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2020-2021年我国规模化猪场猪圆环病毒2型和3型的分子流行病学调查分析
1
作者 陈翔鸿 曹琪 +5 位作者 谌磊 邓文芳 袁意 孔丹妮 宋文博 汤细彪 《动物医学进展》 北大核心 2024年第3期88-96,共9页
采集13个省市自治区的491个规模化猪场的1447份疑似猪圆环病毒感染样本,通过荧光定量PCR方法进行猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的检测。分别随机选取50份PCV2和PCV3阳性样品,对其ORF2基因进行测序并分别进行核苷酸同源性比... 采集13个省市自治区的491个规模化猪场的1447份疑似猪圆环病毒感染样本,通过荧光定量PCR方法进行猪圆环病毒2型(PCV2)和猪圆环病毒3型(PCV3)的检测。分别随机选取50份PCV2和PCV3阳性样品,对其ORF2基因进行测序并分别进行核苷酸同源性比对和遗传进化分析。结果显示,样本中PCV2和PCV3检出率分别为29.16%(422/1447)和18.93%(274/1447)。规模化猪场中PCV2和PCV3检出率分别为47.05%(231/491)和15.68%(77/491),PCV2和PCV3混合感染率为23.81%,混合感染高于单一感染,与猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、伪狂犬病病毒(PRV)、猪肺炎支原体(MhP)等病原体以多种组合的混合感染形式出现。50个PCV2序列与16个参考毒株序列的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为75.6%~100%和83.1%~99.1%,PCV3对应同源性分别为95.9%~100%和96.3%~100%。分子遗传进化分析显示PCV2d占80%(40/50),PCV2a占4%(2/50),PCV2b占16%(8/50),未检测到PCV2c和PCV2e。PCV3a、PCV3b和PCV3c分别占28%(14/50)、22%(11/50)和50%(25/50)。表明2020-2021年我国规模化猪场PCV2的主要流行基因型是PCV2d,其次为PCV2a和PCV2b。PCV3c为我国规模化猪场中的主要流行基因型,而PCV3a和PCV3b流行率也依然较高。论文对我国猪圆环病毒的分子流行病学进行了数据补充,对临床防控起到了预警作用,也为猪圆环病毒疫苗的研发提供参考。 展开更多
关键词 猪圆环病毒2型 猪圆环病毒3型 混合感染 分子流行病学
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2021-2022年我国部分地区猪轮状病毒分子流行病学调查
2
作者 何晓明 田小艳 +3 位作者 王东东 刘桂武 李春梅 叶敏慧 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2024年第3期77-85,共9页
为了解我国部分地区猪场猪轮状病毒(porcine rotavirus, PoRV)的流行情况及分子特征,对2021-2022年我国部分省份的86个规模化猪场的6 472份腹泻样品进行检测,用RT-PCR方法调查PoRV的流行率,并对PoRV阳性样本进行VP7和VP4基因扩增、测序... 为了解我国部分地区猪场猪轮状病毒(porcine rotavirus, PoRV)的流行情况及分子特征,对2021-2022年我国部分省份的86个规模化猪场的6 472份腹泻样品进行检测,用RT-PCR方法调查PoRV的流行率,并对PoRV阳性样本进行VP7和VP4基因扩增、测序,使用MegAlign软件进行同源性分析,利用MEGA11.0构建系统进化树。结果显示,PoRV的样品阳性率为27.89%(1 805/6 472),猪场阳性率为65.12%(56/86);从98份阳性PoRV样本中扩增出76个VP7片段,G9为优势基因型(42.11%),基因型G5、G26、G3、G4、G1、G2和G11各占26.32%、9.21%、6.58%、6.58%、3.95%、2.63%和2.63%。扩增出的35个VP4基因片段,以P[13]型为主,占57.14%;其次为P[7]、P[23]、P[3]和P[6]型,分别占20%、14.29%、5.71%和2.86%。35个毒株成功鉴定出G/P基因型,G9P[13](28.57%)为优势组合基因型,其他基因型为G5P[13](11.43%)、G4P[13](8.57%)、G9P[23](8.57%)、 G26P[13](5.71%)、G1P[7](5.71%)、G26P[3](5.71%)、G5P[7](5.71%)、G3P[7](2.86%)、G11P[23](2.86%)、G5P[23](2.86%)、G11P[7](2.86%)、G3P[13](2.86%)、G5P[6](2.86%)和G4P[7](2.86%),其中G11P[7]为国内首次鉴定到的基因型。综上,目前PoRV的流行率高且基因型复杂,优势组合基因型为G9P[13]。该结果丰富了PoRV的分子流行病学资料,对我国猪PoRV感染的防控具有重要意义,也为新型疫苗研发提供了参考依据。 展开更多
