用CODEHOP设计简并引物克隆B49乙酸激酶基因片段 被引量：9

1

作者 任南琪 林海龙 +4 位作者 李建政 郑国香 李永丰 于振国 张昆 《哈尔滨工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第8期1225-1229,共5页

利用CODEHOP设计细菌乙酸激酶的简并引物,选用1对引物ACK-J1以高效产氢菌B49基因组DNA进行PCR,得到655bp PCR产物,产物经pMD18-T载体克隆转化至DH5α大肠杆菌中,发现此DNA产物与其他乙酸激酶基因有高度的相似性.所克隆的序列为B49的乙... 利用CODEHOP设计细菌乙酸激酶的简并引物,选用1对引物ACK-J1以高效产氢菌B49基因组DNA进行PCR,得到655bp PCR产物,产物经pMD18-T载体克隆转化至DH5α大肠杆菌中,发现此DNA产物与其他乙酸激酶基因有高度的相似性.所克隆的序列为B49的乙酸激酶基因片段.用CODEHOP程序化设计的简并引物可信性强,阳性率高.该基因的成功克隆将为高效产氢菌B49代谢工程研究和降低其反应器酸化研究提供科学依据. 展开更多

关键词 引物设计 codehop 乙酸激酶基因 简并引物 高效产氢菌

下载PDF 职称材料

利用CODEHOP方法克隆高山红景天葡萄糖基转移酶基因cDNA片段 被引量：11

2

作者 于寒松 张继星 +2 位作者 马兰青 李彦舫 胡耀辉 《吉林农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期150-153,共4页

根据已报道的植物糖基转移酶氨基酸序列,利用CODEHOP方法设计简并引物,同时利用改良的CTAB法提取高山红景天的叶片RNA并反转录为cDNA第1链,然后采用3-′RACE的方法克隆得到未知糖基转移酶的3′端基因序列(GenBank登录号EU145020),并采... 根据已报道的植物糖基转移酶氨基酸序列,利用CODEHOP方法设计简并引物,同时利用改良的CTAB法提取高山红景天的叶片RNA并反转录为cDNA第1链,然后采用3-′RACE的方法克隆得到未知糖基转移酶的3′端基因序列(GenBank登录号EU145020),并采用生物信息学技术进行序列分析。结果证明CODE-HOP引物设计结合茉莉酮酸甲酯诱导方法克隆获得未知糖基转移酶基因成功率更高。 展开更多

关键词 codehop 高山红景天 糖基转移酶

下载PDF 职称材料

嗜血杆菌属CODEHOP PCR检测方法的建立及在树鼩检测中的应用 被引量：3

3

作者 邢进 冯育芳 +3 位作者 岳秉飞 贺争鸣 孙晓梅 代解杰 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第11期994-1000,共7页

目的建立树鼩中嗜血杆菌的CODEHOP PCR快速检测方法,为树鼩微生物质量控制提供参考。方法应用CODEHOP在线简并引物设计工具,比对NCBI中6株嗜血杆菌的外膜蛋白序列设计简并引物。通过4株嗜血杆菌标准菌株和24株它属菌株进行特异性和敏感... 目的建立树鼩中嗜血杆菌的CODEHOP PCR快速检测方法,为树鼩微生物质量控制提供参考。方法应用CODEHOP在线简并引物设计工具,比对NCBI中6株嗜血杆菌的外膜蛋白序列设计简并引物。通过4株嗜血杆菌标准菌株和24株它属菌株进行特异性和敏感性评价,将建立CODEHOP PCR检测方法,应用于树鼩嗜血杆菌的检测。结果简并引物HF1/HR8和HF3/HR3扩增标准菌株副鸡嗜血杆菌(ATCC 29545)、溶血嗜血杆菌(ATCC 33390)、流感嗜血杆菌(ATCC33391)、副流感嗜血杆菌(ATCC 33392)的目的片段分别为506bp^535bp和344bp^390bp,经测序和NCBI Blast比对,结果准确。两对引物组合,能够有效的区分嗜血杆菌属菌株与它属菌株,检测限最低可达2.1pg/μL。在受试的野生树鼩呼吸道样本中嗜血杆菌阳性率为33.3%(20/60)。结论所建立的方法具有较好的特异性和敏感性,操作简便,能够用于动物样品的嗜血杆菌检测。 展开更多

