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左心室辅助装置对心肌病心肌转录组影响
1
作者 张纯溪 王钊 《生物医学工程与临床》 CAS 2024年第5期709-716,共8页
目的探讨左心室辅助装置(LVAD)对终末期心肌病患者心肌基因表达谱改变及其生物学意义。方法从GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)检索并筛选植入LVAD的终末期射血分数降低型心力衰竭患者心肌mRNA表达谱数据集。用韦恩图分析工... 目的探讨左心室辅助装置(LVAD)对终末期心肌病患者心肌基因表达谱改变及其生物学意义。方法从GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)检索并筛选植入LVAD的终末期射血分数降低型心力衰竭患者心肌mRNA表达谱数据集。用韦恩图分析工具筛选目标数据集的共有差异表达基因(DEG)。选择来自至少2个数据集的DEG进入后续分析。用GEO2R筛选DEG,用GSE52601验证DEG。对DEG进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因集富集分析(GSEA),用STRING和Cytoscape构建蛋白-蛋白互作网络,识别核心模块和枢纽基因。结果共检索出4个目标数据集GSE430、GSE974、GSE21610、GSE52601。前3个作为训练集;GSE52601为验证集,对筛选出的核心DEG进行验证。共鉴定33个DEG(22个下调、11个上调),与中性粒细胞脱颗粒和G蛋白偶连受体配体结合相关;筛选出一个由15个枢纽基因组成的核心模块,与对炎症损伤的响应及调控、趋化因子经G蛋白偶联受体介导的信号转导相关,涉及丝裂原活化蛋白(MAP)/细胞外信号调节激酶(ERK)、肌动蛋白丝、γ-氨基丁酸β(GABA-B)受体、唾液酸、前列蛋白E受体、CD40受体和白细胞介素8受体等通路,尿激酶型纤溶酶原激活剂基因(PLAU)和CD163分子基因(CD163)在验证集中呈现相同变化趋势。结论LVAD对心肌病理重构的分子机制与趋化因子经G蛋白偶联受体介导的炎症通路相关,为选择合适的LVAD类型和评估LVAD治疗效果提供了基因水平的依据。 展开更多
关键词 左心室辅助装置 机械辅助循环 心力衰竭 生物信息学分析 转录组 差异表达基因 蛋白-蛋白互作网络
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三结构域蛋白21在肝细胞癌发生发展中的作用研究进展 被引量：1
2
作者 陈颖(综述) 董卫国(审校) 《疑难病杂志》 CAS 2023年第10期1111-1115,共5页
肝细胞癌(HCC)是原发性肝癌的最主要病理类型,其发病率与病死率高,疾病负担大。同时HCC风险因素众多,发病机制复杂,至今仍未得到清晰阐述。三结构域蛋白21(TRIM21)是一类含有高度保守结构域蛋白家族中的一员,具有E3泛素连接酶活性,参与... 肝细胞癌(HCC)是原发性肝癌的最主要病理类型,其发病率与病死率高,疾病负担大。同时HCC风险因素众多,发病机制复杂,至今仍未得到清晰阐述。三结构域蛋白21(TRIM21)是一类含有高度保守结构域蛋白家族中的一员,具有E3泛素连接酶活性,参与蛋白质的泛素化修饰并致其被降解。而TRIM21在HCC中发挥作用则主要基于TRIM21的泛素化修饰功能。TRIM21在HCC组织细胞中的表达水平存在差异,并与HCC患者的疾病分期、分化程度、预后等有关。现就TRIM21在HCC中的作用研究进展作一综述。 展开更多
关键词 肝细胞癌 三结构域蛋白21 E3泛素连接酶 差异表达 作用机制
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基于iTraq技术的加拿大一枝黄花提取物作用下铜绿微囊藻细胞差异表达蛋白 被引量：6
3
作者 黄莹莹 白羽 +1 位作者 王艳 孔海南 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1822-1830,共9页
