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茶树咖啡碱合成酶基因分子变异检测及其关联分析 被引量：1
1
作者 刘硕谦 叶洁连 《茶叶通讯》 2023年第3期279-287,共9页
咖啡碱是茶树叶片中的重要化学成分,影响茶叶滋味等品质形成,同时还具有重要药理功能。因此,咖啡碱含量是茶树品种选育的重要考察指标。为提高茶树品种选育效率,实现早期鉴定的目的,本研究首先通过生物信息学分析和鉴定了‘铁观音’茶... 咖啡碱是茶树叶片中的重要化学成分,影响茶叶滋味等品质形成,同时还具有重要药理功能。因此,咖啡碱含量是茶树品种选育的重要考察指标。为提高茶树品种选育效率,实现早期鉴定的目的,本研究首先通过生物信息学分析和鉴定了‘铁观音’茶树参考基因组中咖啡碱合成酶基因序列,然后基于咖啡碱合成酶基因TCS(TGY007486),通过基因组DNA测序检测了59份具有不同咖啡碱水平的‘黄金茶’群体样本,获得各样本的分子变异数据,最后对变异位点的基因型与咖啡碱含量进行关联分析,获得与咖啡碱含量显著相关的变异位点及其基因型。本研究结果为茶树咖啡碱含量相关的分子标记开发奠定了基础,为茶树分子标记辅助选择育种加速咖啡碱靶向的茶树新品种选育进程提供了新方法。 展开更多
关键词 茶树 咖啡碱 合成酶基因 分子变异 基因型
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中国马铃薯Y病毒的检测鉴定及CP基因的分子变异 被引量：29
2
作者 高芳銮 沈建国 +3 位作者 史凤阳 方治国 谢联辉 詹家绥 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第15期3125-3133,共9页
【目的】查明马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)病在中国的发生情况,及时、准确地鉴定出PVY并对其分子变异进行分析。【方法】采用ELISA方法对采自中国14个省(直辖市)马铃薯种植区疑似受PVY感染的样品进行了检测,并对其中的部分材料镜检... 【目的】查明马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)病在中国的发生情况,及时、准确地鉴定出PVY并对其分子变异进行分析。【方法】采用ELISA方法对采自中国14个省(直辖市)马铃薯种植区疑似受PVY感染的样品进行了检测,并对其中的部分材料镜检验证,然后根据CP基因序列设计1对简并引物针对随机选择感染PVY的14个省(直辖市)代表样品进行CP基因扩增克隆,将测序得到的序列进行分子变异分析,并使用贝叶斯法(Bayesian inference,BI)重建系统发育关系。【结果】ELISA检测结果表明,691份样品中220个样品与PVY抗体呈阳性反应,其余呈阴性反应;ELISA检测的阳性材料在透射电镜下均可观察到明显的风轮状内含体,14个PVY分离物均成功扩增出预期大小(约800 bp)的特异性片段,CP基因的核苷酸序列与已报道PVY不同株系的核苷酸序列一致性均在88%以上;在14个PVY分离物CP基因中共发现有29个多态性位点,其中6个简约信息位点,23个单一变异位点。系统发育分析结果显示,14个PVY分离物与PVYN:O株系相聚成簇,表明其在系统发育关系上,与PVYN:O株系的亲缘关系最近。【结论】PVY CP基因高度保守,但不同地区分离物也存在一定的分子变异,本研究可为今后了解PVY病毒病流行、变异趋势及其防治提供依据。 展开更多
关键词 马铃薯Y病毒 ELISA 外壳蛋白基因 分子变异 贝叶斯法
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2010～2011年中国部分地区禽坦布苏病毒感染调查及分子变异分析 被引量：43
3
作者 刘友生 彭春香 +8 位作者 傅光华 侯东军 施少华 万春和 程龙飞 陈红梅 林建生 林芳 黄瑜 《中国动物传染病学报》 CAS 2012年第1期47-53,共7页