关键词 嗜血杆菌 codehop PCR 树鼩 简并引物 检测

下载PDF 职称材料

CODEHOP法设计引物克隆中华绒螯蟹5-ht_1和5-ht_2受体基因片段及序列分析 被引量：3

4

作者 徐泽文 杨筱珍 +4 位作者 黄坚 李彤 杨志刚 王春 成永旭 《生物学杂志》 CAS CSCD 2015年第1期1-5,共5页

根据已报道的中华绒螯蟹近缘物种的5-ht1r和5-ht2r氨基酸序列保守区,利用CODEHOP设计了两对简并引物,采用RT-PCR法扩增得到了中华绒螯蟹5-ht1r和5-ht2r部分片段并克隆到p MD-19T载体。测序结果表明扩增到的中华绒螯蟹5-ht1r和5-ht2r片... 根据已报道的中华绒螯蟹近缘物种的5-ht1r和5-ht2r氨基酸序列保守区,利用CODEHOP设计了两对简并引物,采用RT-PCR法扩增得到了中华绒螯蟹5-ht1r和5-ht2r部分片段并克隆到p MD-19T载体。测序结果表明扩增到的中华绒螯蟹5-ht1r和5-ht2r片段长分别为366 bp和177 bp,编码121和58个氨基酸。经BLASTp分析显示,中华绒螯蟹5-ht1r与罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)和克氏原螯虾(Procambarus clarkii)的5-ht1r同源性高达98%,而中华绒螯蟹5-HT2R与断沟龙虾(Panulirus interruptus)和克氏原螯虾(Procambarus clarkii)5-ht2r同源性高达95%。 展开更多

关键词 codehop 中华绒螯蟹 5-ht1r 5-ht2r 克隆

下载PDF 职称材料

CODEHOP RT-PCR方法在汉坦病毒基因型别鉴定和分子溯源中的应用 被引量：3

5

作者 胡群 马思杰 童淑梅 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期854-857,共4页

目的分析CODEHOP RT-PCR方法对于汉坦病毒(HV)基因型别鉴定和分子溯源中的应用效果。方法选取实验室保存的汉滩型病毒阳性鼠肺样品DX0901和汉城型病毒阳性鼠肺样品DX1101,用CODEHOP RT-PCR扩增HV病毒L基因片段并测序,进行Blast同源性比... 目的分析CODEHOP RT-PCR方法对于汉坦病毒(HV)基因型别鉴定和分子溯源中的应用效果。方法选取实验室保存的汉滩型病毒阳性鼠肺样品DX0901和汉城型病毒阳性鼠肺样品DX1101,用CODEHOP RT-PCR扩增HV病毒L基因片段并测序,进行Blast同源性比对和系统发生分析。结果两份样品均获得478bp大小的RT-PCR扩增产物,汉滩病毒DX0901与汉滩病毒株Nc167同源性最为接近,遗传距离为0.142。汉城病毒DX1101与汉城病毒株ZT10,ZT71,Z37同源性最为接近,遗传距离为0.049。结论 CODEHOP RT-PCR方法可以有效的用于对汉坦病毒进行基因型别鉴定和分子溯源。 展开更多

关键词 汉坦病毒 codehop RT-PCR 基因型别 分子溯源

下载PDF 职称材料

利用CODEHOP设计简并引物克隆红色红曲霉丝氨酸羧肽酶基因片段和序列分析 被引量：1

6

作者 齐育平 周月婷 +2 位作者 马泽萍 陈丹凤 蒋冬花 《浙江师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2014年第1期93-98,共6页

利用CODEHOP(Consensus-Degenerate Hybrid Oligonucleotide Primers)软件设计了红色红曲霉丝氨酸羧肽酶基因片段的简并引物,选取1对简并引物进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),得到348 bp的聚合酶链式反应产物,经pMD18-T载体克隆转化... 利用CODEHOP(Consensus-Degenerate Hybrid Oligonucleotide Primers)软件设计了红色红曲霉丝氨酸羧肽酶基因片段的简并引物,选取1对简并引物进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),得到348 bp的聚合酶链式反应产物,经pMD18-T载体克隆转化至大肠杆菌DH5α中,测序后进行BLASTX比对,发现此DNA产物与其他丝氨酸羧肽酶基因序列有相似性,推断所克隆的产物即为红色红曲霉的丝氨酸羧肽酶基因片段. 展开更多

