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基于HS-SPME-GC-MS与分子对接技术的3种香型红茶挥发性成分研究
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作者 张鹏 黄艳 +7 位作者 魏成江 郑志强 吴伟伟 郑昌坤 申卫伟 于英杰 林馥茗 孙威江 《茶叶科学》 北大核心 2025年第2期318-332,共15页
近年来,蜜香型、果香型和草本薄荷香型红茶深受消费者的关注与喜爱,但其香气特征的成因亟需深入研究与解析。本研究采用顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用(HS-SPME-GC-MS),结合正交偏最小二乘法判别分析(OPLS-DA)的变量投影重要性值(VIP... 近年来,蜜香型、果香型和草本薄荷香型红茶深受消费者的关注与喜爱,但其香气特征的成因亟需深入研究与解析。本研究采用顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用(HS-SPME-GC-MS),结合正交偏最小二乘法判别分析(OPLS-DA)的变量投影重要性值(VIP)和相对香气活性值(ROAV),确认了3种香型红茶的关键挥发性化合物,最终利用分子对接技术探讨关键挥发性化合物与嗅感受体的结合位点和相互作用。结果表明,3种香型红茶的挥发性成分含量存在显著差异,共有13种挥发性化合物被鉴定为导致这些香型差异的关键因素。在蜜香型红茶中,大马士酮、苯甲醛和芳樟醇氧化物Ⅰ是主要贡献挥发性化合物;在果香型红茶中,庚醛、3,6-亚壬基-1-醇、2-庚酮、(E)-柠檬醛和6-甲基-5-庚烯-2-酮起着至关重要的作用;而草本薄荷香型红茶中的清凉感与水杨酸甲酯密切相关。分子对接结果显示,红茶关键挥发性化合物能自发与OR1A1、OR1G1、OR2W1、OR5M3、OR7D4和OR8D1嗅感受体结合,其中OR1A1是感知3种香型特征的关键受体,关键挥发性化合物主要通过激活OR1A1的3个氨基酸残基(TYR258、PHE206和VAL254)而发生氢键和疏水相互作用,从而促进3种香气的展现。本研究揭示了3种香型红茶特征香气形成的原因,为提升红茶风味品质和实现定向加工提供了重要的理论依据。 展开更多
关键词 红茶 独特香型 挥发性成分 分子对接 相对香气活性值
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生物信息学和分子对接分析HuNoVs非结构蛋白NS3
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作者 王道 肖亚梅 刘丹 《微生物学杂志》 北大核心 2025年第1期85-95,共11页
为了深入探究人类诺如病毒(Human noroviruses,HuNoVs)的NS3非结构蛋白的结构特征和小分子药物,运用多种生物信息学方法ProtParam、ProtScale、SignalP 5.0、TMHMM 2.0、NCBI Conserved Domains、SOPMA、SWISS-MODEL、YinOYang 1.2、Net... 为了深入探究人类诺如病毒(Human noroviruses,HuNoVs)的NS3非结构蛋白的结构特征和小分子药物,运用多种生物信息学方法ProtParam、ProtScale、SignalP 5.0、TMHMM 2.0、NCBI Conserved Domains、SOPMA、SWISS-MODEL、YinOYang 1.2、NetPhos 3.1、ABCpred、SYFPEITHI、Prankweb和Discovery Studio等预测NS3蛋白的同源性、理化性质、翻译后修饰位点、二级/三级结构、B/T细胞抗原表位、活性口袋位点及抑制化合物。HuNoVs的NS3蛋白是由363个氨基酸组成的稳定亲水性蛋白,相对分子量为39748.79 Da,理论等电点为6.37;NS3蛋白与其他病毒解旋酶序列相似性为32.52%,无信号肽和跨膜结构,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主,具有2个功能结构域,38个O-糖基化位点和21个磷酸化位点,7个B-细胞抗原表位和19个T-细胞抗原表位;还存在6个活性口袋位置和5个潜在的小分子抑制化合物。本文为阐明人类诺如病毒非结构蛋白NS3的结构和在病毒性肠胃炎中的作用机制提供了理论依据,也为研发和筛选新疫苗和药物奠定了基础。 展开更多
关键词 人类诺如病毒 非结构蛋白NS3 生物信息学 分子对接
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基于网络药理学、分子对接及实验验证探讨芍药苷治疗非酒精性脂肪肝病抗炎作用机制
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作者 刘湘花 李姗 +2 位作者 赵方言 周志文 闵远骞 《天然产物研究与开发》 北大核心 2025年第2期337-345,共9页
基于网络药理学、分子对接探讨芍药苷(paeoniflorin,PAE)治疗非酒精性脂肪肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)的作用途径与靶点,并进行实验验证。采用油酸钠(sodium oleate,NaOA)诱导的HepG2脂肪肝细胞模型评价PAE体外药效... 基于网络药理学、分子对接探讨芍药苷(paeoniflorin,PAE)治疗非酒精性脂肪肝病(non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD)的作用途径与靶点,并进行实验验证。采用油酸钠(sodium oleate,NaOA)诱导的HepG2脂肪肝细胞模型评价PAE体外药效;网络药理学预测和筛选出PAE治疗NAFLD核心靶点;通过分子对接和脂多糖(lipopolysaccharides,LPS)诱导的RAW 264.7炎症细胞验证模型进行验证。