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耐盐转基因大豆事件AtARA6-A001外源插入片段侧翼序列及其应用
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作者 孙星邈 侯云龙 +3 位作者 王英哲 关诗宇 邱红梅 张玲 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期29-34,共6页
转基因大豆AtARA6-A001事件采用农杆菌介导大豆遗传转化法获得,其受体为沈农9号,具有耐盐特性,目前已经进入环境释放阶段。为明确该转基因大豆材料的分子特征及其转基因检测方法,推进该转基因事件生物安全评价工作。本研究以转基因大豆A... 转基因大豆AtARA6-A001事件采用农杆菌介导大豆遗传转化法获得,其受体为沈农9号,具有耐盐特性,目前已经进入环境释放阶段。为明确该转基因大豆材料的分子特征及其转基因检测方法,推进该转基因事件生物安全评价工作。本研究以转基因大豆AtARA6-A001为研究对象,利用Southern杂交方法及基因组重测序技术鉴定了外源基因的拷贝数及插入位点的位置和方向。同时利用PCR扩增技术获得了外源T-DNA的左右侧翼序列,并基于左右旁侧序列,建立了转AtARA6基因耐盐大豆A001事件的特异性定性PCR检测方法。此方法能特异性检测转基因大豆植株AtARA6-A001根、茎、叶、花和种子样品,并且能够特异性识别转基因大豆事件的身份,这为后续转基因大豆及其产品的检测和监管提供技术支持。 展开更多
关键词 大豆 转基因 侧翼序列 重测序 定性PCR检测
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D18S51基因座等位基因侧翼序列四碱基缺失3例
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作者 韩晓龙 刘宏 +2 位作者 徐曲毅 徐际超 刘超 《刑事技术》 2023年第3期324-326,共3页
3例无关人员口腔拭子经DNA提取后采用AGCU EX20、AGCU EX30、VeriFiler Plus和PowerPlex?21四种试剂盒检测,同一样本在D18S51基因座获得了相差1个重复单元的两种等位基因分型。本文利用Sanger测序法分别对上述3例人员样本的D18S51基因... 3例无关人员口腔拭子经DNA提取后采用AGCU EX20、AGCU EX30、VeriFiler Plus和PowerPlex?21四种试剂盒检测,同一样本在D18S51基因座获得了相差1个重复单元的两种等位基因分型。本文利用Sanger测序法分别对上述3例人员样本的D18S51基因座及上下游区域进行检测。经序列比对,发现3个样本的基因组中D18S51基因座下游chr18:63281892-63281895位置均存在[GTTT]的四碱基缺失。建议针对D18S51基因座设计引物时,应选择在上述碱基缺失位置上游区域进行。 展开更多
关键词 法医遗传学 D18S51基因座 Sanger测序 侧翼序列 四碱基缺失
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棉花黄萎病菌T-DNA插入突变体表型特征和侧翼序列分析 被引量:34
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作者 徐荣旗 汪佳妮 +1 位作者 陈捷胤 戴小枫 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期489-496,共8页
【目的】为鉴定棉花黄萎病菌随机插入突变体的表型特征,构建黄萎病菌遗传转化和功能基因研究的技术平台。【方法】采用农杆菌介导的T-DNA插入和高效TAIL-PCR方法。【结果】获得了2628个棉花黄萎病菌VD991的T-DNA随机插入的突变体和15个... 【目的】为鉴定棉花黄萎病菌随机插入突变体的表型特征,构建黄萎病菌遗传转化和功能基因研究的技术平台。【方法】采用农杆菌介导的T-DNA插入和高效TAIL-PCR方法。【结果】获得了2628个棉花黄萎病菌VD991的T-DNA随机插入的突变体和15个突变体插入位点的侧翼序列。部分突变体的表型特征和插入位点侧翼序列分析表明,①突变体的菌落形态分为菌丝型、菌核型和中间型3类,菌核型约占7.3%;②在摇瓶培养条件下,突变体产孢高峰在接种后第5—6天,菌核型突变体的产孢能力普遍高于菌丝型;③棉花黄萎病菌VD991可以产生胞外蛋白酶、淀粉酶、纤维素酶和果胶酶。