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穿心莲糖苷水解酶基因ApGH的克隆、生物信息学分析及表达研究
1
作者 李媛 任广喜 +4 位作者 康颖泉 王迷娜 范勇 姜丹 刘春生 《中国现代中药》 CAS 2024年第7期1141-1149,共9页
目的:对穿心莲糖苷水解酶(ApGH)基因进行克隆、生物信息学分析、原核表达和相对表达量分析。方法:取穿心莲新鲜叶片,提取RNA并反转录为互补脱氧核糖核酸(cDNA)作为模板,以穿心莲转录组中筛选到的糖苷水解酶ApGH基因开放阅读框(ORF)设计... 目的:对穿心莲糖苷水解酶(ApGH)基因进行克隆、生物信息学分析、原核表达和相对表达量分析。方法:取穿心莲新鲜叶片,提取RNA并反转录为互补脱氧核糖核酸(cDNA)作为模板,以穿心莲转录组中筛选到的糖苷水解酶ApGH基因开放阅读框(ORF)设计特异性引物,进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,经测序后获得的基因序列利用生物信息学软件预测基因编码蛋白特征,构建原核表达载体在大肠埃希菌中诱导表达目的蛋白质,并利用实时荧光定量PCR分析ApGH基因的表达模式。结果:克隆所得ApGH基因的ORF全长1734 bp,编码577个氨基酸(GenBank登录号:OR887606)。ApGH为稳定亲水蛋白质,无信号肽和跨膜结构域,属于糖苷水解酶家族;系统进化分析表明,ApGH归属于GH1家族。将ApGH基因构建到原核表达载体HIS-MBP-pET28a上,在大肠埃希菌Transetta(DE3)中成功表达出重组蛋白质。实时荧光定量PCR检测结果表明,ApGH基因在叶中表达量最高,茎和根中表达量较低。结论:克隆得到穿心莲ApGH基因并对其蛋白质序列特征进行了系统分析,证明其在大肠埃希菌中成功表达重组蛋白质,且主要在穿心莲叶中表达。研究结果为进一步探索穿心莲糖苷水解酶的催化功能提供了依据。 展开更多
关键词 穿心莲 糖苷水解酶 基因克隆 生物信息学分析 基因表达
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基于转录组的瑶药半枫荷根和叶的差异分析 被引量：1
2
作者 周云 韦玉丹 黄日涛 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期236-245,共10页
【目的】瑶药半枫荷(Semiliquidambar cathayensis)的根和叶均具有祛风通络等功效,但其黄酮类等活性成分存在差异。对半枫荷进行转录组测序,以期获得其根和叶的转录组信息和差异表达基因,对探究半枫荷根和叶的差异表达基因在活性成分合... 【目的】瑶药半枫荷(Semiliquidambar cathayensis)的根和叶均具有祛风通络等功效,但其黄酮类等活性成分存在差异。对半枫荷进行转录组测序,以期获得其根和叶的转录组信息和差异表达基因,对探究半枫荷根和叶的差异表达基因在活性成分合成通路中的表达规律具有重要意义。【方法】利用Illumina对半枫荷根和叶进行转录组测序,并进行生物信息分析以挖掘两者萜类和黄酮类等关键次生代谢产物合成通路的基因表达差异。【结果】59378个差异表达基因归类到GO分类的3个大类中,主要与生物学过程有关(50.59%)。185个差异表达基因注释KOG数据库的24个分类中。81个差异表达基因参与苯丙烷类化合物的生物合成,30个差异表达基因参与黄酮类化合物的生物合成,86个差异表达基因参与萜类化合物的生物合成。【结论】参与黄酮类化合物合成途径的关键酶CHS等均为上调表达,导致根的黄酮类成分多于叶,而CMS、HMGS等关键酶都可能影响半枫荷不同组织中萜类化合物的积累模式。文章获得了半枫荷根和叶的转录组信息特征,为今后半枫荷基因功能鉴定、次生代谢途径解析及调控机制研究提供依据。 展开更多
关键词 半枫荷 转录组 差异表达基因(DEG) 代谢通路
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基于ITS2序列及二级结构的维吾尔族药材孜然及其混伪品鉴别
3
作者 地力努尔·吐尔逊江 程波 何江 《中国现代中药》 CAS 2024年第2期328-333,共6页
