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全外显子组测序对性发育异常患者的分子遗传学病因分析
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作者 吴柳娇 靳婵婵 +5 位作者 朱姝 黄文明 叶建宏 吕涛 朱宝生 贺静 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期495-503,共9页
目的通过全外显子组测序(WES)技术分析性发育异常(DSD)患者的分子遗传学病因,以加深对DSD致病机制的认识。方法收集2008年3月-2021年8月于云南省第一人民医院就诊的60例DSD患者的临床资料进行回顾性分析,并对其中1个先证者进行家系研究... 目的通过全外显子组测序(WES)技术分析性发育异常(DSD)患者的分子遗传学病因,以加深对DSD致病机制的认识。方法收集2008年3月-2021年8月于云南省第一人民医院就诊的60例DSD患者的临床资料进行回顾性分析,并对其中1个先证者进行家系研究。提取所有患者的外周血基因组DNA进行WES测序分析,WES结果利用SAMtools软件、单核苷酸多态性(SNP)数据库、InDel数据库进行SNP和InDel检测;采用ExomeDepth进行外显子水平的拷贝数变异(CNV)检测;应用PolyPhen-2、Mutation taster、PyMol软件进行突变的有害性预测,并采用Sanger进行测序验证。结果60例DSD患者中,22例为46,XX DSD,38例为46,XY DSD。22例46,XX DSD患者中14例存在SRY基因;在另外8例患者和其中1个先证者家系中,2例患者的NR5A1、PROKR2和ANOS1基因发生单核苷酸变异(SNV),4例患者中的CYP21A2基因发生CNV,其中CYP21A2 EX1 Dup已有该变异的相关致病性报道,其余3个CNV为意义未明的变异,2例未检出与DSD相关的基因突变位点。38例46,XY DSD患者WES分析结果中,14例中检出了10个致病或疑似致病变异位点,包括SRY、AR、SRD5A2、CYP17A1、NR5A1等5个基因;5例中检出CYP21A2、AKR1C2、CBX2、NR5A1基因的5个疑似致病的CNV,其中3个微缺失,2个微重复。WES结果中NR5A1(c.722G>T、c.48C>G)、ANOS1 c.564A>T变异为首次报道的位点,在检出的CNV中,CYP21A2 EX1 Dup在相关数据库中有致病性的报道,其余未见报道。结论WES技术的应用提高了对DSD的诊断能力,拓展了现有的DSD相关致病基因突变谱数据,丰富了对DSD致病机制的认识,可为开展遗传咨询提供帮助。 展开更多
关键词 性发育异常 全外显子组测序 诊断 异质性
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全外显子组测序在高度近视病因学中的研究进展
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作者 宋然 吴建峰 蒋文君 《眼科新进展》 CAS 北大核心 2024年第6期480-486,共7页
高度近视的发病与遗传因素密切相关。近年来,随着全外显子组测序技术广泛应用于高度近视的遗传学研究,基础免疫球蛋白、低密度脂蛋白受体相关蛋白1、脯氨酰4-羟化酶α多肽Ⅱ等高度近视易感基因陆续被鉴定出来,分别涉及巩膜重塑、能量代... 高度近视的发病与遗传因素密切相关。近年来,随着全外显子组测序技术广泛应用于高度近视的遗传学研究,基础免疫球蛋白、低密度脂蛋白受体相关蛋白1、脯氨酰4-羟化酶α多肽Ⅱ等高度近视易感基因陆续被鉴定出来,分别涉及巩膜重塑、能量代谢、细胞凋亡等生物学途径,进一步揭示了高度近视的发病机制。本文就近年来通过全外显子组测序技术鉴定高度近视研究较多的15个遗传易感基因及其变异的相关信号通路研究进展进行综述。 展开更多
关键词 全外显子组测序 高度近视 遗传 突变 单核苷酸多态性
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基于全外显子组测序探寻孕妇静脉血栓栓塞症的发病机制
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作者 刘博 王运菊 +2 位作者 高霞 刘孟彬 尚丽 《广东医学》 CAS 2024年第5期641-646,共6页