为研究加拿大一枝黄花提取物对藻类生长抑制作用的分子机理,应用iTraq技术结合LC-MS-MS,分析了铜绿微囊藻细胞蛋白质的差异表达.共鉴定出261种差异蛋白(变化倍数≥1.5),其中表达上调的220种,表达下调的41种.GO功能分类显示,加拿大一枝... 为研究加拿大一枝黄花提取物对藻类生长抑制作用的分子机理,应用iTraq技术结合LC-MS-MS,分析了铜绿微囊藻细胞蛋白质的差异表达.共鉴定出261种差异蛋白(变化倍数≥1.5),其中表达上调的220种,表达下调的41种.GO功能分类显示,加拿大一枝黄花提取物通过影响细胞代谢过程、蛋白质催化和结合功能等方式抑制藻细胞生长.KEGG通路分析表明,通路大类中富集程度位于前3位的均是代谢通路,包括能量代谢、碳水化合物代谢和氨基酸代谢,通路中富集程度最高的是糖酵解/糖异生通路.本研究发现了加拿大一枝黄花提取物对藻细胞生长抑制作用的分子靶点,为从分子层面阐明其抑藻作用提供参考,也为研究植物化感物质的抑藻机理提供了新方法. 展开更多
关键词 iTraq标记 化感作用 差异表达蛋白组 抑藻机理
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蛋白质组学在食品非热杀菌中的应用研究进展 被引量：5
4
作者 钱静亚 张咪 +3 位作者 孙文敬 代春华 霍书豪 马海乐 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第3期288-294,共7页
蛋白质组学已用于研究各种应力条件下微生物的适应性和应激反应。非热杀菌由于能为消费者提供更为营养的食品而成为目前食品杀菌的研究热点,在非热杀菌条件下,微生物蛋白会发生一定变化,而这种变化与微生物失活又存在一定的联系,本文对... 蛋白质组学已用于研究各种应力条件下微生物的适应性和应激反应。非热杀菌由于能为消费者提供更为营养的食品而成为目前食品杀菌的研究热点,在非热杀菌条件下,微生物蛋白会发生一定变化,而这种变化与微生物失活又存在一定的联系,本文对蛋白质组学在食品非热杀菌中的应用进行综述,对于从分子生物学角度理解非热杀菌的机制具有重要意义。 展开更多
关键词 蛋白质组学 非热杀菌 差异蛋白 杀菌机制
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玉米杂交种与亲本苗期叶片差异表达蛋白谱分析 被引量：4
5
作者 郭宝健 隋志鹏 +5 位作者 李洋洋 冯万军 闫文文 李慧敏 孙其信 倪中福 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第14期3046-3054,共9页
【目的】建立玉米杂交种与亲本苗期叶片差异表达蛋白谱,探讨叶片大小杂种优势形成的分子机理。【方法】以玉米强优势杂交种Mo17/B73及其亲本发芽后第5天的第3片叶为材料,采用双向电泳技术(2-DE),结合MALDI TOF MS质谱技术,建立叶片细胞... 【目的】建立玉米杂交种与亲本苗期叶片差异表达蛋白谱,探讨叶片大小杂种优势形成的分子机理。【方法】以玉米强优势杂交种Mo17/B73及其亲本发芽后第5天的第3片叶为材料,采用双向电泳技术(2-DE),结合MALDI TOF MS质谱技术,建立叶片细胞分裂和生长关键区域的差异表达蛋白质谱,并对差异表达蛋白进行质谱鉴定。【结果】在检测到的630个蛋白质点中,有52个蛋白质点在杂交种与亲本之间的表达差异达到显著水平,表现为单亲沉默(15个)、偏高亲(13个)、偏低亲(8个)、杂种上调(6个)、杂种下调(7个)和杂种特异表达模式(3个)。另外,还成功鉴定出了其中的28个差异表达蛋白质点,涉及到代谢、胁迫响应、糖酵解、转录调控、蛋白折叠和降解、三羧酸循环、细胞骨架、发育及未知蛋白质等9个功能类别。【结论】玉米杂交种与亲本在蛋白丰度上存在明显的差异,并且差异表达蛋白涉及到多个功能类别,可能与玉米叶片大小杂种优势的形成有关。 展开更多
关键词 玉米 叶片大小 杂种优势 差异表达蛋白 分子机理
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ALV-J感染鸡骨髓细胞瘤中差异基因编码蛋白的互作网络分析 被引量：1
6
作者 杭柏林 李杰 +3 位作者 张慧辉 王倩倩 徐彦召 胡建和 《河南科技学院学报（自然科学版）》 2016年第3期39-42,共4页
