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Molecular diagnosis and direct quantification of cereal cyst nematode(Heterodera filipjevi) from field soil using TaqMan real-time PCR
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作者 JIAN Jin-zhuo HUANG Wen-kun +4 位作者 KONG Ling-an JIAN Heng Sulaiman ABDULSALAM PENG De-liang PENG Huan 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2023年第8期2591-2601,共11页
Heterodera filipjevi continues to be a major threat to wheat production worldwide.Rapid detection and quantification of cyst nematodes are essential for more effective control against this nematode disease.In the pres... Heterodera filipjevi continues to be a major threat to wheat production worldwide.Rapid detection and quantification of cyst nematodes are essential for more effective control against this nematode disease.In the present study,a TaqManminor groove binder(TaqMan-MGB)probe-based fluorescence quantitative real-time PCR(qPCR)was successfully developed and used for quantifying H.filipjevi from DNA extracts of soil.The primers and probe designed from the obtained RAPD-SCAR marker fragments of H.filipjevi showed high specificity to H.filipjevi using DNA from isolatesconfirmed species of 23 Heterodera spp.,1 Globodera spp.and 3 Pratylenchus spp.The qPCR assay is highly sensitive and provides improved H.filipjevi detection sensitivity of as low as 4^(-3) single second-stage juvenile(J2)DNAs,10^(-3) female DNAs,and 0.01μgμL^(-1) genomic DNAs.A standard curve relating to the threshold cycle and log values of nematode numbers was generated and validated from artificially infested soils and was used to quantify H.filipjevi in naturally infested field soils.There was a high correlation between the H.filipjevi numbers estimated from 32 naturally infested field soils by both conventional methods and the numbers quantified using the qPCR assay.qPCR potentially provides a useful platform for the efficient detection and quantification of H.filipjevi directly from field soils and to quantify this species directly from DNA extracts of field soils. 展开更多
关键词 cereal cyst nematode Heterodera filipjevi molecular diagnosis quantification taqman real-time pcr
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鲤疱疹病毒Ⅱ型TaqMan real-time PCR检测方法的建立及应用 被引量:18
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作者 周勇 曾令兵 +2 位作者 张辉 范玉顶 徐进 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期607-613,共7页
