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优质食味粳稻香软米新品种云粳37号选育及功能基因优势等位基因型分析 被引量:1
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作者 赵国珍 陈于敏 +3 位作者 吴志刚 刘慰华 刘似玉 刘家稳 《中国稻米》 北大核心 2024年第1期93-97,共4页
云粳37号是以具有香味且表现高产稳产的粳稻品种云粳26号作母本,以持有低直链淀粉含量调控基因Wx^(y37)且稻米食味品质优异、耐寒性和抗病性强的粳稻软米品种银光作父本杂交育成,具有食味品质优异、高产、稳产、耐寒、抗病等优良性状。... 云粳37号是以具有香味且表现高产稳产的粳稻品种云粳26号作母本,以持有低直链淀粉含量调控基因Wx^(y37)且稻米食味品质优异、耐寒性和抗病性强的粳稻软米品种银光作父本杂交育成,具有食味品质优异、高产、稳产、耐寒、抗病等优良性状。通过对云粳37号及双亲全基因组重测序和功能基因优势等位基因型分析发现,云粳37号遗传了双亲的多个优势等位基因,如香味基因Badh2、抗稻瘟病基因Pi35、调控低直链淀粉含量基因Wx^(y37)、耐冷基因CTB4a、抗旱基因OsPP15和抗白叶枯病基因Xa26等,是目前云南省影响较大的粳稻品种。 展开更多
关键词 粳稻 云粳37号 优质食味 功能基因 Wx^(y37)
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利用宏转录组学技术分析酸马奶发酵过程中活性微生物功能基因表达的变化特征
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作者 布仁其其格 董超 +5 位作者 包玉龙 红梅 张三润 李少华 芒来 马春丽 《畜牧与饲料科学》 2024年第4期1-9,共9页
[目的]探究酸马奶不同发酵时期活性微生物功能基因表达的变化特征。[方法]收集发酵初期(12 h)、中期(48 h)、后期(96 h)酸马奶样品,构建宏转录组文库,进行RNA-Seq高通量测序;对测序数据进行组装和功能注释后,分析差异表达基因,确定GO和K... [目的]探究酸马奶不同发酵时期活性微生物功能基因表达的变化特征。[方法]收集发酵初期(12 h)、中期(48 h)、后期(96 h)酸马奶样品,构建宏转录组文库,进行RNA-Seq高通量测序;对测序数据进行组装和功能注释后,分析差异表达基因,确定GO和KEGG信号通路中显著差异表达基因的静态富集。[结果]3个发酵时期酸马奶样品的宏转录组高通量测序共产生12.17 GB的高质量短序列。序列组装后进行数据分析,发现酸马奶发酵过程中代谢过程相关基因表达占主导地位。差异表达基因的筛选与分析显示,发酵前期、中期、后期酸马奶样品间两两相比,下调表达基因数量多于上调表达基因数量。GO功能富集分析显示,发酵初期与中期酸马奶样品间差异表达基因高度富集的GO条目是细胞过程、代谢过程、有机环状化合物结合、杂环化合物结合;发酵中期与后期样品间差异表达基因高度富集的GO条目是细胞过程、细胞大分子代谢过程;发酵初期与后期样品间差异表达基因高度富集的GO条目主要涉及细胞过程、有机物质代谢过程、核苷结合、核糖核苷结合、嘌呤核苷酸结合。KEGG通路富集分析显示,发酵前期与中期酸马奶样品间仅有1条差异表达基因显著富集的信号通路,即核糖体通路;发酵中期与后期酸马奶样品间差异表达基因显著富集的信号通路包括醚酯代谢、氨基苯甲酸降解、mRNA监测途径、类固醇生物合成;发酵前期与后期酸马奶样品间差异表达基因显著富集的信号通路包括类固醇生物合成、氨基苯甲酸降解、mRNA监测途径、核糖体、乙苯降解。[结论]酸马奶发酵过程中涉及活性微生物多种功能基因的差异表达,不同发酵时期活性微生物功能基因的差异表达呈现动态变化。研究结果为深入了解酸马奶发酵机制、优化酸马奶发酵工艺提供了参考。 展开更多
关键词 酸马奶 发酵 宏转录组 功能基因
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从品种特性到功能基因组:双峰驼基因组学研究进展
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作者 明亮 Tuyatsetseg Jambal 吉日木图 《家畜生态学报》 北大核心 2024年第2期1-8,共8页
双峰驼是亚洲中部戈壁沙漠地区重要的畜种之一,具有耐寒、耐热、耐饥饿、免疫系统较强等独特的生物学特性,受到国内外学者的广泛关注。近年来,随着生物测序技术的快速发展,双峰驼全基因组测序及其功能基因组的研究相继发布。该文归纳了... 双峰驼是亚洲中部戈壁沙漠地区重要的畜种之一,具有耐寒、耐热、耐饥饿、免疫系统较强等独特的生物学特性,受到国内外学者的广泛关注。近年来,随着生物测序技术的快速发展,双峰驼全基因组测序及其功能基因组的研究相继发布。该文归纳了不同家养双峰驼品种特性,总结了双峰驼全基因组研究现状,回顾了双峰驼起源驯化历程,并重点介绍了双峰驼沙漠适应能力和免疫相关功能基因的研究进展,为全面了解双峰驼独特的生物学特性和遗传改良提供理论参考。 展开更多
