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基于宏基因组测序技术解析高温快速发酵豆豉菌群结构与功能注释 被引量：2
1
作者 冼芳莹 赵文鹏 +3 位作者 王思宇 李浩 杨慧林 王筱兰 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2023年第2期159-169,共11页
为揭示高温快速发酵曲霉型豆豉菌群结构在发酵过程中的变化规律,分析不同发酵阶段菌群的基因功能分布及贡献度之间的差异,基于宏基因组学手段对高温快速发酵豆豉中菌群和功能多样性进行解析,从而揭示菌群结构变化与代谢功能分布规律。... 为揭示高温快速发酵曲霉型豆豉菌群结构在发酵过程中的变化规律,分析不同发酵阶段菌群的基因功能分布及贡献度之间的差异,基于宏基因组学手段对高温快速发酵豆豉中菌群和功能多样性进行解析,从而揭示菌群结构变化与代谢功能分布规律。菌群结构多样性结果显示,经高温发酵的豆豉中98.9%~99.8%为细菌。发酵前期,魏斯氏菌(Weissella)、乳杆菌(Lactobacillus)、片球菌(Pediococcus)及肠球菌(Enterococcus)4个优势菌属均为乳酸菌,占比总和高达69.91%,而中后期则以拟杆菌属(Bacteroides)、普氏菌属(Prevotella)、肠球菌属等专性厌氧菌属为主;KEGG结果显示,与代谢相关基因占比超过50%,表明发酵过程代谢旺盛,其中碳水化合物代谢和氨基酸代谢为主要代谢通路;CAZy结果显示,糖苷水解酶和糖苷转移酶基因丰度最高,表明发酵过程中糖苷转移活跃,产生丰富的寡糖与单糖供菌群代谢利用。以上研究可为豆豉多菌混合发酵工艺的改进提供新视角,也为后续运用多组学技术探索豆豉微生物与功能风味物质形成的内在机制奠定基础。 展开更多
关键词 宏基因组 曲霉型豆豉 物种注释 功能基因注释 代谢通路
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基于高通量测序的青花菜早期发育小孢子转录组分析与基因功能注释 被引量：12
2
作者 张振超 姚悦梅 +3 位作者 毛忠良 孙国胜 秦文斌 戴忠良 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期848-855,共8页
为探明青花菜小孢子胚胎发育的分子生物学机制,本研究利用Illumina Hi Seq TM 2000平台对在32.5℃环境下分别培养17 h和24 h以及25℃环境下分别培养0、1和6 d的小孢子进行转录组分析及基因功能注释。结果表明,共获得174 324条Unigenes,... 为探明青花菜小孢子胚胎发育的分子生物学机制,本研究利用Illumina Hi Seq TM 2000平台对在32.5℃环境下分别培养17 h和24 h以及25℃环境下分别培养0、1和6 d的小孢子进行转录组分析及基因功能注释。结果表明,共获得174 324条Unigenes,其中有144 194条注释到GO、COG、KEGG、NR、Swissprot和Pfam数据库。GO注释显示,小孢子差异表达基因在细胞部分、细胞和细胞器、结合和催化活性、代谢过程、细胞过程和单一生物过程功能亚类中所占比较最高;功能分类中一般功能预测(R)、复制、重组与修复(L)、转录(K)、信号转导机制(T)和翻译后修饰、蛋白质周转、分子伴侣(O)在COG同源分类所占比例最高;KEGG注释结果表明,热击后小孢子差异基因最显著富集通路为内质网蛋白加工代谢途径、植物病原互作及植物激素信号转导剪接体途径。本试验结果为进一步深入研究青花菜小孢子胚胎发生的生理生化和分子机制奠定了理论基础。 展开更多
关键词 小孢子胚胎发育 差异表达基因 转录组 基因功能注释
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后基因组时代的基因组功能注释 被引量：33
3
作者 解涛 梁卫平 丁达夫 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第2期166-170,共5页
基因组功能注释是后基因组时代功能基因组学研究的热点领域 .从基因组功能注释的研究内容与研究手段出发 ,重点综述了生物信息学在该领域方法学上的研究进展 ,并展望了今后的发展前景 .