关键词 codehop软件 丝氨酸羧肽酶基因 简并引物 红曲菌

下载PDF 职称材料

基于CODEHOP克隆杉木种子14-3-3基因片段 被引量：1

7

作者 李春映 仇伟 +2 位作者 杨立伟 施季森 甄艳 《林业科技开发》 北大核心 2015年第1期13-16,共4页

对于未测序的物种,利用常规的引物设计很难扩增出蛋白质组获得的蛋白质基因。利用CODEHOP设计杉木种子14-3-3蛋白质的简并引物来进行反转录PCR,从杉木未成熟的种子中扩增出1 000 bp左右的产物。将PCR产物构建p MD-19Vector载体上并转化J... 对于未测序的物种,利用常规的引物设计很难扩增出蛋白质组获得的蛋白质基因。利用CODEHOP设计杉木种子14-3-3蛋白质的简并引物来进行反转录PCR,从杉木未成熟的种子中扩增出1 000 bp左右的产物。将PCR产物构建p MD-19Vector载体上并转化JM109菌感受态细胞中,菌落PCR扩增测序。结果显示,利用CODEHOP方法设计简并引物扩增的目标片段的大小及序列与预期的一致。这将为杉木其他蛋白质基因的克隆和研究提供参考。 展开更多

关键词 codehop 杉木 14-3-3蛋白质 简并引物

下载PDF 职称材料

CODEHOP在线简并引物设计与杉木4CL基因片段克隆 被引量：7

8

作者 佘朝文 蒋向辉 +2 位作者 许栋 张青桦 赵旺 《湖南林业科技》 2009年第6期26-29,共4页

利用CODEHOP设计4CL酶的简并引物,利用设计的3对简并引物进行RT—PCR,从杉木幼茎中克隆到2个长度分别为502 bp和536 bp的PCR产物,产物经pMD18—T载体克隆转化至DH5α大肠杆菌中,序列通过Blastx检索与Genbank进行同源性比对后,发现2片段... 利用CODEHOP设计4CL酶的简并引物,利用设计的3对简并引物进行RT—PCR,从杉木幼茎中克隆到2个长度分别为502 bp和536 bp的PCR产物,产物经pMD18—T载体克隆转化至DH5α大肠杆菌中,序列通过Blastx检索与Genbank进行同源性比对后,发现2片段都与其它植物的4—CL基因具有较高的氨基酸序列同源性。研究表明,该程序设计的简并引物可信性强,阳性率高。该基因的成功克隆将为研究杉木木质素的合成提供科学依据。 展开更多

关键词 codehop 简并引物 4-CL基因 克隆

下载PDF 职称材料

CODEHOP法设计引物克隆色盐杆菌ST307胆碱脱氢酶基因及其序列分析 被引量：1

9

作者 何冬华 齐文静 +2 位作者 纪婧琦 戴美学 夏志洁 《食品与药品》 CAS 2012年第1期12-15,共4页

目的研究色盐杆菌ST307甜菜碱的合成,克隆分析其胆碱脱氢酶betA基因片段。方法采用醇提法提取色盐杆菌ST307中的甜菜碱并检测,用CODEHOP在线程序设计简并引物扩增胆碱脱氢酶betA基因序列,并进行序列分析。结果色盐杆菌ST307细胞中积累... 目的研究色盐杆菌ST307甜菜碱的合成,克隆分析其胆碱脱氢酶betA基因片段。方法采用醇提法提取色盐杆菌ST307中的甜菜碱并检测,用CODEHOP在线程序设计简并引物扩增胆碱脱氢酶betA基因序列,并进行序列分析。结果色盐杆菌ST307细胞中积累甜菜碱,通过PCR获得长度为485 bp的betA基因片段。BLAST序列分析显示该基因序列与多个菌株的betA基因序列具有较高的同源性,最高达83%。核苷酸序列比对及进化树构建结果显示,色盐杆菌ST307胆碱脱氢酶基因序列与Pseudomonas fulva 12-X进化关系最为接近。结论 CODEHOP法设计的简并引物可信性较强,同时betA基因片段的成功克隆将为获得ST307胆碱脱氢酶基因的全序列、研究耐盐机制和遗传改良提供科学依据。 展开更多

