荔枝nrDNA ITS序列多态性分析 被引量：1

1

作者 黄小凤 袁叶 +2 位作者 余金昌 招胜坚 韦阳连 《中国野生植物资源》 CSCD 2022年第9期44-49,共6页

为了解荔枝nrDNA ITS序列多态性,对荔枝4个品种的nrDNA ITS序列进行克隆测序,分析其序列特征、核苷酸多态性、遗传距离、5.8S保守基序、二级结构最小自由能、系统发育树及rRNA二级结构等。结果表明,荔枝nrDNA ITS序列在品种间、品种内... 为了解荔枝nrDNA ITS序列多态性,对荔枝4个品种的nrDNA ITS序列进行克隆测序,分析其序列特征、核苷酸多态性、遗传距离、5.8S保守基序、二级结构最小自由能、系统发育树及rRNA二级结构等。结果表明,荔枝nrDNA ITS序列在品种间、品种内均存在多态性,同时包含假基因序列,表明其ITS序列逃离了致同进化。分子方差分析(AMOVA)显示,荔枝nrDNA ITS序列遗传变异主要来源于品种内。自然杂交可能是荔枝ITS序列产生多态性的主要原因。 展开更多

关键词 nrdna its 荔枝 假基因 多态性

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云南山茶(Camellia reticulata)nrDNA ITS序列多态性分析 被引量：13

2

作者 周阿涛 岳亮亮 +2 位作者 李旻 刘迪秋 丁元明 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期1-10,共10页

对云南山茶(Camellia reticulata)8个品种的核核糖体DNA内转录间隔区(nrDNA ITS)进行克隆测序,将获得的ITS序列进行GC含量、5.8S区二级结构的稳定性、替代模式、核苷酸多样性及系统发育关系的相关分析。实验结果显示,云南山茶8个品种的... 对云南山茶(Camellia reticulata)8个品种的核核糖体DNA内转录间隔区(nrDNA ITS)进行克隆测序,将获得的ITS序列进行GC含量、5.8S区二级结构的稳定性、替代模式、核苷酸多样性及系统发育关系的相关分析。实验结果显示,云南山茶8个品种的ITS序列存在丰富的基因组内多态性,同时包含中性进化的假基因,表明其ITS序列逃离了一致性进化。云南山茶ITS序列多态性的原因可能来自广泛的种间杂交,以及rDNA位点在基因组中有不确定的物理位置。ITS假基因为品种的物种形成研究提供了更全面的遗传证据,同时也提示了利用ITS假基因进行系统发育分析可能会对其真实的系统关系造成影响。 展开更多

关键词 云南山茶 nrdna its 多态性 假基因

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栽培种甘薯及其近缘野生种nrDNA ITS序列分析 被引量：7

3

作者 俞立璇 刘美艳 +5 位作者 曹清河 余益成 谢逸萍 罗永海 韩永华 李宗芸 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期40-49,共10页

采用核糖体DNA内转录间隔区（nrDNAITS）序列比较分析了甘薯及其近缘野生种的遗传多样性及系统进化关系，首次报道了栽培种甘薯‘徐薯18’（Ipomoea batatas‘Xushu 18’）及其近缘野生种I．triloba（DOM），I．cordatotriloba（MEX），... 采用核糖体DNA内转录间隔区（nrDNAITS）序列比较分析了甘薯及其近缘野生种的遗传多样性及系统进化关系，首次报道了栽培种甘薯‘徐薯18’（Ipomoea batatas‘Xushu 18’）及其近缘野生种I．triloba（DOM），I．cordatotriloba（MEX），I．nil（PER）。I．nil（JPN）。I．hederacea Jacq．（USA），f．hederacea Jacq．（HK）和种间杂交种67-1（I．batatas‘Xushu18’×I．hederacea Jacq．）及回交种（67-1×I．batatas‘Xushu18’）的nrDNAITS序列。序列分析表明，栽培种甘薯及其近缘野生种nrDNAITS序列长度为570-600bp。其中，ITS1序列为185～209bp，GC含量为53．11％～61．83％；ITS2序列为214-226bp，GC含量为61．21％-72．89％；5．8S序列均为165bp，GC含量为54．55％-55．76％。此外，栽培种甘薯及其近缘野生种ITS序列信息位点均集中在ITS1和ITS2区；与其他甘薯属植物相比，I．wrightii ITS2的末端缺失了6～8个碱基。系统进化分析表明，栽培种甘薯‘徐薯18’（I．batatas‘Xushu18’）和野生种I．triloba、I．cordatotriloba、I．ecunosa、I．trifida的亲缘关系较近，与I．wrightii、I．pes-tigridis、I．grandifolia、I．nil、I．hederaceaJacq．、I．pur-purea的亲缘关系较远；杂交后代与栽培种甘薯‘徐薯18’（I．batatas‘Xushu18’）亲缘关系较近，与野生种父本I．hederaceaJacq．的亲缘关系较远。 展开更多

