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基于18S和ITS-5.8S rDNA基因序列的白色霞水母(Cyanea nozakii)的分子鉴定与检测 被引量:4
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作者 李玉龙 董婧 +3 位作者 王彬 孙明 王爱勇 王文波 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期158-165,共8页
采用通用引物PCR扩增法,测定了辽东湾海域的白色霞水母(Cyanea nozakii)螅状体、碟状体及水母体的18S以及ITS-5.8S r DNA序列,同时利用Gene Bank数据库中已有同源序列对其进行序列分析及系统分析。结果显示,白色霞水母3个个体的18S和ITS... 采用通用引物PCR扩增法,测定了辽东湾海域的白色霞水母(Cyanea nozakii)螅状体、碟状体及水母体的18S以及ITS-5.8S r DNA序列,同时利用Gene Bank数据库中已有同源序列对其进行序列分析及系统分析。结果显示,白色霞水母3个个体的18S和ITS-5.8S r DNA序列完全一致。白色霞水母样品的ITS-5.8S r DNA序列与Gen Bank中未知真核生物的序列高度相似(≥99%),推测该物种可能是早期发育阶段(卵、浮浪幼虫或碟状体)的白色霞水母样品。霞水母属不同种间18S r DNA序列经比对后同源序列长度为1709bp,多态位点数33个;比对后ITS1同源序列长度为368bp,其中变异位点203个,简约信息位点数178个,单变异位点21个。基于18S r DNA基因序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0、0.008,而基于ITS1序列的霞水母属种内和种间平均遗传距离分别为0.019、0.284。基于ITS1的种间遗传距离是种内遗传距离的15倍,适合于进行物种鉴定。NJ系统树的结果也表明同种的不同个体各自聚枝,其聚类结果大致与形态分类吻合。研究表明,ITS基因片段在霞水母不同种间变异较大,更适于大型水母种类鉴定、检测及属内种间水平的系统进化研究。 展开更多
关键词 白色霞水母 18s rdna its-5.8s 分子鉴定 系统分析
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4种大型水母类ITS-5.8S rDNA序列分析及其在钵水母类系统分析中的应用 被引量:4
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作者 李玉龙 董婧 +2 位作者 孙明 王彬 王文波 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1278-1288,共11页
由于钵水母类生物地理学研究的缺乏以及不同时期形态变异较大等原因,对其分类鉴定比较混乱和困难。为弥补形态学分类的缺陷,采用通用引物PCR扩增法,测定了分布于黄海北部和辽东湾海域海蜇(Rhopilema esculentum)、沙蜇(Nemopilema no... 由于钵水母类生物地理学研究的缺乏以及不同时期形态变异较大等原因,对其分类鉴定比较混乱和困难。为弥补形态学分类的缺陷,采用通用引物PCR扩增法,测定了分布于黄海北部和辽东湾海域海蜇(Rhopilema esculentum)、沙蜇(Nemopilema nomurai)、海月水母(Aurelia sp.)、白色霞水母(Cyanea nozakii)4种大型水母的ITS-5.8S rDNA序列,同时利用Gen Bank数据库中已有的钵水母纲(Scyphomedusae)ITS1(the Ribosomal First Internal Transcribed Spacer)同源序列对其进行序列分析并构建系统树,分析ITS1序列片段在大型水母种类鉴定方面的可行性及其在钵水母类系统及演化中的应用。结果显示,4种水母的ITS-5.8S rDNA序列变异较大且具有明显的序列长度多态性,序列长度范围675~833 bp。钵水母纲很多种类的ITS1序列具有种内长度多态性现象,这种长度多态性主要是由于微卫星重复次数不同所造成的。钵水母纲科间遗传距离为0.295~0.491,种间遗传距离为0.024~0.812;除白色霞水母和海蜇外,种内个体间遗传距离为0.000~0.099。采用ML法(maximum likelihood)和贝叶斯法(Bayesian)构建的分子系统树拓扑结构不完全相同且与形态分类学的观点不太一致。研究表明,ITS基因序列在钵水母纲不同阶元间变异较大,适合于钵水母纲种类鉴定和属内种间水平的系统进化研究。 展开更多
