为揭示糙皮侧耳原基发育的潜在调控物质,采用代谢组学的方法对糙皮侧耳菌丝体和原基细胞代谢物进行检测分析。结果表明,菌丝体与原基细胞的代谢物具有显著差异。采用正交偏最小二乘判别分析(OPLS‐DA),以VIP(varible importance in the ...为揭示糙皮侧耳原基发育的潜在调控物质,采用代谢组学的方法对糙皮侧耳菌丝体和原基细胞代谢物进行检测分析。结果表明,菌丝体与原基细胞的代谢物具有显著差异。采用正交偏最小二乘判别分析(OPLS‐DA),以VIP(varible importance in the projection)≥1和倍数变化≥2或≤0.5为条件共筛选到400种差异代谢物。调控通路分析表明,这些差异物质涉及33条代谢通路,其中丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸、氨酰tRNA生物合成、嘌呤代谢等8条代谢通路具有极显著影响。谷氨酸和谷氨酰胺涉及p<0.01的大部分代谢通路,可能在糙皮侧耳原基发育过程中具有重要调控作用。研究结果为糙皮侧耳以及其他大型真菌原基发育机制的探索提供了理论依据。展开更多
【目的】利用收集的藜麦植株颜色突变体,测定该突变体的代谢组成,分析代谢通路之间变化和转化规律,构建出该突变体代谢变化基本模型,为进一步鉴定和克隆影响藜麦重要代谢通路的关键遗传位点提供材料基础。【方法】利用正向遗传学手段,...【目的】利用收集的藜麦植株颜色突变体,测定该突变体的代谢组成,分析代谢通路之间变化和转化规律,构建出该突变体代谢变化基本模型,为进一步鉴定和克隆影响藜麦重要代谢通路的关键遗传位点提供材料基础。【方法】利用正向遗传学手段,从藜麦常规品种‘藜红1号’(Red Quinoa 1,RQ1)后代中,筛选到一植株和穗部红色消退而绿色加深(green quinoa 1,gq1)的自然突变株作为材料,与其原始亲本RQ1相比较,利用非靶向代谢组学鉴定灌浆时期幼穗差异代谢成分,通过KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)代谢途径分析和差异代谢物关联分析,揭示GQ1基因突变引发的关键代谢通路的变化。【结果】经过连续4个世代的遗传分析表明,gq1突变体植株颜色变异能够稳定遗传,且是由单个遗传位点控制。与其原始亲本RQ1相对比,在藜麦gq1突变体中检测到了409个差异代谢物,其中含量升高的代谢物有110个,299个代谢物含量降低。代谢组学分析发现,在藜麦gq1突变体中,对植物次级代谢有着重要影响的酪氨酸和以其为核心衍生出的其他代谢产物发生了整体性的降低。此外,包括6种人体必需氨基酸在内的多种氨基酸和TCA循环中的成分,在gq1突变体发生了显著的减少。【结论】通过对这些差异代谢进行KEGG代谢途径富集分析,表明GQ1基因突变造成了以酪氨酸为核心的初级代谢组分和次级代谢组分整体降低,意味着该基因可以成为协同优化藜麦初级代谢和次级代谢的关键遗传位点。展开更多
通过对不同心肺耐力(CRF)水平的代谢综合征(MS)风险因素人群血浆差异代谢物进行分析,探讨CRF水平变化影响MS风险因素的代谢组学机制,为CRF改善MS风险因素人群机体代谢提供理论基础。选取90名40~65岁受试者,采用3分位数法划分CRF等级:低...通过对不同心肺耐力(CRF)水平的代谢综合征(MS)风险因素人群血浆差异代谢物进行分析,探讨CRF水平变化影响MS风险因素的代谢组学机制,为CRF改善MS风险因素人群机体代谢提供理论基础。选取90名40~65岁受试者,采用3分位数法划分CRF等级:低(L)、中等(M)、高(H)。基于高效化学同位素标记-液质联用(LC-MS)非靶向代谢组学技术分析血浆样本,使用IsoMS Pro 14.1、SPSS 26.0等软件工具对采集的数据进行预处理,应用三层级代谢物鉴定方法对代谢物进行结构鉴定。格式转换后经SIMCA-P14.1软件进行多元统计分析,采用火山图分析、变量投影重要度值(VIP)筛选和鉴定差异代谢物,使用MetaboAnalyst 5.0软件进行代谢通路分析,并根据KEGG数据库对代谢途径进行注释。结果显示:(1)H组与L组存在8种差异代谢物,每种代谢物都表现出特定的变化趋势,包括a-酮戊二酸(↑)、顺式乌头酸(↑)、精氨酸(↑)、γ-氨基丁酸(↑)、丝氨酸(↑)、缬氨酸(↓)、蛋氨酸(↓)、谷氨酰胺(↓);(2)代谢通路显示CRF主要影响精氨酸生物合成、三羧酸(TCA)循环以及半胱氨酸和蛋氨酸代谢等11条生物代谢途径。得出结论:研究确定了8种代谢物,作为区分不同CRF水平的MS风险因素人群潜在生物标志物,此外精氨酸生物合成、TCA循环等生物代谢途径阐明CRF对MS风险因素的影响机制,有助于解释高CRF水平是MS风险因素的保护性因素。展开更多
