应用简单序列重复区间扩增多态性分子标记鉴定我国12个城市与地区常见嗜尸蝇类的研究 被引量：2

1

作者 胡佳林 郑学礼 +2 位作者 王倩 陈晓光 黄勇平 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期524-528,共5页

目的探讨应用ISSR分子标记鉴定我国不同地区常见嗜尸蝇类,分析其亲源关系及基因差异。方法采集广州、深圳、阳江、南京、长春、宜昌、北京、武汉等12个城市与地区常见嗜尸蝇类:家蝇(Musca domestica),丝光绿蝇(Lucilia sericata),大头金... 目的探讨应用ISSR分子标记鉴定我国不同地区常见嗜尸蝇类,分析其亲源关系及基因差异。方法采集广州、深圳、阳江、南京、长春、宜昌、北京、武汉等12个城市与地区常见嗜尸蝇类:家蝇(Musca domestica),丝光绿蝇(Lucilia sericata),大头金蝇(Chrysomyia megacephala),黑尾麻蝇(Helicophagella melanura),棕尾别麻蝇(Boetthcherisca peregrina)。设计22个ISSR引物,对采集的蝇类基因组DNA进行PCR扩增,从中筛选出8个引物用于我国不同地区法医蝇类的鉴定,进行ISSR分析,用PAUP聚类分析软件绘制聚类图。结果8种ISSR引物鉴定我国部分城市与地区5种蝇类,总共扩增样品次数为121,可放大679个清晰和稳定的带,其中516个是多态性。结果表明我国不同城市与地区的家蝇、大头金蝇、丝光绿蝇、棕尾麻蝇、黑尾麻蝇分别呈现不同带谱,不同地区的家蝇呈现种内与地域多态性的遗传带谱,而5种腐尸性蝇种间呈现完全不同的带谱,发现种特异性的片段。聚类分析结果显示:10个不同地区的家蝇聚类为一棵分枝树,细分为4个不同层次的类群,不同地区的大头金蝇、丝光绿蝇的绝大多数种类聚类在一起,亦存在种内基因型与地理株的基因组DNA差异。结论应用ISSR技术,首次对我国12个城市和地区的常见嗜尸蝇类做出鉴定,揭示我国10个城市与地区的家蝇种类存在种内基因型和遗传的差异;不同地区的大头金蝇、丝光绿蝇亦存在种内基因型与地理株基因组DNA的差异。 展开更多

关键词 法医昆虫 中国不同地区 嗜尸蝇 分子标记 简单序列重复区间扩增多态性

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简单重复序列标记和序列相关扩增多态性标记在草莓遗传多样性分析中的比较 被引量：9

2

作者 忻雅 方献平 +4 位作者 王淑珍 童建新 来文国 汪建荣 余红 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期278-287,共10页

利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplifiedpolymorphism,SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态... 利用简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)和序列相关扩增多态性(sequence related amplifiedpolymorphism,SRAP)标记分析了来自国内外43个草莓品种的遗传多样性,并比较了这2种分子标记的效果差异。结果表明:30对SSR引物平均多态性位点数为6.43个,每个位点的平均多态性信息含量(polymorphisminformationcontent,PIC)值为0.6284;20个SRAP引物组合平均多态性位点数为14.30个,PIC值高达0.9114。基于SSR标记的聚类结果与基于SRAP标记的聚类结果的相关系数为0.817,呈显著水平。而SSR标记、SRAP标记分别与SSR+SRAP联合标记的相关系数为0.938和0.966,都达到极显著水平。SSR和SRAP标记都能较好地分析草莓遗传多样性,其中SRAP标记的效果略优于SSR标记,而SSR+SRAP联合标记分析则能更好地评估种质的遗传多样性和亲缘关系。 展开更多

关键词 草莓 简单重复序列 序列相关扩增多态性 遗传多样性

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红树植物海桑简单重复序列区间(ISSR)条件的优化 被引量：55