体外脂肪肝细胞模型结果显示PAE可以缓解NaOA诱导的HepG2的脂质堆积;网络药理学结果显示,PAE治疗NAFLD共预测60个潜在靶点;蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析发现获得Degree值前10的靶点是肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、蛋白激酶B(protein kinase B,AKT)等;GO富集分析共涉及核心靶点可能通过白细胞介素-17(interleukin-17,IL-17)与核转录因子κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)信号通路等炎症信号通路发挥作用;分子对接结果显示:PAE与TNF、IL6、AKT等具有良好的结合力;LPS诱导的体外炎症RAW 264.7细胞模型结果显示,PAE可以抑制LPS诱导的RAW 264.7细胞增殖,降低TNF-α、IL-6、IL-1β、活性氧(reactive oxygen species,ROS)、超氧化物(O_(2)^(-·))、一氧化氮(nitric oxide,NO)的水平(P<0.05或P<0.01)。综上,PAE通过抑制细胞炎症与氧化应激,缓解脂质堆积。 展开更多
关键词 芍药苷 脂肪肝 炎症 网络药理学 分子对接
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基于网络药理学分子对接及动力学模拟技术探讨当归补血汤治疗产后贫血的作用机制
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作者 段娜 张安东 +3 位作者 王婷婷 刘楠楠 郭冲 周立志 《湖北医药学院学报》 2025年第2期180-189,共10页
目的:通过整合网络药理学、分子对接、分子动力模拟技术探讨当归补血汤治疗产后贫血的作用机制。方法:通过TCMSP等数据库筛选当归补血汤药物活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库预测潜在作用靶点,通过GeneCard数据库搜索产后贫血... 目的:通过整合网络药理学、分子对接、分子动力模拟技术探讨当归补血汤治疗产后贫血的作用机制。方法:通过TCMSP等数据库筛选当归补血汤药物活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库预测潜在作用靶点,通过GeneCard数据库搜索产后贫血靶点,将二者取交集靶点,获得治疗产后血虚作用靶点,利用软件Cytoscape 3.10.1构建药物—活性成分—预测靶点—疾病复杂网络图,采用AutoDock 1.5.6进行分子对接。将分子对接结合能较好的靶点进行分子动力学模拟。结果:当归补血汤中beta-sitosterol等多种成分可能作用于IL6等靶点发挥治疗作用。顶部对接的化合物与每个蛋白质的合理结合模式中,关键活性成分Jaranol与关键靶点EGFR,Stigmasterol与MMP9,isorhamnetin与JAK2等具有较好的结合能力。关键化合物与核心基因靶点蛋白质-配体复合物的稳定,至少形成了1~2个氢键。结论:通过网络药理学方法发现当归补血汤中3,9-di-O-methylnissol等多种成分可能作用于IL6等靶点,通过神经活性配体-受体相互作用信号通路、AGE-RAGE信号通路等发挥治疗产后贫血的作用。 展开更多
关键词 网络药理学 分子对接 分子动力学模拟 产后贫血 当归补血汤
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基于网络药理学及分子对接技术探讨止颤控涎丸治疗帕金森病的作用机制
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作者 李凡 陈曦 +6 位作者 毛阿娟 杨洁 李莎莎 李艳茸 赵璠 康秉涛 李芳 《中国处方药》 2025年第7期10-15,共6页
目的基于网络药理学和分子对接技术探讨止颤控涎丸治疗帕金森病(PD)的作用机制。方法使用关键词“帕金森病”在GeneCards和DisGeNET公共数据库中进行搜索。从GEO数据库下载GSE168469(GPL18573)基因表达数据集,并使用GEO2R在线分析工具... 目的基于网络药理学和分子对接技术探讨止颤控涎丸治疗帕金森病(PD)的作用机制。方法使用关键词“帕金森病”在GeneCards和DisGeNET公共数据库中进行搜索。从GEO数据库下载GSE168469(GPL18573)基因表达数据集,并使用GEO2R在线分析工具进行处理。将PD相关靶点和止颤控涎丸作用靶点取交集,将止颤控涎丸药效成分所作用的靶基因导入Cytoscape 3.8.0软件中绘制“药物有效成分-核心靶点”网络。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并进行分子对接。结果经过SwissTargetPrediction预测去除重复靶点后共得到1142个止颤控涎丸活性成分。通过GeneCards和DisGeNET数据库分析,去重后共得到PD相关靶点共10076个。共获得31个药物-疾病相互作用靶点。PPI网络分析显示PPI网络中存在9个靶点,包括多巴胺受体(DRD1、DRD2)、多巴胺转运体(SLC18A2、SLC6A3)、烟碱乙酰胆碱受体(CHRNA4)、α-突触核蛋白(SNCA)、酪氨酸羟化酶(TH)、5-羟色胺受体(HTR1B)、转甲状腺素蛋白(TTR)。GO功能富集分析结果显示,止颤控涎丸治疗PD主要涉及转录的正调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、肽基-丝氨酸磷酸化、蛋白磷酸化等生物过程,KEGG通路富集分析获得包括神经活性配体受体相互作用、钙信号通路和PD通路在内的多条通路。分子对接结果表明,止颤控涎丸的核心成分与关键靶点SNCA、DRD2和TH对接良好。结论止颤控涎丸可以通过多靶点、多途径发挥其治疗PD的作用。 展开更多
关键词 止颤控涎丸 帕金森病 网络药理学 分子对接
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基于网络药理学和分子对接技术探讨升陷化浊颗粒治疗冠心病的分子机制