关键词 双峰驼 品种特性 基因组测序 功能基因
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青藏高原灌丛土壤碳氮含量及其相关功能基因分布特征 被引量:1
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作者 李传虹 张林 +5 位作者 刘四义 韩丽丽 姚保民 申聪聪 郝志鹏 张丽梅 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期392-404,共13页
在微生物的代谢活动下,土壤中有机态碳氮化合物矿化分解释放矿质养分和二氧化碳,深刻影响着自然生态系统土壤碳、氮等元素的循环转化、土壤的养分供应和有机质的更新,并对地上植被的演替和分布有极为重要的意义。青藏高原灌丛面积分布广... 在微生物的代谢活动下,土壤中有机态碳氮化合物矿化分解释放矿质养分和二氧化碳,深刻影响着自然生态系统土壤碳、氮等元素的循环转化、土壤的养分供应和有机质的更新,并对地上植被的演替和分布有极为重要的意义。青藏高原灌丛面积分布广泛,地形和气候条件复杂,但目前对灌丛分布地区土壤碳氮含量、矿化作用强度及其影响因素等的认识较少。研究结合土壤理化分析和高通量定量PCR(quantitative microbial element cycling, QMEC)技术研究了青藏高原喜马拉雅山-冈底斯山地区不同类型灌丛土壤碳氮含量、碳氮矿化速率和相关功能基因的分布特征及其与植被、气候和土壤因子间的耦联关系。结果表明,不同类型灌丛土壤的有机碳、全氮含量、CO_(2)释放速率、净氮矿化速率、碳氮矿化基因的丰度有显著差异。其中,位于青藏高原东南部的雪层杜鹃和香柏灌丛分布区土壤有机碳和全氮含量、CO_(2)释放速率、净氮矿化速率显著高于位于中西部的变色锦鸡儿、金露梅和砂生槐灌丛地区,并与年平均降雨量显著正相关。然而,碳、氮矿化基因丰度分布趋势与之相反,在雪层杜鹃和香柏灌丛分布区丰度显著低于中西部的三类灌丛,且与年平均降雨量呈显著负相关,但与土壤pH呈显著正相关。同时pH与年平均降水量、湿润指数和土壤含水率均为显著负相关。这些结果表明降水可通过增加盐基离子淋溶,使土壤盐基饱和度下降、氢饱和度增加,引起土壤酸化,进而影响碳氮循环过程,导致不同类型灌丛土壤碳氮元素的赋存及其周转速率差异。同时,碳、氮矿化相关功能基因丰度各类群间呈现显著的正相关关系,表明土壤碳氮循环过程间紧密的耦联关系。这些结果为准确评估青藏高原土壤碳、氮库及其动态平衡提供了重要信息和参考依据。 展开更多
关键词 青藏高原 高寒灌丛 碳氮循环 碳氮矿化功能基因 高通量定量PCR(QMEC)
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林火强度对兴安落叶松林土壤氮循环功能基因的影响 被引量:1
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作者 舒洋 陈金平 +7 位作者 丁兆华 李航 赵鹏武 周梅 贾文杰 张轶超 张国臣 魏江生 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期726-735,共10页
为了探究林火强度对土壤氮素循环的影响,本研究以内蒙古大兴安岭兴安落叶松林火烧迹地为研究对象,通过DNA提取及定量PCR分析测定了不同火烧强度样地内土壤氮循环功能基因丰度以及土壤基本的理化性质。结果表明:固氮nifH功能基因丰度随... 为了探究林火强度对土壤氮素循环的影响,本研究以内蒙古大兴安岭兴安落叶松林火烧迹地为研究对象,通过DNA提取及定量PCR分析测定了不同火烧强度样地内土壤氮循环功能基因丰度以及土壤基本的理化性质。结果表明:固氮nifH功能基因丰度随着火烧强度的增加而减少,而硝化amoA-AOA和amoA-AOB功能基因丰度呈相反变化趋势;反硝化nirS,nirK和nosZ功能基因丰度在重度火烧后显著降低,在轻度火烧后显著升高。火烧同样也会对土壤基本理化性质产生显著影响,RDA分析和Pearson相关性分析表明土壤氮循环功能基因与土壤理化因子之间存在密切的联系,有机碳、速效磷、全氮含量和pH值是影响火后土壤氮循环功能基因差异变化的主要因子。本研究为火干扰对土壤氮素循环的影响机制和火后植被快速更新提供数据支撑。 展开更多
关键词 火烧强度 氮循环功能基因 兴安落叶松 土壤养分循环
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CRISPR/Cas9基因编辑技术在羊育种功能基因验证中的应用研究进展 被引量:3
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作者 闫晓敏 李文泽 +5 位作者 龚高 严晓春 苏奕忻 张露丹 张嘉欣 苏蕊 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2024年第1期29-35,53,共8页