关键词 基因组功能注释 后基因组时代 人类基因组计划
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芒果果实转录组数据组装及基因功能注释 被引量：7
4
作者 武红霞 许文天 +4 位作者 罗纯 姚全胜 王松标 马小卫 詹儒林 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2016年第11期2191-2198,共8页
以红芒6号为试材,对生长发育各时期果皮与果肉样品提取RNA后等量混合进行转录组测序,共获得了68 419 722个reads,包含6 157 744 980个核苷酸序列信息,平均读长90 bp,序列信息全部登陆NCBI数据库(SRP035450)。对reads进行拼接,共获得124 ... 以红芒6号为试材,对生长发育各时期果皮与果肉样品提取RNA后等量混合进行转录组测序,共获得了68 419 722个reads,包含6 157 744 980个核苷酸序列信息,平均读长90 bp,序列信息全部登陆NCBI数据库(SRP035450)。对reads进行拼接,共获得124 002个Contig片段,进一步组装获得54 207个Unigene片段,平均长度为838 bp,阈值小于10-5的序列中共有42 515(78.43%)个unigenes被注释到公共蛋白数据库。其中,35 198个被注释到生物学过程、分子功能和细胞组分GO类别的44个功能组,14 619个Unigene匹配到25类COG功能组,23 741个Unigene被富集到128个KEGG代谢通路,包括代谢途径、次生代谢的生物合成、植物-病原物互作、植物激素信号转导、苯丙氨酸生物合成、淀粉和蔗糖代谢、类黄酮类化合物合成等。本研究将为进一步的芒果功能基因克隆、基因表达分析、分子标记开发等研究奠定基础。 展开更多
关键词 芒果 转录组 功能注释
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青钱柳叶片转录组数据组装及基因功能注释 被引量：3
5
作者 蒋向辉 苑静 王翔 《华中师范大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2018年第6期822-831,共10页
青钱柳是一种民间常用中药,青钱柳叶中有多种生物活性的次生代谢物,如有机酸、黄酮类、皂苷类、铱类、精油、无机元素等,但对于青钱柳次生代谢产物合成的分子机制仍未见有报道.使用Illumina公司Hiseq 4000平台对青钱柳叶进行转录组测序,... 青钱柳是一种民间常用中药,青钱柳叶中有多种生物活性的次生代谢物,如有机酸、黄酮类、皂苷类、铱类、精油、无机元素等,但对于青钱柳次生代谢产物合成的分子机制仍未见有报道.使用Illumina公司Hiseq 4000平台对青钱柳叶进行转录组测序,对reads进行拼接,得到50126个unigenes平均长度为1 247bp,有19 875 (39.65%)unigenes由NCBI非冗余数据库进行注释的,23 716 (47.31%)unigenes被注释到GO数据库,14 950个(29.82%)unigenes匹配到COG功能组.进一步的分析结果显示,6 012 (11.20%)个unigenes被富集到254个KEGG代谢通路,其中1 212个unigenes参与了次生代谢产物的生物合成,并且发现126个unigenes参与异戊二烯代谢,包括萜烯类、香茅醛、呋喃酮、苷的代谢途径.此外,总共检测到21 089个简单序列重复(SSRs).通过对老叶与嫩叶的转录组比较分析结果显示,在青钱柳不同生长发育时期的叶片中,基因表达上调占主异作用的过程主要涉及萜类和多肽的代谢、辅酶和维生素的代谢和氨基酸代谢,而基因表达下调占主异作用的过程主要涉及信号传输、类脂物代谢与能量代谢.该转录组数据可为青钱柳重要生物活性成分的生物合成和调控提供参考. 展开更多
关键词 青钱柳 转录组 功能注释
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家蚕黑胸败血芽孢杆菌基因组测序及结构分析和功能注释 被引量：2
6
作者 程廷才 林平 +3 位作者 金盛凯 付博华 龙仁文 夏庆友 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期1036-1043,共8页