关键词 猪轮状病毒 VP4基因 VP7基因 分子流行病学
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猪链球菌病的分子流行病学及其防控策略
3
作者 岑鑫 《农村科学实验》 2024年第6期157-159,共3页
猪链球菌病是威胁猪群健康的重要传染病之一。该文对猪链球菌病的分子流行病学特征进行了深入分析,并探讨了有效的防控策略。利用基因分型和分子标记技术,揭示了猪链球菌的分子特性及其在不同地区的流行特征,研究了猪链球菌病的主要传... 猪链球菌病是威胁猪群健康的重要传染病之一。该文对猪链球菌病的分子流行病学特征进行了深入分析,并探讨了有效的防控策略。利用基因分型和分子标记技术,揭示了猪链球菌的分子特性及其在不同地区的流行特征,研究了猪链球菌病的主要传播途径和影响其流行的风险因素。在此基础上,该文从免疫策略与疫苗研发、生物安全与环境管理措施、抗菌药物的合理使用与抗药性管理等方面入手,提出了一系列有针对性的防控措施,旨在为相关工作者提供一些有益建议。 展开更多
关键词 猪链球菌病 分子流行病学 防控策略 生物安全
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中国兔源十二指肠贾第虫分子流行病学研究进展 被引量：1
4
作者 李俊强 张苗苗 +4 位作者 张峻晨 付寅 秦子扬 李晓迎 张龙现 《河南农业大学学报》 CAS CSCD 2023年第3期363-371,共9页
对中国兔源十二指肠贾第虫的分子流行病学研究进行了总结,分析了不同地区、年龄、品种、经济用途和饲养地点的兔源十二指肠贾第虫的感染情况,阐明了不同地区兔源十二指肠贾第虫的基因型分布情况,以更好地了解十二指肠贾第虫在家兔中的... 对中国兔源十二指肠贾第虫的分子流行病学研究进行了总结,分析了不同地区、年龄、品种、经济用途和饲养地点的兔源十二指肠贾第虫的感染情况,阐明了不同地区兔源十二指肠贾第虫的基因型分布情况,以更好地了解十二指肠贾第虫在家兔中的流行情况。兔源十二指肠贾第虫集聚体B具有广泛的宿主适应性特征,其宿主适应性的分子机制值得深入研究,也是今后的重要研究方向之一。 展开更多
关键词 家兔 十二指肠贾第虫 分子流行病学 集聚体分布 人兽共患病
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我国禽传染性支气管炎病毒分子流行病学研究进展
5
作者 高明燕 姜逸 +4 位作者 程旭 俞燕 范建华 贾雪波 孟闯 《中国家禽》 北大核心 2023年第12期87-94,共8页
禽传染性支气管炎(Infectious bronchitis,IB)是由禽传染性支气管炎病毒(Infec-tiousbronchitisvirus,IBV)引起的雏鸡和成年鸡呼吸系统以及泌尿生殖道组织损伤和病变的急性、高度接触性疾病。虽然临床上广泛使用疫苗免疫防控该病,但由于... 禽传染性支气管炎(Infectious bronchitis,IB)是由禽传染性支气管炎病毒(Infec-tiousbronchitisvirus,IBV)引起的雏鸡和成年鸡呼吸系统以及泌尿生殖道组织损伤和病变的急性、高度接触性疾病。虽然临床上广泛使用疫苗免疫防控该病,但由于IBV基因组存在频繁的变异和重组,导致新基因型和血清型不断出现,从而造成我国鸡IB未能得到有效控制。文章详细介绍了基于IBVS1基因系统发育学建立的分型方法以及我国流行的IBV4个基因型、18个分支的来源、传播和流行现状,为IB防控和疫苗研发提供参考。 展开更多
关键词 禽传染性支气管炎病毒 分子流行病学 S1基因序列系统发育学分析 基因重组
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高明地区手足口病EV71的分子流行病学情况及核酸序列同源性的进化性分析
6
作者 钟剑文 陈卓仪 +3 位作者 陈健珍 谭安琦 刘翠娴 张宇 《医学理论与实践》 2023年第23期4099-4103,共5页
目的:探究高明地区手足口病肠道病毒71型(EV71)的分子流行病学,并对其核酸序列同源性进行进化分析。方法:选择2020年1月-2022年12月高明区人民医院及疾控中心提供来源于1547例手足口病患者的标本共1547份,采用荧光定量RT-PCR对标本进行... 目的:探究高明地区手足口病肠道病毒71型(EV71)的分子流行病学,并对其核酸序列同源性进行进化分析。方法:选择2020年1月-2022年12月高明区人民医院及疾控中心提供来源于1547例手足口病患者的标本共1547份,采用荧光定量RT-PCR对标本进行肠道病毒核酸检测,并对其进行EV71、柯萨奇病毒A组16型(CA16)、非EV71/CA16(N)分类,从时间、地区、年龄、性别、疾病类型5个方面对EV71病毒引起手术口病的分子流行病学进行调查,分离部分EV71毒株进行全基因测序分析,另采用生活信息学软件对病毒基因特征进行分析。结果:5-7月为EV71病毒引起手足口病高发时间;高明地区与佛山市其他地区EV71病毒引起手足口病病例占比无显著差异;≤1岁患者为手足口病高发群体,2021年和2022年EV71病例占比分别为36.36%和36.28%;男性为手足口病高发群体,2021年和2022年EV71病例男女比例分别为2.140∶1和2.092∶1。基于全基因序列构建亲缘进化树,分离的6株EV71毒株与C4亚型毒株具有最近的亲缘性和最高的同源性。结论:2021-2022年EV71病毒是高明地区手足口病流行的主要病原,EV71毒株属C4型且遗传性较为稳定。 展开更多