为了解中国目前禽坦布苏病毒在家禽中的流行状况及病毒分子演化特征,对2010～2011年采集自中国沿海及周边的9个省的439份疑似家禽坦布苏病毒感染的临床样品进行了鉴定,并进行了分离毒株NS5基因的分子遗传进化分析。结果表明,2010年采集... 为了解中国目前禽坦布苏病毒在家禽中的流行状况及病毒分子演化特征,对2010～2011年采集自中国沿海及周边的9个省的439份疑似家禽坦布苏病毒感染的临床样品进行了鉴定,并进行了分离毒株NS5基因的分子遗传进化分析。结果表明,2010年采集的187份家禽病料中检测出42份阳性样品,阳性率为21.6%,而2011年采集的252份样品中检测出37份阳性样品,阳性率为13.9%。对部分毒株的NS5基因测序表明,本研究分离的禽坦布苏病毒与已发布的同时期分离的禽坦布苏病毒NS5基因同源性在98%以上,与2010年前分离的鸡源及蚊媒坦布苏病毒的同源性介于83.8%～85.8%之间;所有2010年后分离的禽坦布苏病毒毒株在系统进化上共同构成了一个进化分支。结果表明,2011年禽坦布苏病毒仍在中国沿海及周边的9个省的家禽中流行,病毒NS5基因的测序分析表明,到目前为止在家禽中流行的禽坦布苏病毒未出现明显的分子变异。 展开更多
关键词 坦布苏病毒 家禽 流行病监测 分子变异
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云南水稻条纹病毒RNA3的分子变异及遗传多样性分析 被引量：5
4
作者 龙亚芹 王万东 +2 位作者 李凡 杨文娟 陈海如 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2011年第2期570-574,共5页
为从分子水平上探讨云南水稻条纹病毒(RSV)分子变异及其遗传多样性,采用RT-PCR技术,对云南省大理州巍山县和昆明市宜良县2个分离物的RNA3进行克隆和测序,获得RNA3YWS和RNA3YYL全长序列,2个分离物的RNA3核苷酸序列长度分别为2489和2490 b... 为从分子水平上探讨云南水稻条纹病毒(RSV)分子变异及其遗传多样性,采用RT-PCR技术,对云南省大理州巍山县和昆明市宜良县2个分离物的RNA3进行克隆和测序,获得RNA3YWS和RNA3YYL全长序列,2个分离物的RNA3核苷酸序列长度分别为2489和2490 bp。并将获得的序列与不同时期、不同区域的RNA3全长序列进行比较,并对22条RNA3序列构建系统发育树。结果表明,YWS和YYL与YBS、YA、FYi等分离物具有更近的亲缘关系,与云南以外的中国分离物和日本T和M分离物亲缘关系较远,表明RSV在自然界中的分子变异与地理分布有着密切的关系。根据不同基因在核苷酸和氨基酸水平上的差异,探讨了22条RNA3的分组情况,YWS和YYL同属于第一组,即云南组;同时对RNA3 2个编码基因及IR3在DNA水平上的遗传多样性进行分析,综合分析了云南RSV不同分离物RNA3的分子变异。推测云南独特的地理气候条件和丰富的生物多样性可能是造成云南RSV复杂遗传分化的主要原因。 展开更多
关键词 水稻条纹病毒 RNA3 分子变异 遗传多样性
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2013-2014年云南主要稻区病毒病调查及RSV的分子变异 被引量：5
5
作者 张水英 谭冠林 +7 位作者 任国敏 李梅蓉 李月月 兰平秀 桂富荣 王海宁 朱书生 李凡 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期535-545,共11页
