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HIV-1整合酶与抑制剂金精三羧酸复合物的分子动力学模拟 被引量：1
1
作者 朱海梅 陈慰祖 王存新 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第8期745-749,共5页
用分子对接程序 (Autodock)将含有一个Mg2 + 的HIV 1整合酶核心区 (以下简称IN A)与抑制剂小分子金精三羧酸(简称Aurin)进行对接 ,预测其未知的复合物结构 ,然后用分子动力学 (MD)方法对IN A与Aurin的对接结果进行了 95 0ps的模拟 .MD... 用分子对接程序 (Autodock)将含有一个Mg2 + 的HIV 1整合酶核心区 (以下简称IN A)与抑制剂小分子金精三羧酸(简称Aurin)进行对接 ,预测其未知的复合物结构 ,然后用分子动力学 (MD)方法对IN A与Aurin的对接结果进行了 95 0ps的模拟 .MD模拟结果发现 ,IN A与Aurin形成了两个稳定的氢键 ,Mg2 + 也与Aurin上的氧原子形成了稳定的配键 ,IN A与Aurin之间的静电相互作用能和范德华相互作用能的平均值分别为 -2 0 5 8和 -162 7kJ/mol .根据MD模拟得到的IN A与Aurin相互作用后的构象变化信息 ,我们对对接复合物结构进行了修正 ,给出了更加合理和稳定的复合物预测结构 .本工作得到的HIV 1整合酶与抑制剂Aurin的结合模式信息将有助于设计和改造出效果更好的抗HIV 1整合酶的先导化合物 . 展开更多
关键词 艾滋病 病毒复制 HIV-1整合酶 抑制剂 金精三羧酸复合物 分子动力学 药物设计 分子对接程序
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