本研究旨在通过对丫杈猪生长发育、胴体及肉质性状的全基因组关联分析(Genome Wide Association Study,GWAS),挖掘与丫杈猪生长发育、胴体和肉质性状相关的遗传标记和功能基因。以166头丫杈猪为试验材料,通过提取耳组织DNA并采用中芯一...本研究旨在通过对丫杈猪生长发育、胴体及肉质性状的全基因组关联分析(Genome Wide Association Study,GWAS),挖掘与丫杈猪生长发育、胴体和肉质性状相关的遗传标记和功能基因。以166头丫杈猪为试验材料,通过提取耳组织DNA并采用中芯一号芯片进行单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)检测,采用Plink(V1.90)对获得的基因型数据进行质控,利用GEMMA软件的混合线性模型对质控结果进行生长发育、胴体和肉质性状相关的GWAS分析。结果表明,有1个SNP与日增重在全基因组范围内显著相关,1个SNP与肌内脂肪含量在全基因组范围内显著相关,3个SNPs与瘦肉率在全基因组范围内显著相关,TOX3、DLG5和FAM180A、KIF2B分别是影响丫杈猪日增重、肌内脂肪含量和瘦肉率性状的候选基因。本研究结果为丫杈猪的分子育种提供了一定的理论参考价值。展开更多
【目的】筛选和识别大河猪背脂沉积相关的关键候选基因。【方法】对高背膘和低背膘各6头大河猪的背部脂肪组织进行转录组测序,筛选差异表达基因并对其GO功能和KEGG通路富集进行分析,结合蛋白质—蛋白质互作网络构建,对大河猪背脂沉积关...【目的】筛选和识别大河猪背脂沉积相关的关键候选基因。【方法】对高背膘和低背膘各6头大河猪的背部脂肪组织进行转录组测序,筛选差异表达基因并对其GO功能和KEGG通路富集进行分析,结合蛋白质—蛋白质互作网络构建,对大河猪背脂沉积关键基因进行发掘与鉴定,再随机挑选3个关键基因进行RT-qPCR验证。【结果】共检测到214个差异表达基因,在高背膘组大河猪中有107个基因上调,107个基因下调。这些基因极显著富集于氧酸代谢、有机酸代谢、脂质代谢、羧酸代谢等生物学过程,以及过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptor,PPAR)信号通路、腺苷酸活化蛋白激酶(AMP-activated protein kinase,AMPK)信号通路、丙酮酸代谢、三羧酸循环等脂肪沉积调控通路(P<0.01),其中,PCK1、ME1、ACLY、ACACA、FASN和SCD为背脂沉积的关键基因。随机挑选的3个关键基因(PCK1、ACLY和ME1)在高、低背膘组大河猪背部脂肪中的表达差异达到显著或极显著水平(P<0.05或P<0.01)。【结论】研究结果初步鉴定了大河猪背脂沉积的关键基因,为深入揭示猪背脂沉积的分子机制及促进瘦肉率等背脂相关性状的遗传改良提供了科学基础和依据。展开更多
文摘东极黑猪是在我国东北部发现的一种新黑猪群体,试验旨在了解东极黑猪群体结构和遗传多样性,以期更好地保护和利用东极黑猪遗传资源。通过50k SNP芯片研究426头东极黑猪进行遗传多样性、亲缘关系和家系结构,同时加入20头大白猪及20头民猪数据开展主成分分析(Principal component analysis,PCA)。结果表明,东极黑猪57466个SNPs中有47389个SNPs通过质检;PCA结果显示,3个群体分别聚类,东极黑猪与另外两个猪种区分明显;东极黑猪群体中部分个体遗传关系较近,状态同源(Identity by state,IBS)遗传距离为0.0977~0.3589,平均值为0.2752;连续性纯合片段(Runs of homozygosity,ROH)分析发现该群体平均ROH为317.3 Mb,主要分布在200~300 Mb,群体平均近交系数(FROH)为0.133,说明存在近交情况。根据基因组亲缘关系和聚类分析结果,可将东极黑猪群体分为15个家系。综合分析表明,东极黑猪群体遗传多样性丰富,品种独特,但存在近交,建议引入新血统以防遗传多样性丢失。
文摘【目的】筛选和识别大河猪背脂沉积相关的关键候选基因。【方法】对高背膘和低背膘各6头大河猪的背部脂肪组织进行转录组测序,筛选差异表达基因并对其GO功能和KEGG通路富集进行分析,结合蛋白质—蛋白质互作网络构建,对大河猪背脂沉积关键基因进行发掘与鉴定,再随机挑选3个关键基因进行RT-qPCR验证。【结果】共检测到214个差异表达基因,在高背膘组大河猪中有107个基因上调,107个基因下调。这些基因极显著富集于氧酸代谢、有机酸代谢、脂质代谢、羧酸代谢等生物学过程,以及过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptor,PPAR)信号通路、腺苷酸活化蛋白激酶(AMP-activated protein kinase,AMPK)信号通路、丙酮酸代谢、三羧酸循环等脂肪沉积调控通路(P<0.01),其中,PCK1、ME1、ACLY、ACACA、FASN和SCD为背脂沉积的关键基因。随机挑选的3个关键基因(PCK1、ACLY和ME1)在高、低背膘组大河猪背部脂肪中的表达差异达到显著或极显著水平(P<0.05或P<0.01)。【结论】研究结果初步鉴定了大河猪背脂沉积的关键基因,为深入揭示猪背脂沉积的分子机制及促进瘦肉率等背脂相关性状的遗传改良提供了科学基础和依据。