筛选获得蛋白酶分泌缺失的突变体3个,淀粉酶分泌缺失的突变体1个,果胶酶分泌降低的突变体6个;④菌核型突变体的致病力普遍高于野生型。获得了6个致病力减弱的突变体;⑤突变体侧翼序列与同种的大丽轮枝菌菌株VDLs.17基因组的序列一致性在95%—100%之间,与不同种的黑白轮枝菌VaMs.102序列的一致性为87%—94%。【结论】农杆菌介导的T-DNA随机插入可用于棉花黄萎病菌突变体的构建,突变体微菌核的产生与其产孢能力、致病性存在相关关系。美国大丽轮枝菌菌株VDLs.17基因组可用作黄萎病菌VD991功能基因研究的参考序列。 展开更多
关键词 黄萎病菌 T-DNA插入 表型鉴定 侧翼序列分析
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用改良TAIL-PCR技术分析转基因烟草cbf1基因插入区的侧翼序列 被引量:8
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作者 宋达峰 韩凝 +1 位作者 边红武 朱睦元 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第10期1377-1379,共3页
关键词 TAIL-PCR 侧翼序列 转基因烟草 基因插入 技术分析 非特异性 改良 简并引物 随机引物
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水稻Ac×Ds后代基因组DNA中Ds侧翼序列的扩增及其Ds插入分析 被引量:6
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作者 孙丙耀 谈建中 +3 位作者 陆小平 曲春香 万志刚 顾福根 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第12期1555-1561,共7页
采用TAIL-PCR技术从经鉴定含Ac/Ds双元件的材料中扩增Ds侧翼序列并测序,对水稻Ac×Ds后代基因组DNA进行Ac和Ds插入的PCR分析。利用NCBI的BLAST软件,以Ds侧翼序列为待查询序列进行GenBank在线搜索比对,获得Ds插入相关基因的染色体定... 采用TAIL-PCR技术从经鉴定含Ac/Ds双元件的材料中扩增Ds侧翼序列并测序,对水稻Ac×Ds后代基因组DNA进行Ac和Ds插入的PCR分析。利用NCBI的BLAST软件,以Ds侧翼序列为待查询序列进行GenBank在线搜索比对,获得Ds插入相关基因的染色体定位和功能注释等信息。对扩增的93个有效Ds侧翼序列进行分析,结果显示,有21个水稻杂交后代中Ds插入于基因编码区,其余72个插入在基因间序列,其中12个插入在特定基因的上游3kb以内的间隔区。本研究强调了提高Ds侧翼序列扩增和Ac/Ds植株筛选效率的技术关键。 展开更多
关键词 水稻 Ds侧翼序列 Ds插入 温度非对称交互PCR
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野油菜黄单胞菌8004菌株hrp基因簇侧翼序列大片段缺失突变体的构建及表型分析 被引量:9
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作者 何勇强 姚子颖 +1 位作者 姜伯乐 唐纪良 《广西农业生物科学》 CAS CSCD 2005年第3期179-186,共8页
野油菜黄单胞菌野油菜致病变种(X anthom onas camp estris pv.camp estris,简称X cc),是一类能在全球范围引起十字花科植物黑腐病的γ-变形菌纲细菌。该菌有一个长41.7 kb的H rp致病岛,包含41个开放阅读框(ORF)。H rp致病岛5′端边界为... 野油菜黄单胞菌野油菜致病变种(X anthom onas camp estris pv.camp estris,简称X cc),是一类能在全球范围引起十字花科植物黑腐病的γ-变形菌纲细菌。该菌有一个长41.7 kb的H rp致病岛,包含41个开放阅读框(ORF)。H rp致病岛5′端边界为IS1479插入元件,3′端边界为IS1595插入元件。G+C含量为62.3%,明显低于全基因组64.9%的G+C含量。根据基因类型,将该致病岛分为三个区段:位于致病岛中心区的hrp基因簇、及其左侧翼的假定基因区段(HGR)和右侧翼的降解酶类基因区段(EGR)。