目的:应用DNA条形码技术,建立维吾尔族药材孜然及其混伪品小茴香、芫荽子的分子鉴别方法。方法:提取38批孜然及其混伪品的基因组总DNA,聚合酶链式反应(PCR)扩增内转录间隔区2 (ITS2)序列并双向测序,测序结果经CodonCode Aligner软件进... 目的:应用DNA条形码技术,建立维吾尔族药材孜然及其混伪品小茴香、芫荽子的分子鉴别方法。方法:提取38批孜然及其混伪品的基因组总DNA,聚合酶链式反应(PCR)扩增内转录间隔区2 (ITS2)序列并双向测序,测序结果经CodonCode Aligner软件进行序列拼接,利用MEGA软件分析序列特征,计算种内、属间遗传距离,构建邻接(neighbor-joining,NJ)系统聚类树,预测其ITS2二级结构。结果:孜然药材ITS2序列中主体单倍型为A1,序列长度均为226 bp,鸟嘌呤(G)+胞嘧啶(C)占比为47.79%~48.23%;小茴香ITS2序列中,主体单倍型为B1,序列长度均为224~227 bp,G+C占比为53.30%~55.36%;芫荽子ITS2序列中,主体单倍型为C1,序列长度均为220~227 bp,G+C占比为56.82%~56.83%。孜然的种内遗传距离明显小于属间遗传距离。二级结构表明,孜然及其混伪品螺旋区的茎环大小、数目、位置及螺旋角度均有明显差异。结论:ITS2序列作为DNA条形码能稳定、准确地鉴别孜然及其混伪品药材,为保障孜然临床安全用药提供了有效技术手段。 展开更多
关键词 孜然 内转录间隔区2 二级结构 分子鉴别
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醋龟甲配方颗粒的位点特异性PCR鉴别
4
作者 谭斯尹 潘礼业 +4 位作者 宋叶 刘闪闪 范耀耀 罗宇琴 李国卫 《中国现代中药》 CAS 2024年第8期1392-1398,共7页
目的:建立一种醋龟甲配方颗粒特异性位点聚合酶链式反应(PCR)鉴别方法。方法:根据乌龟Chinemys reevesii(Gray)及其混伪品的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因序列上的单核苷酸多态性位点设计醋龟甲的特异性鉴别引物,经过优化反应体系,确定最佳... 目的:建立一种醋龟甲配方颗粒特异性位点聚合酶链式反应(PCR)鉴别方法。方法:根据乌龟Chinemys reevesii(Gray)及其混伪品的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因序列上的单核苷酸多态性位点设计醋龟甲的特异性鉴别引物,经过优化反应体系,确定最佳的PCR反应条件,并对该方法进行耐受性和适用性考察。结果:当退火温度为62℃、循环数为34时,醋龟甲饮片、标准汤剂冻干粉和配方颗粒均可在约92 bp处得到清晰单一的特异性条带,其混伪品及阴性对照均无条带。结论:建立的位点特异性PCR鉴别方法可快速、准确地鉴别醋龟甲饮片、标准汤剂冻干粉和配方颗粒的真伪,为醋龟甲配方颗粒质量标准研究提供了参考。 展开更多
关键词 醋龟甲 配方颗粒 位点特异性聚合酶链式反应 分子鉴定
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雪峰虫草子座不同生长发育时期的转录组研究
5
作者 钟灿 金剑 +3 位作者 刘浩 谢景 刘平安 张水寒 《中国现代中药》 CAS 2023年第3期523-532,共10页
目的:挖掘调控雪峰虫草生长发育的相关通路和基因,揭示其子座生长发育的内在分子机制。方法:采用转录组测序技术(RNA-Seq)对雪峰虫草子座菌丝体(MD1)、子座原基(PD2)和子座(SD3)生长发育3个不同阶段进行测序;数据通过非冗余蛋白(NR)、Sw... 目的:挖掘调控雪峰虫草生长发育的相关通路和基因,揭示其子座生长发育的内在分子机制。方法:采用转录组测序技术(RNA-Seq)对雪峰虫草子座菌丝体(MD1)、子座原基(PD2)和子座(SD3)生长发育3个不同阶段进行测序;数据通过非冗余蛋白(NR)、Swiss-Prot、Pfam、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、真核生物相邻类的聚簇(KOG)、基因本体(GO)数据库进行功能注释。利用EdgeR软件进行差异表达基因分析,挖掘调控雪峰虫草子座生长发育的相关通路和基因。结果:测序结果显示,MD1、PD2、SD3分别获得了8.15、7.51、6.87GB分析数据,拼接分析数据共获得34218个转录本,平均长度为5502bp,组装及去冗余后获得10511条unigenes,平均长度为2470bp。KOG功能注释和GO富集分析显示,细胞和细胞组分、新陈代谢过程、信号转导及碳代谢是雪峰虫草子座发育过程中的关键基因类别。对子座不同生长发育时期的基因进行差异表达分析发现,PD2和SD3相比差异表达基因最多,其中上调基因1073个,下调基因1036个,MD1和SD3相比差异表达基因最少,上调基因533个,下调基因578个。差异表达基因的KEGG通路富集结果显示,细胞外信号调节激酶(MAPK)信号通路是参与调节雪峰虫草子座生长发育的关键信号通路。结论:Ste2和Gpd1及其所在途径可能分别调控雪峰虫草子座原基的形成和子座的生长。 展开更多