关键词 钵水母 its-5.8s rdna 长度多态性 物种鉴定 系统关系
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Shiraia sp.SUPER-H168 ITS-5.8S rDNA序列分析及产竹红菌素条件初步优化 被引量:2
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作者 梁晓辉 蔡宇杰 +4 位作者 廖祥儒 魏兆媛 金大勇 许善峰 袁中一 《工业微生物》 CAS CSCD 2009年第2期13-17,共5页
对产竹红菌素的菌株SUPER-H168的ITS5-8S rDNA进行了序列测定和进化树聚类分析,表明其属于竹黄属;对该菌株固态发酵产竹红菌素的条件进行了初步优化,得到的初步优化条件为玉米渣25g,麸皮5g,葡萄糖1.5g,NaNO_3 0.15g,znSO_4·7H_2O 0... 对产竹红菌素的菌株SUPER-H168的ITS5-8S rDNA进行了序列测定和进化树聚类分析,表明其属于竹黄属;对该菌株固态发酵产竹红菌素的条件进行了初步优化,得到的初步优化条件为玉米渣25g,麸皮5g,葡萄糖1.5g,NaNO_3 0.15g,znSO_4·7H_2O 0.03g,起始含水量为50%,起始pH为7.0,培养温度为30℃。在该条件下发酵18d,竹红菌素的产量为9.37mg/g干基。 展开更多
关键词 shiraia sp. its-5.8s rdna 竹红菌素 优化
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拮抗酵母菌0732-1的鉴定及其ITS-5.8S rDNA序列分析 被引量:1
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作者 王晓东 李国庆 +1 位作者 张莉 葛米红 《北方园艺》 CAS 北大核心 2011年第1期146-149,共4页
从石河子地区西瓜叶片上分离获得1株对哈密瓜细菌性果斑病菌-燕麦嗜酸菌属西瓜亚种(Acidovorax avena subsp.citrulli)有显著拮抗作用的酵母菌0732-1,对该菌株形态学观察、培养性状观察、生理生化测定,以及结合ITS-5.8S rDNA序列同源性... 从石河子地区西瓜叶片上分离获得1株对哈密瓜细菌性果斑病菌-燕麦嗜酸菌属西瓜亚种(Acidovorax avena subsp.citrulli)有显著拮抗作用的酵母菌0732-1,对该菌株形态学观察、培养性状观察、生理生化测定,以及结合ITS-5.8S rDNA序列同源性分析。结果表明:酵母菌0732-1为异常毕赤酵母(Pichiaanomala Kurtzman),首次证明了P.anomala对哈密瓜细菌性果斑病菌具有生防作用。 展开更多
关键词 细菌性果斑病 酵母菌 its-5.8s rdna 种类鉴定
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三种稻飞虱体内类酵母共生菌18S rDNA和ITS-5.8S rDNA序列克隆及进化分析 被引量:1
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作者 周岩岩 董胜张 +1 位作者 白旭 俞晓平 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期482-487,共6页
为研究水稻3种主要害虫灰飞虱Laodelphax striatellus、褐飞虱Nilaparvata lugens和白背飞虱Sogatella furcifera体内类酵母共生菌(yeast-like symbiotes,YLS)的种属地位及与寄主的进化关系,测定了其体内YLS的18S rDNA及ITS-5.8Sr DNA... 为研究水稻3种主要害虫灰飞虱Laodelphax striatellus、褐飞虱Nilaparvata lugens和白背飞虱Sogatella furcifera体内类酵母共生菌(yeast-like symbiotes,YLS)的种属地位及与寄主的进化关系,测定了其体内YLS的18S rDNA及ITS-5.8Sr DNA的全长序列。基于3种稻飞虱体内YLS的18SrDNA序列比对表明,褐飞虱YLS和白背飞虱YLS的一致性比其与灰飞虱YLS的高(褐飞虱YLS和白背飞虱YLS为98.91%,灰飞虱YLS和褐飞虱YLS为95.74%,灰飞虱YLS和白背飞虱YLS为96.02%),而基于ITS-5.8SrDNA序列比对,灰飞虱YLS和白背飞虱YLS的一致性比其与褐飞虱YLS的要高(白背飞虱YLS和灰飞虱YLS为99.57%,灰飞虱YLS和褐飞虱YLS为91.91%,白背飞虱YLS和褐飞虱YLS为90.46%)。基于真菌18SrDNA和ITS-5.8SrDNA的系统发育树均表明,3种稻飞虱体内YLS与其他已知真菌进化关系较远。本研究证实了昆虫真菌类共生菌与寄主形成了长期的进化关系,从而形成了不同于已知真菌的分类地位。 展开更多