关键词 手足口病 EV71 分子流行病学 核酸序列 同源性 高明地区
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杭州地区2012~2018年耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的分子流行病学特征及其变化趋势 被引量：1
7
作者 朱云颖 王媛 +3 位作者 肖婷婷 嵇金如 沈萍 肖永红 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期1074-1084,共11页
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)是威胁全球的公共卫生问题,给社会和患者造成严重的安全威胁,因此明确MRSA耐药性和时空分布的多态性对于其感染的诊治和防控至关重要。本研究通过收集本院... 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)是威胁全球的公共卫生问题,给社会和患者造成严重的安全威胁,因此明确MRSA耐药性和时空分布的多态性对于其感染的诊治和防控至关重要。本研究通过收集本院162株MRSA菌株,将所有菌株根据标准区分为社区获得性(community-associated)MRSA(CA-MRSA)和医院获得性(hospital-associated)MRSA(HA-MRSA),利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)测定MRSA菌株的多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST),葡萄球菌盒式染色体序列(staphylococcal chromosome cassette mec,SCCmec)、葡萄球菌A蛋白(staphylococcal protein A,spa)基因多态性,以及杀白细胞毒素(Panton-Valentine leucocidin,PVL),分析了杭州地区不同年份(2012~2018年)MRSA菌株的分子特征。结果共发现16种ST型和30种spa型。ST型以ST5型为主(96/162,59.3%),spa分型以t311型为主(83/162,51.2%)。发现5种SCCmec分型,以SCCmec II型最为常见(101/162,61.7%),ST5-II-t311是本地区的第一优势MRSA克隆。2014~2018年,ST5型MRSA的患病率逐渐下降,而ST59型MRSA的患病率上升。同时,本研究检出家畜相关耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(livestock-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus,LA-MRSA)ST398和ST9。PVL基因阳性MRSA菌株共28株(28/162,17.3%),最常见的PVL阳性克隆是ST59-IVa-t437。CA-MRSA与HA-MRSA相比,ST型为ST5的比例较低(9.1%vs 67.1%,P=0.000),ST59的比例较高(63.6%vs 11.4%,P=0.000),且CA-MRSA携带PVL阳性基因的可能性更高(36.4%vs 14.3%,P=0.028)。上述结果表明,MRSA的分子类型越来越多样化,ST5-II-t311是本地区MRSA的优势克隆,但在2014~2018年呈下降趋势,而社区相关性克隆菌株ST59型MRSA在2014~2018年呈逐年上升趋势。 展开更多
关键词 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 社区获得性 医院获得性 分子流行病学 药物敏感性
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狐狸和貉隐孢子虫感染分子流行病学调查 被引量：1
8
作者 王步康 李鑫淼 +7 位作者 汪海东 陈明辉 郭雨楠 卢营 郑力萍 眭玉珍 代宏宇 董海聚 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2023年第8期93-98,共6页
旨在了解养殖狐狸和貉隐孢子虫的流行情况、虫种、基因型和人畜共患风险。试验选取河南省2个地区和河北省1个地区,共采集1 588份狐狸和貉粪便样品,基于核糖体小亚基SSU rRNA位点,通过套式PCR扩增,进行隐孢子虫感染的调查。检测结果确定... 旨在了解养殖狐狸和貉隐孢子虫的流行情况、虫种、基因型和人畜共患风险。试验选取河南省2个地区和河北省1个地区,共采集1 588份狐狸和貉粪便样品,基于核糖体小亚基SSU rRNA位点,通过套式PCR扩增,进行隐孢子虫感染的调查。检测结果确定了17个隐孢子虫阳性样品,总感染率为1.07%。同时发现3种隐孢子虫,均具有人兽共患性,占比分别为其中Cryptosporidium(C.)canis(12/17)、C. parvum (4/17)和C. andersoni (1/17),C. canis为优势虫种。本研究结果扩大了隐孢子虫的宿主范围,且具有一定的公共卫生学意义。 展开更多