目的探讨全外显子组测序(WES)探寻孕妇静脉血栓栓塞症(VTE)致病基因的意义。方法2019年1月至2022年1月,招募在十堰市人民医院进行第一次产前检查(在16~24孕周内)的孕妇,并随访至分娩后42 d。共有12名患有VTE的孕妇(VTE组)和12名对照(对... 目的探讨全外显子组测序(WES)探寻孕妇静脉血栓栓塞症(VTE)致病基因的意义。方法2019年1月至2022年1月,招募在十堰市人民医院进行第一次产前检查(在16~24孕周内)的孕妇,并随访至分娩后42 d。共有12名患有VTE的孕妇(VTE组)和12名对照(对照组)纳入研究。采集血样,并通过全外显子组测序进行测序。在已知血栓形成倾向基因中发现的破坏性变异以及可能与妊娠期VTE相关的罕见破坏性变异。结果WES在VTE组中总共检测到360827处改变。在使用“识别罕见致病变异”标准进行过滤后,候选变异列表减少到8452个,其中6756个VUS变异、14个可能的致病变异。样本包含29种已知的血栓形成倾向变体,包括8个错义、3个终止密码子获、2个接合部位缺失、1个蛋白质改变插入和(或)缺失、5个移码突变、7个同义突变和3个内含子突变。突变频率最高的前5个基因是凝血因子V(F5,12.24%),其次是凝血因子2(F2,10.20%)、PROS1(10.20%)、PROC(8.16%)和SERPINA10(6.12%)。通过外显子组关联研究显示3个外显子变异达到了暗示意义,分别为TAS2R43(rs200893955,P=3.68×10^(-5))、NRCAM(rs1269621,P=5.04×10^(-5),FDR=0.0478)和ZFP41(rs6558339,P=8.85×10^(-5))。结论妊娠期VTE可能主要与包括F5、F2在内的已知致病变异以及14个可能的罕见致病变异的存在相关。 展开更多
关键词 全外显子组测序 孕妇 静脉血栓栓塞症 致病基因
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全外显子组测序技术在产前胎儿超声异常中的应用进展
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作者 乔梦茹 李奉瑾 +1 位作者 姚欣雨 张玉萍 《中国生育健康杂志》 2024年第1期86-88,共3页
胎儿先天性结构异常作为出生缺陷的重要组成部分,是引起新生儿残疾甚至死亡的重要原因之一。产前诊断是预防出生缺陷的重要举措。通过染色体核型分析、拷贝数变异检测技术等产前诊断技术,部分超声异常胎儿能得到明确诊断,但仍有60%以上... 胎儿先天性结构异常作为出生缺陷的重要组成部分,是引起新生儿残疾甚至死亡的重要原因之一。产前诊断是预防出生缺陷的重要举措。通过染色体核型分析、拷贝数变异检测技术等产前诊断技术,部分超声异常胎儿能得到明确诊断,但仍有60%以上病因尚未明确。全外显子组测序技术能在上述检测未见异常时,进一步识别出部分致病基因变异,目前已逐步应用于胎儿多系统异常、骨骼发育异常、中枢神经系统畸形、先天性心脏发育畸形及先天性泌尿系统发育异常等的遗传学病因检测。本文对WES在产前胎儿超声异常中的应用进展作一综述。 展开更多
关键词 全外显子组测序 产前诊断 超声异常 出生缺陷 遗传
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全外显子组测序鉴定7q36.3微重复的胎儿多指并指畸形
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作者 庄建龙 许伟雄 江矞颖 《国际生殖健康/计划生育杂志》 CAS 2024年第4期284-288,共5页
目的:对一个家族遗传性多指并指畸形进行临床及分子遗传学分析。方法:对1个孕期提示胎儿多指并指畸形的家系行产前诊断。孕24+5周于泉州市妇幼保健院·儿童医院产前诊断行羊水穿刺,利用染色体核型分析对胎儿行染色体异常诊断。同时... 目的:对一个家族遗传性多指并指畸形进行临床及分子遗传学分析。方法:对1个孕期提示胎儿多指并指畸形的家系行产前诊断。孕24+5周于泉州市妇幼保健院·儿童医院产前诊断行羊水穿刺,利用染色体核型分析对胎儿行染色体异常诊断。同时,利用全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)分析胎儿微小变异。此外,通过实时荧光定量聚合酶链反应(quantitative real time polymerase chain reaction,qPCR)进行微缺失/微重复验证。结果:胎儿染色体核型结果未见异常。胎儿WES检测结果显示在7q36.3区域存在一个803.7 kb片段重复(seq[GRCh37]7q36.3(155865332_156669022)×3),包含RNF32基因以及LMBR1基因的2~17号外显子。依据美国医学遗传学与基因组学学会(the American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)指南,该重复判读为致病性。父母qPCR验证提示,该重复遗传自具有同样表型的父亲。结论:明确了7q36.3微重复为胎儿多指并指畸形遗传病因,该重复可能导致了三指节拇指-多并指/趾畸形综合征,其中LMBR1为其主要起效基因。 展开更多
关键词 多指(趾)畸形 并指(趾) 病因诊断 全外显子组测序 核型分析 产前诊断 拷贝数变异
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全外显子组测序在河南地区遗传性疾病临床诊断中的应用