针对鲤疱疹病毒Ⅱ型(Cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)DNA解旋酶基因编码区序列设计特异性引物,利用PCR技术扩增出长度为1 446 bp的基因编码区片段,克隆到pMD19T载体上,构建重组质粒。经PCR鉴定与测序分析确认正确后,以10倍梯度稀释重组... 针对鲤疱疹病毒Ⅱ型(Cyprinid herpesvirus 2,CyHV-2)DNA解旋酶基因编码区序列设计特异性引物,利用PCR技术扩增出长度为1 446 bp的基因编码区片段,克隆到pMD19T载体上,构建重组质粒。经PCR鉴定与测序分析确认正确后,以10倍梯度稀释重组质粒,作为标准模板进行TaqMan real-time PCR扩增,制作标准曲线,建立了鲤疱疹病毒Ⅱ型的荧光定量PCR检测方法。检测结果显示,标准曲线的相关系数(R2)达到0.999 1,斜率为-3.412;对初始模板定量检测的范围为1×101~1×107copies/μL;特异性试验结果表明,该方法可特异性地检测出鲤疱疹病毒Ⅱ型,而对大鲵虹彩病毒(GSIV)、锦鲤疱疹病毒(KHV)以及空白对照无检测信号。取江苏射阳和宝应两地疑似患病鲫组织核酸作为模板进行荧光定量PCR,结果表明反应体系中的病毒量分别为6.89×104copies/μL和3.02×102copies/μL。本研究建立的鲤疱疹病毒Ⅱ型TaqMan实时荧光定量PCR方法灵敏度高、特异性强,对因鲤疱疹病毒Ⅱ感染引起的养殖鲫造血器官坏死症的诊断与病毒病原定量检测有重要意义。 展开更多
关键词 造血器官坏死症 鲤疱疹病毒Ⅱ型 taqman real-time pcr 检测方法
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基因Ⅰ型草鱼呼肠孤病毒TaqMan Real-Time PCR检测方法的建立及应用 被引量:5
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作者 殷亮 王庆 +6 位作者 曾伟伟 李永刚 王英英 刘春 梁红茹 石存斌 吴淑勤 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期570-576,共7页
为了建立和应用可检测基因I型草鱼呼肠孤病毒(GCRV)的荧光定量检测方法,实验根据基因I型GCRV的s6保守序列,分别设计扩增目的条带661bp普通引物(P1、P2)、扩增目的条带159bp荧光定量引物(F1、F2)和一条探针;同时构建含有目的片... 为了建立和应用可检测基因I型草鱼呼肠孤病毒(GCRV)的荧光定量检测方法,实验根据基因I型GCRV的s6保守序列,分别设计扩增目的条带661bp普通引物(P1、P2)、扩增目的条带159bp荧光定量引物(F1、F2)和一条探针;同时构建含有目的片段的PVAX1-S6作为标准质粒,10倍梯度稀释构建质粒拷贝数与Ct值的标准曲线(Y=-3.389X+38.076)。结果表明,此方法在3.9×10^7~3.9×10^1拷贝/uL之间相关性较好,R2为0.992,最小检测量为4拷贝/uL;且与基因Ⅱ型、Ⅲ型GCRV以及其他病原核酸无交叉反应。运用该方法检测16份草鱼出血病疑似样品,阳性结果为4份;而普通PCR检测仅2份显示阳性。本研究建立了针对基因I型GCRV的荧光定量检测方法,具有高效、特异、灵敏、可重复性强的优点,适合于目前基因I型GCRV的临床快速检测和病毒定量分析。 展开更多
关键词 草鱼呼肠孤病毒 基因I型 taqman Real—Time pcr 定量分析
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鸡传染性喉气管炎病毒TaqMan real-time PCR检测方法的建立 被引量:4
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作者 赵妍 孔聪聪 +10 位作者 张晓敏 崔红玉 石星明 赵晓岩 薛美 胡顺磊 闫帅 牛秀杰 李巧玲 王玫 王云峰 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期642-646,共5页
为建立鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)TaqMan Real-time PCR检测方法,本研究根据GenBank中登录的ILTV gB基因序列设计了2对引物与一条特异性TaqMan探针,通过对反应体系和反应条件的优化,特异性、敏感性以及重复性试验,证明该方法在核酸含量... 为建立鸡传染性喉气管炎病毒(ILTV)TaqMan Real-time PCR检测方法,本研究根据GenBank中登录的ILTV gB基因序列设计了2对引物与一条特异性TaqMan探针,通过对反应体系和反应条件的优化,特异性、敏感性以及重复性试验,证明该方法在核酸含量108拷贝/μL~101拷贝/μL范围内具有良好的线性关系;能够检测初始模板中10-3EID50的病毒核酸及16拷贝的标准品;与其它相关的鸡源病毒均无交叉反应,并且批内、批间变异系数均小于2%,具有良好的重复性。该检测方法的建立为ILTV的临床检测和定量分析提供了一种快速、准确的技术手段。 展开更多
关键词 鸡传染性喉气管炎病毒 GB基因 taqman real-time pcr
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基于Real-time PCR法检测乳粉中牛源性成分定量研究
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作者 陈晨 史国华 +5 位作者 陈勃旭 张瑞 王玉欣 贾文珅 陈佳 周巍 《粮油食品科技》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期159-164,共6页
基于Real-timePCR建立了乳粉中牛源性成分相对定量检测方法,并对牛的特异性引物与探针进行了特异性、灵敏度和稳定性测试。通过模拟不同浓度牛乳粉与马乳粉混合样本,根据其△Ct值的函数关系进行线性拟合进而绘制标准曲线,建立乳粉中牛... 基于Real-timePCR建立了乳粉中牛源性成分相对定量检测方法,并对牛的特异性引物与探针进行了特异性、灵敏度和稳定性测试。通过模拟不同浓度牛乳粉与马乳粉混合样本,根据其△Ct值的函数关系进行线性拟合进而绘制标准曲线,建立乳粉中牛源性成分的相对定量检测。结果显示,该方法的最低检测限为0.00001 mg/mL,回收率为91.11%~119.2%,组间变异系数≤0.58%、组内变异系数≤1.44%。说明该方法在特异性与稳定性上适用于乳粉中牛源性成分及含量的掺假检测。 展开更多
关键词 牛乳粉 马乳粉 real-time pcr 掺假检测
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一种基于real-time PCR技术的TTV检测方法的建立及应用
