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南方番茄病毒在海南省的发生分布及全基因组序列分析
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作者 车海彦 林雅婷 +1 位作者 罗大全 龙海波 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期30-40,共11页
病毒病是海南番茄生产中危害最严重的病害之一,在利用小RNA深度测序技术鉴定海南番茄病毒病病原时发现,南方番茄病毒(Southern tomato virus,STV)在海南省多个市(县)的样品中存在,而且发现1株STV单独侵染的样品。为了解STV在海南省的发... 病毒病是海南番茄生产中危害最严重的病害之一,在利用小RNA深度测序技术鉴定海南番茄病毒病病原时发现,南方番茄病毒(Southern tomato virus,STV)在海南省多个市(县)的样品中存在,而且发现1株STV单独侵染的样品。为了解STV在海南省的发生分布情况,利用RT-PCR技术,对2015—2021年采自海南省的987份疑似病毒侵染的番茄叶片样品进行检测,结果表明:在9个市(县)的142份样品中检测到STV,早在2015年STV就已经在海南番茄上存在,检出率从2015年(8.82%)到2021年(22.45%)呈逐年上升趋势。同时结合RACE和RT-PCR技术扩增到4个STV海南分离物的全长基因组,长度均为3446 nt,包含2个部分重叠的ORFs,ORF1(147~1280 nt)和ORF2(1048~3336 nt)分别编码p42蛋白(377 aa)和RdRp蛋白(762 aa),5′UTR和3′UTR的长度分别为146 nt和110 nt。序列一致性分析表明,4个STV海南分离物间基因组序列一致性为99.86%~100.00%,与目前GenBank公布的所有STV分离物基因组间序列一致性为98.45%~99.94%。基于全基因组序列构建的系统发育树显示,80个STV分离物被明显分为2个组(组Ⅰ和组Ⅱ),组Ⅰ包括亚洲、美洲、欧洲和非洲分离物;组Ⅱ中除1个亚洲分离物外,其他均为欧洲分离物;4个海南分离物被分在组Ⅰ,STV分离物的分组与地域呈一定的相关性,而与寄主无相关性。4个海南分离物与组Ⅰ分离物基因组序列变异度较高的区域位于881~1061 nt和1521~1721 nt,与组Ⅱ分离物基因组序列变异度较高的区域位于2041~2241 nt和2761~2921 nt。STV分离物基因组间未发现重组事件。这是在海南省首次报道发现STV。本研究结果有助于了解STV在海南省的分布、发生趋势及遗传多样性,为病害防控提供科学依据。 展开更多
关键词 南方番茄病毒 小RNA深度测序 RT-PCR检测 基因组
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2012年-2022年TBTV、TVDV、TBTVsatRNA和TVDVaRNA在云南主要烟区的发生与分布
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作者 杨亚辉 杨洁 +6 位作者 罗恒明 刘芳 吕婧 陈平 陈海如 陈小姣 李凡 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期296-302,331,共8页
烟草丛顶病(tobacco bushy top disease,TBTD)是一种由烟草丛顶病毒(tobacco bushy top virus,TBTV)及其卫星RNA(tobacco bushy top virus satellite RNA,TBTVsatRNA)和烟草扭脉病毒(tobacco vein distorting virus,TVDV)及其伴随RNA(to... 烟草丛顶病(tobacco bushy top disease,TBTD)是一种由烟草丛顶病毒(tobacco bushy top virus,TBTV)及其卫星RNA(tobacco bushy top virus satellite RNA,TBTVsatRNA)和烟草扭脉病毒(tobacco vein distorting virus,TVDV)及其伴随RNA(tobacco vein distorting virus associated RNA,TVDVaRNA)共同侵染引起的危险性病害,曾在云南很多烟区造成严重损失。本研究对烟草丛顶病及其相关病原物在云南烟草上的发生情况进行了多年的调查研究,力图对烟草丛顶病及其相关病原物的发生与分布进行追踪和分析。结果表明,2012年-2022年,烟草丛顶病在云南各大烟区仅零星发生,2019年以来已很难发现。烟草丛顶病的相关病原物主要在曾经暴发流行过病害的楚雄、保山和大理发现,且TBTV、TVDV、TBTVsatRNA和TVDVaRNA在烟草上并不总是同时被检出,其中引起烟草丛顶病典型症状的TBTV+TVDV+TBTVsatRNA+TVDVaRNA检出率在5%以下,TVDV的检出率最高,达30.44%,TBTVsatRNA的检出率最低,为7.68%。TBTV、TVDV、TBTVsatRNA和TVDVaRNA不能同时感染同一烟株可能是当前烟草丛顶病很少发生的主要原因。 展开更多
关键词 烟草丛顶病毒 烟草扭脉病毒 烟草丛顶病毒卫星RNA 烟草扭脉病毒伴随RNA 发生与分布
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番茄黄化曲叶病毒安徽分离物的基因组结构特征及变异分析
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作者 蒋磊 徐世强 +2 位作者 徐凯 丁菲 江彤 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 2023年第3期446-449,共4页
