2010—2018年江西省人冠状病毒HKU1感染特征和基因型分析

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作者 徐刚 李健雄 +1 位作者 刘师文 张艳妮 《实验与检验医学》 CAS 2024年第2期204-207,共4页

目的分析江西省冠状病毒HKU1感染特征和基因型,为HKU1感染疾病的防控提供技术支撑。方法采集急性呼吸道感染病例标本,采用实时逆转录聚合酶链式反应(real-time RT-PCR)方法进行冠状病毒HKU1核酸检测。阳性标本CT值<30进行棘突蛋白S... 目的分析江西省冠状病毒HKU1感染特征和基因型,为HKU1感染疾病的防控提供技术支撑。方法采集急性呼吸道感染病例标本,采用实时逆转录聚合酶链式反应(real-time RT-PCR)方法进行冠状病毒HKU1核酸检测。阳性标本CT值<30进行棘突蛋白S和核心蛋白N基因巢式PCR扩增,产物纯化后使用测序仪进行序列测定。使用Excel、SPSS 13.0、CLC、DNAStar和MEGA7分析数据。结果共采集3744份标本,检出HKU1阳性42份,阳性率1.12%;HKU1阳性率男性病例高于女性病例,1~3岁儿童HKU1阳性率最高,阳性率在12月最高,差异有统计学意义。2012年HKU1阳性率最高,2016年和2017年未检出。2010—2018年江西省HKU1阳性标本序列基因分型结果为13个A型、6个B型。结论江西省冠状病毒HKU1感染男性高于女性,1~3岁儿童是冠状病毒HKU1感染的高危人群。HKU1阳性率在12月最高,各年间阳性率有差异。省内HKU1流行株基因型为A型和B型。 展开更多

关键词 冠状病毒hku1 感染特征 基因特征

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长沙地区住院儿童冠状病毒HKU1的感染状况及临床特征 被引量：7

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作者 肖霓光 谢志萍 +9 位作者 周琼华 张蓉芳 钟礼立 高寒春 丁小芳 李嘉 宋靖荣 侯云德 张兵 段招军 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期2-4,共3页

目的了解冠状病毒HKU1在长沙地区急性下呼吸道感染住院儿童中的感染状况及临床特征。方法采集2007年9月至2008年8月长沙地区因急性下呼吸道感染住院儿童鼻咽抽吸物（nasopharyngeal aspirates，NPA）样本1165份，用RT-PCR方法检测冠状病... 目的了解冠状病毒HKU1在长沙地区急性下呼吸道感染住院儿童中的感染状况及临床特征。方法采集2007年9月至2008年8月长沙地区因急性下呼吸道感染住院儿童鼻咽抽吸物（nasopharyngeal aspirates，NPA）样本1165份，用RT-PCR方法检测冠状病毒HKU1 pol基因，测序分析阳性扩增产物，统计分析临床资料。结果1165份NPA样本中，检测出12份冠状病毒HKU1，阳性率为1．03％（12／1165），患儿年龄最小8天，最大3岁，临床诊断多见支气管肺炎（83．33％），所测核苷酸序列与冠状病毒HKU1参考株同源性为98．18％～100％。结论冠状病毒HKU1阳性患儿年龄均在3岁及3岁以下；性别无差异；冬春季检出率高；单一基因型在长沙地区流行；HKU1也是我国儿童急性下呼吸道感染中的一种病原。 展开更多

关键词 呼吸道感染 冠状病毒hku1 儿童 住院

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两种新型人冠状病毒HCoV-NL63和HCoV-HKU1的研究进展 被引量：7

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作者 陈云欢 伍严安 《医学综述》 2010年第17期2596-2598,共3页

人类冠状病毒NL63(HCoV-NL63)和HCoV-HKU1是近年新发现的两种与呼吸道疾病有关的病毒。二者均属于单股正链RNA,分属于冠状病毒1群和2群。HCoV-NL63感染有季节性,主要在冬春季,会加重哮喘患者的症状,与喉气管炎和川崎病有关。HCoV-HKU1... 人类冠状病毒NL63(HCoV-NL63)和HCoV-HKU1是近年新发现的两种与呼吸道疾病有关的病毒。二者均属于单股正链RNA,分属于冠状病毒1群和2群。HCoV-NL63感染有季节性,主要在冬春季,会加重哮喘患者的症状,与喉气管炎和川崎病有关。HCoV-HKU1发病高峰在晚秋、冬季发病率低,感染患儿惊厥、热性癫痫的发生率相对较高。目前HCoV-NL63和HCoV-HKU1感染的检测方法多用普通聚合酶链反应、荧光定量聚合酶链反应等。 展开更多

