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全基因组测序技术在结核病中的应用进展
1
作者 郑婷婷 向菲 《中国现代医生》 2024年第3期119-122,130,共5页
全基因组测序是高通量测序技术,因偏倚小、成本不断降低等优势而广泛应用于疾病的临床诊断和研究中。近年来,结核病带给全球公共卫生的压力不容小觑。目前,全基因组测序技术在结核病诊断、耐药性检测、致病机制研究及其传播防控等方面... 全基因组测序是高通量测序技术,因偏倚小、成本不断降低等优势而广泛应用于疾病的临床诊断和研究中。近年来,结核病带给全球公共卫生的压力不容小觑。目前,全基因组测序技术在结核病诊断、耐药性检测、致病机制研究及其传播防控等方面面临诸多挑战。本文阐明全基因组测序技术在结核病中的最新应用进展。 展开更多
关键词 结核病 全基因组测序 耐药结核病 结核分枝杆菌
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低深度全基因组测序技术在复发性流产遗传学病因诊断中的应用
2
作者 纪桢 李晓洲 +3 位作者 王秀艳 刘蓝泽 孟凡荣 琚端 《天津医药》 CAS 2024年第5期490-494,共5页
目的应用低深度全基因组拷贝数变异分析(CNV-seq)技术研究胚胎染色体异常在复发性流产(RSA)及偶发流产(SA)中的差异。方法采集158例RSA患者(RSA组)和244例SA患者(SA组)的流产组织进行CNV-seq检测,对可疑染色体异常的夫妇进行高分辨外周... 目的应用低深度全基因组拷贝数变异分析(CNV-seq)技术研究胚胎染色体异常在复发性流产(RSA)及偶发流产(SA)中的差异。方法采集158例RSA患者(RSA组)和244例SA患者(SA组)的流产组织进行CNV-seq检测,对可疑染色体异常的夫妇进行高分辨外周血染色体核型检测。结果402例样本中有2例检测失败,检测成功率99.5%(400/402)。共检测出染色体异常238例(59.5%),包括染色体数目异常212例(89.1%),致病性拷贝数变异25例(10.5%),单亲二倍体1例(0.4%)。RSA组和SA组总体染色体异常、非整倍体、三倍体发生率差异均无统计学意义。RSA组致病性拷贝数变异在染色体异常中的构成比显著高于SA组(P<0.05)。高分辨外周血核型分析检测共发现4例平衡易位携带者。35~39岁年龄段中SA组胚胎染色体异常率高于RSA组(P<0.05)。2组早期流产中胚胎染色体异常率均明显高于中期流产;早期流产中,SA组的流产组织(POC)染色体异常率高于RSA组(P<0.05)。结论CNV-seq可以对胚胎染色体数目异常和染色体片段重复/缺失进行精准诊断,在RSA和SA的遗传学病因诊断中同样重要,可为再生育指导提供依据。 展开更多
关键词 流产 习惯性 全基因组测序 DNA拷贝数变异 遗传学 染色体畸变 核型分析
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兔源肠致病性大肠埃希菌全基因组测序及毒力和耐药基因分析
3
作者 董浩 赵明海 +8 位作者 刘志国 李楠 邢壮壮 张乐颖 左琴 董青花 梁春南 刘佐民 马丽颖 《实验动物科学》 2024年第1期70-76,共7页
目的揭示一株从腹泻实验兔中分离到的肠致病性大肠埃希菌ILAREc-01的基因组特征、毒力基因和耐药基因分布情况。方法采用高通量测序法对基因组序列进行测定,采用VFDB、ARDB、CAZy、SWISS-PROT、COG、CARD、KEGG、T3SS等8个数据库对基因... 目的揭示一株从腹泻实验兔中分离到的肠致病性大肠埃希菌ILAREc-01的基因组特征、毒力基因和耐药基因分布情况。方法采用高通量测序法对基因组序列进行测定,采用VFDB、ARDB、CAZy、SWISS-PROT、COG、CARD、KEGG、T3SS等8个数据库对基因组中的基因功能进行预测,并且对ILAREc-01菌株进行了遗传进化分析。结果ILAREc-01基因组中编码5249个基因;CARD数据库分析表明ILAREc-01菌株具有7类耐药机制的59个耐药基因;通过VFDB数据库分析,在ILAREc-01中注释了553个毒力基因,并发现了肠细胞脱落位点毒力岛(LEE);ILAREc-01与FORC028、E2865和110512株具有较高的同源性。结论本研究进行了兔源肠致病性大肠埃希菌ILAREc-01的全基因组测序,完成了毒力基因和耐药基因的注释,并开展了遗传进化分析,为揭示该病原的致病机制和科学防控实验兔大肠埃希菌病提供了数据支撑。 展开更多
关键词 肠致病性大肠埃希菌 兔 全基因组测序 毒力基因 耐药基因
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药物敏感性试验与全基因组测序检测抗结核药物耐药性的比较研究
4
作者 喻秋菊 侯杰 +3 位作者 林钰灵 罗佳 谢轶 马莹 《国际检验医学杂志》 CAS 2024年第3期378-384,共7页