于2013-2014连续两年对云南主要水稻种植区的水稻病毒病进行了调查,发现当前为害云南水稻的病毒病主要有水稻条纹叶枯病、南方水稻黑条矮缩病、水稻矮缩病和水稻齿叶矮缩病。其中,条纹叶枯病是当前为害云南水稻最严重的病毒病,部分田块... 于2013-2014连续两年对云南主要水稻种植区的水稻病毒病进行了调查,发现当前为害云南水稻的病毒病主要有水稻条纹叶枯病、南方水稻黑条矮缩病、水稻矮缩病和水稻齿叶矮缩病。其中,条纹叶枯病是当前为害云南水稻最严重的病毒病,部分田块最高发病率可达15.0%;其次是水稻矮缩病,调查田块最高发病率达10.0%;南方水稻黑条矮缩病的平均发病率达5.3%;水稻齿叶矮缩病只在局部地区发生且发病率都不高。对云南当前发生较普遍的RSV不同分离物RNA3基因间隔区(IR3)及RNA4基因间隔区(IR4)开展了分子变异分析。根据不同RSV分离物IR3、IR4核苷酸序列构建系统进化树,所分析的RSV分离物均可被划分为两个组,部分云南分离物和云南以外的中国、日本、韩国分离物聚在Ⅰ组,其余绝大多数云南分离物单独聚在Ⅱ组。不同RSV分离物的IR3和IR4长度差异较大,按每10个核苷酸的长度差异进行划分,均可划分为A、B、C三种不同的类型。部分RSV云南分离物IR3、IR4中有17-21nt的序列与其水稻、小麦和大麦等寄主的部分序列相同,这可能是病毒在进化过程中与寄主植物发生了重组。云南RSV分离物的IR3、IR4分子变异较大,可能与其特殊的地理、生态条件有一定的相关性。 展开更多
关键词 水稻病毒病 水稻条纹病毒 基因间隔区 分子变异
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甘薯羽状斑驳病毒外壳蛋白基因的分子变异 被引量：6
6
作者 王晓华 张振臣 +3 位作者 乔奇 秦艳红 张德胜 田雨婷 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期114-116,123,共4页
应用单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism,SSCP)技术结合核苷酸序列测定的方法,对我国甘薯主产区11个省份的甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)外壳蛋白(CP)基因的分子变异情况进行了研... 应用单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism,SSCP)技术结合核苷酸序列测定的方法,对我国甘薯主产区11个省份的甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)外壳蛋白(CP)基因的分子变异情况进行了研究。结果表明,SPFMV CP基因的RT-PCR产物表现了较丰富的图谱类型,50个分离物共产生9种主要的SSCP带型;对显示不同带型的20个样品的CP基因进行了序列测定和进化树分析,CP基因核苷酸序列一致性为77.2%～99.9%。说明这些样品的SPFMV的CP基因存在较大的分子变异,可划分为EA、RC、O和C 4个株系。 展开更多
关键词 甘薯羽状斑驳病毒 外壳蛋白基因 分子变异 SSCP分析
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水稻条纹病毒云南分离物病害特异性蛋白基因的分子变异 被引量：4
7
作者 李凡 杨金广 +1 位作者 龙亚芹 陈海如 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期28-31,共4页
对采自云南大理、陆良、禄劝、石林、玉溪、保山和宜良等地的水稻条纹叶枯病病样,提取病叶总RNA,经RT-PCR、cDNA克隆和序列测定,获得了水稻条纹病毒(Rice stripvirus,RSV)7个云南分离物的SP基因序列,核苷酸长为537 nts,并与GenBank中已... 对采自云南大理、陆良、禄劝、石林、玉溪、保山和宜良等地的水稻条纹叶枯病病样,提取病叶总RNA,经RT-PCR、cDNA克隆和序列测定,获得了水稻条纹病毒(Rice stripvirus,RSV)7个云南分离物的SP基因序列,核苷酸长为537 nts,并与GenBank中已报道的RSVSP基因进行同源性比较,综合分析了云南RSV不同分离物SP基因的分子变异.对纤细病毒属6种病毒的SP蛋白氨基酸序列进行进化分析,结果表明RSV与MStV亲缘关系最近,与RGSV亲缘关系最远. 展开更多
