【目的】探明引起安徽某鸭场雏鸭肝脏出血和大量死亡的病原及其遗传进化特征。【方法】对安徽省某鸭场的病死雏鸭中采集的出血肝脏开展鸭已知病原核酸检测、病原分离鉴定和动物回归试验,在明确其病原为鸭3型甲肝病毒(Duck hepatitis A v...【目的】探明引起安徽某鸭场雏鸭肝脏出血和大量死亡的病原及其遗传进化特征。【方法】对安徽省某鸭场的病死雏鸭中采集的出血肝脏开展鸭已知病原核酸检测、病原分离鉴定和动物回归试验,在明确其病原为鸭3型甲肝病毒(Duck hepatitis A virus type 3,DHAV-3)的基础上分析其VP1基因序列分子特征。【结果】细菌分离结果显示,未分离到细菌;经病毒核酸(RT-)PCR检测结果显示,鸭3型甲肝病毒(DHAV-3)核酸阳性,未检测出其他已知引起鸭肝出血的病毒核酸。将该阳性样品经鸭胚进行病毒分离与传代,发现接种后鸭胚发生死亡,胚体全身出血,对第5代尿囊液经RT-PCR检测为DHAV-3,将其命名为AH230225。经测定,该分离株的鸭胚半数致死量(Effective lethal dose 50,ELD_(50))为10^(−4.17)/0.1 mL。动物回归试验表明,该毒株对樱桃谷雏鸭的致死率为80%,且攻毒死亡鸭肝脏和肾脏的剖检病变与临床典型病变相近。对该分离毒的VP1基因核苷酸序列进行同源性分析,显示AH230225株的VP1基因核苷酸序列与AH07株DHAV-3(安徽分离株)的同源性最高,为98.8%,与GenBank登录的10株DHAV-3分离株VP1基因核苷酸序列同源性为90.4%~98.8%,而与DHAV-1和DHAV-2的VP1基因核苷酸序列同源性分别为62.1%~63.0%、64.6%~64.9%;基于VP1蛋白氨基酸序列的遗传进化显示,该分离株与AH07株DHAV-3处于同一小进化分支上,亲缘关系最近;而与SD01株、G株和韩国株(AP-04009、AP-03337)等亲缘关系较远,即远离DHAV-1和DHAV-2进化分支。【结论】引起安徽某鸭场雏鸭肝脏出血和大量死亡的病原为鸭3型甲肝病毒DHAV-3,同时明确了该毒株VP1基因的分子特征及遗传进化规律,为深入研究DHAV-3的致病机制和制定防控措施提供科学依据。展开更多
为获得绵羊液泡蛋白分选26A(Vacuolar Protein Sorting 26A,VPS26A)基因CDS序列,确定其生物学功能,明确其在不同品种不同组织的表达差异,以新吉细毛羊和小尾寒羊为试验动物,以小尾寒羊皮肤组织cDNA为模板通过TA(T's and A's Met...为获得绵羊液泡蛋白分选26A(Vacuolar Protein Sorting 26A,VPS26A)基因CDS序列,确定其生物学功能,明确其在不同品种不同组织的表达差异,以新吉细毛羊和小尾寒羊为试验动物,以小尾寒羊皮肤组织cDNA为模板通过TA(T's and A's Method)克隆获得CDS区序列,并对序列进行生物信息学分析,预测其可能编码的蛋白质结构和功能;利用实时荧光定量PCR检测VPS26A基因在小尾寒羊和新吉细毛羊不同组织的表达差异。结果显示:VPS26A基因CDS序列全长为981 bp,编码327个氨基酸。绵羊VPS26A氨基酸序列与羚羊相似性最高,同源性为100%,与人的相似性最低,为99.4%;系统进化树结果显示,绵羊VPS26A与山羊和羚羊亲缘关系最近,与人和驴亲缘关系最远。VPS26A蛋白无跨膜结构域和信号肽,存在27个磷酸化位点和2个N-糖基化位点,主要分布在细胞质和核内体上。VPS26A蛋白二级结构预测结果显示,无规则卷曲、延伸链、α螺旋和β转角分别占45.87%、30.28%、18.35%和5.50%,与三级结构预测一致。实时荧光定量PCR结果显示,VPS26A基因在小尾寒羊肺脏中表达量最高,其次是皮肤,而在新吉细毛羊皮肤的表达量均最高,均显著高于其他组织。本研究为进一步阐述VPS26A基因功能奠定了基础。展开更多