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作者 韦晨曦 申剑峰 +1 位作者 任伊佳 张暋 《河南大学学报(医学版)》 CAS 2024年第3期189-194,共6页
目的:探讨全外显子组测序在河南地区遗传病诊断中的应用价值。方法:选取2019年10月—2022年4月送检至郑州金域临床检验中心的全外显子组测序基因检测的365例患者为研究对象。患者需提供相关临床资料包含主诉、初步诊断及相关检测结果。... 目的:探讨全外显子组测序在河南地区遗传病诊断中的应用价值。方法:选取2019年10月—2022年4月送检至郑州金域临床检验中心的全外显子组测序基因检测的365例患者为研究对象。患者需提供相关临床资料包含主诉、初步诊断及相关检测结果。采集患者及其父母外周血进行全外显子组测序,结合患者的临床表现寻找相关的致病基因,完善遗传学病因诊断。结果:检出率为40.55%(单碱基变异检出率为28.22%,拷贝数变异检出率为12.33%)。鉴别12例Duchenne/Becker型肌营养不良、7例甲基丙二酸血症、48例发育迟缓谱系疾病、28例癫痫。结论:全外显子组测序可以对遗传性特异性或非特异性异常疾病表现的患者提供有效分子诊断依据,其通过外显子预测的拷贝数变异可以显著提高检出率。 展开更多
关键词 遗传病 全外显子组测序 河南地区 检出率
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染色体微阵列分析和全外显子组测序在产前罕见疾病诊断中的应用
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作者 李永丽 李华锋 《山东医学高等专科学校学报》 2024年第1期7-10,共4页
目的探讨产前罕见疾病的诊断方法。方法选取4845例有产前诊断指征的孕妇,所有胎儿均行CMA检测CNV,在排除非整倍体和异常CNV后,其中68例进一步行WES检测。结果4842例样本CMA检测成功,检出染色体异常537例(11.09%),经分析明确致病性变异为... 目的探讨产前罕见疾病的诊断方法。方法选取4845例有产前诊断指征的孕妇,所有胎儿均行CMA检测CNV,在排除非整倍体和异常CNV后,其中68例进一步行WES检测。结果4842例样本CMA检测成功,检出染色体异常537例(11.09%),经分析明确致病性变异为370例,包括:非整倍体214例,致病性CNV 134例和部分CNV嵌合22例。疾病主要涉及1q21缺失综合征(7例)、DiGeorge综合征(6例)、17q12缺失综合征(6例)、Cri-du-chat综合征(5例)、16p11.2缺失综合征(5例)。WES结果显示在68例CMA结果阴性的胎儿中检出13例单基因病(19.12%)。结论CMA和WES是明确产前胎儿遗传病因和产前诊断的有效手段。 展开更多
关键词 染色体微阵列分析 全外显子组测序 产前诊断 基因变异
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基于全外显子组测序对头皮皮脂腺癌的基因分析 被引量:1
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作者 郑奔容 王一娜 +3 位作者 江博雄 梁亚乐 蔡胜军 张娜娜 《中山大学学报(医学科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期712-717,共6页
【目的】在全外显子组水平对比头皮皮脂腺癌(SC)和头皮皮脂腺瘤(SA)的相关致病性基因突变的差异。【方法】对经过病理诊断的头皮SC和SA样本各1例,利用Illumina HiSeq 2500平台进行全外显子组测序(WES)。筛选可疑的单核苷酸变异位点,进... 【目的】在全外显子组水平对比头皮皮脂腺癌(SC)和头皮皮脂腺瘤(SA)的相关致病性基因突变的差异。【方法】对经过病理诊断的头皮SC和SA样本各1例,利用Illumina HiSeq 2500平台进行全外显子组测序(WES)。筛选可疑的单核苷酸变异位点,进行突变的保守性和功能分析。利用SciClone软件来追踪亚克隆进化可以得到每例肿瘤样本的克隆性图谱信息。通过MutSigCV软件筛选得到高频显著基因,将体细胞变异与已知驱动基因进行比较,筛选出该肿瘤样本中的已知驱动基因。【结果】经过对比发现,与头皮SA相比,SC存在两个驱动基因ACVR1B和TFDP1的基因突变。【结论】头皮SC驱动基因ACVR1B和TFDP1的基因突变如果能在更大的病例队列中得到证实,对其发生的可能机制以及治疗靶点有重要的意义。 展开更多
关键词 头皮皮脂腺癌 全外显子组测序 驱动基因 激活素受体1B 转录因子Dp1 突变
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全外显子组测序技术在超声指标异常胎儿遗传病中应用价值分析
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作者 胡兰萍 彭灿 +6 位作者 林彭思远 卜秀芬 江璇宇 周世豪 李红玉 王卫红 贺骏 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期692-695,共4页