关键词 甘薯 nrdna its BLAST 遗传距离 系统发育树

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不同产区厚朴nrDNA ITS序列分析及亲缘关系鉴定 被引量：15

4

作者 王洁 杨旭 杨志玲 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期35-41,共7页

以陕西、四川、浙江、重庆、福建、广西主产区的11个种源厚朴为材料,采用PCR直接测序法,测定不同产区厚朴的核糖体DNA ITS区序列,并结合GeneBank中相关植物的ITS序列(以同属近缘物种辛夷为外类群),应用Kimura-2遗传距离与NJ系统树分析... 以陕西、四川、浙江、重庆、福建、广西主产区的11个种源厚朴为材料,采用PCR直接测序法,测定不同产区厚朴的核糖体DNA ITS区序列,并结合GeneBank中相关植物的ITS序列(以同属近缘物种辛夷为外类群),应用Kimura-2遗传距离与NJ系统树分析法对不同产区厚朴的亲缘关系进行分析。结果表明:11个产区厚朴的ITS全序列长度介于593～600bp,其中,ITS1长度为214～217bp,G+C含量为54.42%～55.35%,ITS2长度为215～219bp,G+C含量为59.82%～60.95%;ITS序列共有36个变异位点,均出现在ITS1(7个)和ITS2(29个)序列中,虽然位点变异与部分叶形变化出现吻合,但无必然联系;序列间遗传分化距离为0.000～0.02792,11个产区厚朴构成3个分支,显示出产区间厚朴的亲缘关系,其中陕西洋县(SXYX)、陕西西乡(SXXX)、福建武夷山(FJWYS)及四川彭州(SCPZ)四个产区ITS序列完全一致。nrDNA ITS序列分析可作为厚朴不同产区亲缘关系鉴定的手段。 展开更多

关键词 nrdna its序列 厚朴 系统聚类 亲缘关系

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基于nrDNA ITS序列东北地区丁香属植物的系统发育关系 被引量：5

5

作者 李艳萍 魏继承 +1 位作者 何淼 卓丽环 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期45-47,共3页

通过nrDNA ITS测序分析,对东北地区的丁香属内11个种的系统发育关系进行了初步的研究。依据ITS序列中的信息位点,应用系统发育分析软件MEGA2.1构建的分子系统树,在一定程度上支持了传统的依形态特征进行的分类。但该系统树对于属下各分... 通过nrDNA ITS测序分析,对东北地区的丁香属内11个种的系统发育关系进行了初步的研究。依据ITS序列中的信息位点,应用系统发育分析软件MEGA2.1构建的分子系统树,在一定程度上支持了传统的依形态特征进行的分类。但该系统树对于属下各分支间的关系作出了与传统的形态分类方法不同的推断:与在形态分类中不同,短花冠亚属(Ligustrina)并未与其余种构成姐妹群关系,而是和巧玲花系(Pubescentes)关系最近,二者组成的分支与欧丁香系(Vulgares)形成姐妹群关系;顶生花序系(Villosae)是系统树中的基部分支。 展开更多

关键词 丁香属 nrdna its 系统发育

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苏铁nrDNA ITS区的序列多态性:不完全致同进化的证据 被引量：10

