应用ABEEM/MM蛋白质力场模型研究半胱氨酸二肽构象的性质 被引量：3

1

作者 卢丽男 杨忠志 《分子科学学报》 CAS CSCD 2006年第2期89-95,共7页

ABEEM/MM蛋白质力场模型是应用于蛋白质体系的原子-键电负性均衡方法(ABEEM)与力场(MM)相结合的浮动电荷模型.该模型能够准确地描述分子在环境变化时的静电极化,并能快速计算气态和溶液多肽的结构和能量.首次应用ABEEM/MM蛋白质力场模... ABEEM/MM蛋白质力场模型是应用于蛋白质体系的原子-键电负性均衡方法(ABEEM)与力场(MM)相结合的浮动电荷模型.该模型能够准确地描述分子在环境变化时的静电极化,并能快速计算气态和溶液多肽的结构和能量.首次应用ABEEM/MM蛋白质力场模型研究半胱氨酸二肽构象的性质,如构象能、氢键等.此外,应用从头计算HF/6-31G**方法对其性质进行计算.ABEEM/MM蛋白质力场模型可以快速准确地得到半胱氨酸二肽分子不同稳定构象的性质,其结果可以和从头计算相媲美.以上研究有助于加深对半胱氨酸二肽构象性质的了解,从而也为进一步验证ABEEM/MM蛋白质力场模型的正确性以及参数的合理性提供可靠的依据. 展开更多

关键词 abeem/mm蛋白质力场模型 浮动电荷 半胱氨酸二肽构象

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ABEEMσπ／MM力场模型下的多肽构象 被引量：2

2

作者 张强 张霞 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第3期289-294,共6页

在ABEEM/MM蛋白质浮动电荷力场模型的基础上,加入孤对电子和π电荷位点,从而能够体现多肽和蛋白质分子中一些重要的各向异性极化性质,允许非化学键方向的电子转移和极化.利用从头计算数据拟合模型相关参数.计算得到的小分子团簇结合能... 在ABEEM/MM蛋白质浮动电荷力场模型的基础上,加入孤对电子和π电荷位点,从而能够体现多肽和蛋白质分子中一些重要的各向异性极化性质,允许非化学键方向的电子转移和极化.利用从头计算数据拟合模型相关参数.计算得到的小分子团簇结合能、偶极矩、氢键键长等性质与从头计算结果符合很好.该经典极化模型力场能够重复量子场下丙氨酸二肽、丙氨酸四肽、甘氨酸三肽的各稳定构象,其稳定性顺序与精密从头计算结果相一致,其结构和能量性质较以往模型有一定提高,并优于其他力场模型. 展开更多

关键词 原子键电负性均衡结合分子力场方法(abeemσπ/mm) 多肽构象 各相异性极化 浮动电荷

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利用ABEEM/MM模型对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象的研究

3

作者 张霞 张强 杨忠志 《渤海大学学报（自然科学版）》 CAS 2006年第4期295-299,共5页

应用ABEEM/MM浮动电荷模型(原子-键电负性均衡方法融合进分子力场)对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象进行了初步的研究,与经典的力场模型相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加... 应用ABEEM/MM浮动电荷模型(原子-键电负性均衡方法融合进分子力场)对气态丝氨酸和苏氨酸残基二肽分子构象进行了初步的研究,与经典的力场模型相比,该方法中的静电势包含了分子内和分子间的静电极化作用,以及分子内电荷转移影响,同时加入了化学键等非原子中心电荷位点,合理的体现了分子中的电荷分布。相对其他极化力场模型,该模型具有计算量较小的特点。结果表明:我们模型计算的两种二肽分子的构象能和关键二面角结构与从头计算结果符合得很好,优于其他力场模型。 展开更多

关键词 丝氨酸残基二肽 苏氨酸残基二肽 原子-键电负性均衡方法融合进分子力场 (abeem/mm)构象 极化力场

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ABEEM／MM浮动电荷力场应用于血红素结构的研究 被引量：6

