以‘品丽珠’葡萄转色前约4周(S1)、转色前约1周(S2)、转色前期(S3)果皮为试材,通过广泛靶向代谢组学分析葡萄果皮代谢物组分及变化。结果表明,S1果皮的代谢组成分有394种,S2果皮的代谢组成分有401种,S3果皮的代谢组成分有397种,3个取...以‘品丽珠’葡萄转色前约4周(S1)、转色前约1周(S2)、转色前期(S3)果皮为试材,通过广泛靶向代谢组学分析葡萄果皮代谢物组分及变化。结果表明,S1果皮的代谢组成分有394种,S2果皮的代谢组成分有401种,S3果皮的代谢组成分有397种,3个取样期果皮中共检测出29类416种代谢物,其中373种为三者共有;转色过程中3个比较组果皮差异代谢物分别为32个(S1 vs S2)、195个(S1 vs S3)和186个(S2 vs S3),其中共有差异代谢物20个。通过KEGG富集分析显示,S1 vs S2差异代谢物主要涉及类黄酮的生物合成、次生代谢物的生物合成、二苯乙烯、二芳基庚酸类和姜酚合成、半胱氨酸和蛋氨酸代谢和异黄酮的生物合成等通路;S1 vs S3差异代谢物主要涉及代谢途径、次生代谢物、花青素和氨基酸的生物合成等通路;S2 vs S3差异代谢物主要涉及代谢途径、异黄酮、花青素和氨基酸的生物合成等通路。展开更多
柿叶含有丰富的钙、铁、锰、锌等人体必需的矿质元素,不同柿树品种,其柿叶中矿质元素的组成和含量有着明显差异。本研究以‘君迁子’(Diospyros Lotus Linn,DL)为对照,采用代谢组学-转录组学联合分析,研究了‘黑柿’(Diospyros kaki.Hei...柿叶含有丰富的钙、铁、锰、锌等人体必需的矿质元素,不同柿树品种,其柿叶中矿质元素的组成和含量有着明显差异。本研究以‘君迁子’(Diospyros Lotus Linn,DL)为对照,采用代谢组学-转录组学联合分析,研究了‘黑柿’(Diospyros kaki.HeiShi,HS)、‘西村早生’(Diospyros kaki Thunb.Nishimurawase,NM)、‘泰富’(Diospyros kaki Thunb.TaiFu,TF)鲜嫩柿叶中矿质元素的含量差异。代谢组学分析显示,从DL vs.HS、DL vs.NM和DL vs.TF中分别获得了382、391和368个差异代谢产物(differentially accumulated metabolites,DAMs),其中229个为共同DAMs。经RNA测序,获得了182008个单基因(unigenes),平均长度为652 bp,从DL vs.HS、DL vs.NM和DL vs.TF中分别获得了2598、3503和3333个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。经基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,分别从DL vs.HS、DL vs.NM和DL vs.TF中获得了9、12和12个与矿物质吸收相关的DEGs,其中6个为共同DEGs,每百万碱基测序的转录本序列每千碱基序列片段数(fragments per kilobase of transcript sequence per millions base pairs sequenced,FPKM)值差异倍数为1.34–6.15,经实时荧光定量PCR(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)验证,其表达趋势均与RNA测序结果一致,相对表达水平差异倍数为0.26–10.21。转录组学数据分析和qRT-PCR验证结果表明,‘黑柿’鲜嫩柿叶中含有较高含量的矿物质,‘西村早生’和‘泰富’次之。联合分析显示,6个DEGs与其代谢产物呈正相关。本研究结果说明,3个柿树品种中,‘黑柿’的鲜嫩柿叶可推荐用于富含矿质元素柿叶茶的制作。展开更多
文摘以‘品丽珠’葡萄转色前约4周(S1)、转色前约1周(S2)、转色前期(S3)果皮为试材,通过广泛靶向代谢组学分析葡萄果皮代谢物组分及变化。结果表明,S1果皮的代谢组成分有394种,S2果皮的代谢组成分有401种,S3果皮的代谢组成分有397种,3个取样期果皮中共检测出29类416种代谢物,其中373种为三者共有;转色过程中3个比较组果皮差异代谢物分别为32个(S1 vs S2)、195个(S1 vs S3)和186个(S2 vs S3),其中共有差异代谢物20个。通过KEGG富集分析显示,S1 vs S2差异代谢物主要涉及类黄酮的生物合成、次生代谢物的生物合成、二苯乙烯、二芳基庚酸类和姜酚合成、半胱氨酸和蛋氨酸代谢和异黄酮的生物合成等通路;S1 vs S3差异代谢物主要涉及代谢途径、次生代谢物、花青素和氨基酸的生物合成等通路;S2 vs S3差异代谢物主要涉及代谢途径、异黄酮、花青素和氨基酸的生物合成等通路。