6

作者 肖龙骞 朱华 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期476-481,共6页

本研究对苏铁(Cycas revoluta)nrDNAITS进行克隆测序,并以cDNAITS为参照,比较分析获得的序列的碱基变异、GC含量、5.8S二级结构的稳定性和5.8S保守基序的有无以及系统发育关系。结果发现苏铁nrDNAITS存在较高的基因组内多样性,同时,这... 本研究对苏铁(Cycas revoluta)nrDNAITS进行克隆测序,并以cDNAITS为参照,比较分析获得的序列的碱基变异、GC含量、5.8S二级结构的稳定性和5.8S保守基序的有无以及系统发育关系。结果发现苏铁nrDNAITS存在较高的基因组内多样性,同时,这些分化的nrDNAITS拷贝中包含有假基因的存在,而且假基因与功能拷贝之间已经形成了较大的遗传分化,这暗示假基因起源有较长历史。苏铁核仁组织区不仅多达16个,而且分布在13条染色体上,这可能是其nrDNAITS致同进化不完全的主要原因。 展开更多

关键词 Cycasrevoluta nrdna its 致同进化 假基因 多态性

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植物nrDNA ITS致同进化不完全现象及其进化意义 被引量：6

7

作者 肖龙骞 朱华 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第8期1708-1713,共6页

nrDNA是个多基因家族,在基因内往往有成千上万的拷贝,但通常只包含有一种序列,即所谓致同进化。因此,nrDNA ITS被广泛应用于植物系统与进化研究当中。近年来,部分研究发现,一些植物类群的基因组内nrDNA ITS也存在着较高的多样性,即致同... nrDNA是个多基因家族,在基因内往往有成千上万的拷贝,但通常只包含有一种序列,即所谓致同进化。因此,nrDNA ITS被广泛应用于植物系统与进化研究当中。近年来,部分研究发现,一些植物类群的基因组内nrDNA ITS也存在着较高的多样性,即致同进化不完全现象。该文就裸子植物和被子植物中nrDNA ITS存在致同进化不完全现象的原因和特点,nrDNA ITS假基因的识别,以及其进化意义等进行了综述。 展开更多

关键词 nrdna its 致同进化 假基因 进化

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金银花nrDNA ITS区聚合酶链反应条件的研究 被引量：3

8

作者 王冲之 李娟 李萍 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期303-306,共4页

目的 :金银花nrDNAITS区序列G +C含量为 6 8% ,用常规的PCR方法扩增效果差。本研究通过改变扩增程序及使用改性剂的方法显著提高了金银花nrDNAITS区的扩增效率。方法 :分别从金银花叶及药材中提取总DNA ,通过优化扩增条件 ,对nrDNAITS... 目的 :金银花nrDNAITS区序列G +C含量为 6 8% ,用常规的PCR方法扩增效果差。本研究通过改变扩增程序及使用改性剂的方法显著提高了金银花nrDNAITS区的扩增效率。方法 :分别从金银花叶及药材中提取总DNA ,通过优化扩增条件 ,对nrDNAITS区进行扩增 ,并比较了两种优化方法的差别及适应性。方法 1:提高变性温度至 97℃ ;方法 2 :添加混合改性剂 (DMSO 4 % 甘油 10 % )。结果 :与方法 1相比 ,方法 2可降低变性温度 5℃ ,升高退火温度 9℃ ,降低镁离子浓度至 0 .5mmol/L ,降低TaqDNA聚合酶用量至 0 .1U(30 μl体系 ) ,PCR产物量显著提高 ,且可消除植物DNA粗提物中杂质的干扰。结论 :通过提高退火温度及添加改性剂可克服高G +C含量金银花nrDNAITS区序列扩增的困难 ,该方法的建立有助于解决植物来源DNA模板的PCR扩增问题。 展开更多

关键词 金银花 nrdna its区 高G+C含量 PCR扩增 反应条件优化

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蜡梅科(Calycanthaceae)若干植物nrDNA ITS序列PCR反应条件分析 被引量：3