4

作者 崔宝秋 管清梅 +2 位作者 宫利东 赵东霞 杨忠志 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2008年第3期585-590,共6页

运用拟合的参数,应用ABEEM/MM浮动电荷力场对血红素分子结构进行了模拟.结果表明,该力场与CHARMM力场相比,能更好地模拟晶体结构.计算的ruffing构象能与B3LYP/6-31G*计算结果的线性相关系数在0.98以上,同时表明血红素分子中twist-angle... 运用拟合的参数,应用ABEEM/MM浮动电荷力场对血红素分子结构进行了模拟.结果表明,该力场与CHARMM力场相比,能更好地模拟晶体结构.计算的ruffing构象能与B3LYP/6-31G*计算结果的线性相关系数在0.98以上,同时表明血红素分子中twist-angle对ruffing构象具有明显影响.ABEEM/MM力场计算的细胞色素c552中血红素分子的电荷分布与CHARMM固定电荷力场的比较,更准确地反映了血红素分子的电荷分布以及极化现象. 展开更多

关键词 abeem/mm力场 血红素 几何结构 构象能 电荷分布

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Sr^(2+)和Ba^(2+)水分子体系结构和结合能的从头算和ABEEM/MM研究 被引量：11

5

作者 刘燕 王芳芳 +3 位作者 于春阳 刘翠 宫利东 杨忠志 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2011年第2期379-387,共9页

应用从头算方法和ABEEM/MM浮动电荷分子力场,研究了水合碱土离子团簇Sr2+/Ba2+(H2O)n(n=1-6),构建了离子-水相互作用的ABEEM/MM势能函数,获得了水合离子团簇的稳定结构,计算了结合能.计算结果表明,ABEEM/MM方法的结果和从头算方法的结... 应用从头算方法和ABEEM/MM浮动电荷分子力场,研究了水合碱土离子团簇Sr2+/Ba2+(H2O)n(n=1-6),构建了离子-水相互作用的ABEEM/MM势能函数,获得了水合离子团簇的稳定结构,计算了结合能.计算结果表明,ABEEM/MM方法的结果和从头算方法的结果有很好的一致性.进一步应用ABEEM/MM对Sr2+和Ba2+水溶液进行了分子动力学模拟.对Sr2+水溶液,得到的Sr2+-水中氧原子的径向分布函数的第一和第二最高峰分别位于0.257和0.464nm处,第一和第二水合层的配位水分子数分别为9.2和11.4;对Ba2+水溶液,得到的Ba2+与水中氧原子的径向分布函数的第一和第二最高峰分别位于0.269和0.467nm处,第一和第二水合层的配位水分子数分别为9.9和12.4.这与实验值或其它理论模拟结果有较好的一致性.对比外层的水分子,金属离子的极化作用使得溶液中第一水合层中水分子的O―H键长增长,HOH键角减小. 展开更多

关键词 水合金属离子团簇 离子溶剂化 从头算方法 abeem/mm浮动电荷分子力场 相互作用能

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血红素近轴侧基氢键的ABEEM/MM分子动力学模拟 被引量：11

6

作者 杨忠志 崔宝秋 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第9期1332-1336,共5页

应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟.结果表明,血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键,该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用,而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系.同时表明,血红素轴配体的柔性与其... 应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟.结果表明,血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键,该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用,而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系.同时表明,血红素轴配体的柔性与其邻近的氨基酸和咪唑体积有关. 展开更多

关键词 abeem/mm力场 动力学模拟 血红素 咪唑基 氢键

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微过氧化物酶水溶液的ABEEM/MM动力学模拟 被引量：5

7

作者 崔宝秋 宫利东 赵东霞 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第6期1035-1040,共6页