目的通过药物敏感性试验(DST)和全基因组测序(WGS)检测结核分枝杆菌(MTB)的耐药情况,比较二者一致性,探讨全基因测序用于MTB耐药性检测的特点。方法选取2018-2020年留存于四川大学华西医院共71例MTB临床分离株,采用DST(氧化还原指示剂法... 目的通过药物敏感性试验(DST)和全基因组测序(WGS)检测结核分枝杆菌(MTB)的耐药情况,比较二者一致性,探讨全基因测序用于MTB耐药性检测的特点。方法选取2018-2020年留存于四川大学华西医院共71例MTB临床分离株,采用DST(氧化还原指示剂法)和WGS两种方法对菌株进行异烟肼(INH)、利福平(RIF)、链霉素(SM)、乙胺丁醇(EMB)、莫西沙星(MFX)、氧氟沙星(OFX)、左氧氟沙星(LFX)、卡那霉素(KAN)、阿米卡星(AMK)、卷曲霉素(CPM)、乙硫异烟胺(ETH)、利福布汀(RFB)、对氨基水杨酸(PAS)和氯法齐明(CLO)共14种药物的耐药性检测,并对结果进行Kappa检验分析。结果两种方法对RIF、RFB、SM、MFX、OFX和LFX 6种药物耐药性检测的符合率均超过90.00%,Kappa值均大于0.80,一致性较好;INH和EMB耐药性检测的符合率分别为84.51%,81.69%,Kappa值分别为0.68和0.54,一致性一般;AMK和KAN两种方法检测的耐药株未超过2株,耐药率小于3.00%;CPM、ETH、PAS、CLO耐药性检测的符合率范围为61.97%~91.55%,Kappa值均小于0.40,一致性较差。结论WGS检测不同抗结核药物耐药性的能力存在差异,其检测RIF、RFB、SM、MFX、OFX和LFX 6种药物耐药性效果较佳,而检测其他抗结核药物耐药性与DST相比较仍存在一定差异,需要进一步明确相关药物的详细耐药机制,并对WGS用于耐药性分析的标准化进行探索。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 药物敏感性试验 全基因组测序 一致性
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Amycolatopsis sp.的全基因组测序及香兰素合成途径分析
5
作者 王冠娜 郑义培 郑璞 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期25-30,共6页
拟无枝酸菌(Amycolatopsis sp.)CCTCC NO:M2011265是一株可以转化阿魏酸生成香兰素菌株,该研究利用Illumina Hiseq测序平台对拟无枝酸菌进行全基因组测序、拼接、基因预测及功能注释,并从拟无枝酸菌的全基因组中筛选和鉴定参与香兰素合... 拟无枝酸菌(Amycolatopsis sp.)CCTCC NO:M2011265是一株可以转化阿魏酸生成香兰素菌株,该研究利用Illumina Hiseq测序平台对拟无枝酸菌进行全基因组测序、拼接、基因预测及功能注释,并从拟无枝酸菌的全基因组中筛选和鉴定参与香兰素合成的功能基因。结果表明,总共组装得到64个scaffolds,整个基因组组装大小约为8425551 bp,总GC含量为71.89%。通过生物信息学分析发现了香兰素合成关键基因ech、fcs和ech2基因,及香兰素分解代谢基因vdh基因,其中ech和fcs为一个基因簇,并进一步构建过表达ech-fcs-ech2菌株,其摇瓶发酵表明转化阿魏酸生成香兰素速率加快,发酵时间显著缩短。该研究获得的拟无枝酸菌的全基因组信息为解析其转化阿魏酸生成香兰素发酵过程中的代谢机理提供遗传信息基础,也为通过代谢工程获得高产香兰素菌株的研究提供理论支持。 展开更多
关键词 香兰素 拟无枝酸菌 全基因组测序 阿魏酸 基因功能注释
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蜡样芽孢杆菌GW-01全基因组测序及生物学特性分析
6
作者 刘珊 蒋杨丹 +4 位作者 颜佶沙 谢宇宣 赵思佳 何启田 赵甲元 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第7期167-176,共10页
目的:通过全基因组测序和生物信息学,研究前期筛选可降解高效氯氰菊酯(β-CY)蜡样芽孢杆菌GW-01的基因组序列信息和生物学特性,为其安全性评估提供参考。方法:利用HPLC验证了GW-01降解β-CY的能力。GW-01的整个基因组基于二代Illumina N... 目的:通过全基因组测序和生物信息学,研究前期筛选可降解高效氯氰菊酯(β-CY)蜡样芽孢杆菌GW-01的基因组序列信息和生物学特性,为其安全性评估提供参考。方法:利用HPLC验证了GW-01降解β-CY的能力。GW-01的整个基因组基于二代Illumina NovaSeq与三代PacBio Sequel测序平台相结合的测序技术,对菌株GW-01进行全基因组测序,并对测序数据进行基因组组装、基因预测与功能注释、碳水化合物活性酶预测、毒力因子和抗生素抗性分析,此外,还基于gyrA基因序列对菌株GW-01构建系统发育树。结果:GW-01在第6 d可降解48.4%的β-CY;GW-01菌株全基因组大小为5244145 bp,基因组类型为环状,平均GC含量36.43%,共编码5314个基因,含有104个tRNA基因,313个ncRNA,GW-01菌株全基因组序列在GO、KEGG、COG、NR和Swiss-Prot、CAZy、VFDB、CARD数据库分别注释到基因3536、4714、4434、5290、3854、135、263和96个,GW-01与其他四个近缘菌株相比显示出高GC含量,并且毒力因子和耐药基因较少。结论:GW-01与其近缘菌相比,显示出明显不同的进化途径和毒素编码基因,表明其安全性较高。 展开更多