基于超高效液相色谱-质谱联用的非靶向代谢组学方法探究不同年龄组驼肉代谢物的差异及变化规律。结果表明,在3个年龄组(3~4、6~7岁和9~10岁,分别以I、II和III组表示)骆驼背最长肌中共鉴定出显著差异代谢物710种;在I vs II组显著差异代...基于超高效液相色谱-质谱联用的非靶向代谢组学方法探究不同年龄组驼肉代谢物的差异及变化规律。结果表明,在3个年龄组(3~4、6~7岁和9~10岁,分别以I、II和III组表示)骆驼背最长肌中共鉴定出显著差异代谢物710种;在I vs II组显著差异代谢物有78个,其中I组上调47个,II组上调31个;在II vs III组显著差异代谢物有49个,其中II组上调18个,III组上调31个;在I vs III组显著差异代谢物有65个,其中I组上调29个,III组上调36个。京都基因与基因组百科全书通路分析结果表明,差异代谢物主要富集到蛋白质和氨基酸代谢、脂肪酸、维生素和矿物质代谢等相关通路,说明不同生长阶段骆驼中各营养素的消化代谢均有差异。I组中的多不饱和脂肪酸(polyunsaturated fatty acid,PUFA)(尤其n-6 PUFA、n-3 PUFA)含量和PUFA/不饱和脂肪酸值均显著高于III组,这主要与相关代谢通路上的花生四烯酸、亚油酸和13-L-过氧化氢油酸浓度的显著上调有关;同时L-亮氨酸、L-缬氨酸、L-谷氨酰胺等差异代谢物可以作为不同年龄驼肉品质差异的潜在标记物。展开更多
为了解平菇生长发育过程中子实体形成的代谢物基础,采用超高效液相色谱-电喷雾串联四级杆质谱(UPLC-ESI-MS/MS)技术结合多变量统计分析方法对发菌完成期(MM)、原基期(MP)及子实体分化期(MF)的平菇菌丝体进行代谢组学分析。结果表明,主成...为了解平菇生长发育过程中子实体形成的代谢物基础,采用超高效液相色谱-电喷雾串联四级杆质谱(UPLC-ESI-MS/MS)技术结合多变量统计分析方法对发菌完成期(MM)、原基期(MP)及子实体分化期(MF)的平菇菌丝体进行代谢组学分析。结果表明,主成分(PCA)模型分析结果显示3个时期平菇菌丝体中的代谢产物具有明显差异。通过正交偏最小二乘判别分析(OPLS‐DA),以VIP(varible importance in the projection)>1和差异倍数值(fold change)≥2或≤0.5为条件对MM vs MP、MM vs MF和MP vs MF中的差异代谢物进行比较分析,分别获得139个、147个和67个差异代谢物,变化倍数最大的物质包括氨基酸及其衍生物、脂质、生物碱、有机酸等,说明这些差异代谢物对平菇子实体发育具有重要影响。KEGG分析表明,苯丙氨酸代谢、色氨酸代谢、嘌呤代谢等20条代谢通路表现活跃。在子实体发育过程中,脂质、有机酸、核苷酸及其衍生物、氨基酸及其衍生物之间明显相关。以上研究结果为平菇子实体发育机制和标准化栽培提供了理论依据。展开更多
【目的】基于非靶向代谢组学技术,对荷斯坦奶牛初乳和常乳中的代谢物进行鉴定与分析。【方法】选择年龄、体况及预产期相近、胎次相同的健康围产期经产荷斯坦奶牛12头,分别于分娩后1 h和21 d采集乳汁,离心并收集乳清,依次记为初乳组(C_0...【目的】基于非靶向代谢组学技术,对荷斯坦奶牛初乳和常乳中的代谢物进行鉴定与分析。【方法】选择年龄、体况及预产期相近、胎次相同的健康围产期经产荷斯坦奶牛12头,分别于分娩后1 h和21 d采集乳汁,离心并收集乳清,依次记为初乳组(C_0)和常乳组(C_21)。采用代谢组学技术对初乳组和常乳组乳清进行分析,结合正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)和学生t检验,以变量投影重要度(variable importance in the projection,VIP)>1,P<0.05为标准筛选差异代谢物,并对筛选出的差异代谢物进行聚类分析、显著差异代谢物筛选和KEGG通路分析。