HGR长7.4 kb,注释蛋白编码基因6个,全部为功能未知的假定基因。EGR长9.3 kb,注释蛋白编码基因8个,其中6个为降解酶类基因。为了鉴定hrp基因簇侧翼序列的功能,采用标记置换的突变方法,将X cc 8004的hrp基因簇右侧翼EGR片段缺失。该突变体8004ΔR对寄主植物的致病力比野生型菌株显著降低,而在非寄主植物辣椒ECW-10R上仍能引起过敏反应。该突变体其它的致病相关生化因子,如胞外多糖产量和胞外酶的活力均未受明显影响。实验结果表明EGR区段的缺失不影响三型分泌系统的正常功能,也不影响该菌在基本培养基上的生长,但使X cc的致病力明显降低,提示X cc 8004菌株hrp基因簇右侧翼序列中存在与致病相关的基因。 展开更多
关键词 野油菜黄单胞菌 hrp基因簇 致病岛 侧翼序列
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侧翼序列克隆方法评价 被引量:20
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作者 洪登峰 万丽丽 杨光圣 《分子植物育种》 CAS CSCD 2006年第2期280-288,共9页
克隆已知序列的侧翼DNA区域是基因操作实验中经常面临的任务之一。自PCR技术发明以来,以其为基础克隆侧翼序列的方法不断开发,如反向PCR(inversePCR)、捕捉PCR(capturePCR)、VectorettePCR、抑制PCR(suppressionPCR)、T接头PCR(T-linker... 克隆已知序列的侧翼DNA区域是基因操作实验中经常面临的任务之一。自PCR技术发明以来,以其为基础克隆侧翼序列的方法不断开发,如反向PCR(inversePCR)、捕捉PCR(capturePCR)、VectorettePCR、抑制PCR(suppressionPCR)、T接头PCR(T-linkerPCR)、多功能接头PCR(versatilecassettePCR)、AluPCR、热不对称交错PCR(thermalasymmetricinterlacedPCR)和DNA步行—复性控制引物(DNAwalking-an-nealingcontrolprimerTM)等。本文对上述方法的原理进行了简要的概括和总结,据此将其归为三大策略,即连接成环PCR、外源接头介导PCR和半随机引物PCR。对不同的策略和同一策略中不同的方法的优缺点亦进行了比较,进而讨论和展望了它们的主要应用领域和潜力,以期对实际操作起到借鉴作用。 展开更多
关键词 侧翼序列 连接成环PCR 外源接头介导PCR 半随机引物PCR T接头PCR 热不对称交错PCR DNA步行-复性控制引物
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鼠疫耶尔森菌pgm位点及其侧翼序列遗传变异的比较分析 被引量:4
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作者 童宗中 周冬生 +17 位作者 宋亚军 张玲 韩延平 裴德翠 庞昕 李敏 崔百忠 王津 郭兆彪 祁芝珍 金丽霞 翟俊辉 杜宗敏 王效义 汪建 杨焕明 黄培堂 杨瑞馥 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期300-306,共7页
目的 研究鼠疫耶尔森菌中国自然分离株 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,了解不同疫源地菌株间的毒力差异 ,为鼠疫防治提供帮助。方法 比较分析现有 4株菌的 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,采用PCR、等位基因特异性PCR扩增 2 6 0株中国自然... 目的 研究鼠疫耶尔森菌中国自然分离株 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,了解不同疫源地菌株间的毒力差异 ,为鼠疫防治提供帮助。方法 比较分析现有 4株菌的 pgm位点及其侧翼序列的变异 ,采用PCR、等位基因特异性PCR扩增 2 6 0株中国自然分离株和 7株假结核耶尔森菌。结果 除锡林郭勒高原型和青海田鼠型菌株外 ,其他菌株均缺失了YP16 6 6的 70~ 87bp之间的 18bp碱基。 14 0 6bp处T的缺失仅存在于东方型菌株中。