目的调查21个常染色体短串联重复(short tandem repeats,STR)序列基因座在云南汉族人群中的遗传多态性,为法医学个体识别及亲子鉴定提供基础数据。同时基于不同试剂盒19个重叠位点的遗传信息,探索22个中国群体遗传结构及群体间的遗传关...目的调查21个常染色体短串联重复(short tandem repeats,STR)序列基因座在云南汉族人群中的遗传多态性,为法医学个体识别及亲子鉴定提供基础数据。同时基于不同试剂盒19个重叠位点的遗传信息,探索22个中国群体遗传结构及群体间的遗传关系。方法采用AGCU EX22荧光检测试剂盒对1418份云南汉族个体的21个STR基因座及Amelogenin基因进行扩增,利用3130xl基因分析仪对扩增产物进行分型,利用GeneMapper®ID软件进行分析,统计21个STR基因座的等位基因频率和群体遗传学参数。利用Phlip3.695软件计算遗传距离,并利用SPSS 21.0、MVSP和Mega 7.0软件分别作多维尺度分析、主成分分析和系统发生分析。结果基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡,且各基因座之间均不存在连锁现象,21个STR基因座三联体累积非父排除概率为0.999999993,累积个体识别能力为0.99999999999999999999999993。群体遗传关系比较发现云南汉族群体和周边汉族群体有较近的遗传关系(Nei遗传距离≤0.0049),在多维尺度分析、主成分分析及进化分析中表现出极强的遗传亲和性。结论21个常染色体STR基因座的等位基因在云南汉族群体表现出高度的多态性,适合法医学个体识别和亲缘关系鉴定的实际需求。云南汉族群体与周边汉族群体拥有较近的遗传关系。展开更多
目的评价多位点可变数目串联重复序列分析（multiple locus variable number tandem repeat assay，MLVA）方法对副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus，VP）的分型能力，初步了解中国深圳地区VP分离菌株可变数目串联重复序列（variable...目的评价多位点可变数目串联重复序列分析（multiple locus variable number tandem repeat assay，MLVA）方法对副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus，VP）的分型能力，初步了解中国深圳地区VP分离菌株可变数目串联重复序列（variablen umber tandemrepeat，VNTR）的基因分布特征。方法依据血清型和脉冲场凝胶电泳分析型别选择2006年一2011年分离自临床和食品中的108株VP菌株。采用MLVA方法对其进行基因分型，评价该方法对VP菌株8个VNTR位点的分型能力。结果MLVA8个位点将108株VP菌株分为101个型别，分辨系数为99．86％；将主流血清型03：K6共46株菌分为44个型别，分辨系数为99．71％。MLvA8个位点的多态性都较好（DI均〉0．60），各位点多态性指数由高到低，依次为TR7，TR4，TR10，TR2，TR1，TR8，TR5，TR9。结论MLVA8个位点的联合应用适合于对VP菌株的分型。MLVA对VP的分型研究具有很好的应用前景。展开更多
目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征。方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株。选取结核分枝...目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征。方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株。选取结核分枝杆菌基因组中11个具有明显多态性特征的VNTR位点,通过PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳和Bio Numerics(Version 3.0)软件进行结核菌株VNTR的多态性和聚类分析。结果:共收集到168株结核分枝杆菌。不同的菌株在同一位点上具有多态性。共分为10个基因型(Ⅰ,Ⅱ～Ⅹ型),其中以Ⅷ型为主要基因型,占75.0%、其次为Ⅱ型5.4%、Ⅳ型4.2%、Ⅶ型9.5%。不同地区之间,苏南、苏中、苏北三个地区也都以Ⅷ型为主要基因型,分别占各地区的83.5%,57.1%,76.6%;但是苏南、苏中、苏北三地的Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ型菌株分布在各地菌株中的比例有差异显著性((2=54.710,P<0.0001),Ⅱ型以苏中为主(11.9%)、Ⅲ型以苏南为主(3.8%)、Ⅳ型以苏南、苏北为主(5.1%与6.4%)、Ⅶ型以苏中为主(31.0%)。结论:江苏省的结核分枝杆菌具有明显的多态性,以Ⅷ型为主要流行型,不同地区间同样以Ⅷ型为主要流行型,但菌型分布存在一定的差异。展开更多