关键词 水稻条纹病毒 病害特异性蛋白基因 分子变异 纤细病毒属
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应用PCR-SSCP技术快速检测我国水稻条纹病毒的分子变异 被引量：11
8
作者 林含新 魏太云 +2 位作者 吴祖建 林奇英 谢联辉 《中国病毒学》 CSCD 2001年第2期166-169,共4页
应用PCR SSCP技术快速检测我国水稻条纹病毒病害特异性蛋白 (SP)基因和外壳蛋白 (CP)基因的分子变异。结果发现我国水稻条纹病毒 7个分离物之间存在广泛的变异 ,其中 ,PJ分离物的SP基因和JD分离物的CP基因不能扩增出来 ,能扩增出的 6个... 应用PCR SSCP技术快速检测我国水稻条纹病毒病害特异性蛋白 (SP)基因和外壳蛋白 (CP)基因的分子变异。结果发现我国水稻条纹病毒 7个分离物之间存在广泛的变异 ,其中 ,PJ分离物的SP基因和JD分离物的CP基因不能扩增出来 ,能扩增出的 6个分离物的CP基因变性电泳后带型各不相同 ,但SP基固表现出 5种带型 ,其中云南省的YL和BS分离物带型一样。 展开更多
关键词 水稻条纹病毒 PCR-SSCP 分子变异
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彩色棉品系的SSR分子变异研究 被引量：3
9
作者 吴立强 李志坤 +3 位作者 王志伟 孟成生 张桂寅 马峙英 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2010年第2期115-119,共5页
采用SSR分子标记技术对来自12个组合的62份稳定彩色棉新品系进行分子变异分析。结果表明,从242对SSR中筛选出的29对多态性引物在供试材料中共扩增出198个标记。其中,多态性标记115个,占总标记数的58.1%,这些引物能较好地揭示彩色棉的变... 采用SSR分子标记技术对来自12个组合的62份稳定彩色棉新品系进行分子变异分析。结果表明,从242对SSR中筛选出的29对多态性引物在供试材料中共扩增出198个标记。其中,多态性标记115个,占总标记数的58.1%,这些引物能较好地揭示彩色棉的变异位点。MGHES-6引物扩增的多态性标记最多,其次为BNL2960、CM43和MGHES-66。29对SSR引物的PIC值变化在0.493～0.938之间,平均0.790,说明彩色棉SSR等位基因丰富度较高。基于SSR数据的聚类分析,可将62份新品系分为两大类,一类是由彩色棉种质资源经系统选育获得的材料,另一类是通过杂交选育获得的材料。 展开更多
关键词 彩色棉 SSR 分子变异
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SARS-CoV毒株E、M、N和S基因分子变异研究 被引量：3
10
作者 黄平 俞守义 +2 位作者 方苓 陈清 李晖 《中国预防医学杂志》 CAS 2005年第4期313-316,共4页
目的通过对SARS-CoV毒株基因序列的变异分析,揭示SARS-CoV毒株出现和流行与基因进化的关系。方法对广东地区SARS-CoV毒株进行序列分析,其余毒株序列从GenBank检索,采用DNAstar5.0软件,对检索的SARS-CoV的E、M、N、S基因核苷酸序列进行... 目的通过对SARS-CoV毒株基因序列的变异分析,揭示SARS-CoV毒株出现和流行与基因进化的关系。方法对广东地区SARS-CoV毒株进行序列分析,其余毒株序列从GenBank检索,采用DNAstar5.0软件,对检索的SARS-CoV的E、M、N、S基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合临床资料对变异毒株进行流行病学分析。