应用原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对微过氧化物酶水溶液进行了分子动力学模拟.研究了水溶液对微过氧化物酶的结构,血红素的皱裂构象以及轴配体咪唑基的取向的影响.结果表明,在水溶液中微过氧化物酶的骨架氨基酸是稳定... 应用原子-键电负性均衡浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),对微过氧化物酶水溶液进行了分子动力学模拟.研究了水溶液对微过氧化物酶的结构,血红素的皱裂构象以及轴配体咪唑基的取向的影响.结果表明,在水溶液中微过氧化物酶的骨架氨基酸是稳定的,而血红素的皱裂构象在水分子的作用下趋于平面.与血红素轴配体咪唑基键连的组氨酸决定着咪唑基的空间取向,而咪唑基与血红素侧链的丙酸基的静电作用对其取向仅起次要作用. 展开更多

关键词 abeem/mm浮动电荷分子力场 微过氧化物酶 血红素 构象 分子动力学模拟

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应用ABEEM/MM模型研究水分子团簇(H_2O)_n(n=11～16)的性质 被引量：9

8

作者 钱萍 杨忠志 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第5期561-568,共8页

应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11￣16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡... 应用ABEEM/MM模型计算了较大的水分子团簇(H2O)n(n=11￣16)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度,增加的团簇结合能等.结果表明,从立方体结构到笼状结构的过渡出现在n=12的水分子团簇中,随着类似于笼状结构特点的不断增强,五元环的富集程度有所增加. 展开更多

关键词 abeem/mm模型 原子-键电负性均衡方法 分子力场 水分子团簇

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应用ABEEM/MM方法研究尿素与缬氨酸二肽间的相互作用 被引量：6

9

作者 赵丹 宫利东 邢永恒 《北华大学学报（自然科学版）》 CAS 2008年第3期213-216,共4页

对尿素与二肽的相互作用的研究可为探讨尿素致蛋白质变性的机理提供基础．应用ABEEM／MM方法，对尿素和缬氨酸二肽间的相互作用进行了理论研究．结果表明，尿素对缬氨酸二肽的几何结构影响很大，使其骨架二面角发生了明显的扭转．此外... 对尿素与二肽的相互作用的研究可为探讨尿素致蛋白质变性的机理提供基础．应用ABEEM／MM方法，对尿素和缬氨酸二肽间的相互作用进行了理论研究．结果表明，尿素对缬氨酸二肽的几何结构影响很大，使其骨架二面角发生了明显的扭转．此外，用该方法计算的电荷分布和键长、键角、二面角等结构参数，都与从头算的结果有很好的一致性． 展开更多

关键词 abeem/mm浮动电荷分子力场 尿素 缬氨酸二肽 电荷分布

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精密从头算与ABEEM/MM模型对水团簇(H_2O)_(11)9种低能结构的计算 被引量：3

10

作者 杨忠志 刘永军 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第5期928-934,共7页

用精密从头算方法研究了(H2O)11的9种低能异构体的性质,包括优化的几何结构、结合能、偶极矩和氢键个数等,并且得出了515-a是(H2O)11的全局最低能结构.同时,也用ABEEM/MM(atom bond electronegativity equalization method/mole cular m... 用精密从头算方法研究了(H2O)11的9种低能异构体的性质,包括优化的几何结构、结合能、偶极矩和氢键个数等,并且得出了515-a是(H2O)11的全局最低能结构.同时,也用ABEEM/MM(atom bond electronegativity equalization method/mole cular mechanics)模型研究了这些性质,与从头算的结果进行了比较,得到了相符合的结果.这显示了ABEEM/MM模型在描述中等大小的水分子团簇结构上是成功的. 展开更多

关键词 从头算方法 abeem/mm 最低能结构 结合能 水分子团簇

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应用ABEEM/MM模型研究异亮氨酸与水的氢键作用 被引量：3

11

作者 杨忠志 金子琳 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2011年第1期54-58,共5页

