目的基于全转录组测序探讨小鼠肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中miR-122-5p和miR-27b-3p调控DNA拓扑异构酶2-a(DNA topoisomerase 2-alpha,Top2a)异常表达的可能调控机制。方法通过构建小鼠HCC模型、实时荧光定量PCR(RT-qP...目的基于全转录组测序探讨小鼠肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中miR-122-5p和miR-27b-3p调控DNA拓扑异构酶2-a(DNA topoisomerase 2-alpha,Top2a)异常表达的可能调控机制。方法通过构建小鼠HCC模型、实时荧光定量PCR(RT-qPCR)和全转录组测序等生物信息学手段,以及结合The Human Protein Atlas(人类蛋白质图谱数据库),分析Top2a在瘤体组织和正常肝组织中的差异表达,并进一步筛选与Top2a或其编码蛋白有PPI和靶标关系的差异(q<0.05,q为校正的P)表达基因和miRNA,分析其功能。构建Top2a编码蛋白的蛋白质-蛋白质互作图(PPI)和分析Top2a及相关基因参与的生物学功能。结果与对照组相比,瘤体组织中Top2a差异过表达(P<0.05),且存在87个与Top2a编码蛋白互作、差异表达的蛋白编码基因。GO功能富集显示,Top2a及相关基因主要存在于细胞核,且多数具有蛋白结合和DNA结合活性,参与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正向调节、细胞对DNA损伤刺激的反应和染色体分离等生物学过程。同时,存在miR-27b-3p和miR-122-5p这2种靶向于Top2a的miRNA在瘤体组织中表达显著低于对照组织。Top2a基因在肝癌组织中RNA和蛋白质表达水平均高于正常肝组织,此外,Top2a基因低表达的肝癌患者的生存率明显高于高表达的患者。结论Top2a基因在HCC中过表达是其细胞抑制了miR-122-5p和miR-27b-3p表达的结果。而Top2a在细胞核内通过蛋白结合和DNA结合等活性,影响转录起始、DNA损伤刺激反应和染色体分离等生物学过程,则是其在HCC中发挥作用的分子机制。Top2a基因可能是预测肝癌预后的重要生物标志物,有一定的临床诊断价值。展开更多
目的筛选先天性巨结肠(hirschsprung disease,HSCR)患者病变肠组织和正常肠组织的差异表达基因.方法选取2例全结肠型HSCR、1例长段型HSCR患者,从福尔马林固定后石蜡包埋样本中提取RNA,采用去除核糖体的方法构建cDNA文库后,应用RNA-Seq...目的筛选先天性巨结肠(hirschsprung disease,HSCR)患者病变肠组织和正常肠组织的差异表达基因.方法选取2例全结肠型HSCR、1例长段型HSCR患者,从福尔马林固定后石蜡包埋样本中提取RNA,采用去除核糖体的方法构建cDNA文库后,应用RNA-Seq全面分析3对肠组织样本的转录组,筛选出病变组织和正常组织的差异表达基因.应用GO(gene ontology)方法分析差异表达基因的功能聚类,应用KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集性方法分析差异表达基因相关的信号通路.结果 3对标本的总RNA提取质量合格,RNA-Seq测序数据质量合格,测序数据与人类基因组参考基因对比匹配率合格,样品间基因表达相关性合格.3对病变组织和正常组织共有1382个差异表达基因,包括899个表达一致上调的基因、483个表达一致下调的基因.1382个差异表达基因被分为383个功能聚类.KEGG分析表明这些差异表达基因参与胆汁分泌、蛋白质消化与吸收、脂肪消化与吸收、维生素A代谢、类固醇激素生物合成、淀粉和蔗糖代谢等信号通路.结论本研究首次利用RNA-Seq技术对先天性巨结肠病变组织和正常组织中的差异表达基因进行了全面分析,可为推动疾病发病机制的研究提供新思路.展开更多
文摘目的基于全转录组测序探讨小鼠肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织中miR-122-5p和miR-27b-3p调控DNA拓扑异构酶2-a(DNA topoisomerase 2-alpha,Top2a)异常表达的可能调控机制。方法通过构建小鼠HCC模型、实时荧光定量PCR(RT-qPCR)和全转录组测序等生物信息学手段,以及结合The Human Protein Atlas(人类蛋白质图谱数据库),分析Top2a在瘤体组织和正常肝组织中的差异表达,并进一步筛选与Top2a或其编码蛋白有PPI和靶标关系的差异(q<0.05,q为校正的P)表达基因和miRNA,分析其功能。构建Top2a编码蛋白的蛋白质-蛋白质互作图(PPI)和分析Top2a及相关基因参与的生物学功能。结果与对照组相比,瘤体组织中Top2a差异过表达(P<0.05),且存在87个与Top2a编码蛋白互作、差异表达的蛋白编码基因。GO功能富集显示,Top2a及相关基因主要存在于细胞核,且多数具有蛋白结合和DNA结合活性,参与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正向调节、细胞对DNA损伤刺激的反应和染色体分离等生物学过程。同时,存在miR-27b-3p和miR-122-5p这2种靶向于Top2a的miRNA在瘤体组织中表达显著低于对照组织。Top2a基因在肝癌组织中RNA和蛋白质表达水平均高于正常肝组织,此外,Top2a基因低表达的肝癌患者的生存率明显高于高表达的患者。结论Top2a基因在HCC中过表达是其细胞抑制了miR-122-5p和miR-27b-3p表达的结果。而Top2a在细胞核内通过蛋白结合和DNA结合等活性,影响转录起始、DNA损伤刺激反应和染色体分离等生物学过程,则是其在HCC中发挥作用的分子机制。Top2a基因可能是预测肝癌预后的重要生物标志物,有一定的临床诊断价值。
文摘目的筛选先天性巨结肠(hirschsprung disease,HSCR)患者病变肠组织和正常肠组织的差异表达基因.方法选取2例全结肠型HSCR、1例长段型HSCR患者,从福尔马林固定后石蜡包埋样本中提取RNA,采用去除核糖体的方法构建cDNA文库后,应用RNA-Seq全面分析3对肠组织样本的转录组,筛选出病变组织和正常组织的差异表达基因.应用GO(gene ontology)方法分析差异表达基因的功能聚类,应用KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)信号通路富集性方法分析差异表达基因相关的信号通路.结果 3对标本的总RNA提取质量合格,RNA-Seq测序数据质量合格,测序数据与人类基因组参考基因对比匹配率合格,样品间基因表达相关性合格.3对病变组织和正常组织共有1382个差异表达基因,包括899个表达一致上调的基因、483个表达一致下调的基因.1382个差异表达基因被分为383个功能聚类.KEGG分析表明这些差异表达基因参与胆汁分泌、蛋白质消化与吸收、脂肪消化与吸收、维生素A代谢、类固醇激素生物合成、淀粉和蔗糖代谢等信号通路.结论本研究首次利用RNA-Seq技术对先天性巨结肠病变组织和正常组织中的差异表达基因进行了全面分析,可为推动疾病发病机制的研究提供新思路.