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作者 张敏 董政委 +2 位作者 邢作英 邱伯雍 王永霞 《河南中医》 2025年第5期728-736,共9页
目的:基于网络药理学和分子对接技术探究升陷化浊颗粒治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病(coronary heart disease,CHD)的潜在分子机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台筛选升陷化浊颗粒的活性成分,通过SwissTargetPrediction及Pub... 目的:基于网络药理学和分子对接技术探究升陷化浊颗粒治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病(coronary heart disease,CHD)的潜在分子机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台筛选升陷化浊颗粒的活性成分,通过SwissTargetPrediction及Pubchem获取活性成分的基因靶点。在GSE179789、GenCards、在线人类孟德尔遗传数据库(oline men-delian inheritance,OMIM)及治疗靶点数据库(therapeutic target database,TTD)获得CHD基因靶点。在Veney 2.1.0数据库获得活性成分靶点与疾病靶点交集。使用STRING数据库构建靶蛋白相互作用网络,运用Cytoscape 3.7.2构建“疾病-靶点-成分”网络图。通过微生信-在线生物信息学分析可视化云平台对潜在靶点进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。使用AutoDockTools 1.5.6对筛选的关键活性成分与核心靶点进行分子对接。结果:本研究共筛选出183个有效活性成分,441个活性成分相关靶点。从GSE179789数据集中获得相关疾病靶点273个,GenCards相关疾病靶点1939个,OMIM相关疾病靶点249个,TTD相关疾病靶点52个,合计疾病靶点2467个,药物与疾病交集潜在靶点168个。网络药理学结果显示,CYP3A4、CYP1A1、CYP2E1、STAT3、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)等靶点为升陷化浊颗粒治疗CHD的潜在靶点。糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等通路是升陷化浊颗粒治疗CHD的关键通路。GO分析发现类固醇代谢过程是升陷化浊颗粒治疗CHD的生物进程;分子对接表明吴茱萸酰胺甲与细胞色素P450酶家族成员(CYP3A4、CYP2E1、CYP1A1)具有较好的结合性。结论:升陷化浊颗粒通过吴茱萸酰胺甲调节细胞色素P450酶家族成员(CYP3A4、CYP2E1、CYP1A1)以及糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路干预类固醇代谢的反应进程,从而发挥治疗CHD的作用。 展开更多
关键词 冠状动脉粥样硬化性心脏病 升陷化浊颗粒 网络药理学 分子对接
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基于网络药理学和分子对接分析柴胡抗氧化应激作用机制
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作者 任海伟 彭丹妮 +5 位作者 魏浛夷 申兴国 郭晓鹏 赵洪源 潘立超 田亚琴 《食品研究与开发》 2025年第8期80-89,共10页
运用网络药理学和分子对接技术分析柴胡抗氧化应激的作用机制,通过网络药理学方法分析得到柴胡抗氧化应激的主要活性成分与核心靶点、柴胡与氧化应激的交集靶点以及可能的信号通路,预测柴胡主要活性成分与氧化应激核心靶点的结合能力。... 运用网络药理学和分子对接技术分析柴胡抗氧化应激的作用机制,通过网络药理学方法分析得到柴胡抗氧化应激的主要活性成分与核心靶点、柴胡与氧化应激的交集靶点以及可能的信号通路,预测柴胡主要活性成分与氧化应激核心靶点的结合能力。结果显示:从柴胡中筛选得到14种活性成分及378个作用靶点,后与1 934个氧化应激相关靶点取交集,得到191个共同靶点。基因本体(Gene Ontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析发现,柴胡的抗氧化应激作用主要通过影响癌症通路、阿尔茨海默病通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B信号通路、Rap1信号通路、白细胞介素-17信号通路等实现。分子对接结果显示,从柴胡中筛选出的主要活性成分与抗氧化应激核心靶点间均具有较好的结合活性。综上,柴胡可通过多成分、多靶点、多通路调节机体氧化应激。 展开更多
关键词 网络药理学 分子对接 柴胡 氧化应激 作用机制
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基于网络药理学与分子对接技术分析牛膝-当归治疗膝骨性关节炎的作用机制
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作者 何俊 李佳 丁渝权 《常州实用医学》 2025年第1期34-38,共5页
通过网络拓扑分析、基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析以及分子对接技术,发现牛膝-当归主要成分槲皮素、山奈酚可能通过作用于AKT1、PTGS2等靶基因,下调相关炎症因子的表达,调控软骨细胞凋亡、增殖等,从而发挥治... 通过网络拓扑分析、基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析以及分子对接技术,发现牛膝-当归主要成分槲皮素、山奈酚可能通过作用于AKT1、PTGS2等靶基因,下调相关炎症因子的表达,调控软骨细胞凋亡、增殖等,从而发挥治疗膝骨性关节炎的作用。 展开更多