目的:探讨全外显子组测序(WES)技术在超声指标异常,但染色体核型分析及染色体微阵列(CMA)检测结果阴性胎儿中的临床应用价值。方法:回顾性分析2018年6月至2021年4月在长沙市妇幼保健院产前超声检查中发现超声指标异常胎儿1080例,对胎儿... 目的:探讨全外显子组测序(WES)技术在超声指标异常,但染色体核型分析及染色体微阵列(CMA)检测结果阴性胎儿中的临床应用价值。方法:回顾性分析2018年6月至2021年4月在长沙市妇幼保健院产前超声检查中发现超声指标异常胎儿1080例,对胎儿羊水或脐血进行CMA检测和染色体核型分析,并对部分染色体核型分析及CMA结果阴性胎儿进行WES检测,所有变异等级根据美国医学遗传学和基因组学学会遗传变异分类标准与指南进行分类。结果:1080例胎儿全部经过CMA检测,其中947例同时进行了染色体核型分析,CMA检测到136例拷贝数变异(CNV),检出率12.6%(136/1080),其中85例致病性CNV、51例致病意义未明。染色体核型分析共检出91例阳性,检出率9.6%(91/947),其中非整倍体变异54例,结构变异9例,染色体正常变异28例。另外对18例染色体核型分析和CMA检测阴性样本进行WES检测,结果显示5例(27.8%)致病性基因变异,5例可能致病性基因变异,3例意义未明变异,5例未发现异常。结论:在染色体核型分析和CMA检测未能明确超声指标异常胎儿遗传学病因的情况下,WES有助于提高其额外诊断率,为胎儿的诊断及家系的遗传咨询提供依据。 展开更多
关键词 超声指标异常 全外显子组测序 染色体核型分析 染色体微阵列分析
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全外显子组测序技术在胎儿遗传病诊断中的应用进展 被引量:2
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作者 李萌萌 郝娜 +1 位作者 吕嬿 蒋宇林 《实用妇产科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期171-175,共5页
胎儿超声结构的异常目前已经日益成为国内产前诊断的主要指征。胎儿出现结构性畸形约占所有妊娠的2%~3%,并占围产期胎儿死亡的近25%[1]。当胎儿出现各种超声结构异常情形时,产前咨询会变得非常困难,一方面孕妇非常关心胎儿出生后的残疾... 胎儿超声结构的异常目前已经日益成为国内产前诊断的主要指征。胎儿出现结构性畸形约占所有妊娠的2%~3%,并占围产期胎儿死亡的近25%[1]。当胎儿出现各种超声结构异常情形时,产前咨询会变得非常困难,一方面孕妇非常关心胎儿出生后的残疾程度以及治疗效果的预期,另一方面也存在着担心该种结构异常是胎儿系统性遗传异常的一部分表现。同时大多数的胎儿结构异常是发生在没有家族史的夫妇中,这使得产前遗传咨询更具有挑战性。 展开更多
关键词 残疾程度 胎儿结构异常 产前诊断 全外显子组测序 遗传咨询 胎儿超声 产前咨询 围产期胎儿
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染色体微阵列分析和全外显子组测序技术在颈项透明层增厚胎儿中的应用 被引量:3
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作者 孙媛媛 刘灵 +1 位作者 职云晓 崔世红 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期311-317,共7页
目的 探讨染色体微阵列检测技术(CMA)和全外显子组分析(WES)对颈项透明层(NT)增厚胎儿的临床应用价值。方法 收集2020年1月-2022年4月于郑州大学第三附属医院因NT增厚[≥相同头臀长(CRL)胎儿的95%NT值]行侵入性产前诊断的胎儿1013例,所... 目的 探讨染色体微阵列检测技术(CMA)和全外显子组分析(WES)对颈项透明层(NT)增厚胎儿的临床应用价值。方法 收集2020年1月-2022年4月于郑州大学第三附属医院因NT增厚[≥相同头臀长(CRL)胎儿的95%NT值]行侵入性产前诊断的胎儿1013例,所有胎儿均行CMA检测,其中49例CMA结果阴性的胎儿进一步行产前WES。根据NT值将所有胎儿分为以下4组:<3.5 mm(n=529,行WES者21例)、3.5~4.5 mm(n=273,行WES者8例)、4.5~5.5 mm(n=98,行WES者7例)、≥5.5 mm(n=113,行WES者13例)组;再根据超声检查是否合并结构畸形将所有胎儿分为结构畸形组(n=88,行WES者23例)与单纯性NT增厚组(n=925,行WES者26例)。分析1013例胎儿的染色体异常检出率;对行WES的49例胎儿分析其WES检测结果,并随访妊娠结局。结果 CMA检测结果显示,在1013例NT增厚胎儿中共检出224例(22.1%)染色体异常,其中182例为染色体非整倍体,42例为致病性拷贝数变异(p/Lp CNVs)。