3

作者 李海生 陈桂珠 《广东教育学院学报》 2004年第2期80-83,共4页

海桑(Sonneratiacaseolaris(L.)Engler)是海桑科一种重要的红树植物.为利用ISSR分子标记研究海桑的遗传多样性,对影响ISSR PCR的多个因素,包括Taq酶的用量、Mg2+浓度和dNTP浓度、引物浓度及其退火温度、模板DNA浓度等进行研究,确定了海... 海桑(Sonneratiacaseolaris(L.)Engler)是海桑科一种重要的红树植物.为利用ISSR分子标记研究海桑的遗传多样性,对影响ISSR PCR的多个因素,包括Taq酶的用量、Mg2+浓度和dNTP浓度、引物浓度及其退火温度、模板DNA浓度等进行研究,确定了海桑ISSR PCR分析的最适条件:10μLPCR反应体积中,10×buffer(100mmol·L-1KCl,80mmol·L-1(NH4)2SO4,100mmol·L-1Tris HCl,pH9.0,0.5%NP 40)1μL,0.35UTaq酶,2～3.75mmol·L-1Mg2+,300μmol·L-1dNTP,0.3μmol·L-1引物,10ng模板DNA. 展开更多

关键词 红树植物 海桑 遗传多样性 ISSR “简单重复序列区间扩增多态dna” 分子标记技术

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基于RAPD和SSR分子标记的家蚕部分实用品种多态性及其亲缘关系分析 被引量：11

4

作者 姜振 蔡明文 +2 位作者 徐世清 房丽秀 司马杨虎 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期157-164,共8页

分子标记是生物系统进化和亲缘关系分析的重要手段。利用RAPD和SSR标记对12个家蚕实用品种的基因组DNA进行多态性分析和聚类分析。采用21条RAPD引物对12个品种的基因组DNA扩增产生的清晰稳定条带数为196条,其中多态性片段143条,多态位... 分子标记是生物系统进化和亲缘关系分析的重要手段。利用RAPD和SSR标记对12个家蚕实用品种的基因组DNA进行多态性分析和聚类分析。采用21条RAPD引物对12个品种的基因组DNA扩增产生的清晰稳定条带数为196条,其中多态性片段143条,多态位点比例72.96%,品种间的遗传距离在0.157～0.352之间。采用32条SSR引物对12个品种的基因组DNA扩增产生的片段数为86条,其中多态性带80条,多态性位点比例93.02%,遗传距离在0.214～0.600之间。对12个家蚕品种的2种分子标记的单独聚类结果表现出一定差异,但均把12个品种分为中系、日系两大类,其中7532和湘晖、871和57B的亲缘关系较近,而传统分类于中系品种东34却聚类于日系,但又独立于其余6个日系品种。结合RAPD标记和SSR标记的12个品种间的遗传距离与聚类结果,更能准确地从分子水平上反映品种间的亲缘关系及其来源,是家蚕杂交育种亲本选择的依据。 展开更多

关键词 家蚕实用品种 dna多态性 随机扩增多态性dna 简单重复序列

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17份蔷薇属植物的亲缘关系的形态学和ISSR分析 被引量：9

5

作者 杨帆 曾丽 +5 位作者 叶康 赵子刚 张嫔 龚霄雯 尹勤 孙强 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期193-198,共6页

利用ISSR分子标记结合形态学指标对17份蔷薇属植物进行亲缘关系研究,采用NTSYS2.1进行聚类分析。结果表明:13个引物共扩增出479条带,其中有221条多态带,多态性比例为46.1%;根据形态学聚类分析,在相似系数为0.12时17份蔷薇属植物可分为三... 利用ISSR分子标记结合形态学指标对17份蔷薇属植物进行亲缘关系研究,采用NTSYS2.1进行聚类分析。结果表明:13个引物共扩增出479条带,其中有221条多态带,多态性比例为46.1%;根据形态学聚类分析,在相似系数为0.12时17份蔷薇属植物可分为三类,第一类包括‘宝岛玫瑰’、‘索菲之常花种’、‘凯拉伯爵夫人’、‘索菲的玫瑰’、‘藤神奇’、‘大富贵’、‘美人鱼’、‘金瓯泛绿’、‘金粉莲’和‘一季粉’;第二类包括‘绿萼’、‘湖中月’、‘羽士妆’、‘杨基歌’、‘四面镜’和‘匍匐红’;‘法国变色蔷薇’为第三类。根据ISSR聚类分析,在相似系数为0.66时可分为四类,第一类为‘宝岛玫瑰’;第二类为‘绿萼’、‘匍匐红’、‘凯拉伯爵夫人’、‘美人鱼’、‘四面镜’、‘湖中月’和‘羽士妆’;第三类为‘索菲的玫瑰’和‘杨基歌’;第四类为‘法国变色蔷薇’、‘金瓯泛绿’、‘藤神奇’、‘索菲之常花种’、‘一季粉’、‘大富贵’和‘金粉莲’。形态学聚类与ISSR聚类结果基本一致。 展开更多