北天山东段型及西段A、B型 ,锡林郭勒高原型 ,青海田鼠型菌株的 pgm位点下游都没有IS10 0插入 ;锡林郭勒高原型和青海田鼠型菌株的色素沉着区有 1个IS2 85插入 ,在其下游 3kb区域还有 1个IS10 0插入。冈底斯山型和昆仑山A、B型菌株的 pgm位点上游侧翼区与其他菌株不同。36株菌的 pgm位点缺失 ,缺失的菌株主要集中在鄂尔多斯高原型 ,松辽平原B型 ,昆仑山A、B型 4种生态型菌株中。结论 北天山东段型及西段A、B型 ,锡林郭勒高原型 ,青海田鼠型菌株是中国鼠疫耶尔森菌中比较古老的菌株。锡林郭勒高原型和青海田鼠型菌株是一个独特的分支 ,建议归为第 4个生物型———田鼠型。北天山东段型及西段A、B型 ,锡林郭勒高原型 ,青海田鼠型菌株的 pgm位点 ,由于在其下游没有IS10 0插入 ,所以稳定、不易缺失? 展开更多
关键词 鼠疫 耶尔森菌 pgm位点 侧翼序列 遗传变异 比较分析
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不同TAIL-PCR通用引物在转基因大豆、水稻、油菜侧翼序列分离中的应用评价 被引量:5
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作者 陈笑芸 汪小福 +4 位作者 刘仁虎 张小明 周育 缪青梅 徐俊锋 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第7期922-928,共7页
为研究不同转基因作物T-DNA插入位点侧翼序列分离中所用的通用简并引物对TAIL-PCR的影响,本研究使用5个通用简并引物分别对8个转基因大豆、30个转基因水稻和2个转基因油菜株系进行了TAIL-PCR分析,结果表明,5个简并引物在TAIL-PCR中的扩... 为研究不同转基因作物T-DNA插入位点侧翼序列分离中所用的通用简并引物对TAIL-PCR的影响,本研究使用5个通用简并引物分别对8个转基因大豆、30个转基因水稻和2个转基因油菜株系进行了TAIL-PCR分析,结果表明,5个简并引物在TAIL-PCR中的扩增效果存在显著差异,同一简并引物在不同转基因物种的扩增效果显著不同。AD1引物在转基因水稻和转基因油菜中扩增效果较好,AD2引物在转基因水稻、油菜和转基因大豆中扩增效果均较好,AD3引物在转基因水稻中扩增出1个株系,在转基因油菜中扩增出1个株系,但AD3引物与pFGC5941 T-DNA RB上游有匹配,不适用于以pFGC5941为载体的转基因材料分析。AD4和AD5 2个引物在3个转基因物种的扩增均较差。对AD1和AD2两个引物的TAIL-PCR扩增产物进行测序,结果表明,扩增产物均对应转基因材料的侧翼序列。研究表明,不同通用引物在不同转基因事件中侧翼序列的分离效果差异较大,通用引物AD1和AD2TAIL-PCR成功率最高。不同通用引物的应用效果不仅与不同物种有关,也与外源基因的插入位点有关,而且还与载体序列匹配程度相关。为提高TAIL-PCR中T-DNA插入位点侧翼序列分离成功率,建议同时采用多个通用引物平行扩增。 展开更多
关键词 TAIL-PCR 简并引物 转基因大豆 转基因水稻 转基因油菜 侧翼序列
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大豆二核苷酸SSR侧翼序列保守性分析 被引量:4
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作者 詹少华 盛新颖 +2 位作者 樊洪泓 蔡永萍 林毅 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期195-198,共4页
从NCBI下载了大豆的EST和GSS序列,以SSR两侧序列各100 nt的片段作为分析材料,统计SSR数目、计算侧翼序列碱基组成,对SSR侧翼序列进行了序列比对和数据库blast搜索。结果表明:大豆SSR分布频率为1/6.67kb,侧翼序列GC含量为37.83%,二核苷... 从NCBI下载了大豆的EST和GSS序列,以SSR两侧序列各100 nt的片段作为分析材料,统计SSR数目、计算侧翼序列碱基组成,对SSR侧翼序列进行了序列比对和数据库blast搜索。结果表明:大豆SSR分布频率为1/6.67kb,侧翼序列GC含量为37.83%,二核苷重复是SSR的主要类型(65.7%),同一种重复基元的SSR存在多类型侧翼序列,同一类型的侧翼序列高度保守,不同类型的侧翼序列之间相似性较小,尤其是非SSR区域可以存在与SSR侧翼序列相同的序列。由上述结果推断SSR引物可能扩增出不含SSR的产物,易位可以产生形成新类型SSR。这一分析结果有助于提高SSR引物设计效率和进一步阐明SSR的形成机理。 展开更多