关键词 狐狸 貉 隐孢子虫 分子流行病学
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昆明地区耐碳青霉烯类抗生素铜绿假单胞菌的分子流行病学特点及耐药特征分析
9
作者 周飞 李小凤 +4 位作者 梁媛 李洁 姜波 单斌 宋贵波 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期820-825,共6页
目的研究耐碳青霉烯类抗生素铜绿假单胞菌分子流行病学规律及耐药机制,为临床预防和治疗铜绿假单胞菌的感染提供理论依据。方法对多中心收集的耐碳青霉烯类抗生素铜绿假单胞菌(carbapenems-resistant Pseudomonas aeruginosa,CRPA)开展... 目的研究耐碳青霉烯类抗生素铜绿假单胞菌分子流行病学规律及耐药机制,为临床预防和治疗铜绿假单胞菌的感染提供理论依据。方法对多中心收集的耐碳青霉烯类抗生素铜绿假单胞菌(carbapenems-resistant Pseudomonas aeruginosa,CRPA)开展多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)和遗传信息研究,并对碳青霉烯酶基因与外膜孔蛋白OprD编码基因进行序列分析。结果多位点序列分型方法将81株CRPA分为36个ST型,总体以ST3390(41.98%,34/81)为主,其中有5种为新发现的ST型别;CRPA菌株中碳青霉烯酶基因的检出率较高(65.43%,53/81),尿液标本检出率最高(80.00%,28/35),其中IMP、VIM和NDM型碳青霉烯酶基因检出率分别为37.04%、27.16%和1.23%,未检测到KPC、GES、SPM和OXA-40型碳青霉烯酶基因;oprD基因的序列比对分析发现,高达96.29%(78/81)CRPA临床分离株发生了各种类型的突变,以单个或者多个碱基的插入或缺失为主(76.54%,62/81)。结论81株CRPA主要的耐药机制为膜孔蛋白基因突变和产碳青霉烯酶;存在ST3390克隆株的局部流行,应加强医院感染防控措施,防止暴发流行。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 分子流行病学 多位点序列分型 碳青霉烯类抗生素 耐药机制
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2022—2023年我国部分地区猪A群轮状病毒分子流行病学调查分析
10
作者 谷拉强 陶然 +5 位作者 程曦 张雪寒 周金柱 王丹丹 王建新 李彬 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期3083-3091,共9页
【目的】探究我国部分地区猪A群轮状病毒(RVA)的分子流行病学特征,明确当前的优势基因型,为RVA科学防控与疫苗研发提供理论依据。【方法】2022年1月—2023年3月收集江苏、江西、福建、山西和贵州5省36个规模化猪场送检的434份腹泻仔猪... 【目的】探究我国部分地区猪A群轮状病毒(RVA)的分子流行病学特征,明确当前的优势基因型,为RVA科学防控与疫苗研发提供理论依据。【方法】2022年1月—2023年3月收集江苏、江西、福建、山西和贵州5省36个规模化猪场送检的434份腹泻仔猪粪便样品,采用RT-PCR检测样品RVA阳性情况,对部分RVA阳性样品的VP7和VP4基因进行扩增及测序,与各型参考序列进行多序列比对,使用MegAlign进行核苷酸序列同源比对分析,并采用MEGA 7.0的邻接法构建系统发育进化树。【结果】RT-PCR检测结果显示,434份腹泻仔猪粪便样品中RVA阳性样品为196份,阳性检出率为45.16%。2022年与2023年初的阳性检出率分别为40.37%(132/327)和59.81%(64/107)。根据样品来源地区,RVA阳性检出率最高的是江苏(57.70%),其次是江西(55.71%),福建、贵州和山西的RVA阳性检出率分别是35.66%、30.00%和22.23%。共获得各地区12株RVA的VP4和VP7基因序列信息,遗传进化分析结果表明,G型中G9为优势基因型(占83.4%),G4和G5分别占8.3%;而P型中P7为优势基因型(占75.0%),其次为P13和P23,分别占16.7%和8.3%;12株RVA分属4种基因型组合,分别为G9P[7](占75.0%)、G5P[13](占8.3%)、G9P[13](占8.3%)和G4P[23](占8.3%)。【结论】我国部分省份猪场RVA阳性检出率持续升高,猪群中RVA基因型复杂多样,优势基因型组合为G9P[7]。因此,今后有必要对猪群中RVA的流行情况进行持续监测,结合基因型致病性制定预防措施并开发针对性疫苗。 展开更多
关键词 猪A群轮状病毒 VP4基因 VP7基因 分子流行病学
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新疆地区牛冠状病毒的分子流行病学调查