关键词 蔷薇属 亲缘关系 简单重复序列区间扩增多态性(ISSR)

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用分子标记技术分析不同生态型芦苇的遗传多样性 被引量：25

6

作者 林文芳 陈林姣 朱学艺 《植物生理与分子生物学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期77-84,共8页

用分子标记技术对河西走廊4种不同生态型芦苇进行了遗传多态性分子标记分析。从30条ISSR引物和45条RAPD引物中分别筛选出适合4种不同生态型芦苇分析的9条和13条引物,前者共扩增出99条带,多态性位点数为51;后者共扩增出195条带,多态性位... 用分子标记技术对河西走廊4种不同生态型芦苇进行了遗传多态性分子标记分析。从30条ISSR引物和45条RAPD引物中分别筛选出适合4种不同生态型芦苇分析的9条和13条引物,前者共扩增出99条带,多态性位点数为51;后者共扩增出195条带,多态性位点数为87。两种分子标记分析所得的遗传相似系数呈显著正相关(r=0.845,P<0.05)。4种生态型芦苇表现出由水生芦苇经盐渍芦苇向沙丘芦苇逐渐演化的趋势。 展开更多

关键词 芦苇 生态型 遗传多样性 简单序列重复区间 随机扩增多态性dna

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大麻的DNA分析检验技术 被引量：2

7

作者 张贵芹 裴黎 +4 位作者 马原 牛慧媛 彭建雄 凃政 郭佳 《中国法医学杂志》 CSCD 2007年第4期255-257,共3页

本文简要回顾了大麻的一些常规检验方法,并重点综述了大麻植物的DNA分析检验技术,包括随机扩增多态性DNA(RAPD)、测序扩增区段(SCAR)、短串联重复序列(STR)、扩增片段长度多态性(AFLP)、单核苷酸多态性(SNP)等DNA分子标记检测法。并且... 本文简要回顾了大麻的一些常规检验方法,并重点综述了大麻植物的DNA分析检验技术,包括随机扩增多态性DNA(RAPD)、测序扩增区段(SCAR)、短串联重复序列(STR)、扩增片段长度多态性(AFLP)、单核苷酸多态性(SNP)等DNA分子标记检测法。并且对这几种技术的应用范围及前景做了简要分析,以期为实践工作提供基础理论帮助。 展开更多

关键词 法医毒物学 大麻 随机扩增多态性dna(RAPD) 测序扩增区段(SCAR) 短串联重复序列(STR)

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DNA分子标记及其在甘蔗育种上的应用 被引量：5

8

作者 黄艳岚 张树珍 《分子植物育种》 CAS CSCD 2005年第3期409-414,共6页

DNA分子标记是继形态标记、细胞标记和生化标记之后发展起来的一种新的较为理想的遗传标记,在甘蔗育种方面发挥了重要作用。DNA分子标记包括:限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、扩增片段长度多态性(AFLP)、简单重... DNA分子标记是继形态标记、细胞标记和生化标记之后发展起来的一种新的较为理想的遗传标记,在甘蔗育种方面发挥了重要作用。DNA分子标记包括:限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、扩增片段长度多态性(AFLP)、简单重复序列(SSR)、染色体或基因组原位杂交(GISH)、荧光原位杂交(FISH)等。本文对植物DNA分子标记的原理、特点及其在甘蔗种属鉴定、遗传多样性分析、分子图谱构建及病害分子诊断等方面的研究进行简要的概述。 展开更多