基金Supported by grants of Natural Science Foundation of China(No.31070052)Ministry of Science and Technology of China(No.2005DFA30280+2 种基金No.2007AA021506)a grant of Natural Science Foundations of Jiangsu Province,China(No.BK2009084No.BK2010027)
文摘目的:探讨兔骨质疏松症(osteoporosis,OP)发生过程中骨髓代谢的变化特点。方法:通过兔双侧卵巢切除术(ovariectomy,OVX)制作兔OP模型模拟绝经期妇女的OP过程。双能X线吸收测量法测量骨密度(bone mineraldensity,BMD)的变化。通过活体磁共振氢质子波谱(proton magnetic resonance spectroscopy,1H-MRS)和离体液相色谱结合质谱(LC-MS/MS)分析等多种方法对骨髓进行代谢组学分析。OVX组和假手术组(Sham组)的取样分析节点均分别设定在术前、术后2个月和术后5个月。结果:随着时间的发展,术后5个月OVX组的BMD值较Sham组明显减低(2个月,P<0.05;5个月,P<0.01)。1H-MRS扫描分析表明,与Sham组相比,OVX组骨髓中的乳酸和脂类含量在术后2个月和5个月时均明显增加。OVX组骨髓中的胆碱、肌酸、谷氨酰胺、羟脯氨酸却较Sham组减少。在术后2个月时,进行离体骨髓代谢组学分析,也得到了上述相似的骨髓代谢变化结果。此外,1H-MRS扫描分析发现,OVX组的氨基酸、酰基肉碱、核苷酸和神经酰胺发生了显著变化。相关分析发现,BMD值与乳酸值之间呈明显负相关(r=-0.842,P<0.01),BMD与胆碱、肌酸、谷氨酰胺和羟脯氨酸呈显著正相关。结论:本研究发现随着OP进展,骨髓代谢会发生一系列复杂变化。利用1H-MRS对活体进行骨代谢变化扫描分析可能是评价OP的一种潜在无创方法。
文摘柿叶含有丰富的钙、铁、锰、锌等人体必需的矿质元素,不同柿树品种,其柿叶中矿质元素的组成和含量有着明显差异。本研究以‘君迁子’(Diospyros Lotus Linn,DL)为对照,采用代谢组学-转录组学联合分析,研究了‘黑柿’(Diospyros kaki.HeiShi,HS)、‘西村早生’(Diospyros kaki Thunb.Nishimurawase,NM)、‘泰富’(Diospyros kaki Thunb.TaiFu,TF)鲜嫩柿叶中矿质元素的含量差异。代谢组学分析显示,从DL vs.HS、DL vs.NM和DL vs.TF中分别获得了382、391和368个差异代谢产物(differentially accumulated metabolites,DAMs),其中229个为共同DAMs。经RNA测序,获得了182008个单基因(unigenes),平均长度为652 bp,从DL vs.HS、DL vs.NM和DL vs.TF中分别获得了2598、3503和3333个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。经基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,分别从DL vs.HS、DL vs.NM和DL vs.TF中获得了9、12和12个与矿物质吸收相关的DEGs,其中6个为共同DEGs,每百万碱基测序的转录本序列每千碱基序列片段数(fragments per kilobase of transcript sequence per millions base pairs sequenced,FPKM)值差异倍数为1.34–6.15,经实时荧光定量PCR(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)验证,其表达趋势均与RNA测序结果一致,相对表达水平差异倍数为0.26–10.21。转录组学数据分析和qRT-PCR验证结果表明,‘黑柿’鲜嫩柿叶中含有较高含量的矿物质,‘西村早生’和‘泰富’次之。联合分析显示,6个DEGs与其代谢产物呈正相关。本研究结果说明,3个柿树品种中,‘黑柿’的鲜嫩柿叶可推荐用于富含矿质元素柿叶茶的制作。