11
作者 王梦娇 蒋倩 +6 位作者 马学军 夏瑞阳 郭雪萍 孙磊 钟旗 马雪连 姚刚 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期5125-5133,共9页
牛冠状病毒(bovine coronavirus,BCoV)是造成犊牛腹泻的主要病原之一。新疆养牛业发展迅速,国内外引入品种数量日益增多,BCoV感染呈上升态势,但对其流行现状与规律缺乏全面了解。本研究于2020—2022年对新疆南、北疆养牛业主产区BCoV感... 牛冠状病毒(bovine coronavirus,BCoV)是造成犊牛腹泻的主要病原之一。新疆养牛业发展迅速,国内外引入品种数量日益增多,BCoV感染呈上升态势,但对其流行现状与规律缺乏全面了解。本研究于2020—2022年对新疆南、北疆养牛业主产区BCoV感染的流行情况进行了两年跟踪调查,共采集犊牛腹泻粪样本652份,采用RT-PCR方法进行了BCoV检测。对分离鉴定到的毒株进行了遗传进化分析。结果发现,BCoV总阳性率23.93%(156/652)。BCoV感染呈季节性变化,冬季为主要感染季节,检出率高达50.85%。南疆地区BCoV发病率高于北疆地区。与奶用犊牛相比,肉用犊牛更易感染。遗传进化分析表明:本试验分离到的BCoV毒株暂命名为BCoV/China/XJ-CJ/2022,该毒株的S基因与2018年毒株MN982199.1进化关系最近,N基因与2018年毒株MK095169.1BCOV-China/SWUN/LN4/2018进化关系最近,M基因与2017年毒株MK095148.1 China/SWUN/SC1/2017进化关系最近,HE基因与2017年毒株MK095136.1 BCOV-China/SWUN/SC2/2017进化关系最近。使用软件分析BCoV/China/XJ-CJ/2022与其它国家出现的BCoV毒株之间未出现基因重组现象。经5个结构蛋白的核苷酸和氨基酸相似性分析,发现其基因依然与中国国内本土毒株FJ938064.1_E-AH187-TC相似度最高,分别最低达到91.50%和96.70%。调查结果表明,BCoV在新疆规模化牛场呈现出的季节、地域和品种间的感染差异性可为精准防控策略的制定提供数据支撑。 展开更多
关键词 牛冠状病毒 分子流行病学 遗传进化分析
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牦牛源牛呼吸道合胞体病毒的分子流行病学调查
12
作者 常益铭 汤承 岳华 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期2030-2041,共12页
牛呼吸道合胞体病毒(bovine respiratory syncytial virus,BRSV)是引起牛呼吸道疾病综合征(bovine respiratory diseases complex,BRDC)的重要病原之一,本试验旨在调查BRSV是否在青藏高原牦牛中存在及其在患呼吸道疾病的牦牛中的分子流... 牛呼吸道合胞体病毒(bovine respiratory syncytial virus,BRSV)是引起牛呼吸道疾病综合征(bovine respiratory diseases complex,BRDC)的重要病原之一,本试验旨在调查BRSV是否在青藏高原牦牛中存在及其在患呼吸道疾病的牦牛中的分子流行情况。2021年3月―2022年7月,在四川省甘孜藏族自治州(甘孜州)和阿坝藏族羌族自治州(阿坝州)的10个牦牛场中收集了122份患有呼吸道疾病牦牛的深部鼻腔棉拭子,其中,91份样本来自甘孜州,31份样本来自阿坝州,采用反转录恒温隔绝式PCR(reverse transcription insulated isothermal PCR,RT-iiPCR)方法对临床样本进行了BRSV的检测。结果显示,BRSV的平均阳性率为64.75%,其中,甘孜州的样本阳性率为73.63%,阿坝州的样本阳性率为38.71%;场阳性率为100%。从阳性样本中扩增到了10条完整的G基因序列(均为Ⅲ亚群)和9条完整的F基因序列,与GenBank中所有国外的BRSV毒株相比,牦牛源G和F蛋白与本实验室最近上传的BRSV毒株之间存在多个相同的氨基酸位点突变。此外,还获得了1条牦牛源的Ⅲ亚群BRSV全基因组,与本实验室最近上传的国内肉牛源BRSV毒株(GenBank登录号:OP137030~OP137034)遗传关系最近。本研究首次证实了BRSV在牦牛中的存在与流行,获得了1条牦牛源的BRSVⅢ亚群基因组序列,丰富了牦牛的呼吸道疾病的病原谱,为牦牛呼吸道疾病的防控提供了参考。 展开更多
关键词 牦牛 牛呼吸道合胞体病毒 分子流行病学 基因特征
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糖尿病患者肠道定植肺炎克雷伯菌的分子流行病学特征
13
作者 薛兆平 伊茂礼 +1 位作者 徐卫皓 张玉梅 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期1300-1305,共6页