关键词 SSR引物 序列保守性 二核苷酸 大豆 侧翼序列 blast 多类型 NCBI
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转HAL1基因大豆侧翼序列分析及特异性检测方法研究 被引量:6
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作者 蔡勤安 尚丽霞 +2 位作者 姜志磊 于志晶 马瑞 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期32-38,共7页
为方便HAL1转基因大豆的研究和检测,以转HAL1基因大豆T3代基因组DNA为模板,使用热不对称交错PCR(TAIL-PCR)方法分离其外源基因插入位点的侧翼序列,获得了插入片段DNA序列(T-DNA)的左翼序列和右翼序列。通过比对大豆基因组序列确定其整... 为方便HAL1转基因大豆的研究和检测,以转HAL1基因大豆T3代基因组DNA为模板,使用热不对称交错PCR(TAIL-PCR)方法分离其外源基因插入位点的侧翼序列,获得了插入片段DNA序列(T-DNA)的左翼序列和右翼序列。通过比对大豆基因组序列确定其整合位点,确定了HAL1基因的T-DNA在大豆基因组1号染色体非编码区49468395位点以单拷贝插入,转基因事件不影响大豆基因组功能基因的正常表达,而且在200 mmol·L^(-1)NaCl盐胁迫下转基因植株生长力明显强于对照材料。蛋白定量检测结果表明,在叶片中蛋白含量最高可达0.03 mg·g^(-1),在根茎花中也有表达,但是含量较低。根据整合位点处的左右侧翼序列设计两对特异性PCR检测引物,PCR检测结果显示只有转HAL1基因大豆阳性材料才能扩增出926和816 bp DNA片段。本研究建立的转HAL1基因大豆特异性定性检测方法,对转基因大豆的研究具有重要的意义,也为大豆转基因受体材料的管理与检测提供参考。 展开更多
关键词 大豆 转基因 侧翼序列分析
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三角褐指藻磷酸甘油酸变位酶基因可能侧翼序列的筛选、克隆以及序列测定 被引量:7
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作者 王广策 孙海宝 曾呈奎 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期259-264,共6页
采用RT PCR的方法从酵母中成功地得到了磷酸甘油酸变位酶的cDNA基因 ,分别用32 P和地高辛 ddUTP标记以用作探针。以32 P标记的探针筛选三角褐指藻基因组文库 ,获得了 4kb的阳性DNA片段 ;进一步分析发现 ,该 4kb片段的真正阳性区域是位... 采用RT PCR的方法从酵母中成功地得到了磷酸甘油酸变位酶的cDNA基因 ,分别用32 P和地高辛 ddUTP标记以用作探针。以32 P标记的探针筛选三角褐指藻基因组文库 ,获得了 4kb的阳性DNA片段 ;进一步分析发现 ,该 4kb片段的真正阳性区域是位于片段端部的30 6bp的序列 ,因此认为该序列为三角褐指藻磷酸甘油酸变位酶基因的侧翼部分。克隆该30 6bp的DNA片段 ,并且测定其序列。结果表明 ,该 30 6bp的DNA片段包含两个同向重复序列 ,每个重复序列的大小为 1 1 6bp ,在每个重复序列中均含有GGTTCAATGT区域 ,这与一般常见的真核基因 5′端的CAATbox有相似之处。 展开更多
关键词 筛选 克隆 三角褐指藻 基因组文库 磷酸甘油酸变位酶基因 侧翼序列
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高效、新T-DNA侧翼序列分离技术--Actail-PCR 被引量:4
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作者 杨立勇 刘灶长 +2 位作者 周立国 罗华程 罗利军 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期1447-1451,共5页