利用滚环扩增(RCA)技术从安徽淮北番茄温室表现曲叶症状的番茄上获得番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)的2个分离物全基因组。2个TYLCV DNA-A核苷酸序列全长均为2781 nts,共编码6个ORF。序列比对结果表明,2个TYLC... 利用滚环扩增(RCA)技术从安徽淮北番茄温室表现曲叶症状的番茄上获得番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)的2个分离物全基因组。2个TYLCV DNA-A核苷酸序列全长均为2781 nts,共编码6个ORF。序列比对结果表明,2个TYLCV安徽分离物DNA-A核苷酸序列同源性为99.7%,与已报道的国内外其他24个TYLCV各分离物同源性高达97.8%~99.9%。系统进化分析显示,TYLCV安徽分离物与来自吉林、沈阳、天津、邯郸和山东的5个TYLCV分离物亲缘关系最近。 展开更多
关键词 滚环扩增 番茄黄化曲叶病毒 序列分析
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无花果病毒CP基因克隆及遗传多样性分析
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作者 陈伟 薛婷 +2 位作者 李亚娟 王瑞鑫 玉山江·麦麦提 《山西农业科学》 2023年第11期1245-1251,共7页
无花果花叶病毒(Fig mosaic virus,FMV)是一种RNA病毒,严重影响无花果的品质与产量。2019—2020年连续2 a从山西省临汾市无花果基地随机采集被FMV感染的新鲜无花果叶片119份,经RT-PCR获得CP基因,并进行序列分析,通过分析FMV分离株的遗... 无花果花叶病毒(Fig mosaic virus,FMV)是一种RNA病毒,严重影响无花果的品质与产量。2019—2020年连续2 a从山西省临汾市无花果基地随机采集被FMV感染的新鲜无花果叶片119份,经RT-PCR获得CP基因,并进行序列分析,通过分析FMV分离株的遗传变异和种群结构,从多维度分析FMV的遗传多样性,旨在为无花果花叶病毒的分类、分子特征、进化机制以及致病机理的研究奠定基础,为解释FMV病毒分子结构、感染率高和进化程度提供有力证据。RT-PCR鉴定结果证实,53份样品为FMV阳性,从阳性样品中分离、测序、克隆得到12个新的FMV分离物;将12个分离物与在线数据比对,获得在线的37个分离物;对49个分离物进行系统发育分析得出,这些分离物来自10个国家,分布范围广,根据亲缘关系分为6个组,且与地理位置无关。进一步分析核酸和氨基酸一致性,49个CP基因核苷酸一致率和氨基酸一致率分别为91.41%~100%和89.33%~100%。结果发现,CP基因在进化过程中具有高度保守性且突变率较低。偏离中立性检验显示,FMV种群极大可能处于种群扩张状态。选择压和重组分析结果表明,负向选择可能是FMV分子变异的重要原因。 展开更多
关键词 无花果 FMV CP基因 遗传多样性
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浅谈组培苗的脱毒及应用
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作者 樊亚敏 周云帆 《现代园艺》 2023年第5期82-84,共3页
病毒是人们已知的最小生物之一,是影响作物产量和质量的主要因素之一。植物一旦感染病毒,造成的经济损失非常大,获得脱毒苗是目前唯一控制病毒传播的重要途径。研究主要阐述了植物脱毒的方法、脱毒苗的检测,以供参考。
关键词 植物病毒 植物脱毒 脱毒苗检测
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基于金纳米和杂交链式反应可视化检测植物病毒RNA 被引量:1
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作者 李文慧 王舒婷 +3 位作者 马振男 杜江 王德富 牛颜冰 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期1036-1046,共11页
植物病毒病危害严重,严重制约着农业的可持续发展,可造成巨大的经济损失。监测植物健康和及早检测病毒病原对于减少疾病传播至关重要。为实现对植物病毒病的早期田间检测,本文将基于金纳米(AuNPs)的比色法与杂交链式反应(HCR)相结合,设... 植物病毒病危害严重,严重制约着农业的可持续发展,可造成巨大的经济损失。监测植物健康和及早检测病毒病原对于减少疾病传播至关重要。为实现对植物病毒病的早期田间检测,本文将基于金纳米(AuNPs)的比色法与杂交链式反应(HCR)相结合,设计了一种灵敏、特异与高效的植物病毒RNA可视化检测技术。以烟草花叶病毒(tobacco mosaic virus,TMV)为模型,根据TMV特异性保守片段设计2个具有单链尾的发夹结构H1/H2,TMV可打开发夹结构,使之交替形成长的双直链DNA。HCR反应前后核酸的2种状态与AuNPs之间的结合差异性致使比色信号产生,从而实现对TMV的可视化检测。经过对Tris-HAc浓度、发夹结构浓度、HCR反应时间等进行优化,得到最佳检测条件。在最优条件下,进一步分析了该技术的灵敏性、特异性以及进行了真实样本检测。结果表明,AuNPs的吸光度比值(A 620/A 520)与0~10 nmol/L范围内的目标片段浓度存在线性关系,最低检出限可达412 pmol/L;在实际样本检测中,该技术能从众多病样中准确检出目标病毒,且AuNPs的吸光度比值与0~40ng/μL的TMV也存在良好的线性关系,线性方程为y=0.00827x+0.14606,R 2=0.96405,检出限为4.68 ng/μL,裸眼检出限也可达10 ng/μL。所建立的检测技术具有快速简易、成本低廉、特异性强和灵敏度高等优点,能实现对植物病毒RNA的早期快速可视化检测,具有广阔的应用前景。 展开更多