在不同NT厚度的分组中,CMA在NT≥5.5 mm组的染色体异常检出率最高(47.8%,54/113);另外,结构畸形组的CMA阳性检出率(45.5%,40/88)高于单纯性NT增厚组(19.9%,184/925)。WES检测结果显示,在49例CMA结果阴性的NT增厚胎儿中检出5例(10.2%)单基因疾病,包括3例常染色体显性遗传病、1例常染色体隐性遗传病和1例X染色体连锁隐性遗传病,5例胎儿均伴有结构畸形;5例中2例胎儿的NT值<3.5 mm;5例胎儿中,仅1例活产。结论 WES可在CMA结果阴性的、合并结构畸形的NT增厚胎儿中检出单基因遗传病;NT值<3.5 mm的NT增厚胎儿也应警惕合并单基因遗传病的可能。 展开更多
关键词 胎儿颈项透明层增厚 产前诊断 染色体微阵列分析 全外显子组测序
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染色体核型联合染色体微阵列分析序贯全外显子组测序在胎儿先天性心脏病产前诊断中的应用 被引量:2
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作者 王培 宛杨 +1 位作者 吕嬿 戚庆炜 《发育医学电子杂志》 2023年第5期331-337,F0002,共8页
目的探讨染色体核型分析联合染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)序贯全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)策略在胎儿先天性心脏病(congenital heart disease,CHD)产前遗传学诊断中的应用。方法纳入阜阳市... 目的探讨染色体核型分析联合染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis,CMA)序贯全外显子组测序(whole exome sequencing,WES)策略在胎儿先天性心脏病(congenital heart disease,CHD)产前遗传学诊断中的应用。方法纳入阜阳市人民医院2019年1月1日至2022年12月31日经产前超声诊断胎儿CHD的患儿64例,分为单一心脏结构畸形组(Ⅰ组)7例;复杂先心组(Ⅱ组)41例;心内合并心外畸形组(Ⅲ组)16例。所有病例均送检染色体核型分析和CMA,当检测结果不能提供有诊断意义的临床信息时,序贯行WES。回顾性分析3组病例的超声表现、产前诊断结果和妊娠结局。结果64例胎儿CHD中,遗传学异常的总检出率为25.0%(16/64)。单一心脏结构畸形组、复杂先心组和心内合并心外畸形组的检出率分别为57.1%(4/7)、12.2%(5/41)和43.8%(7/16)。染色体核型分析、CMA和WES的检出率分别为12.5%(8/64)、7.8%(5/64)和4.7%(3/64)。结论产前超声发现的胎儿CHD,均应进行染色体核型联合CMA的标准产前遗传学诊断,对于结果为阴性的患儿,序贯行WES检测,以全面评估CHD的遗传学病因。 展开更多
关键词 先天性心脏病 产前诊断 染色体微阵列技术 全外显子组测序 染色体核型分析
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基于全外显子组测序探索肾脏罕见碰撞瘤临床病理学及分子遗传学特征
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作者 詹媛 葛娴 +2 位作者 张翔 李声鸿 万红萍 《临床与实验病理学杂志》 CAS 北大核心 2023年第3期287-291,共5页
目的探讨肾脏内肿瘤成分为透明细胞肾细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)合并朗格汉斯细胞组织细胞增生症(Langerhans cell histiocytosis,LCH)的碰撞瘤的临床病理及分子遗传学特征。方法回顾性分析1例肾脏碰撞瘤的临床资... 目的探讨肾脏内肿瘤成分为透明细胞肾细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)合并朗格汉斯细胞组织细胞增生症(Langerhans cell histiocytosis,LCH)的碰撞瘤的临床病理及分子遗传学特征。方法回顾性分析1例肾脏碰撞瘤的临床资料、影像学、病理形态及免疫表型,并进行随访及全外显子组测序。结果患者以左侧腰部胀痛为临床表现,影像学表现为左肾下极团块状软组织占位影,考虑肾癌。镜检:低倍镜下大部分为片状分布淡染区,部分为弥漫分布的深染区,其间混杂部分淋巴细胞及嗜酸性粒细胞。高倍镜下肿瘤由两种成分混杂构成,部分区见肿瘤呈腺泡状或巢片状排列,其间可见丰富毛细血管网结构。细胞胞质丰富、透明,细胞核呈卵圆形,可见小核仁;部分区于嗜酸性粒细胞、淋巴细胞及多核巨细胞混杂的背景中见组织细胞样细胞散在分布,胞质淡粉染,核形不规则、可见核沟。免疫表型:ccRCC不同程度表达Pax-8、vimentin、CD10、CA9,不表达TFE3、p504S、HMB45、Melan A及CD117,Ki-67增殖指数1%;LCH表达CD1a、Langerin、S-100,Ki-67增殖指数20%。全外显子组测序显示:肿瘤内未发现ccRCC及LCH常见基因异常,存在5q15染色体扩增、14q24.3及14q24.2-q31.1染色体缺失。结论发生于肾脏内肿瘤成分为ccRCC合并LCH的碰撞瘤极其罕见,明确病理诊断、完善分子病理特征及密切随访患者情况,对碰撞瘤的发生机制及临床治疗方案、预后预测具有重要意义。 展开更多