黑胸败血芽孢杆菌(Bacillus bombyseptieus)是家蚕细菌性败血病的常见病原之一。在获得黑胸败血芽孢杆菌基因组完成图的基础上,对该菌株的基因组测序、基因组序列结构特征以及基因功能注释等信息进行分析。该菌株的基因组测序数据量达到... 黑胸败血芽孢杆菌(Bacillus bombyseptieus)是家蚕细菌性败血病的常见病原之一。在获得黑胸败血芽孢杆菌基因组完成图的基础上,对该菌株的基因组测序、基因组序列结构特征以及基因功能注释等信息进行分析。该菌株的基因组测序数据量达到2.1 Gb,基因组覆盖度超过360倍,基因组组装大小为5.87 Mb,包含2个复制子——1个核基因组(5 295.783 kb)和1个质粒基因组(577.809 kb);基因组重复序列比率为1.179 2%,包含136个非编码RNA和5 298个编码基因。测序得到的基因组数据通过KEGG和COG数据库进行功能注释,主要与物质转运、氨基酸代谢、碳水化合物代谢等相关。基因组共线性分析表明黑胸败血芽孢杆菌与芽孢杆菌属细菌的亲缘关系较近。该研究结果将为鉴定黑胸败血芽孢杆菌的毒力因子以及研究其致病机制和与宿主的相互作用提供重要数据支撑。 展开更多
关键词 家蚕细菌病 黑胸败血芽孢杆菌 基因组 测序 序列结构 功能注释 共线性
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砂梨果皮转录组SNP位点发掘及其功能注释分析 被引量：12
7
作者 周贺 李浩男 +1 位作者 蔡斌华 乔玉山 《青岛农业大学学报（自然科学版）》 2014年第2期105-111,共7页
从褐色砂梨品种‘黄花’(Pyrus pyrifolia Nakai‘Huanghua’)色泽形成期的果皮转录组数据开发SNP分子标记。检测了75764条unigene(总长度55676271bp)序列信息后,在25589条unigene(33.77%)中共发现SNP位点162048个,SNP发生频率为1/344bp... 从褐色砂梨品种‘黄花’(Pyrus pyrifolia Nakai‘Huanghua’)色泽形成期的果皮转录组数据开发SNP分子标记。检测了75764条unigene(总长度55676271bp)序列信息后,在25589条unigene(33.77%)中共发现SNP位点162048个,SNP发生频率为1/344bp,其中转换(transition)102342个,颠换(transversion)59706个。在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达31.66%和31.50%。为进一步对得到的SNP所在基因功能进行分析,将包含SNP位点的25589条unigene序列注释到GenBank Nr蛋白数据库、Nt核苷酸数据库和Swiss-prot数据库中,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGG pathway),结合已有研究,筛选到1178个可能与果皮色泽形成相关的SNP标记。 展开更多
关键词 '黄花’梨 转录组 单核苷酸多态性 功能注释 色泽形成
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树鼩脂肪转录组SNP位点发掘及其功能注释 被引量：2
8
作者 罕园园 孙晓梅 +6 位作者 匡德宣 陆彩霞 仝品芬 王文广 李娜 余波 代解杰 《实验动物科学》 2016年第3期13-19,共7页
从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP分子标记。检测了6只动物共计274 278 568条unigene(总长度43 138 417 bp)序列信息后,在262 980条unigene(5.75%)中发现SNP位点263 071个,SNP发生频率为1/164 bp,其中转换(transition)177 562... 从正常笼养树鼩腹部的脂肪转录组数据开发SNP分子标记。检测了6只动物共计274 278 568条unigene(总长度43 138 417 bp)序列信息后,在262 980条unigene(5.75%)中发现SNP位点263 071个,SNP发生频率为1/164 bp,其中转换(transition)177 562个,颠换(transversion)85 509个。在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达33.85%和33.66%。将包含SNP位点的262 980条unigene通过参比序列进行注释,并对其进行GO分类、COG分类注释和代谢通路注释(KEGGpathway),结合已有研究,分别筛选到1 187个有GO注释、77个有COG注释和1 080条个有KEGG通路注释的脂肪转录组中的可能与脂肪形成和代谢有关的SNP标记。 展开更多
关键词 树鼩 转录组 单核苷酸多态性 功能注释
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基于SMRT技术的水杉全长转录组分析及基因功能注释 被引量：2
9
作者 刘小红 《湖南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期27-32,共6页