基因编辑技术是一种对目的基因进行特定修饰的技术,被广泛应用于生物育种、疾病模型构建等研究领域。CRISPR/Cas9系统由重复和间隔单元组成的CRISPR阵列和一个Cas基因座位组成,能够对生物体性状进行目的基因定点编辑,具有简单、精确且... 基因编辑技术是一种对目的基因进行特定修饰的技术,被广泛应用于生物育种、疾病模型构建等研究领域。CRISPR/Cas9系统由重复和间隔单元组成的CRISPR阵列和一个Cas基因座位组成,能够对生物体性状进行目的基因定点编辑,具有简单、精确且高效的特点。CRISPR/Cas9基因编辑技术通过引入基因敲除、基因敲入、缺失、点突变和单核苷酸突变等不同形式的修饰广泛应用于畜禽的基因编辑,以研究畜禽关键基因功能,从而加速性状改良。相较于猪、鸡等其他畜禽,CRISPR/Cas9技术对羊的研究相对滞后。文章重点阐述了CRISPR/Cas9基因编辑技术在羊育种功能基因验证中的应用,对其在产肉性状、纤维性状、泌乳性状和人类疾病模型等方面的应用研究进展及前景进行了简要概述,以期为我国羊产业的可持续发展提供参考。 展开更多
关键词 CRISPR/Cas9系统 基因编辑技术 功能基因验证 山羊 绵羊
原文传递
土壤含水率对豫中植烟土壤微生物群落多样性及氮循环功能基因丰度的影响 被引量:2
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作者 刘威 赵园园 +1 位作者 陈小龙 史宏志 《中国农业科技导报》 CSCD 北大核心 2024年第1期214-225,共12页
为揭示豫中典型浓香型烤烟产区植烟土壤氮素矿化动态变化、土壤微生物多样性以及氮素循环功能基因对水分条件的响应特征,通过室内培养法研究50%(H-50%)、65%(H-65%)和80%(H-80%)持水量条件下,河南许昌植烟土壤细菌和真菌群落功能多样性... 为揭示豫中典型浓香型烤烟产区植烟土壤氮素矿化动态变化、土壤微生物多样性以及氮素循环功能基因对水分条件的响应特征,通过室内培养法研究50%(H-50%)、65%(H-65%)和80%(H-80%)持水量条件下,河南许昌植烟土壤细菌和真菌群落功能多样性的差异。结果表明,H-65%处理土壤的无机氮矿化量及矿化速率均高于其他处理。在土壤细菌中,变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)为优势菌门(相对丰度>3%),其中,H-80%处理中变形菌门的相对丰度显著高于其他处理,而厚壁菌门的相对丰度显著低于其他处理;H-50%处理中放线菌门、绿弯菌门的相对丰度显著高于其他处理。在土壤真菌中,子囊菌门(Ascomycota)占土壤真菌总OTU(operational taxonmic units)数的90%以上,其相对丰度随土壤含水率增加呈倒“V”的变化趋势。LEfSe(LDA effect size)分析结果表明,各处理在细菌属水平共检测出6种活性生物标志物(LDA值>3.5)。细菌群落具有丰富的功能多样性,一级功能层表现为代谢方面较活跃,二级功能层的功能基因丰度在不同含水率条件下发生明显变化;与固氮过程相关的固氮酶基因nifK、nifD、nifH的相对丰度在不同处理中表现为H-50%>H-65%>H-80%,反硝化过程相关基因norB、nirK、nosZ的相对丰度均在H-65%处理最高。综合来看,合理调控土壤含水率可以有效调节豫中烟区土壤氮素矿化动态、土壤微生物群落功能多样性以及氮循环相关功能基因的丰度。 展开更多
关键词 氮素矿化 土壤含水率 氮素循环 功能基因 土壤微生物群落结构
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人工湿地各组分氮素削减定量及功能基因分析 被引量:1
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作者 高静湉 汤世科 +3 位作者 刘哲铭 张鹏 于凤萍 李卫平 《农业环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期654-664,共11页
为探讨人工湿地各组分氮素削减贡献度及微生物脱氮机理,本研究构建6组(3组无植物对照)不同类型人工湿地系统,3组有植物人工湿地基质分别为陶粒+煤渣、陶粒+沸石、沸石+煤渣,探究其对包头南海湖水中氮素的去除效果;采用氮稳定同位素示踪... 为探讨人工湿地各组分氮素削减贡献度及微生物脱氮机理,本研究构建6组(3组无植物对照)不同类型人工湿地系统,3组有植物人工湿地基质分别为陶粒+煤渣、陶粒+沸石、沸石+煤渣,探究其对包头南海湖水中氮素的去除效果;采用氮稳定同位素示踪技术,量化植物、基质和微生物在人工湿地氮去除中的贡献度;并利用高通量测序技术分析人工湿地系统中微生物的群落结构及氮代谢功能基因。结果表明:陶粒+煤渣有植物组人工湿地氮去除效果最佳,对TN、NH_(4)^(+)-N、NO_(3)^(-)-N、NO_(2)^(-)-N的去除率分别为(41.18±2.61)%、(50.44±2.63)%、(40.93±2.32)%、(74.34±1.97)%。^(15)N示踪发现,植物、基质和微生物对人工湿地系统NO_(3)^(-)-N去除的贡献率分别为27.74%、48.43%和23.83%。高通量测序和PICRUSt2功能预测分析结果表明,植物对微生物群落组成和代谢途径有显著影响。在植物根部样本中,优势菌门为Proteobacteria,其大部分菌属均参与了氮代谢,在生物脱氮过程中发挥重要的作用。有植物人工湿地系统基质中微生物的nir S基因、植物根系的nir K基因丰度明显增加,植物有效促进了人工湿地系统中微生物的反硝化作用。 展开更多