关键词 蜡样芽孢杆菌 全基因组测序 生物学特性 安全性
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全基因组测序技术在耐药结核病诊断中的应用价值
7
作者 吴联朋 夏丹丹 徐克 《温州医科大学学报》 CAS 2024年第1期42-46,52,共6页
目的:评估全基因组测序(WGS)技术在耐药结核病诊断中的应用价值。方法:收集2021年1月至2022年9月温州市中心医院收治的65例结核病患者的菌株,采用MGIT960液体法药敏试验及WGS同时对菌株进行链霉素、利福平、异烟肼、乙胺丁醇4种一线抗... 目的:评估全基因组测序(WGS)技术在耐药结核病诊断中的应用价值。方法:收集2021年1月至2022年9月温州市中心医院收治的65例结核病患者的菌株,采用MGIT960液体法药敏试验及WGS同时对菌株进行链霉素、利福平、异烟肼、乙胺丁醇4种一线抗结核药物的耐药性检测。以MGIT960试验结果为参考标准评价WGS在耐药结核病中的诊断效能。结果:WGS检测后发现链霉素耐药基因突变类型以rpsL_K43R(62.07%,18/29)、rpsL_K43R+rrs_A1401G(13.79%,4/29)为主;利福平耐药基因突变类型以rpoB_S450L(48.15%,26/54)、rpoB_D435V(9.26%,5/54)为主;异烟肼耐药基因突变类型以katG_S315T(78.72%,37/47)、fabG1_C-15T(8.51%,4/47)为主;乙胺丁醇耐药基因突变类型以embB_M306V(52.38%,11/21)、emb B_M306I(14.29%,3/21)为主。以MGIT960试验结果为参考标准,WGS检测链霉素、利福平、异烟肼、乙胺丁醇耐药的灵敏度分别为93.10%、98.11%、95.92%、81.25%,特异度分别为94.44%、83.33%、100.00%、83.67%,kappa值分别为0.875、0.842、0.920、0.578。WGS诊断耐多药结核病(MDR-TB)的灵敏度为93.10%,特异度为100.00%,kappa值为0.887。结论:WGS诊断链霉素、利福平、异烟肼的耐药性具有较高的灵敏度和特异度,一致性较好,诊断MDR-TB效能较好,可为临床早期诊断耐药结核病提供帮助。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 耐药性 全基因组测序 应用价值
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全基因组测序技术在临床诊断中的应用 被引量：4
8
作者 姚如恩 傅启华 郁婷婷 《国际检验医学杂志》 CAS 2023年第17期2049-2052,共4页
全基因组测序技术以其技术原理和检测范围为主要优势,已经在遗传病基因诊断、肿瘤基因检测、个体化用药研究等不同场景中展现出强大的应用价值。虽然全基因组测序技术相对于其他基因检测技术拥有更好的诊断效率、检测灵敏度和准确性等特... 全基因组测序技术以其技术原理和检测范围为主要优势,已经在遗传病基因诊断、肿瘤基因检测、个体化用药研究等不同场景中展现出强大的应用价值。虽然全基因组测序技术相对于其他基因检测技术拥有更好的诊断效率、检测灵敏度和准确性等特点,但作为新技术必然存在应用及推广过程中的困难与挑战。该文主要述评了全基因组测序技术在临床诊断及其他相关领域中的应用及部分实例,同时为进一步优化和完善该技术的应用前景,详细探讨了该技术的优势与挑战。 展开更多
关键词 全基因组测序 遗传病 肿瘤基因组 药物基因组 遗传咨询
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全基因组测序分析北京地区人源结肠弯曲菌基因组特征和耐药性
9
作者 张代涛 张新 +5 位作者 黄瑛 吕冰 田祎 林长缨 王宇 曲梅 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期682-687,694,共7页