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作者 贾毅博 王高玉 +4 位作者 邓宛心 林彩云 杨华 陈运春 尹飞飞 《海南医学院学报》 CAS 北大核心 2024年第7期489-497,共9页
目的:本研究旨在开发一种具有更高灵敏度和特异性的TTV检测技术,为揭示TTV在多种疾病过程中的作用提供重要的技术支持。方法:为了更精确、灵敏的检测TTV,本研究分析了目前公布的所有亚型的TTV基因序列,在此基础上建立了一种基于UTR区域... 目的:本研究旨在开发一种具有更高灵敏度和特异性的TTV检测技术,为揭示TTV在多种疾病过程中的作用提供重要的技术支持。方法:为了更精确、灵敏的检测TTV,本研究分析了目前公布的所有亚型的TTV基因序列,在此基础上建立了一种基于UTR区域的real-time PCR检测方法,并与文献报道应用较为广泛的PCR检测方法进行了对比。结果:本研究建立的方法在1×10^(7)~1×10^(1) copies/μL标准品浓度范围内具有良好的线性关系,相关系数为1.000,斜率为-3.446,检测下限为1×10^(1) copies/μL。重复性试验结果显示,组内变异系数为7.22%,表明本方法重复性、稳定性较强。针对30份临床样本,使用本研究建立的real-time PCR检测方法及目前被多个研究所使用的4套引物进行对比。结果表明,本研究所建立的方法灵敏度显著高于文献中报道的4种方法(P<0.01);Sanger测序结果表明,本方法检测出的30份阳性样本均为TTV,检测特异性为100%。结论:本研究采用基于TaqMan探针的real-time PCR检测方法,检测灵敏性高、覆盖基因型范围广,尤其对于TTV病毒载量较低的情况下能够进行定量检测,对于TTV病毒的致病性及作为免疫标志物的应用提供重要的技术支持。 展开更多
关键词 Torque teno virus 基因组扩增测序 real-time pcr检测
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Prevalence and Antibiotic Resistance of Urinary Tract Pathogens, with Molecular Identification of Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, and Acinetobacter spp., Using Multiplex Real-Time PCR
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作者 Hawa Tarnagda Djénéba Ouermi +12 位作者 Tani Sagna Wendyam Marie Christelle Nadembega Abdoul Karim Ouattara Lassina Traoré Rogomenoma Alice Ouedraogo Prosper Bado Bapio Valérie Elvira Jean Télesphore Bazie Nicole Bouda/Zongo Luc Zongo Albert Théophane Yonli Théodora Mahoukèdè Zohoncon Florencia Wendkuuni Djigma Jacques Simpore 《American Journal of Molecular Biology》 CAS 2024年第4期245-260,共16页
Urinary tract infections (UTIs) caused by uropathogens are a significant public health problem, and their treatment primarily relies on antibiotic therapy. However, the increasing global development of antibiotic resi... Urinary tract infections (UTIs) caused by uropathogens are a significant public health problem, and their treatment primarily relies on antibiotic therapy. However, the increasing global development of antibiotic resistance necessitates updating diagnostic techniques to ensure higher sensitivity and specificity, especially with advancements in science and medicine. This study aimed to evaluate the prevalence of UTIs and antibiotic resistance profiles through urine culture, as well as to identify Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, and Acinetobacter spp. in urine samples using a molecular approach with multiplex real-time PCR. From May 3 to July 25, 2023, at the Pietro Annigoni Biomolecular Research Center (CERBA) and Saint Camille Hospital of Ouagadougou (HOSCO), 209 urine samples collected from patients with suspected UTIs were analyzed using both urine culture and multiplex real-time PCR. Among the 209 patients, 52.15% were male and 47.85% female, with