关键词 dna分子标记 甘蔗育种 随机扩增多态性dna(RAPD) 限制性片段长度多态性 扩增片段长度多态性 基因组原位杂交 遗传多样性分析 应用 简单重复序列 荧光原位杂交 形态标记 遗传标记 生化标记 细胞标记 种属鉴定 分子诊断 图谱构建

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山乌桕叶片DNA提取及ISSR-PCR反应体系优化 被引量：9

9

作者 黄旭萍 黄一航 +3 位作者 黄敏 王建超 陈孝丑 陈发兴 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2021年第2期164-171,共8页

为研究南方优良乡土彩叶树种山乌桕的遗传多样性,并为山乌桕种质培育研究提供技术参考。以山乌桕叶片为试验材料,对山乌桕ISSR-PCR反应体系进行优化,比较试剂盒法、改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法和十二烷基硫酸钠(SDS)法对山乌桕叶... 为研究南方优良乡土彩叶树种山乌桕的遗传多样性,并为山乌桕种质培育研究提供技术参考。以山乌桕叶片为试验材料,对山乌桕ISSR-PCR反应体系进行优化,比较试剂盒法、改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法和十二烷基硫酸钠(SDS)法对山乌桕叶片DNA的提取效果,并利用单因素试验和L 25(53)正交试验对DNA模板用量、引物浓度、2×Taq Master Mix添加量、退火温度和循环次数进行优化。结果表明,试剂盒法和改良CTAB法均可获得较高浓度和质量的DNA,都是提取山乌桕叶片DNA的良好方法;山乌桕叶片ISSR-PCR反应体系中,DNA模板用量对扩增效果影响最大,2×Taq Master Mix添加量的影响最小;山乌桕叶片ISSR-PCR的最优反应体系为:总体积20μL,其中含20 ng DNA模板1.5μL、2×Taq Master Mix 8.0μL、引物浓度0.8μmol·L^(-1)。山乌桕叶片ISSR-PCR的反应程序为:94℃预变性5 min、94℃变性30 s、51.9℃退火45 s、72℃延伸90 s、40个循环,72℃延伸10 min、4℃保存。 展开更多

关键词 山乌桕 dna提取 简单重复序列区间-聚合酶链式扩增反应 体系优化

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辐射诱变小兰屿蝴蝶兰叶片生长与表型差异品种间ISSR分析

10

作者 李威 宋子涵 +2 位作者 何国仁 陈佳瀛 明凤 《上海师范大学学报（自然科学版中英文）》 2024年第3期380-387,共8页

使用60Co-γ射线对小兰屿蝴蝶兰进行辐射处理,分别对单唇瓣、三唇瓣品种采用15 Gy和20 Gy剂量的处理,采用简单重复序列区间扩增多态(ISSR)分子标记技术对经辐射处理的小兰屿蝴蝶兰材料进行遗传多样性和亲缘关系分析.筛选出8条引物,共扩... 使用60Co-γ射线对小兰屿蝴蝶兰进行辐射处理,分别对单唇瓣、三唇瓣品种采用15 Gy和20 Gy剂量的处理,采用简单重复序列区间扩增多态(ISSR)分子标记技术对经辐射处理的小兰屿蝴蝶兰材料进行遗传多样性和亲缘关系分析.筛选出8条引物,共扩增出89条清晰的谱带,其中72条表现出多态性,多态比例为80.9%.单唇瓣品种之间遗传相似范围在0.54~0.97,三唇瓣品种之间遗传相似范围在0.54~0.91,说明辐射突变品种之间有丰富的遗传多态性.单唇瓣小兰屿蝴蝶兰经过辐射后,在遗传距离L=0.65处可分为4组,三唇瓣小兰屿蝴蝶兰经过辐射后,在遗传距离L=0.72处可分为7组.观察生长表型发现:经辐射处理的小兰屿蝴蝶兰出现生长快速表型,部分经辐射处理的单唇瓣株系生长率比对照组更高,而经辐射处理的三唇瓣株系生长率普遍比对照组高.非加权组平均法(UPGMA)聚类分析表明:小兰屿蝴蝶兰经过辐射诱变后有不同程度的突变,突变程度最大的品种在遗传距离图谱上自成一支.以上结果为培育优质蝴蝶兰品种奠定了材料基础. 展开更多