关键词 稻飞虱 灰飞虱 褐飞虱 白背飞虱 酵母类共生菌 18srdna its-5.8s rdna 系统发育分析
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砂地柏内生真菌SC13菌株的分离鉴定及代谢产物初步研究 被引量:20
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作者 卢亮 何军 +2 位作者 余鑫平 李广泽 张兴 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期85-89,共5页
为了寻找可产生鬼臼毒素类化合物的内生真菌,从砂地柏(Sabina vulgarisAnt.)不同组织中分离到126株内生真菌。以鬼臼毒素,脱氧鬼臼毒素和苦鬼臼毒素为标准品,采用HPLC法筛选得到一株可代谢产生重要药用和杀虫活性物质鬼臼毒素类似物的... 为了寻找可产生鬼臼毒素类化合物的内生真菌,从砂地柏(Sabina vulgarisAnt.)不同组织中分离到126株内生真菌。以鬼臼毒素,脱氧鬼臼毒素和苦鬼臼毒素为标准品,采用HPLC法筛选得到一株可代谢产生重要药用和杀虫活性物质鬼臼毒素类似物的内生真菌SC13。对菌株SC13进行ITS-5.8S rDNA区域扩增,测序及遗传进化关系分析,初步推测该菌株属于链格孢属(Alternariasp.)真菌。采用小叶碟添加法测定该菌株发酵液萃取物对三龄初期粘虫的拒食活性,其48h拒食中浓为7.259 mg.mL-1,采用浸毒叶片法测定了三龄初期小菜蛾的毒杀活性,其48h致死中浓为6.136 mg.mL-1。 展开更多
关键词 砂地柏 内生真菌 鬼臼毒素类似物 生物活性 链格孢属 its-5.8s rdna
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黄颡单尾虫(粘体门,双壳目)的重描述及基于28S rDNA和ITS-5.8S序列的系统地位分析 被引量:7
7
作者 董江丽 赵元莙 +1 位作者 唐发辉 索栋 《动物分类学报》 CSCD 北大核心 2011年第1期84-92,共9页
采用形态分类学方法与以28S rDNA和ITS-5.8S序列为基础的分子系统学研究方法,对采自嘉陵江重庆市磁器口江段的黄颡单尾虫Unicauda pelteobagrusMa,1998进行了形态学和分子生物学的研究。基于28S rDNA数据探讨了黄颡单尾虫以及单尾虫属... 采用形态分类学方法与以28S rDNA和ITS-5.8S序列为基础的分子系统学研究方法,对采自嘉陵江重庆市磁器口江段的黄颡单尾虫Unicauda pelteobagrusMa,1998进行了形态学和分子生物学的研究。基于28S rDNA数据探讨了黄颡单尾虫以及单尾虫属与相邻种属粘孢子虫间的系统地位;基于5.8S rDNA数据比较分析了粘孢子虫的系统地位。补充了黄颡单尾虫重庆种群形态学信息和28S rDNA、ITS-5.8S rDNA序列的分子信息。 展开更多
关键词 黄颡单尾虫 分类学 28s rdna its-5.8s rdna
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基于18S rDNA与ITS-5.8S rDNA对重庆地区网状车轮虫的种内分化研究 被引量:4
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作者 王诗瑶 赵元莙 唐发辉 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期77-89,共13页
本研究基于形态和分子数据对采自重庆地区5个地理株系的网状车轮虫(Trichodina reticulata)进行了比较研究及重描述。研究结果表明,网状车轮虫不同株系表现出不同的表型分化,含形态略有不同的齿体及有或无中央颗粒,因而具有明显的种内... 本研究基于形态和分子数据对采自重庆地区5个地理株系的网状车轮虫(Trichodina reticulata)进行了比较研究及重描述。研究结果表明,网状车轮虫不同株系表现出不同的表型分化,含形态略有不同的齿体及有或无中央颗粒,因而具有明显的种内形态多样性。不同地理株系网状车轮虫的18S rDNA序列相似度在99.0%~100%之间,遗传距离为0.000~0.008,并在三大变异区(V4、V5与V7)均具一致的二级结构,表明不同株系的18Sr DNA相似度与遗传距离均属种内水平。综合18SrDNA和ITS-5.8S rDNA的变异位点和系统发育对种内分歧的研究分析显示,来自不同地理分布和宿主的网状车轮虫株系皆因相同的变异位点而聚为一枝,以此推断网状车轮虫的种内分化主要受其基因的影响,地理分布与宿主差异等环境影响在目前的种群分化阶段暂未突显。此外,本研究进一步验证了中央颗粒不能作为网状车轮虫的主要鉴别性特征的观点。 展开更多