an average age of 46.87 ± 21.33 years. Urine cultures revealed an overall UTI prevalence of 23.44%, with a prevalence of 8.13% in men versus 15.31% in women (P = 0.023). The bacterial prevalence rates were as follows: Escherichia coli (12.92%), Klebsiella spp. (7.18%), Enterobacter cloacae (1.44%), Staphylococcus aureus (0.96%), and other bacteria. Klebsiella spp. demonstrated 100% resistance to Amoxicillin and Amoxicillin/Clavulanic Acid, while Escherichia coli showed 96.2% and 65.4% resistance to Amoxicillin and Amoxicillin/Clavulanic Acid, respectively. PCR analysis of the target bacteria revealed mono-infection prevalence rates of Klebsiella pneumoniae (10.39%), Klebsiella oxytoca (7.79%), and Acinetobacter spp. (7.79%), along with a co-infection prevalence rate of Klebsiella pneumoniae/Acinetobacter spp. (1.30%). This study demonstrated that PCR, with its high sensitivity and specificity, could effectively distinguish Klebsiella pneumoniae from Klebsiella oxytoca and detect Acinetobacter spp. in less than 24 hours—something urine culture alone could not achieve. The relative ease of automating urine PCR testing, combined with its diagnostic accuracy and rapid turnaround time, makes it a valuable addition to modern medical practice for the laboratory diagnosis of UTIs. 展开更多
关键词 Urinary Tract Infections Klebsiella pneumoniae Klebsiella oxytoca Acinetobacter spp. Urine Culture real-time pcr
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24重荧光real-time PCR技术在食物中毒快速检测中的应用
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作者 卢媛 钟颖涛 《食品安全导刊》 2024年第6期85-88,共4页
目的:应用24重荧光real-time PCR检测技术快速筛检食物中毒病原菌,结合国家标准中的培养法探讨24重荧光real-time PCR检测技术符合性和应用价值。方法:采用高灵敏度、高特异性的24重荧光real-time PCR检测技术作为中毒病原菌的初筛方法... 目的:应用24重荧光real-time PCR检测技术快速筛检食物中毒病原菌,结合国家标准中的培养法探讨24重荧光real-time PCR检测技术符合性和应用价值。方法:采用高灵敏度、高特异性的24重荧光real-time PCR检测技术作为中毒病原菌的初筛方法,国标方法进行细菌分离培养,并对分离出的病原菌进行生化鉴定。结果:5份食物中毒患者肛拭子在增菌前检出4份霍乱弧菌核酸(非O1/非O139群,24重荧光real-time PCR),9份患者肛拭子在增菌后检出5株霍乱弧菌(非O1/非O139群,国标培养法),其中包含4份PCR技术初筛阳性样品,两个方法的符合率为80%。所有样本均未检出沙门氏菌、志贺菌、副溶血性弧菌、致泻性大肠埃希菌以及金黄色葡萄球菌。结论:应用24重荧光real-time PCR检测技术同时检测24种常见致病病原菌,能高效锁定中毒病原菌。将其与国标培养法相结合,对临床治疗和食物中毒快速处置能起到积极作用,值得应用和推广。 展开更多
关键词 24重荧光real-time pcr技术 培养法 食物中毒
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TaqMan多重实时定量PCR快速检测3种常见食源性病原菌 被引量:2
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作者 艾鹏飞 王珊 +3 位作者 高辉明 王雁伟 庞艳荣 张萌 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第5期373-380,共8页
建立一种可同时快速检测大肠杆菌O157:H7、单增李斯特菌和蜡样芽孢杆菌的多重实时定量PCR(qPCR)方法。依据大肠杆菌O157:H7 tir基因、单增李斯特菌mpl基因和蜡样芽孢杆菌entFM基因的保守序列分别设计特异性引物和TaqMan探针,建立多重qPC... 建立一种可同时快速检测大肠杆菌O157:H7、单增李斯特菌和蜡样芽孢杆菌的多重实时定量PCR(qPCR)方法。依据大肠杆菌O157:H7 tir基因、单增李斯特菌mpl基因和蜡样芽孢杆菌entFM基因的保守序列分别设计特异性引物和TaqMan探针,建立多重qPCR反应体系,进行灵敏度、特异性和稳定性试验,同步检测人工染菌牛奶样品中的病原菌并与国家标准方法作对比。结果表明,建立的多重qPCR方法灵敏度高,最低检出限为12 CFU/mL;特异性强,只对3种目标菌进行PCR扩增;稳定性好,各重复性试验中Ct值的变异系数<1%;所有受污染样品阳性检出率均为100%,与国家标准方法检测结果一致,且检测周期缩短至6 h。本研究建立的TaqMan多重qPCR方法能同时快速、准确地检测乳品中的大肠杆菌O157:H7、单增李斯特菌和蜡样芽孢杆菌,为食品安全提供技术支撑。 展开更多