禽白血病病毒感染后可以引起宿主发生肿瘤.研究肿瘤组织中差异表达基因编码蛋白的相互作用,对理解禽白血病病毒的致病机制具有重要意义.基于文献中J亚群禽白血病病毒感染鸡骨髓瘤组织中差异表达基因编码蛋白进行了网络互作在线分析.结... 禽白血病病毒感染后可以引起宿主发生肿瘤.研究肿瘤组织中差异表达基因编码蛋白的相互作用,对理解禽白血病病毒的致病机制具有重要意义.基于文献中J亚群禽白血病病毒感染鸡骨髓瘤组织中差异表达基因编码蛋白进行了网络互作在线分析.结果表明:差异表达基因编码蛋白之间存在着复杂的相互作用,其中SRC网络、FYN网络、MYC网络和ERBB4网络对J亚群禽白血病病毒的致瘤机制可能具有重要作用. 展开更多
关键词 J亚群禽白血病病毒 致瘤机制 差异基因编码蛋白 互作网络
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颅内动脉瘤壁差异蛋白在动脉瘤形成和破裂中的作用机制研究 被引量：2
7
作者 王宝龙 《北华大学学报（自然科学版）》 CAS 2016年第6期756-759,共4页
目的探讨差异蛋白(TM9SF1,AZU1)在颅内动脉瘤形成和破裂中的作用机制.方法收集26例颅内动脉瘤夹闭手术患者的动脉瘤血管壁组织,术中取同一患者头皮断裂(>2 mm)的颞浅动脉(STA)作对照,采用Western blot和免疫组化法分析TM9SF1,AZU1在... 目的探讨差异蛋白(TM9SF1,AZU1)在颅内动脉瘤形成和破裂中的作用机制.方法收集26例颅内动脉瘤夹闭手术患者的动脉瘤血管壁组织,术中取同一患者头皮断裂(>2 mm)的颞浅动脉(STA)作对照,采用Western blot和免疫组化法分析TM9SF1,AZU1在STA和颅内动脉瘤血管壁组织中的含量和表达差异.结果 Western blot显示:颅内动脉瘤血管壁组织中TM9SF1和AZU1含量较STA组织分别增加5.5,7.8倍,差异具有统计学意义(P<0.05).免疫组化显示:STA组织中TM9SF1,AZU1呈阴性或弱阳性表达,颅内动脉瘤血管壁组织中TM9SF1和AZU1呈阳性或强阳性表达,动脉瘤血管壁组织中TM9SF1,AZU1染色分级明显高于STA组织,差异具有统计学意义(P<0.05).结论 TM9SF1,AZU1可能参与了颅内动脉瘤发病的分子机制. 展开更多
关键词 差异蛋白 颅内动脉瘤 破裂 机制
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双氯芬酸钠对苏云金芽孢杆菌毒性的分子机制
8
作者 吴双 秦华明 叶锦韶 《中国环境科学》 EI CAS CSSCI CSCD 北大核心 2017年第12期4763-4770,共8页
为研究双氯芬酸钠对苏云金芽孢杆菌毒性的分子机制,使用基于iTRAQ的定量蛋白质组学技术为主要的研究方法,通过精确定量苏云金芽孢杆菌蛋白质含量并进行差异分析.本研究结果表明,双氯芬酸钠对苏云金芽孢杆菌的生长具有明显的抑制作用.分... 为研究双氯芬酸钠对苏云金芽孢杆菌毒性的分子机制,使用基于iTRAQ的定量蛋白质组学技术为主要的研究方法,通过精确定量苏云金芽孢杆菌蛋白质含量并进行差异分析.本研究结果表明,双氯芬酸钠对苏云金芽孢杆菌的生长具有明显的抑制作用.分析得到了17个差异表达蛋白,其中有5个上调蛋白,主要参与脂肪酸生物合成、DNA和RNA的合成,12个下调蛋白,涉及氧化磷酸化、丙酮酸代谢、糖酵解途径、磷酸戊糖途径和氨基酸代谢等.功能分析显示,双氯芬酸钠通过影响细胞代谢过程、细胞组成和蛋白质催化等方式抑制苏云金芽孢杆菌生长.在差异表达蛋白相互作用网络中,RpoA、RplM、RplL、Tuf、InfA 5个蛋白连接度较高,属于网络中的关键节点,可能起着重要的调控作用.研究结果表明双氯芬酸钠的处理影响了苏云金芽孢杆菌多条代谢途径,干扰不同的生物过程,揭示了双氯芬酸钠对苏云金芽孢杆菌毒性的分子机制,为深入评价双氯芬酸钠对生态安全及人类健康的影响提供了重要的参考意义. 展开更多
关键词 双氯芬酸钠 苏云金芽孢杆菌 差异表达蛋白 毒性 分子机制
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红芪多糖对老年性痴呆细胞模型损伤保护作用的差异蛋白质研究 被引量：11
9
作者 王磊 卫东锋 +5 位作者 李菲 周黔香 任建廷 张俊英 张占军 程卫东 《中药药理与临床》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期62-68,共7页