关键词 codehop 简并引物 BETA基因 克隆

下载PDF 职称材料

用CODEHOP法设计简并引物克隆草鱼多聚免疫球蛋白受体基因片段 被引量：1

10

作者 许国晶 王超 +3 位作者 孟庆磊 刘峰 刘飞 陈秀丽 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期138-142,共5页

为克隆草鱼Ctenopharyngodon idellus多聚免疫球蛋白受体p IgR基因,本研究中借助于NCBI、Blast等数据库及Primer Premier 5.0、DNAMAN等生物软件,利用CODEHOP法设计了简并引物,并对克隆基因进行同源性比较和系统发生分析。结果表明:用CO... 为克隆草鱼Ctenopharyngodon idellus多聚免疫球蛋白受体p IgR基因,本研究中借助于NCBI、Blast等数据库及Primer Premier 5.0、DNAMAN等生物软件,利用CODEHOP法设计了简并引物,并对克隆基因进行同源性比较和系统发生分析。结果表明:用CODEHOP法设计的简并引物特异性强,试验成功率高;草鱼p IgR基因属于整个脊椎动物的p IgR基因群,与鲤Cyprinus carpio同源性最高,为84%。 展开更多

关键词 草鱼 codehop 多聚免疫球蛋白受体(p IgR)

下载PDF 职称材料

利用CODEHOP设计简并引物并克隆玫瑰LAZY1基因片段

11

作者 李政宏 李勇 +3 位作者 邹凯 李忠健 赵兰勇 徐宗大 《山东林业科技》 2018年第3期7-10,共4页

为克隆玫瑰LAZY1基因,介绍使用CODEHOP设计简并引物的方法。本文使用CODEHOP设计出10条简并引物,以玫瑰幼茎提取的RNA反转录所得到的cDNA为模板,经RT-PCR扩增得到长度为410bp的基因片段,将该产物连接到pMD-18T载体中,转化至Trans1-T1大... 为克隆玫瑰LAZY1基因,介绍使用CODEHOP设计简并引物的方法。本文使用CODEHOP设计出10条简并引物,以玫瑰幼茎提取的RNA反转录所得到的cDNA为模板,经RT-PCR扩增得到长度为410bp的基因片段,将该产物连接到pMD-18T载体中,转化至Trans1-T1大肠杆菌中进行测序,测序片段在Genbank中通过Blastx检索与其他物种LAZY1基因的同源性,发现产物片段与其他植物中的LAZY1基因具有较高的相似性和同源性。研究结果表明CODEHOP在线设计简并引物方法简单实用,且具有较高阳性率。 展开更多

关键词 玫瑰 同源克隆 简并引物 codehop LAZY1基因

下载PDF 职称材料

CODEHOP法设计简并引物克隆鲫鱼肌钙蛋白C(TnC)基因及序列分析

12

作者 卢玉婷 张雅斌 +4 位作者 王建超 吉尚雷 杜晓燕 张培军 李月红 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2015年第1期91-93,96,共4页

本文结合生物信息学资源和生物软件的使用,针对特定的氨基酸序列设计简并引物,利用CODEHOP法设计简并引物克隆鲫鱼肌钙蛋白C(Tn C)基因,并构建系统进化树。证明该基因片段与其他鱼类Tn C基因具有较高的同源性,其中与斑马鱼同源性最高达... 本文结合生物信息学资源和生物软件的使用,针对特定的氨基酸序列设计简并引物,利用CODEHOP法设计简并引物克隆鲫鱼肌钙蛋白C(Tn C)基因,并构建系统进化树。证明该基因片段与其他鱼类Tn C基因具有较高的同源性,其中与斑马鱼同源性最高达到96%,与大西洋鲑、白斑狗鱼、虹鳟、斜带石斑鱼、斑点叉尾鮰的同源性分别为92%、92%、91%、91%、85%。研究表明,应用此种方法设计出的引物简并度相对较低,Tm值的修改较为灵活,产物特异性强。 展开更多

关键词 鲫鱼 简并引物 肌钙蛋白C(TnC)