关键词 60Co-γ射线 物理诱变 简单重复序列区间扩增多态(ISSR) 分子育种 小兰屿蝴蝶兰

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黄颡鱼遗传图谱构建及生长相关性状的QTL定位 被引量：19

11

作者 葛学亮 尹洪滨 +1 位作者 毕冰 孙中武 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期185-193,共9页

以野生(♂)和人工养殖(♀)黄颡鱼杂交的100个F1个体为作图群体,用SSR、SRAP和TRAP3种DNA分子标记技术构建黄颡鱼的遗传连锁图谱。图谱整合了13个SSR标记,89个SRAP标记,26个TRAP标记。其中雌性框架图谱包括16个连锁群,图谱的长度为585.5... 以野生(♂)和人工养殖(♀)黄颡鱼杂交的100个F1个体为作图群体,用SSR、SRAP和TRAP3种DNA分子标记技术构建黄颡鱼的遗传连锁图谱。图谱整合了13个SSR标记,89个SRAP标记,26个TRAP标记。其中雌性框架图谱包括16个连锁群,图谱的长度为585.5cM;雄性框架图谱包括15个连锁群,图谱的长度为752.3cM;共享框架图谱包括5个连锁群,图谱的长度为231.3cM。用该连锁图谱对黄颡鱼的5个生长相关性状进行QTL扫描,在雌性图谱上检测到1个头宽的QTL,定位于第七连锁群上,LOD值为3.2,可解释的表型变异为13%。在雄性图谱上分别检测到1个体高和体长的QTL,均定位于第一连锁群上。体高QTL的LOD值为2.4,可解释的表型变异为12%。全长QTL的LOD值为2.1,可解释的表型变异为11%。3个QTL均可用于黄颡鱼的生长性状的标记辅助育种。 展开更多

关键词 黄颡鱼 遗传图谱 简单重复序列 序列相关扩增多态性 目标区域扩增多态性 数量性状遗传位点

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ISSR分子标记技术在金针菇菌株鉴别中的应用 被引量：19

12

作者 宿红艳 王磊 +1 位作者 明永飞 刘林德 《生态学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1725-1728,共4页

利用简单重复序列区间扩增多态性(ISSR)分子标记对来源不同的6种金针菇(Flammulina velutipes)菌株进行了分子鉴定。从20条ISSR引物中筛选出8条可用引物,共获得136条DNA片段,其中多态性条带111个(占总条带数的81.6%)。供试菌株间遗传相... 利用简单重复序列区间扩增多态性(ISSR)分子标记对来源不同的6种金针菇(Flammulina velutipes)菌株进行了分子鉴定。从20条ISSR引物中筛选出8条可用引物,共获得136条DNA片段,其中多态性条带111个(占总条带数的81.6%)。供试菌株间遗传相似系数从0.5674(农大04-1和全禾04-1)至0.8947(太行05-1和河北03-1)不等。利用UPGMA软件据此进行聚类分析,可将供试金针菇菌株分为3个组群。结果表明,ISSR分子标记可以有效地用于金针菇生产菌株快速准确鉴别,是金针菇指纹图谱分析的有效工具。 展开更多

关键词 金针菇 简单重复序列区间扩增多态性 分子鉴定 聚类分析

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38个紫薇品种亲缘关系的ISSR分析 被引量：18

13

作者 乔中全 王晓明 +4 位作者 李永欣 曾慧杰 蔡能 刘思思 陈艺 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期565-571,共7页