关键词 人冠状病毒NL63 人冠状病毒hku1 呼吸道感染

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人冠状病毒冠状病毒HKU1 Spike蛋白受体结合域结构预测 被引量：1

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作者 陶靖隆 王爱昕 +5 位作者 张伟 王俊虹 赵国平 胡役兰 周卫红 魏茂提 《武警后勤学院学报（医学版）》 CAS 2016年第6期421-423,427,F0002,共5页

【目的】探索人冠状病毒HKU1（human HKU1 coronavirus,h HKU1-CoV）Spike蛋白受体结合域（receptor binding domain,RBD）蛋白结构。【方法】利用已经发表的h HKU1-CoV Spike基因序列,通过蛋白建模获得该冠状病毒Spike空间结构,运用PDB... 【目的】探索人冠状病毒HKU1（human HKU1 coronavirus,h HKU1-CoV）Spike蛋白受体结合域（receptor binding domain,RBD）蛋白结构。【方法】利用已经发表的h HKU1-CoV Spike基因序列,通过蛋白建模获得该冠状病毒Spike空间结构,运用PDBsum平台进行蛋白结构分析。【结果】人冠状病毒HKU1-CoV Spike氨基酸序列（No.AGW27881.1）535~673位可能存在RBD,二级结构显示该区域共有4个β折叠股、6个α螺旋,2个β-α-β单元。蛋白质空间结构分析显示RBD可分为核心区和Loop区。核心区由2个平行的β折叠股和4个α螺旋顺序链接组成,Loop区位于核心区外围,由ASN589-PRO673之间氨基酸构成1个含有3个边缘的柔性区域和2个反向平行的β折叠共同组成的腔隙结构,该区域可能是h HKU1-Co V与宿主受体作用的关键部位。【结论】h HKU1-CoV Spike蛋白与宿主受体作用的关键部位可能位于SER606~PRO673,这与已知结构的β冠状病毒相同区域在Loop区存在差异,但冠状病毒受体尚需进一步探索。 展开更多

关键词 蛋白质结构预测 同源建模 穿线法 人冠状病毒hku1 SPIKE蛋白 受体结合域

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人冠状病毒HKU1的研究进展 被引量：1

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作者 王新明 肖艳 +1 位作者 任丽丽 王健伟 《国际病毒学杂志》 2021年第1期78-81,共4页

人冠状病毒(human coronavirus,HCoV)HKU1是常见的呼吸道病毒,属于冠状病毒科,β属Embecovirus亚属。HCoV-HKU1有A、B、C三种基因型,C基因型来自A和B基因型的基因重组。基因重组和基因突变是其进化的两种方式。HCoV-HKU1呈世界范围流行... 人冠状病毒(human coronavirus,HCoV)HKU1是常见的呼吸道病毒,属于冠状病毒科,β属Embecovirus亚属。HCoV-HKU1有A、B、C三种基因型,C基因型来自A和B基因型的基因重组。基因重组和基因突变是其进化的两种方式。HCoV-HKU1呈世界范围流行,成人、儿童普遍易感,症状以普通感冒为主,可引起胃肠炎和肺炎,偶有引起神经系统症状的报道。基于建立的HCoV-HKU1体外培养体系,病毒刺突蛋白(spike,S)晶体结构的解析取得突破,加深了对HCoV-HKU1生物学特性和感染机制的了解。本文对HCoV-HKU1的基因组结构、遗传变异、感染机制和流行特征等方面研究进展做一综述。 展开更多

关键词 人冠状病毒hku1 遗传变异 流行特征 感染机制

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中国内陆发现HCoV-HKU1感染及N和S蛋白基因序列及进化分析 被引量：19

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作者 段招军 黄灿平 +6 位作者 瞿小旺 谢志萍 漆正宇 高寒春 彭夫望 刘文培 侯云德 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期241-247,共7页

了解冠状病毒HKU1在我国大陆地区的感染情况及N基因和S基因的编码特征。采用RT-PCR的方法对2005年10月～2006年1月收集的260例急性呼吸道感染的住院儿童鼻咽抽吸物（NPA）进行了冠状病毒HKU1基因检测。将PCR阳性产物测序，并将所测序列... 了解冠状病毒HKU1在我国大陆地区的感染情况及N基因和S基因的编码特征。采用RT-PCR的方法对2005年10月～2006年1月收集的260例急性呼吸道感染的住院儿童鼻咽抽吸物（NPA）进行了冠状病毒HKU1基因检测。将PCR阳性产物测序，并将所测序列在GenBank中进行比较分析。260份样本中共检测到2份冠状病毒HKU1阳性，阳性率为0．77％（2／260），且该2例冠状病毒HKU1阳性患者临床均表现为肺炎症状。扩增其中一株病毒N和S全基因，并进行测序，与GenBank中的冠状病毒HKU1参考株及冠状病毒科其它成员进行序列同源性和进化树分析，并对N和S蛋白的结构与功能进行了初步的预测分析。由此表明我国大陆地区存在冠状病毒HKU1感染，且可能与儿童下呼吸道感染存在相关性。 展开更多