关键词 taqman探针 多重实时定量pcr 大肠杆菌O157:H7 单增李斯特菌 蜡样芽孢杆菌
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牛冠状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及应用
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作者 蒲鹏 李晨露 +2 位作者 张琪 吴发兴 许信刚 《动物医学进展》 北大核心 2024年第2期7-10,共4页
为建立牛冠状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法,根据GenBank收录的牛冠状病毒AKS-01株N基因序列(KU886219)保守区设计特异性引物和探针,构建重组质粒并进行反应条件优化、特异性试验、重复性试验以及敏感性试验,建立一种检测BCoV的TaqMan... 为建立牛冠状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法,根据GenBank收录的牛冠状病毒AKS-01株N基因序列(KU886219)保守区设计特异性引物和探针,构建重组质粒并进行反应条件优化、特异性试验、重复性试验以及敏感性试验,建立一种检测BCoV的TaqMan荧光定量PCR方法。结果显示,建立的牛冠状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法特异性、敏感性和重复性均良好。该方法BCoV重组质粒标准品在5.75×10^(7)~5.75×10^(3)copies/μL时与Ct值呈现良好线性关系,该方法对牛轮状病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、牛病毒性腹泻病毒、牛副流感病毒3型均无交叉反应,特异性良好;该方法对BCoV重组质粒标准品最低检测限为5.75×10^(1)copies/μL;批内和批间重复性试验结果稳定,变异系数均小于2%。利用所建立的TaqMan荧光定量PCR方法对收集的132份样品进行检测,与常规PCR相比,两者符合率为96.21%,可为BCoV的临床检测和流行病学调查提供技术支持。 展开更多
关键词 牛冠状病毒 taqman荧光定量pcr 检测方法
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肉中猪源性成分Real-time PCR定量检测技术 被引量:3
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作者 翟晓虎 李翎旭 +3 位作者 陈小竹 蒋怀德 贺卫华 姚大伟 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期156-164,共9页
【目的】建立一种快速、准确的肉中猪源性成分定量检测方法。【方法】首先从GenBank数据库中筛选猪特异性的微卫星DNA,根据微卫星DNA核酸序列设计引物,对常见10种动物基因组DNA进行PCR扩增,通过有无扩增产物判断筛选的微卫星DNA对猪源... 【目的】建立一种快速、准确的肉中猪源性成分定量检测方法。【方法】首先从GenBank数据库中筛选猪特异性的微卫星DNA,根据微卫星DNA核酸序列设计引物,对常见10种动物基因组DNA进行PCR扩增,通过有无扩增产物判断筛选的微卫星DNA对猪源性成分的特异性。然后根据微卫星DNA核酸序列,设计特异性引物和探针,建立猪源性成分Real-time PCR检测方法,采用双标准曲线分别对猪源性成分和总动物源性成分进行定量,计算猪源性成分的百分含量。【结果】筛选到猪特异性微卫星DNA(Accession EF172428),根据其序列设计的引物SEQ-sus2-F/R只能从猪基因组DNA中扩增出目的条带,其他动物的基因组均无目的条带扩增。建立的Real-time PCR检测方法灵敏度为0.02 ng/25μL反应体系。该方法能够准确检测出混合DNA样品中猪源性成分和混合肉样品中猪源性成分,百分误差分别约为1.32%和1.06%-7.12%。【结论】本研究利用Real-time PCR技术建立的定量猪源性成分的检测方法可以用来检测猪源性成分在混合样品中的百分含量。 展开更多
关键词 动物源性成分 real-time pcr 定量
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鉴别猪圆环病毒2型和3型双重TaqMan MGB探针FQ-PCR检测方法研究
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作者 赵雪丽 闫若潜 +8 位作者 王华俊 王淑娟 马震原 谢彩华 柴茂 杨海波 王翠 刘影 王东方 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第2期165-173,共9页