应用ABEEM/MM模型构建了异亮氨酸(Isoleucine)-水相互作用的势能函数,并将其运用到异亮氨酸与水组成的二聚体的研究中.在B3LYP/6-311++G(d,p)水平上,首先研究了异亮氨酸单体的几何构型,结果表明最稳定的构型是异亮氨酸的顺式结构,并用AB... 应用ABEEM/MM模型构建了异亮氨酸(Isoleucine)-水相互作用的势能函数,并将其运用到异亮氨酸与水组成的二聚体的研究中.在B3LYP/6-311++G(d,p)水平上,首先研究了异亮氨酸单体的几何构型,结果表明最稳定的构型是异亮氨酸的顺式结构,并用ABEEM/MM模型对其进行优化和电荷分布分析;其次研究了异亮氨酸与1个水的相互作用,通过分析氢键作用区域得到4种稳定构象,用ABEEM/MM和从头算方法计算稳定二聚体的结合能.数据表明,ABEEM/MM模型与从头算方法得到的结果有很好的一致性. 展开更多

关键词 abeem/mm 异亮氨酸 氢键作用 从头算 结合能

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应用ABEEM／MM力场模型研究水分子团簇(H2O)n(n=7～35)的性质 被引量：2

12

作者 杨忠志 钱萍 赵东霞 《分子科学学报》 CAS CSCD 2008年第2期107-126,共20页

应用ABEEM/MM模型研究和计算了水分子团簇(H2O)n(n=7～35)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度、团簇的递增结合能等,并描述了六聚水区域中所反映的从二维结构... 应用ABEEM/MM模型研究和计算了水分子团簇(H2O)n(n=7～35)的各种性质,如:优化的几何构型,氢键个数,结合能,稳定性,ABEEM电荷分布,偶极矩,以及结构参数、平均氢键个数和强度、团簇的递增结合能等,并描述了六聚水区域中所反映的从二维结构(从二聚水到五聚水)到三维结构(n>6的水分子团簇)的过渡,又进一步地预测了从立方体结构到笼状结构的过渡出现在n=12的水分子团簇中,随着类似于笼状结构特点的不断增强,五元环的富集程度有所增加.以上研究不仅系统研究和分析了水团簇的各种性质,而且对比Abini-tio研究和实验结果,进一步验证了ABEEM/MM模型的合理性以及参数的正确性和可转移性. 展开更多

关键词 水分子团簇 原子-键电负性均衡方法 abeem/mm模型 分子力场 Ab initio研究

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ABEEMσπ/MM模型对蛋白质G_A88/G_B88水溶液动力学性质的研究 被引量：4

13

作者 杨忠志 王晶晶 刘翠 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2012年第4期493-498,共6页

应用ABEEMσπ/MM(σπ水平的原子与键电负性均衡方法融合进分子力学)浮动电荷模型以及显性ABEEM-7P水模型,对GA88和GB88两个蛋白质分子进行了分子动力学模拟.分析了2个蛋白质的动力学性质,包括蛋白质的回旋半径、疏水表面积和亲水表面... 应用ABEEMσπ/MM(σπ水平的原子与键电负性均衡方法融合进分子力学)浮动电荷模型以及显性ABEEM-7P水模型,对GA88和GB88两个蛋白质分子进行了分子动力学模拟.分析了2个蛋白质的动力学性质,包括蛋白质的回旋半径、疏水表面积和亲水表面积、各类原子位置的均方根偏差以及氢键分布.通过对比水溶液和真空下2个蛋白质的回旋半径,表明该模型很好地体现了蛋白质的"电致紧缩"现象;对疏水表面积和亲水表面积的计算表明,GB88中残基与溶剂的相互作用更强一些;非氢原子位置的均方根偏差及氢键分布情况与实验结构相比较表明,ABEEMσπ/MM浮动电荷模型模拟的GA88和GB88的结构与实验结构有很好的一致性,进而说明该模型的合理性和参数的可转移性. 展开更多

关键词 分子动力学模拟 浮动电荷力场 abeemσπ mm GA88 GB88 回旋半径 氢键分布

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应用ABEEMσπ/MM方法计算小分子肽的总能量 被引量：7

14

作者 杨忠志 赵洪伟 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2011年第3期325-329,共5页