关键词 植物病毒RNA 杂交链式反应 金纳米 比色反应
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基于基因组序列分析的烟草轻绿花叶病毒江苏辣椒分离物侵染性克隆构建
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作者 高晓晓 涂丽琴 +6 位作者 杨柳 刘亚楠 高丹娜 孙枫 李硕 章松柏 季英华 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1494-1502,共9页
【目的】烟草花叶病毒属(Tobamovirus)是危害辣椒、烟草等茄科作物的主要病毒之一,严重影响蔬菜作物的种植和生产。本研究旨在探明侵染江苏省南京市辣椒的烟草轻绿花叶病毒(tobacco mild green mosaic virus,TMGMV)分离物(TMGMV-JS)的... 【目的】烟草花叶病毒属(Tobamovirus)是危害辣椒、烟草等茄科作物的主要病毒之一,严重影响蔬菜作物的种植和生产。本研究旨在探明侵染江苏省南京市辣椒的烟草轻绿花叶病毒(tobacco mild green mosaic virus,TMGMV)分离物(TMGMV-JS)的基因组结构特征、系统进化关系及其致病性,为TMGMV的防控提供科学依据。【方法】从江苏省南京市采集的辣椒病样,提取总RNA,利用TMGMV特异检测引物确认阳性后,设计病毒特异性全长引物扩增TMGMV-JS全基因序列,通过同源重组的方法克隆至pCB301植物表达载体上,获得TMGMV-JS分离物基因组序列和全长cDNA侵染性克隆。BLAST分析TMGMV-JS分离物与已报道分离物的同源性,利用MEGA7软件的邻接法进行系统进化分析。将侵染性克隆通过农杆菌浸润本氏烟和辣椒,经RT-PCR和Western blot检测验证侵染效果,测定TMGMV-JS分离物的致病性。【结果】侵染江苏省南京市辣椒的TMGMV全长序列为6356 nt,编码4个功能蛋白,分别为126K复制相关蛋白、183K复制酶、运动蛋白MP和外壳蛋白CP。同源性分析结果显示TMGMV-JS与重庆分离物TMGMV-TN29(MF139550)同源性最高,厦门分离物(JX534224)次之,系统进化分析结果也显示TMGMV-JS与其他TMGMV聚于同一大分支,其中与重庆、厦门两个分离物在同一小分支,相对近缘。构建的pCB301-TMGMV-JS侵染性克隆载体可以系统侵染本氏烟,引起叶片黄化,植株系统性坏死;也可以系统侵染辣椒,引起叶片斑驳、卷曲和植株矮化等症状。【结论】侵染江苏省南京市辣椒的TMGMV-JS分离物基因组全长6356 nt,与国内重庆、厦门TMGMV分离物具有较近的亲缘关系,同属于一个分支;构建的TMGMV-JS侵染性克隆可以系统侵染本氏烟和辣椒,在本氏烟上会导致系统性坏死。 展开更多
关键词 烟草轻绿花叶病毒 分子特征 侵染性克隆 致病性分析
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半夏miR167及其靶基因响应大豆花叶病毒胁迫的表达
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作者 王晨燕 杜江 +3 位作者 马振男 张丽 王德富 牛颜冰 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期724-733,共10页
MicroRNAs(miRNAs)是一类小的非编码RNA,在植物逆境及生物胁迫中通过调节靶基因来发挥重要的调控作用。半夏内源miR167是否参与了大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)的胁迫及相互作用关系尚不清楚。本研究利用茎环法扩增半夏内源mi... MicroRNAs(miRNAs)是一类小的非编码RNA,在植物逆境及生物胁迫中通过调节靶基因来发挥重要的调控作用。半夏内源miR167是否参与了大豆花叶病毒(soybean mosaic virus,SMV)的胁迫及相互作用关系尚不清楚。本研究利用茎环法扩增半夏内源miR167基因,命名为pt-miR167,采用生物信息学软件对其进行保守性分析,系统进化性分析及靶基因预测。在此基础上,采用qRT-PCR技术检测病毒积累量、miR167及其潜在的靶基因的表达水平,分析miR167及靶基因响应病毒侵染的表达模式。结果表明,病毒积累量在5~15 d时迅速增加,其中10 d时增加最快,随后呈现缓慢上升趋势。病毒侵染后,pt-miR167相比对照组,表达量呈下调,并且在10 d时表达量最低。进化树分析表明,pt-miR167与番茄(Solanum lycopersicum)中的sly-miR167a聚为一族,高度同源。预测的潜在主要靶基因ARF6表达量与pt-miR167表达量呈现正好相反的趋势,其在10 d时表达量达到最高。本研究表明,miRNA167参与了寄主半夏与病毒SMV的相互作用关系,研究结果有助于揭示SMV与寄主半夏之间的相互作用机制,为今后深入研究病毒与植物提供了参考,为半夏生产提供了研究的基础。 展开更多
关键词 半夏 大豆花叶病毒 miR167 靶基因 表达模式
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玉米黄花叶病毒外壳蛋白的特征分析及亚细胞定位
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作者 王海涛 董岩 +4 位作者 任春梅 宛柏杰 李硕 程兆榜 季英华 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第6期1437-1440,共4页