关键词 肾脏肿瘤 碰撞瘤 朗格汉斯细胞织细胞增生症 透明细胞肾细胞癌 全外显子组测序
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家系全外显子组测序鉴定Wolfram综合征致病突变及其临床性状分析
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作者 孟祥雨 闫丹丹 +7 位作者 陈香慧 赖思宇 徐云 耿瑞娜 张红 张蓉 胡承 严婧 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期898-905,共8页
目的·拟鉴定一个可疑Wolfram综合征的中国糖尿病家系的致病基因和突变位点,并进行相关临床性状分析。方法·纳入糖尿病家系共12名成员。先证者于2013年5月到新乡医学院第一附属医院内分泌科初诊,并于2022年7月和2023年4月先后... 目的·拟鉴定一个可疑Wolfram综合征的中国糖尿病家系的致病基因和突变位点,并进行相关临床性状分析。方法·纳入糖尿病家系共12名成员。先证者于2013年5月到新乡医学院第一附属医院内分泌科初诊,并于2022年7月和2023年4月先后2次来院复诊;该家系其他成员分别为先证者的姐姐、父亲、母亲、祖父、祖母、伯伯、姑姑及外祖父、外祖母、大舅和小舅。收集研究对象的临床资料。利用全外显子组测序对该家系6名成员的致病基因及其突变位点进行筛查,并用Sanger测序进行验证;采用CADD、DANN、MetaSVM、Polyphen-2、SIFT和M-CAP生物信息学软件预测Wolfram综合征致病基因WFS1突变对其编码蛋白wolframin结构和功能的影响;使用Swiss-Model软件构建野生型和突变型wolframin蛋白的三维结构,并用PyMOL软件进行可视化;用Clustal Omega软件进行WFS1基因突变位点物种保守性估测;采用JNetPRED软件进行wolframin蛋白二级结构在线预测。结果·该家系中,先证者及先证者的姐姐均携带Wolfram综合征致病基因WFS1的复合杂合突变R558H和S411Cfs*131;先证者的父亲和祖父均携带R558H突变;先证者的母亲和外祖父均携带S411Cfs*131突变。R558H为罕见错义突变,而S411Cfs*131是一个尚未报道过的移码突变。生物信息学分析提示R558H位于wolframin蛋白α螺旋结构域上,为损害突变,且该突变区域的氨基酸序列在包括人类在内的12个进化程度不同的物种间具有较高的保守性。结论·利用家系全外显子组测序鉴定出Wolfram综合征的2个致病突变,可对Wolfram综合征现有基因型和表型谱进行补充,实现对糖尿病家系的早期诊断,并有助于对患者及时开展随访,以实现对疾病的早期干预和治疗。 展开更多
关键词 全外显子组测序 WOLFRAM综合征 糖尿病家系 致病突变
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孕早期超声结合全外显子组测序诊断骨发育不全2型1例
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作者 唐海琼 胡培 +4 位作者 付定虎 郑霜 肖彬 景红霞 郑东平 《湖北医药学院学报》 CAS 2023年第2期192-194,共3页
骨发育不全症是一种致死性的软骨发育不良,它包括一组具有重叠表型特征的异质性疾病,根据放射学和组织病理学表现,骨发育不全症可分为3个亚型,特征为严重短肢(肱骨、股骨远段发育不全)、长骨弯曲、腭裂、小颌畸形,以及肘关节、膝关节水... 骨发育不全症是一种致死性的软骨发育不良,它包括一组具有重叠表型特征的异质性疾病,根据放射学和组织病理学表现,骨发育不全症可分为3个亚型,特征为严重短肢(肱骨、股骨远段发育不全)、长骨弯曲、腭裂、小颌畸形,以及肘关节、膝关节水平的脱位,也可表现出马蹄内翻足[1]。现将我院收治的1例骨发育不全2型患者报道如下。 展开更多
关键词 骨发育不2型 全外显子组测序 超声 SLC26A2基因变异
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全外显子组测序法对一中国常染色体显性遗传先天性白内障家系GJA3基因突变位点的分析 被引量:6