关键词 网状车轮虫 种内分化 18s rdna its-5.8s rdna
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Screening of marine fungus from Nanji Island and activity of their metabolites against pathogenic Vibrio from Pseudosciaena crocea 被引量:1
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作者 赵淑江 李书平 +3 位作者 刘辉辉 赵倩 王杰优 闫茂仓 《Chinese Journal of Oceanology and Limnology》 SCIE CAS CSCD 2012年第5期746-756,共11页
Seventy-eight marine fungal strains were isolated from sediment samples collected off the coast of Nanji Island, Wenzhou, Zhejiang Province, China. Antibacterial screening using the agar disc method showed that 19 of ... Seventy-eight marine fungal strains were isolated from sediment samples collected off the coast of Nanji Island, Wenzhou, Zhejiang Province, China. Antibacterial screening using the agar disc method showed that 19 of the isolated strains could inhibit at least one pathogenic Vibrio from Pseudosciaena crocea. Subsequent screening confirmed that nine strains produced antibacterial metabolites that had activity against one or several types of pathogenic Vibrio. Strain NJ0104 had the widest antimicrobial spectrum and strong activity, particularly against Fibrio parahaemolyticus-MM0810072. A preliminary study of N J0104 antibacterial metabolites demonstrated that they had thermal stability up to 80℃, ultraviolet stability up to 40 min and pH stability between 4.0-7.0. In addition, the antibacterial metabolites were readily soluble in butanol. To identify the specific strain, the ITS-5.8S rDNA regions of NJ0104 were PCR amplified and sequenced. Based on the combination of phenotypic and genotypic data, the strain was identified as Arthrinium sp. 展开更多
关键词 Nanji Island marine fungi ACTIVITY stability its-5.8s rdna
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不同树龄葡萄自然发酵过程中酵母菌的研究 被引量:17
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作者 刘树文 常亚维 +2 位作者 胡廷 焦红茹 刘丽丽 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2008年第7期51-56,63,共7页