利用多重PCR五色荧光（6FAM、VIC、NED、PET、LIZ）自动化检测技术检测西藏自治区藏族人群DSS1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818及FGA共15个STR基因座遗传...利用多重PCR五色荧光（6FAM、VIC、NED、PET、LIZ）自动化检测技术检测西藏自治区藏族人群DSS1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818及FGA共15个STR基因座遗传多态性，获得15个STR基因座的群体遗传学数据。结果显示：15个STR基因座的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。15个STR基因座的个体鉴别力（Discrimination power,DP）在0．7555～0．9602之间，杂合度（Heterozygosity,H）在0．5651～0．8530之间，多态性信息含量（Polymorphism information content，PIC）在0．5528～0．8456之间，非父排除率（Probability of paternity exclusion，EPP）在0．3811～0．8549之间，累积个体鉴别力为0．999999999，累积非父排除率为0．999999998。15个短串联重复序列基因座适合作为西藏藏族人群的遗传标记，用于人类学、疾病连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等领域的研究。展开更多
文摘目的评价多位点可变数目串联重复序列分析（multiple locus variable number tandem repeat assay，MLVA）方法对副溶血弧菌（Vibrio parahaemolyticus，VP）的分型能力，初步了解中国深圳地区VP分离菌株可变数目串联重复序列（variablen umber tandemrepeat，VNTR）的基因分布特征。方法依据血清型和脉冲场凝胶电泳分析型别选择2006年一2011年分离自临床和食品中的108株VP菌株。采用MLVA方法对其进行基因分型，评价该方法对VP菌株8个VNTR位点的分型能力。结果MLVA8个位点将108株VP菌株分为101个型别，分辨系数为99．86％；将主流血清型03：K6共46株菌分为44个型别，分辨系数为99．71％。MLvA8个位点的多态性都较好（DI均〉0．60），各位点多态性指数由高到低，依次为TR7，TR4，TR10，TR2，TR1，TR8，TR5，TR9。结论MLVA8个位点的联合应用适合于对VP菌株的分型。MLVA对VP的分型研究具有很好的应用前景。
文摘目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征。方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株。选取结核分枝杆菌基因组中11个具有明显多态性特征的VNTR位点,通过PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳和Bio Numerics(Version 3.0)软件进行结核菌株VNTR的多态性和聚类分析。结果:共收集到168株结核分枝杆菌。不同的菌株在同一位点上具有多态性。共分为10个基因型(Ⅰ,Ⅱ～Ⅹ型),其中以Ⅷ型为主要基因型,占75.0%、其次为Ⅱ型5.4%、Ⅳ型4.2%、Ⅶ型9.5%。不同地区之间,苏南、苏中、苏北三个地区也都以Ⅷ型为主要基因型,分别占各地区的83.5%,57.1%,76.6%;但是苏南、苏中、苏北三地的Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ型菌株分布在各地菌株中的比例有差异显著性((2=54.710,P<0.0001),Ⅱ型以苏中为主(11.9%)、Ⅲ型以苏南为主(3.8%)、Ⅳ型以苏南、苏北为主(5.1%与6.4%)、Ⅶ型以苏中为主(31.0%)。结论:江苏省的结核分枝杆菌具有明显的多态性,以Ⅷ型为主要流行型,不同地区间同样以Ⅷ型为主要流行型,但菌型分布存在一定的差异。
文摘利用多重PCR五色荧光（6FAM、VIC、NED、PET、LIZ）自动化检测技术检测西藏自治区藏族人群DSS1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、TPOX、D18S51、D5S818及FGA共15个STR基因座遗传多态性，获得15个STR基因座的群体遗传学数据。结果显示：15个STR基因座的基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡。15个STR基因座的个体鉴别力（Discrimination power,DP）在0．7555～0．9602之间，杂合度（Heterozygosity,H）在0．5651～0．8530之间，多态性信息含量（Polymorphism information content，PIC）在0．5528～0．8456之间，非父排除率（Probability of paternity exclusion，EPP）在0．3811～0．8549之间，累积个体鉴别力为0．999999999，累积非父排除率为0．999999998。15个短串联重复序列基因座适合作为西藏藏族人群的遗传标记，用于人类学、疾病连锁分析、法医学亲子鉴定和个体识别等领域的研究。