【目的】建立一种有效分离T-DNA插入突变体侧翼基因组序列的方法。【方法】分离侧翼的目标基因组序列是利用T-DNA标签法研究植物功能基因组学的一个关键步骤,笔者发展稳定高效的Actail-PCR分离技术。该技术一侧引物来自于T-DNA载体,另... 【目的】建立一种有效分离T-DNA插入突变体侧翼基因组序列的方法。【方法】分离侧翼的目标基因组序列是利用T-DNA标签法研究植物功能基因组学的一个关键步骤,笔者发展稳定高效的Actail-PCR分离技术。该技术一侧引物来自于T-DNA载体,另一侧引物为一个复性控制引物。复性控制引物在3'端为一个14bp的随机简并引物,在5'端非目标尾部序列接上一个通用引物,中间由5个多聚脱氧次黄嘌呤核苷(poly(dI))连接。【结果】Actail-PCR技术将随机简并引物重新编辑成复性控制引物,在40℃的低严谨条件下,3'端的随机简并引物可以与T-DNA插入突变体的侧翼目标区段随机的结合,扩增得到目标片段,随后利用5'端的通用引物与T-DNA载体上的巢式引物依次组合,在65℃(10个循环后逐步降温至58℃)的高严谨条件下逐步扩增特异片段,同时抑制非特异性扩增,可以显著提高目标片段的扩增效率,减少假阳性。【结论】相对传统的TAIL-PCR,Actail-PCR技术可以更高效地分离T-DNA插入突变体的侧翼基因组序列。 展开更多
关键词 T-DNA 侧翼序列 TAIL-PCR Actail-PCR
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应用Tail-PCR扩增蓝猪耳T-DNA侧翼序列 被引量:4
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作者 侯雷平 王小菁 +1 位作者 李洪清 李梅兰 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期871-874,共4页
蓝猪耳是一种重要的具有观赏和科研价值的花卉植物.采用TAIL-PCR成功扩增了转基因蓝猪耳T-DNA插入位点的侧翼序列,扩增片断长度为200~2000bp,大多数片段在400bp和800bp左右,其中36%的序列含有植物的同源序列.通过与GenBank数据库比对,... 蓝猪耳是一种重要的具有观赏和科研价值的花卉植物.采用TAIL-PCR成功扩增了转基因蓝猪耳T-DNA插入位点的侧翼序列,扩增片断长度为200~2000bp,大多数片段在400bp和800bp左右,其中36%的序列含有植物的同源序列.通过与GenBank数据库比对,确定了部分T-DNA插入位点周边序列编码的可能蛋白,并提交序列7条;另外还对T-DNA转化植物时整合的位点进行了分析,发现断裂位点集中在距右边界15~18bp和右边界外234bp处,分别占总扩增片段的47.62%和38.10%.这为利用T-DNA标签进行蓝猪耳基因克隆和功能分析提供了实验技术上的保证. 展开更多
关键词 蓝猪耳 TAIL-PCR T-DNA 整合位点 侧翼序列
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长距离反向PCR技术高效扩增已知DNA片断的侧翼序列 被引量:8
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作者 洪宇植 肖亚中 +3 位作者 房伟 童品贵 袁璟 孙芹英 《激光生物学报》 CAS CSCD 2006年第1期46-49,共4页
为解决传统反向PCR技术扩增片段短、假阳性多的不足,建立了长距离反向PCR(LD I-PCR)扩增技术:0.5μg DNA/mL的反应体系使DNA酶解片段充分自身环化连接,其产物用25 nt^30 nt的序列特异引物进行长距离PCR。结果表明该方法能特异地扩增出长... 为解决传统反向PCR技术扩增片段短、假阳性多的不足,建立了长距离反向PCR(LD I-PCR)扩增技术:0.5μg DNA/mL的反应体系使DNA酶解片段充分自身环化连接,其产物用25 nt^30 nt的序列特异引物进行长距离PCR。结果表明该方法能特异地扩增出长达16 kb的序列,在已知DNA片段的侧翼序列克隆方面具有高效、简便、特异的优点。 展开更多
关键词 长距离反向PCR 侧翼序列 漆酶基因
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转BADH基因苜蓿T-DNA侧翼序列分析及转化事件特异性分析 被引量:3
