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淋球菌por,tbpB基因序列变异和系统进化探讨 被引量：3
1
作者 黄美容 黄健 +3 位作者 闵迅 杨昌伟 张绍基 颜利江 《中国皮肤性病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第12期1221-1223,1247,共4页
目的分析遵义地区淋球菌por,tbp B基因序列变异及系统进化关系。方法对淋球菌por,tbp B基因进行测序鉴定,利用NG-MAST分型法对por,tbp B基因进行比对编号。用MEGA5.22软件中的邻接法构建系统发育树,并以Kimura 2-parameter模型计算序列... 目的分析遵义地区淋球菌por,tbp B基因序列变异及系统进化关系。方法对淋球菌por,tbp B基因进行测序鉴定,利用NG-MAST分型法对por,tbp B基因进行比对编号。用MEGA5.22软件中的邻接法构建系统发育树,并以Kimura 2-parameter模型计算序列间的遗传距离;Felsenstein法计算同义替换率(dS)和非同义替换率(dN)。以RDP3软件对por,tbp B基因中的基因重组事件进行分析。结果 65株淋球菌共鉴定出19种por基因型和22种tbp B基因型。19种por基因型被划分为2个进化簇群,基因间平均遗传距离0.09。22种tbp B基因型被划分为3个进化簇群,基因间平均遗传距离0.13。por,tbp B基因的dN<dS。在tbp B基因中检测出8个基因重组事件,而por基因仅有1个。结论本地区淋球菌por基因与tbp B基因的进化速度与方式存在一定差异,其中tbp B基因主要以基因重组的方式参与进化,por基因则可能以突变或缺失的方式参与进化。纯选择作用是维持本地区por,tbp B基因多态性的重要机制。 展开更多
关键词 淋球菌 por基因 tbpB基因 系统进化
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副猪嗜血杆菌tbpB基因的PCR-RFLP分型
2
作者 李淑芳 龚玉梅 +3 位作者 侯娜 赵成全 赵兴绪 张培君 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第7期56-61,共6页
本研究应用生物学软件Vector NTI对副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)的转铁结合蛋白tbpB进行基因分型研究,通过选择AluⅠ、AvaⅡ和RsaⅠ3种限制性内切酶对15株Hps标准株和12株分离株的tbpB基因进行RFLP分析。经过生物学软件Vecto... 本研究应用生物学软件Vector NTI对副猪嗜血杆菌(Haemophilus parasuis,Hps)的转铁结合蛋白tbpB进行基因分型研究,通过选择AluⅠ、AvaⅡ和RsaⅠ3种限制性内切酶对15株Hps标准株和12株分离株的tbpB基因进行RFLP分析。经过生物学软件Vector NTI精确分型,标准株得到了11个基因型,其中基因型Ⅰ(AAA)包括血清型1、3和15,Ⅱ(BBB)包括血清型2、9和11;分离株的分型产生了10种基因型,其中6种为新的基因型。这一结果证实了Hps流行株的多样性,说明该方法对于猪革拉泽氏病流行病学规律的研究具有实用意义,同时,需要对更多的分离株做进一步的研究。 展开更多
关键词 副猪嗜血杆菌 tbpB基因 PCR—RFLP 生物学软件Vector NTI
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