玉米是中国种植面积最大的作物,可作为粮食、饲料和工业原料,玉米病毒病害是玉米最为严重的病害之一,对玉米生产威胁巨大。玉米黄花叶病毒(Maize yellow mosaic virus, MaYMV)于2016年由Chen等^([1])在中国首次发现并报道,随后在亚洲其... 玉米是中国种植面积最大的作物,可作为粮食、饲料和工业原料,玉米病毒病害是玉米最为严重的病害之一,对玉米生产威胁巨大。玉米黄花叶病毒(Maize yellow mosaic virus, MaYMV)于2016年由Chen等^([1])在中国首次发现并报道,随后在亚洲其他国家、南美洲和非洲等地被相继报道^([2-9])。在中国,该病毒已扩散至云南、四川、福建、安徽和河南等地^([10])。 展开更多
关键词 玉米黄花叶病毒 外壳蛋白 亚细胞定位
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地黄花叶病毒河南分离物的CP基因克隆及序列分析
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作者 冯陈尉 李正刚 +6 位作者 郭枭 庄新建 丁诗文 董卓倬 贺振 王铁霖 张坤 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》 CAS 北大核心 2023年第4期113-118,共6页
为探究地黄花叶病毒(rehmannia mosaic virus,ReMV)在河南地黄上的发生与分布及其基因变异情况,从河南温县中草药园采集若干疑似受病毒侵染而呈现出花叶、枯萎等症状的地黄样品,用酚仿法提取地黄样品总RNA,通过PCR扩增目的基因地黄花叶... 为探究地黄花叶病毒(rehmannia mosaic virus,ReMV)在河南地黄上的发生与分布及其基因变异情况,从河南温县中草药园采集若干疑似受病毒侵染而呈现出花叶、枯萎等症状的地黄样品,用酚仿法提取地黄样品总RNA,通过PCR扩增目的基因地黄花叶病毒外壳蛋白(coat protein,CP)基因片段,经过回收纯化后,克隆至pMD19-T载体中,转化大肠杆菌DH5α,随机挑选4个阳性单克隆测序,最后将结果与NCBI数据库中已有的核苷酸序列进行比对,并结合NCBI数据库中已发布的不同地区ReMV分离物的CP基因序列,构建基于CP^(ReMV)核苷酸序列的ReMV不同地区分离物的系统进化树。结果表明:成功克隆出ReMV河南分离物的CP基因,将该序列上传至NCBI后获得GenBank登录号为OM964874;通过构建系统发育进化树,该分离物与郑州、山西、韩国报道的ReMV分离物亲缘关系较近,可能有相近传染源,而与美国、日本的分离物亲缘关系较远,存在一定的遗传分化,序列一致性分析结果与此一致。综上,这一研究扩大了ReMV群体的传播范围,丰富了其基因信息,为揭示ReMV的致病机制奠定了基础。 展开更多
关键词 地黄花叶病毒 外壳蛋白 基因克隆 进化树分析
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侵染花叶青木的病毒种类鉴定及其基因序列分析
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作者 梁海文 兰平秀 +4 位作者 柳勤海 谭冠林 陈小姣 赵雁 李凡 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期1893-1904,共12页
【目的】探明采自云南和海南表现为黄化、皱缩等表型的花叶青木病毒种类。【方法】首先,利用转录组测序技术对来自云南省昆明市的花叶青木样品进行检测;然后,根据转录组测序结果,采用RT-PCR对采自云南省昆明市和海南省海口市的73份花叶... 【目的】探明采自云南和海南表现为黄化、皱缩等表型的花叶青木病毒种类。【方法】首先,利用转录组测序技术对来自云南省昆明市的花叶青木样品进行检测;然后,根据转录组测序结果,采用RT-PCR对采自云南省昆明市和海南省海口市的73份花叶青木样品开展转录组测序结果中发现的病毒种类检测验证,并扩增获得相关病毒基因片段,对这些病毒的基因序列进行比对分析。【结果】转录组测序结果发现,送测的花叶青木样品中含有蚕豆萎蔫病毒2号(broad bean wilt virus 2,BBWV2)、菜豆黄花叶病毒(bean yellow mosaic virus,BYMV)、黄瓜花叶病毒(cucumber mosaic virus,CMV)、豌豆耳突花叶病毒1号(pea enation mosaic virus 1,PEMV-1)和豌豆耳突花叶病毒2号(pea enation mosaic virus 2,PEMV-2)5种病毒的侵染。但随后对来自云南和海南的73份花叶青木样品的RT-PCR验证中,只检测到BBWV2、BYMV、CMV和PEMV-24种病毒。其中,云南和海南的样品中均能检测到BBWV2,总检出率为11.0%;而BYMV、CMV和PEMV-2仅在云南的样品中被检测到,检出率分别为5.5%、1.4%和1.4%。从两地采集的花叶青木样品中既未发现PEMV-1的侵染,也未发现BBWV2、BYMV、CMV和PEMV-2的复合侵染。为了进一步分析BBWV2、BYMV、CMV和PEMV-2花叶青木分离物与来自其他寄主植物相关病毒分离物的分子变异,选取检测到上述4种病毒的样品,分别对BBWV2、BYMV和CMV 3种病毒的cp及PEMV-2的RdRp序列进行扩增,并对扩增获得的BBWV2490 nt的small cp(GenBank登录号:OQ137565、OQ137566)、BYMV 499 nt的cp核心区域(GenBank登录号:OQ137568)、CMV 880 nt的cp(GenBank登录号:OQ137567)和PEMV-2800nt的RdRp核心区域序列(GenBank登录号:OQ137569)进行分析。序列比对分析结果表明,BBWV2云南与海南花叶青木分离物间存在85.9%的核苷酸序列一致性,二者与GenBank中其他BBWV2分离物分别存在79.8%—94.5%和80.2%—92.0%的核苷酸序列一致性;BYMV、CMV和PEMV-2云南花叶青木分离物与GenBank中相应病毒的核苷酸序列一致性分别为79.8%—99.0%、71.5%—99.4%和84.9%—98.0%。