建立一种快速、特异鉴别检测猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的双重TaqMan MGB探针FQ-PCR方法,本研究以PCV2的Rep蛋白和PCV3的Cap蛋白基因作为靶基因,各设计1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,经优化各反应条件和进行敏感性... 建立一种快速、特异鉴别检测猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的双重TaqMan MGB探针FQ-PCR方法,本研究以PCV2的Rep蛋白和PCV3的Cap蛋白基因作为靶基因,各设计1对特异性引物和1条TaqMan MGB探针,经优化各反应条件和进行敏感性、特异性、重复性和干扰性试验,建立鉴别检测PCV2/PCV3的双重FQ-PCR方法。结果显示:该方法可特异性扩增PCV2、PCV3核酸,与猪伪狂犬病病毒(PRV)等8种病原及阴性对照无交叉反应,特异性较强;对PCV2和PCV3阳性质粒标准品的最低检出限均可达10 copies/μL,敏感性较高;PCV2/PCV3批内/批间重复试验变异系数(CV)值均在3%以下,表明方法稳定性、重复性较好;干扰性试验表明在两种病毒阳性质粒起始模板相差较大时该方法不会影响对其中任一病毒核酸的检出和准确定量。对42份临床疑似PCV感染样品检测结果与PCV2、PCV3基因测序结果符合率100%。本研究建立的双重FQ-PCR方法具有敏感性高达10 copies/μL、特异性强、在同一反应体系中能同时快速鉴别检测PCV2、PCV3等优点,可用于临床PCV2/PCV3感染的快速鉴别检测。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 rep基因 猪圆环病毒3型 cap基因 双重taqman MGB FQ-pcr
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牛支原体和丝状支原体丝状亚种双重TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立与应用 被引量:3
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作者 马芷忻 武琪 +2 位作者 刘桐 辛九庆 徐青元 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期262-268,共7页
牛传染性胸膜肺炎和牛支原体病均为重要的牛传染病,两者均可致牛出现呼吸系统症状,临床上难以区分。为建立鉴别诊断牛传染性胸膜肺炎和牛支原体病的双重Taq Man荧光定量PCR检测方法,本研究根据这两种病的病原丝状支原体丝状亚种和牛支... 牛传染性胸膜肺炎和牛支原体病均为重要的牛传染病,两者均可致牛出现呼吸系统症状,临床上难以区分。为建立鉴别诊断牛传染性胸膜肺炎和牛支原体病的双重Taq Man荧光定量PCR检测方法,本研究根据这两种病的病原丝状支原体丝状亚种和牛支原体的基因组保守区域(丝状支原体丝状亚种nt826-nt1742,牛支原体nt189-nt618)分别设计引物与探针,通过优化反应体系与反应条件,建立同时检测这两种病原的Taq Man荧光定量PCR检测方法。特异性试验结果显示,该方法仅对丝状支原体丝状亚种模拟样品和牛支原体检测结果为阳性,而巴氏杆菌、牛传染性鼻气管炎病毒、无乳支原体、山羊支原体山羊肺炎亚种、丝状支原体山羊亚种、关节炎支原体Leachii株检测结果均为阴性,特异性较强。分别以1.0×10~7拷贝/μL~1.0×10~1拷贝/μL的p EASY-Mmm和p EASY-Mb质粒标准品为模板,进行敏感性试验,结果显示,该方法对丝状支原体丝状亚种和牛支原体重组质粒标准品的检测限均为1.0×10~1拷贝/μL,敏感性较高。对不同浓度质粒标准品混合物的重复性试验结果显示,组内与组间重复性试验变异系数均小于2.5%,重复性较好。利用该方法对112份临床样品(104份鼻拭子、8份肺组织样品)检测,结果显示,丝状支原体丝状亚种检测结果和已发表PCR方法检测结果一致,均为阴性,而本实验建立的方法检测出4份牛支原体阳性样品,且经测序证实检出样品为真实阳性样品,而已发表的多重PCR方法检测该病原结果均为阴性。本研究建立了能够同时检测丝状支原体丝状亚种和牛支原体的双重Taq Man荧光定量PCR方法,其特异性强、敏感性高、重复性好,可用于各种临床样品的检测,为这两种病原的快速检测和流行病学调查提供了技术手段。 展开更多
关键词 牛传染性胸膜肺炎 牛支原体 taqman荧光定量pcr
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槟榔黄化植原体TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:1
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作者 林兆威 孟秀利 +2 位作者 唐庆华 牛晓庆 宋薇薇 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2024年第6期1120-1126,共7页
槟榔是海南省重要的热带经济作物,由植原体侵染引起的槟榔黄化病(areca palm yellow leaf disease,YLD)是当前我国槟榔生产上的一种毁灭性病害。为了建立精准高效的槟榔黄化植原体检测方法,本研究基于槟榔黄化植原体16SrDNA基因,设计并... 槟榔是海南省重要的热带经济作物,由植原体侵染引起的槟榔黄化病(areca palm yellow leaf disease,YLD)是当前我国槟榔生产上的一种毁灭性病害。为了建立精准高效的槟榔黄化植原体检测方法,本研究基于槟榔黄化植原体16SrDNA基因,设计并合成特异性引物AMf/AMr和探针AM-Prode,使用该方法进行准确性、敏感性、特异性及重复性测试,并在其他植物的植原体病害进行检测。结果显示:本检测方法能够准确的检测出阳性样品,健康样品无扩增曲线;在敏感性测试中,该检测方法能检测到1.16×10^(1) copies/μL样本浓度水平,其标准曲线方程为y=-3.4185x+43.624,扩增效率为96.12%,相关系数R^(2)=0.9833;在特异性测试中,该检测方法对YLD的检测具有较好的特异性,槟榔、槟榔其他病害病原及其内生菌的基因组对本方法未造成干扰;在重复性测试中,该检测方法对槟榔黄化病的检测具有较好的重复性;并且该检测方法可对苦楝黄化病、细圆藤丛枝病及辣椒黄化病等8种植原体病害进行检测,对植原体的检测具有一定的通用性。本检测方法的建立,有利于为槟榔黄化病的精准诊断、病原监测及媒介昆虫的检测等研究提供可靠的技术手段。 展开更多
关键词 槟榔 槟榔黄化病 植原体 taqman实时荧光定量pcr 病害检测
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山羊地方性鼻内肿瘤病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用