紫薇是世界著名的夏季观赏花木之一,品种繁多、来源复杂,造成了紫薇品种在分类、鉴定上的困难。为探讨简单重复序列间扩增多态性(ISSR)分子标记方法在紫薇品种分类上的可行性,对引自美国的30个紫薇品种和中国的8个栽培品种进行ISSR亲缘... 紫薇是世界著名的夏季观赏花木之一,品种繁多、来源复杂,造成了紫薇品种在分类、鉴定上的困难。为探讨简单重复序列间扩增多态性(ISSR)分子标记方法在紫薇品种分类上的可行性,对引自美国的30个紫薇品种和中国的8个栽培品种进行ISSR亲缘关系分析。10条扩增带型清晰且重复性好的引物共获得81个位点,其中70条呈多态性,多态性百分比(PPB)为86.42%。38个紫薇品种的遗传相似性系数介于0.543 2～0.988 7,平均值为0.788 2。在遗传相似性系数0.736处,聚类结果(unweighted pair group method with arithmetic mean,UPGMA)显示,38个紫薇品种分为3个类群,在0.760处可进一步分为7个亚类群,表明ISSR标记技术能从分子水平上较为准确地体现紫薇品种间的亲缘关系。 展开更多

关键词 紫薇 简单重复序列间扩增多态性 亲缘关系

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长筒石蒜种质资源的RAPD及ISSR研究 被引量：17

14

作者 邓传良 周坚 +3 位作者 卢龙斗 高武军 李书粉 王琼 《云南植物研究》 CSCD 北大核心 2006年第3期300-304,共5页

借助RAPD及ISSR分子标记对长筒石蒜的种质资源进行了初步的研究,结果表明RAPD扩增得到的77个位点中,53个位点具有多态性,约占总数的68.8%;ISSR扩增得到的67个位点中,其中62个位点具有多态性,约占总数的92.5%。因此,长筒石蒜遗传多样性... 借助RAPD及ISSR分子标记对长筒石蒜的种质资源进行了初步的研究,结果表明RAPD扩增得到的77个位点中,53个位点具有多态性,约占总数的68.8%;ISSR扩增得到的67个位点中,其中62个位点具有多态性,约占总数的92.5%。因此,长筒石蒜遗传多样性是十分丰富的,可以作为育种材料储备种质资源。从UPGMA聚类图来看,依据花色区分的3种类型,被聚在一起,表明亲缘关系较近。因此,在未来的长筒石蒜种质资源利用中,不同花色的长筒石蒜可以作为品系进行开发。 展开更多

关键词 长筒石蒜 种质资源 随机扩增多态性dna inter-简单重复序列

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11份山茶属植物亲缘关系的ISSR分析 被引量：18

15

作者 刘海龙 马锦林 +4 位作者 张日清 王东雪 覃子海 汪灵丹 叶航 《经济林研究》 北大核心 2012年第4期87-90,共4页

为给香花油茶分类地位的确认提供一定的参考,采用ISSR分子标记对11份山茶属植物的亲缘关系进行了研究,利用DPSv3.01进行聚类分析。结果表明:7个引物共扩增出77条带,其中有52条多态带,多态性比例为67.5%。根据ISSR聚类分析结果,在遗传距... 为给香花油茶分类地位的确认提供一定的参考,采用ISSR分子标记对11份山茶属植物的亲缘关系进行了研究,利用DPSv3.01进行聚类分析。结果表明:7个引物共扩增出77条带,其中有52条多态带,多态性比例为67.5%。根据ISSR聚类分析结果,在遗传距离为0.42时,11份山茶属植物可分为4类,第1类为5个普通油茶的无性系,即:湘林27、桂无5号、赣190、岑软2号和岑软24号;第2类为宛田红花油茶;第3类为陆川大果和博白大果油茶;第4类为香花油茶。根据研究结果可以推测香花油茶不属于普通油茶。 展开更多

关键词 山茶属 亲缘关系 简单重复序列区间(ISSR) 扩增多态性

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ISSR、RAPD和SRAP分子标记技术在姬松茸菌株鉴定上的应用比较 被引量：8