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作者 刘宇莹 万文萃 +3 位作者 杨鸽 庞雪娜 杨果果 金学民 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期916-919,共4页
背景 先天性白内障是儿童致盲的重要原因,多数先天性白内障与遗传有关.目前已知的与常染色体显性遗传先天性白内障(ADCC)有关的基因有39个. 目的 采用全外显子组测序法对一ADCC家系的致病突变基因进行筛查和分析.方法 纳入2014年8月-... 背景 先天性白内障是儿童致盲的重要原因,多数先天性白内障与遗传有关.目前已知的与常染色体显性遗传先天性白内障(ADCC)有关的基因有39个. 目的 采用全外显子组测序法对一ADCC家系的致病突变基因进行筛查和分析.方法 纳入2014年8月-9月在郑州大学第一附属医院就诊的一ADCC家系,分别采集家系中14例患者和14名表型正常成员外周静脉血各10 ml,同期同法采集100名健康体检者10 ml的外周静脉血作为对照.用标准酚-氯仿提取法提取所有受检者基因组DNA,并采用全外显子组测序法将先证者的DNA进行全外显子组测序,与数据库对比后筛选出候选基因突变位点,设计突变基因位点引物后采用PCR技术对家系中受检者及100名健康对照者的该基因位点进行扩增并测序,以验证候选基因的致病性并分析其致病机制.结果 该家系共5代68名成员,患病者20例,遗传方式符合常染色体显性遗传方式.患者均双眼发病,晶状体混浊以皮质性为主.先证者全外显子组测序后分析发现,13号染色体GJA3基因的2号外显子第143位核糖核苷酸A突变为G(c.143A>G),导致其编码的第48位氨基酸由谷氨酸变为甘氨酸(p.E48G).PCR扩增产物测序结果显示该家系中患病受检者DNA均有此突变,但该家系中表型正常的受检者及100名健康对照者该候选基因均不存在此突变.结论 GJA3基因c.143A>G为该ADCC家系的致病基因突变位点,增补了GJA3基因的突变谱. 展开更多
关键词 白内障/遗传 连接蛋白/基因 错义突变 全外显子组测序 氨基酸
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全外显子组测序在危重症新生儿单基因遗传病中的临床应用 被引量:5
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作者 齐志业 段江 +4 位作者 贺湘英 钟庆华 张彩营 谢云波 梁琨 《中国当代儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期640-643,共4页
目的探讨全外显子组测序(WES)检测技术在危重症新生儿单基因遗传病中的临床应用价值及意义.方法选取2016年6月至2018年12月收治的怀疑有遗传性疾病或临床诊断不明确的危重症新生儿为研究对象,采集患儿及父母全血标本进行WES检测.对检测... 目的探讨全外显子组测序(WES)检测技术在危重症新生儿单基因遗传病中的临床应用价值及意义.方法选取2016年6月至2018年12月收治的怀疑有遗传性疾病或临床诊断不明确的危重症新生儿为研究对象,采集患儿及父母全血标本进行WES检测.对检测出的基因变异进行分类,寻找与临床表现相关的变异,并进行Sanger测序验证.结果共纳入新生儿45例,男22例,女23例,中位发病日龄为2.0 d.经分子诊断确诊单基因遗传病患儿12例,诊断阳性率为27%,中位确诊日龄为31.5 d,其中与部分临床表型相关、但经对患儿临床表型再次进行补充与分析后诊断为单基因遗传病者占42%(5/12).确诊单基因遗传病的患儿经临床治疗后好转率为67%(8/12).结论 WES检测技术是寻找危重症新生儿单基因遗传病基因变异的有力工具,并可在临床决策中起到关键作用,但数据结果的解读还需要临床医生结合患儿的表型与WES检测结果综合分析. 展开更多
关键词 单基因遗传病 全外显子组测序 新生儿
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全外显子组测序在德朗热综合征诊断中的应用 被引量:3
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作者 杨黎明 张华 +2 位作者 袁路 谭鑫 张富青 《实验与检验医学》 CAS 2019年第5期822-824,共3页
目的探讨利用全外显子组测序技术诊断德朗热综合征以及该病的常见类型和临床特点。方法根据临床资料,采用全外显子组测序技术检测患儿并通过Sanger验证且排查父母。结果患儿,女,1天,特殊外貌,弓形眉、浓眉,鼻梁扁平而宽,手指关节畸型,... 目的探讨利用全外显子组测序技术诊断德朗热综合征以及该病的常见类型和临床特点。方法根据临床资料,采用全外显子组测序技术检测患儿并通过Sanger验证且排查父母。结果患儿,女,1天,特殊外貌,弓形眉、浓眉,鼻梁扁平而宽,手指关节畸型,全身多毛,发育落后。经检测,患儿29号外显子NIPBL基因发现c.5567G>T(编码区5567号核苷酸由G变为T)的杂合突变,Sanger技术验证了该突变,排除了父母遗传。结论德朗热综合征具有特殊的面容及体征,全外显子组测序可确诊德朗热综合征,NIPBL基因c.5567G>T属于新发突变。 展开更多