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作者 李鹏飞 高桂琴 +6 位作者 周广青 吴锦艳 颜新敏 曹小安 何继军 袁莉刚 尚佑军 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期2259-2266,共8页
山羊地方性鼻内肿瘤(enzootic nasal tumor, ENT)是山羊的病毒性传染病,由山羊地方性鼻内肿瘤病毒(enzootic nasal tumor virus of goats, ENTV-2)所引起,感染后可以导致山羊的鼻道筛骨上皮细胞发生不可逆的癌变,已在世界范围内广泛存在... 山羊地方性鼻内肿瘤(enzootic nasal tumor, ENT)是山羊的病毒性传染病,由山羊地方性鼻内肿瘤病毒(enzootic nasal tumor virus of goats, ENTV-2)所引起,感染后可以导致山羊的鼻道筛骨上皮细胞发生不可逆的癌变,已在世界范围内广泛存在,对山羊养殖业造成严重的经济损失。为建立快速、准确且能定量分析ENTV-2的检测方法,本研究根据GenBank上发布的ENTV-2 env基因(MT254061.1)保守区域设计引物和TaqMan探针,建立ENTV-2 TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测方法,并对其特异性、灵敏性、重复性与临床检测效果进行验证。结果显示,重组质粒标准品模板浓度为6.30×10^(2)~6.30×10^(7) copies·μL^(-1)呈现良好的线性关系,相关系数R^(2)为0.996 5,扩增效率为110%,线性方程的斜率为-2.953,最低检测限度为6.30×10^(1) copies·μL^(-1);组内变异系数和组间变异系数均小于2%,重复性好;与口蹄疫病毒((foot-and-mouth disease virus, FMDV)、小反刍兽疫病毒(peste des petits ruminants virus, PPRV)、蓝舌病毒(bluetongue virus)、羊内源性逆转录病毒(endogenous retroviruses)等均无交叉反应,表明该方法具有很好的特异性。利用本研究所建立的TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法对29份临床样品进行检测,该方法较普通PCR方法的检出率更高。综上表明,本研究成功建立了ENTV-2 TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR检测方法,为ENTV-2的快速诊断和流行病学调查提供技术手段。 展开更多
关键词 山羊地方性鼻内肿瘤病毒 羊内源性逆转录病毒 taqman 荧光定量RT-pcr
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草鱼呼肠孤病毒TaqManreal-time PCR检测方法的建立 被引量:15
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作者 周勇 曾令兵 +4 位作者 范玉顶 徐进 马杰 罗晓松 肖艺 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期774-779,共6页
利用RT-PCR技术扩增出草鱼呼肠孤病毒(GCRV)VP6蛋白编码区长度为1 250 bp的片段,克隆到pEGFP-N1载体上,构建重组质粒pEGFP-N1-VP6。经PCR鉴定确认正确后,以10倍梯度稀释pEGFP-N1-VP6重组质粒,作为标准模板进行TaqMan real-time PCR扩增... 利用RT-PCR技术扩增出草鱼呼肠孤病毒(GCRV)VP6蛋白编码区长度为1 250 bp的片段,克隆到pEGFP-N1载体上,构建重组质粒pEGFP-N1-VP6。经PCR鉴定确认正确后,以10倍梯度稀释pEGFP-N1-VP6重组质粒,作为标准模板进行TaqMan real-time PCR扩增,制作标准曲线,建立了草鱼呼肠孤病毒的荧光定量PCR检测方法。检测结果显示,标准曲线的相关系数(R2)达到0.998 09,斜率为-3.373;对初始模板定量检测的范围为1×101~1×106copies/μL;特异性试验结果表明,该方法可特异性地检测出草鱼呼肠孤病毒,而对鲤春病毒血症病毒(SVCV)、传染性造血器官坏死症病毒(IHNV)无检测信号。本研究建立的草鱼呼肠孤病毒TaqMan real-time PCR方法灵敏度高、特异性强,可进行定量分析,对草鱼出血病快速诊断与病毒病原定量检测有重要意义。 展开更多
关键词 草鱼呼肠孤病毒 VP6蛋白编码基因 taqmanreal-timepcr 检测
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鸭坦布苏病毒TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 陈平平 嵇辛勤 +5 位作者 阮涌 王晗晗 罗晓宇 安而立 龙丹丹 段志强 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2024年第10期75-80,共6页
为了建立一种有效、快速、准确的鸭坦布苏病毒(DTMUV)TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本试验针对NCBI发布的DTMUV E基因保守序列设计特异性引物和探针,建立qPCR反应体系。通过制备的标准质粒建立标准曲线,评估该方法的特异性... 为了建立一种有效、快速、准确的鸭坦布苏病毒(DTMUV)TaqMan探针实时荧光定量PCR(qPCR)检测方法,本试验针对NCBI发布的DTMUV E基因保守序列设计特异性引物和探针,建立qPCR反应体系。通过制备的标准质粒建立标准曲线,评估该方法的特异性、敏感性和重复性,并使用该方法对临床样本进行检测。结果显示,所建立的标准曲线相关系数为0.999 5,有良好的线性关系;该方法可特异检测DTMUV;对标准质粒的最低检测限为2.72×10^(2) copies/μL,是普通PCR的100倍;CT值组内变异系数为0.97%~1.32%,组间变异系数为1.24%~1.79%;人工感染DTMUV的20份鸭胚成纤维细胞样本以及12份人工攻毒2 d的雏鸭脾脏组织样本和12份泄殖腔棉拭子样本阳性率为100%(44/44);疑似感染的12份活鸭泄殖腔棉拭子阳性率为25.00%(3/12),14份病死鸭脾脏组织样本阳性率为28.57%(4/14)。结果表明,本试验建立的TaqMan探针qPCR方法有良好的敏感性、准确性和重复性,能特异检测DTMUV,适用于临床快速检测,为DTMUV的分子流行病学调查和临床疾病诊断提供了技术支撑。 展开更多
