在生物被膜中活但不可培养(viable but nonculturable, VBNC)状态细胞的形成与调控是微生物学研究的前沿课题。尽管过去对VBNC状态的概念存在争议,但其对生态平衡和公共安全产生的重要影响不容忽视。多因素调控VBNC状态细胞的形成已逐...在生物被膜中活但不可培养(viable but nonculturable, VBNC)状态细胞的形成与调控是微生物学研究的前沿课题。尽管过去对VBNC状态的概念存在争议,但其对生态平衡和公共安全产生的重要影响不容忽视。多因素调控VBNC状态细胞的形成已逐渐被揭示,包括基因表达和蛋白质合成等途径。这些研究奠定了解析VBNC状态细胞生存策略和生态适应性的基础。本综述从多角度对VBNC状态细胞进行了总结,包括其定义的讨论,生物被膜内VBNC状态细胞存在情况、形成的诱因及相关机制,VBNC状态细胞的调控及防控等。未来应聚焦于探索VBNC状态细胞的功能及意义,以创新方式干预VBNC状态形成,深入揭示VBNC状态细胞的分子机制和代谢途径。展开更多
介绍产电微生物胞外电子传递(extracellular electron transfer,EET)研究的背景和意义,概述细胞色素c、菌毛蛋白、电子介体等多种分子在EET过程中的作用,综述近年来利用网络方法和组学方法研究产电微生物EET过程的相关工作。从蛋白网络...介绍产电微生物胞外电子传递(extracellular electron transfer,EET)研究的背景和意义,概述细胞色素c、菌毛蛋白、电子介体等多种分子在EET过程中的作用,综述近年来利用网络方法和组学方法研究产电微生物EET过程的相关工作。从蛋白网络、调控网络与整合网络等方面总结网络分析方法在关键电子传递分子识别、电子传递模块挖掘、电子传递途径推断等方面的应用;从基因组、转录组、蛋白组、多组学与宏组学等方面总结使用组学方法识别电子传递基因及其功能分析方面的研究;介绍整合生物网络与组学数据在产电微生物EET过程生物分子协调利用、关键基因与基因簇识别等方面的研究。探讨当前存在的问题,展望未来整合多种生物网络和组学数据开展产电微生物EET研究的方向。展开更多
为探究冬虫夏草菌(Ophiocordyceps sinensis)菌丝体氨基酸及其衍生物的差异性,采用超高效液相色谱串联质谱(Ultra performance liquid chromatography,tandem mass spectrometry,UPLC-MS/MS)技术对3株冬虫夏草菌(玉树菌株XSH、达日菌株D...为探究冬虫夏草菌(Ophiocordyceps sinensis)菌丝体氨基酸及其衍生物的差异性,采用超高效液相色谱串联质谱(Ultra performance liquid chromatography,tandem mass spectrometry,UPLC-MS/MS)技术对3株冬虫夏草菌(玉树菌株XSH、达日菌株DR、贵德菌株LJ)菌丝体的氨基酸及其衍生物进行靶向定量检测,利用主成分分析(Principal component analysis,PCA)和正交偏最小二乘判别分析(Orthogonal signal correction and partial least squares-discriminant analysis,OPLS-DA)考察样品分类情况、筛选差异代谢物。结果表明,3株菌株菌丝体中均检测到72种氨基酸及其衍生物,发现除组氨酸外可合成蛋白质的19种氨基酸,菌株XSH的总氨基酸及必需氨基酸绝对含量均高于其他菌株。菌株XSH相比菌株DR和菌株LJ分别含有29种和28种差异氨基酸及其衍生物,菌株DR相比菌株LJ含有10种差异氨基酸及其衍生物,此外,3株菌株菌丝体含有3个共有的差异氨基酸及其衍生物,分别为高精氨酸、N-乙酰-L-谷氨酰胺、肌氨酸。京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析显示,差异氨基酸及其衍生物在精氨酸和脯氨酸代谢通路中更活跃,不同产区冬虫夏草菌株的氨基酸含量可能受精氨酸和脯氨酸代谢通路的影响。基于研究结果发现不同产区的冬虫夏草菌株的氨基酸及其衍生物存在较大的差异。展开更多
文摘在生物被膜中活但不可培养(viable but nonculturable, VBNC)状态细胞的形成与调控是微生物学研究的前沿课题。尽管过去对VBNC状态的概念存在争议,但其对生态平衡和公共安全产生的重要影响不容忽视。多因素调控VBNC状态细胞的形成已逐渐被揭示,包括基因表达和蛋白质合成等途径。这些研究奠定了解析VBNC状态细胞生存策略和生态适应性的基础。本综述从多角度对VBNC状态细胞进行了总结,包括其定义的讨论,生物被膜内VBNC状态细胞存在情况、形成的诱因及相关机制,VBNC状态细胞的调控及防控等。未来应聚焦于探索VBNC状态细胞的功能及意义,以创新方式干预VBNC状态形成,深入揭示VBNC状态细胞的分子机制和代谢途径。
文摘介绍产电微生物胞外电子传递(extracellular electron transfer,EET)研究的背景和意义,概述细胞色素c、菌毛蛋白、电子介体等多种分子在EET过程中的作用,综述近年来利用网络方法和组学方法研究产电微生物EET过程的相关工作。从蛋白网络、调控网络与整合网络等方面总结网络分析方法在关键电子传递分子识别、电子传递模块挖掘、电子传递途径推断等方面的应用;从基因组、转录组、蛋白组、多组学与宏组学等方面总结使用组学方法识别电子传递基因及其功能分析方面的研究;介绍整合生物网络与组学数据在产电微生物EET过程生物分子协调利用、关键基因与基因簇识别等方面的研究。探讨当前存在的问题,展望未来整合多种生物网络和组学数据开展产电微生物EET研究的方向。
文摘为探究冬虫夏草菌(Ophiocordyceps sinensis)菌丝体氨基酸及其衍生物的差异性,采用超高效液相色谱串联质谱(Ultra performance liquid chromatography,tandem mass spectrometry,UPLC-MS/MS)技术对3株冬虫夏草菌(玉树菌株XSH、达日菌株DR、贵德菌株LJ)菌丝体的氨基酸及其衍生物进行靶向定量检测,利用主成分分析(Principal component analysis,PCA)和正交偏最小二乘判别分析(Orthogonal signal correction and partial least squares-discriminant analysis,OPLS-DA)考察样品分类情况、筛选差异代谢物。结果表明,3株菌株菌丝体中均检测到72种氨基酸及其衍生物,发现除组氨酸外可合成蛋白质的19种氨基酸,菌株XSH的总氨基酸及必需氨基酸绝对含量均高于其他菌株。菌株XSH相比菌株DR和菌株LJ分别含有29种和28种差异氨基酸及其衍生物,菌株DR相比菌株LJ含有10种差异氨基酸及其衍生物,此外,3株菌株菌丝体含有3个共有的差异氨基酸及其衍生物,分别为高精氨酸、N-乙酰-L-谷氨酰胺、肌氨酸。京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析显示,差异氨基酸及其衍生物在精氨酸和脯氨酸代谢通路中更活跃,不同产区冬虫夏草菌株的氨基酸含量可能受精氨酸和脯氨酸代谢通路的影响。基于研究结果发现不同产区的冬虫夏草菌株的氨基酸及其衍生物存在较大的差异。