文摘【目的】探明引起安徽某鸭场雏鸭肝脏出血和大量死亡的病原及其遗传进化特征。【方法】对安徽省某鸭场的病死雏鸭中采集的出血肝脏开展鸭已知病原核酸检测、病原分离鉴定和动物回归试验,在明确其病原为鸭3型甲肝病毒(Duck hepatitis A virus type 3,DHAV-3)的基础上分析其VP1基因序列分子特征。【结果】细菌分离结果显示,未分离到细菌;经病毒核酸(RT-)PCR检测结果显示,鸭3型甲肝病毒(DHAV-3)核酸阳性,未检测出其他已知引起鸭肝出血的病毒核酸。将该阳性样品经鸭胚进行病毒分离与传代,发现接种后鸭胚发生死亡,胚体全身出血,对第5代尿囊液经RT-PCR检测为DHAV-3,将其命名为AH230225。经测定,该分离株的鸭胚半数致死量(Effective lethal dose 50,ELD_(50))为10^(−4.17)/0.1 mL。动物回归试验表明,该毒株对樱桃谷雏鸭的致死率为80%,且攻毒死亡鸭肝脏和肾脏的剖检病变与临床典型病变相近。对该分离毒的VP1基因核苷酸序列进行同源性分析,显示AH230225株的VP1基因核苷酸序列与AH07株DHAV-3(安徽分离株)的同源性最高,为98.8%,与GenBank登录的10株DHAV-3分离株VP1基因核苷酸序列同源性为90.4%~98.8%,而与DHAV-1和DHAV-2的VP1基因核苷酸序列同源性分别为62.1%~63.0%、64.6%~64.9%;基于VP1蛋白氨基酸序列的遗传进化显示,该分离株与AH07株DHAV-3处于同一小进化分支上,亲缘关系最近;而与SD01株、G株和韩国株(AP-04009、AP-03337)等亲缘关系较远,即远离DHAV-1和DHAV-2进化分支。【结论】引起安徽某鸭场雏鸭肝脏出血和大量死亡的病原为鸭3型甲肝病毒DHAV-3,同时明确了该毒株VP1基因的分子特征及遗传进化规律,为深入研究DHAV-3的致病机制和制定防控措施提供科学依据。
文摘为获得绵羊液泡蛋白分选26A(Vacuolar Protein Sorting 26A,VPS26A)基因CDS序列,确定其生物学功能,明确其在不同品种不同组织的表达差异,以新吉细毛羊和小尾寒羊为试验动物,以小尾寒羊皮肤组织cDNA为模板通过TA(T's and A's Method)克隆获得CDS区序列,并对序列进行生物信息学分析,预测其可能编码的蛋白质结构和功能;利用实时荧光定量PCR检测VPS26A基因在小尾寒羊和新吉细毛羊不同组织的表达差异。结果显示:VPS26A基因CDS序列全长为981 bp,编码327个氨基酸。绵羊VPS26A氨基酸序列与羚羊相似性最高,同源性为100%,与人的相似性最低,为99.4%;系统进化树结果显示,绵羊VPS26A与山羊和羚羊亲缘关系最近,与人和驴亲缘关系最远。VPS26A蛋白无跨膜结构域和信号肽,存在27个磷酸化位点和2个N-糖基化位点,主要分布在细胞质和核内体上。VPS26A蛋白二级结构预测结果显示,无规则卷曲、延伸链、α螺旋和β转角分别占45.87%、30.28%、18.35%和5.50%,与三级结构预测一致。实时荧光定量PCR结果显示,VPS26A基因在小尾寒羊肺脏中表达量最高,其次是皮肤,而在新吉细毛羊皮肤的表达量均最高,均显著高于其他组织。本研究为进一步阐述VPS26A基因功能奠定了基础。