关键词 呼吸道感染 SARS冠状病毒 冠状病毒hku1

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清远地区急性呼吸道感染儿童人冠状病毒检测分析 被引量：1

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作者 陈文青 骆俊儒 +3 位作者 骆昆明 曹晓月 罗文玲 邓远玲 《疾病监测与控制》 2014年第3期172-173,171,共3页

目的了解清远地区急性呼吸道感染婴幼儿人冠状病毒HCoV-229E、HCoV-0C43、HCoV—HKUI和HCoV—NL63的感染情况和流行特征。方法收集0～6周岁急性呼吸道感染患儿鼻咽拭子标本，采用多重荧光PCR方法分别检测标本中的人冠状病毒HCoV-229E、H... 目的了解清远地区急性呼吸道感染婴幼儿人冠状病毒HCoV-229E、HCoV-0C43、HCoV—HKUI和HCoV—NL63的感染情况和流行特征。方法收集0～6周岁急性呼吸道感染患儿鼻咽拭子标本，采用多重荧光PCR方法分别检测标本中的人冠状病毒HCoV-229E、HCoV-0C43、HCoV-HKUI和HCoV—NL63。结果共采集鼻咽拭子标本318份，检出人冠状病毒阳性数为36份，总阳性率为11.32％，人冠状病毒HCoV-229E、HCoV-0C43、HCoV—BKUI和HCoV—NL63阳性率分别为2．83％、2．52％、1．89％和4．09％。男性组人冠状病毒阳性率为9．74％，女性组人冠状病毒阳性率为13．82％，不同性别4种人冠状病毒阳性率差异无统计学意义。0～5周岁年龄组均有检出人冠状病毒，但6周岁年龄组没有检出人冠状病毒。结论清远市地区急性呼吸道感染婴幼儿患者中存在感染人冠状病毒HCoV-229E、HCoV-0C43、HCoV～HKU1和Hcov—NL63的情况。 展开更多

关键词 急性呼吸道感染 儿童 人冠状病毒229E 人冠状病毒OC43 人冠状病毒hku1 人冠状病毒NL63

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人冠状病毒HCoV-HKU1环介导等温扩增检测技术的研究 被引量：2

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作者 刘胜牙 朱玉兰 +3 位作者 胡孔新 谢聪贤 甄胜西 徐媛 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2014年第4期217-220,225,共5页

目的建立一种快速、灵敏、高效的人冠状病毒HKU1(HCoV-HKU1)LAMP扩增检测方法。方法应用生物信息学软件设计5套LAMP扩增引物,以合成的HCoV-HKU1质粒为模板,通过实时浊度法进行最佳引物组的筛选,并分析该方法的特异性和灵敏度。结果 HCoV... 目的建立一种快速、灵敏、高效的人冠状病毒HKU1(HCoV-HKU1)LAMP扩增检测方法。方法应用生物信息学软件设计5套LAMP扩增引物,以合成的HCoV-HKU1质粒为模板,通过实时浊度法进行最佳引物组的筛选,并分析该方法的特异性和灵敏度。结果 HCoV-HKU1 LAMP扩增方法针对其他病原微生物及人类基因组无反应信号。该方法可以检测到1拷贝/μl的HCoV-HKU1质粒。结论 HCoV-HKU1 LAMP扩增方法特异性好、灵敏度高,在临床鉴别诊断和口岸冠状病毒的检测中具有很好的应用前景。 展开更多

关键词 环介导等温扩增 人冠状病毒hku1 检测 研究

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人冠状病毒HCoV-HKU1和HCoV-NL63双重实时荧光RT-PCR检测方法的研究 被引量：1

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作者 刘胜牙 朱玉兰 +3 位作者 张树平 谢聪贤 甄胜西 李微 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2014年第3期158-162,共5页