结果以果子狸冠状病毒(SZ-3)为基准,102株人类毒株中,6株毒株E基因的4个氨基酸发生置换,两株毒株发生缺失变异;果子狸毒株M基因的第5位丝氨酸置换为人类毒株甘氨酸并减少1个糖蛋白位点,此外M基因有38株毒株发生8个氨基酸置换变异;6株毒株N基因发生氨基酸置换,3株毒株发生缺失变异;人类毒株S基因中9个氨基酸全部发生变异并增加1个糖蛋白位点,与果子狸毒株不同比例占0.72%(9/1255);部分毒株中S基因的27个氨基酸在发生置换变异,7株毒株发生缺失变异。结论冠状病毒S基因中9个氨基酸置换和1个糖蛋白位点影响,可能导致人类SARS-CoV毒株出现和SARS流行;SARS流行持续和传播扩大与S基因进化变异相一致。所以认为,SARS-CoV毒株S基因变异可能在SARS出现和流行中发挥极其重要的作用。 展开更多
关键词 SARS-CoV毒株 E基因 M基因 N基因 S基因 分子变异 非典型性肺炎
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中国大麦黄花叶病毒分离物的分子变异 被引量：7
11
作者 施农农 陈剑平 M.J.Adams 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第4期339-347,共9页
１３ 个供试的中国和英国大麦黄花叶病毒（ＢａＹＭＶ） 分离物，经ＲＮＡ１ 和ＲＮＡ２ 全基因组不同区域ＤＮＡ片段单链构象多态性分析（ＳＳＣＰ） ，外壳蛋白基因和ＲＮＡ２ ７０ｋＤ基因５＇端７０５ 碱基序列分析，以及此７０５ ... １３ 个供试的中国和英国大麦黄花叶病毒（ＢａＹＭＶ） 分离物，经ＲＮＡ１ 和ＲＮＡ２ 全基因组不同区域ＤＮＡ片段单链构象多态性分析（ＳＳＣＰ） ，外壳蛋白基因和ＲＮＡ２ ７０ｋＤ基因５＇端７０５ 碱基序列分析，以及此７０５ 碱基ＤＮＡ 片段限制性内切酶图谱分析结果，它们的ＲＮＡ１ 和ＲＮＡ２ 彼此无一相同，其中ＲＮＡ２ 变异比ＲＮＡ１ 更大。由于变异十分复杂，且没有规律性，因而当前通用的分子生物学技术尚不能简单地用于ＢａＹＭＶ 致病性分化或株系区分和检测。 展开更多
关键词 大麦黄花叶病毒 分子变异 序列分析 RT-PCR SSCP
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影响新城疫病毒分子变异的因素分析 被引量：3
12
作者 秦卓明 杨英阁 +3 位作者 于可响 黄兵 李玉峰 徐怀英 《中国家禽》 北大核心 2010年第15期1-4,共4页
新城疫是危害我国家禽业的重要疫病,有关新城疫病毒的变异问题成为众多禽病研究者关注的焦点。本文总结了近年来国内外对新城疫病毒分子变异研究的新进展,结合作者多年来的工作积累,对影响该病毒分子变异的关键因素进行了分析。
关键词 新城疫病毒 分子变异 影响因素 分析
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甘蔗线条花叶病毒HC-Pro基因的分子变异分析 被引量：3
13
作者 贺振 李文凤 +1 位作者 张志想 李世访 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期29-36,共8页
为了解析甘蔗线条花叶病毒Sugarcane streak mosaic virus(SCSMV)不同分离物HC-Pro基因的分子变异规律,本研究利用RT-PCR法扩增获得SCSMV HC-Pro基因的序列,通过生物信息学分析,分别从重组、系统发生、选择压力等方面研究SCSMV HC-Pro... 为了解析甘蔗线条花叶病毒Sugarcane streak mosaic virus(SCSMV)不同分离物HC-Pro基因的分子变异规律,本研究利用RT-PCR法扩增获得SCSMV HC-Pro基因的序列,通过生物信息学分析,分别从重组、系统发生、选择压力等方面研究SCSMV HC-Pro基因的分子变异特征。共测定了44条SCSMV HC-Pro基因序列,相似性最低值为70%;HC-Pro基因重组频率较低,仅发现3个重组位点,其中一个系首次报道;与先前报道相比,部分新测定云南蔗区的SCSMV分离物在HC-Pro基因上形成一个新组-第Ⅲ组;HC-Pro基因处于很强的负选择压力作用,未发现正向选择作用位点。本研究结果进一步证明SCSMV HC-Pro基因具有高度的遗传多样性。 展开更多