目的 了解北京地区人源结肠弯曲菌的耐药特征、毒力特征及多位点序列分型等遗传进化关系。方法 对2019-2021年北京市肠道门诊腹泻病例中分离到的36株结肠弯曲菌,采用琼脂稀释法进行抗生素敏感性检测;基于全基因组测序结果分析其耐药基... 目的 了解北京地区人源结肠弯曲菌的耐药特征、毒力特征及多位点序列分型等遗传进化关系。方法 对2019-2021年北京市肠道门诊腹泻病例中分离到的36株结肠弯曲菌,采用琼脂稀释法进行抗生素敏感性检测;基于全基因组测序结果分析其耐药基因、毒力基因、多位点序列分型及全基因组单核苷酸多态性(whole genome single nucleotide polymorphisms, wgSNPs)遗传进化分析。结果 36株结肠弯曲菌对萘啶酸和四环素的耐药率为100.0%,对环丙沙星的耐药率为97.2%,对红霉素和阿奇霉素的耐药率为38.9%;36株菌均为多重耐药株,有10种耐药模式。基于全基因组测序结果,36株结肠弯曲菌分为21种ST型,优势克隆群为CC828;携带大环内脂类、喹诺酮类、氨基糖苷类、酰胺醇类、四环素类等多种类型耐药基因;携带6类38种毒力基因。wgSNPs遗传进化分析显示克隆群CC1150与优势克隆群CC828相距较远,处于独立的分枝,CC828克隆群内菌株聚集成3簇,呈现多样性分布。结论 北京市人源结肠弯曲菌分离株耐药严重,多重耐药谱广泛;耐药基因与耐药表型有一定的关联;克隆复合体以CC828为主,具有较高的遗传多样性。 展开更多
关键词 结肠弯曲菌 全基因组测序 耐药性 毒力特征
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基于全基因组测序的昌平区高校结核病传播链确定研究
10
作者 张治国 杨震 +2 位作者 孙倩 包城 赵飞 《中国医学前沿杂志（电子版）》 CSCD 2023年第4期50-54,共5页
目的 对北京市昌平区高校内出现的结核分枝杆菌培养阳性患者进行调查,以期从流行病学角度和分子生物学角度评价病例之间是否存在传播关系。方法 纳入2018年1月1日至2019年12月31日北京市昌平区27所高校出现的结核病患者为指示病例,通过... 目的 对北京市昌平区高校内出现的结核分枝杆菌培养阳性患者进行调查,以期从流行病学角度和分子生物学角度评价病例之间是否存在传播关系。方法 纳入2018年1月1日至2019年12月31日北京市昌平区27所高校出现的结核病患者为指示病例,通过密切接触者调查尽量筛查出密切接触者中的结核病患者。对发现的结核分枝杆菌培养阳性患者提取细菌的DNA并进行全基因组测序,通过与标准菌株比对,以评价菌株之间是否同源。结果在101例指示病例中,有44例细菌学阳性的患者,但仅有29例培养阳性,且其中1例被诊断为非结核分枝杆菌感染。在29例培养阳性指示病例的64例密切接触者中,并未发现结核病患者。而72例培养阴性指示病例的250例密切接触者中,有3例被诊断为结核病,且其中2例培养阳性。因此,提取培养阳性的28例指示病例和2例密切接触者中的结核分枝杆菌DNA并进行全基因组测序。全基因组测序结果显示30例菌株核心基因组SNP的差异均≥100SNPs,按照本研究分子生物学鉴定标准,30例菌株被认为非相同菌株传播,不存在同源性。结论本研究未找到指示病例和密切接触者具有相同细菌的证据,因此无法从分子生物学角度鉴定其存在传播关系的可能。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 全基因组测序 传播 学生 高校
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临床患者血培养分离出卡明斯假谷氨酸杆菌的全基因组测序及基因功能分析
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作者 许楠 杨旭东 +4 位作者 田莹 刘泽世 薛丽 高宁 耿燕 《现代检验医学杂志》 CAS 2023年第3期58-64,共7页
目的 应用全基因组测序及生物信息学分析方法对一株分离自腹膜间皮瘤患者血液标本中的卡明斯假谷氨酸杆菌菌株进行基因测序和功能分析。方法 于2018年8月2日~8月15日,两次从临床患者血液中分离出的微生物经基质辅助激光解析电离-飞行时... 目的 应用全基因组测序及生物信息学分析方法对一株分离自腹膜间皮瘤患者血液标本中的卡明斯假谷氨酸杆菌菌株进行基因测序和功能分析。方法 于2018年8月2日~8月15日,两次从临床患者血液中分离出的微生物经基质辅助激光解析电离-飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF)鉴定为卡明斯假谷氨酸杆菌。应用基因组测序软件构建、自组装的基因功能表注释器及anti SMASH等软件预测其次级代谢反应和产物蛋白生物合成调控相关的基因及基因簇。通过查询COG,KEGG,GO,NR,CAzy和SwissProt数据库对预测的基因进行功能注释。结果 卡明斯假谷氨酸杆菌基因组经过重组装、分析筛选及基因序列整合筛选和优化,得到了约300个Scaffolds,总长度约2 456 693bp,GC含量平均约为58.39%。分析发现其中约有2 097个编码基因,1 431个功能注释蛋白。其中427个蛋白功能未知,KEGG预测到的编码蛋白主要集中在碳水化合物代谢、氨基酸代谢、能量代谢、维生素代谢、脂类代谢和遗传信息传递和表达等通路。CAZy注释发现27个碳水化合物代谢相关酶,通过基因序列比对识别出21个与β-内酯合成有关的次级代谢基因,序列分析发现89个抗药性基因。结论 首次成功全面深入分析了卡明斯假谷氨酸杆菌的基因组序列,为今后研究该菌株的代谢特点、致病性及抗药性奠定了基础。 展开更多
关键词 卡明斯假谷氨酸杆菌 全基因组测序 基因注释