关键词 膝骨性关节炎 牛膝 当归 分子对接 信号通路
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基于网络药理学与分子对接探讨桃核承气汤对血小板活化的作用机制
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作者 杨洁 严美玲 +2 位作者 葛浩然 陈鑫 朱培元 《山西中医》 2025年第1期61-65,共5页
目的:运用网络药理学和分子对接技术,探讨桃核承气汤对血小板活化的调控机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、UniProt数据库、化源网、PharmMapper数据库筛选桃核承气汤中桃仁、大黄、甘草、桂枝、芒硝5味药物活性... 目的:运用网络药理学和分子对接技术,探讨桃核承气汤对血小板活化的调控机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、UniProt数据库、化源网、PharmMapper数据库筛选桃核承气汤中桃仁、大黄、甘草、桂枝、芒硝5味药物活性化合物和相关作用靶点,通过GeneCards等数据库搜索与血小板活化相对应的疾病靶点,采用韦恩图对药物靶点与疾病靶点进行交集获得两者交集靶点,再通过Cytoscape 3.10.1软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络图,将交集靶点导入STRING数据库进行剖析,并绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,通过Metascape数据库对“化合物-疾病”交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并使用分子对接技术验证桃核承气汤中的主要成分和血小板活化的相关性。结果:桃核承气汤活性成分对应253个靶点,与血小板活化相关对应2043个靶点,二者取交集获得164个靶点,GO涉及细胞增殖、细胞凋亡等生物过程,KEGG富集为癌症通路、PI3K/AKT等信号通路,分子对接结果显示槲皮素、山柰酚等有效成分亲和力良好。结论:桃核承气汤通过山柰酚等活性成分作用于多靶点、多通路,可以有效调节血小板活化状态。 展开更多
关键词 桃核承气汤 血小板活化 网络药理学 分子对接
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基于网络药理学及分子对接技术探究黄连温胆汤治疗盆腔炎性疾病作用机制
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作者 刘瑜 钱宇星 +2 位作者 招敏虹 曾美玲 高修安 《广西医科大学学报》 2025年第2期255-260,共6页
目的:应用网络药理学和分子对接技术探索黄连温胆汤治疗盆腔炎性疾病的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)搜索黄连温胆汤主要药物成分以及作用靶点,再通过GeneCards、孟德尔遗传数据库(OMIM)及Dis‐GeNET数据... 目的:应用网络药理学和分子对接技术探索黄连温胆汤治疗盆腔炎性疾病的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)搜索黄连温胆汤主要药物成分以及作用靶点,再通过GeneCards、孟德尔遗传数据库(OMIM)及Dis‐GeNET数据库获取盆腔炎性疾病的相关靶基因。取两者交集靶点,应用Cytoscape软件梳理出“中药—有效成分—靶点—疾病”网络,并进行网络拓扑分析得到核心靶点。应用R语言和Metascape数据库对核心靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并在此基础上应用分子对接技术对有效成分和核心靶点之间的结合能力进行验证。结果:共获得黄连温胆汤主要有效成分161个,黄连温胆汤治疗盆腔炎性疾病的靶点695个。网络和富集分析提示槲皮素、山奈酚、异鼠李素和刺芒柄花素等有效成分是黄连温胆汤治疗盆腔炎性疾病的主要有效成分,NOS3、MAPK14、F2、NOS2、ESR1等基因是黄连温胆汤治疗盆腔炎性疾病的潜在核心靶点。筛选出的靶点显著富集晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、白细胞介素-17(IL-17)、肿瘤坏死因子(TNF)等信号通路。结论:黄连温胆汤主要通过槲皮素、山奈酚、异鼠李素和刺芒柄花素等活性成分作用于NOS3、MAPK14、F2、NOS2、ESR1等靶基因,介导AGE-RAGE、IL-17、TNF等信号通路发挥对盆腔炎性疾病的治疗作用。 展开更多
关键词 黄连温胆汤 盆腔炎性疾病 网络药理学 分子对接
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基于网络药理学和分子对接探讨生脉陷胸汤治疗冠心病的作用机制
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作者 张鑫 陈聪 《云南中医中药杂志》 2025年第1期52-58,共7页