关键词 人工湿地 氮同位素 微生物群落 氮代谢 功能基因
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植物抗旱功能基因研究进展 被引量:1
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作者 杨翠苹 段俊枝 +1 位作者 燕照玲 卓文飞 《现代农业科技》 2024年第6期157-161,172,共6页
干旱会严重影响植物生长发育,甚至降低作物产量和品质。为了应对干旱胁迫,植物体内会有大量基因被诱导表达,以适应或抵御干旱胁迫,其中功能基因是干旱胁迫调控通路的终端,直接起保护作用。功能基因主要包括渗透调节物质合成相关基因、... 干旱会严重影响植物生长发育,甚至降低作物产量和品质。为了应对干旱胁迫,植物体内会有大量基因被诱导表达,以适应或抵御干旱胁迫,其中功能基因是干旱胁迫调控通路的终端,直接起保护作用。功能基因主要包括渗透调节物质合成相关基因、活性氧清除相关基因、保护细胞免受水分胁迫伤害的功能蛋白基因等。本文从上述三方面综述了植物抗旱功能基因的研究进展,以期为通过基因工程技术改良植物抗旱性、培育抗旱品种提供参考。 展开更多
关键词 植物 抗旱 调节基因 功能基因 基因工程
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缓释肥对木薯根际土壤真菌和C、N、P、S功能基因动态的影响
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作者 赵鑫鑫 韦云东 +6 位作者 陈蕊蕊 周时艺 郑华 马崇熙 徐钏 李军 卢赛清 《福建农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期914-926,共13页
【目的】研究木薯缓释肥对根际土壤真菌和C、N、P、S功能基因动态的影响。【方法】开展木薯田间试验,设置3个处理:不施肥(T1)、双膜缓释肥C2基施(T2)和植后34 d追施(T3)。在植后77、104、134 d采集根际和非根际土样,测定高通量(Illumina... 【目的】研究木薯缓释肥对根际土壤真菌和C、N、P、S功能基因动态的影响。【方法】开展木薯田间试验,设置3个处理:不施肥(T1)、双膜缓释肥C2基施(T2)和植后34 d追施(T3)。在植后77、104、134 d采集根际和非根际土样,测定高通量(Illumina Miseq PE300)真菌(ITS rRNA)多样性,C、N、P、S共72个(含总DNA)功能基因的copies(基因芯片技术)和土壤速效养分(仅用于相关分析)。【结果】(1)植后104 d根际土壤被孢霉纲、银耳纲、圆盘菌纲相对丰度均为T2<T1;植后134 d,根际土壤散囊菌纲为T2>T1。T2散囊菌纲(134 d)、T3丛赤壳科(77 d)和T3粪壳菌纲(104 d)在根际相对富集。T1根际被孢霉纲相对丰度的时间大小顺序为134 d<104 d;T2根际散囊菌纲和粪壳菌纲均为134 d>77 d;T3根际的球囊菌纲为104 d>77 d。(2)Sobs、ACE、Chao1指数在T1(104 d)、T2(104 d)和T3(134 d)根际分别显著或极显著大于非根际。根际土壤Shannon指数在植后77 d为T1<T2和T3,T1和T2的时间大小顺序分别为104 d>77 d和104 d<77 d。土壤Simpson指数的大小顺序为T1根际(77 d)大于T1非根际(77 d)、T1根际(104 d)、T2根际(77 d)和T3根际(77 d)。(3)LEfSe分析结果表明,处理间根际相对富集1个纲、1个目和2个科。对比非根际,植后77 d根际相对富集2个种,植后104 d相对富集3个目、1个科、1个属,植后134 d相对富集各1个门、目、科和属。时间比较中,104 d和134 d根际分别相对富集2个目和1个纲。(4)134 d,lig等9个功能基因在T1非根际土壤中的丰度显著高于根际土壤。在T1根际土壤中,chiA和aclB的丰度均为77 d高于104 d和134 d。(5)AK在104 d与31个功能基因显著相关。银耳纲、肉座菌目、丛赤壳科和球囊菌纲分别和其他40个、15个、14个、9个功能基因显著相关。【结论】缓释肥基施和追施可提高木薯根际真菌群落的多样性和丰度,施肥、时间、根际等均对真菌群落结构和少数功能基因有显著的影响,相关性分析结果暗示木薯根际真菌可能参与土壤速效养分的循环和功能基因的作用,为进一步了解木薯根际微生态过程提供科学依据。 展开更多
关键词 木薯 双膜缓释肥 速效养分 功能基因 根际真菌
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新疆小麦地方品种重要功能基因的KASP标记检测