目的建立一种快速、灵敏、高效的人冠状病毒HKU1(HCoV-HKU1)和NL63(HCoV-NL63)双重实时荧光RTPCR检测方法。方法根据GENBANK数据库中HCoV-HKU1和HCoV-NL63的基因序列,利用BIOEDIT5.0软件进行序列比对分析,选择基因组的保守序列,并借助... 目的建立一种快速、灵敏、高效的人冠状病毒HKU1(HCoV-HKU1)和NL63(HCoV-NL63)双重实时荧光RTPCR检测方法。方法根据GENBANK数据库中HCoV-HKU1和HCoV-NL63的基因序列,利用BIOEDIT5.0软件进行序列比对分析,选择基因组的保守序列,并借助引物设计生物信息学软件,设计筛选出一套针对HCoV-HKU1和HCoV-NL63双重实时荧光PCR扩增的引物。从特异性、最低检测限、重复性等方面进行评估,建立了HCoV-HKU1和HCoV-NL63双重实时荧光PCR检测方法。结果分别以HCoV-HKU1和HCoV-NL63质粒为模板,HCoV-HKU1和HCoV-NL63双重实时荧光PCR方法的最低检测量分别为4.96×102 copies/ml和4.96×102 copies/ml。该方法针对其他病原微生物及人类基因组无反应信号,特异性好。4个梯度稀释质粒样本的4次重复检测Ct值变异系数均<5%,重复性好。结论 HCoV-HKU1和HCoV-NL63双重实时荧光RT-PCR方法准确性好、灵敏度高、稳定性好,在临床鉴别诊断和口岸冠状病毒的监测中具有很好的应用前景。 展开更多

关键词 人冠状病毒hku1 人冠状病毒NL63 双重实时荧光PCR 检测 研究

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β属人冠状病毒感染研究进展 被引量：3

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作者 王金津 谢正德 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2021年第1期22-27,共6页

β属人冠状病毒(human coronavirus,HCoV)包括HCoV-OC43、HCoV-HKU1、严重急性呼吸综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus,SARS-CoV)、中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus,M... β属人冠状病毒(human coronavirus,HCoV)包括HCoV-OC43、HCoV-HKU1、严重急性呼吸综合征冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus,SARS-CoV)、中东呼吸综合征冠状病毒(Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV)和2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV),其中SARS-CoV、MERS-CoV和2019-nCoV为高致病性HCoV,其跨种传播和流行对人类造成重大危害,对全球公共卫生及经济造成巨大损失,但相对于成人病例,儿童感染病例较少、临床表现较轻、预后较好,原因尚不清楚。本文对5种β属HCoV感染特点进行综述,比较儿童与成人病例的异同点并探讨其可能原因,以期为全面认识β属HCoV感染提供参考信息。 展开更多

关键词 冠状病毒 人冠状病毒OC43 人冠状病毒hku1 严重急性呼吸综合征冠状病毒 中东呼吸综合征冠状病毒 2019新型冠状病毒

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六重荧光RT-PCR快速检测A、B型流感等呼吸道病毒方法的建立 被引量：1

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作者 连昌虎 唐屹君 刘涛 《热带医学杂志》 CAS 2017年第7期872-876,共5页

目的利用六重荧光RT-PCR法建立起一种快速检测A、B型流感病毒/人偏肺病毒/NL63型、HKU1型和OC43型冠状病毒的方法。方法根据A、B型流感病毒/人偏肺病毒/NL63型、HKU1型和OC43型冠状病毒的保守序列,设计相应的引物和Taqman探针,利用一步... 目的利用六重荧光RT-PCR法建立起一种快速检测A、B型流感病毒/人偏肺病毒/NL63型、HKU1型和OC43型冠状病毒的方法。方法根据A、B型流感病毒/人偏肺病毒/NL63型、HKU1型和OC43型冠状病毒的保守序列,设计相应的引物和Taqman探针,利用一步法RT-PCR试剂盒优化反应体系后,采用十倍稀释体外转录RNA检验建立体系的灵敏度和重复性,并建立相对定量的标准曲线;利用具有多种相似临床症状的呼吸道病毒检验建立体系的特异性。结果 A、B型流感病毒/人偏肺病毒/NL63型、HKU1型和OC43型冠状病毒的检测灵敏度为100 copies/μL,标准曲线的相关系数都在99%以上,重复性良好,特异性实验未发现有非特异性扩增。结论本研究建立的六重荧光RT-PCR技术可以快速、准确地检测A、B型流感病毒/人偏肺病毒/NL63型、HKU1型和OC43型冠状病毒等六种呼吸道病毒。 展开更多

关键词 流感病毒A 流感病毒B 偏肺病毒 冠状病毒NL63 冠状病毒hku1 冠状病毒OC43 六重荧光RT-PCR

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