目的本研究项目计划采用网络药理学和分子对接模拟作为主要的研究手段,深入探索生脉陷胸汤在治疗冠状动脉心脏病(coronary heart disease,CHD)中的作用机制和潜在疗效。方法通过使用TCMSP数据库检索“丹参”、“人参”、“瓜蒌皮”、“... 目的本研究项目计划采用网络药理学和分子对接模拟作为主要的研究手段,深入探索生脉陷胸汤在治疗冠状动脉心脏病(coronary heart disease,CHD)中的作用机制和潜在疗效。方法通过使用TCMSP数据库检索“丹参”、“人参”、“瓜蒌皮”、“法半夏”、“炙甘草”、“黄连”、“五味子”、“砂仁”,以及文献收集“麦冬”中的有效成分及对应的靶蛋白的筛选;使用GeneCard、OMIM、DisGeNET数据库选出与CHD发生发展密切相关的作用靶点。运用STRING数据库以及Cytoscape软件构建PPI网络图,并运用Cytoscape软件构建“中药—组分—靶点”网络图。利用R软件对中药—疾病交集靶点进行KEGG和GO富集分析。使用AutoDockTools-1.5.6进行分子模拟对接。结果在治疗冠心病(CHD)方面,生脉陷胸汤的核心成分主要包括槲皮素(quercetin)、木犀草素(luteolin)、异鼠李素(isorhamnetin)、山柰酚(kaempferol)、丹参酮IIa(tanshinone IIa)、β-谷甾醇(beta-sitosterol)、柚皮素(naringenin)、刺芒柄花素(formononetin)、二氢丹参内酯(dihydrotanshinlactone)、以及7-甲氧基-2-甲基异黄酮(7-Methoxy-2-methyl isoflavone)等;核心靶点有肿瘤蛋白P53(TP53)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、信号传导转录激活因子3(STAT3)、JUN转录因子(JUN)、环状素受体1(ESR1)、热休克蛋白90(HSP90AA1)、白细胞介素-6(IL-6)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、人表皮生长因子受体(EGFR)、MYC原癌基因(MYC)等;在治疗冠心病(CHD)方面,生脉陷胸汤作用于多个关键生物通路,这些内容包括动脉粥样硬化中的脂质代谢(Lipid and atherosclerosis)、乙型肝炎病毒感染(Hepatitis B)、前列腺癌的病理机制(Prostate cancer)、TNF信号通路的调节作用(TNF signaling pathway)、胰腺癌的发展机制(Pancreatic cancer)以及IL-17信号通路的作用(IL-17 signaling pathway)等;分子模拟对接结果显示,生脉陷胸汤中槲皮素与TP53和AKT1均能实现较好的结合。结论生脉陷胸汤可通过槲皮素、木犀草素、山柰酚等活性成分作用于多种信号通路及多个基因靶点治疗CHD。本研究对生脉陷胸汤的临床运用提供理论依据。 展开更多
关键词 冠心病 生脉陷胸汤 网络药理学 分子对接
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基于网络药理学与分子对接探究补肾促卵方调控卵巢颗粒细胞自噬的分子机制
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作者 李灵巧 楼毅云 《浙江临床医学》 2025年第1期19-23,共5页
目的基于网络药理学与分子对接探究补肾促卵方调控卵巢颗粒细胞自噬的分子作用机制。方法采用网络药理学分析补肾促卵方抗卵巢颗粒细胞的主要活性成分与作用通路富集,并通过分子对接进行验证。结果TCMSP数据库中筛选到补肾促卵方有效活... 目的基于网络药理学与分子对接探究补肾促卵方调控卵巢颗粒细胞自噬的分子作用机制。方法采用网络药理学分析补肾促卵方抗卵巢颗粒细胞的主要活性成分与作用通路富集,并通过分子对接进行验证。结果TCMSP数据库中筛选到补肾促卵方有效活性成分靶点725个;GeneCards、CTD、DisGeNET数据库检索到卵巢颗粒细胞自噬疾病靶点551个;筛选两者共同基因靶点154个,GO、KEGG功能分析显示补肾促卵方调控卵巢颗粒细胞自噬的通路主要富集在PI3K-Akt信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性、内分泌抵抗等;分子对接结果显示各基因靶点结合能低于-5.9 kcal/mol,提示补肾促卵方可有效调控卵巢颗粒细胞自噬。结论补肾促卵方或通过靶向PIK3R1、PIK3CA等基因,影响细胞信号传导和蛋白磷酸化来促进或抑制卵巢颗粒细胞自噬。 展开更多
关键词 补肾促卵方 卵巢颗粒细胞 自噬 网络药理学 分子对接
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基于网络药理学和分子对接分析川芎治疗脊髓缺血再灌注损伤的作用机制
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作者 王丹 刘鉴达 +5 位作者 侯保旭 刘子赫 方薇 高昕 刘爽 李松泽 《实用药物与临床》 2025年第2期88-94,共7页
目的利用网络药理学方法和分子对接技术探讨川芎治疗脊髓缺血再灌注损伤(SCII)的分子靶点和作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索获得川芎的活性成分和作用靶点。在GeneCards数据库和OMIM数据库以“spinal cord ischemi... 目的利用网络药理学方法和分子对接技术探讨川芎治疗脊髓缺血再灌注损伤(SCII)的分子靶点和作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索获得川芎的活性成分和作用靶点。在GeneCards数据库和OMIM数据库以“spinal cord ischemia-reperfusion injury”为关键词检索获得疾病相关靶点。利用VENNY2.1找出川芎作用靶点和疾病靶点的交集靶点。通过Cytoscape3.7.2构建药物-关键化学成分-疾病靶点网络图,利用String数据库和Cytoscape3.7.2绘制靶点蛋白互作网络图并进行拓扑分析,找出关键靶点蛋白。利用Metascape数据库对川芎治疗SCII的靶点进行GO和KEGG富集分析。采用AutoDock4.2和PyMol进行核心成分和靶点对接以及可视化处理。结果筛选得到川芎的活性成分7个,其对应靶点25个,疾病靶点726个,川芎治疗SCII作用靶点13个,对应活性成分5个。网络拓扑分析得到关键核心靶点PTGS2、PPARG、MAPK14、NR3C1;GO富集分析得到13个富集条目,主要为炎症调节和趋化性调节;KEGG富集分析获得5个有显著差异的通路,主要通路为VEGF信号通路,通过促血管生成、抗炎、抗氧化等发挥作用。分子对接结果显示,川芎治疗SCII的重要活性成分杨梅酮与核心靶点PTGS2、PPARG、MAPK14、NR3C1有良好的结合力。结论通过网络药理学和分子对接分析,探析了川芎通过多成分、多靶点、多途径治疗SCII。 展开更多