利用以上病毒相应基因核苷酸序列构建系统发育树,发现BBWV2云南和海南花叶青木分离物分别属于I组中的a亚组和b亚组;BYMV云南花叶青木分离物与伊朗(GenBank登录号:MN241051,MN241060)和伊拉克(GenBank登录号:JQ026005)蚕豆分离物具有较近的亲缘关系;CMV云南花叶青木分离物属于I组中的IB亚组,但与IB亚组的其他成员具有较远的亲缘关系;PEMV-2云南花叶青木分离物与云南豌豆分离物亲缘关系最近并聚为一组,但与其他分离物存在较远的亲缘关系。【结论】首次报道了花叶青木被病毒感染,同时也是BBWV2、BYMV、CMV和PEMV-2在花叶青木乃至桃叶珊瑚属植物上的首次报道,BBWV2、BYMV、CMV和PEMV-2花叶青木分离物与来自其他植物的相关病毒分离物存在较大的分子变异。 展开更多
关键词 花叶青木 病毒鉴定 蚕豆萎蔫病毒2号 菜豆黄花叶病毒 黄瓜花叶病毒 豌豆耳突花叶病毒2号
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番茄环纹斑点病毒核衣壳蛋白N的RT-LAMP检测方法的建立
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作者 罗海燕 李恒 +3 位作者 陆承聪 魏辉 郑雪 陈勇 《山东农业科学》 北大核心 2023年第11期176-180,共5页
番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot virus,TZSV)属正番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus),严重影响番茄、辣椒等作物的产量及经济价值。本研究根据TZSV的核衣壳蛋白N的基因序列设计逆转录环介导等温扩增(reverse transcription loop-med... 番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot virus,TZSV)属正番茄斑萎病毒属(Orthotospovirus),严重影响番茄、辣椒等作物的产量及经济价值。本研究根据TZSV的核衣壳蛋白N的基因序列设计逆转录环介导等温扩增(reverse transcription loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP)反应引物,建立了TZSV的RT-LAMP检测方法。结果显示,该方法能够特异扩增TZSV,与侵染辣椒的番茄斑萎病毒和烟草花叶病毒不发生反应;RNA最低检测限为0.01 pg/μL,灵敏度为普通逆转录PCR(RT-PCR)的10倍;田间样品检测应用结果表明,RT-LAMP扩增和可视化检测结果与RT-PCR一致。综上,本研究建立的RT-LAMP快速检测方法可有效应用于TZSV的田间检测。 展开更多
关键词 番茄环纹斑点病毒 核衣壳蛋白N 逆转录环介导等温扩增技术 检测
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利用小RNA深度测序技术鉴定白芷病毒病病原
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作者 杜江 姚东作 +3 位作者 王晨燕 崔丽艳 王德富 牛颜冰 《山西农业大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2023年第1期75-81,共7页
[目的]白芷(Angelica dahurica)是一种药用历史悠久的传统中药,本研究利用小RNA深度测序技术明确引起山西太谷白芷花叶、褪绿症状的病原,为白芷病毒病的防控提供依据。[方法]将采集的白芷病样进行小RNA深度测序,通过RT-PCR和序列相似性... [目的]白芷(Angelica dahurica)是一种药用历史悠久的传统中药,本研究利用小RNA深度测序技术明确引起山西太谷白芷花叶、褪绿症状的病原,为白芷病毒病的防控提供依据。[方法]将采集的白芷病样进行小RNA深度测序,通过RT-PCR和序列相似性分析明确白芷病毒病的分类地位。[结果]白芷样品经小RNA深度测序共获得22158005个原始序列,将拼接contigs与NCBI中的病毒数据库进行比对注释,结果显示比对到黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)3条正义链RNA 3、RNA 2、RNA 1的比对率分别为2.14%、1.28%和1.10%。利用特异引物克隆了CMV-BZ RNA3的外壳蛋白和移动蛋白基因全序列。通过序列比对分析,发现CMV-BZ CP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组ⅠB中CMV分离物(CMV-SD-YT和CMV-SXCH)和(CMV-SD-QD)的相似性最高,分别为99.1%和99.5%;MP氨基酸序列和核苷酸序列分别与CMV亚组Ⅰ分离物Ah的相似性最高,为99.3%和99.0%。MP和CP氨基酸序列系统进化分析表明,CMV-BZ与中国大多数CMV分离物聚为一类,属于CMV亚组Ⅰ中的成员。[结论]首次在山西白芷上检测到CMV,该研究有助于深入了解CMV的分子进化,为白芷产业的健康发展提供一定启示,也为病毒病的防治提供一定的理论依据。 展开更多
关键词 白芷 黄瓜花叶病毒 小RNA深度测序
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乐都紫皮大蒜4种病毒多重RT-PCR检测技术的建立 被引量:3
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作者 张超 董怡衡 +6 位作者 岳苗 卫唯 张谦 王乐 尹卫 王煜伟 梁健 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2023年第1期120-129,共10页