关键词 雪峰虫草 人工培育 丝状真菌
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鸡粪中尿酸降解细菌的分离与鉴定
6
作者 王瀚 卓平清 +1 位作者 田凤鸣 王弋博 《宁夏师范学院学报》 2023年第1期57-63,共7页
为得到能够对尿酸具有转化作用的优良菌株,以养鸡场新鲜粪便为材料,通过初筛和复筛获得了具有较强分解特性的菌株10株.通过形态特征、生理生化特征和16S rDNA序列分析鉴定后确定有4株菌株,依次为普罗维登斯菌、粪产碱菌、亚麻假单胞菌... 为得到能够对尿酸具有转化作用的优良菌株,以养鸡场新鲜粪便为材料,通过初筛和复筛获得了具有较强分解特性的菌株10株.通过形态特征、生理生化特征和16S rDNA序列分析鉴定后确定有4株菌株,依次为普罗维登斯菌、粪产碱菌、亚麻假单胞菌及绿针假单胞菌.其中粪产碱菌出现的丰度较强,且具有较好的分解能力. 展开更多
关键词 鸡粪 尿酸 分离 鉴定
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丹参SmRopGEF1基因的克隆、亚细胞定位与表达分析 被引量：1
7
作者 陈颖 满金辉 +8 位作者 石玥 黄钰莹 张晓芹 王馨 刘珊瑚 何高洁 安克露 王晓晖 魏胜利 《中国现代中药》 CAS 2023年第6期1199-1206,共8页
目的:克隆丹参SmRopGEF1基因,研究其编码蛋白的亚细胞定位及其对逆境胁迫的应激反应和激素诱导下的表达水平。方法:根据前期丹参转录组测序结果设计SmRopGEF1基因特异引物,利用聚合酶链式反应(PCR)扩增SmRopGEF1基因序列;使用生物信息... 目的:克隆丹参SmRopGEF1基因,研究其编码蛋白的亚细胞定位及其对逆境胁迫的应激反应和激素诱导下的表达水平。方法:根据前期丹参转录组测序结果设计SmRopGEF1基因特异引物,利用聚合酶链式反应(PCR)扩增SmRopGEF1基因序列;使用生物信息学方法分析SmRopGEF1蛋白序列特征及进化关系;构建pET28a-SmRopGEF1原核表达载体并转化至大肠埃希氏菌中诱导表达,构建35S启动的SmRopGEF1的绿色荧光蛋白原生质体瞬时表达载体,利用激光共聚焦显微镜观察SmRopGEF1的亚细胞定位;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测逆境胁迫(低温、盐及干旱)和激素诱导(生长素、脱落酸、茉莉酸甲酯)下的基因表达量。结果:丹参SmRopGEF1基因开放阅读框(ORF)全长为1701 bp,编码566个氨基酸,蛋白相对分子质量是62362.99。生物信息学分析显示SmRopGEF1蛋白含有1个PRONE保守结构域,系统进化树分析表明SmRopGEF1蛋白与芡欧鼠尾草和一串红RopGEF1蛋白为高同源蛋白。成功构建pET28a-SmRopGEF1原核表达载体并在大肠埃希氏菌Rosetta(DE3)菌株中表达、纯化出SmRopGEF1重组蛋白。亚细胞定位的结果显示SmRopGEF1存在于植物细胞的细胞核中。qRT-PCR实验结果表明盐胁迫和冷胁迫能够显著提高SmRopGEF1的表达量;干旱胁迫后丹参愈伤中SmRopGEF1表达量下降。茉莉酸甲酯诱导后SmRopGEF1表达量升高。结论:克隆了丹参SmRopGEF1基因,其在抗逆胁迫中起到重要作用并且可能参与茉莉酸甲酯信号转导。研究结果丰富了丹参防御反应机制的研究,为选育丹参抗逆优良品种、提高丹参的产量与品质提供了参考。 展开更多
关键词 丹参 鸟嘌呤核苷酸交换因子 序列分析 基因表达
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响应ABA的甘草bZIP转录因子的基因表达及调控研究
8
作者 王清 武立伟 +7 位作者 范潘慧 徐志超 罗红梅 孙伟 王瑀 郑司浩 宋经元 姚辉 《中国现代中药》 CAS 2023年第6期1207-1217,共11页