关键词 网络药理学 川芎 脊髓缺血再灌注损伤 分子对接
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基于网络药理学和分子对接技术探讨蒙药梅花草治疗肝损伤的潜在作用机制 被引量:1
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作者 张金艳 孔梦梦 +1 位作者 红艳 辛颖 《中医康复》 2025年第2期70-75,共6页
目的:应用网络药理学和分子对接技术探究蒙药梅花草治疗肝损伤的作用机制,为梅花草的进一步研究与应用提供参考依据。方法:基于TCMSP和Swiss Target Prediction数据库筛选蒙药梅花草的活性成分及靶点,通过GeneCards和OMIM数据库查找肝... 目的:应用网络药理学和分子对接技术探究蒙药梅花草治疗肝损伤的作用机制,为梅花草的进一步研究与应用提供参考依据。方法:基于TCMSP和Swiss Target Prediction数据库筛选蒙药梅花草的活性成分及靶点,通过GeneCards和OMIM数据库查找肝损伤的相关靶点,再将梅花草活性成分靶点与疾病靶点映射,采用Cytoscape 3.8.0绘制PPI网络构建图,并进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,进一步构建活性成分-靶点-信号通路网路图,最后运用AutoDock软件将蒙药梅花草主要活性成分与肝损伤核心靶点进行分子对接。结果:通过筛选得到梅花草活性成分28个;药物与疾病共同作用靶点751个;蛋白互作用网络中核心靶点为TP53(肿瘤蛋白P53)、SRC(酪氨酸蛋白激酶)、HSP90AA1(蛋白质编码基因)、AKT1(丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶)、MAPK3(丝裂原活化蛋白激酶3)、STAT3(信号转导子和转录激活子3)、CTNNB1(β-连环蛋白)、MAPK1(丝裂原激活的蛋白激酶1)、EGFR(人表皮生长因子受体)、EP300(E1A结合蛋白P300)等。分子对接结合能均<-7kcal/mol,表明药物活性成分与靶点蛋白对接效果良好,与网络药理预测结果相符。结论:蒙药梅花草以多成分、多靶点、多通路的复杂形式发挥治疗肝损伤的作用,TP53、AKT1、MAPK1、MAPK3等可能参与其中。 展开更多
关键词 蒙药 梅花草 肝损伤 网络药理 分子对接
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基于网络药理学、分子对接及实验验证探讨茯苓活性成分治疗溃疡性结肠炎的作用机制
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作者 陈权 毕袁博 +5 位作者 张越 王雷 彭代银 俞年军 陈卫东 王妍妍 《天然产物研究与开发》 北大核心 2025年第4期743-755,666,共14页
基于课题组前期对茯苓活性成分(Poria active ingredients,PAI)的研究基础与在TCMSP平台获得茯苓的活性成分,通过网络药理学预测茯苓治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的靶点与信号通路,构建蛋白相互作用网络和“PAI-靶点-疾病-... 基于课题组前期对茯苓活性成分(Poria active ingredients,PAI)的研究基础与在TCMSP平台获得茯苓的活性成分,通过网络药理学预测茯苓治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的靶点与信号通路,构建蛋白相互作用网络和“PAI-靶点-疾病-通路”网络,并使用AutoDock分子对接等软件,验证茯苓关键活性成分与核心靶点之间的结合能力。然后,采用3%葡聚糖硫酸钠诱导UC小鼠模型进行验证。网络药理学结果表明从茯苓中筛选出茯苓酸等52个活性成分,与UC共同靶点256个,主要涉及癌症通路、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor,TNF)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路等。动物实验结果证实成功构建UC小鼠模型,与模型组相比,PAI能够改善UC小鼠体重量降低、结肠长度减少和疾病活动指数评分升高。苏木精-伊红染色结果显示,PAI可以有效改善结肠组织损伤,修复肠屏障功能,能够显著降低血清脂多糖和D-乳酸水平,提高肠通透性,改善肠黏膜损伤。实时荧光定量PCR和蛋白免疫印迹结果显示,PAI可以显著抑制结肠白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)及肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)等炎症因子基因表达水平,显著上调紧密蛋白Occludin、Claudin-1等蛋白表达量,显著下调MAPK信号通路中磷酸化细胞外信号调节激酶(phosphorylation of extracellular regulated kinases,p-ERK)、磷酸化c-Jun氨基末端激酶(phosphorylation of c-Jun N-terminal kinase,p-JNK)等蛋白的表达量。综上,PAI能够通过抑制TNF/MAPK信号通路,抑制炎症反应,修复肠屏障功能,从而改善UC。 展开更多
关键词 茯苓活性成分 溃疡性结肠炎 网络药理学 分子对接 TNF/MAPK通路 炎症
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基于网络药理学、分子对接和实验验证探讨五参汤治疗慢性心力衰竭的作用机制
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作者 王继儒 杨桦 +3 位作者 殷春霞 蓝涛华 吕渭辉 张燕 《中药新药与临床药理》 北大核心 2025年第3期392-404,共13页