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基于全基因组测序的丁酸梭菌安全性评价
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作者 高应瑞 康福忠 +4 位作者 孟铁健 刘珂飞 王调调 陈金艳 孙彤 《生物技术进展》 2023年第5期755-759,共5页
丁酸梭菌为革兰氏染色阳性专性厌氧菌,其主要代谢产物为丁酸,其次为乳酸、乙酸等有机酸,广泛分布于动物和人的肠道中。丁酸梭菌作为益生菌,在人以及动物的疾病预防、肠炎等疾病的治疗中均有良好的效果[1]。开展了丁酸梭菌全基因组测序,... 丁酸梭菌为革兰氏染色阳性专性厌氧菌,其主要代谢产物为丁酸,其次为乳酸、乙酸等有机酸,广泛分布于动物和人的肠道中。丁酸梭菌作为益生菌,在人以及动物的疾病预防、肠炎等疾病的治疗中均有良好的效果[1]。开展了丁酸梭菌全基因组测序,从耐药性、毒力基因、致病性等方面综合评价了丁酸梭菌的安全性能。结果显示,丁酸梭菌基因组DNA总长度4709567 bp,其中包含1条环状染色体DNA、1条环状质粒和2条线性质粒DNA。环状染色体DNA大小为3873131 bp,G+C摩尔百分含量为28.86%,环状质粒DNA大小为769297 bp,G+C含量为28.33%,线性质粒1 DNA大小为49922 bp,G+C含量为28.26%,线性质粒2 DNA大小为17217 bp,G+C含量为27.89%。基因组中共检测到4285个基因、87个tRNA基因、44个rRNA基因和3个sRNA基因;通过与CARD和ARDB数据库相比较,丁酸梭菌全基因组中未检测到数据库中已经收录的耐药基因及致病性相关基因的存在,分析结果为今后进行安全性评价试验奠定了基础。 展开更多
关键词 丁酸梭菌 全基因组测序 安全性 耐药 毒力
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三类禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌流行病学调查及全基因组测序分析 被引量：4
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作者 李翠函 曲志娜 +12 位作者 高玉斌 李彦 王娟 段笑笑 王琳 张喜悦 赵格 黄秀梅 赵建梅 张青青 王君玮 黄保续 刘俊辉 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1653-1662,共10页
【目的】研究不同禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌(carbapenem-resistant Escherichia coli,CREC)的群间分布、耐药特征及菌株间亲缘关系,为阻断CREC的潜在危害提供技术支持。【方法】在胶东地区采集肉鸡、蛋鸡、水禽三类家禽泄殖腔拭子1131... 【目的】研究不同禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌(carbapenem-resistant Escherichia coli,CREC)的群间分布、耐药特征及菌株间亲缘关系,为阻断CREC的潜在危害提供技术支持。【方法】在胶东地区采集肉鸡、蛋鸡、水禽三类家禽泄殖腔拭子1131份,利用选择性分离培养、质谱鉴定、PCR、微量肉汤稀释法、多位点序列分型(MLST)及全基因组测序(WGS)等方法进行CREC菌株鉴定与分析。【结果】共分离出364株bla NDM基因阳性的CREC菌株,分离率为32.18%,阳性场总体占比为76.32%,肉鸡场和个体阳性率均最高,分别为93.33%和55.56%。三类禽源菌株均多重耐药,83.65%菌株对8类及以上药物同时耐药,对多数测试药物耐药率在80%以上。肉鸡多重耐药问题最严重,水禽次之,蛋鸡相对较轻。45株全基因组测序的CREC菌株携带12类52种耐药基因,4种bla NDM变异体,以bla NDM-5(77.78%)为主,三类家禽对同类耐药基因的检出率存在差异。共检出46种ST型,多样性比为44.23%。三类家禽CREC菌株间单核苷酸多态性(SNPs)差异位点为82~71307个,且携带的优势型不同。【结论】携带bla NDM的CREC在不同家禽养殖场尤其是肉鸡场广泛存在,以bla NDM-5亚型最为常见,对多种抗菌药普遍耐药,且携带大量耐药基因,以质粒传播为主。CREC菌株在三类家禽中呈多样化分布,且多数菌株间亲缘关系相差较远。提示应针对不同动物群体,加强监测和影响因素研究,以降低CREC的潜在风险。 展开更多
关键词 家禽 碳青霉烯类耐药大肠杆菌(CREC) 群间分布 多位点序列分型(MLST) 全基因组测序(WGS)
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6株K亚群禽白血病病毒分离株的全基因组测序及遗传进化分析 被引量：1
14