【结果】在荷斯坦奶牛初乳组(C_0)和常乳组(C_21)共筛选到97种差异代谢物,通过聚类热图可以看出,大多数代谢物在初乳组的含量高于常乳组;差异代谢物随机森林图显示,排名靠前的9种显著差异代谢物分别为乌头酸、柠康酸、龙胆酸、泛酸、牛磺酸、氧戊二酸、柠檬酸、6’唾液酸乳糖和精胺。KEGG通路富集分析显示,8条主要的代谢通路分别为酮体的合成与降解、牛磺酸与次黄嘌呤代谢、丙酮酸代谢、嘌呤代谢、嘧啶代谢、氨基糖与核苷酸糖代谢、三羧酸循环和丁酸代谢。【结论】荷斯坦奶牛初乳中脂质、氨基酸和核苷酸代谢物的含量高于常乳,而常乳中糖类代谢物含量高于初乳,初乳与常乳中代谢物水平的差异为后续代谢物机制的研究奠定了理论基础。展开更多
文摘为揭示糙皮侧耳原基发育的潜在调控物质,采用代谢组学的方法对糙皮侧耳菌丝体和原基细胞代谢物进行检测分析。结果表明,菌丝体与原基细胞的代谢物具有显著差异。采用正交偏最小二乘判别分析(OPLS‐DA),以VIP(varible importance in the projection)≥1和倍数变化≥2或≤0.5为条件共筛选到400种差异代谢物。调控通路分析表明,这些差异物质涉及33条代谢通路,其中丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸、氨酰tRNA生物合成、嘌呤代谢等8条代谢通路具有极显著影响。谷氨酸和谷氨酰胺涉及p<0.01的大部分代谢通路,可能在糙皮侧耳原基发育过程中具有重要调控作用。研究结果为糙皮侧耳以及其他大型真菌原基发育机制的探索提供了理论依据。
文摘【目的】利用收集的藜麦植株颜色突变体,测定该突变体的代谢组成,分析代谢通路之间变化和转化规律,构建出该突变体代谢变化基本模型,为进一步鉴定和克隆影响藜麦重要代谢通路的关键遗传位点提供材料基础。【方法】利用正向遗传学手段,从藜麦常规品种‘藜红1号’(Red Quinoa 1,RQ1)后代中,筛选到一植株和穗部红色消退而绿色加深(green quinoa 1,gq1)的自然突变株作为材料,与其原始亲本RQ1相比较,利用非靶向代谢组学鉴定灌浆时期幼穗差异代谢成分,通过KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)代谢途径分析和差异代谢物关联分析,揭示GQ1基因突变引发的关键代谢通路的变化。【结果】经过连续4个世代的遗传分析表明,gq1突变体植株颜色变异能够稳定遗传,且是由单个遗传位点控制。与其原始亲本RQ1相对比,在藜麦gq1突变体中检测到了409个差异代谢物,其中含量升高的代谢物有110个,299个代谢物含量降低。代谢组学分析发现,在藜麦gq1突变体中,对植物次级代谢有着重要影响的酪氨酸和以其为核心衍生出的其他代谢产物发生了整体性的降低。此外,包括6种人体必需氨基酸在内的多种氨基酸和TCA循环中的成分,在gq1突变体发生了显著的减少。【结论】通过对这些差异代谢进行KEGG代谢途径富集分析,表明GQ1基因突变造成了以酪氨酸为核心的初级代谢组分和次级代谢组分整体降低,意味着该基因可以成为协同优化藜麦初级代谢和次级代谢的关键遗传位点。
文摘通过对不同心肺耐力(CRF)水平的代谢综合征(MS)风险因素人群血浆差异代谢物进行分析,探讨CRF水平变化影响MS风险因素的代谢组学机制,为CRF改善MS风险因素人群机体代谢提供理论基础。选取90名40~65岁受试者,采用3分位数法划分CRF等级:低(L)、中等(M)、高(H)。基于高效化学同位素标记-液质联用(LC-MS)非靶向代谢组学技术分析血浆样本,使用IsoMS Pro 14.1、SPSS 26.0等软件工具对采集的数据进行预处理,应用三层级代谢物鉴定方法对代谢物进行结构鉴定。格式转换后经SIMCA-P14.1软件进行多元统计分析,采用火山图分析、变量投影重要度值(VIP)筛选和鉴定差异代谢物,使用MetaboAnalyst 5.0软件进行代谢通路分析,并根据KEGG数据库对代谢途径进行注释。结果显示:(1)H组与L组存在8种差异代谢物,每种代谢物都表现出特定的变化趋势,包括a-酮戊二酸(↑)、顺式乌头酸(↑)、精氨酸(↑)、γ-氨基丁酸(↑)、丝氨酸(↑)、缬氨酸(↓)、蛋氨酸(↓)、谷氨酰胺(↓);(2)代谢通路显示CRF主要影响精氨酸生物合成、三羧酸(TCA)循环以及半胱氨酸和蛋氨酸代谢等11条生物代谢途径。得出结论:研究确定了8种代谢物,作为区分不同CRF水平的MS风险因素人群潜在生物标志物,此外精氨酸生物合成、TCA循环等生物代谢途径阐明CRF对MS风险因素的影响机制,有助于解释高CRF水平是MS风险因素的保护性因素。