以水杉原生种为材料,提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA,经mRNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程,再采用SMRT技术测定其全长转录本序列,运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示:提取的总RNA符合建库要求;全长... 以水杉原生种为材料,提取其幼嫩植株的根、茎和叶的总RNA,经mRNA纯化、反转录、全长转录组文库构建等过程,再采用SMRT技术测定其全长转录本序列,运用生物信息学对获得的原始转录组数据进行分析。结果显示:提取的总RNA符合建库要求;全长转录组测序共获得了包含5914711个亚读段(subreads)的14.0 Gb的数据,质量控制处理后包括236130个全长非嵌合读段(reads)和97626个一致性reads;转录本经去冗余处理后共获得61057个全长一致性读段(unigenes),其中有54099个被成功注释到7个数据库中,注释比达88.60%;对水杉unigenes作CDS(coding sequence)长度分布及转录因子分析,其CDS长度范围为144~6477 nt,平均长度约为679 nt;共检测到2386个转录因子,这些转录因子可以归类为29个家族。 展开更多
关键词 水杉 单分子测序技术 全长转录组 基因 功能注释
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基因功能注释——后基因组时代面临的挑战 被引量：2
10
作者 王行国 《世界科技研究与发展》 CSCD 2007年第1期9-12,共4页
在已经解序的、数以百计的生物基因组中,存在大量编码未知功能蛋白的基因序列。同时,众多已知功能的酶蛋白在解序的基因组中找不到对应的基因。确定未知功能基因的功能和寻找孤儿酶对应的基因是后基因组时代面临的极具挑战性的科学任务... 在已经解序的、数以百计的生物基因组中,存在大量编码未知功能蛋白的基因序列。同时,众多已知功能的酶蛋白在解序的基因组中找不到对应的基因。确定未知功能基因的功能和寻找孤儿酶对应的基因是后基因组时代面临的极具挑战性的科学任务。本文综合讨论了目前基因组中基因功能注释存在的问题及解决这些问题的策略与方法。 展开更多
关键词 基因功能注释 未知功能基因 孤儿酶
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基于全基因组信息鉴定中国荷斯坦牛产奶性状基因及功能注释 被引量：5
11
作者 齐超 谢岩 +5 位作者 吴晓平 姜力 刘剑锋 孙东晓 张勤 张沅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期872-877,共6页
前期研究基于中国荷斯坦牛女儿设计资源群体,采用Illumina公司Bovine50K微珠芯片对产奶性状进行了全基因组关联分析(GWAS),利用传递不平衡(L1-TDT)和回归分析(MMRA)2种统计分析方法共同检测到35个显著SNPs位点。本研究旨在基于该GWAS结... 前期研究基于中国荷斯坦牛女儿设计资源群体,采用Illumina公司Bovine50K微珠芯片对产奶性状进行了全基因组关联分析(GWAS),利用传递不平衡(L1-TDT)和回归分析(MMRA)2种统计分析方法共同检测到35个显著SNPs位点。本研究旨在基于该GWAS结果进一步对产奶性状基因进行鉴定及功能注释。基于牛基因组序列草图(Btau4.2),采用生物信息学和比较基因组学方法进行显著SNPs位置候选基因筛查和功能预测。分析发现,12个SNPs位点位于基因内部,23个位于基因侧翼,最终鉴定到28个位置候选基因,并确定了其物理位置、基因类型及潜在功能。基因功能可归纳为6种类型:调节机体营养成分代谢和平衡、细胞骨架或基质成分、调节细胞增殖和周期及凋亡、参与细胞信号转导和盐离子通道构成、具有激酶活性、参与mRNA转录调控或翻译调控。该研究为进一步鉴定中国荷斯坦牛产奶性状主效基因及功能验证打下了基础。 展开更多
关键词 中国荷斯坦牛 全基因组关联分析 产奶性状 功能注释
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新疆褐牛产奶和繁殖性状候选基因功能注释 被引量：5
12
作者 卢鑫 周靖航 +7 位作者 杨朝云 张梦华 叶连萌 李叔臻 黄锡霞 马云 王兴平 史远刚 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第12期1987-1995,共9页