把分子力场（MM）和原子-键电负性均衡方法（ABEEMσπ）协调融合在一起,采用ABEEMσπ/MM方法的分子能量计算方法,选取直链烷烃（n=1~10）、丙酮、丁酮、3-戊酮、N-甲基乙酰胺（NMA）、丙氨酸二肽和若干种氨基酸作为模型分子,计算模型... 把分子力场（MM）和原子-键电负性均衡方法（ABEEMσπ）协调融合在一起,采用ABEEMσπ/MM方法的分子能量计算方法,选取直链烷烃（n=1~10）、丙酮、丁酮、3-戊酮、N-甲基乙酰胺（NMA）、丙氨酸二肽和若干种氨基酸作为模型分子,计算模型分子能量,从而得到不同类型原子价态能量参数.应用这些原子价态能量参数,计算小分子肽的能量.把所得结果与从头算（MP2/6-311＋＋G（d,p））方法计算的结果相比,得出小分子肽能量的绝对偏差小于9.000 0 kcal/mol,相对偏差小于19.000 0×10-6,且均方根偏差3.450 0 kcal/mol,相对均方根偏差6.919 0×10-6.以上结果表明,ABEEMσπ/MM方法计算的分子能量结果与从头算（MP2/6-311＋＋G（d,p））方法计算的结果具有较好的一致性,此外,用ABEEMσπ/MM方法计算分子能量要远远快于从头算（MP2/6-311＋＋G（d,p））方法. 展开更多

关键词 abeemΣΠ/mm 从头算 小分子肽 分子能量 原子价态能量参数

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原子-键电负性均衡方法融合进分子力场(ABEEM/MM)应用于蛋白质分子(Crambin)模拟 被引量：9

15

作者 张强 杨忠志 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2005年第12期2345-2347,共3页

建立应用于多肽和蛋白质模拟的ABEEM/MM浮动电荷力场.利用该模型和参数,对实际蛋白质分子Cramb in(植物种子中的一种小的蛋白质)进行模拟,得到了满意的结果,为其更广泛的应用开辟了道路.

关键词 原子-键电负性均衡方法 分子力场 CRAMBIN

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用从头算和ABEEM/MM法研究水分子团簇增长方式 被引量：2

16

作者 金彦 杨忠志 《河南科技大学学报（自然科学版）》 CAS 2007年第2期96-101,共6页

应用从头计算方法和ABEEM／MM模型，模拟了以单环（H2O）n（n=3-6）为片段的水分子团簇初步增长的各种可能方式，得到该系列团簇的稳定结构。总结了结合能、氢键强度、电荷分布、氢键几何参数等性质在团簇增长过程中的变化趋势。ABEEM... 应用从头计算方法和ABEEM／MM模型，模拟了以单环（H2O）n（n=3-6）为片段的水分子团簇初步增长的各种可能方式，得到该系列团簇的稳定结构。总结了结合能、氢键强度、电荷分布、氢键几何参数等性质在团簇增长过程中的变化趋势。ABEEM／MM方法的几何构型优化结果、氢键几何参数与从头算方法在数值上符合较好；在氢键强度和氧原子所带电荷数的平均值方面，与从头算方法所得变化趋势完全一致。 展开更多

关键词 abeem/mm方法 水分子团簇 氢键

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ABEEMσπ/MM模型下8种类型氢键的氢键拟合函数 被引量：4

17

作者 杨忠志 刘夏 《北华大学学报（自然科学版）》 CAS 2013年第4期403-408,共6页

在ABEEMσπ/MM浮动电荷模型下,为了防止电荷过度极化,提高力场的准确性,引入了氢键拟合函数klp,H(Rlp,H)在氢键相互作用区域代替总校正系数k来描述氢键相互作用.选取了8个模型小分子二聚体,通过拟合在氢键两个区域之间不同距离时从头... 在ABEEMσπ/MM浮动电荷模型下,为了防止电荷过度极化,提高力场的准确性,引入了氢键拟合函数klp,H(Rlp,H)在氢键相互作用区域代替总校正系数k来描述氢键相互作用.选取了8个模型小分子二聚体,通过拟合在氢键两个区域之间不同距离时从头计算结果的结合能,来拟合ABEEMσπ/MM方法下的氢键拟合函数.应用该氢键拟合函数在ABEEMσπ/MM方法下计算小分子二聚体的结合能,与从头算方法得到的结合能有很好的一致性.同时对具有同样类型氢键的其他二聚体的结合能进行了计算,与从头算结果相近,说明这些函数具有良好的可转移性. 展开更多

