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黄鲫的全基因组且survey分析与微卫星分布特征
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作者 郑思旭 陈诗逸 +5 位作者 梁旭东 王云鹏 沈豪迪 黄文化 柳意樊 刘炳舰 《浙江海洋大学学报（自然科学版）》 CAS 2024年第2期93-100,共8页
对黄鲫进行了全基因组测序,并进行了survey分析和微卫星特征研究,旨在评估其基因组基本信息并为进一步研究该物种的遗传多样性和进化提供重要信息。研究表明,黄鲫基因组大小约为815Mb,重复序列比例为39.69%,杂合率为1.77%;通过初步组装... 对黄鲫进行了全基因组测序,并进行了survey分析和微卫星特征研究,旨在评估其基因组基本信息并为进一步研究该物种的遗传多样性和进化提供重要信息。研究表明,黄鲫基因组大小约为815Mb,重复序列比例为39.69%,杂合率为1.77%;通过初步组装,得到的ContigN50为35836bp,ScaffoldN50为107605bp。此外,在全基因组范围内,检测出了14.562379个微卫星位点,相对丰度约1713个·Mb^(-1);其中,二碱基重复最常见(90.64%),其次为单碱基重复(5.52%),6碱基重复较少(0.24%)。微卫星重复拷贝数主要分布在6~15次之间,AC/GT和AG/CT是最常见的2碱基重复类型。这些研究结果为黄鲫的遗传学及进化生物学研究提供了重要的信息,并且为黄鲫的遗传多样性保护提供了有用的分子标记。 展开更多
关键词 黄鲫 高通量测序 全基因组survey 微卫星标记
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姬松茸新品种“中菌姬松茸1号”的基因组Survey分析
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作者 李雪松 李建英 +6 位作者 华蓉 刘绍雄 岳万松 张晓华 高章会 岳婷松 孙达锋 《中国食用菌》 2023年第5期47-51,57,共6页
为了深入开展姬松茸子实体发育、重金属富集等遗传机制的研究,为姬松茸基因组的遗传精细图谱、分子育种等研究奠定基础,采用第二代高通量测序技术对姬松茸新品种“中菌姬松茸1号”开展全基因组Survey分析。结果表明,姬松茸新品种“中菌... 为了深入开展姬松茸子实体发育、重金属富集等遗传机制的研究,为姬松茸基因组的遗传精细图谱、分子育种等研究奠定基础,采用第二代高通量测序技术对姬松茸新品种“中菌姬松茸1号”开展全基因组Survey分析。结果表明,姬松茸新品种“中菌姬松茸1号”的基因组大小约为46.59 Mb,测序深度为69×,杂合率为1.37%,(G+C)含量为46.87%,重复序列比例为24.46%;基因组初步组装后,得到20342条重叠序列(Scaffold),Scaffold N50为4.29 Kb。 展开更多
关键词 姬松茸 全基因组survey 杂合率 基因组大小 GC含量
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基于基因组survey数据的疣吻沙蚕微卫星特征分析及多态标记开发
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作者 杨尉 司圆圆 +1 位作者 许瑞雯 陈兴汉 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期123-133,共11页
为了解疣吻沙蚕(Tylorrhynchus heterochaetus)基因组信息并高效地开发微卫星标记,指导其种质资源保护与新品种的遗传改良研究,采用低深度高通量测序开展全基因组survey,k-mer分析估计疣吻沙蚕基因组大小为759.53 Mb,杂合率1.41%,重复... 为了解疣吻沙蚕(Tylorrhynchus heterochaetus)基因组信息并高效地开发微卫星标记,指导其种质资源保护与新品种的遗传改良研究,采用低深度高通量测序开展全基因组survey,k-mer分析估计疣吻沙蚕基因组大小为759.53 Mb,杂合率1.41%,重复序列比例45.92%;初步组装获得2181621条scaffold,全长为840375821 bp。在基因组序列中检测到130216个微卫星位点,丰度为154.9个·Mb^(−1)。微卫星重复次数集中在4~18拷贝;单碱基重复比例最高(35.00%),二碱基(32.48%)、三碱基(14.42%)次之;二碱基、三碱基优势基序分别是AT/AT、AAT/ATT,表现出A/T碱基优势。从随机挑选的50对引物中筛选到15对多态标记,在30尾样本中共检测到87个等位基因,等位基因数(N_(a))为2.000~12.000(平均5.800),有效等位基因数(Ne)为1.164~6.713(平均3.328),期望杂合度(H_(e))为0.141~0.789(平均0.561),多态信息含量(PIC)为0.136~0.776(平均0.511);其中13个为高度或中度多态性位点,在遗传分析中有较高的实用价值。结果表明,疣吻沙蚕基因组为复杂基因组,其微卫星位点类型丰富且具备良好的多态性潜能,可为种质资源评价、群体遗传学及分子育种研究提供有效的标记资源。 展开更多
关键词 疣吻沙蚕 全基因组survey 简单重复序列 多态性位点
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