目的:研究响应脱落酸(ABA)的甘草碱性亮氨酸拉链(GubZIPs)转录因子的基因表达差异,克隆并分析甘草关键酶基因的启动子序列,为解析bZIP转录因子调控甘草活性成分生物合成提供参考。方法:采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)分析甘... 目的:研究响应脱落酸(ABA)的甘草碱性亮氨酸拉链(GubZIPs)转录因子的基因表达差异,克隆并分析甘草关键酶基因的启动子序列,为解析bZIP转录因子调控甘草活性成分生物合成提供参考。方法:采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qRT-PCR)分析甘草毛状根中GubZIPs转录因子基因在外源ABA处理下的表达模式及在3年生甘草中的空间表达差异;利用TBtools软件从甘草基因组中提取关键酶基因的启动子片段并克隆,利用生物信息学分析启动子上潜在的关键调控元件。结果:甘草GubZIP1、GubZIP5、GubZIP33和GubZIP56基因在不同的ABA处理条件下表达模式不同,其中GubZIP1和GubZIP33的响应最为显著。分析GubZIPs基因在甘草不同组织的表达差异发现,GubZIP1和GubZIP5在根部高水平表达,GubZIP33和GubZIP56在叶中高水平表达。基于甘草基因组克隆获得甘草生物合成途径中关键酶查耳酮异构酶(CHI)、查耳酮合成酶(CHS)、β-香树脂醇合酶(β-AS)基因的启动子序列,分析结果显示,CHI基因的启动子区域有2个G-box和1个A-box顺式作用元件,CHS基因的启动子区域有2个ABRE和1个G-box顺式作用元件,β-AS基因的启动子区域有1个ABRE和1个G-box顺式作用元件。结论:甘草毛状根中GubZIP1、GubZIP5、GubZIP33和GubZIP56基因对ABA均有显著响应,采用50 mg·L^(–1)的ABA处理3 h是研究甘草中ABA相关通路较为适宜的方案。此外甘草的关键酶基因启动子上存在可与bZIP转录因子结合和响应ABA等激素的顺式作用元件;研究结果可为深入解析响应ABA的bZIP转录因子调控甘草活性成分生物合成的分子机制提供参考。 展开更多
关键词 甘草 毛状根 亮氨酸拉链转录因子 空间表达 关键酶基因 启动子
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白花前胡CAL基因的克隆和原核表达分析
9
作者 管凤雅 吴君贤 +3 位作者 姚金辰 查良平 储姗姗 谢晋 《中国现代中药》 CAS 2023年第8期1723-1729,共7页
目的:克隆得到白花前胡花发育关键基因CAULIFLOWER(CAL)并对其进行原核表达和基因表达分析。方法:根据白花前胡转录组数据中的基因序列信息,通过逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)从白花前胡中克隆CAL基因,命名为PpCAL1和PpCAL2。构建原核... 目的:克隆得到白花前胡花发育关键基因CAULIFLOWER(CAL)并对其进行原核表达和基因表达分析。方法:根据白花前胡转录组数据中的基因序列信息,通过逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)从白花前胡中克隆CAL基因,命名为PpCAL1和PpCAL2。构建原核表达载体pET-32a-PpCAL1和pET-32a-PpCAL2,并转化至大肠埃希菌Transetta(DE3)进行诱导表达。运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析抽薹开花前后白花前胡不同组织的基因相对表达量。结果:PpCAL1和PpCAL2的开放阅读框(ORF)长度分别为645、738 bp,分别编码214、245个氨基酸。结构功能域分析表明,PpCAL1和PpCAL2蛋白都具有MADS_MEF2_like和K-box保守结构域。原核表达结果显示,异丙基-β-D-硫代半乳糖苷可成功诱导目的蛋白表达。系统进化树分析显示,白花前胡PpCAL1与胡萝卜DcCAL聚为一支,白花前胡PpCAL2与橡胶树HbCAL聚为一支。基因表达结果显示,PpCAL1和PpCAL2在不同组织中均在开花后表达量上调。结论:克隆并分析白花前胡PpCAL1和PpCAL2基因,为进一步研究白花前胡开花基因提供参考。 展开更多
关键词 白花前胡 CAL基因 抽薹开花 基因克隆 原核表达
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少棘蜈蚣的DNA指纹图谱鉴别研究
10
作者 陈天韵 田娜 蒋超 《中国现代中药》 CAS 2023年第12期2458-2463,共6页