文摘基于超高效液相色谱-质谱联用的非靶向代谢组学方法探究不同年龄组驼肉代谢物的差异及变化规律。结果表明,在3个年龄组(3~4、6~7岁和9~10岁,分别以I、II和III组表示)骆驼背最长肌中共鉴定出显著差异代谢物710种;在I vs II组显著差异代谢物有78个,其中I组上调47个,II组上调31个;在II vs III组显著差异代谢物有49个,其中II组上调18个,III组上调31个;在I vs III组显著差异代谢物有65个,其中I组上调29个,III组上调36个。京都基因与基因组百科全书通路分析结果表明,差异代谢物主要富集到蛋白质和氨基酸代谢、脂肪酸、维生素和矿物质代谢等相关通路,说明不同生长阶段骆驼中各营养素的消化代谢均有差异。I组中的多不饱和脂肪酸(polyunsaturated fatty acid,PUFA)(尤其n-6 PUFA、n-3 PUFA)含量和PUFA/不饱和脂肪酸值均显著高于III组,这主要与相关代谢通路上的花生四烯酸、亚油酸和13-L-过氧化氢油酸浓度的显著上调有关;同时L-亮氨酸、L-缬氨酸、L-谷氨酰胺等差异代谢物可以作为不同年龄驼肉品质差异的潜在标记物。
文摘为了解平菇生长发育过程中子实体形成的代谢物基础,采用超高效液相色谱-电喷雾串联四级杆质谱(UPLC-ESI-MS/MS)技术结合多变量统计分析方法对发菌完成期(MM)、原基期(MP)及子实体分化期(MF)的平菇菌丝体进行代谢组学分析。结果表明,主成分(PCA)模型分析结果显示3个时期平菇菌丝体中的代谢产物具有明显差异。通过正交偏最小二乘判别分析(OPLS‐DA),以VIP(varible importance in the projection)>1和差异倍数值(fold change)≥2或≤0.5为条件对MM vs MP、MM vs MF和MP vs MF中的差异代谢物进行比较分析,分别获得139个、147个和67个差异代谢物,变化倍数最大的物质包括氨基酸及其衍生物、脂质、生物碱、有机酸等,说明这些差异代谢物对平菇子实体发育具有重要影响。KEGG分析表明,苯丙氨酸代谢、色氨酸代谢、嘌呤代谢等20条代谢通路表现活跃。在子实体发育过程中,脂质、有机酸、核苷酸及其衍生物、氨基酸及其衍生物之间明显相关。以上研究结果为平菇子实体发育机制和标准化栽培提供了理论依据。
文摘【目的】基于非靶向代谢组学技术,对荷斯坦奶牛初乳和常乳中的代谢物进行鉴定与分析。【方法】选择年龄、体况及预产期相近、胎次相同的健康围产期经产荷斯坦奶牛12头,分别于分娩后1 h和21 d采集乳汁,离心并收集乳清,依次记为初乳组(C_0)和常乳组(C_21)。采用代谢组学技术对初乳组和常乳组乳清进行分析,结合正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)和学生t检验,以变量投影重要度(variable importance in the projection,VIP)>1,P<0.05为标准筛选差异代谢物,并对筛选出的差异代谢物进行聚类分析、显著差异代谢物筛选和KEGG通路分析。【结果】在荷斯坦奶牛初乳组(C_0)和常乳组(C_21)共筛选到97种差异代谢物,通过聚类热图可以看出,大多数代谢物在初乳组的含量高于常乳组;差异代谢物随机森林图显示,排名靠前的9种显著差异代谢物分别为乌头酸、柠康酸、龙胆酸、泛酸、牛磺酸、氧戊二酸、柠檬酸、6’唾液酸乳糖和精胺。KEGG通路富集分析显示,8条主要的代谢通路分别为酮体的合成与降解、牛磺酸与次黄嘌呤代谢、丙酮酸代谢、嘌呤代谢、嘧啶代谢、氨基糖与核苷酸糖代谢、三羧酸循环和丁酸代谢。【结论】荷斯坦奶牛初乳中脂质、氨基酸和核苷酸代谢物的含量高于常乳,而常乳中糖类代谢物含量高于初乳,初乳与常乳中代谢物水平的差异为后续代谢物机制的研究奠定了理论基础。
