酵母X-33,利用Zeocin抗性筛选阳性转化子,经甲醇诱导表达后SDS-PAGE分析。成功构建重组质粒pPICZαA-4Tp Ⅱ,并筛选出阳性转化子,经30℃、250 r/min、1%甲醇诱导表达5 d后,获得重组蛋白,可为高效制备鲎抗菌肽Tachyplesin Ⅱ奠定基础。 展开更多
关键词 抗菌肽 TachyplesinⅡ 重组毕赤酵母 串联表达
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纳米孔测序技术在DNA信息存储领域的应用
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作者 韩娜 黄蕾 +4 位作者 强裕俊 彭贤慧 张婷婷 李秀文 张雯 《江苏大学学报(医学版)》 CAS 2023年第6期498-501,508,共5页
脱氧核糖核酸(DNA)存储是一种以人工合成的生物大分子DNA作为信息载体的新型存储技术,具有存储密度高、存储量大、存储时间长、损耗率低等优点,有望成为一种新的数据存储介质。随着DNA合成技术(数据写入)和DNA测序技术(数据读取)的快速... 脱氧核糖核酸(DNA)存储是一种以人工合成的生物大分子DNA作为信息载体的新型存储技术,具有存储密度高、存储量大、存储时间长、损耗率低等优点,有望成为一种新的数据存储介质。随着DNA合成技术(数据写入)和DNA测序技术(数据读取)的快速发展,DNA存储已成为下一代存储技术的热点。然而目前通过二代测序技术实现DNA数据的读取仍然是一个操作复杂、耗时长且成本较高的过程。如何更深入融合和改进DNA合成技术和测序技术,将DNA信息的存储和读取进一步快速高效地实现,是目前需要解决的问题。本研究设计并实践了基于便携式的国产纳米孔测序平台开展DNA存储信息快速读取的可能性,实现了4 h内将存储于DNA片段中一首中文诗词进行重新测序和即时解码,验证了国产纳米孔测序技术从存储DNA信息的介质中即时读取信息的能力。 展开更多
关键词 纳米孔 测序 DNA 信息存储 信息读取 国产平台
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一种用于冷冻电镜样品装载的工作台
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作者 饶桂波 《电子显微学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期215-218,共4页
本文介绍一种自行设计用于冷冻电镜样品装载的工作台。在保持操作区域相对低温及低气流扰动下,其可以将湿度降至10%以内。在该操作台里完成装载的冷冻样品,几乎没有冰晶污染,可用于冷冻电镜高分辨数据采集。
关键词 冷冻电镜 样品装载 冰晶污染
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CRISPR/Cas系统的挖掘、改造与功能拓展 被引量:2
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作者 柳柯 林桂虹 +3 位作者 刘坤 周伟 王风清 魏东芝 《合成生物学》 CSCD 2023年第1期47-66,共20页
规律成簇间隔短回文重复序列及其相关蛋白(CRISPR/Cas)是一种微生物获得性免疫系统,自从证实其可用于基因编辑之后,迅速增强了我们编辑、操纵、注释、检测甚至成像生物体DNA和RNA的能力,为基础生命科学、医学和生物工程等领域的创新发... 规律成簇间隔短回文重复序列及其相关蛋白(CRISPR/Cas)是一种微生物获得性免疫系统,自从证实其可用于基因编辑之后,迅速增强了我们编辑、操纵、注释、检测甚至成像生物体DNA和RNA的能力,为基础生命科学、医学和生物工程等领域的创新发展注入了强劲动力,快速推动了合成生物学等学科的兴盛发展。然而,CRISPR/Cas系统也有一些固有的问题,例如脱靶效应、原间隔序列邻近基序(PAM)对靶目标的约束性以及基因编辑活性的可控性等,严重制约了该系统在基因精准可控编辑等方面的长足发展,阻碍了其新功能和新应用的拓展。为了突破这些限制,“蛋白质工程修饰Cas蛋白”与“基于生物信息学的新型CRISPR/Cas系统的挖掘”就成为完善发展CRISPR/Cas系统以及扩充CRISPR工具箱的两种重要策略。本文主要针对当前应用最为广泛的Ⅱ类CRISPR/Cas系统,重点介绍了CRISPR/Cas9、CRISPR/Cas12a和CRISPR/Cas13a这三种代表性系统的基本结构和作用机制,及其在结构改造和功能拓展等方面的新进展,同时也对一些新近发掘的具有重要特色和潜在应用价值的CRISPR/Cas系统进行了综述,例如CRISPR/CasФ和CRISPR/Cas12k。这些改造和发掘工作显著改善了CRISPR/Cas系统的固有问题,有力地拓展了其功能和适用性,势必会进一步快速推动CRISPR/Cas系统在诸多领域的创新发展。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas 基因编辑 脱靶效应 PAM约束 Cas工程改造