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作者 哈力旦·依克热木 刘娜 +3 位作者 刘联正 周安定 曹俊梅 张新忠 《种子》 北大核心 2024年第8期126-133,138,共9页
本研究利用10种与表型性状有关的44个高通量KASP(Kompetitive allele specific PCR)分型标记技术,检测了117份新疆小麦地方品种的表型、品质、面粉色泽、籽粒蛋白质含量、粒重、抗逆、抗病等相关基因。结果表明,Ppd-D1光周期位点检测到... 本研究利用10种与表型性状有关的44个高通量KASP(Kompetitive allele specific PCR)分型标记技术,检测了117份新疆小麦地方品种的表型、品质、面粉色泽、籽粒蛋白质含量、粒重、抗逆、抗病等相关基因。结果表明,Ppd-D1光周期位点检测到非敏感材料116份。春化、矮杆基因位点检测中,冬性材料比例97%以上,矮化基因比例96%以上。Glu-A3和Glu-B3的标记检测中,高筋材料的比例仅占1%。有利等位基因Psy-B1中被检测出低黄色素材料,占95.7%;Pds-B1和Psy-A1基因中,以高黄色素材料为主。NAMA1检测出品质相关A1b、A1d类型材料116份。GCP_DUP标记鉴定携带低分子量谷蛋白亚基的材料占97%以上。抗病相关基因中,以抗叶锈病的材料为主。113份材料检测为抗穗发芽类型。 展开更多
关键词 小麦地方品种 功能基因 KASP标记
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废水硫自养反硝化的电子供体与功能基因研究进展
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作者 包丽婧 陈东辉 +2 位作者 朱艳彬 包茵舟 黄满红 《净水技术》 CAS 2024年第3期7-15,28,共10页
由于含氮废水的排放和含氮肥料的大量使用,氮污染成为一个日益严重的问题。生物处理的效率高、成本低、对环境友好,是废水脱氮的主要处理技术之一。硫自养反硝化由于不需要额外的碳源、产泥量少等特点而得到广泛关注。文章对单质硫、硫... 由于含氮废水的排放和含氮肥料的大量使用,氮污染成为一个日益严重的问题。生物处理的效率高、成本低、对环境友好,是废水脱氮的主要处理技术之一。硫自养反硝化由于不需要额外的碳源、产泥量少等特点而得到广泛关注。文章对单质硫、硫化物、硫代硫化物作为电子供体进行反硝化脱氮的研究进展进行了综述,探讨了硫自养反硝化的代谢途径和影响机制,对几种硫自养反硝化的影响因子进行了概述。在此基础上分析了硫自养反硝化微生物以及nar、nir、nor、nos等几种反硝化功能基因,并对反硝化工艺的发展和联用技术提出展望。 展开更多
关键词 硫自养反硝化 功能基因 功能 电子供体 含氮污染物
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土壤改良剂对潮土氮循环功能基因丰度、酶活性及肥力指数的影响
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作者 李双霜 张贺 +2 位作者 杨静 李桂花 张建峰 《中国土壤与肥料》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期10-17,共8页
以虾头蟹壳废弃物为有机土壤改良剂、以凹凸棒为无机土壤改良剂,采用小麦-玉米轮作方式,在河北砂质潮土进行4年(2015—2019年)田间定位试验。试验设4个处理:无改良剂(CK)、无机改良剂(SA)、有机改良剂(SC)、无机改良剂+有机改良剂(SCA)... 以虾头蟹壳废弃物为有机土壤改良剂、以凹凸棒为无机土壤改良剂,采用小麦-玉米轮作方式,在河北砂质潮土进行4年(2015—2019年)田间定位试验。试验设4个处理:无改良剂(CK)、无机改良剂(SA)、有机改良剂(SC)、无机改良剂+有机改良剂(SCA)。采集2019年玉米收获后的耕层土壤,测定土壤化学性质、氮循环功能基因丰度、胞外酶活性等,并用因子分析法和内梅罗指数法计算土壤综合肥力指数(IFI)。结果表明,(1)改良剂能够显著提升土壤固氮基因(nifH)、氨氧化细菌基因(AOB-amoA)、反硝化基因(nirS和nosZ)的绝对丰度(P<0.05),且呈现SCA>SC>SA。有机碳是影响土壤氮循环功能基因丰度的关键因子。(2)施入有机改良剂后,参与碳转化的β-葡萄糖苷酶和β-纤维二糖苷酶、氮转化的β-1,4-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶和亮氨酸氨基肽酶、磷转化的碱性磷酸酶活性均显著增加(P<0.05)。有机改良剂的添加缓解了磷对微生物的限制,有效磷成为影响胞外酶活性的关键因子。(3)在涵盖氮循环功能基因和胞外酶活性条件下,用因子分析法计算得到的IFI与产量的相关性更高;利用相对稳定的土壤化学指标,用内梅罗指标法计算的IFI也能很好地反映土壤肥力水平与产量间的正相关关系。综上所述,有机无机改良剂配合施用可以提高氮循环功能基因丰度和碳、氮、磷循环相关胞外酶活性,提升土壤综合肥力水平,是促进养分循环、增加产量的重要措施。 展开更多