【目的】建立乐都紫皮大蒜4种病毒的多重RT-PCR快速检测方法,为大蒜病毒病病原鉴定、脱毒效果验证等提供技术支撑。【方法】根据乐都紫皮大蒜RNA全长转录组测序结果,分别设计洋葱黄矮病毒(onion yellow dwarf virus,OYDV)、大蒜潜隐病毒... 【目的】建立乐都紫皮大蒜4种病毒的多重RT-PCR快速检测方法,为大蒜病毒病病原鉴定、脱毒效果验证等提供技术支撑。【方法】根据乐都紫皮大蒜RNA全长转录组测序结果,分别设计洋葱黄矮病毒(onion yellow dwarf virus,OYDV)、大蒜潜隐病毒(garlic latent virus,GLV)、大蒜D病毒(garlic virus D,GarVD)和大蒜X病毒(garlic virus X,GarVX)4种病毒的外壳蛋白特异性引物,筛选不同引物,优化引物用量、模板用量、退火温度等条件,并进行了多重RT-PCR的灵敏度检测和12份引进栽培大蒜种质资源的病毒检测。【结果】通过优化筛选,在一个PCR反应体系中实现了OYDV(1232 bp)、GLV(831 bp)、GarVD(506 bp)和GarVX(116 bp)4种病毒的多重检测,最优反应条件为退火温度55℃,模板用量2.5μL,混合引物用量1.0μL。多重RT-PCR的灵敏度略低于单一RT-PCR。对引进的12份栽培大蒜资源进行4种病毒的多重RT-PCR检测发现,有5份资源存在4种病毒,4份资源存在2种病毒,3份资源存在1种病毒。对7份资源中经多重PCR未检测到的病毒,使用单一RT-PCR进行检测和验证发现,除1份内蒙古资源(NMG)的1种病毒(GarVX)外,多重RT-PCR结果与单一RT-PCR检测结果一致。【结论】本研究建立的大蒜多重RT-PCR体系可靠性强,可用于大蒜病毒的检测与防控。 展开更多
关键词 乐都紫皮大蒜 病毒检测 多重RT-PCR 洋葱黄矮病毒 大蒜潜隐病毒 大蒜D病毒 大蒜X病毒
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广西柑橘衰退病和黄脉病调查及其病原病毒的遗传多样性分析
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作者 耿雪欣 高方栏 +3 位作者 梁文馨 梁洲勇 何新华 邹承武 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期84-91,共8页
为明确柑橘衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)和柑橘黄脉病毒(citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)在广西柑橘上的发生、分布及其遗传变异情况,于2020年至2021年对百色、北海、崇左、贵港、桂林、河池、贺州、来宾、柳州、南... 为明确柑橘衰退病毒(citrus tristeza virus,CTV)和柑橘黄脉病毒(citrus yellow vein clearing virus,CYVCV)在广西柑橘上的发生、分布及其遗传变异情况,于2020年至2021年对百色、北海、崇左、贵港、桂林、河池、贺州、来宾、柳州、南宁、梧州和玉林等12个柑橘产区进行了病毒病调查。采用RT-PCR对采集样品进行了病毒检测,并基于病毒分离物外壳蛋白(coat protein,CP)基因的核苷酸序列进行比对分析,构建系统发育树。结果表明:采集的737份柑橘样品中,CTV的检出率为20.62%,CYVCV检出率为18.32%,CTV的检出率略高于CYVCV。病毒复合侵染的现象在采集的柑橘样品中普遍存在,CTV和CYVCV复合侵染率高达34.50%。对RT-PCR产物测序共获得12个CTV分离物和6个CYVCV分离物的CP基因序列。遗传多样性分析发现,CTV和CYVCV的CP基因序列都较保守,CTV分离物的遗传进化与地理来源、寄主来源均没有明显相关性,但CYVCV分离物的遗传进化与地理位置具有相关性,而与寄主来源无明显相关性。上述研究结果可为深入了解CTV和CYVCV在广西的流行情况以及柑橘病毒病的检疫和防控提供参考。 展开更多
关键词 柑橘衰退病毒 柑橘黄脉病毒 病原检测 遗传多样性分析
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苜蓿卷叶病毒山西苜蓿分离物外壳蛋白基因序列分析
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作者 杜江 王晨燕 +4 位作者 崔丽艳 马海会 姚东作 王德富 牛颜冰 《山西农业科学》 2023年第8期846-851,共6页
苜蓿(Medicago sativa L.)中蛋白质、维生素等多种营养成分含量丰富,是一种在世界范围内被广泛种植的重要牧草,然而苜蓿卷叶病毒(Alfalfa leafcurlvirus,ALCV)的侵染严重影响了苜蓿的品质和产量。为了为苜蓿产业的抗病毒育种提供一定启... 苜蓿(Medicago sativa L.)中蛋白质、维生素等多种营养成分含量丰富,是一种在世界范围内被广泛种植的重要牧草,然而苜蓿卷叶病毒(Alfalfa leafcurlvirus,ALCV)的侵染严重影响了苜蓿的品质和产量。为了为苜蓿产业的抗病毒育种提供一定启示,为苜蓿病毒病的防治提供一定的理论依据,研究通过双生病毒通用引物(SPG1/SPG2)在山西省晋中市太谷区山西农业大学植物园中表现出卷曲、皱缩症状的苜蓿样品中检测到ALCV的侵染,并进一步利用PCR技术对ALCV山西苜蓿分离物(ALCV-Taigu)的外壳蛋白(Coatprotein,CP)基因全序列进行克隆和比对分析。结果表明,ALCV-Taigu CP基因与ALCV其他株系核苷酸同源性为82.7%~96.6%,氨基酸同源性为82.4%~97.1%。对ALCV-Taigu CP氨基酸序列系统进化分析表明,ALCV-Taigu与法国、西班牙、意大利等欧洲国家和黎巴嫩、伊朗等中东国家的ALCV分离物距离较远,亲缘关系较远;与中国和阿根廷的ALCV分离物距离较近,聚集为一个大分支,亲缘关系较近;ALCV-Taigu与中国苜蓿ALCV-Helinger/N1分离物距离最近,聚为一簇。这是首次在山西苜蓿上检测到ALCV,该研究结果有助于深入了解ALCV的分子进化。 展开更多