关键词 甘蔗线条花叶病毒 HC-PRO基因 分子变异
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中国甘薯双生病毒C4基因分子变异及遗传多态性分析 被引量：2
14
作者 张成玲 徐振 +3 位作者 孙厚俊 赵永强 杨冬静 谢逸萍 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期487-492,共6页
甘薯双生病毒是中国甘薯上一种重要的病毒,其C4基因编码的蛋白是一个多功能蛋白,参与了寄主症状的形成及病毒在植物体内移动等。本研究利用PCR方法扩增了24个分离物的C4基因,通过SDT、Dna SP等软件分析,结果表明,24个分离物核苷酸序列均... 甘薯双生病毒是中国甘薯上一种重要的病毒,其C4基因编码的蛋白是一个多功能蛋白,参与了寄主症状的形成及病毒在植物体内移动等。本研究利用PCR方法扩增了24个分离物的C4基因,通过SDT、Dna SP等软件分析,结果表明,24个分离物核苷酸序列均为258个碱基,一致率为73.3%~100.0%,编码85个氨基酸,一致率为47.1%~100.0%。中国甘薯双生病毒分离物C4基因构建系统进化树分为2个组,组Ⅰ包括本研究的15个双生病毒分离物及中国大部分双生病毒分离物,又分为2个亚组,亚组2仅有15个双生病毒分离物,其中本研究的6个分离物位于此亚组;组Ⅱ含有30个双生病毒分离物,包括本研究的9个分离物。非同义突变与同义突变比值大于1,说明C4基因处于正向选择。亚组1错配分布图为单峰,说明该组种群呈突然暴发的状态,其余组或亚组为多峰锯齿状,表明种群或者亚种群已经存在很长时间,长期处于动态平衡。 展开更多
关键词 甘薯双生病毒 C4基因 分子变异 遗传多态性
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灰飞虱携带的水稻条纹病毒NS2和NS3基因的分子变异 被引量：2
15
作者 任春梅 程兆榜 +2 位作者 杨柳 缪倩 周益军 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2016年第8期1854-1863,共10页
为揭示灰飞虱携带水稻条纹病毒（rice stripe virus，RSV）的NS2和NS3基因分子变异特征，采用单雌产卵法从江苏、云南、山东、河北等地获得20个灰飞虱携带的RSV分离物，RT-PCR扩增出NS2和NS3基因特异片段，并对扩增产物进行克隆测序，... 为揭示灰飞虱携带水稻条纹病毒（rice stripe virus，RSV）的NS2和NS3基因分子变异特征，采用单雌产卵法从江苏、云南、山东、河北等地获得20个灰飞虱携带的RSV分离物，RT-PCR扩增出NS2和NS3基因特异片段，并对扩增产物进行克隆测序，再结合Genbank中已报道的其他分离物序列，利用生物信息学软件分析不同寄主、地区分离物的分子变异特点及系统发育关系。序列测定表明，20个分离物NS2和NS32个基因核苷酸序列同源性分别为96．5％～100％（NS2）和95．4％～100％（NS3），推导编码的蛋白氨基酸序列同源性为97．0％-100％（NS2）和96．2％-100％（NS3）。基于核苷酸序列构建的系统进化树分析表明2个基因均可以明显分为2组，其中一组均为中国云南水稻上的分离物，2组间遗传距离分别为0．05711（NS2）和0．06081（NS3），2基因的Z—test的检测结果表明都处于强烈的负选择压下。从2基因氨基酸构建的系统发育树和变异热点上分析，其氨基酸序列的分子变异首先与地缘相关，2基因均可以分成中国云南及云南以外的2个地理亚群；其次与寄主相关，可以划分为灰飞虱和水稻2个寄主群。 展开更多