目的基于网络药理学、分子对接和动物实验验证探讨五参汤治疗慢性心力衰竭(CHF)的作用机制。方法利用TCMSP数据库获取五参汤药物中的活性成分。通过SwissTargetPrediction平台及OMIM、TTD、DisGeNet、GeneCards数据库得到五参汤成分及... 目的基于网络药理学、分子对接和动物实验验证探讨五参汤治疗慢性心力衰竭(CHF)的作用机制。方法利用TCMSP数据库获取五参汤药物中的活性成分。通过SwissTargetPrediction平台及OMIM、TTD、DisGeNet、GeneCards数据库得到五参汤成分及慢性心力衰竭的基因靶点,二者交集靶点为五参汤治疗慢性心力衰竭的潜在靶点。由Cytoscape数据库得到核心靶点,将核心靶点再次计算后筛选得到重要靶点,并构建“药物-成分-核心靶点”网络及靶点蛋白互作网络(PPI)。以重要靶点在R软件上进行GO及KEGG富集分析。随后采用分子对接验证主要活性成分与关键通路的靶点的结合水平,并在此基础上进行实验验证。采用小鼠心肌梗死致慢性心力衰竭模型,利用B超、HE、Masson及Western Blot验证实验结果。结果共收集到有效药物成分63种,成分相关靶点768个和疾病靶点12933个,二者交集共706个靶点。在Cytoscape中计算得到核心靶点137个,其中重要靶点为28个。PPI提示STAT3、Caspase-3、Bcl2为治疗过程的关键靶点。GO及KEGG分析显示五参汤治疗慢性心力衰竭可能通过小分子代谢、激素反应、碳水化合物代谢和氧化应激反应来实现,这些进程可能与AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路以及HIF-1通路有关。B超、HE、MASSON结果示,与模型组相比,给药组不同程度地缓解了小鼠的心功能障碍及炎症浸润和纤维化等病理改变。Western Blot结果显示五参汤能逆转STAT3、HIF1A、Caspase-3的高表达(P<0.05,P<0.01,P<0.001)以及Bcl2的低表达(P<0.05),从而使慢性心力衰竭得到改善。结论五参汤可能通过抑制HIF1A、STAT3、Caspase-3的蛋白表达,同时增加Bcl2的蛋白表达,实现对HIF-1通路及凋亡相关信号的调控发挥对慢性心力衰竭的治疗作用。 展开更多
关键词 五参汤 慢性心力衰竭 网络药理学 分子对接 实验验证 小鼠
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番茄潜叶蛾谷胱甘肽-S-转移酶基因TabsGSTs2的克隆及与α-番茄碱的分子对接分析
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作者 周昕雨 李金萍 +6 位作者 黄聪 许博 崔建臣 万方浩 张毅波 桂富荣 张桂芬 《环境昆虫学报》 北大核心 2025年第1期56-65,共10页
谷胱甘肽-S-转移酶(Glutathione-S-transferases,GSTs)在昆虫适应植物次生代谢物质中发挥重要作用,为明确番茄潜叶蛾Tuta absoluta的GSTs基因在其响应α-番茄碱胁迫中的作用。本研究利用PCR技术克隆了番茄潜叶蛾TabsGSTs2基因全长,通过... 谷胱甘肽-S-转移酶(Glutathione-S-transferases,GSTs)在昆虫适应植物次生代谢物质中发挥重要作用,为明确番茄潜叶蛾Tuta absoluta的GSTs基因在其响应α-番茄碱胁迫中的作用。本研究利用PCR技术克隆了番茄潜叶蛾TabsGSTs2基因全长,通过生物信息学方法分析了TabsGSTs2基因的序列特征、理化特性、保守结构域、基因结构和进化关系,通过RT-qPCR技术测定了α-番茄碱胁迫下TabsGSTs2基因的表达情况,利用同源建模和分子对接研究了TabsGSTs2和α-番茄碱的结合能力与结合模式。结果表明,TabsGSTs2基因的CDS全长为609 bp,编码203个氨基酸,理论等电点为8.47,分子量为23.895 kDa;TabsGSTs2具有4个β-折叠和9个α-螺旋,具有典型的GSTs保守结构域,包括GSH结合位点(G-site)和底物结合位点(H-site);TabsGSTs2属于sigma亚家族成员,与苹果蠹蛾Cydia pomonella的CpGSTs2亲缘关系较近;α-番茄碱胁迫下,TabsGSTs2基因在72 h的表达量显著高于对照;TabsGSTs2与α-番茄碱的结合能力较强,主要以氢键、疏水作用力和盐桥等相互作用维持稳定的结合。研究结果可为后续研究番茄潜叶蛾适应α-番茄碱的分子机制提供参考,为进一步挖掘番茄潜叶蛾防控新靶标提供基础。 展开更多
关键词 番茄潜叶蛾 α-番茄碱 谷胱甘肽-S-转移酶 解毒代谢 分子对接
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基于网络药理学、分子对接和实验验证探讨参苓白术颗粒治疗特应性皮炎的作用机制 被引量:1
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作者 姜瀚 陈金润 +1 位作者 王倩雯 张虹亚 《安徽中医药大学学报》 2025年第1期96-102,共7页