9

作者 赵凯歌 陈龙清 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第S2期29-31,28,共4页

该文旨在探讨适合于扩增蜡梅科植物ITS序列的PCR反应条件。试验中设计了2个新引物来扩增整个核糖体RNA基因(nrDNA)的ITS序列,进行了4种引物组合、2种扩增程序、7种Mg^(2+)浓度、4种dNTP浓度和3种二甲基亚砜浓度的比较。结果表明:当反应... 该文旨在探讨适合于扩增蜡梅科植物ITS序列的PCR反应条件。试验中设计了2个新引物来扩增整个核糖体RNA基因(nrDNA)的ITS序列,进行了4种引物组合、2种扩增程序、7种Mg^(2+)浓度、4种dNTP浓度和3种二甲基亚砜浓度的比较。结果表明:当反应体系中Mg^(2+)浓度为1.8 mmol/L,dNTP为2 mmol/L,含5%二甲基亚砜,扩增时先进行两步预扩增,反应效果最好。文中还对引物的设计进行了探讨,认为当所选用的植物可能有寄生真菌时,最好不用与真菌同源的引物。最后提出了几点引物设计的注意事项。 展开更多

关键词 CALYCANTHACEAE nrdna its (internal transcribed spacer) region PCR reaction condition

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杂草稻nrDNA ITS片段的PCR扩增条件优化及测定 被引量：1

10

作者 刘志文 韩旭 +3 位作者 周索童 王丽 李宪臻 陈温福 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2008年第6期168-170,共3页

对杂草稻的nrDNA ITS片段的PCR扩增条件进行了优化并测定,建立的PCR最优体系为:20μL反应体系含1μL模板DNA,0.125 mmol/L dNTPs,0.5μmol/L正反向引物,1 UTaq酶,2.0μL 10×TaqPCR Buffer;退火温度为57℃。这样的条件下充分保证了I... 对杂草稻的nrDNA ITS片段的PCR扩增条件进行了优化并测定,建立的PCR最优体系为:20μL反应体系含1μL模板DNA,0.125 mmol/L dNTPs,0.5μmol/L正反向引物,1 UTaq酶,2.0μL 10×TaqPCR Buffer;退火温度为57℃。这样的条件下充分保证了ITS PCR产物的质量和纯度要求,直接测序结果为600 bp左右,与网上结果十分类似,表明结果准确可靠。这些ITS片段的系统学信息将为杂草稻的起源进化提供有力的分子水平证据。 展开更多

关键词 杂草稻 nrdna its PCR扩增条件 测序

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对东亚广义三岛柴胡的再认识及GenBank中几个有疑问nrDNA ITS序列的评价(英文) 被引量：2

11

作者 王长宝 马祥光 何兴金 《江苏师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2013年第1期64-73,共10页

基于最大似然法和贝叶斯分析,我们对包括9种42居群东亚广义三岛柴胡在内的柴胡属23种53居群植物的nrITS序列进行了系统发育分析.两种方法得到了相似的系统树,结果显示,东亚广义三岛柴胡并不是一个单系类群,48个内类群被分成两组:第1组的... 基于最大似然法和贝叶斯分析,我们对包括9种42居群东亚广义三岛柴胡在内的柴胡属23种53居群植物的nrITS序列进行了系统发育分析.两种方法得到了相似的系统树,结果显示,东亚广义三岛柴胡并不是一个单系类群,48个内类群被分成两组:第1组的5个分支包括了广义三岛柴胡的大部分类群,并与《中国植物志》的处理一致.2n=26的所谓亚洲三岛柴胡与2n=16的欧洲狭义三岛柴胡是不同的种.第2组则主要包括了分布于中国西南的竹叶柴胡与欧洲的狭义三岛柴胡.根据本研究结果及前人的工作,我们认为,东亚广义三岛柴胡起源于两条不同的谱系.文章最后对当前GenBank上传的广义三岛柴胡中的一些有疑问nrITS序列进行了评价. 展开更多

关键词 广义三岛柴胡 nrdna its序列 再认识 评价

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麻疯树种质资源nrDNA ITS序列的遗传分析

12

作者 张剑亮 王丽 +4 位作者 郑锦荣 何琴 曹干 韩福光 李智军 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期36-39,共4页