基于新疆褐牛产奶和繁殖性状全基因组关联分析研究结果,对候选基因进行生物信息学功能分析,进一步筛选出与新疆褐牛产奶和繁殖性状显著相关的关键基因。根据关联分析结果中显著单核苷酸多肽位点的物理位置共找到55个候选基因,其中49个... 基于新疆褐牛产奶和繁殖性状全基因组关联分析研究结果,对候选基因进行生物信息学功能分析,进一步筛选出与新疆褐牛产奶和繁殖性状显著相关的关键基因。根据关联分析结果中显著单核苷酸多肽位点的物理位置共找到55个候选基因,其中49个基因可在数据库中检索到相应功能注释信息。GO分类结果显示,这些基因涉及代谢、转录等30个GO条目;KEGG代谢通路富集分析结果显示,候选基因富集于7个通路中,其中基因数最多的是Wnt信号通路和钙黏素信号通路。通过查阅各候选基因相关研究进展和相关基因的生物学功能、生理生化分析,发现对产奶性状候选基因中的CDH 2、GABRG 2和繁殖性状候选基因中的EPRS基因可进行下一步的基因功能研究。 展开更多
关键词 新疆褐牛 全基因组关联分析 功能注释 产奶性状 繁殖性状
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lncRNAs功能注释和预测 被引量：8
13
作者 余铖亮 骆亮 廖奇 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期239-243,共5页
随着测序技术的发展,在各种哺乳动物中发现越来越多的长非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs),但是大部分lncRNAs的功能却未知.鉴于lncRNAs在众多生物过程如免疫反应、发育和基因印迹中表现出对蛋白编码基因和其它非编码RNAs的重... 随着测序技术的发展,在各种哺乳动物中发现越来越多的长非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs),但是大部分lncRNAs的功能却未知.鉴于lncRNAs在众多生物过程如免疫反应、发育和基因印迹中表现出对蛋白编码基因和其它非编码RNAs的重要调节作用,对lncRNAs的功能研究也成为生物学家和生物信息学家研究的热点.其中,功能注释和预测是目前研究lncRNAs功能的主要方法之一.本文主要对lncRNAs功能注释和预测方法的研究进展作一综述,包括以下几个方面:基于共表达网络的方法、基于miRNAs的方法、基于蛋白质结合的方法、基于表观遗传修饰的方法以及基于ceRNA网络的方法.为进一步研究lncRNAs的功能提供参考,同时为开发更加有效的注释或预测方法提供线索. 展开更多
关键词 长非编码RNAs(1ncRNAs) 功能注释 生物信息学
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椰心叶甲啮小蜂转录组分析及基因功能注释 被引量：2
14
作者 刘华伟 李朝绪 +3 位作者 李芬 吕朝军 吴少英 覃伟权 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2021年第3期412-419,共8页
椰心叶甲啮小蜂Tetrastichus brontispae Ferrière可以有效地防治椰心叶甲Brontispa longissima(Gestro)危害,但是由于缺乏相关的遗传信息,其分子生物学的相关研究仍然较少。本研究通过Illumina测序平台,对椰心叶甲啮小蜂进行转录... 椰心叶甲啮小蜂Tetrastichus brontispae Ferrière可以有效地防治椰心叶甲Brontispa longissima(Gestro)危害,但是由于缺乏相关的遗传信息,其分子生物学的相关研究仍然较少。本研究通过Illumina测序平台,对椰心叶甲啮小蜂进行转录组测序。经DeNovo拼接后,共获得29535条Unigene,进一步将Unigene与NR、GO、eggNOG和KEGG四个数据库进行比对,结果表明,共有13796条Unigene被注释。在NR数据库中注释到13401条Unigene,与丽蝇蛹集金小蜂Nasonia vitripennis相似的基因序列最多;根据GO数据库,将3834条Unigene归类为三大类67个功能组;eggNOG数据库将12707条Unigene分25个功能分类;KEGG数据库将5999个Unigene分为五大类。对椰心叶甲啮小蜂进行转录组测序和基因功能注释,可以为今后研究该蜂的遗传多样性、基因功能挖掘等提供数据支撑。 展开更多
关键词 椰心叶甲啮小蜂 转录组分析 功能注释
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滇白前种子转录组测序及功能注释 被引量：5
15
作者 王建秋 王晓丽 曹子林 《种子》 北大核心 2021年第3期52-59,共8页