目的 了解糖尿病患者肠道肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KP)定植率、耐药性以及分子流行病学特征。方法收集烟台某医院内分泌科就诊的糖尿病患者粪便,分离培养和鉴定KP,使用拉丝试验测定其黏液表型,使用K-B纸片扩散法测定其耐药性... 目的 了解糖尿病患者肠道肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,KP)定植率、耐药性以及分子流行病学特征。方法收集烟台某医院内分泌科就诊的糖尿病患者粪便,分离培养和鉴定KP,使用拉丝试验测定其黏液表型,使用K-B纸片扩散法测定其耐药性,通过全基因组测序分析其荚膜血清型、毒力基因和多位点序列分型。结果 收集145份糖尿病患者的粪便标本,检出50株KP,检出率为34.48%,检出率在性别、糖尿病病程长短、血糖控制方面差异均无统计学意义。50株KP中高黏液表型菌株18株。检出的KP菌株对大部分常用抗生素耐药率较低。50株KP分析出26种血清型,其中K1血清型(20.00%,10/50)占比最高。K1血清型在高黏液表型KP中的比例(44.44%,8/18)明显高于非高黏液表型KP(6.25%,2/32)。高黏液表型KP在毒力基因all、arc、clb、fdr、fyu、glc、glx、hyi、iro、irp、iuc、iut、mce、rmpA、rmpA2、ybb、ybt和ylb的携带率高于非高黏液表型KP。多位点序列分型中分析出34种ST型,ST23检出率最高(14.00%,7/50),且均为K1血清型。结论 烟台地区糖尿病患者肠道中肺炎克雷伯菌当前定植率较高,耐药率较低,高黏液表型KP携带更多的毒力基因,K1-ST23菌株已初步占优势。 展开更多
关键词 糖尿病 肺炎克雷伯菌 耐药性 分子流行病学
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四川九龙县牦牛源蜱感染SFGR分子流行病学调查
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作者 肖晨冬 袁东波 +3 位作者 尹念春 张枥元 陈亮 郝力力 《中国动物传染病学报》 CAS 北大核心 2023年第5期159-167,共9页
为了解四川省九龙县牦牛体表寄生蜱的种类及其斑点热群立克次体(SFGR)的感染情况。采集牦牛体表的蜱,经形态学初步鉴定后,提取蜱总DNA,PCR扩增蜱ITS-2基因及SFGRompA、ompB基因,并对扩得的阳性产物进行测序和构建进化树分析,从而确定蜱... 为了解四川省九龙县牦牛体表寄生蜱的种类及其斑点热群立克次体(SFGR)的感染情况。采集牦牛体表的蜱,经形态学初步鉴定后,提取蜱总DNA,PCR扩增蜱ITS-2基因及SFGRompA、ompB基因,并对扩得的阳性产物进行测序和构建进化树分析,从而确定蜱及其携带SFGR的种类。在九龙县3个乡镇共采集到蜱585只,其中微小扇头蜱占52.65%(308/585)、卵形硬蜱占32.99%(193/585)、锐跗硬蜱和西藏革蜱分别占8.89%(52/585)和5.50%(32/585)。所有蜱中有374只检出SFGR,总感染率为63.93%(374/585),其中半农牧区(70.60%)的感染率极显著的高于纯牧区(45.10%)(P<0.01)。本研究首次对九龙县牦牛体表寄生的蜱虫种类及SFGR流行情况进行了调查,蜱传SFGR感染率较高且感染的SFGR主要为饶氏立克次体。 展开更多
关键词 斑点热群立克次体 牦牛 蜱 分子流行病学 九龙县
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我国新城疫分子流行病学研究进展 被引量：2
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作者 连聪 温肖会 +5 位作者 吕殿红 高小鹏 贾春玲 周秀蓉 常琦 罗胜军 《广东农业科学》 CAS 2023年第2期115-124,共10页
新城疫(Newcastle Disease,ND)是严重损害禽类健康的疾病之一,在世界范围内广泛流行,临床以高热、呼吸困难、下痢、神经紊乱、黏膜出血等症状为特征,严重危害禽类的生长繁殖及禽肉生产。新城疫由新城疫病毒(Newcastle Disease Virus,NDV... 新城疫(Newcastle Disease,ND)是严重损害禽类健康的疾病之一,在世界范围内广泛流行,临床以高热、呼吸困难、下痢、神经紊乱、黏膜出血等症状为特征,严重危害禽类的生长繁殖及禽肉生产。新城疫由新城疫病毒(Newcastle Disease Virus,NDV)引起。NDV已有近100年的流行历史,能够感染鸡、鸭、鹅和鸽子等200多种禽类,其基因型众多,易变的基因型给新城疫防控带来巨大困难。鸟类迁徙在病毒跨境传播中起到重要作用,导致我国各地区新城疫疫情时有发生,给养禽业带来巨大的经济损失,严重制约了养禽业的健康发展。NDV分布范围广、宿主流动性强,是危害养禽业的重要病毒。为了解我国NDV的流行情况,通过对其分子流行病学及各基因型的时空分布进行分析,发现我国新城疫主要分布于广西、广东等华南地区,江苏、安徽等华东地区及陕西、甘肃等西北地区。这些地区分离出的高致病性Ⅱ类毒株包括多种基因型,其中基因Ⅱ型和基因Ⅶ型毒株为主要流行株。通过对NDV流行相关数据的整理与分析可为疫情防控和疫苗研究提供参考。 展开更多