通过PCR扩增并测序分析了18份不同地理来源的麻疯树种质资源的nrDNA ITS序列,为今后麻疯树优良种源的选择和开发利用提供理论依据.测序结果表明,麻疯树各种质资源的ITS序列为648～649 bp,G＋C含量在64.10％～64.71％之间;各资源的遗传... 通过PCR扩增并测序分析了18份不同地理来源的麻疯树种质资源的nrDNA ITS序列,为今后麻疯树优良种源的选择和开发利用提供理论依据.测序结果表明,麻疯树各种质资源的ITS序列为648～649 bp,G＋C含量在64.10％～64.71％之间;各资源的遗传距离为0.000～0.069,平均值仅为0.010.进化树分析表明,18个麻疯树种质资源基本上聚为1类,没有得到具有较高支持率的分支,且各资源的遗传差异系数极低.本研究结果再次证实麻疯树种质资源的遗传基础偏窄,遗传变异小. 展开更多

关键词 麻疯树 nrdna its 遗传多样性 遗传基础

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杜氏赖草(Leymus duthiei)及杜氏赖草长芒变种(Leymus duthiei var. longearistatus)的nrDNA ITS序列分析

13

作者 凡星 廖莎 +3 位作者 罗春莲 康厚扬 张海琴 周永红 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2010年第3期265-270,共6页

本研究对杜氏赖草(Leymus duthiei)及杜氏赖草长芒变种(Leymus duthiei var.longearistatus)的nrDNA ITS进行多克隆测序,探讨ITS序列在其个体内的多样性和个体间的遗传分化。序列多态性、基因谱系和rRNA基因二级结构分析表明:①由于致... 本研究对杜氏赖草(Leymus duthiei)及杜氏赖草长芒变种(Leymus duthiei var.longearistatus)的nrDNA ITS进行多克隆测序,探讨ITS序列在其个体内的多样性和个体间的遗传分化。序列多态性、基因谱系和rRNA基因二级结构分析表明:①由于致同进化作用,ITS序列在L. duthiei和L.duthiei var. longearistatus中可能朝Ns基因组一方发生偏向;③致同进化的驱动力可能促使不同的ITS拷贝序列在L.duthiei var. longearistatus中比在L. duthiei中更趋于一致;③ITS序列在L.duthiei和L. duthiei var. longearistatus中的遗传分化可能与它们的地理隔离有关。 展开更多

关键词 杜氏赖草 杜氏赖草长芒变种 nrdna its 致同进化

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不同地区大果沙枣nrDNA ITS比较及系统发育分析

14

作者 何懿菡 吕晓旭 《青海师范大学学报（自然科学版）》 2012年第2期55-58,共4页

对从GenBank搜取的12条大果沙枣nrDNA ITS序列变异进行了比较分析,发现大果沙枣的ITS长度在663～666bp之间,12条大果沙枣ITS序列共有23个变异位点,其中ITS1、ITS2变异位点多,分布为10个和11个,5.8S片段最为保守仅有2个突变位点.ITS全长... 对从GenBank搜取的12条大果沙枣nrDNA ITS序列变异进行了比较分析,发现大果沙枣的ITS长度在663～666bp之间,12条大果沙枣ITS序列共有23个变异位点,其中ITS1、ITS2变异位点多,分布为10个和11个,5.8S片段最为保守仅有2个突变位点.ITS全长及ITS1、5.8S、ITS2的GC含量都高于AT含量.分别采用邻接法(Neighbor-Joining)和最大简约法(Mini-mum Evolution)构建的ITS全长系统发育树显示,相同地区的大果沙枣并没有完全聚在一起,新疆和甘肃地区的聚类在一起,额济纳和外蒙古的相似性低,宁夏中卫大果沙枣位于系统树的基部,是最先分化的个体. 展开更多

关键词 大果沙枣 nrdna its序列 系统发育分析

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四照花亚属的nrDNA ITS致同进化不完全 被引量：4