作者 游广炬 阿热阿依·海依拉提 +5 位作者 李炜 李晓齐 高丽 曹红 王永强 郑世军 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2023年第6期116-126,共11页
为研究目前中国临床流行的ALV毒株特征,我们采集临床上ALV P27阳性的鸡的血浆,接种DF-1细胞进行病毒分离,分离出6株外源性ALV毒株,并进一步对分离毒株进行前病毒全基因组测序。结果表明,6个ALV分离株的基因组结构均为典型的复制完整型C... 为研究目前中国临床流行的ALV毒株特征,我们采集临床上ALV P27阳性的鸡的血浆,接种DF-1细胞进行病毒分离,分离出6株外源性ALV毒株,并进一步对分离毒株进行前病毒全基因组测序。结果表明,6个ALV分离株的基因组结构均为典型的复制完整型C型逆转录病毒,缺乏病毒致癌基因,分离株DT190901基因组全长为7473 bp;DT190902和DT190905为7467 bp;DT190903和DT190906为7481 bp;DT190904为7493 bp,分离株间基因组序列同源性较高(98.6%~99.9%)。对6个ALV分离株与其他ALV毒株进行序列比较和遗传进化分析,结果表明,分离株的LTR、gag、pol及gp37基因与内源性ALV相比具有较高同源性(>93.8%),gp85基因与ALV-K一致性较高(>95.4%),属于新型ALV亚群(K亚群)遗传分支。分离株的LTR序列与内源性ALV相似,比其他外源性ALV亚群缺少一个CAAT Box、PRE Box、Y Box及CArG Box等转录调控元件。结果表明这6个分离株属于ALV-K亚群,为ALV-K与内源性ALV的重组毒株,其LTR序列与内源性ALV接近可能导致其复制能力及致病性降低。遗传进化分析表明,ALV-K已经在我国局部流行,并出现基因重组和突变毒株,应该引起重视并改进净化防控措施控制ALV-K流行。 展开更多
关键词 禽白血病病毒 K亚群 重组毒株 全基因组测序 遗传进化分析
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儿童抗结核药物耐药比例法、微孔板法、全基因组测序检测对比研究 被引量：1
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作者 张颖 任巧丽 +2 位作者 赵瑞秋 许红梅 龙晓茹 《临床儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期117-124,共8页
目的 探索微孔板法药物敏感性试验(DST)和全基因组测序(WGS)检测4种常用抗结核药物耐药性在儿科临床应用价值。方法 复苏培养阳性的结核分枝杆菌(MTB)保存菌株61株,分别行比例法、微孔板法和WGS检测异烟肼、利福平、乙胺丁醇和链霉素的... 目的 探索微孔板法药物敏感性试验(DST)和全基因组测序(WGS)检测4种常用抗结核药物耐药性在儿科临床应用价值。方法 复苏培养阳性的结核分枝杆菌(MTB)保存菌株61株,分别行比例法、微孔板法和WGS检测异烟肼、利福平、乙胺丁醇和链霉素的耐药性。使用一致性检验检测微孔板法和WGS与比例法的一致性。结果 61株MTB菌株经比例法检测出48株(78.7%)全敏感菌株,13株(21.3%)对至少1种药物耐药,对4种药物共同耐药的3株(4.9%)。以比例法DST为金标准,微孔板法检测异烟肼耐药的敏感度、特异度和Kappa值分别为100.0%、92.0%和0.81,利福平分别为85.7%、98.2%和0.84,乙胺丁醇分别为0.0%、100.0%和0.00,链霉素分别为80.0%、98.0%和0.81;WGS检测异烟肼耐药的敏感度、特异度和Kappa值分别为90.9%、94.0%和0.79,利福平分别为100%、98.2%和0.92,乙胺丁醇分别为60.0%、94.6%和0.50,链霉素分别为80.0%、98.0%和0.81。结论 微孔板法和WGS对异烟肼、利福平和链霉素耐药检测均有较高的敏感度与特异度,与比例法结果高度一致,均可应用于临床。而对乙胺丁醇耐药性检测的一致性较差,建议使用比例法结合WGS结果来综合评判MTB乙胺丁醇的耐药性。 展开更多
关键词 全基因组测序 微孔板 一致性检验 最小抑菌浓度 儿童
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基于低深度全基因组测序分析内江猪群体结构和遗传多样性 被引量：1
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作者 赵真坚 王书杰 +7 位作者 陈栋 姬祥 申琦 余杨 崔晟頔 王俊戈 陈子旸 唐国庆 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期2297-2307,共11页