关键词 苜蓿 苜蓿卷叶病毒 序列分析 病原鉴定
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转录因子NbERF RAP2-1在黄瓜绿斑驳花叶病毒侵染中的功能
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作者 于连伟 姜兴林 +7 位作者 杨灵玲 王贺 张玉阳 谢莉娜 夏子豪 李洪连 杨雪 施艳 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第15期2919-2928,共10页
【背景】黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)是我国重要的检疫性植物病毒,对蔬菜和瓜类产业造成严重的经济损失。ERF转录因子可以调控植物生物和非生物胁迫,参与植物对多种病害的防御作用。前期研究显示CGMM... 【背景】黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)是我国重要的检疫性植物病毒,对蔬菜和瓜类产业造成严重的经济损失。ERF转录因子可以调控植物生物和非生物胁迫,参与植物对多种病害的防御作用。前期研究显示CGMMV侵染后可以显著下调寄主转录因子Nb ERF RAP2-1的表达。【目的】明确ERF转录因子家族成员在CGMMV侵染过程中的作用,为CGMMV病害防治提供理论依据。【方法】运用MEGA7.0构建系统进化树,对基于Nb ERF RAP2-1蛋白的氨基酸序列进行系统进化分析;构建Nb ERF RAP2-1的荧光表达载体,并观察其亚细胞定位;利用q RT-PCR技术分析Nb ERF RAP2-1在CGMMV侵染不同时期的表达量;通过烟草脆裂病毒(tobacco rattle virus,TRV)介导的基因沉默(VIGS)和瞬时过表达Nb ERF RAP2-1分析其在CGMMV侵染过程中的作用。【结果】系统进化树分析表明,Nb ERF RAP2-1与多种烟草的ERF转录因子同源性极高,与拟南芥的ERF转录因子亲缘关系较远;亚细胞定位结果显示Nb ERF RAP2-1定位于细胞核,作为转录因子行驶功能;CGMMV侵染对本氏烟内源基因Nb ERF RAP2-1的转录水平影响结果显示,在CGMMV侵染6、9、12 d时Nb ERF RAP2-1的表达量无明显变化,在CGMMV侵染15和18 d时Nb ERF RAP2-1表达量显著下调;TRV介导的VIGS可以将植物内源基因Nb ERF RAP2-1有效沉默,在沉默的植株系统叶上接种CGMMV,8 d对照植株系统叶出现斑驳、卷曲症状而Nb ERF RAP2-1沉默植株无症状,同时CGMMV RNA水平和蛋白水平检测结果也表明TRV:Nb ERF RAP2-1可以有效抑制CGMMV的积累;同样,分别在本氏烟叶片瞬时过表达Nb ERF RAP2-124、48和72 h时检测CGMMV RNA水平和蛋白水平表达量,结果显示在病毒侵染早期,即复制阶段就抑制CGMMV的表达。【结论】Nb ERF RAP2-1可以有效抑制CGMMV侵染初期病毒复制,即病毒RNA复制阶段;随着CGMMV不断侵染,在CGMMV细胞间运动和系统运动时期,CGMMV识别防御相关基因Nb ERF RAP2-1并抑制该基因的转录;当Nb ERF RAP2-1缺失后可能抑制了下游蛋白的转录或表达,从而抑制病毒侵染后期的积累。由此可见,Nb ERF RAP2-1在CGMMV侵染过程中发挥了重要作用。 展开更多
关键词 黄瓜绿斑驳花叶病毒 NbERF RAP2-1 致病机制
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疱疹病毒引起内质网应激/未折叠蛋白反应研究进展
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作者 蔡海情 王微 +5 位作者 曾茂芹 毕文文 陈莉 张黔东 袁阳 文明 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期131-139,共9页
内质网是真核细胞内蛋白质折叠及翻译后修饰的主要场所,还参与调控Ca^(2+)和脂类物质储存合成,具有重要生理功能。疱疹病毒是一类具有囊膜的DNA病毒,其表面糖基化囊膜蛋白的合成加工依赖于内质网,在病毒复制过程中,大量合成的糖基化囊... 内质网是真核细胞内蛋白质折叠及翻译后修饰的主要场所,还参与调控Ca^(2+)和脂类物质储存合成,具有重要生理功能。疱疹病毒是一类具有囊膜的DNA病毒,其表面糖基化囊膜蛋白的合成加工依赖于内质网,在病毒复制过程中,大量合成的糖基化囊膜蛋白在内质网内过度堆积则会引起内质网应激(endoplasmic reticulum stress,ERS),进而发生未折叠蛋白反应(unfolded protein response,UPR)。某些疱疹病毒可能已经进化出调控UPR的机制,为复制过程创造最佳环境,它们在宿主细胞内复制时,会引起相关内质网UPR信号级联反应,如细胞损伤、炎症反应、细胞凋亡等。综述了内质网应激/未折叠蛋白(ERS/UPR)对病毒的反应机制,从Ⅰ型单纯疱疹病毒、伪狂犬病病毒、马立克病病毒、鸭肠炎病毒和其他疱疹病毒等感染引起ERS分子机制及相关信号通路进行阐述,以期为疱疹病毒相关疫苗和药物作用靶点的研发提供理论依据。 展开更多
关键词 内质网应激 未折叠蛋白反应 疱疹病毒
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夜来香花叶病毒江西分离物的分子特征与序列分析