15

作者 胡兆锋 向秋云 黄宏文 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期29-37,共9页

四照花亚属（Cornus subg. Syncarpea）隶属于山茱萸科山茱萸属（Cornus）,我国该亚属共有5种8亚种。为探讨四照花亚属nrDNA ITS序列的致同进化不完全现象及假基因产生的可能原因,分析了该亚属4种（每种1～2个居群）共21个个体的nrDNA ... 四照花亚属（Cornus subg. Syncarpea）隶属于山茱萸科山茱萸属（Cornus）,我国该亚属共有5种8亚种。为探讨四照花亚属nrDNA ITS序列的致同进化不完全现象及假基因产生的可能原因,分析了该亚属4种（每种1～2个居群）共21个个体的nrDNA ITS序列。结果表明,这些类群的nrDNA ITS存在多态性,通过分析这些nrDNA ITS克隆序列的G＋C含量、5.8S保守基序和二级结构最小自由能,推测其可能存在假基因。系统发育研究结果显示所有nrDNA ITS序列分成5个分支,同一个体的不同拷贝被分别置于两个甚至多个分支中,且不同分支显示了不同种间关系。四照花亚属物种个体内部存在nrDNA ITS不完全致同进化,可能归咎于不完全的世系分选（incomplete lineage sorting）、种间杂交或多倍化等进化事件,从而导致基因组内nrITS区序列出现多态性,同时也导致难以通过外部形态来划分亚属内种间界限。 展开更多

关键词 四照花亚属 nrdna its 致同进化不完全进化 假基因

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枸杞属植物nrDNA ITS致同进化不完全 被引量：3

16

作者 张娇 聂颖兰 +2 位作者 郭威 钱丹 黄璐琦 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期525-532,共8页

为探讨枸杞属(Lycium)nrDNA ITS序列致同进化不完全现象及假基因问题,本研究以cDNA ITS为参照,对枸杞属栽培品种的ITS进行测序。综合GenBank数据库获取的44条枸杞属ITS序列进行分析。考察碱基变异、GC含量、5.8S保守基序、二级结构最小... 为探讨枸杞属(Lycium)nrDNA ITS序列致同进化不完全现象及假基因问题,本研究以cDNA ITS为参照,对枸杞属栽培品种的ITS进行测序。综合GenBank数据库获取的44条枸杞属ITS序列进行分析。考察碱基变异、GC含量、5.8S保守基序、二级结构最小自由能、进化模式及系统发育关系等对枸杞属的ITS多态性和假基因进行鉴定。结果表明,枸杞属植物内存在明显的ITS多态性,植物种间及个体内存在致同进化不完全现象,144条序列中共83条序列被鉴定为假基因序列。本研究首次对枸杞属ITS多态性和假基因进行了较为系统地检验,阐述了枸杞属ITS假基因特性,评估了假基因对枸杞属系统进化的影响。为ITS序列用于枸杞属种质资源研究和DNA条形码鉴别研究等提供了参考。 展开更多

关键词 枸杞属 nrdna its 多态性 致同进化不完全 假基因

原文传递

亚洲系百合九个品种的亲缘关系研究——来自nrDNAITS证据 被引量：7

17

作者 虞泓 毛钧 +3 位作者 瞿素萍 熊丽 李永谊 和锐 《西南农业学报》 CSCD 2005年第4期387-391,共5页

对亚洲系百合9个品种的nrDNA的内转录间隔区(ITS)进行了PCR扩增和产物直接测序,扩增出约670bp的序列(ITS1、5.8S和ITS2及部分18S和26SrRNA基因片段)。选取亚洲系百合祖先种泸定百合和岷江百合等6个野生种序列为参考外类群,确定其ITS全序... 对亚洲系百合9个品种的nrDNA的内转录间隔区(ITS)进行了PCR扩增和产物直接测序,扩增出约670bp的序列(ITS1、5.8S和ITS2及部分18S和26SrRNA基因片段)。选取亚洲系百合祖先种泸定百合和岷江百合等6个野生种序列为参考外类群,确定其ITS全序列(ITS1、5.8S和ITS2)的长度约为627bp,并根据nrRNAITS区碱基序列差异计算品种间的遗传距离和构建UPGMA系统树,探讨了9个百合品种之间的亲缘关系。 展开更多

关键词 亚洲系百合 品种 nrdna its

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蒙古扁桃nrDNA ITS和cpDNA trnH-psbA序列分子进化特点研究 被引量：4

18

作者 段义忠 王建武 +1 位作者 亢福仁 李娟 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期3035-3041,共7页