目的:建立基于2个引物组合的DNA指纹图谱技术,鉴别少棘蜈蚣药材及其混伪品。方法:收集蜈蚣属少棘蜈蚣及11个易混淆种共39批样品,使用通用鉴别引物12S-L1091/12S-H1478和16S-L3428/16S-H3667扩增并进行短串联重复序列(STR)分型,获得DNA... 目的:建立基于2个引物组合的DNA指纹图谱技术,鉴别少棘蜈蚣药材及其混伪品。方法:收集蜈蚣属少棘蜈蚣及11个易混淆种共39批样品,使用通用鉴别引物12S-L1091/12S-H1478和16S-L3428/16S-H3667扩增并进行短串联重复序列(STR)分型,获得DNA指纹图谱。结果:少棘蜈蚣12S迁移峰为420.1 bp或424.7~426.8 bp,16S迁移峰为175.5~175.6 bp,均不同于其他物种。结论:基于荧光STR分型原理建立了一种简单快捷、可用于蜈蚣药材及其混伪样品的通用DNA指纹图谱鉴别,能够完成对少棘蜈蚣药材的鉴定,并且通过2个引物结合能够鉴别蜈蚣属其他物种。 展开更多
关键词 蜈蚣 DNA指纹图谱 短串联重复序列 分子鉴别
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基于罂粟基因组的SSR位点鉴定及其特征分析
11
作者 凌立贞 杜毛毛 张书东 《六盘水师范学院学报》 2023年第6期99-105,共7页
探究罂粟全基因组的简单重复序列(SSR)数量及位点分布特征,利用MISA软件搜索罂粟基因组上的SSR位点,结果表明罂粟全基因组共鉴定出833005个SSR位点,进一步分析共确定3288种重复基元类型。其中单碱基SSR重复基元最丰富,占比为40.25%。罂... 探究罂粟全基因组的简单重复序列(SSR)数量及位点分布特征,利用MISA软件搜索罂粟基因组上的SSR位点,结果表明罂粟全基因组共鉴定出833005个SSR位点,进一步分析共确定3288种重复基元类型。其中单碱基SSR重复基元最丰富,占比为40.25%。罂粟基因组SSR基元类型富含A和T。在复合型SSR位点中,主要的重复基元类型为A/T、AAG/CTT、AAAT/ATTT,其中A/T占据总复合类型的38.91%。进一步的分析表明重复类型的数量与染色体的长度存在一定的线性关系。研究结果可为后续罂粟全基因组SSR分子标记开发提供理论依据。 展开更多
关键词 罂粟 简单重复序列 重复类型 基因组
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半夏多倍体复合体基因组DNA甲基化状态的MSAP分析 被引量：9
12
作者 薛梅 陈成彬 +1 位作者 陈力 马小军 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2008年第11期1713-1716,共4页
目的分析半夏多倍体复合体DNA甲基化状态的变化(甲基化水平和甲基化差异模式)。方法应用甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术,采用34对引物进行选择性扩增。结果扩增共得到7708条带,其中5636... 目的分析半夏多倍体复合体DNA甲基化状态的变化(甲基化水平和甲基化差异模式)。方法应用甲基化敏感扩增多态性(methylation sensitive amplified polymorphism,MSAP)技术,采用34对引物进行选择性扩增。结果扩增共得到7708条带,其中5636条带为甲基化多态性带在半夏7倍、8倍、9倍、10倍体值株间DNA甲基化水平变化不大。总扩增位点甲基化水平在54%～58%,全甲基化率为24.1%～24.3%,高倍性植株甲基化程序相应比较高。除甲基化水平稍有变化外,半夏不同倍性株间的DNA甲基化模式也形式各异,检测到的带型分为两大类(和型)。其中,不同倍性间DNA甲基化状态保持不变的位点占52.5%,归为型;少部分检测位点(占47.5%,归为型)的DNA甲基化模式在不同倍性间存在显著差异。结论半夏多倍体复合体各倍性植株间存在大量的胞嘧啶甲基化变异且整体甲基化水平较高。 展开更多
关键词 DNA甲基化 半夏 多倍体复合体 甲基化敏感扩增多态性
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电子舌技术鉴别黄连及其炮制品 被引量：20
13
作者 周霞 杨诗龙 +1 位作者 胥敏 万军 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期1993-1997,共5页