旨在更好的了解内江猪群体结构和遗传多样性,更好的保护和利用内江猪遗传资源。本研究基于低深度全基因组测序,检测了133头(12头公猪,121头母猪)内江猪的SNP,按照SNP检出率大于90%和95%获得两组SNP数据,分别编号为NJ90和NJ95。针对两组... 旨在更好的了解内江猪群体结构和遗传多样性,更好的保护和利用内江猪遗传资源。本研究基于低深度全基因组测序,检测了133头(12头公猪,121头母猪)内江猪的SNP,按照SNP检出率大于90%和95%获得两组SNP数据,分别编号为NJ90和NJ95。针对两组数据,通过群体分层、遗传距离、亲缘关系、家系划分等方法分析了内江猪群体结构,通过等位基因频率、有效等位基因数、多态性标记比、杂合度等指标估计了群体遗传多样性,最后利用不同方法评估了群体近交系数。结果显示:(1)NJ90共包含135760个SNPs位点,其等位基因频率为0.87,有效等位基因数为1.27,多态性标记比为0.76,观测杂合度为0.15,期望杂合度为0.21;NJ95包含32266个SNPs位点,其等位基因频率为0.79,有效等位基因数为1.44,多态性标记比为0.74,观测杂合度为0.30,期望杂合度为0.31。(2)NJ90结果显示群体平均遗传距离为0.20,平均亲缘系数为0.9%;NJ95结果显示群体平均遗传距离为0.25,平均亲缘系数为0.7%。(3)根据NJ90公猪和群体聚类以及亲缘关系,可将群体分为6个家系。(4)根据SNP纯合性评估群体近交系数,NJ90和NJ95平均近交系数分别为0.27和0.01;根据连续性纯合片段估计群体近交系数,NJ90和NJ95平均近交系数分别为6.65%和0.02%。综上所述,内江猪群体具有较为丰富的遗传多样性,群体遗传距离和亲缘关系较远,近交程度较低,根据公猪聚类和亲缘关系可以分为6个家系,具有较好的遗传资源保护和开发利用的基础。同时低深度重测序对比SNP芯片能够更大范围覆盖基因组信息,对群体遗传多样性分析和遗传结构分析更具参考价值。 展开更多
关键词 低深度全基因组测序 内江猪 群体结构 遗传多样性
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采用全基因组测序技术快速诊断危重症新生儿的临床实践
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作者 肖非凡 卢宇蓝 +7 位作者 吴冰冰 董欣然 程国强 胡黎园 周文浩 彭小敏 杨琳 王慧君 《中国当代儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期135-139,共5页
目的探索全基因组测序在危重症新生儿临床快速诊断中的应用。方法前瞻性纳入2019年8—9月复旦大学附属儿科医院新生儿重症监护病房中进行核心家系全基因组测序的危重症患儿。结合测序数据和患儿的临床特征,分析患儿基因检测结果、临床... 目的探索全基因组测序在危重症新生儿临床快速诊断中的应用。方法前瞻性纳入2019年8—9月复旦大学附属儿科医院新生儿重症监护病房中进行核心家系全基因组测序的危重症患儿。结合测序数据和患儿的临床特征,分析患儿基因检测结果、临床转归。结果共检测15例患儿,男9例,女6例。主要入院原因为呼吸异常7例,反应差、喂养困难各2例,发热、低体温、早产、抽搐各1例。全基因组测序平均检测周期为4.5 d。最终,3例患儿获得基因诊断,诊断阳性率为20%(3/15)。其中,2例患儿因病情较重,父母放弃治疗;1例患儿于送检样本当日死亡,基因检测结果可解释病因。结论全基因组测序技术可为临床怀疑遗传性疾病的危重症新生儿提供及时有效的诊断,为临床处置危重症病例提供遗传学依据。 展开更多
关键词 危重症 遗传性疾病 全基因组测序 新生儿
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基于全基因组测序的弯曲菌食物中毒事件的病原学研究
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作者 何娇明 马艳萍 +3 位作者 刘楚云 陈辉 俞慕华 鞠长燕 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期933-940,950,共9页
目的对深圳地区一起疑似弯曲菌引起的食物中毒事件进行病原菌全基因组测序分析,了解本地区引起食物中毒的弯曲菌的病原特征。方法采集食物中毒病例肛拭子样本和可疑食品样本,用双孔增强过滤法进行弯曲菌分离,用微生物质谱系统进行鉴定,... 目的对深圳地区一起疑似弯曲菌引起的食物中毒事件进行病原菌全基因组测序分析,了解本地区引起食物中毒的弯曲菌的病原特征。方法采集食物中毒病例肛拭子样本和可疑食品样本,用双孔增强过滤法进行弯曲菌分离,用微生物质谱系统进行鉴定,对分离到的弯曲菌用琼脂稀释法进行抗生素敏感性分析。用illumina二代测序方法进行菌株的全基因组测序,将菌株序列与Resfinder、CARD、MLST和VFDB数据库比对,分别获得耐药基因、ST型和毒力因子。用K-mer tree方法绘制系统发育树。结果共分离到17株弯曲菌,其中12株空肠弯曲菌,5株结肠弯曲菌,均来源于病人。17株菌均携带flaA、cadF、cdtA、cdtB、cdtC等毒力基因。药敏结果显示空肠弯曲菌耐药率最高的是四环素(100%),其次是萘啶酸(91.67%)、环丙沙星(83.34%)和庆大霉素(58.33%)。58.33%(7/12)的空肠弯曲菌中具有多重耐药。