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RNA转录后代谢时空精密控制技术 被引量:1
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作者 刘韧玫 李乐诗 +2 位作者 杨小燕 陈显军 杨弋 《合成生物学》 CSCD 2023年第1期141-164,共24页
RNA种类繁多且功能多样,是细胞活动的核心分子之一。RNA代谢调控对于基因和RNA功能研究、细胞生命活动解析以及疾病治疗手段的开发都是至关重要的。为了深入研究RNA时间、空间分布以及功能机制,科学家们一直在追求可以在活细胞内对RNA... RNA种类繁多且功能多样,是细胞活动的核心分子之一。RNA代谢调控对于基因和RNA功能研究、细胞生命活动解析以及疾病治疗手段的开发都是至关重要的。为了深入研究RNA时间、空间分布以及功能机制,科学家们一直在追求可以在活细胞内对RNA分子活动进行精密控制的技术,这也是近些年生命科学领域的研究热点之一。目前基于基因编辑、转录调控等可以控制RNA转录生成的技术已较为成熟,但对于RNA转录后代谢的控制技术尚在发展与突破阶段。此前,RNA转录后代谢调控工具是通过调节RNA或基于RNA结合蛋白的RNA效应因子来实现的,但它们的时空分辨率较低,很难对RNA转录后代谢进行定时、定量和定位精密调控。光遗传学凭借其独特的高时空分辨率、非侵入性等优势已经被逐步用于发展活细胞RNA代谢时空精确控制技术。目前,基于核苷酸光化学修饰、遗传编码光响应因子的光遗传学工具已经可实现在转录或转录后水平对RNA多种代谢活动的时空精密控制,包括生成、运输、翻译、降解等。本文将介绍RNA代谢调控系统的研究进展,并聚焦于RNA转录后代谢的光遗传学调控技术,同时对其未来发展前景进行了展望。 展开更多
关键词 光遗传学 RNA代谢 RNA功能 时空精密控制 光控RNA结合蛋白
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工程菌在肿瘤治疗方面的应用进展 被引量:1
16
作者 陈家文 黄建东 孙海涛 《合成生物学》 CSCD 2023年第4期690-702,共13页
肿瘤的细菌治疗最早可以追溯到19世纪,人们第一次利用链球菌(Streptococcus pyogenes)成功治疗了患有无法手术切除的肉瘤患者。此后,细菌在肿瘤治疗上的研究越来越多,并取得了令人期待的结果。与其他肿瘤治疗方法相比,细菌治疗肿瘤具有... 肿瘤的细菌治疗最早可以追溯到19世纪,人们第一次利用链球菌(Streptococcus pyogenes)成功治疗了患有无法手术切除的肉瘤患者。此后,细菌在肿瘤治疗上的研究越来越多,并取得了令人期待的结果。与其他肿瘤治疗方法相比,细菌治疗肿瘤具有许多独特的优点。随着合成生物学的发展,人们对细菌进行改造后大大增强了其在肿瘤治疗中的运用。本文介绍了细菌改造策略和应用进展,特别是鼠伤寒沙门氏菌治疗肿瘤的研究。在动物模型中,工程菌可以选择性定植到肿瘤组织中并抑制肿瘤的生长。此外,介绍了工程菌治疗肿瘤的新策略——表达抗肿瘤分子来提高肿瘤治疗的效果。最后,讨论了工程菌治疗肿瘤运用于临床还有一些需要解决的问题,如何平衡细菌毒力和抗肿瘤能力是一个关键点,需要设计更精巧的基因线路来对细菌进行改造。在减弱细菌毒力的同时,还要增强细菌靶向到肿瘤组织的能力,以减少对其他正常组织的影响。细菌的遗传不稳定性也是一个潜在的问题,因为突变可能会产生无效或有害的表型。但是,随着合成生物学的发展,在不久的将来,上述问题将会得到解决,细菌治疗将会是一种具有巨大潜力的肿瘤治疗的方法。 展开更多
关键词 工程菌 递送载体 肿瘤 治疗
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自动化高通量技术在天然产物生物合成中的应用 被引量:1
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作者 胡哲辉 徐娟 卞光凯 《合成生物学》 CSCD 2023年第5期932-946,共15页
天然产物与人们的日常生活息息相关,是药物、食品、营养添加剂、色素、化妆品等产品的重要来源。发掘新的天然产物并实现其高效合成对于提升人们的生活水平至关重要。然而,研究通量低和产物产量低已成为限制该领域快速发展的两大瓶颈。... 天然产物与人们的日常生活息息相关,是药物、食品、营养添加剂、色素、化妆品等产品的重要来源。发掘新的天然产物并实现其高效合成对于提升人们的生活水平至关重要。然而,研究通量低和产物产量低已成为限制该领域快速发展的两大瓶颈。为了克服这些问题,自动化高通量技术的引入在天然产物生物合成领域具有重要意义。该技术可以将高度依赖人力资源的低通量和随机性手工操作的实验过程转变为基于先进设备的自动化、标准化和高效的研究过程。因此,将自动化高通量技术引入天然产物生物合成领域可以有效解决研究瓶颈,加速研发进程。本文综述了自动化高通量技术在天然产物生物合成领域的应用,阐述了其在天然产物挖掘、高效生物合成和快速检测等方面的优势。最后,讨论了该技术现存缺陷,包括仪器设备造价高昂、操作复杂,并且一些装置尚未得到推广。相信在合成生物、信息技术、自动化等多领域的共同协作下,自动化高通量技术具备的独特优势将为新型天然产物功能产品的开发提供可持续来源。 展开更多