关键词 水稻条纹病毒 NS2和NS3基因 分子变异 寄主群 地理亚群
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大麦黄矮病毒株系间分子变异与系统进化关系研究 被引量：2
16
作者 吴兴泉 陈士华 +2 位作者 张晓婷 张苗青 刘应举 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期339-344,共6页
对已公布的45条大麦黄矮病毒(Barley yellowdwarf virus,BYDV)全基因组进行比对分析,表明BYDV具有2种基因组结构类型.依据45条全基因组序列和59条外壳蛋白(CP)基因序列分别建立BYDV系统进化树,表明PAV株系可分为3个亚组,且发现中国的PA... 对已公布的45条大麦黄矮病毒(Barley yellowdwarf virus,BYDV)全基因组进行比对分析,表明BYDV具有2种基因组结构类型.依据45条全基因组序列和59条外壳蛋白(CP)基因序列分别建立BYDV系统进化树,表明PAV株系可分为3个亚组,且发现中国的PAV与欧美的PAV间存在明显的分子差异.MAV株系也可分为3个亚组,其中1个MAV亚组与中国的GAV株系具有较高的相似性.找出了在株系内完全保守同时在株系间发生变异的CP氨基酸位点33个,明确了PAV,SGV,GPV等3个株系CP氨基酸序列中具有株系特异性的变异位点,发现MAV和GAV在这33个变异位点处全部相同,无特异性变异位点,推测GAV株系可能是MAV的1个亚类. 展开更多
关键词 大麦黄矮病毒 株系 分子变异
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鸡传染性支气管炎病毒分子变异机制的研究 被引量：7
17
作者 孙丽娜 江勇 胡建民 《中国畜牧兽医》 CAS 2005年第3期24-26,共3页
鸡传染性支气管炎 (IB)目前已成为养鸡业中危害最大的病毒性传染病之一。病毒基因组 RNA的点突变、缺失、插入和不同毒株基因组间的同源重组所导致的病毒血清型、基因型和组织嗜性的改变是造成现用疫苗免疫失败的主要原因。病毒的变异... 鸡传染性支气管炎 (IB)目前已成为养鸡业中危害最大的病毒性传染病之一。病毒基因组 RNA的点突变、缺失、插入和不同毒株基因组间的同源重组所导致的病毒血清型、基因型和组织嗜性的改变是造成现用疫苗免疫失败的主要原因。病毒的变异已成为当前对 IBV病原学及本病免疫防制研究中的热点 ,作者重点就 IBV变异机制及其变异株的来源等方面作一综述。 展开更多
关键词 IBV 鸡传染性支气管炎病毒 免疫防制 组织嗜性 分子变异 毒株 病毒基因组 改变 点突变 机制
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血管紧张素原基因 M235T 分子变异与冠心病的关系 被引量：4
18
作者 陈德 范维琥 +4 位作者 张眉 施海明 李勇 顾学范 戴瑞鸿 《上海医科大学学报》 CSCD 1998年第2期83-86,共4页
目的研究血管紧张素原（ＡＧＴ）基因Ｍ２３５Ｔ分子变异与中国人冠心病（ＣＨＤ）发生的关系。方法采用多聚酶链反应（ＰＣＲ）、限制性片段长度多态性分析，对７６例ＣＨＤ患者和７６例无ＣＨＤ证据的对照组进行ＡＧＴ基因Ｍ２３５Ｔ... 目的研究血管紧张素原（ＡＧＴ）基因Ｍ２３５Ｔ分子变异与中国人冠心病（ＣＨＤ）发生的关系。方法采用多聚酶链反应（ＰＣＲ）、限制性片段长度多态性分析，对７６例ＣＨＤ患者和７６例无ＣＨＤ证据的对照组进行ＡＧＴ基因Ｍ２３５Ｔ等位基因检测。结果ＣＨＤ患者ＡＧＴ基因２３５ＴＴ型（０．７０）和Ｔ２３５等位基因（０．８２）的频率显著高于对照组（分别为０．４２和０．６３，Ｐ＝０．００２和Ｐ＜０．０１）。经校正ＣＨＤ的主要危险因素后，ＡＧＴ基因２３５ＴＴ型仍可显著增加ＣＨＤ发生的危险性（比数比为３．５６，Ｐ＝０．０１２）。结论中国人ＡＧＴ基因Ｍ２３５Ｔ分子变异与ＣＨＤ显著相关，ＡＧＴ基因２３５ＴＴ型可能是ＣＨＤ的重要危险因素之一。 展开更多