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作者 张艳敏 张红梅 +4 位作者 相金英 郭秀林 刘子会 李国良 陈受宜 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期397-404,共8页
为了从分子水平上鉴别不同的转基因株系,以转BADH基因苜蓿的T0代基因组DNA为模板,采用热不对称交错PCR(TAIL-PCR)方法分离其外源基因插入位点的侧翼序列,获得了B127株系的左翼序列和右翼序列,以及B125、B138、B295和B196株系的左翼序列... 为了从分子水平上鉴别不同的转基因株系,以转BADH基因苜蓿的T0代基因组DNA为模板,采用热不对称交错PCR(TAIL-PCR)方法分离其外源基因插入位点的侧翼序列,获得了B127株系的左翼序列和右翼序列,以及B125、B138、B295和B196株系的左翼序列。侧翼序列特征分析表明,有的T-DNA边界序列被删除,有的边界序列被保留,并填充了一段未知来源的核苷酸序列。根据侧翼序列中插入载体序列和紧邻插入序列的基因组序列特征,分别设计PCR扩增的上、下游引物,并对获得的42个转BADH株系分别进行左、右翼序列的扩增,结果表明,转基因植株B106、B125、B138、B157、B158、B289、B295、B305和B127具有相同的扩增条带,B203、B220、B223和B196具有相同的扩增条带,说明这些株系可能仅来源于2个转化事件。本研究建立的事件特异性检测方法可以准确地将不同的转化株系区别开来。 展开更多
关键词 转基因苜蓿 BADH T-DNA 侧翼序列 事件特异性检测
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优化反向PCR法分离转基因油菜外源T-DNA侧翼序列的研究 被引量:9
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作者 杨坤 吴学龙 +1 位作者 朗春秀 陈锦清 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2010年第10期5002-5005,共4页
[目的]优化反向PCR(IPCR)条件分离油菜转基因外源T-DNA的侧翼序列。[方法]以单拷贝的转基因油菜FS4为研究材料,用改良CTAB法提取转基因油菜总DNA,并进行酶切、纯化、自连接,再通过两轮巢式PCR扩增,进行序列对比。[结果]两轮巢式PCR扩增... [目的]优化反向PCR(IPCR)条件分离油菜转基因外源T-DNA的侧翼序列。[方法]以单拷贝的转基因油菜FS4为研究材料,用改良CTAB法提取转基因油菜总DNA,并进行酶切、纯化、自连接,再通过两轮巢式PCR扩增,进行序列对比。[结果]两轮巢式PCR扩增得到1个大小为4.0kb的片段,其序列与油菜数据库中BH652424和BZ044084两序列同源性分别高达97.8%和63.4%。根据序列比对结果设计特异引物对进行PCR验证的结果,也证明了FS4转基因油菜中T-DNA的确插入在该位点。[结论]优化后的IPCR条件能成功分离油菜转基因外源T-DNA的侧翼序列。 展开更多
关键词 反向PCR 侧翼序列 改良CTAB法 转基因油菜
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团头鲂PGPH α亚基基因5’端侧翼序列克隆及其表达载体的构建 被引量:3
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作者 曲宪成 周正峰 +4 位作者 崔严慧 刘颖 胡萍华 金一春 尚婧瑨 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期550-558,共9页
首先运用PCR-末端加尾法克隆了团头鲂(Megalobrama amblycephala)脑下垂体糖蛋白激素α亚基(Pituitary glycoprotein hormone α subunit,PGPH α)基因5’端侧翼序列;然后利用生物信息学理论对该序列进行了序列分析;最后在序列分析... 首先运用PCR-末端加尾法克隆了团头鲂(Megalobrama amblycephala)脑下垂体糖蛋白激素α亚基(Pituitary glycoprotein hormone α subunit,PGPH α)基因5’端侧翼序列;然后利用生物信息学理论对该序列进行了序列分析;最后在序列分析结果的基础上,构建了荧光素酶质粒表达载体。序列分析结果显示,克隆所得到的团头鲂PGPH α亚基基因5’端侧翼序列长1399bp;其序列中包含潜在的TATA盒、GC盒,以及ERE、TRE、CRE、PGBE等对PGPH α亚基基因转录调控起重要作用的转录因子结合位点;启动子区域位于-40-10bp处。利用PCR方法扩增得到了全长1439bp以及1120bp、532bp、173bp均包含转录起始位点下游40bp序列的缺失片段,并将其连接至pGL3-Basic报告基因载体,成功构建了团头鲂PGPH α亚基基因5’端侧翼序列的表达载体,为进一步研究、分析其转录调控机制提供了基础。 展开更多