目的采用电子舌技术鉴别生黄连、酒黄连、姜黄连及萸黄连。方法从四川、重庆、湖北和云南收集10批黄连,炮制并提取后得到40批水提液,然后采用软独立建模分析(SIMCA)、主成分分析(PCA)、判别因子分析(DFA)、线性判别分析(LDA)及反向传播... 目的采用电子舌技术鉴别生黄连、酒黄连、姜黄连及萸黄连。方法从四川、重庆、湖北和云南收集10批黄连,炮制并提取后得到40批水提液,然后采用软独立建模分析(SIMCA)、主成分分析(PCA)、判别因子分析(DFA)、线性判别分析(LDA)及反向传播人工神经网络模型(BP-ANN)对该技术进行评价。结果黄连饮片电子舌的响应味觉特征存在显著差异,其中SIMCA模型能区分黄连炮制品与生品;PCA模型显示黄连及其不同炮制品有明显区别;DFA模型对黄连及其不同炮制品区分识别的正确率达100%;LDA模型的初始判别率以及交叉验证识别率也均为100%;BP-ANN模型对测试集未知样品的判别率为91.7%;所有样本的综合判别率为99.4%。结论电子舌技术能实现黄连及其炮制品的味觉特征客观化,从而对它们进行鉴别区分。 展开更多
关键词 黄连 炮制品 电子舌 鉴别
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人RANTES基因在转基因青蒿植株中表达的测定 被引量：8
14
作者 冯丽玲 曾庆平 杨雪芹 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2004年第10期1167-1171,共5页
目的 为了增强青蒿的特异药理活性,探讨人β-趋化因子RANTES基因在青蒿细胞中表达的可能性。方法 将克隆的RANTES基因经Ti质粒衍生的双元表达载体pROKII导入根癌农杆菌LBA4404菌株,通过叶盘共培养法已获得一批表现卡那霉素抗性的转基因... 目的 为了增强青蒿的特异药理活性,探讨人β-趋化因子RANTES基因在青蒿细胞中表达的可能性。方法 将克隆的RANTES基因经Ti质粒衍生的双元表达载体pROKII导入根癌农杆菌LBA4404菌株,通过叶盘共培养法已获得一批表现卡那霉素抗性的转基因青蒿植株。结果 PCR和Southern印迹杂交分析表明,RANTES基因已导入并整合到青蒿基因组中;RT-PCR、Northern印迹、Western印迹杂交结果证实,RANTES基因已在转基因青蒿植株中成功表达。结论 首次报道了RANTES基因在转基因青蒿植株中的表达,为基因工程改造青蒿打下了良好的基础。 展开更多
关键词 青蒿 RANTES基因 转基因中药
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基于ITS2序列的建泽泻及其混伪品鉴定研究 被引量：3
15
作者 耿超 谷巍 +4 位作者 吴启南 巢建国 孙红梅 蒋玲 韩赟 《南京中医药大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期181-185,共5页
目的利用ITS2条形码鉴别建泽泻及其混伪品。方法提取28份建泽泻及其混伪品基因组DNA,PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,测序结果提交至GenBank,同时从GenBank下载泽泻科植物及其混伪品10种17条ITS2序列,对提交与下载的45条序列,应用MEGA ... 目的利用ITS2条形码鉴别建泽泻及其混伪品。方法提取28份建泽泻及其混伪品基因组DNA,PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,测序结果提交至GenBank,同时从GenBank下载泽泻科植物及其混伪品10种17条ITS2序列,对提交与下载的45条序列,应用MEGA 5.1软件进行序列比对,计算种内和种间距离,采用相似性搜索法、最近距离法进行鉴定分析,并构建NJ系统进化树直观反映鉴定结果。结果建泽泻、川泽泻ITS2序列长度均为311bp,存在1个变异位点;建泽泻与泽泻科泽泻属物种距离较近,与泽泻科其他属及其混伪品之间遗传距离较远;NJ树结果显示建泽泻及其混伪品均可明显区分,表现出良好的单系性。结论 ITS2序列作为DNA条形码可以准确快捷地鉴别建泽泻及其混伪品,为其种质资源鉴定及临床安全用药提供了新的技术手段。 展开更多
关键词 建泽泻 混伪品 ITS2 鉴定
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ITS2序列分析在白花蛇舌草鉴定中的应用研究 被引量：4
16
作者 陈怡君 郭晓辉 +4 位作者 高芳雪 王爱华 李鋆 李外 刘萍 《中国医药导报》 CAS 2016年第32期21-24,共4页