【目的】研究葡萄树龄与葡萄自然发酵过程中葡萄酒相关酵母菌之间的关系。【方法】利用WL营养培养基,对分离自华夏长城葡萄酒厂葡萄生产基地、不同树龄(2,3,5年)西拉葡萄自然发酵液的240株酵母菌进行了聚类分析。【结果】240株酵母菌共... 【目的】研究葡萄树龄与葡萄自然发酵过程中葡萄酒相关酵母菌之间的关系。【方法】利用WL营养培养基,对分离自华夏长城葡萄酒厂葡萄生产基地、不同树龄(2,3,5年)西拉葡萄自然发酵液的240株酵母菌进行了聚类分析。【结果】240株酵母菌共分为5个WL营养类型。结合酵母菌菌株5.8 S rDNA-ITS区基因序列分析,不同树龄西拉葡萄自然发酵液中的酵母菌共有5种,分别为酿酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)、陆生伊萨酵母(Is-satchenkia terricola)、克鲁维毕赤酵母(Pichia kluyveri)、浅黄隐球酵母(Cryptococcus flavescens)、葡萄汁有孢汉逊酵母(Hanseniaspora uvarum)。不同树龄西拉葡萄自然发酵过程中酵母菌的种类及其比例是变化的。【结论】用树龄较高的葡萄发酵,可加速发酵的启动,缩短发酵周期,同时有利于性状优良野生酿酒酵母菌株的筛选。 展开更多
关键词 西托葡萄 树龄 酵母菌 自然发酵 5.8s rdna—ITs基因序列
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洪湖碘泡虫PCR检测方法的建立与初步应用 被引量:4
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作者 李丹 柳阳 +1 位作者 翟艳花 顾泽茂 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2017年第1期12-16,共5页
为建立一种灵敏、特异的快速检测异育银鲫寄生洪湖碘泡虫(Myxobolus honghuensis)的方法,本研究根据洪湖碘泡虫ITS-5.8S r DNA基因序列筛选出一对特异性引物Mh F/R,建立PCR检测方法,对反应条件进行优化,并通过特异性试验、灵敏性试验与... 为建立一种灵敏、特异的快速检测异育银鲫寄生洪湖碘泡虫(Myxobolus honghuensis)的方法,本研究根据洪湖碘泡虫ITS-5.8S r DNA基因序列筛选出一对特异性引物Mh F/R,建立PCR检测方法,对反应条件进行优化,并通过特异性试验、灵敏性试验与临床检测验证其可行性。结果显示,建立的PCR检测方法能特异性扩增洪湖碘泡虫相应的基因片段,长度为479 bp,而对试验中其他9种粘孢子虫的扩增结果均为阴性;最低能检测0.1 pg的虫体基因组DNA。通过临床样品检测,PCR方法比显微镜检测的检出率提高了19.5%。结果表明,该PCR方法特异、灵敏,适用于洪湖碘泡虫的快速检测。 展开更多
关键词 洪湖碘泡虫(Myxobolus honghuensis) its-5.8s rdna PCR检测 显微镜检测
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适冷溶菌酶产生茵的分子鉴定及其酶学性质的研究
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作者 王全富 侯艳华 +3 位作者 沈继红 林学政 闫培生 李宁 《工业微生物》 CAS CSCD 2011年第3期50-53,共4页
采用比浊法对本试验室保存的126株南极微生物产适冷溶菌酶进行测定,发现7株菌产溶菌酶。并对其中的菌株NJ147进行ITS-5.8 S rDNA基因序列的同源性和系统发育分析,结果表明:菌株NJ147属于Debaryomyces hansenii属。该菌株所分泌溶菌酶的... 采用比浊法对本试验室保存的126株南极微生物产适冷溶菌酶进行测定,发现7株菌产溶菌酶。并对其中的菌株NJ147进行ITS-5.8 S rDNA基因序列的同源性和系统发育分析,结果表明:菌株NJ147属于Debaryomyces hansenii属。该菌株所分泌溶菌酶的最适作用温度为30℃,在0℃时酶活性是最高活性的32.6%;对热敏感,其半衰期为40℃保温30 min;最适pH为6.0,是一种典型的适冷酶。该酶对6种受试菌株均有不同程度的抑制,具有广谱杀菌谱,具有潜在的工业应用价值。 展开更多
关键词 适冷溶菌酶 南极微生物 its-5.8 s rdna DEBARYOMYCEs hanseni
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