通过对蒙古扁桃16个居群的叶绿体DNA（cpDNA）的trnH-psbA及nrDNAITS序列进行测序,对两种序列进化速率、核苷酸多样性及单倍型系统发育关系进行了初步研究。结果表明：蒙古扁桃cpDNAtrnH-psbA序列总长度为306bp,共得到52处变异位点,变... 通过对蒙古扁桃16个居群的叶绿体DNA（cpDNA）的trnH-psbA及nrDNAITS序列进行测序,对两种序列进化速率、核苷酸多样性及单倍型系统发育关系进行了初步研究。结果表明：蒙古扁桃cpDNAtrnH-psbA序列总长度为306bp,共得到52处变异位点,变异率达到17.05%,共检测到11种单倍型;nrDNAITS序列总长度为662bp,共得到6处变异位点,变异率达为0.91%,共检测到9种单倍型。经比较发现,蒙古扁桃nrDNAITS序列较cpDNAtrnH-psbA序列保守,变异速率较慢。cpDNAtrnH-psbA及nrDNAITS序列单倍型系统发育关系的各支系的支持率均较高。 展开更多

关键词 蒙古扁桃 CPDNA trnH-psbA序列 nrdna its序列 进化特点

原文传递

新疆银叶真藓居群nrDNA ITS序列的遗传分化 被引量：4

19

作者 汪琛颖 买买提明.苏来曼 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期1426-1435,共10页

银叶真藓是世界广布种。对于分布在中国新疆维吾尔自治区不同地理居群的银叶真藓的遗传结构及遗传多样性的研究还未见报道。本研究以采集的新疆地区18个居群的银叶真藓共47株植物样品,采用改良的快速提取法提取随机单株植物总DNA,运用... 银叶真藓是世界广布种。对于分布在中国新疆维吾尔自治区不同地理居群的银叶真藓的遗传结构及遗传多样性的研究还未见报道。本研究以采集的新疆地区18个居群的银叶真藓共47株植物样品,采用改良的快速提取法提取随机单株植物总DNA,运用分子生物学技术分析银叶真藓居群的遗传多样性。研究结果表明:新疆不同地理居群银叶真藓nrDNA ITS序列可分为35种单倍型,存在537个变异位点;分子变异分析(AMOVA)显示有88.76%的遗传变异发生在居群间水平,居群内部的遗传变异为11.24%,银叶真藓居群间的遗传分化程度大于居群内的遗传分化。居群遗传变异的分化系数(Fst)为0.887 59,基因流值(Nm)为0.063 3,由于Nm值小于1,可以说明各居群间的基因流低。单倍型多态性水平(Hd)为0.982±0.010,核苷酸多态性水平(Pi)为0.170 87±0.028 67。 展开更多

关键词 银叶真藓 nrdna its 遗传分化

原文传递

运用nrDNAITS数据研究角叉菜属(Chondrus)在红藻门中的系统进化地位

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作者 胡自民 Alan T.Critchley 段德麟 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期753-760,共8页

测定了角叉菜属(Chondrus)5个代表种的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8SrDNA基因序列。结果表明,角叉菜属ITS区(含ITS1、5.8SrDNA和ITS2)序列长度范围为704—714bp,G+C含量为44.6%—45.7%,变异位点69个,信息位点16个;其中,ITS1和ITS2... 测定了角叉菜属(Chondrus)5个代表种的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)及5.8SrDNA基因序列。结果表明,角叉菜属ITS区(含ITS1、5.8SrDNA和ITS2)序列长度范围为704—714bp,G+C含量为44.6%—45.7%,变异位点69个,信息位点16个;其中,ITS1和ITS2的长度范围分别为147—149bp和398—404bp。5.8SrDNA长度为158bp,没有变异和信息位点。由MEGA3构建的系统进化树(ME和MP)显示:在进化尺度上,真红藻纲的松节藻科(Rhodomelaceae)与红毛菜纲(Bangiophyceae)亲缘关系较近。在真红藻纲内,杉藻目(Gigartinales)的进化地位相对较高,其次是海膜科(Halymeniaceae)、石花菜科(Gelidiaceae)、红叶藻科(Delesseriaceae)和粉枝藻科(Liagoraceae)等,而松节藻科进化地位相对较低。在杉藻目内,杉藻科(Gigartinaceae)和胶黏藻科(Dumontiaceae)进化关系密切,而形态学特征相似的角叉菜和马泽藻(Mazzaella)亲缘关系非常近。 展开更多

关键词 角叉菜 红藻 系统进化 nrdna its 支系发育

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