目的对白花蛇舌草和它的混伪品进行分子生物鉴定,保证该药材的临床药效和使用安全。方法提取白花蛇舌草及其混伪品的DNA,使用引物进行PCR扩增,获取ITS2序列的片段,将扩增得到的产物进行双向测序,运用Condon Code Aligner软件进行校对拼... 目的对白花蛇舌草和它的混伪品进行分子生物鉴定,保证该药材的临床药效和使用安全。方法提取白花蛇舌草及其混伪品的DNA,使用引物进行PCR扩增,获取ITS2序列的片段,将扩增得到的产物进行双向测序,运用Condon Code Aligner软件进行校对拼接,去除低质量区。用HMMer注释法保留ITS2序列全长。运用MEGA5.1软件对真伪品序列进行分析,计算真伪品的遗传距离,构建邻接(NJ)树评估真伪品之间的亲缘关系。采用ITS2数据库预测ITS2二级结构。结果白花蛇舌草与混伪品的ITS2序列存在明显差异。结论运用ITS2序列能准确有效鉴别出白花蛇舌草和混淆品。 展开更多
关键词 白花蛇舌草 混伪品 ITS2 分子鉴定
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植物中药功能基因研究 被引量：3
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作者 魏小勇 方花 李杰芬 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2005年第8期1251-1254,共4页
中药功能基因研究主要是探寻中药活性成分相关功能基因及表达规律,确定药用成分合成的调控机制,获得中药药用成分关键代谢途径和其中的关键调控因子,为中药现代化奠定基础。从模式植物(水稻、拟南芥等)、主要技术策略(基因表达差异、基... 中药功能基因研究主要是探寻中药活性成分相关功能基因及表达规律,确定药用成分合成的调控机制,获得中药药用成分关键代谢途径和其中的关键调控因子,为中药现代化奠定基础。从模式植物(水稻、拟南芥等)、主要技术策略(基因表达差异、基因表达序列标签、基因芯片技术和基因表达序列分析)和生物信息学方法(比较基因组学等)等3方面对国内外植物功能基因研究作了介绍。还介绍了黄酮类化合物与紫杉醇生物合成基因及植物P450基因研究现状。并对本研究室石斛碱相关功能基因研究情况作了介绍。 展开更多
关键词 功能基因 中药 生物活性成分 生物信息学
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栀子栽培品种与近缘种的ITS2序列分析 被引量：2
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作者 邓绍勇 李康琴 +3 位作者 贾全全 陈宜均 朱培林 杨春霞 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期1140-1148,共9页
【目的】栀子属植物是重要的观赏、药用、色素和油用资源植物,有着悠久的栽培历史。由于生长环境的不同,以及长期的人工栽培和选育,使其习性、叶的形状、花的形态、果实的形状及大小等发生诸多变异,使得栀子栽培群体的变异类型丰富,并... 【目的】栀子属植物是重要的观赏、药用、色素和油用资源植物,有着悠久的栽培历史。由于生长环境的不同,以及长期的人工栽培和选育,使其习性、叶的形状、花的形态、果实的形状及大小等发生诸多变异,使得栀子栽培群体的变异类型丰富,并形成了一些较为稳定的品种类型。开展栀子栽培品种和近缘种核糖体DNA内部转录间隔区2(nrDNA ITS2)序列变异程度、遗传距离和亲缘关系研究,为栀子属植物品种鉴定、遗传育种及多样性保护提供科学依据。【方法】以保存于江西省林业科学院中药资源圃内的栀子18个栽培品种和3个近缘种共38个样品为试验材料,进行聚合酶链式反应(PCR)直接测序法,对样品进行ITS2片段扩增和双向测序,所得序列用Codon Code Aligner v6.0.1软件拼接后,采用Lasergene Edit Seq 11.1软件进行平均碱基组成百分比统计,用MEGA7.0软件进行分析比对,获得序列长度、GC含量以及变异位点,基于K2P模型分析遗传距离,用UPGMA法构建系统聚类树。【结果】序列变异程度分析显示,狭叶栀子和栀子的ITS2序列长度均为347 bp,GC含量为66.86%,大黄栀子序列长度为355 bp,GC含量为67.61%,栀子栽培品种序列长度除‘燃叶’、‘金福水栀’为348 bp外,其他品种序列长度和栀子一致,均为347 bp,栀子栽培品种与近缘种间的平均GC含量相差不明显,GC含量为66.28%~67.15%,其中‘白蟾’GC含量最低,‘雀舌栀子’和‘银边雀舌’GC含量最高。