关键词 家禽 新城疫 基因分型 分子流行病学 疾病防治
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2013—2022年云南地区猪肠病毒G型的分子流行病学调查
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作者 王位 朱沛 +5 位作者 李占鸿 薛晓岩 杨钦鸿 李雪 李素华 姚俊 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期5000-5012,共13页
【目的】了解肠病毒G型(Enterovirus G,EV-G)在云南地区猪场中的流行状况及其分子特征,为云南地区EV-G的防控提供理论依据。【方法】根据EV-G的5′-非翻译区(UTR)保守区域设计引物,RT-PCR扩增监测2013-2022年云南地区猪临床腹泻样品的E... 【目的】了解肠病毒G型(Enterovirus G,EV-G)在云南地区猪场中的流行状况及其分子特征,为云南地区EV-G的防控提供理论依据。【方法】根据EV-G的5′-非翻译区(UTR)保守区域设计引物,RT-PCR扩增监测2013-2022年云南地区猪临床腹泻样品的EV-G阳性率,从阳性样品来源的区域、猪群结构及类型分析EV-G在云南地区的感染情况。利用EV-G VP 1基因巢式PCR引物,通过RT-PCR扩增EV-G VP 1基因全序列;采用MegAlign软件分析EV-G云南株的VP1序列与EV-G的20个基因型标准株的相似性及关键氨基酸突变,采用Mega 7.0软件构建VP 1基因的遗传进化树,并通过Protean软件的Jameson-Wolf分析法对VP1蛋白进行抗原指数分析。【结果】云南地区2013-2022年收集的1941份临床样品EV-G总阳性率为19.42%(377/1941),其中大理(54.54%)、玉溪(45.45%)、红河(43.24%)猪群的EV-G感染阳性率明显高于云南其他地区;乳猪(25.19%)和保育猪(24.68%)2个年龄组的猪群阳性感染率高于其他猪群;肛拭子阳性样品的检出率(53.58%)高于肠道内容物(29.71%)及粪便(16.71%)样品。基于20株EV-G代表株VP 1基因序列相似性分析及遗传进化表明,17个云南株为EV-G1型,2株为EV-G6型,1株为EV-G17型。17个EV-G1基因型云南分离株VP1蛋白在第125-150、170-190位氨基酸处抗原指数活跃度显著增强,此区域同时存在多个亲水性氨基酸位点的突变,如P^(127) S、P^(143) S、G^( 146) R、P^( 188 )S。【结论】EV-G1、EV-G6和EV-G17等多种基因型在云南地区猪群中流行,以EV-G1型流行为主。EV-G1基因型云南分离株的VP1蛋白在第125-150、170-190位氨基酸处存在显著的抗原活跃度,可能介导EV-G1基因型毒株在云南的感染和流行。 展开更多
关键词 肠病毒G型(EV-G) VP1 分子流行病学 基因特征
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山东省部分地区媒介蜱类携带病原体的分子流行病学调查
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作者 李程 张明珠 +10 位作者 叶润泽 王宁 王百惠 林哲韬 王晓阳 刘婧 徐晴 高婉迎 崔晓鸣 赵琳 曹务春 《寄生虫与医学昆虫学报》 CAS 2023年第4期210-218,共9页
为探究山东省部分地区蜱类及其携带病原体情况,本研究对2021—2022年在山东省7个地区采集的游离和寄生蜱标本进行形态学鉴定;并对5种常见蜱传病原体进行PCR检测,统计其病原体的自然携带情况,并对阳性样本的病原体序列进行系统发育分析... 为探究山东省部分地区蜱类及其携带病原体情况,本研究对2021—2022年在山东省7个地区采集的游离和寄生蜱标本进行形态学鉴定;并对5种常见蜱传病原体进行PCR检测,统计其病原体的自然携带情况,并对阳性样本的病原体序列进行系统发育分析。结果显示,采集到的蜱虫样本包括2属4种,分别包括长角血蜱145只、嗜群血蜱2只、铃头血蜱2只和血红扇头蜱5只。PCR检测结果显示携带斑点热群立克次体34份,总阳性率为22.08%;携带无形体样本29份,总感染率为18.83%;泰勒虫和伯氏疏螺旋体总感染率分别为5.84%和0.65%,所有样本均没有检测到回归热螺旋体感染。结果提示,长角血蜱为山东省内优势蜱种,不同蜱种内存在较高病原体感染率,应加强当地对蜱虫监测和防控宣传。 展开更多
关键词 蜱 蜱传病原体 分子流行病学 山东省
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甘肃省河西区域牛羊梨形虫病病原及媒介蜱分子流行病学调查
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作者 孙明 任巧云 +2 位作者 聂英 仲富萍 董伟 《中国动物检疫》 CAS 2023年第10期14-20,共7页