80%(4/5)的结肠弯曲菌对除了氯霉素类、林克酰胺类外的其它抗生素均耐药,100%的结肠弯曲菌存在多重耐药。100%的弯曲菌携带四环素类、β-内酰胺类耐药基因和gyrA基因点突变,76.47%(13/17)的弯曲菌携带氨基糖苷类耐药基因。MLST结果显示空肠弯曲菌分为6个ST型,ST-12294(6/12)、ST-12295(1/12)、ST-12296(1/12)是新发现的ST型,其中ST-12294与2021年克罗地亚地区的人源分离株、2018年深圳地区的鸡源分离株高度相关。结肠弯曲菌均为ST-828型,归属ST-828 complex,与2018年深圳蛇口市场鸡源分离株高度相关。结论本次是一起ST-12294型空肠弯曲菌和ST-828型结肠弯曲菌混合感染引起的食物中毒事件。弯曲菌多重耐药率高,需要引起重视。 展开更多
关键词 弯曲菌 全基因组测序 耐药基因 毒力基因 食物中毒
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1株产VB_(12)球形赖氨酸芽孢杆菌C5.1的分离、全基因组测序及分析
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作者 赵磊 徐琼 +2 位作者 刘洋 张奕南 钟江 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第6期165-171,共7页
为深入探究球形赖氨酸芽孢杆菌C5.1(Lysinibacillus sphaericus C5.1)菌株产VB_(12)的作用机制,利用PacBio Sequel和Illumina NovaSeq PE150相结合的方法对C5.1菌株进行全基因组测序,并对测序数据进行拼接、基因预测及功能注释。结果表... 为深入探究球形赖氨酸芽孢杆菌C5.1(Lysinibacillus sphaericus C5.1)菌株产VB_(12)的作用机制,利用PacBio Sequel和Illumina NovaSeq PE150相结合的方法对C5.1菌株进行全基因组测序,并对测序数据进行拼接、基因预测及功能注释。结果表明,C5.1菌株基因组为一个环状DNA,不含质粒,大小为4690817 bp,GC含量为37.21%,预测得到4756个编码基因,111个tRNA基因和34个rRNA基因。通过基因本体论、直系同源集、京都基因与基因组百科全书和转运蛋白分类数据库对C5.1菌株基因组进行注释分析,分别匹配到3095、3182、4374个和397个基因。进一步分析发现C5.1菌株基因组中包含从尿卟啉原Ⅲ逐步转化合成VB_(12)的关键酶。本研究为解析C5.1菌株在臭腐乳发酵过程中的代谢机理提供遗传信息基础,也为今后开展发酵食品中VB_(12)的生物合成机制研究提供理论支撑。 展开更多
关键词 发酵食品 赖氨酸芽孢杆菌 VB_(12) 全基因组测序 基因功能注释
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1株牦牛乳源产细菌素融合魏斯氏菌ZW21全基因组测序及序列分析
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作者 郑雪 梁琪 +1 位作者 宋雪梅 张炎 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2023年第20期119-126,共8页
融合魏斯氏菌(Weissella confusa)ZW21是1株具有良好抗菌活性的牦牛乳源乳酸菌,为探索其抗菌机理,分析其全基因组序列并挖掘该菌株的抗菌等功能特性基因。本研究基于Illumina NovaSeq PE150平台对W.confusa ZW21进行全基因组测序分析,... 融合魏斯氏菌(Weissella confusa)ZW21是1株具有良好抗菌活性的牦牛乳源乳酸菌,为探索其抗菌机理,分析其全基因组序列并挖掘该菌株的抗菌等功能特性基因。本研究基于Illumina NovaSeq PE150平台对W.confusa ZW21进行全基因组测序分析,并采用基因功能、京都基因与基因组百科全书、蛋白质直系同源簇、非冗余蛋白、碳水化合物活性酶数据库、转运蛋白分类数据库进行基因组基本功能注释。结果表明:W.confusa ZW21的基因组大小为2.44 Mb,GC含量45.66%;预测到2175个编码基因,编码基因总长度为1947771 bp,平均长度为896 bp;通过功能数据库对该菌株基因组基本功能注释和代谢通路基因信息注释可知,基因组中含有8种细菌素(如大肠菌素V和乳球菌素)相关基因、3种与抗氧化活性相关基因,以及可调控免疫和炎症信号通路(如核苷酸结合寡聚化结构域样受体蛋白受体信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路)和编码抗叶酸的基因。综上,W.confusa ZW21全基因组测序及分析为研究其抗菌机理提供基础。 展开更多
关键词 牦牛乳 融合魏斯氏菌 全基因组测序 基因功能注释 细菌素
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