目的通过网络药理学、分子对接和实验验证探讨参苓白术颗粒治疗特应性皮炎(atopic dermatitis,AD)的作用机制。方法通过TCMSP、Genecards数据库查询参苓白术颗粒中药成分与疾病靶点,将二者交集基因进行基因本体(gene ontology,GO)和京... 目的通过网络药理学、分子对接和实验验证探讨参苓白术颗粒治疗特应性皮炎(atopic dermatitis,AD)的作用机制。方法通过TCMSP、Genecards数据库查询参苓白术颗粒中药成分与疾病靶点,将二者交集基因进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)信号通路功能富集。构建“药物—疾病—通路”网络,筛选核心活性成分和核心靶点,分子对接对其进行可视化。设置5、10、20、40μmol/L浓度梯度的槲皮素,CCK-8法检测其对肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)和干扰素-γ(interferon-gamma,IFN-γ)共刺激的HaCaT细胞活力的影响,筛选最佳给药浓度。Western blot法检测Jun原癌激酶(Jun kinase,JUN)/半胱天冬蛋白酶-3(cysteinyl aspartate specific proteinase-3,caspase-3)/前列腺素内过氧化物合酶2(prostaglandin G/H synthase 2,PTGS2)蛋白表达水平。结果参苓白术颗粒治疗AD的主要通路有IL-17、TNF信号通路,其可能是通过核心活性成分槲皮素、木犀草素和山柰酚与核心靶点PTGS2、RXRA、RELA发挥治疗作用。CCK-8结果表明,HaCaT细胞生长受到抑制,其中槲皮素浓度在40μmol/L时,对细胞的抑制率约为50%。Western blot结果表明,40μmol/L槲皮素干预后,JUN和PTGS2蛋白表达水平升高,caspase-3蛋白表达水平降低(P<0.05)。结论参苓白术颗粒核心活性成分槲皮素可能通过降低caspase-3的表达水平,升高JUN和PTGS2的表达水平,发挥对皮肤组织的保护作用。 展开更多
关键词 参苓白术颗粒 特异性皮炎 网络药理学 分子对接
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基于网络药理学及分子对接探讨心血通口服液治疗冠心病的作用机制 被引量:1
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作者 黄易红 柯昌兰 +4 位作者 孔婉文 吴坤生 王晓琪 陈小惠 王大伟 《中西医结合心脑血管病杂志》 2025年第1期18-27,共10页
目的:基于网络药理学及分子对接方法探讨心血通口服治疗冠心病的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)及中药分子机制的生物信息学分析工具数据库(BATMAN-TCM)筛选心血通口服液的有效成... 目的:基于网络药理学及分子对接方法探讨心血通口服治疗冠心病的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)及中药分子机制的生物信息学分析工具数据库(BATMAN-TCM)筛选心血通口服液的有效成分及靶点,通过GeneCards、人类孟德尔遗传在线数据库(OMIM)、治疗靶点数据库(TTD)、药品数据与药物靶点数据库(DrugBank)及DisGeNET数据库检索冠心病的相关靶点,得到两者交集靶点,利用STRING数据库对交集靶点进行蛋白互作分析,借助Cytoscape 3.10.0软件绘制“中药-有效成分-潜在靶点-疾病”网络图及筛选核心靶点;利用注释、可视化和综合发现数据库(DAVID)数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后利用Autodock、PyMOL等软件对关键有效成分及靶点进行分子对接。结果:共获得心血通口服液的有效成分97种,靶点239个,冠心病靶点2817个,交集靶点145个;心血通口服液主要通过槲皮素、木犀草素、山柰酚、丹参酮ⅡA、黄芩素与β-谷甾醇等有效成分作用于丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)等靶点,通过调节脂质、流体切应力、晚期糖基化终产物-受体(AGE-RAGE)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路等发挥治疗冠心病的作用。结论:心血通口服液治疗冠心病具有多成分-多靶点-多通路的特点。 展开更多
关键词 冠心病 心血通口服液 网络药理学 分子对接 作用机制
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基于网络药理学、分子对接与PRM靶向蛋白验证探讨苁蓉舒痉颗粒治疗帕金森病的作用机制
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作者 刘海鑫 倪慧心 +6 位作者 周美 范自立 高正涛 吴方真 林瑶 许茜 蔡晶 《中国药理学通报》 北大核心 2025年第2期365-372,共8页
目的结合网络药理学、分子对接与PRM蛋白相对定量分析探索苁蓉舒痉颗粒(Congrong Shujing granules,CSGs)治疗帕金森病(Parkinson’s disease,PD)的作用机制。方法通过数据库获取CSGs的有效成分和PD的靶点。取药物与疾病的交集靶点,进... 目的结合网络药理学、分子对接与PRM蛋白相对定量分析探索苁蓉舒痉颗粒(Congrong Shujing granules,CSGs)治疗帕金森病(Parkinson’s disease,PD)的作用机制。方法通过数据库获取CSGs的有效成分和PD的靶点。取药物与疾病的交集靶点,进行“药物-活性成分-靶点”网络和蛋白互作网络的构建与分析,将交集靶点基因导入David数据库进行GO和KEGG富集分析,并将主要成分与关键靶点进行分子对接。将27只SD大鼠随机分为正常组9只、模型组9只和治疗组9只,于疗程d 1、7、14采用PRM蛋白相对定量分析法检测大鼠黑质纹状体关键靶蛋白特异性肽段表达量的变化情况。结果CSGs主要成分为丹参醛、黄芩素、槲皮素和山柰酚等;治疗PD最为关键的靶点为TP53、AKT1、EGFR、HSP90AA1和STAT3;KEGG分析主要富集:MAPK、PI3K-Akt和神经营养因子等信号通路。核心成分与核心靶点的分子对接表明,药物与靶点的结合具有较好活性。PRM分析发现ASK1、JNK1,JNK3目标肽段表达量各组间存在差异(P<0.05)。结论CSGs可通过ASK1-JNK信号通路,缓解内质网应激,抑制细胞凋亡,发挥神经保护作用。 展开更多
关键词 帕金森病 苁蓉舒痉颗粒 网络药理学 分子对接 PRM ASK1-JNK信号通路
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