采用高通量测序技术平台Illumina Novaseq 6000对滇白前种子进行转录组测序,共获得平均长度为753.9 bp的43663个Unigenes。注释到六大功能数据库(NR,COG,Pfam,Swiss-Prot,GO,KEGG)上的Unigene总数为29177个。滇白前Unigenes比对到NR数... 采用高通量测序技术平台Illumina Novaseq 6000对滇白前种子进行转录组测序,共获得平均长度为753.9 bp的43663个Unigenes。注释到六大功能数据库(NR,COG,Pfam,Swiss-Prot,GO,KEGG)上的Unigene总数为29177个。滇白前Unigenes比对到NR数据库共有26688条,与甜菜、藜麦、栓皮栎、菠菜有较高同源性;25657条Unigenes在COG数据库得到26500个注释,分为23类;19942条Unigenes在GO数据库得到79481个注释,按功能分为细胞组分、分子功能和生物过程三大类,分别有13、16、23个亚类,其中参与的生物过程较多;11527条Unigene富集在KEGG数据库的101条代谢通路中,代谢相关的通路占比最大。同时,有527个Unigenes被注释为转录因子;有3995条SSR标记被挖掘。利用高通量测序获得滇白前转录组信息,有助于从分子水平对滇白前进行深入研究。 展开更多
关键词 滇白前 种子 转录组 测序 基因功能注释
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向日葵锈菌转录组SNP位点挖掘及所在基因功能注释 被引量：5
16
作者 王妍 景岚 李鑫淳 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期92-98,共7页
为了解向日葵锈菌基因组中SNP所在基因功能及其致病性,使用SOAPsnp软件对向日葵锈菌330小种不同萌发阶段(0,4,8 h)的转录组测序结果拼接得到的59 409条Unigene序列进行SNP检测,计算其发生频率并对其进行Nr、Nt注释、GO分类、COG分类、K... 为了解向日葵锈菌基因组中SNP所在基因功能及其致病性,使用SOAPsnp软件对向日葵锈菌330小种不同萌发阶段(0,4,8 h)的转录组测序结果拼接得到的59 409条Unigene序列进行SNP检测,计算其发生频率并对其进行Nr、Nt注释、GO分类、COG分类、KEGG代谢通路注释与PHI比对。结果发现,共有29 966个SNP位点分别分布在8 321条Unigene上,SNP发生的频率为1/2 764 bp,其中转换19 599个,颠换10 367个。在所有变异类型中,A/G和C/T发生频率最高,分别达32.80%和32.60%。注释结果表明,分别有79.46%,43.00%的序列被注释到Nr、Nt数据库中,基因中涉及最多的为遗传信息过程通路,以翻译为主;最后将这些含SNP Unigene与病原菌寄主互作数据库PHI比对,共筛选到961条可能与向日葵锈菌致病性相关的含SNP的序列,因而认为,锈菌的致病性是由真菌细胞壁修饰蛋白和潜在的致病效应蛋白所致。结果可为以后进一步开发SNP遗传多态性、遗传图谱的构建提供理论依据,为研究向日葵锈菌毒力与功能奠定基础,并对向日葵的抗病育种研究具有重大意义。 展开更多
关键词 向日葵锈菌 转录组 单核苷酸多态性 功能注释
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致病疟原虫分子功能注释二级数据库的构建 被引量：1
17
作者 许三岗 庄永龙 +3 位作者 郝志勇 单广良 杨啸林 王恒 《中国生物医学工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期882-888,共7页
为对疟原虫致病分子机制研究过程中产生的高通量实验数据快速高效地进行功能注释,构建致病疟原虫分子功能注释二级数据库。本数据库基于J2EE技术、MySQL和MVC三层体系架构,利用Web Services和Hibernate等技术实现其主要框架,通过调用Fis... 为对疟原虫致病分子机制研究过程中产生的高通量实验数据快速高效地进行功能注释,构建致病疟原虫分子功能注释二级数据库。本数据库基于J2EE技术、MySQL和MVC三层体系架构,利用Web Services和Hibernate等技术实现其主要框架,通过调用Fisher's精确检验R程序包对Gene Ontology和Pathway的注释结果进行富集效应分析,并调用Graphviz工具对蛋白质相互作用结果进行图形化描述。致病疟原虫分子功能注释二级数据库提供多入口的分子注释类型,使Gene Ontology、Pathway及蛋白质相互作用注释信息以图形化界面直观显示。该数据库为疟原虫致病分子机制研究提供良好的高通量数据分析工具,可有效促进疟原虫基因功能、信号通路及疟疾疫苗抗原筛选等方面的研究。 展开更多
关键词 疟原虫 功能注释 二级数据库
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蒙古栎叶片的转录组测序及基因功能注释 被引量：2
18
作者 王国宝 王勇 秦利 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期560-565,共6页