关键词 冠心病 血管紧张素原 M235T分子变异
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葡萄A病毒外壳蛋白基因克隆及分子变异分析 被引量：8
19
作者 任芳 范旭东 +2 位作者 董雅凤 张尊平 王教敏 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期568-574,共7页
为获得葡萄A病毒（Grapevinevirus A，GVA）外壳蛋白（CP）基因，并为开展GVA-CP介导的抗病毒转基因研究提供基础，本研究从葡萄休眠枝条中扩增获得12个GVA分离物的CP基因序列，全长597nt，编码198个氨基酸。所得分离物间核苷酸和氨基... 为获得葡萄A病毒（Grapevinevirus A，GVA）外壳蛋白（CP）基因，并为开展GVA-CP介导的抗病毒转基因研究提供基础，本研究从葡萄休眠枝条中扩增获得12个GVA分离物的CP基因序列，全长597nt，编码198个氨基酸。所得分离物间核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83．9％～99．8％和92．4％～99．5％，与GenBank中12个GVACP序列比较，核苷酸和氨基酸序列同源性分别为71．0％～93．1％和81．8％～98．0％。系统进化分析表明，本研究12个分离物CP序列与已报道的GVAI组亲缘关系最近。种群变异分析表明，GVA种群具有多种变异体类型，并且多个样品存在不同变异体类型的复合侵染。但绝大多数变异体克隆聚集在GVAⅠ组分支，有60％的克隆序列间同源性较高，并且聚集在同一个次级分支ⅠAa，表明其为该GVA种群的优势序列。克隆的GVACP基因以及优势序列群体的分析为葡萄抗病毒转基因研究奠定了基础。 展开更多
关键词 葡萄A病毒 外壳蛋白基因 分子变异
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宁夏马铃薯Y病毒(PVY)外壳蛋白基因分子变异分析 被引量：2
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作者 陈晓军 樊云芳 +3 位作者 王敬东 张丽 石磊 宋玉霞 《湖北农业科学》 北大核心 2014年第22期5558-5561,共4页
马铃薯(Solanum tuberosum)Y病毒(Potato virus Y,PVY)是危害我国马铃薯的主要病毒之一。利用马铃薯Y病毒通用ELISA试剂盒确定所携带Y病毒的试验材料,设计了特异性引物通过反转录PCR获得PVY CP基因序列,通过克隆PVY衣壳蛋白基因(Coat pr... 马铃薯(Solanum tuberosum)Y病毒(Potato virus Y,PVY)是危害我国马铃薯的主要病毒之一。利用马铃薯Y病毒通用ELISA试剂盒确定所携带Y病毒的试验材料,设计了特异性引物通过反转录PCR获得PVY CP基因序列,通过克隆PVY衣壳蛋白基因(Coat protein,CP)序列分析其进化与变异类型。结果表明,分离得到11株病毒,依据其CP序列特性分为4类;宁夏地区主要流行的病毒类型为PVYO进化分枝,同时也可能出现了具有高致病性的PVYNTN新株系,占到被检出病毒分离株的9.1%。结果揭示了宁夏地区PVY的进化与变异类型,有助于针对性地防控PVY。 展开更多
关键词 马铃薯(Solanum tuberosum) 马铃薯Y病毒 分子变异
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