关键词 有机改良剂 凹凸棒 功能基因 土壤酶 内梅罗肥力指数
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基于宏基因组技术分析自然发酵羊肉香肠中微生物多样性及挥发性风味功能基因
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作者 牛茵 吴双慧 +3 位作者 何济坤 蔡自建 尤天棋 陈娟 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第2期139-148,共10页
利用宏基因组技术测定自然发酵过程中羊肉香肠的微生物群落演替,并运用直系同源蛋白分组比对、京都基因与基因组百科全书和碳水化合物活性酶数据库对挥发性风味物质代谢途径、参与代谢的微生物和酶进行注释与分析。结果发现,羊肉香肠样... 利用宏基因组技术测定自然发酵过程中羊肉香肠的微生物群落演替,并运用直系同源蛋白分组比对、京都基因与基因组百科全书和碳水化合物活性酶数据库对挥发性风味物质代谢途径、参与代谢的微生物和酶进行注释与分析。结果发现,羊肉香肠样品中流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌、酒类酒球菌等是发酵过程的优势菌种,样品发酵至14d腐生葡萄球菌与马胃葡萄球菌相对丰度达到最大值(16.52%与10.53%)。在发酵0、5、14d和26d样品中,发酵5d样品注释到的基因数最多,发酵过程中碳水化合物代谢和氨基酸代谢是注释最多的代谢途径,糖苷水解酶与糖基转移酶是数量最多的碳水化合物酶。有167个基因参与氨基酸代谢所需酶的编码,碳水化合物代谢途径所需酶由217个基因编码,脂肪酸代谢途径中共有92个基因参与了相关酶的编码,参与3条代谢途径的酶注释到的微生物主要是葡萄球菌属、明串珠菌属、假单胞菌属、嗜冷杆菌属、弧菌属等,发酵14d样品中3条代谢途径的大部分酶丰度达到最大值。研究结果对于解析羊肉香肠中微生物的动态变化以及挥发性风味物质的形成机理具有重要的参考价值。 展开更多
关键词 羊肉香肠 基因组学 微生物多样性 挥发性风味物质 代谢途径 功能基因
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畜禽乌质性状的分子遗传机制及功能基因研究进展
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作者 王波 高振东 +2 位作者 种玉晴 陆颖 邓卫东 《云南农业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期29-37,共9页
目前全球已知的珍稀乌质畜禽仅有2种,包括乌骨鸡和兰坪乌骨绵羊。本研究系统综述了畜禽乌质性状的分子遗传基础及相关功能基因的研究进展,总结了黑色素细胞形成、黑素体生成与转运以及黑色素在角质形成细胞中的迁移过程,详细探讨了黑色... 目前全球已知的珍稀乌质畜禽仅有2种,包括乌骨鸡和兰坪乌骨绵羊。本研究系统综述了畜禽乌质性状的分子遗传基础及相关功能基因的研究进展,总结了黑色素细胞形成、黑素体生成与转运以及黑色素在角质形成细胞中的迁移过程,详细探讨了黑色素的代谢途径;进一步梳理与黑色素合成及代谢相关的信号通路、功能基因和转运蛋白,指出当前黑色素高度沉积研究中面临的问题和技术挑战;此外,本研究还探讨了新兴技术在解决这些问题上的潜在应用,旨在为深入解析乌质畜禽黑色素高度沉积的分子遗传机制提供新思路。 展开更多
关键词 乌质畜禽 乌质性状 黑色素 功能基因
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奥奈达希瓦氏菌(Shewanella oneidensis)MR-1对氟西汀降解过程的转录组及功能基因分析
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作者 万宇 杭小帅 +7 位作者 王志刚 张澜 周莉 尤晓慧 朱冬冬 王燕 肖静 陈翔 《生态与农村环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期532-540,共9页
该文研究了厌氧条件下奥奈达希瓦氏菌(Shewanella oneidensis)MR-1对氟西汀的降解性能,并从转录组学分析遗传分子代谢机制。结果表明,Shewanella oneidensis MR-1在厌氧条件下可有效降解体系中93.12%的氟西汀,降解速率达0.94 mg·L^... 该文研究了厌氧条件下奥奈达希瓦氏菌(Shewanella oneidensis)MR-1对氟西汀的降解性能,并从转录组学分析遗传分子代谢机制。结果表明,Shewanella oneidensis MR-1在厌氧条件下可有效降解体系中93.12%的氟西汀,降解速率达0.94 mg·L^(-1)·h^(-1)。采用Illumina高通量测序平台对降解氟西汀后的细菌与对照组细菌进行测序,通过基因本体数据库(GO)和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)富集分析,结合筛选的高表达高上调的差异表达基因,得到了耐受和降解氟西汀的功能基因,其中包膜应激反应膜蛋白基因、ABC转运蛋白基因、噬菌体休克蛋白PspA基因、氧化应激防御蛋白基因等在Shewanella oneidensis MR-1对环境的耐受中起重要作用;细胞色素C基因、硝基还原酶NfsB基因、乳酸利用蛋白基因等在氟西汀的降解转化中起关键作用。该研究从转录组水平分析了氟西汀的降解机制,可为Shewanella oneidensis MR-1在环境修复中的应用提供参考依据。 展开更多