关键词 氢键拟合函数 abeemσπ mm 从头算 模型小分子二聚体 结合能

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ABEEMσπ/MM模型中静电相互作用能的并行化 被引量：1

18

作者 杨忠志 张晶 +1 位作者 刘翠 刘青昆 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2009年第4期457-461,共5页

ABEEMσπ/MM模型程序中,计算静电相互作用能非常耗费机时.针对原串行程序中多个循环相互嵌套的求解部分,进行循环带状划分并行化处理.经测试表明,利用新编制的并行程序进行动力学模拟,并行加速比以线性趋势提高、求解静电相互作用能速... ABEEMσπ/MM模型程序中,计算静电相互作用能非常耗费机时.针对原串行程序中多个循环相互嵌套的求解部分,进行循环带状划分并行化处理.经测试表明,利用新编制的并行程序进行动力学模拟,并行加速比以线性趋势提高、求解静电相互作用能速度大幅度加快、尤其是针对原子数较多的分子体系效果比较理想.利用36个CPU,对于位点数为10 000左右的蛋白质体系,进行1ns的动力学模拟,至少可以节省1年左右的时间,明显地提高了研究蛋白质体系性质的效率. 展开更多

关键词 abeemΣΠ/mm 静电相互作用能 并行计算 DO循环

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应用ABEEM/MM模型研究甘氨酸与水的氢键作用 被引量：6

19

作者 杨忠志 马艳伟 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2009年第2期185-189,共5页

应用原子-键电负性均衡方法中的浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),我们构建了1个新的甘氨酸(Glycine)-水势能函数,并将其应用到甘氨酸与水组成的二聚体的研究中.首先研究了甘氨酸单体的几何构型,构型结果与可获得的实验数据显示了很好的一致... 应用原子-键电负性均衡方法中的浮动电荷分子力场(ABEEM/MM),我们构建了1个新的甘氨酸(Glycine)-水势能函数,并将其应用到甘氨酸与水组成的二聚体的研究中.首先研究了甘氨酸单体的几何构型,构型结果与可获得的实验数据显示了很好的一致性;根据对甘氨酸中氮原子和氧原子的孤对电子电荷分布的ABEEM/MM方法分析,可以解释水与作用点形成氢键的强弱;进而研究了甘氨酸与1个水作用的结合能,ABEEM/MM模型与从头计算方法得到的结果显示了很好的一致性.表明我们势能函数的合理性以及参数的正确性. 展开更多

关键词 原子-键电负性均衡方法中的浮动电荷分子力场 甘氨酸 氢键作用 结合能

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应用ABEEM/MM方法对生物小分子CH_3CONH_2(H_2O)_n(n=1～3)团簇的理论研究

20

作者 杨忠志 刘鸿雁 《辽宁师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2007年第1期61-64,共4页

应用ABEEM/MM方法对由乙酰胺结合1-3个水分子形成的9种团簇进行研究,并把由该方法计算出的结果同从头算的结果进行比较.得出:在CH3CONH2(H2O)n(n=1-3)团簇中,氢键作用是主要的;随着水分子数的增加,团簇的稳定性随之增强;同时,对于结合... 应用ABEEM/MM方法对由乙酰胺结合1-3个水分子形成的9种团簇进行研究,并把由该方法计算出的结果同从头算的结果进行比较.得出:在CH3CONH2(H2O)n(n=1-3)团簇中,氢键作用是主要的;随着水分子数的增加,团簇的稳定性随之增强;同时,对于结合相同水分子数的团簇而言,其稳定性也随着形成氢键的类型及数目的不同而有所差别.另外,ABEEM/MM方法在几何构型优化和相互作用能计算方面,也与从头算方法得到了较好的吻合. 展开更多

关键词 乙酰胺 水 团簇 分子间相互作用 氢键Iabeem/mm方法

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