下载PDF 职称材料

巴斯德杆菌属CODEHOP PCR检测方法的建立与初步应用

13

作者 邢进 冯育芳 +3 位作者 岳秉飞 贺争鸣 孙晓梅 代解杰 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2017年第1期85-90,共6页

目的建立巴斯德杆菌的CODEHOP PCR快速检测方法,为实验动物的呼吸道细菌的控制提供参考。方法应用CODEHOP在线简并引物设计工具,比对Genbank中13株巴斯德杆菌的RNA聚合酶β亚基(rpo B)氨基酸序列设计简并引物。对建立CODEHOP PCR方法用2... 目的建立巴斯德杆菌的CODEHOP PCR快速检测方法,为实验动物的呼吸道细菌的控制提供参考。方法应用CODEHOP在线简并引物设计工具,比对Genbank中13株巴斯德杆菌的RNA聚合酶β亚基(rpo B)氨基酸序列设计简并引物。对建立CODEHOP PCR方法用21株参考菌株进行特异性和敏感性评价,并应用于实验动物中的巴斯德杆菌检测。结果简并引物Past F6/PastR5扩增标准菌株的目的片段为200 bp左右。能够区分受试的巴斯德杆菌和主要的实验动物呼吸道病原菌。敏感性为0.2 pg/μL^2 pg/μL。在受试的609只实验动物中呼吸道样品中检测出巴斯德杆菌阳性率为19.1%。样品阳性片段经测序验证,准确率为100%。结论所建立的方法具有良好的特异性和敏感性,可用于动物样品中巴斯德杆菌的检测。 展开更多

关键词 巴斯德杆菌 共有序列简并杂合寡核苷酸引物 PCR检测 实验动物

下载PDF 职称材料

CODEHOP设计简并引物克隆花羔红点鲑肌钙蛋白及其生物信息分析

14

作者 茆安婷 焦雪 +1 位作者 巴翠玉 李月红 《黑龙江水产》 2017年第2期33-36,共4页

本实验通过无性生殖的方法得到了花羔红点鲑肌钙蛋白(Tnc)基因,并在使用生物信息学资源和生物软件的条件下,通过CODEHOP的方法对特定的氨基酸序列设计简并引物,并对得出的结果进行同源性分析同时构建其相对系统进化树。结果表明:通过COD... 本实验通过无性生殖的方法得到了花羔红点鲑肌钙蛋白(Tnc)基因,并在使用生物信息学资源和生物软件的条件下,通过CODEHOP的方法对特定的氨基酸序列设计简并引物,并对得出的结果进行同源性分析同时构建其相对系统进化树。结果表明:通过CODEHOP的方法所设计出的引物简并度较其他方法得到的引物简并度低,DNA熔解温度(Tm值)修改较方便,产物具有较强的特异性;肌钙蛋白具有高度的保守性,将肌钙蛋白基因片断做结果比对,其编码的氨基酸序列与斑马鱼同源性可达96%,与大西洋鲑Salmo salar同源性为92%,白斑狗鱼Esoxlucius同源性为92%,虹鳟Oncorhynchus mykiss同源性为91%,斜带石斑鱼Epinepheluscoioides同源性为91%,斑点叉尾鮰Ictalurus punctatus同源性为85%。 展开更多