目的:研究红芪多糖对Aβ1-42诱导的AD细胞模型保护作用及差异蛋白质的影响。方法:采用Aβ1-42建立AD细胞模型,HRP作用48h后,收集细胞,提取细胞总蛋白。采用双向电泳方法建立SH-SY5Y细胞的蛋白表达谱,银染后扫描凝胶获得蛋白图谱。使用PD... 目的:研究红芪多糖对Aβ1-42诱导的AD细胞模型保护作用及差异蛋白质的影响。方法:采用Aβ1-42建立AD细胞模型,HRP作用48h后,收集细胞,提取细胞总蛋白。采用双向电泳方法建立SH-SY5Y细胞的蛋白表达谱,银染后扫描凝胶获得蛋白图谱。使用PD Quest软件分析找出模型组和HRP处理组间的差异蛋白点,计算差异蛋白的等电点和理论分子量,对差异明显的蛋白点进行质谱鉴定。采用生物信息学方法对鉴定成功的蛋白质进行蛋白-蛋白相互作用网络分析。结果:建立了SH-SY5Y神经细胞的双向电泳蛋白表达谱。差异分析结果显示,模型组与HRP处理组间有22个差异蛋白点。应用质谱方法成功鉴定了4个差异蛋白质,分别为胆碱激酶a、Rag调节蛋白复合体LAMTOR1、转录因子蛋白AP-2-δ和铁蛋白,且Rag调节蛋白复合体LAMTOR1与铁蛋白存在相互作用关系。结论:红芪多糖对AD细胞模型的保护作用与其能够调节胆碱激酶a、Rag调节蛋白复合体LAMTOR1、转录因子蛋白AP-2-delta和铁蛋白的表达密切相关。 展开更多
关键词 红芪多糖 老年性痴呆细胞模型 蛋白表达谱 差异蛋白质 作用机制
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红芪多糖对脑微血管内皮细胞氧化损伤保护作用的差异蛋白质研究 被引量：19
10
作者 杨杰 卫东锋 +2 位作者 李晓东 张占军 吕晓云 《中药药理与临床》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期113-118,共6页
目的:研究红芪多糖(Hedysari Radix polysaccharides,HRP)对氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)诱导的人脑微血管内皮细胞(Human bain microvascular endothelial cells,HBMEC)氧化损伤模型的保护作用及对其蛋白表达谱的影响。方法:采用50μg/ml ... 目的:研究红芪多糖(Hedysari Radix polysaccharides,HRP)对氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)诱导的人脑微血管内皮细胞(Human bain microvascular endothelial cells,HBMEC)氧化损伤模型的保护作用及对其蛋白表达谱的影响。方法:采用50μg/ml ox-LDL建立HBMEC氧化损伤模型,使用红芪多糖对细胞模型进行干预,药物作用24h后,采用MTT检测细胞存活率,倒置相差显微镜观察细胞形态。以40μg/ml的红芪多糖干预HBMEC氧化损伤模型24h后,使用细胞裂解液提取细胞总蛋白并纯化。应用双向凝胶电泳分离纯化后的细胞总蛋白,考马斯亮蓝染色后扫描细胞总蛋白图谱,使用PD Quest 8.0软件分析药物组与模型组间的差异蛋白点,应用质谱技术鉴定差异明显的蛋白点。结果:与氧化损伤模型组比较,红芪多糖组(40μg/ml)细胞存活率明显升高,细胞数目明显增多,细胞形态较模型组明显改善。红芪多糖组(40μg/ml)HBMEC细胞蛋白表达谱发生明显改变,分析得出11个差异蛋白点,采用质谱方法成功鉴定了7个差异蛋白质,分别为热休克蛋白70、谷胱甘肽合成酶、网腔钙结合蛋白、26S蛋白酶调节亚基、γ-烯醇酶、40S核糖体蛋白和78k Da葡萄糖调节蛋白,其中5个蛋白高表达,2个蛋白低表达。结论:红芪多糖对ox-LDL诱导的HBMEC氧化损伤模型具有明显保护作用,其机制与调节内质网应激及能量代谢、清除自由基、抑制细胞凋亡及抗氧化应激密切相关。 展开更多
关键词 红芪多糖 脑微血管内皮细胞 抗氧化应激 差异蛋白质
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