关键词 鸭坦布苏病毒(DTMUV) taqman探针 实时荧光定量pcr(qpcr)
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塔城病毒Ⅰ型TaqMan探针法荧光定量PCR检测方法的建立
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作者 徐昭艳 姜峰 +3 位作者 陈瑶 金鑫 陈泽良 韩小虎 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2024年第5期83-92,共10页
建立快速特异的蜱传塔城病毒Ⅰ型(TcTV-Ⅰ)荧光定量PCR检测方法,用于TcTV-Ⅰ的初步筛查。选用TcTV-Ⅰ糖蛋白G基因设计特异性引物以及TaqMan探针,建立实时荧光定量PCR检测方法。建立的实时荧光定量PCR检测方法具有良好的特异性,与TcTV-... 建立快速特异的蜱传塔城病毒Ⅰ型(TcTV-Ⅰ)荧光定量PCR检测方法,用于TcTV-Ⅰ的初步筛查。选用TcTV-Ⅰ糖蛋白G基因设计特异性引物以及TaqMan探针,建立实时荧光定量PCR检测方法。建立的实时荧光定量PCR检测方法具有良好的特异性,与TcTV-Ⅱ、新布尼来病毒(Severe fever with thrombocytopenia virus,SFTSV)、森林脑炎病毒(Tick-borne encephalitis virus,TBEV)、大别山病毒(Dabieshan orthohanta virus,DBSV)、阿龙山病毒(Alongshan virus,ALSV)等常见蜱传病毒均无交叉反应;标准曲线的循环阈值(Ct值)与模板拷贝数之间呈良好的线性关系,线性相关系数R^(2)=0.9999;具有良好的敏感性,最低检测限为1.10×10^(1)copies/μL,灵敏度是常规PCR的10^(3)倍;具有较好的稳定性,组内和组间的变异系数均低于2%。采用本方法对辽宁、内蒙古及新疆地区的425份蜱样本就行检测,只有新疆地区的19份蜱样本呈阳性。结果表明本研究建立的实时荧光定量PCR方法具有较高的特异性、敏感性和稳定性,可用于TcTV-Ⅰ的快速检测、流行病学调查和疫情监测等。 展开更多
关键词 实时荧光定量pcr 塔城病毒 taqman探针
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用基于TaqMan探针的Real-time PCR技术定量检测副溶血弧菌 被引量:25
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作者 蔡潭溪 蒋鲁岩 黄克和 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期638-642,共5页
副溶血弧菌是一种引起食源性疾病的重要病原菌,传统的鉴定方法费时费力且容易出现假阴性,建立一种定量检测副溶血弧菌基因的方法尤为重要。根据GenBank公布的副溶血弧菌的gyrB基因序列设计一对引物和TaqMan探针,建立了基于TaqMan探针的R... 副溶血弧菌是一种引起食源性疾病的重要病原菌,传统的鉴定方法费时费力且容易出现假阴性,建立一种定量检测副溶血弧菌基因的方法尤为重要。根据GenBank公布的副溶血弧菌的gyrB基因序列设计一对引物和TaqMan探针,建立了基于TaqMan探针的RealtimePCR方法。通过对9种细菌(12株菌株)的DNA进行扩增,结果所有4株副溶血弧菌均可产生扩增曲线,其他8株非副溶血弧菌均不产生扩增曲线,证明了引物和探针具有很高的特异性。细菌纯培养物品和人工布菌的检测敏感度分别为1CFUPCR反应体系和10CFUPCR反应体系,相关系数均为0.99(r2=0.99),整个试验可在1h内完成。建立的方法可用于海产品中副溶血弧菌的快速定量检测。 展开更多
关键词 taqman探针 real-time pcr 副溶血弧菌gyrB基因 定量检测
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贵州蓝莓蜜TaqMan探针实时荧光PCR检测方法的建立与应用
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作者 张致豪 孙丽萍 +2 位作者 师丰丰 黄家兴 韦小平 《现代食品科技》 CAS 北大核心 2024年第3期342-349,共8页
该研究利用TaqMan特异性探针实时荧光PCR检测手段,建立了高效、精准鉴别贵州特色(中蜂)蓝莓蜜的方法。对贵州白竹林、麻卡和乌卡坪三个地域的蓝莓种植区蓝莓蜜进行采集(包括意蜂蓝莓蜜),同时购买市售蜂蜜及加拿大蓝莓蜜,该方法通过采集... 该研究利用TaqMan特异性探针实时荧光PCR检测手段,建立了高效、精准鉴别贵州特色(中蜂)蓝莓蜜的方法。对贵州白竹林、麻卡和乌卡坪三个地域的蓝莓种植区蓝莓蜜进行采集(包括意蜂蓝莓蜜),同时购买市售蜂蜜及加拿大蓝莓蜜,该方法通过采集贵州麻江县白竹林地区蓝莓种植园及蜂场周围蓝莓同花期26种植物样本,基于植物基因组中trnL基因序列的多序列比对,设计蓝莓trnL基因特异性引物,并进行TaqMan探针验证。结果表明,本研究设计的TaqMan探针特异性强,建立的TaqMan探针实时荧光PCR检测方法能检测到蓝莓花粉DNA最低浓度为0.3 ng/μL;利用建立的方法对11种市售蜂蜜和贵州蓝莓蜜样本进行检测,发现贵州蓝莓蜜的Ct值为24~26,蓝莓花粉数在800~1700颗,其余蜂蜜Ct值在30以上,表明该方法能够有效实现贵州蓝莓蜜和其他蜂蜜的区分,具有良好的应用前景。 展开更多
关键词 蓝莓蜜 实时荧光pcr taqman探针 蜜源植物
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