16

作者 林戎斌 张慧 +2 位作者 林陈强 郑力 陈济琛 《福建农业学报》 CAS 2012年第2期149-152,共4页

利用ISSR、RAPD和SRAP3种分子标记法对16株姬松茸菌株进行比较分析。结果表明其中8条RAPD、4条ISSR和2对SRAP引物适合姬松茸菌株鉴定分析,3种标记方法均将16个菌株分为3大类群,A0011+1和A0013为1类,A0009单独为1类,其余菌株为1类。3种... 利用ISSR、RAPD和SRAP3种分子标记法对16株姬松茸菌株进行比较分析。结果表明其中8条RAPD、4条ISSR和2对SRAP引物适合姬松茸菌株鉴定分析,3种标记方法均将16个菌株分为3大类群,A0011+1和A0013为1类,A0009单独为1类,其余菌株为1类。3种分子标记法对姬松茸菌株鉴别的结果存在着一定差别。SRAP反应的遗传信息较丰富,比ISSR、RAPD检测到更大的遗传差异;RAPD引物扩增到的多态性条带数较多。 展开更多

关键词 姬松茸 随机扩增多态性 简单序列重复多态性 相关序列扩增多态性 聚类分析

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ISSR和ITS分子标记在黑龙江省野生黑木耳遗传多样性上的应用 被引量：22

17

作者 刘华晶 许修宏 +1 位作者 李春艳 黄晓梅 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期94-100,共7页

利用ISSR和ITS标记对黑龙江省采集的33株野生黑木耳菌株和8个黑龙江省常见栽培菌株进行遗传多样性分析,利用PCR-ISSR体系,选出9个ISSR引物对菌株DNA进行扩增,通过聚类分析对遗传多样性进行分析。结果表明,9个ISSR引物扩增条带103条条带... 利用ISSR和ITS标记对黑龙江省采集的33株野生黑木耳菌株和8个黑龙江省常见栽培菌株进行遗传多样性分析,利用PCR-ISSR体系,选出9个ISSR引物对菌株DNA进行扩增,通过聚类分析对遗传多样性进行分析。结果表明,9个ISSR引物扩增条带103条条带,其中多态性条带95条,多态性比率为92.2%,平均每对引物扩增出条带11.4条,平均每对引物扩增出多态性条带10.6条,平均多态性比例为91.7%。多态性信息含量（PIC）变化在0.063~0.924之间。通过ITS序列对黑木耳菌株进行亲缘关系分析,利用软件ClustalX 1.83和MAGA 4.1进行系统发育分析分析。结果表明,黑木耳ITS1、5.8S、ITS2三个区信息为点比例达到52.1%,遗传位点丰富。两种标记方法均显示黑木耳野生菌株间遗传多样性优于栽培菌株。ISSR和ITS两种方法联合使用可得到较好结果。 展开更多

关键词 黑木耳 简单重复序列间扩增多态性(ISSR) 内转录间隔区(ITS) 遗传多样性

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山核桃SRAP体系的建立及与RAPD和ISSR标记的比较 被引量：12

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作者 李元春 沈林 曾燕如 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期505-512,共8页

以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,对聚合酶链式反应(PCR)体系各组分进行了梯度实验,优化出条带清晰、重复性好的相关序列扩增多态性聚合酶链式反应(SRAP-PCR)扩增体系,并筛选了引物。该体系(25.00μL)为:1×缓冲液0.20 mm... 以山核桃Carya cathayensis基因组DNA为模板,对聚合酶链式反应(PCR)体系各组分进行了梯度实验,优化出条带清晰、重复性好的相关序列扩增多态性聚合酶链式反应(SRAP-PCR)扩增体系,并筛选了引物。该体系(25.00μL)为:1×缓冲液0.20 mmol.L-1,脱氧核糖核苷酸(dNTPs),0.20μmol.L-1引物,2.00 mmol.L-1镁离子(Mg2+),33.34 nkat Taq DNA聚合酶,0.80 mg.L-1基因组DNA(以上均为终浓度)。反应条件为94℃预变性5 min;94℃变性30 s,35℃退火30 s,72℃延伸2 min,5个循环;94℃变性30 s,50℃退火30 s,72℃延伸2 min,30个循环;72℃延伸8 min,4℃保存,反应时间比其他体系缩短了一半。从100对引物中筛选出了适用于山核桃的引物15对。在山核桃中,随机扩增多态性DNA(RAPD),简单序列重复区间(ISSR),SRAP等3种标记,以SRAP标记每对引物扩增的位点数及每对引物扩增的多态性位点数为多,但SRAP多态性引物的比例、多态性位点比例居于另2种标记之间。在山核桃研究中可以考虑使用SRAP及RAPD标记。 展开更多