关键词 团头鲂 垂体糖蛋白激素α亚基 5’侧翼序列 启动子 表达载体
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扩增T-DNA插入位点侧翼序列的方法及其应用进展 被引量:9
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作者 祁洋 李燕 +1 位作者 王永智 尉亚辉 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2009年第17期7907-7908,7927,共3页
T-DNA作为转化载体在植物分子生物学研究中得到广泛的应用。T-DNA插入位点侧翼序列的扩增方法有许多,常用的主要有热不对称交错PCR法(TAIL-PCR)、反向PCR法(I-PCR)和质粒挽救法(plasmid rescue)。笔者综述了这些方法的原理、优缺点和应... T-DNA作为转化载体在植物分子生物学研究中得到广泛的应用。T-DNA插入位点侧翼序列的扩增方法有许多,常用的主要有热不对称交错PCR法(TAIL-PCR)、反向PCR法(I-PCR)和质粒挽救法(plasmid rescue)。笔者综述了这些方法的原理、优缺点和应用,为以T-DNA建立突变库研究植物功能基因组学提供新的途径。 展开更多
关键词 T-DNA 侧翼序列 功能基因组
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转基因甘蔗BtG-2的T-DNA侧翼序列分析及其转化事件特异性检测 被引量:5
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作者 冯翠莲 万玥 +5 位作者 冯小艳 王俊刚 赵婷婷 王文治 沈林波 张树珍 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2021年第9期2468-2477,共10页
转基因甘蔗BtG-2是利用农杆菌介导法把Cry1Ac-2A-gna融合抗虫基因导入‘新台糖22号’的转基因甘蔗株系,具有良好的抗虫特性和农艺性状。为了明确转基因甘蔗BtG-2的分子特征及其检测方法,推进其生物安全性评价工作,以BtG-2的T2代为研究材... 转基因甘蔗BtG-2是利用农杆菌介导法把Cry1Ac-2A-gna融合抗虫基因导入‘新台糖22号’的转基因甘蔗株系,具有良好的抗虫特性和农艺性状。为了明确转基因甘蔗BtG-2的分子特征及其检测方法,推进其生物安全性评价工作,以BtG-2的T2代为研究材料,利用Southern杂交检测外源基因在转基因甘蔗基因组内的拷贝数;利用染色体步移技术分离外源基因在甘蔗基因组中插入位点的侧翼序列,并建立了该转化体高效灵敏的特异性PCR检测方法。结果表明:Southern杂交检测证明外源T-DNA以单拷贝方式插入BtG-2株系;经过3次的热不对称巢式PCR扩增,获得外源基因T-DNA左边侧翼序列984 bp和右边侧翼序列705 bp;以这2个序列和相应的T-DNA的左右端序列分别设计3对检测引物对,建立了BtG-2株系的转化事件特异性PCR检测方法,扩增效率最高的引物对LS011/LA451和RS160/RA588分别扩增到440 bp和428 bp的特异片段。其中T-DNA左侧设计的LS011/LA451检测引物对扩增的灵敏度高、特异性强,能够在甘蔗BtG-2基因组DNA相对含量为0.1%的模板中检测出转基因目的成分,相当于9个单倍体基因组拷贝数。本研究完成了转基因株系BtG-2的分子特征及其转化事件特异性检测,为该转基因甘蔗及其衍生产品的检测和身份识别提供技术依据。 展开更多
关键词 抗虫转基因甘蔗 T-DNA侧翼序列 转化事件特异性检测 染色体步移
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