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作者 顾佩佩 王莹 黄爱军 《中国南方果树》 北大核心 2023年第6期92-96,共5页
夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,TeMV)是侵染西番莲的重要植物病毒之一。通过RACE和RT-PCR技术获得3条TeMV江西分离物全基因组序列,除poly(A)尾外,3个分离物基因组全长均为10 069 nt。采用汁液摩擦接种法对分离物进行生物学特性研... 夜来香花叶病毒(Telosma mosaic virus,TeMV)是侵染西番莲的重要植物病毒之一。通过RACE和RT-PCR技术获得3条TeMV江西分离物全基因组序列,除poly(A)尾外,3个分离物基因组全长均为10 069 nt。采用汁液摩擦接种法对分离物进行生物学特性研究,首次发现该病毒可侵染豌豆。对所获分离物全基因组进行序列一致性分析,结果表明,江西分离物间核苷酸与氨基酸序列一致性分别为98.1%~98.6%和98.8%~99.3%,与GenBank中报道西番莲TeMV分离物全基因组的核苷酸与氨基酸序列一致性分别为87.3%~98.9%和91.2%~99.5%,与武夷山分离物(MK340755)序列一致性最高。基于不同分离物CP基因的系统发育分析显示,寄主来源相同的分离物亲缘关系较近,推测TeMV的遗传进化与不同的植物寄主相关。 展开更多
关键词 夜来香花叶病毒 西番莲 全基因组 序列分析 亲缘关系
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香石竹斑驳病毒属简并引物RT-PCR检测方法的建立
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作者 廖富荣 陈红运 +5 位作者 沈建国 方志鹏 黄蓬英 陈青 林玲玲 洪钧 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期2288-2301,共14页
【目的】使用简并引物RT-PCR方法并结合序列测定与分析,为甲型香石竹斑驳病毒属(Alphacarmovirus)、乙型香石竹斑驳病毒属(Betacarmovirus)和丙型香石竹斑驳病毒属(Gammacarmovirus)病毒建立一种快速、灵敏、广谱的检测鉴定方法。【方... 【目的】使用简并引物RT-PCR方法并结合序列测定与分析,为甲型香石竹斑驳病毒属(Alphacarmovirus)、乙型香石竹斑驳病毒属(Betacarmovirus)和丙型香石竹斑驳病毒属(Gammacarmovirus)病毒建立一种快速、灵敏、广谱的检测鉴定方法。【方法】通过基因组序列的多重比对分析,在依赖于RNA的RNA聚合酶(RdRp)基因的保守区域设计1对简并引物Carmo-F2/Carmo-R2,在引物5′端分别加入非互补的富含AT序列(AATAAATCATAA)形成引物Carmo-F2a/Carmo-R2a,测试简并引物RT-PCR方法的广谱性、特异性和灵敏度,并对PCR产物进行测序、序列分析和系统发育分析。利用该方法对来自厦门的扶桑(Hibiscusrosa-sinensis)样品进行病毒检测。【结果】利用Carmo-F2/Carmo-R2和Carmo-F2a/Carmo-R2a两对引物建立的RT-PCR方法,扩增甲型、乙型和丙型香石竹斑驳病毒属病毒的部分RdRp基因,扩增片段分别约为500和550 bp。该方法成功用于检测甲型香石竹斑驳病毒属的香彩雀花碎色病毒(angelonia flower break virus,AnFBV)、小花矮牵牛斑驳病毒(calibrachoa mottle virus,CbMV)、香石竹斑驳病毒(carnation mottle virus,CarMV)、天竺葵花碎色病毒(pelargonium flower break virus,PFBV),乙型香石竹斑驳病毒属的木槿褪绿环斑病毒(hibiscus chlorotic ringspot virus,HCRSV),丙型香石竹斑驳病毒属的甜瓜坏死斑点病毒(melon necrotic spot virus,MNSV),显示出良好的广谱性。特异性检测表明,简并引物Carmo-F2/Carmo-R2和Carmo-F2a/Carmo-R2a在玉米褪绿斑驳病毒(maize chlorotic mottle virus,MCMV;Machlomovirus)、天竺葵线纹病毒(pelargonium line pattern virus,PLPV;Pelarspovirus)、香石竹环斑病毒(carnation ringspot virus,CRSV;Dianthovirus),健康的西瓜、甜瓜、南瓜、大豆、豌豆植物未扩增到预期大小的条带。灵敏度检测表明,简并引物Carmo-F2/Carmo-R2最低可检测到10-2稀释液,简并引物Carmo-F2a/Carmo-R2a可检测到10-3稀释液,在5′端加入非互补的富含AT序列可以提高简并引物RT-PCR检测方法的灵敏度。BLAST分析表明,测定的序列均与相应病毒种类具有最高序列一致性。部分RdRp基因氨基酸序列的系统发育分析结果符合目前通读病毒亚科(Procedovirinae)病毒的分类情况,且可以把病毒鉴定到种的水平。采集13份疑似病毒症状的扶桑样品,均检出木槿褪绿环斑病毒。【结论】基于简并引物Carmo-F2/Carmo-R2和Carmo-F2a/Carmo-R2a的RT-PCR方法,可用于甲型、乙型和丙型香石竹斑驳病毒属病毒的筛查检测,结合序列分析及系统发育分析可进行病毒种类的快速鉴定,并有助于发现新的病毒种类。厦门扶桑植物受到木槿褪绿环斑病毒的侵染。 展开更多
关键词 甲型香石竹斑驳病毒属 乙型香石竹斑驳病毒属 丙型香石竹斑驳病毒属 简并引物 RT-PCR 扶桑 木槿褪绿环斑病毒
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