关键词 Shewanella oneidensis MR-1 氟西汀 转录组 差异表达基因 功能基因
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聚丙烯纳塑料影响生物脱氮和功能基因的机制
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作者 黄健 徐军帅 +4 位作者 张华 罗涛 何春华 刘俊 帅子晨 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第10期5461-5471,共11页
选取聚丙烯纳米塑料(PP NPs)为研究对象探究其对生物脱氮的影响.通过检测各反应器中水质指标、氮转化功能基因丰度和污泥系统脱氮过程中物质代谢含量,并采用Pearson相关性分析及线性回归模型分析等方法,探索不同浓度PP NPs(1~100mg/L)... 选取聚丙烯纳米塑料(PP NPs)为研究对象探究其对生物脱氮的影响.通过检测各反应器中水质指标、氮转化功能基因丰度和污泥系统脱氮过程中物质代谢含量,并采用Pearson相关性分析及线性回归模型分析等方法,探索不同浓度PP NPs(1~100mg/L)对生物脱氮和功能基因的影响及机制.结果表明,随着PP NPs浓度升高,抑制作用增强.低浓度PP NPs对脱氮性能的影响较微弱,100mg/L PP NPs影响下出水COD、出水氨氮、好氧末端硝酸盐氮去除率分别降低到85%,91.4%,66%.qPCR表明,除nirK基因和norB基因外,其余氮转化功能基因的丰度随PP NPs浓度的升高而逐渐降低,其中16S rRNA,amoA,nxrA,narG,napA,nirS,nosZ基因分别最高降低6.82%,23.78%,26.25%,14.56%,24.90%,26.37%,21.04%.随着PP NPs浓度升高,细胞内ROS和LDH含量分别最高增加了33.36%,13.55%,污泥细胞氧化应激状态严重,导致细胞膜结构受损、细胞活性下降.Pearson相关性表明,理化参数与部分功能基因之间存在较强的相关性.1mg/L PP NPs胁迫下,好氧末端硝酸盐氮与功能基因的负相关性变为正相关性.1~100mg/L PP NPs胁迫下,出水氨氮与nxrA、nirK、norB基因间呈不同程度的正相关性.线性回归模型表明,amoA和nxrA是氨氧化和硝化的关键驱动因素,nirS是亚硝酸盐还原的关键驱动因素,nosZ和narG是反硝化的关键驱动因素.该研究从分子生物学角度揭示PP NPs对生物脱氮的影响及机制. 展开更多
关键词 纳米塑料 生物脱氮 功能基因 相关性 线性回归模型
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秸秆还田对土壤微生物功能基因和功能类群的影响
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作者 王彬浩 吴愉萍 +4 位作者 陈彦博 张方舟 刘振宇 张硕 王先挺 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期771-784,共14页
秸秆可持续化利用是加快农业绿色低碳发展的重要举措。在土壤一体化健康框架下,从微生物类群和功能视角解析秸秆还田对土壤生态健康综合影响的研究相对较少。为了解秸秆还田对土壤中抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes,ARGs)... 秸秆可持续化利用是加快农业绿色低碳发展的重要举措。在土壤一体化健康框架下,从微生物类群和功能视角解析秸秆还田对土壤生态健康综合影响的研究相对较少。为了解秸秆还田对土壤中抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes,ARGs)、甲烷循环功能基因(methane-cycling genes,MCGs)、氮循环功能基因(nitrogencycling genes,NCGs)、毒力因子基因(virulence factor genes,VFGs)及其宿主微生物的影响,本研究从浙江省宁波市长期秸秆还田(5年以上)的水稻田中采集土壤样品,并对样品进行宏基因组高通量测序。结果表明:长期秸秆还田对土壤ARGs、MCGs、NCGs和VFGs多样性产生影响,其中NCGs和VFGs丰富度显著降低,且氮循环微生物类群的丰富度也显著降低。在微生物介导的甲烷循环过程中,长期秸秆还田导致关键产甲烷基因mcrA、B、C、G和产甲烷菌——马氏甲烷八叠球菌(Methanosarcina mazei)的丰度显著降低,也促使甲基营养型产甲烷基因丰度显著降低。值得注意的是,VFGs丰度在长期秸秆还田下显著增加。此外,本研究还发现mcrA/pmoA及norB/nosZ功能基因丰度比显著降低,暗示在秸秆还田下稻田中更多的CH_(4)和N_(2)O将被转化。距离矩阵多元回归分析表明,总有机碳和溶解有机碳与土壤功能类群组成密切相关(P<0.05)。综上所述,长期秸秆还田将增加稻田病害的风险,同时可能会降低CH_(4)和N_(2)O等温室气体的排放速率。 展开更多