关键词 花羔红点鲑 简并引物 codehop 肌转蛋白

下载PDF 职称材料

基于CODEHOP的欧李钙调蛋白基因片段的克隆

15

作者 邬晓勇 孙雁霞 +2 位作者 梁勇 陈月星 苟小军 《烟台大学学报（自然科学与工程版）》 CAS 2017年第4期292-300,共9页

为克隆欧李钙调蛋白基因序列,本研究采用CODEHOP方法设计了一对简并引物,F1:5'-GGCTGACCAACTGACCga(c/t)ga(c/t)ca(a/g)at-3';F2:5'-CACGTCAGCCTCTCTGatcat(c/t)tc(a/g)tc-3';并采用传统简并引物设计方法设计了简并引物... 为克隆欧李钙调蛋白基因序列,本研究采用CODEHOP方法设计了一对简并引物,F1:5'-GGCTGACCAACTGACCga(c/t)ga(c/t)ca(a/g)at-3';F2:5'-CACGTCAGCCTCTCTGatcat(c/t)tc(a/g)tc-3';并采用传统简并引物设计方法设计了简并引物N1:5’-AAATGGC(A/C/G)GATCAGCT(A/C/T)AC-3’;N2:5:’-CACTT(A/G)GCCATCATGAC(C/T)TT-3’.从欧李的幼苗组织中成功克隆出了钙调蛋白基因片段,并第一次完成了对该序列的测序.通过利用NCBI的Blast进行分析等方法证实了该序列与其他植物的钙调蛋白序列具有高度的同源性,该序列与梅花、桃、甜樱桃的钙调蛋白序列同源性都在90%以上.研究证明CODEHOP软件相比传统的设计简并引物的方法具有可信性和高效性,并且钙调蛋白目的基因的成功克隆对钙调蛋白以及欧李高钙特性的研究提供了基础数据. 展开更多

关键词 欧李 钙调蛋白基因 简并引物 一致简并杂合寡核苷酸引物(codehop) 克隆

下载PDF 职称材料

用CODEHOP设计简并引物克隆反刍月形单胞菌K6乙酸激酶基因片段 被引量：7

16

作者 逄晓阳 刑鑫 +1 位作者 刘国文 王哲 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期102-106,共5页

利用CODEHOP设计细菌乙酸激酶的简并引物,选用1对引物ACKSe以高效丙酸生成菌反刍月形单胞菌K6基因组DNA进行PCR,得到749 bp PCR产物,产物经pMD18-T载体克隆转化至DH5α大肠杆菌中,测序后经Blastx比对,此DNA产物与其他菌属来源的乙酸激... 利用CODEHOP设计细菌乙酸激酶的简并引物,选用1对引物ACKSe以高效丙酸生成菌反刍月形单胞菌K6基因组DNA进行PCR,得到749 bp PCR产物,产物经pMD18-T载体克隆转化至DH5α大肠杆菌中,测序后经Blastx比对,此DNA产物与其他菌属来源的乙酸激酶蛋白序列具有相似性,所克隆的序列即为K6的乙酸激酶基因片段。用CODEHOP程序化设计的简并引物可信性强,阳性率高。该基因的成功克隆为丙酸生成菌K6乙酸代谢工程研究提供了依据。 展开更多

关键词 反刍月形单胞菌 codehop 乙酸激酶基因

原文传递

鼠类感染沙粒病毒CODEHOP RT-PCR检测方法的建立 被引量：4

17

作者 胡群 马思杰 +2 位作者 裘炯良 邹春颖 童淑梅 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2013年第12期1074-1077,共4页

目的建立鼠类感染沙粒病毒的CODEHOPRT—PCR检测方法。方法依据沙粒病毒N蛋白氨基酸序列设计1对CODEHOP引物，建立沙粒病毒一步RT—PCR检测方法，分析该引物在对不同种沙粒病毒基因序列上的结合位点及所能获得的产物序列大小；通过检测... 目的建立鼠类感染沙粒病毒的CODEHOPRT—PCR检测方法。方法依据沙粒病毒N蛋白氨基酸序列设计1对CODEHOP引物，建立沙粒病毒一步RT—PCR检测方法，分析该引物在对不同种沙粒病毒基因序列上的结合位点及所能获得的产物序列大小；通过检测分离自鼠类的沙粒病毒属淋巴细胞脑膜炎病毒（LCMV）株MS111013，评价方法的特异性和灵敏度；对MS111013扩增产物进行Blast同源性比对。结果从GenBank获得的22种沙粒病毒均存在CODEHOP引物结合位点，扩增产物大小在406～429bp之间。建立的CODEHOPRT—PCR方法可特异性扩增LCMV病毒核酸，目的片段大小与预期结果相符，核酸的最小检出量为11．8Pg。经Blast比对，MS111013与LCMV病毒株Douglas strain（4707）同源性较高，为86％。结论建立的沙粒病毒CODEHOPRT—PCR检测方法敏感、特异，可用于鼠类沙粒病毒感染检测。 展开更多

关键词 沙粒病毒 codehop RT—PCR 检测

原文传递

汉坦病毒群CODEHOP RT-PCR检测方法的建立 被引量：6

18

作者 胡群 马思杰 +1 位作者 王静 倪红霞 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2012年第6期414-417,共4页