巴贝斯虫(Babesia spp.)和泰勒虫(Theileria spp.)是世界范围内流行的蜱传播梨形虫病病原体。为评价梨形虫病传播情况,为甘肃省河西区域梨形虫病防治提供流行病学资料,采集该区域部分县区的牛羊抗凝血样品和环境游离蜱虫进行梨形虫病病... 巴贝斯虫(Babesia spp.)和泰勒虫(Theileria spp.)是世界范围内流行的蜱传播梨形虫病病原体。为评价梨形虫病传播情况,为甘肃省河西区域梨形虫病防治提供流行病学资料,采集该区域部分县区的牛羊抗凝血样品和环境游离蜱虫进行梨形虫病病原检测,分析样品中病原体的存在和分布情况,利用MEGA 6.06软件和NCBI GenBank数据库的BLASTn工具,对阳性样品中的巴贝斯虫和泰勒虫18S rRNA基因进行序列分析和遗传进化树构建。通过基于18S rRNA的巢氏PCR方法,检出梨形虫病病原1目2科9种,包括莫氏巴贝斯虫、双芽巴贝斯虫和隐藏巴贝斯虫3种巴贝斯虫,东方泰勒虫、中华泰勒虫、分离泰勒虫、吕氏泰勒虫、狍泰勒虫和环形泰勒虫6种泰勒虫。牛羊抗凝血样品梨形虫病病原总感染率为8.84%(16/181),阳性样品分布于武威市(感染率14.94%)和张掖市(感染率3.45%);检出携带梨形虫病病原的蜱9只,蜱病原携带率为2.52%(9/357)。检出的梨形虫病病原分属泰勒虫属和巴贝斯虫属2大类,每种病原跟国内外检出虫株的同源性均较高,处于各虫株相应分支上,提交序列相似率达99%~100%。调查表明,梨形虫病病原在河西走廊区域的感染仍以牧区较为严重,且呈现病原种属多样性特征。建议河西区域各畜牧兽医主管部门加强蜱传播梨形虫病的防治工作,降低梨形虫病对养羊、养牛业造成的危害。 展开更多
关键词 梨形虫病 分子流行病学 蜱媒病 甘肃省
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我国猪圆环病毒3型分子流行病学研究概况 被引量：1
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作者 温肖会 高小鹏 +6 位作者 朱春根 贾春玲 吕殿红 周秀蓉 翟颀 徐志宏 罗胜军 《动物医学进展》 北大核心 2023年第4期99-103,共5页
2016年,一种新的圆环病毒在美国被发现,该病毒被命名为猪圆环病毒3型(Porcine circovirus 3,PCV3),PCV3感染可造成临床猪只呼吸、消化、生殖等多系统炎症。目前,PCV3的致病机制尚不清楚,但人们对PCV3分子流行病学的研究却在不断深入。... 2016年,一种新的圆环病毒在美国被发现,该病毒被命名为猪圆环病毒3型(Porcine circovirus 3,PCV3),PCV3感染可造成临床猪只呼吸、消化、生殖等多系统炎症。目前,PCV3的致病机制尚不清楚,但人们对PCV3分子流行病学的研究却在不断深入。为了解我国PCV3分子流行病学情况,作者通过对GenBank中我国上传的426条PCV3全基因序列进行整理,借助分子生物学软件对PCV3各基因型统计分析,并统计了我国PCV3分子流行病学相关文献,回顾了我国近年来PCV3流行及其分型研究进展。通过对我国PCV3分子流行病学进行综述,旨在为进一步做好PCV3的防控提供科学依据。 展开更多
关键词 猪圆环病毒3型(PCV3) 基因分型 分子流行病学
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B群链球菌母婴垂直传播风险及分子流行病学研究 被引量：2
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作者 李长春 苏立杰 +3 位作者 杨毓灵 舒帮 沈红蕾 张士民 《中国初级卫生保健》 2023年第3期46-49,共4页
目的:研究B群链球菌(GBS)母婴垂直传播风险及分子流行病学特征,以更好地进行新生儿感染防控。方法:以2021年4月—2022年4月在上海市金山区亭林医院待产、分娩的产妇为研究对象,产妇均经产前GBS筛查,筛查阳性、阴性产妇按照1∶2的随机化... 目的:研究B群链球菌(GBS)母婴垂直传播风险及分子流行病学特征,以更好地进行新生儿感染防控。方法:以2021年4月—2022年4月在上海市金山区亭林医院待产、分娩的产妇为研究对象,产妇均经产前GBS筛查,筛查阳性、阴性产妇按照1∶2的随机化比例纳入研究,最终共纳入300名产妇。收集产妇基本信息、妊娠史、疾病史、用药史等信息。统计新生儿GBS阳性率,采用logistic回归分析GBS垂直传播的独立相关因素,分析母婴GBS毒株的分子特征,采用Kappa检验分析母婴GBS分子特征的一致性。结果:300名产妇中,GBS母婴垂直传播率为14.29%。多因素logistic回归分析显示,经阴道分娩、会阴撕裂、胎膜不完整为母婴GBS垂直传播的独立危险因素。产妇检出的112个GBS毒株与新生儿检出的17个GBS毒株经Kappa一致性分析结果显示,母婴配对ST分型、血清分型、毒力基因和菌毛分型均有较高一致性,对应的Kappa值分别为0.826、0.810、0.893和0.902。结论:经阴道分娩、会阴撕裂、胎膜不完整为GBS母婴垂直传播的独立危险因素,GBS垂直传播过程中母婴配对GBS分子特征具有较高一致性,但也存在少量突变。 展开更多
关键词 B群链球菌 母婴垂直传播 影响因素 分子流行病学
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