蒙古栎(Quercus mongolica)是我国北方阔叶树主要建群种,采用RNA-seq技术对蒙古栎叶片的转录组进行测序。通过Illumina测序平台共获得52076914条有效reads,从头组装共得到24196个UniGene,平均长度为732 bp。根据GO功能注释,共有17561个U... 蒙古栎(Quercus mongolica)是我国北方阔叶树主要建群种,采用RNA-seq技术对蒙古栎叶片的转录组进行测序。通过Illumina测序平台共获得52076914条有效reads,从头组装共得到24196个UniGene,平均长度为732 bp。根据GO功能注释,共有17561个UniGene可以注释到分别对应于细胞组分、分子功能、生物学过程的674、1909、2842个GO term。KEGG富集分析表明,9189个UniGene被富集到138条代谢途径,主要包括植物-病原体相互作用、剪接体、内吞、内质网蛋白质加工、植物激素信号转导等。根据eggNOG分类注释结果,19378个UniGene富集到25个功能类别中。NCBInr库注释结果表明,蒙古栎与核桃(Juglans regia)之间可能存在较近的亲缘关系。研究结果扩充了蒙古栎的基因资源,为进一步挖掘蒙古栎的功能基因信息提供了理论基础。 展开更多
关键词 蒙古栎 叶片 转录组 从头组装 功能注释
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机器学习方法在基因功能注释中的应用 被引量：1
19
作者 李金城 廖奇 沈其君 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期496-503,共8页
目前,基于计算机数学方法对基因的功能注释已成为热点及挑战,其中以机器学习方法应用最为广泛。生物信息学家不断提出有效、快速、准确的机器学习方法用于基因功能的注释,极大促进了生物医学的发展。本文就关于机器学习方法在基因功能... 目前,基于计算机数学方法对基因的功能注释已成为热点及挑战,其中以机器学习方法应用最为广泛。生物信息学家不断提出有效、快速、准确的机器学习方法用于基因功能的注释,极大促进了生物医学的发展。本文就关于机器学习方法在基因功能注释的应用与进展作一综述。主要介绍几种常用的方法,包括支持向量机、k近邻算法、决策树、随机森林、神经网络、马尔科夫随机场、logistic回归、聚类算法和贝叶斯分类器,并对目前机器学习方法应用于基因功能注释时如何选择数据源、如何改进算法以及如何提高预测性能上进行讨论。 展开更多
关键词 功能注释 机器学习法 功能预测 基因
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杜鹃花叶片转录组测序数据组装及功能注释 被引量：7
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作者 王华 汪王微 +4 位作者 王冬良 张石虎 胡新芳 卢诗雨 龚雪梅 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第7期1149-1159,共11页
采用2代Illumina Hi-Seq测序技术对2年生杜鹃花白凤4号(Rhododendron pulchurum cv.Bai Feng 4)扦插苗叶片的转录组进行测序,获得了213 723 424条Clean reads数据,经过质控和De novo。组装共获得平均长度为930 nt的53 568个Unigenes。... 采用2代Illumina Hi-Seq测序技术对2年生杜鹃花白凤4号(Rhododendron pulchurum cv.Bai Feng 4)扦插苗叶片的转录组进行测序,获得了213 723 424条Clean reads数据,经过质控和De novo。组装共获得平均长度为930 nt的53 568个Unigenes。与Nr、Swiss-Prot、KOG、KEGG四大数据库进行BLAST信息比对(Evalue≤10^(-5)),共获得28 877个注释基因。与Nr数据库序列同源性比较发现,杜鹃花与葡萄(Vitis vinifera)具有较高的同源性,而与其他物种的同源性较低。杜鹃花转录组的Unigenes在KOG数据库比对上30 508个注释,分为25类。在GO数据库比对上17 218个Unigenes,其中与抗逆有关的Unigenes有11 928个。在KEGG数据库的132条代谢通路中富集了6 475个杜鹃花Unigenes,其中注释到植物激素生物合成代谢途径和信号转导途径的有384个。同时,有1 062个Unigenes被注释为转录因子,有8 738条SSR标记被挖掘。 展开更多
关键词 杜鹃花 转录组 测序 基因功能注释
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