目的建立一种能对汉坦病毒群进行快速检测的CODEHOP引物RT-PCR方法。方法根据GenBank发表的不同汉坦病毒L基因组氨基酸序列,利用CODEHOP方法设计合成一对引物,经反应条件优化,建立快速检测汉坦病毒群所有病毒的方法,并通过对标准毒株的... 目的建立一种能对汉坦病毒群进行快速检测的CODEHOP引物RT-PCR方法。方法根据GenBank发表的不同汉坦病毒L基因组氨基酸序列,利用CODEHOP方法设计合成一对引物,经反应条件优化,建立快速检测汉坦病毒群所有病毒的方法,并通过对标准毒株的检测评价方法的灵敏度和特异性。结果特异性试验结果显示,该方法可对汉坦病毒进行特异性扩增,目的片段大小和序列与预期结果相符,对汉坦病毒核酸的最小检出量为10pg。结论建立的CODEHOP RT-PCR方法的特异性强、灵敏度高,可用于汉坦病毒群的检测。 展开更多

关键词 汉坦病毒 检测 codehop引物 RT-PCR

原文传递

CODEHOP RT-PCR技术在黄病毒属病毒筛查中应用 被引量：2

19

作者 胡群 郑剑宁 +2 位作者 马思杰 韩辉 孙肖红 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期171-176,共6页

为了探讨CODEHOP RT-PCR技术在黄病毒属病毒筛查中的应用效果,根据GenBank发表的不同黄病毒多聚蛋白氨基酸序列,利用CODEHOP方法设计合成一对简并引物,用一步RT-PCR对乙型脑炎病毒株JEV1201、登革热病毒株JKD001和黄热疫苗YV6161进行检... 为了探讨CODEHOP RT-PCR技术在黄病毒属病毒筛查中的应用效果,根据GenBank发表的不同黄病毒多聚蛋白氨基酸序列,利用CODEHOP方法设计合成一对简并引物,用一步RT-PCR对乙型脑炎病毒株JEV1201、登革热病毒株JKD001和黄热疫苗YV6161进行检测,扩增产物测序后进行BLAST同源性比对和系统分生分析。结果显示该方法可以特异的对黄病毒进行扩增,目的片段的大小和序列与预期结果相符,JEV1201与乙脑病毒株YL2009-4/YC2009-3同源性最为接近,位于乙脑病毒株进化树分支。JKD001与登革热病毒株DENV-2/ID/1022DN/1975同源性最为接近,位于登革热病毒株进化树分支。YV6161与黄热病病毒株17D同源性最为接近,位于黄热病病毒株进化树分支。由此可知CODEHOP RT-PCR技术可以被有效的用于对黄病毒属病毒的筛查、种类鉴定和分子溯源。 展开更多

关键词 黄病毒 检测 codehop RT-PCR

原文传递

黄病毒属病毒CODEHOP RT-PCR检测方法的建立 被引量：2

20

作者 胡群 马思杰 +1 位作者 孙肖红 李永东 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2013年第10期878-880,共3页

目的建立一种能快速检测黄病毒属病毒的CODEHOPRT—PCR方法。方法根据GenBank发丧的不同黄病毒多聚蛋白氯基酸序列，利用CODEHOP方法设计合成一对引物，建立能快速检测黄病毒属所有病毒的CODE～HOPRT—PCR方法，并用3种不同病毒株对该... 目的建立一种能快速检测黄病毒属病毒的CODEHOPRT—PCR方法。方法根据GenBank发丧的不同黄病毒多聚蛋白氯基酸序列，利用CODEHOP方法设计合成一对引物，建立能快速检测黄病毒属所有病毒的CODE～HOPRT—PCR方法，并用3种不同病毒株对该方法进行特异性和灵敏度评价。结果建立的CODEHOPRTPCR能埘黄病毒RNA进行特导性扩增，目的片段的大小（400-500bp）和序列与预期结果相符。该方法对黄病毒恢酸的最小检出量为8Pg。结论建立的CODEHOPRT—PCR方法特异强、灵敏高，可用于黄病毒的榆测。 展开更多

关键词 黄病毒 检测 codehop RT-PCR

原文传递