关键词 德朗热综合征 全外显子组测序 基因突变
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应用全外显子组测序筛查一高原肺水肿家系易感基因 被引量:1
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作者 杨应忠 王亚平 +1 位作者 胥瑾 格日力 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期135-142,共8页
高原肺水肿(high-altitude pulmonary edema,HAPE)是一种高原特发性疾病,其发病与遗传因素有一定关联。本研究对一个HAPE相关的家系展开遗传学调查,然后利用外显子组测序筛查了包括先证者在内的6名HAPE病史成员以及先证者的母亲共7个成... 高原肺水肿(high-altitude pulmonary edema,HAPE)是一种高原特发性疾病,其发病与遗传因素有一定关联。本研究对一个HAPE相关的家系展开遗传学调查,然后利用外显子组测序筛查了包括先证者在内的6名HAPE病史成员以及先证者的母亲共7个成员的遗传变异,结果发现18个HAPE相关的潜在遗传变异(9个SNVs和9个Indels)。利用SIFT,Poly Phen-2和PROVEAN等3种软件对这些遗传变异进行蛋白功能危害性分析,结果发现定位于CFHR4基因的SNV(p.L85F)以及定位于OXER1基因的SNV(p.R176C)具有高危害性,且OXER1的功能与HAPE低氧诱导通路存在高度关联,它们可作为该家系中HAPE相关的候选病理性变异。此外,还有部分SNVs(NMB p.S150P、APOB p.I4194T和EIF4ENIF1 p.Q763P)以及Indels(KCNJ12 p.EE333-334E、ANKRD31p.LMN251-253LN和OR2A14 p.HFFC175-178HFC),其遗传变异同样具有一定危害,可作为潜在的HAPE相关遗传变异。本研究首次通过外显子组测序直接筛选与一中国HAPE家系相关的遗传变异,为后续揭示HAPE发病机制提供了新线索。 展开更多
关键词 高原肺水肿 家系 全外显子组测序 CFHR4 OXER1
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全外显子组测序法对中国先天性白内障一家系致病基因的研究 被引量:1
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作者 布娟 刘敬 +2 位作者 庞宏蕾 刘峰 王乐今 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第10期896-899,共4页
背景 基因突变是导致遗传性先天性白内障的主要原因,全外显子组测序技术是目前研究致病基因突变较为理想的检测手段. 目的 应用高通量测序技术对中国汉族常染色体显性遗传先天性白内障(ADCC)一家系的3例患者进行全外显子组测序,筛选该... 背景 基因突变是导致遗传性先天性白内障的主要原因,全外显子组测序技术是目前研究致病基因突变较为理想的检测手段. 目的 应用高通量测序技术对中国汉族常染色体显性遗传先天性白内障(ADCC)一家系的3例患者进行全外显子组测序,筛选该ADCC家系的致病基因. 方法 采用横断面研究方法,收集中国汉族先天性白内障一家系,共有4代48人家系成员,其中Ⅰ1和Ⅰ2已去世.在Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ代中各取1例患者的静脉血8 ~ 10 ml,采用全外显子捕获和新一代测序技术进行高通量测序,测序结果与人类HA PMAP8、dbSNP130和1000 Genome Project数据库进行比对,过滤已报道的常见变异后,再过滤掉同义突变,最后通过Sanger法测序排除外显子测序的假阳性结果,筛选出候选基因,并对其进行突变筛查.结果 该家系的所有成员中共11例患病者,且各代均有患病者,男女发病比例相当,符合ADCC的遗传规律,所有患者均为核性白内障.全外显子组测序发现,在各候选基因中,主要内源性蛋白(MIP)基因是ADCC的已知基因,故采用Sanger法首先对MIP基因进行验证并确定杂合突变(chr12:56845250 C>T)为该家系的致病突变.该突变位于剪切位点上,造成由第4外显子编码的61个氨基酸被亮氨酸-组氨酸-丝氨酸所替代,导致异常截短蛋白的产生.结论 MIP基因剪切位点的杂合突变是导致该ADCC家系致病的分子发病机制. 展开更多
关键词 家系 白内障/遗传 膜糖蛋白/基因 突变/基因 水通道蛋白/遗传 可变剪切/基因 常染色体显性遗传 全外显子组测序 主要内源性蛋白/基因 中国人
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