关键词 经济林学 山核桃 相关序列扩增多态性(SRAP) 随机扩增多态性dna(RAPD) 简单序列重复区间(ISSR)

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中国境内松江鲈鱼群体遗传变异的ISSR分析 被引量：7

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作者 马召腾 刘至治 +1 位作者 潘连德 蒋鑫 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1042-1048,共7页

运用ISSR分子标记技术,分析中国境内松江鲈鱼浙江（Z）、山东（S）、河北（H）、辽宁鸭绿江（Y）等4个不同群体间的遗传变异。从100个ISSR引物中筛选出多态性引物15个,对每群体各30个个体进行分析。每引物的扩增条带为6-17条,共得到有... 运用ISSR分子标记技术,分析中国境内松江鲈鱼浙江（Z）、山东（S）、河北（H）、辽宁鸭绿江（Y）等4个不同群体间的遗传变异。从100个ISSR引物中筛选出多态性引物15个,对每群体各30个个体进行分析。每引物的扩增条带为6-17条,共得到有效位点181个,其中多态位点136个,多态位点百分率为75.14%。4群体中,H群体的有效等位基因数、Nei氏基因多样性、Shannon氏信息指数及多态位点百分率为最低,分别为1.258 5、0.153 0、0.2322、49.17%;而Y群体的相应值为最高,分别为1.479 4、0.277 7、0.411 2、74.03%;Z和S两群体的值明显高于H群体、略低于Y群体。若将4群体作为一个整体,则总的Nei氏基因多样性指数为0.269 1、Shannon氏信息指数为0.400 9,显示松江鲈鱼的遗传多样性较丰富。群体间的遗传分化系数（GST）为0.131 3,基因流（Nm）为3.309 4,表明松江鲈鱼群体间存在中等程度的遗传分化和一定程度的基因交流。分子方差分析（AMOVA）表明：在总的遗传变异中,85.54%的变异来自种群内个体间,14.46%的变异来自种群间;同样,群体间存在显著（P〈0.05）或极显著的遗传分化（P〈0.01）。根据群体间Nei氏遗传距离构建的UPGMA树中,Z群体首先与S群体聚类、再与Y群体聚类,呈现出从南向北的地理分布格局,但H群体却单独为一支,与其他群体间的距离较远。 展开更多

关键词 松江鲈鱼 种群 遗传变异 简单序列重复区间扩增多态性

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坛紫菜遗传连锁图谱的构建 被引量：5

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作者 徐燕 谢潮添 +2 位作者 陈昌生 纪德华 高亚辉 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第9期1354-1362,共9页

以野生型坛紫菜纯系(♀)和红色型坛紫菜纯系(♂)作为杂交亲本,结合四分子分析法及单个体细胞克隆的丝状体途径,创建了由157个株系组成的坛紫菜DH作图群体,并用经过筛选的24对SRAP引物和16对SSR引物对父母本及作图群体各株系进行双标记分... 以野生型坛紫菜纯系(♀)和红色型坛紫菜纯系(♂)作为杂交亲本,结合四分子分析法及单个体细胞克隆的丝状体途径,创建了由157个株系组成的坛紫菜DH作图群体,并用经过筛选的24对SRAP引物和16对SSR引物对父母本及作图群体各株系进行双标记分析,获得了224个多态性标记,其中157个标记符合孟德尔分离规律。根据标记间的连锁规律,首次构建了坛紫菜的分子遗传连锁图谱,所构建的遗传图谱由包含124个标记(含SRAP标记104个,SSR标记20个)的5个连锁群组成,总长度为879.2cM,平均标记间隔为7.09cM,各个连锁群长度为134.2～213.6cM,包含标记18～31个。最后采用3种不同方法计算得到坛紫菜的估计基因组长度平均为955.3cM,由此得到坛紫菜遗传连锁图谱的基因组覆盖率为92.0%。 展开更多

关键词 坛紫菜 遗传连锁图谱 相关序列扩增多态性 简单重复序列 DH作图群体

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