关键词 秸秆还田 功能基因 功能类群 致病菌
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生物质炭-沼液配施条件下旱地红壤碳氮循环功能基因丰度主控因子与耦合关系
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作者 郑一玲 范栩妙 +6 位作者 钟哲伦 姚光伟 林晨 顾佳艳 靳泽文 平立凤 单胜道 《农业资源与环境学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期835-845,共11页
为研究生物质炭-沼液配施条件下碳氮生物地球化学循环特征,本研究以典型旱地红壤为对象,按0%和2%生物质炭添加量(C0和C1)与0%和100%沼液替代比例(B0和B1)配施,探究配施条件下4年间土壤基本理化性质、碳-氮循环功能基因丰度变化特征及其... 为研究生物质炭-沼液配施条件下碳氮生物地球化学循环特征,本研究以典型旱地红壤为对象,按0%和2%生物质炭添加量(C0和C1)与0%和100%沼液替代比例(B0和B1)配施,探究配施条件下4年间土壤基本理化性质、碳-氮循环功能基因丰度变化特征及其相互耦合关系。结果显示:与空白处理(CK)相比,生物质炭与沼液的联合施用处理(C1B1)土壤pH提升了1.92个单位,容重降低了19.2%,全氮含量则提高了268.6%。多元非线性回归模型显示,铵态氮(NH+4-N)、硝态氮(NO-3-N)和水溶性有机碳(WSOC)是影响碳氮循环功能基因丰度的主要因子。相关性热图则表明反硝化功能基因(narG、nirK、nirS和nosZ)与碳降解(chiA、pgu、naglu和gcd)、碳固定(rbcL、frdA、pccA和mct)、甲烷代谢功能基因(mxaF和pmoA)呈正相关关系。研究表明,生物质炭与沼液配施显著提升土壤质量,并通过影响土壤碳氮形态和含量改变碳氮循环功能基因丰度,最终调控土壤碳氮循环过程。 展开更多
关键词 生物质炭 沼液 旱地红壤 碳氮循环 功能基因
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荒漠豆科灌丛根际土壤氨氧化和反硝化微生物功能基因丰度及群落多样性特征
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作者 刘爽 姚佳妮 +1 位作者 张钧杰 代金霞 《草业学报》 CSCD 北大核心 2024年第5期115-127,共13页
为探索宁夏荒漠草原豆科灌丛根际土壤中参与氨氧化和反硝化的微生物功能基因丰度和群落组成对植物类型和生长时期的响应特征,本研究以宁夏白芨滩国家级自然保护区内典型的豆科灌丛群落柠条、沙冬青、猫头刺和毛刺不同生长时期(营养期、... 为探索宁夏荒漠草原豆科灌丛根际土壤中参与氨氧化和反硝化的微生物功能基因丰度和群落组成对植物类型和生长时期的响应特征,本研究以宁夏白芨滩国家级自然保护区内典型的豆科灌丛群落柠条、沙冬青、猫头刺和毛刺不同生长时期(营养期、盛花期和果实期)的根际土壤为材料,通过功能基因实时荧光定量PCR和高通量测序方法,分析4种灌丛根际土壤中氨氧化和反硝化微生物功能基因丰度、群落结构组成特征及其与土壤因子的相关性。结果表明,功能基因丰度及群落结构因灌丛类型和生长时期不同而存在差异。柠条灌丛根际土壤中各功能基因丰度显著高于其他3种灌丛,且在盛花期达到最高。柠条各生长期根际土壤中氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)群落多样性高于其他灌丛类型,而毛刺根际氨氧化古菌(ammonia-oxidizing archaea,AOA)和nirK型反硝化菌群落多样性最低。各灌丛根际AOA以未分类类群为绝对优势,占79.34%~98.37%,奇古菌门和泉古菌门分别仅占0.28%~20.37%和0.28%~2.35%;AOB在柠条根际以变形菌门为优势,其他3种植物根际则以未分类类群为优势;nirK和nirS型反硝化菌均以变形菌门为优势门,但nirK型反硝化菌的组成受植物类型和生长时期的影响更显著。功能基因的丰度与土壤全氮、速效钾和pH显著正相关。全钾、速效钾、有机质显著影响氨氧化微生物的群落组成,pH是反硝化微生物群落结构的主要影响因子。 展开更多
关键词 固沙灌丛 氨氧化 反硝化 功能基因 群落组成 多样性
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