关键词 合成生物学 天然产物 自动化技术 高产底盘 生物铸造
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原位电离质谱技术在微生物菌株筛选中的应用进展 被引量:1
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作者 刘欢 崔球 《合成生物学》 CSCD 2023年第5期980-999,共20页
质谱是一种强大的分析工具,可提供分子量和化学结构信息。它具有高特异性、高灵敏度、快速、普适性、微量和非标记等优点。在合成生物学的“设计-构建-测试-学习”工程化策略中,质谱具有重要的应用潜力。随着质谱仪器及其方法体系的不... 质谱是一种强大的分析工具,可提供分子量和化学结构信息。它具有高特异性、高灵敏度、快速、普适性、微量和非标记等优点。在合成生物学的“设计-构建-测试-学习”工程化策略中,质谱具有重要的应用潜力。随着质谱仪器及其方法体系的不断发展,质谱,特别是原位电离质谱技术,已经成为检测和筛选微生物菌株的重要工具。它能够获取完整的细胞代谢表型,用于合成生物学中的“测试”环节高通量筛选和成像。本文重点介绍了经典的基质辅助激光解吸/电离质谱技术和基于电喷雾、激光和等离子体的原位电离质谱技术的工作机制。此外,还综述了这些质谱技术可以在无需样品预处理的情况下直接检测完整的微生物细胞,以及在微生物突变文库的高通量筛选和活微生物菌落的质谱成像方面的研究进展。最后,总结了原位电离质谱技术在合成生物学中的应用。原位电离质谱技术具有微量、无标记、高通量、普适性、高灵敏度等特点,将在合成生物学“测试”环节的高通量筛选装备中发挥重要作用。 展开更多
关键词 原位电离质谱技术 微生物菌株 细胞代谢表型 高通量筛选 合成生物学
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基于靶标结构的环肽分子计算设计 被引量:1
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作者 王凡灏 来鲁华 张长胜 《合成生物学》 CSCD 2023年第3期551-570,共20页
环肽在调控蛋白质-蛋白质相互作用方面具有独特的优势,在新药研发领域受到了越来越多的关注。蛋白质相互作用界面一般较大而平坦,相较于小分子化合物,环肽分子更容易获得与这些靶标位点结合的高亲和力和高特异性。相较于线性多肽或蛋白... 环肽在调控蛋白质-蛋白质相互作用方面具有独特的优势,在新药研发领域受到了越来越多的关注。蛋白质相互作用界面一般较大而平坦,相较于小分子化合物,环肽分子更容易获得与这些靶标位点结合的高亲和力和高特异性。相较于线性多肽或蛋白质,环肽结构一般具有更大的骨架刚性,更难被酶降解,从而在代谢上更稳定,而且环肽更易于通过修饰改造增加跨膜活性,从而结合细胞内的靶标蛋白。结构数据和结构建模方法是开发基于靶标结构计算设计环肽药物的基础。本文分析了蛋白质结构数据库中环肽与靶标蛋白结合情况,介绍了目前环肽构象生成或结构预测的四类主要算法;总结了基于靶标结构计算设计环肽分子的主要方法,包括基于分子对接的虚拟筛选方法、借助于动力学模拟的设计方法、从头生成的设计方法以及具有跨膜活性的环肽设计方法;并展望了数据驱动的机器学习方法在环肽设计领域中的可能应用以及未来环肽药物分子开发的可能方向。 展开更多
关键词 环肽 多肽药物 多肽设计 构象生成
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一种新型黄原胶酶CtCel8A-CBM84的构建及性质表征
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作者 倪新 张丽伟 +2 位作者 陈晓艺 李宪臻 杨帆 《大连工业大学学报》 CAS 北大核心 2023年第4期247-253,共7页
对来自拟杆菌Paenibacillussp.62047的黄原胶内切酶PspXan9的碳水化合物结合模块PspCBM84进行了密码子优化、全基因合成并与高效的纤维素内切酶CtCel8A进行了融合表达。该基因大小为423bp,编码141个氨基酸残基,与纤维素内切酶CtCel8A融... 对来自拟杆菌Paenibacillussp.62047的黄原胶内切酶PspXan9的碳水化合物结合模块PspCBM84进行了密码子优化、全基因合成并与高效的纤维素内切酶CtCel8A进行了融合表达。该基因大小为423bp,编码141个氨基酸残基,与纤维素内切酶CtCel8A融合表达后,编码蛋白理论分子质量为66.7ku,该酶能在大肠杆菌中可溶性表达。酶学性质分析结果表明,碳水化合物结合模块PspCBM84显著提高了纤维素内切酶CtCel8A对黄原胶的切割效率,融合酶的活力提高了1.6倍。融合酶的最适作用温度为60℃,最适pH为5.5,与原纤维素内切酶相比,融合酶的温度稳定性有所提高。融合酶CtCel8A-CBM84能有效切割黄原胶,将其水解为低分子质量产物。 展开更多
关键词 纤维素内切酶 碳水化合物结合模块 黄原胶 酶学性质
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