所有样本ITS2序列比对共产生12个变异位点,10个碱基插入,其中8个碱基插入是大黄栀子所独有的,且存在5个特异的变异位点,一部分表型特征有共性的品种之间有共同的变异位点,如植株矮小、叶片小而窄长的品种‘雀舌栀子’和‘银边雀舌’在50 bp处,果实相对较大的品种‘分关1号’、‘金福水栀’和‘金元’在84 bp处等。一些品种具有特异的变异位点,如‘白蟾’(133 bp处)、‘小白蟾’(229 bp处)等。序列遗传距离分析显示,栀子属种间遗传距离普遍小于近缘种和品种间的遗传距离,大于栀子栽培品种之间的遗传距离,所有样本平均遗传距离为0.0055,大黄栀子和‘白蟾’间遗传距离最大,为0.0206。聚类分析结果显示,栀子属乔木树种大黄栀子单独成一支,与栀子属其它种和栀子栽培品种亲缘关系最远,狭叶栀子和野生栀子所有个体总体表现出较近的亲缘关系。【结论】分析结果表明,3种栀子属植物在ITS2序列长度和GC含量上表现出较高的保守性,研究发现的部分品种共同变异位点以及部分品种特异变异位点将对栀子品种鉴定有较大的应用价值。部分聚类结果和以表型数据为基础的数量分类结果类似,但并没有像数量分类结果那样以花重瓣、大果、小果等性状形成明显的系统分枝,研究结果对栀子品种起源、资源保护和种质创新等方面有重要的指导价值。 展开更多
关键词 栀子属 DNA条形码 ITS2序列 分子鉴定 亲缘关系
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植物Ⅲ型聚酮合酶的研究进展 被引量：8
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作者 张萍 陈国神 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期309-313,共5页
综述了近10年来从植物中克隆、鉴定的型聚酮合酶(PKS)的研究进展。型PKS即查耳酮合酶超家族,能催化生成一系列结构各异、具有不同生理活性、具有查耳酮合酶(CHS)基本骨架的植物次生代谢产物,对这些PKS的基因进行调控可用于合成一些难以... 综述了近10年来从植物中克隆、鉴定的型聚酮合酶(PKS)的研究进展。型PKS即查耳酮合酶超家族,能催化生成一系列结构各异、具有不同生理活性、具有查耳酮合酶(CHS)基本骨架的植物次生代谢产物,对这些PKS的基因进行调控可用于合成一些难以化学合成的新型天然化合物。目前,国内对Ⅲ型PKS在药学领域的应用研究甚少,此研究对于活性成分的生物合成具有重要意义。 展开更多
关键词 Ⅲ型聚酮合酶(PKS) 生物合成 查耳酮合酶
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RNA干扰及其在药用植物代谢工程中的应用 被引量：3
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作者 潘夕春 孙敏 +1 位作者 张磊 廖志华 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2005年第9期1281-1284,共4页
RNA干扰(RNA interference,RNAi)是把双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)导入某些生物和细胞而引起同源mRNA降解的现象,是一种转录后基因沉默机制。dsRNA在体内被Dicer二聚体切割成21～25bp的小干涉RNA(smallinterfering RNA,siRNA),... RNA干扰(RNA interference,RNAi)是把双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)导入某些生物和细胞而引起同源mRNA降解的现象,是一种转录后基因沉默机制。dsRNA在体内被Dicer二聚体切割成21～25bp的小干涉RNA(smallinterfering RNA,siRNA),然后在siRNA引导下,由RNA诱导沉默复合体(RN Ainduced silencing complex,RISC)降解靶mRNA。RNA干扰作为一种新型反义技术可以有效的抑制特异基因的表达,因此可用于对药用植物次生代谢产物的生物合成途径进行调控,达到调控天然产物生物合成的目的。现将RNAi机制研究的最新进展及RNAi在药用植物代谢工程方面的应用进行综述。 展开更多
关键词 RNA干扰 基因沉默 药用植物 代谢工程
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